Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022295.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22328, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15089
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Found at i:146 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 124--172 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
114 GAGCTGAAAT
124 TAATTAATTATTAATTAAA
1 TAATTAATTATTAATTAAA
* *
143 TAA-TAATTATTTTATTGAA
1 TAATTAATTA-TTAATTAAA
162 TAATT-ATTATT
1 TAATTAATTATT
173 CAAAATTCCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 5
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.31
19 17 0.65
20 1 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (19 bp):
TAATTAATTATTAATTAAA
Found at i:1629 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 1528--1633 Score: 121
Period size: 51 Copynumber: 2.1 Consensus size: 51
1518 GTTCTTCATA
* * **
1528 TTTT-TCTTGTTTAGATCTTGTCTCAGGACAATCAAACACTCTTTTAGTGT
1 TTTTCTCTTGTTTAAATCTTGTCTCAGGACAATCAAACACTCGTACAGTGT
1578 TTTTCTCTTGTTTAAATCTTGTCTCCA-GAC-ATACAAACACT-GTACACGTGT
1 TTTTCTCTTGTTTAAATCTTGTCT-CAGGACAAT-CAAACACTCGTACA-GTGT
1629 TTTTC
1 TTTTC
1634 ATTCAGAAAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 4, Indels: 7
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
50 8 0.17
51 38 0.79
52 2 0.04
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (51 bp):
TTTTCTCTTGTTTAAATCTTGTCTCAGGACAATCAAACACTCGTACAGTGT
Found at i:6634 original size:195 final size:195
Alignment explanation
Indices: 6302--6690 Score: 751
Period size: 195 Copynumber: 2.0 Consensus size: 195
6292 TAAAGTGATC
*
6302 CACTTTTCCTTTTTCTGGCTTTTCTTAAATCTTGAGTTCTCAATCCCCTGCAAAACAGAAATTCA
1 CACTTTTCCTTTTTCTGGCTTTTCTTAAATCTTGAGTTCACAATCCCCTGCAAAACAGAAATTCA
*
6367 AAGCACAAATCAGCAACCATTAAGCTAAAACAAAAGTTAATGGGCTGTTGAATGAATTTAAGAGG
66 AAGCACAAATCAGCAACCATTAAGCTAAAACAAAAGTTAATAGGCTGTTGAATGAATTTAAGAGG
6432 GGGCAACTTATCTTTTTTGGACATTGGGAACCAAGCTTGGATTGTCCCCTACGCCACATCAGCAA
131 GGGCAACTTATCTTTTTTGGACATTGGGAACCAAGCTTGGATTGTCCCCTACGCCACATCAGCAA
6497 CACTTTTCCTTTTTCTGGCTTTTCTTAAATCTTGAGTTCACAATCCCCTGCAAAACAGAAATTCA
1 CACTTTTCCTTTTTCTGGCTTTTCTTAAATCTTGAGTTCACAATCCCCTGCAAAACAGAAATTCA
*
6562 AAGCACAAATCAGCAATCATTAAGCTAAAACAAAAGTTAATAGGCTGTTGAATGAATTTAAGAGG
66 AAGCACAAATCAGCAACCATTAAGCTAAAACAAAAGTTAATAGGCTGTTGAATGAATTTAAGAGG
6627 GGGCAACTTATCTTTTTTGGACATTGGGAACCAAGCTTGGATTGTCCCCTACGCCACATCAGCA
131 GGGCAACTTATCTTTTTTGGACATTGGGAACCAAGCTTGGATTGTCCCCTACGCCACATCAGCA
6691 GCACAATGCT
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 3, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
195 191 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.22, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (195 bp):
CACTTTTCCTTTTTCTGGCTTTTCTTAAATCTTGAGTTCACAATCCCCTGCAAAACAGAAATTCA
AAGCACAAATCAGCAACCATTAAGCTAAAACAAAAGTTAATAGGCTGTTGAATGAATTTAAGAGG
GGGCAACTTATCTTTTTTGGACATTGGGAACCAAGCTTGGATTGTCCCCTACGCCACATCAGCAA
Found at i:9146 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 9033--9351 Score: 436
Period size: 60 Copynumber: 5.4 Consensus size: 60
9023 AATGGTAAAT
* *
9033 AGTAAATTGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTTAGTAAAATGGTAATGG---TCA--AAA-
1 AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCAGTAAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAG
* *
9087 AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCAGTGAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAA
1 AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCAGTAAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAG
* *
9147 AGTAAAATGGTAATCAATAATTAAATTCAGTCTA-AAAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAG
1 AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTC-AGTAAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAG
* * * *
9207 AGTAAAATGGTAATCAATAATTGAATTCAGTAAAGAGCAAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAG
1 AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGT---CAGTAAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAG
**
9270 AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCAGTAAAATGGTAATGGTAATCAATAAAG
1 AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCAGTAAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAG
*
9330 AGTAAAATGGTAATAAGTAATT
1 AGTAAAATGGTAATCAGTAATT
9352 GAGGTCAAAA
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 17, Indels: 16
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
54 45 0.19
57 3 0.01
59 3 0.01
60 130 0.55
61 1 0.00
62 1 0.00
63 54 0.23
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (60 bp):
AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCAGTAAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAG
Found at i:9284 original size:123 final size:119
Alignment explanation
Indices: 9033--9353 Score: 442
Period size: 123 Copynumber: 2.7 Consensus size: 119
9023 AATGGTAAAT
*
9033 AGTAAATTGGTAATCAGTAATTAAATTCAGT-TAGTAAAATGGTAATGG---TCAAAA-AGTAAA
1 AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCTAGTAAAATGGTAATGGTAATCAAAAGAGTAAA
* * * *
9093 ATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCAGTGAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAA
66 ATGGTAATCAATAATTGAATTCAGTAAGAGAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAA
* *
9147 AGTAAAATGGTAATCAATAATTAAATTCAGTCTA-AAAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAGAGTA
1 AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCTAGTAAAATGGTAATGGTAATCA--AAAGAGTA
*
9211 AAATGGTAATCAATAATTGAATTCAGTAAAGAGCAAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAG
64 AAATGGTAATCAATAATTGAATTCAGT-AAGAG--AAATGGTAATGGTAATCAGCAAAA
9270 AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTC-AGTAAAATGGTAATGGTAATCAATAAAGAGTA
1 AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCTAGTAAAATGGTAATGGTAATC-A-AAAGAGTA
9334 AAATGGTAAT-AAGTAATTGA
64 AAATGGTAATCAA-TAATTGA
9354 GGTCAAAAAG
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 11, Indels: 17
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
114 42 0.23
115 2 0.01
117 3 0.02
119 3 0.02
120 29 0.16
121 3 0.02
122 3 0.02
123 97 0.53
124 1 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (119 bp):
AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCTAGTAAAATGGTAATGGTAATCAAAAGAGTAAA
ATGGTAATCAATAATTGAATTCAGTAAGAGAAATGGTAATGGTAATCAGCAAAA
Found at i:9310 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 9265--9407 Score: 159
Period size: 32 Copynumber: 4.6 Consensus size: 32
9255 TGGTAATCAG
*
9265 CAAAGAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATT
1 CAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATT
*** * *
9297 CAGTCAGTAAAATGGTAAT-GGTAA-TCAA-T
1 CAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATT
* * * **
9326 -AAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAATTGAGGT
1 CAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATT
9357 CAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATT
1 CAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATT
9389 CAAAAAGTAAAATGGTAAT
1 CAAAAAGTAAAATGGTAAT
9408 AAGTTCGAAA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 16, Indels: 8
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 15 0.16
29 5 0.05
30 5 0.05
31 5 0.05
32 61 0.67
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (32 bp):
CAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATT
Found at i:9366 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 9028--9602 Score: 347
Period size: 60 Copynumber: 9.4 Consensus size: 60
9018 AAGGTAATGG
* * * ***
9028 TAAATAGTAAATTGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTTAGTAAAATGGTAATGG---TC-A
1 TAAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAATTAAATTCAAAAAGTAAAATGGTAATGGTAATCAA
* *** * *
9084 -AAA-AGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCAGTGAAATGGTAATGGTAATCAG
1 TAAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAATTAAATTCAAAAAGTAAAATGGTAATGGTAATCAA
* * ** *
9142 CAAAAAGTAAAATGGTAATCAA-TAATTAAATTCAGTCTAA--AAAATGGTAATGGTAATCAG
1 TAAAGAGTAAAATGGTAAT-AAGTAATTAAATTCA--AAAAGTAAAATGGTAATGGTAATCAA
* * * *
9202 CAAAGAGTAAAATGGTAATCAA-TAATTGAATTCAGTAAAGAGCAAAATGGTAATGGTAATCAG
1 TAAAGAGTAAAATGGTAAT-AAGTAATTAAATTCA--AAA-AGTAAAATGGTAATGGTAATCAA
* * ***
9265 CAAAGAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCAGTAAAATGGTAATGGTAATCAA
1 TAAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAATTAAATTCAAAAAGTAAAATGGTAATGGTAATCAA
* ** * *
9325 TAAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAATTGAGGTCAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAA
1 TAAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAATTAAATTCAAAAAGTAAAATGGTAAT-GGTAA-TCAA
* * *
9387 TTCAAAAAGTAAAATGGTAATAAGTTCGAAAGGTAATGGTAATCAATAAAGAGTAAAATGGTAAT
1 -T-AAAGAGTAAAATGGTAATAAG-T---AA-TTAA----ATTC-A-AAA-AGTAAAATGGTAAT
* *
9452 CAGTAATTAAA
52 -GGTAA-TCAA
** * * * * * *
9463 TTCAGTCAGGAAAATGGTAATTAGTAATTAAGTTCAAAGA-T-TAA----AATGGTAATCAG
1 TAAAG--AGTAAAATGGTAATAAGTAATTAAATTCAAAAAGTAAAATGGTAATGGTAATCAA
* * *
9519 T-AAGAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAACTCAAAAAGTAAAATGGTAATGGTAATTAA
1 TAAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAATTAAATTCAAAAAGTAAAATGGTAATGGTAATCAA
* *
9578 TAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAA
1 TAAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAA
9603 AAAGTAAAAT
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 57, Indels: 72
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
53 28 0.07
54 46 0.11
55 7 0.02
56 3 0.01
57 6 0.01
58 3 0.01
59 14 0.03
60 166 0.39
61 6 0.01
62 8 0.02
63 52 0.12
64 21 0.05
65 3 0.01
66 1 0.00
67 2 0.00
68 2 0.00
69 2 0.00
71 3 0.01
72 2 0.00
73 2 0.00
74 2 0.00
75 5 0.01
76 40 0.09
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (60 bp):
TAAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAATTAAATTCAAAAAGTAAAATGGTAATGGTAATCAA
Found at i:9448 original size:108 final size:108
Alignment explanation
Indices: 9310--9515 Score: 304
Period size: 108 Copynumber: 1.9 Consensus size: 108
9300 TCAGTAAAAT
* * *
9310 GGTAATGGTAATCAATAAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAATTGAGGTCAAAAAGTAAAATGGTAA
1 GGTAATGGTAATCAATAAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAATTAAAGTCAAAAAGGAAAATGGTAA
9375 TCAGTAATTAAATTCAAAAAGTAAAATGGTAATAAGTTCGAAA
66 TCAGTAATTAAATTCAAAAAGTAAAATGGTAATAAGTTCGAAA
* * ***
9418 GGTAATGGTAATCAATAAAGAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCAGGAAAATGGTAA
1 GGTAATGGTAATCAATAAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAATTAAAGTCAAAAAGGAAAATGGTAA
* * * *
9483 TTAGTAATTAAGTTCAAAGATTAAAATGGTAAT
66 TCAGTAATTAAATTCAAAAAGTAAAATGGTAAT
9516 CAGTAAGAGT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 12, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
108 86 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (108 bp):
GGTAATGGTAATCAATAAAGAGTAAAATGGTAATAAGTAATTAAAGTCAAAAAGGAAAATGGTAA
TCAGTAATTAAATTCAAAAAGTAAAATGGTAATAAGTTCGAAA
Found at i:9478 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 9441--9521 Score: 99
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 32
9431 AATAAAGAGT
**
9441 AAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAGTCAGG
1 AAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAAACAGG
* * * **
9473 AAAATGGTAATTAGTAATTAAGTTCAAAGATT
1 AAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAAACAGG
9505 AAAATGGTAATCAGTAA
1 AAAATGGTAATCAGTAA
9522 GAGTAAAATG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 8, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 41 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (32 bp):
AAAATGGTAATCAGTAATTAAATTCAAACAGG
Found at i:9523 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 9499--9542 Score: 79
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
9489 ATTAAGTTCA
*
9499 AAGATTAAAATGGTAATCAGT
1 AAGAGTAAAATGGTAATCAGT
9520 AAGAGTAAAATGGTAATCAGT
1 AAGAGTAAAATGGTAATCAGT
9541 AA
1 AA
9543 TTAAACTCAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (21 bp):
AAGAGTAAAATGGTAATCAGT
Found at i:9621 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 9566--9624 Score: 100
Period size: 22 Copynumber: 2.7 Consensus size: 22
9556 GTAAAATGGT
* *
9566 AATGGTAATTAATAAAAAGTAA
1 AATGGTAATCAGTAAAAAGTAA
9588 AATGGTAATCAGTAAAAAGTAA
1 AATGGTAATCAGTAAAAAGTAA
9610 AATGGTAATCAGTAA
1 AATGGTAATCAGTAA
9625 TTCACAAGTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 35 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.17, T:0.25
Consensus pattern (22 bp):
AATGGTAATCAGTAAAAAGTAA
Found at i:9692 original size:78 final size:75
Alignment explanation
Indices: 9421--9707 Score: 240
Period size: 78 Copynumber: 3.6 Consensus size: 75
9411 TTCGAAAGGT
*
9421 AATGGTAATCAATAAAGAGTAAAATGGTAATCAGTAATT-AAATTCAGTCAGGAAAATGGTAATT
1 AATGGTAATCAGTAAAGAGTAAAATGGTAATCAGTAATTCAAA---AGT-----AAATGGTAA-T
* * *
9485 AGTAATTAAGTTCAAAGATTAA
57 AATAATTAA--T-AAAAAGTAA
**
9507 AATGGTAATCAGT-AAGAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAACTCAAAAAGTAAAATGGTAATGG
1 AATGGTAATCAGTAAAGAGTAAAATGGTAATCAGTAA-T----TC-AAAAGT-AAATGGTAATAA
9571 TAATTAATAAAAAGTAA
59 TAATTAATAAAAAGTAA
* *
9588 AATGGTAATCAGTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTCACAAGT-AATGGTAATCAATAATTC
1 AATGGTAATCAGTAAAGAGTAAAATGGTAATCAGTAATTCAAAAGTAAATGGTAAT-AATAATT-
*
9652 AATTCAAAACGTAA
64 AA-T-AAAAAGTAA
*
9666 AATGGTAATCAGTAAAGAGTATAATGGTAATCCA-TAATTCAA
1 AATGGTAATCAGTAAAGAGTAAAATGGTAAT-CAGTAATTCAA
9708 TTCAAAAAGT
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 12, Indels: 34
0.79 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
74 9 0.05
75 5 0.03
76 7 0.04
77 3 0.02
78 44 0.25
79 2 0.01
81 21 0.12
82 23 0.13
84 9 0.05
85 33 0.19
86 13 0.07
89 3 0.02
90 1 0.01
92 3 0.02
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.16, T:0.28
Consensus pattern (75 bp):
AATGGTAATCAGTAAAGAGTAAAATGGTAATCAGTAATTCAAAAGTAAATGGTAATAATAATTAA
TAAAAAGTAA
Found at i:9706 original size:54 final size:56
Alignment explanation
Indices: 9601--9733 Score: 189
Period size: 54 Copynumber: 2.4 Consensus size: 56
9591 GGTAATCAGT
*
9601 AAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTCACAAGTAATGGTAATCAATAATTCAATTC
1 AAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATACACAAGTAATGGTAATCAATAATTCAATTC
* * ** *
9657 AAAACGTAAAATGGTAATCAGTAA-AGAGTA-TAATGGTAATCCATAATTCAATTC
1 AAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATACACAAGTAATGGTAATCAATAATTCAATTC
*
9711 AAAAAGTAAAATGGTGATCAGTA
1 AAAAAGTAAAATGGTAATCAGTA
9734 TAAAGTAATG
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 8, Indels: 2
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
54 44 0.64
55 2 0.03
56 23 0.33
ACGTcount: A:0.48, C:0.10, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (56 bp):
AAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATACACAAGTAATGGTAATCAATAATTCAATTC
Done.