Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022330.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22363, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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11426 GCTAAATACC
* *
11436 CAAAAAAATCCCTTATGTTTTGCTTTTGGGA
1 CAAAATAATCCCTTATGTTTT-CTTTCGGGA
11467 CAAAATAATCCCTTATGTTTT-TTTCGGGA
1 CAAAATAATCCCTTATGTTTTCTTTCGGGA
* *
11496 CAAATTAATCCCTTACGTTT
1 CAAAATAATCCCTTATGTTT
11516 CAAAAATGAG
Statistics
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CAAAATAATCCCTTATGTTTTCTTTCGGGA
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11634 ACTAATTTGT
* *
11644 CCAAAAAAAAAACGTAAGGGATTTTTTTTC
1 CCAAAAGAAAAACATAAGGGATTTTTTTTC
* *
11674 CCAAAAGAAAAACATAAAGGATTTATTTGTC
1 CCAAAAGAAAAACATAAGGGATTT-TTTTTC
*
11705 CCAAAAGAAAAACATTAGGGATTTTTTT
1 CCAAAAGAAAAACATAAGGGATTTTTTT
11733 AGTATTTAGT
Statistics
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30 24 0.47
31 27 0.53
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CCAAAAGAAAAACATAAGGGATTTTTTTTC
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Indices: 11629--11728 Score: 123
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11619 CCACGTCAGC
* * * *
11629 AAGGGACTAATTTGT-CCAAAAAAAAAACGT
1 AAGGGATTTATTTGTCCCAAAAGAAAAACAT
*
11659 AAGGGATTT-TTTTTCCCAAAAGAAAAACAT
1 AAGGGATTTATTTGTCCCAAAAGAAAAACAT
*
11689 AAAGGATTTATTTGTCCCAAAAGAAAAACAT
1 AAGGGATTTATTTGTCCCAAAAGAAAAACAT
*
11720 TAGGGATTT
1 AAGGGATTT
11729 TTTTAGTATT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 9, Indels: 3
0.83 0.13 0.04
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29 4 0.07
30 28 0.47
31 27 0.46
ACGTcount: A:0.45, C:0.12, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (31 bp):
AAGGGATTTATTTGTCCCAAAAGAAAAACAT
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Indices: 11777--11804 Score: 56
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11767 AAATTGATTT
11777 TTTTTTC
1 TTTTTTC
11784 TTTTTTC
1 TTTTTTC
11791 TTTTTTC
1 TTTTTTC
11798 TTTTTTC
1 TTTTTTC
11805 CTTCTCCTCC
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 21 1.00
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TTTTTTC
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Indices: 11895--12125 Score: 315
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11885 TCCCTAAAAA
* *
11895 AAAATGGTAAAGATAAAATAGTTATAAAAATATTGAATTTTAATTAAACAAAAATAGAATTTTTG
1 AAAATGGTAAAAATAAAATAGTTATAAAAATATTGAATTTTAATTAAACAAAAATAGAATTTTTA
*
11960 GTAAAATAAAACTGTAAAAGTTTAAATAAT-GTCATTTAAGAAATATATTTAATTAAAATAGT
66 ATAAAATAAAACTGTAAAAGTTTAAA-AATGGT-ATTTAAGAAATATATTTAATTAAAATAGT
* * * *
12022 AAAATGGTAAAAATAAAATAGTTATAAATATATT-AGA-TTTGATTAAATAAAAATAGAGTTTTT
1 AAAATGGTAAAAATAAAATAGTTATAAAAATATTGA-ATTTTAATTAAACAAAAATAGAATTTTT
** * *
12085 AATTGAGTAAAATTGTAAAAGTTTAAAAATGGTATTTAAGA
65 AATAAAATAAAACTGTAAAAGTTTAAAAATGGTATTTAAGA
12126 GATGTAATCG
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 11, Indels: 6
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
125 11 0.12
126 47 0.52
127 33 0.36
ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (126 bp):
AAAATGGTAAAAATAAAATAGTTATAAAAATATTGAATTTTAATTAAACAAAAATAGAATTTTTA
ATAAAATAAAACTGTAAAAGTTTAAAAATGGTATTTAAGAAATATATTTAATTAAAATAGT
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Indices: 12590--12665 Score: 152
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12580 TTCTCTGATA
12590 TTTTTCTTTTGGGACAAAAAAATCCCTTATG
1 TTTTTCTTTTGGGACAAAAAAATCCCTTATG
12621 TTTTTCTTTTGGGACAAAAAAATCCCTTATG
1 TTTTTCTTTTGGGACAAAAAAATCCCTTATG
12652 TTTTTCTTTTGGGA
1 TTTTTCTTTTGGGA
12666 TAAATCAGTC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 45 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.14, G:0.14, T:0.46
Consensus pattern (31 bp):
TTTTTCTTTTGGGACAAAAAAATCCCTTATG
Found at i:12834 original size:29 final size:30
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Indices: 12792--12865 Score: 96
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12782 CTCATTTTTG
* *
12792 AAACGTAAGGGATTAATTTGTCCCGAAA-A
1 AAACATAAGGGATTAATTTGTCCCAAAACA
* *
12821 AAACATAACGGATTATTTTGTCCCAAAAGCA
1 AAACATAAGGGATTAATTTGTCCCAAAA-CA
12852 AAACATAAGGGATT
1 AAACATAAGGGATT
12866 TTTTTGGGTA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 5, Indels: 2
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 24 0.63
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AAACATAAGGGATTAATTTGTCCCAAAACA
Found at i:13024 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 12980--13109 Score: 179
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12970 TTTAATTCAG
* *
12980 AGTAACTATGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
*
13011 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGATAATC
1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
* * * *
13042 AATAATTAAGTTTAAATGTAAAAGGGTAATC
1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
* *
13073 AGTAATTAAGTTAAGAAGTAAGATGGTAATC
1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
13104 AGTAAT
1 AGTAAT
13110 GGGCTTAATT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 14, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 85 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (31 bp):
AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
Found at i:13152 original size:143 final size:142
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Indices: 12952--13484 Score: 623
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12942 GAGGTCAAAA
* * * *
12952 ATGGTAATCAATAATTGGTTTAATTCAGAGTAA-CTATGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAA
1 ATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAGAGTAATC-AAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAA
*
13016 TTAAGTTAAAAAGTAAAATGATAATCAATAATTAAGTTTAAATGTAAAAGGGTAATCAGTAATTA
65 TTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAATAATTAAGTTTAAATGTAAAA-GGTAATCAGTAATTA
*
13081 AGTTAAGAAGTAAG
129 AATTAAGAAGTAAG
*
13095 ATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAGAGTAATCAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATTAGTAAT
1 ATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAGAGTAATCAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAAT
13160 TAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAATAATTAAG--T---T-TAAAAGGTAATCAGTAATTAAA
66 TAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAATAATTAAGTTTAAATGTAAAAGGTAATCAGTAATTAAA
13219 TTAAGAAGTAAG
131 TTAAGAAGTAAG
* * *
13231 ATGGTAATCTGTAATGGGCTTATTTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAAT
1 ATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAGAGTAATCAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAAT
* *
13296 TAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATT
66 TAAG-TTAAAAAGTAAAATGGTAATCAATAATTAAGTTT-AAATGTAAAA-GGTAATCAGT-A--
*
13361 GGCTTATTTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAA
125 -----A-TT---A--AATTAAG-----AAGTAAG
* * * *
13395 ATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATTCAGAGTAATTATGTTAAAAACTAAAATGGTAATCAGTAAT
1 ATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAGAGTAATCAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAAT
*
13460 TAAGTTAAGAAA-TAAGATGGTAATC
66 TAAGTTAA-AAAGTAAAATGGTAATC
13485 TGTAATGGGC
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 20, Indels: 40
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
136 93 0.27
137 35 0.10
138 1 0.00
139 1 0.00
141 1 0.00
143 92 0.27
144 6 0.02
145 10 0.03
146 1 0.00
153 1 0.00
154 2 0.01
157 1 0.00
159 7 0.02
163 16 0.05
164 73 0.21
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Consensus pattern (142 bp):
ATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAGAGTAATCAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAAT
TAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAATAATTAAGTTTAAATGTAAAAGGTAATCAGTAATTAAA
TTAAGAAGTAAG
Found at i:13165 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 13123--13245 Score: 134
Period size: 31 Copynumber: 4.2 Consensus size: 31
13113 CTTAATTCAG
* *
13123 AGTAATCAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATT
1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
13154 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
*
13185 AATAATTAAGTT------TAAAA-GGTAATC
1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
* * *
13209 AGTAATTAAATTAAGAAGTAAGATGGTAATC
1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
*
13240 TGTAAT
1 AGTAAT
13246 GGGCTTATTT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 7, Indels: 14
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
24 17 0.22
25 5 0.06
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ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.16, T:0.31
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AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
Found at i:13310 original size:32 final size:32
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Indices: 13259--13360 Score: 197
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13249 CTTATTTCAG
13259 AGTAATTAAG-TTAAAAAGTAAAATGGTAATC
1 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
13290 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
1 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
13322 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
1 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
13354 AGTAATT
1 AGTAATT
13361 GGCTTATTTC
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 0, Indels: 1
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
31 10 0.14
32 60 0.86
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AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
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Indices: 13322--13460 Score: 233
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13312 AATGGTAATC
*
13322 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTATTTCAA
1 AGTAATTAAG-TTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATTCAA
*
13373 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATTCAG
1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATTCAA
* *
13423 AGTAATTATGTTAAAAACTAAAATGGTAATCAGTAATT
1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATT
13461 AAGTTAAGAA
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 4, Indels: 1
0.94 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
50 74 0.88
51 10 0.12
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Consensus pattern (50 bp):
AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATTCAA
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Indices: 13423--13490 Score: 93
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13413 CTTAATTCAG
*
13423 AGTAATTATGTTAA-AAACTAAAATGGTAATC
1 AGTAATTAAGTTAAGAAA-TAAAATGGTAATC
*
13454 AGTAATTAAGTTAAGAAATAAGATGGTAATC
1 AGTAATTAAGTTAAGAAATAAAATGGTAATC
*
13485 TGTAAT
1 AGTAAT
13491 GGGCTTAATT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 30 0.91
32 3 0.09
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (31 bp):
AGTAATTAAGTTAAGAAATAAAATGGTAATC
Found at i:13490 original size:81 final size:81
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Indices: 13197--13571 Score: 392
Period size: 81 Copynumber: 4.6 Consensus size: 81
13187 TAATTAAGTT
* * * * * *
13197 TAAAA-GGTAATCAGTAATTAAATTAAGAAGTAAGATGGTAATCTGTAATGGGCTTATTTCAGAG
1 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAAAG
13261 TAATTAAGTTAAAAAG
66 TAATTAAGTTAAAAAG
** *
13277 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAA---AA
1 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAG-TTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAA-TGGGCTTAATTCAA
* **
13339 AGTAA--AATGGTAATCAG
64 AGTAATTAA-GTTAAAAAG
* * *
13356 T-AATTGGCTTATTTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATT
1 TAAAATGG--TA-ATC--AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATT
* * *
13420 CAGAGTAATTATGTTAAAAAC
61 CAAAGTAATTAAGTTAAAAAG
* *
13441 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTAAGAAA-TAAGATGGTAATCTGTAATGGGCTTAATTCAAA
1 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTAA-AAAGTAAAATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAAA
13505 GTAATTAAGTTAAAAAG
65 GTAATTAAGTTAAAAAG
*
13522 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTGT-AAAAGTAAAA-GAATAATCAGTAAT
1 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGT-TAAAAAGTAAAATG-GTAATCAGTAAT
13572 TAAGTTAAGA
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 34, Indels: 37
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
78 7 0.03
79 7 0.03
80 17 0.07
81 121 0.50
82 53 0.22
83 17 0.07
84 8 0.03
85 6 0.02
86 6 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (81 bp):
TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAAAG
TAATTAAGTTAAAAAG
Found at i:13510 original size:131 final size:133
Alignment explanation
Indices: 13290--13541 Score: 420
Period size: 131 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
13280 AATGGTAATC
*
13290 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCA
1 AGTAATTAAGTTTAAAAACTAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCA
* *
13355 GTAATTGGCTTATTTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATT
66 GTAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATT
13420 CAG
131 CAG
* *
13423 AGTAATTATG-TTAAAAACTAAAATGGTAATCAGTAATTAAG-TTAAGAAA-TAAGATGGTAATC
1 AGTAATTAAGTTTAAAAACTAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAA-AAAGTAAAATGGTAATC
*
13485 TGTAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATT
65 AGTAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATT
13542 AAGTGTAAAA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 6, Indels: 4
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
131 70 0.62
132 33 0.29
133 9 0.08
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (133 bp):
AGTAATTAAGTTTAAAAACTAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCA
GTAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATT
CAG
Found at i:13542 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 13504--13595 Score: 125
Period size: 31 Copynumber: 3.0 Consensus size: 31
13494 CTTAATTCAA
13504 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
*
13535 AGTAATTAAGTGT-AAAAGTAAAA-GAATAATC
1 AGTAATTAAGT-TAAAAAGTAAAATG-GTAATC
* *
13566 AGTAATTAAGTTAAGAAGTAAGATGGTAAT
1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAAT
13596 TTGCAATGGG
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 8
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.04
31 49 0.92
32 2 0.04
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (31 bp):
AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
Found at i:13565 original size:112 final size:113
Alignment explanation
Indices: 13423--13743 Score: 465
Period size: 112 Copynumber: 2.9 Consensus size: 113
13413 CTTAATTCAG
* * *
13423 AGTAATTATGT-TAAAAACTAAAATG-GTAATCAGTAATTAAGTTAAGAAATAAGATGGTAATCT
1 AGTAATTAAGTGTAAAAAGTAAAA-GAATAATCAGTAATTAAGTTAAGAAATAAGATGGTAATCT
13486 GTAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
65 GTAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
* *
13535 AGTAATTAAGTGT-AAAAGTAAAAGAATAATCAGTAATTAAGTTAAGAAGTAAGATGGTAATTTG
1 AGTAATTAAGTGTAAAAAGTAAAAGAATAATCAGTAATTAAGTTAAGAAATAAGATGGTAATCTG
*
13599 CAATGGGCTTAATTCAGAA-TAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
66 TAATGGGCTTAATTCA-AAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
* * * * *
13647 AGTAATTATGTTTAAAAAGTAAAAGAATAATCAGTAATTAAGTTAAGACATAAGATGTTAATCAG
1 AGTAATTAAGTGTAAAAAGTAAAAGAATAATCAGTAATTAAGTTAAGAAATAAGATGGTAATCTG
* *
13712 TAATTGGCTTAATTC--AGTAATCAAGTTAAAAA
66 TAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAA
13744 ATTAAAGAGG
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 16, Indels: 11
0.87 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
110 1 0.01
111 15 0.08
112 110 0.59
113 62 0.33
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (113 bp):
AGTAATTAAGTGTAAAAAGTAAAAGAATAATCAGTAATTAAGTTAAGAAATAAGATGGTAATCTG
TAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC
Found at i:13663 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 13618--13716 Score: 112
Period size: 32 Copynumber: 3.2 Consensus size: 31
13608 TAATTCAGAA
*
13618 TAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAG
1 TAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGATAATCAG
*
13649 TAATTATGTTTAAAAAGTAAAA-GAATAATCAG
1 TAATTAAG-TTAAAAAGTAAAATG-ATAATCAG
* * *
13681 TAATTAAGTTAAGACA-TAAGATGTTAATCAG
1 TAATTAAGTTAA-AAAGTAAAATGATAATCAG
13712 TAATT
1 TAATT
13717 GGCTTAATTC
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 6, Indels: 8
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
31 28 0.48
32 30 0.52
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (31 bp):
TAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGATAATCAG
Found at i:13730 original size:48 final size:51
Alignment explanation
Indices: 13677--13795 Score: 127
Period size: 48 Copynumber: 2.3 Consensus size: 51
13667 AAAAGAATAA
* * * * *
13677 TCAGTAATTAAGTTAAGACA-T-AAGATGTTAATCAGTA-ATTGGCTTAAT
1 TCAGTAATTAAGTTAAAAAATTAAAGAGGGTAACCAGTAGATTGGCTTAAT
*
13725 TCAGTAATCAAGTTAAAAAATTAAAGAGGGTAACCAGTAGTGATTGGCTTAAT
1 TCAGTAATTAAGTTAAAAAATTAAAGAGGGTAACCAGTA--GATTGGCTTAAT
13778 TCAAAGTAATTAAGTTAA
1 TC--AGTAATTAAGTTAA
13796 TTAAGAAGCT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 7, Indels: 7
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
48 17 0.30
49 1 0.02
50 13 0.23
53 13 0.23
55 13 0.23
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (51 bp):
TCAGTAATTAAGTTAAAAAATTAAAGAGGGTAACCAGTAGATTGGCTTAAT
Found at i:15148 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 15125--15164 Score: 64
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
15115 GTGGACTTAA
*
15125 GAAATAGAT-AGTAAATAATG
1 GAAATAGATGAATAAATAATG
15145 GAAATAGATGAATAAATAAT
1 GAAATAGATGAATAAATAAT
15165 AGAATTAAGG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.50
21 9 0.50
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.17, T:0.25
Consensus pattern (21 bp):
GAAATAGATGAATAAATAATG
Found at i:17975 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17953--17986 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
17943 GAATATGAAT
*
17953 CTGTTATTATTATAAAA
1 CTGTTATTATTAGAAAA
17970 CTGTTATTATTAGAAAA
1 CTGTTATTATTAGAAAA
17987 ATCGTATAGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
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Consensus pattern (17 bp):
CTGTTATTATTAGAAAA
Done.