Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01022330.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22363, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 25980
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.17, T:0.32


Found at i:11496 original size:29 final size:30

Alignment explanation

Indices: 11436--11515 Score: 108 Period size: 29 Copynumber: 2.7 Consensus size: 30 11426 GCTAAATACC * * 11436 CAAAAAAATCCCTTATGTTTTGCTTTTGGGA 1 CAAAATAATCCCTTATGTTTT-CTTTCGGGA 11467 CAAAATAATCCCTTATGTTTT-TTTCGGGA 1 CAAAATAATCCCTTATGTTTTCTTTCGGGA * * 11496 CAAATTAATCCCTTACGTTT 1 CAAAATAATCCCTTATGTTT 11516 CAAAAATGAG Statistics Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 2 0.88 0.08 0.04 Matches are distributed among these distances: 29 25 0.56 31 20 0.44 ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.12, T:0.40 Consensus pattern (30 bp): CAAAATAATCCCTTATGTTTTCTTTCGGGA Found at i:11678 original size:30 final size:30 Alignment explanation

Indices: 11644--11732 Score: 124 Period size: 31 Copynumber: 2.9 Consensus size: 30 11634 ACTAATTTGT * * 11644 CCAAAAAAAAAACGTAAGGGATTTTTTTTC 1 CCAAAAGAAAAACATAAGGGATTTTTTTTC * * 11674 CCAAAAGAAAAACATAAAGGATTTATTTGTC 1 CCAAAAGAAAAACATAAGGGATTT-TTTTTC * 11705 CCAAAAGAAAAACATTAGGGATTTTTTT 1 CCAAAAGAAAAACATAAGGGATTTTTTT 11733 AGTATTTAGT Statistics Matches: 51, Mismatches: 7, Indels: 2 0.85 0.12 0.03 Matches are distributed among these distances: 30 24 0.47 31 27 0.53 ACGTcount: A:0.45, C:0.12, G:0.13, T:0.29 Consensus pattern (30 bp): CCAAAAGAAAAACATAAGGGATTTTTTTTC Found at i:11707 original size:31 final size:31 Alignment explanation

Indices: 11629--11728 Score: 123 Period size: 30 Copynumber: 3.3 Consensus size: 31 11619 CCACGTCAGC * * * * 11629 AAGGGACTAATTTGT-CCAAAAAAAAAACGT 1 AAGGGATTTATTTGTCCCAAAAGAAAAACAT * 11659 AAGGGATTT-TTTTTCCCAAAAGAAAAACAT 1 AAGGGATTTATTTGTCCCAAAAGAAAAACAT * 11689 AAAGGATTTATTTGTCCCAAAAGAAAAACAT 1 AAGGGATTTATTTGTCCCAAAAGAAAAACAT * 11720 TAGGGATTT 1 AAGGGATTT 11729 TTTTAGTATT Statistics Matches: 59, Mismatches: 9, Indels: 3 0.83 0.13 0.04 Matches are distributed among these distances: 29 4 0.07 30 28 0.47 31 27 0.46 ACGTcount: A:0.45, C:0.12, G:0.16, T:0.27 Consensus pattern (31 bp): AAGGGATTTATTTGTCCCAAAAGAAAAACAT Found at i:11787 original size:7 final size:7 Alignment explanation

Indices: 11777--11804 Score: 56 Period size: 7 Copynumber: 4.0 Consensus size: 7 11767 AAATTGATTT 11777 TTTTTTC 1 TTTTTTC 11784 TTTTTTC 1 TTTTTTC 11791 TTTTTTC 1 TTTTTTC 11798 TTTTTTC 1 TTTTTTC 11805 CTTCTCCTCC Statistics Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 7 21 1.00 ACGTcount: A:0.00, C:0.14, G:0.00, T:0.86 Consensus pattern (7 bp): TTTTTTC Found at i:12104 original size:126 final size:126 Alignment explanation

Indices: 11895--12125 Score: 315 Period size: 126 Copynumber: 1.8 Consensus size: 126 11885 TCCCTAAAAA * * 11895 AAAATGGTAAAGATAAAATAGTTATAAAAATATTGAATTTTAATTAAACAAAAATAGAATTTTTG 1 AAAATGGTAAAAATAAAATAGTTATAAAAATATTGAATTTTAATTAAACAAAAATAGAATTTTTA * 11960 GTAAAATAAAACTGTAAAAGTTTAAATAAT-GTCATTTAAGAAATATATTTAATTAAAATAGT 66 ATAAAATAAAACTGTAAAAGTTTAAA-AATGGT-ATTTAAGAAATATATTTAATTAAAATAGT * * * * 12022 AAAATGGTAAAAATAAAATAGTTATAAATATATT-AGA-TTTGATTAAATAAAAATAGAGTTTTT 1 AAAATGGTAAAAATAAAATAGTTATAAAAATATTGA-ATTTTAATTAAACAAAAATAGAATTTTT ** * * 12085 AATTGAGTAAAATTGTAAAAGTTTAAAAATGGTATTTAAGA 65 AATAAAATAAAACTGTAAAAGTTTAAAAATGGTATTTAAGA 12126 GATGTAATCG Statistics Matches: 91, Mismatches: 11, Indels: 6 0.84 0.10 0.06 Matches are distributed among these distances: 125 11 0.12 126 47 0.52 127 33 0.36 ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.12, T:0.35 Consensus pattern (126 bp): AAAATGGTAAAAATAAAATAGTTATAAAAATATTGAATTTTAATTAAACAAAAATAGAATTTTTA ATAAAATAAAACTGTAAAAGTTTAAAAATGGTATTTAAGAAATATATTTAATTAAAATAGT Found at i:12679 original size:31 final size:31 Alignment explanation

Indices: 12590--12665 Score: 152 Period size: 31 Copynumber: 2.5 Consensus size: 31 12580 TTCTCTGATA 12590 TTTTTCTTTTGGGACAAAAAAATCCCTTATG 1 TTTTTCTTTTGGGACAAAAAAATCCCTTATG 12621 TTTTTCTTTTGGGACAAAAAAATCCCTTATG 1 TTTTTCTTTTGGGACAAAAAAATCCCTTATG 12652 TTTTTCTTTTGGGA 1 TTTTTCTTTTGGGA 12666 TAAATCAGTC Statistics Matches: 45, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 31 45 1.00 ACGTcount: A:0.25, C:0.14, G:0.14, T:0.46 Consensus pattern (31 bp): TTTTTCTTTTGGGACAAAAAAATCCCTTATG Found at i:12834 original size:29 final size:30 Alignment explanation

Indices: 12792--12865 Score: 96 Period size: 29 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30 12782 CTCATTTTTG * * 12792 AAACGTAAGGGATTAATTTGTCCCGAAA-A 1 AAACATAAGGGATTAATTTGTCCCAAAACA * * 12821 AAACATAACGGATTATTTTGTCCCAAAAGCA 1 AAACATAAGGGATTAATTTGTCCCAAAA-CA 12852 AAACATAAGGGATT 1 AAACATAAGGGATT 12866 TTTTTGGGTA Statistics Matches: 38, Mismatches: 5, Indels: 2 0.84 0.11 0.04 Matches are distributed among these distances: 29 24 0.63 31 14 0.37 ACGTcount: A:0.43, C:0.15, G:0.18, T:0.24 Consensus pattern (30 bp): AAACATAAGGGATTAATTTGTCCCAAAACA Found at i:13024 original size:31 final size:31 Alignment explanation

Indices: 12980--13109 Score: 179 Period size: 31 Copynumber: 4.2 Consensus size: 31 12970 TTTAATTCAG * * 12980 AGTAACTATGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC 1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC * 13011 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGATAATC 1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC * * * * 13042 AATAATTAAGTTTAAATGTAAAAGGGTAATC 1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC * * 13073 AGTAATTAAGTTAAGAAGTAAGATGGTAATC 1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC 13104 AGTAAT 1 AGTAAT 13110 GGGCTTAATT Statistics Matches: 85, Mismatches: 14, Indels: 0 0.86 0.14 0.00 Matches are distributed among these distances: 31 85 1.00 ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.17, T:0.30 Consensus pattern (31 bp): AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC Found at i:13152 original size:143 final size:142 Alignment explanation

Indices: 12952--13484 Score: 623 Period size: 136 Copynumber: 3.6 Consensus size: 142 12942 GAGGTCAAAA * * * * 12952 ATGGTAATCAATAATTGGTTTAATTCAGAGTAA-CTATGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAA 1 ATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAGAGTAATC-AAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAA * 13016 TTAAGTTAAAAAGTAAAATGATAATCAATAATTAAGTTTAAATGTAAAAGGGTAATCAGTAATTA 65 TTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAATAATTAAGTTTAAATGTAAAA-GGTAATCAGTAATTA * 13081 AGTTAAGAAGTAAG 129 AATTAAGAAGTAAG * 13095 ATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAGAGTAATCAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATTAGTAAT 1 ATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAGAGTAATCAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAAT 13160 TAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAATAATTAAG--T---T-TAAAAGGTAATCAGTAATTAAA 66 TAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAATAATTAAGTTTAAATGTAAAAGGTAATCAGTAATTAAA 13219 TTAAGAAGTAAG 131 TTAAGAAGTAAG * * * 13231 ATGGTAATCTGTAATGGGCTTATTTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAAT 1 ATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAGAGTAATCAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAAT * * 13296 TAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATT 66 TAAG-TTAAAAAGTAAAATGGTAATCAATAATTAAGTTT-AAATGTAAAA-GGTAATCAGT-A-- * 13361 GGCTTATTTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAA 125 -----A-TT---A--AATTAAG-----AAGTAAG * * * * 13395 ATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATTCAGAGTAATTATGTTAAAAACTAAAATGGTAATCAGTAAT 1 ATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAGAGTAATCAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAAT * 13460 TAAGTTAAGAAA-TAAGATGGTAATC 66 TAAGTTAA-AAAGTAAAATGGTAATC 13485 TGTAATGGGC Statistics Matches: 340, Mismatches: 20, Indels: 40 0.85 0.05 0.10 Matches are distributed among these distances: 136 93 0.27 137 35 0.10 138 1 0.00 139 1 0.00 141 1 0.00 143 92 0.27 144 6 0.02 145 10 0.03 146 1 0.00 153 1 0.00 154 2 0.01 157 1 0.00 159 7 0.02 163 16 0.05 164 73 0.21 ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.17, T:0.32 Consensus pattern (142 bp): ATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAGAGTAATCAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAAT TAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAATAATTAAGTTTAAATGTAAAAGGTAATCAGTAATTAAA TTAAGAAGTAAG Found at i:13165 original size:31 final size:31 Alignment explanation

Indices: 13123--13245 Score: 134 Period size: 31 Copynumber: 4.2 Consensus size: 31 13113 CTTAATTCAG * * 13123 AGTAATCAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATT 1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC 13154 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC 1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC * 13185 AATAATTAAGTT------TAAAA-GGTAATC 1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC * * * 13209 AGTAATTAAATTAAGAAGTAAGATGGTAATC 1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC * 13240 TGTAAT 1 AGTAAT 13246 GGGCTTATTT Statistics Matches: 78, Mismatches: 7, Indels: 14 0.79 0.07 0.14 Matches are distributed among these distances: 24 17 0.22 25 5 0.06 30 4 0.05 31 52 0.67 ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.16, T:0.31 Consensus pattern (31 bp): AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC Found at i:13310 original size:32 final size:32 Alignment explanation

Indices: 13259--13360 Score: 197 Period size: 32 Copynumber: 3.2 Consensus size: 32 13249 CTTATTTCAG 13259 AGTAATTAAG-TTAAAAAGTAAAATGGTAATC 1 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATC 13290 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATC 1 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATC 13322 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATC 1 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATC 13354 AGTAATT 1 AGTAATT 13361 GGCTTATTTC Statistics Matches: 70, Mismatches: 0, Indels: 1 0.99 0.00 0.01 Matches are distributed among these distances: 31 10 0.14 32 60 0.86 ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.16, T:0.31 Consensus pattern (32 bp): AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATC Found at i:13394 original size:50 final size:50 Alignment explanation

Indices: 13322--13460 Score: 233 Period size: 50 Copynumber: 2.8 Consensus size: 50 13312 AATGGTAATC * 13322 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTATTTCAA 1 AGTAATTAAG-TTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATTCAA * 13373 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATTCAG 1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATTCAA * * 13423 AGTAATTATGTTAAAAACTAAAATGGTAATCAGTAATT 1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATT 13461 AAGTTAAGAA Statistics Matches: 84, Mismatches: 4, Indels: 1 0.94 0.04 0.01 Matches are distributed among these distances: 50 74 0.88 51 10 0.12 ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.16, T:0.34 Consensus pattern (50 bp): AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATTCAA Found at i:13458 original size:31 final size:31 Alignment explanation

Indices: 13423--13490 Score: 93 Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31 13413 CTTAATTCAG * 13423 AGTAATTATGTTAA-AAACTAAAATGGTAATC 1 AGTAATTAAGTTAAGAAA-TAAAATGGTAATC * 13454 AGTAATTAAGTTAAGAAATAAGATGGTAATC 1 AGTAATTAAGTTAAGAAATAAAATGGTAATC * 13485 TGTAAT 1 AGTAAT 13491 GGGCTTAATT Statistics Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2 0.87 0.08 0.05 Matches are distributed among these distances: 31 30 0.91 32 3 0.09 ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.16, T:0.32 Consensus pattern (31 bp): AGTAATTAAGTTAAGAAATAAAATGGTAATC Found at i:13490 original size:81 final size:81 Alignment explanation

Indices: 13197--13571 Score: 392 Period size: 81 Copynumber: 4.6 Consensus size: 81 13187 TAATTAAGTT * * * * * * 13197 TAAAA-GGTAATCAGTAATTAAATTAAGAAGTAAGATGGTAATCTGTAATGGGCTTATTTCAGAG 1 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAAAG 13261 TAATTAAGTTAAAAAG 66 TAATTAAGTTAAAAAG ** * 13277 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAA---AA 1 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAG-TTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAA-TGGGCTTAATTCAA * ** 13339 AGTAA--AATGGTAATCAG 64 AGTAATTAA-GTTAAAAAG * * * 13356 T-AATTGGCTTATTTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATT 1 TAAAATGG--TA-ATC--AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATT * * * 13420 CAGAGTAATTATGTTAAAAAC 61 CAAAGTAATTAAGTTAAAAAG * * 13441 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTAAGAAA-TAAGATGGTAATCTGTAATGGGCTTAATTCAAA 1 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTAA-AAAGTAAAATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAAA 13505 GTAATTAAGTTAAAAAG 65 GTAATTAAGTTAAAAAG * 13522 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTGT-AAAAGTAAAA-GAATAATCAGTAAT 1 TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGT-TAAAAAGTAAAATG-GTAATCAGTAAT 13572 TAAGTTAAGA Statistics Matches: 242, Mismatches: 34, Indels: 37 0.77 0.11 0.12 Matches are distributed among these distances: 78 7 0.03 79 7 0.03 80 17 0.07 81 121 0.50 82 53 0.22 83 17 0.07 84 8 0.03 85 6 0.02 86 6 0.02 ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.17, T:0.31 Consensus pattern (81 bp): TAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATGGGCTTAATTCAAAG TAATTAAGTTAAAAAG Found at i:13510 original size:131 final size:133 Alignment explanation

Indices: 13290--13541 Score: 420 Period size: 131 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133 13280 AATGGTAATC * 13290 AGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCA 1 AGTAATTAAGTTTAAAAACTAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCA * * 13355 GTAATTGGCTTATTTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATT 66 GTAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATT 13420 CAG 131 CAG * * 13423 AGTAATTATG-TTAAAAACTAAAATGGTAATCAGTAATTAAG-TTAAGAAA-TAAGATGGTAATC 1 AGTAATTAAGTTTAAAAACTAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAA-AAAGTAAAATGGTAATC * 13485 TGTAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATT 65 AGTAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATT 13542 AAGTGTAAAA Statistics Matches: 112, Mismatches: 6, Indels: 4 0.92 0.05 0.03 Matches are distributed among these distances: 131 70 0.62 132 33 0.29 133 9 0.08 ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.17, T:0.33 Consensus pattern (133 bp): AGTAATTAAGTTTAAAAACTAAAATGGTAATCAGTAATTAAGTTTAAAAAGTAAAATGGTAATCA GTAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAGTAATTGGCTTAATT CAG Found at i:13542 original size:31 final size:31 Alignment explanation

Indices: 13504--13595 Score: 125 Period size: 31 Copynumber: 3.0 Consensus size: 31 13494 CTTAATTCAA 13504 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC 1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC * 13535 AGTAATTAAGTGT-AAAAGTAAAA-GAATAATC 1 AGTAATTAAGT-TAAAAAGTAAAATG-GTAATC * * 13566 AGTAATTAAGTTAAGAAGTAAGATGGTAAT 1 AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAAT 13596 TTGCAATGGG Statistics Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 8 0.82 0.06 0.12 Matches are distributed among these distances: 30 2 0.04 31 49 0.92 32 2 0.04 ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.18, T:0.28 Consensus pattern (31 bp): AGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC Found at i:13565 original size:112 final size:113 Alignment explanation

Indices: 13423--13743 Score: 465 Period size: 112 Copynumber: 2.9 Consensus size: 113 13413 CTTAATTCAG * * * 13423 AGTAATTATGT-TAAAAACTAAAATG-GTAATCAGTAATTAAGTTAAGAAATAAGATGGTAATCT 1 AGTAATTAAGTGTAAAAAGTAAAA-GAATAATCAGTAATTAAGTTAAGAAATAAGATGGTAATCT 13486 GTAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC 65 GTAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC * * 13535 AGTAATTAAGTGT-AAAAGTAAAAGAATAATCAGTAATTAAGTTAAGAAGTAAGATGGTAATTTG 1 AGTAATTAAGTGTAAAAAGTAAAAGAATAATCAGTAATTAAGTTAAGAAATAAGATGGTAATCTG * 13599 CAATGGGCTTAATTCAGAA-TAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC 66 TAATGGGCTTAATTCA-AAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC * * * * * 13647 AGTAATTATGTTTAAAAAGTAAAAGAATAATCAGTAATTAAGTTAAGACATAAGATGTTAATCAG 1 AGTAATTAAGTGTAAAAAGTAAAAGAATAATCAGTAATTAAGTTAAGAAATAAGATGGTAATCTG * * 13712 TAATTGGCTTAATTC--AGTAATCAAGTTAAAAA 66 TAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAA 13744 ATTAAAGAGG Statistics Matches: 188, Mismatches: 16, Indels: 11 0.87 0.07 0.05 Matches are distributed among these distances: 110 1 0.01 111 15 0.08 112 110 0.59 113 62 0.33 ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.17, T:0.31 Consensus pattern (113 bp): AGTAATTAAGTGTAAAAAGTAAAAGAATAATCAGTAATTAAGTTAAGAAATAAGATGGTAATCTG TAATGGGCTTAATTCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATC Found at i:13663 original size:32 final size:31 Alignment explanation

Indices: 13618--13716 Score: 112 Period size: 32 Copynumber: 3.2 Consensus size: 31 13608 TAATTCAGAA * 13618 TAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGGTAATCAG 1 TAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGATAATCAG * 13649 TAATTATGTTTAAAAAGTAAAA-GAATAATCAG 1 TAATTAAG-TTAAAAAGTAAAATG-ATAATCAG * * * 13681 TAATTAAGTTAAGACA-TAAGATGTTAATCAG 1 TAATTAAGTTAA-AAAGTAAAATGATAATCAG 13712 TAATT 1 TAATT 13717 GGCTTAATTC Statistics Matches: 58, Mismatches: 6, Indels: 8 0.81 0.08 0.11 Matches are distributed among these distances: 31 28 0.48 32 30 0.52 ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.14, T:0.32 Consensus pattern (31 bp): TAATTAAGTTAAAAAGTAAAATGATAATCAG Found at i:13730 original size:48 final size:51 Alignment explanation

Indices: 13677--13795 Score: 127 Period size: 48 Copynumber: 2.3 Consensus size: 51 13667 AAAAGAATAA * * * * * 13677 TCAGTAATTAAGTTAAGACA-T-AAGATGTTAATCAGTA-ATTGGCTTAAT 1 TCAGTAATTAAGTTAAAAAATTAAAGAGGGTAACCAGTAGATTGGCTTAAT * 13725 TCAGTAATCAAGTTAAAAAATTAAAGAGGGTAACCAGTAGTGATTGGCTTAAT 1 TCAGTAATTAAGTTAAAAAATTAAAGAGGGTAACCAGTA--GATTGGCTTAAT 13778 TCAAAGTAATTAAGTTAA 1 TC--AGTAATTAAGTTAA 13796 TTAAGAAGCT Statistics Matches: 57, Mismatches: 7, Indels: 7 0.80 0.10 0.10 Matches are distributed among these distances: 48 17 0.30 49 1 0.02 50 13 0.23 53 13 0.23 55 13 0.23 ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.18, T:0.32 Consensus pattern (51 bp): TCAGTAATTAAGTTAAAAAATTAAAGAGGGTAACCAGTAGATTGGCTTAAT Found at i:15148 original size:20 final size:21 Alignment explanation

Indices: 15125--15164 Score: 64 Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21 15115 GTGGACTTAA * 15125 GAAATAGAT-AGTAAATAATG 1 GAAATAGATGAATAAATAATG 15145 GAAATAGATGAATAAATAAT 1 GAAATAGATGAATAAATAAT 15165 AGAATTAAGG Statistics Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1 0.90 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 20 9 0.50 21 9 0.50 ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.17, T:0.25 Consensus pattern (21 bp): GAAATAGATGAATAAATAATG Found at i:17975 original size:17 final size:17 Alignment explanation

Indices: 17953--17986 Score: 59 Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17 17943 GAATATGAAT * 17953 CTGTTATTATTATAAAA 1 CTGTTATTATTAGAAAA 17970 CTGTTATTATTAGAAAA 1 CTGTTATTATTAGAAAA 17987 ATCGTATAGA Statistics Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0 0.94 0.06 0.00 Matches are distributed among these distances: 17 16 1.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.09, T:0.44 Consensus pattern (17 bp): CTGTTATTATTAGAAAA Done.