Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022399.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22432, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 1--985 Score: 1417
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1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
* * *
28 ATACATGTAGTTGTATATTCAGTTGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
*** *
55 -GGTATGTAGTTGCATATTCAATAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
* *
81 --TCATGTAGTTTCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
106 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
133 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
160 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
*
187 --TCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
* *
212 -GACATGTAGTTGCATATTTAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
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1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
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1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
**
292 -GGCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
*
318 --TCATGTAGTTGGGTCATGTAGTTGCATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTT--G-C----A--T--ATTCAGTAGGG
*
354 -GACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
*
380 -CACATGTAGTTGCATATTTAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
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1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
433 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
*
460 --TCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
* * *
485 -GACATGTAGTTTCATATTTAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
511 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
538 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
565 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
* *
592 --TCATGTTGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
617 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
644 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
*
671 --TCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
* *
696 --TCATGTAGTTGCATATTCAGTAAGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
721 -CACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
747 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
** *
774 --TTATTTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
799 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
*
826 ACGCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
853 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
*
880 --TCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
905 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
932 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
959 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
986 TCATGTAGTT
Statistics
Matches: 879, Mismatches: 52, Indels: 54
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
25 195 0.22
26 147 0.17
27 510 0.58
28 2 0.00
30 1 0.00
32 1 0.00
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ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.27, T:0.33
Consensus pattern (27 bp):
ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
Found at i:192 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 1--1389 Score: 1585
Period size: 79 Copynumber: 17.8 Consensus size: 79
* * ***
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATACATGTAGTTGTATATTCAGTTGGGGGTATGTAGTT
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA-ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTT
*
66 GCATATTCAATAGGG
65 GCATATTCAGTAGGG
* *
81 --TCATGTAGTTTCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGT
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA-ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-CACATGTAGT
144 TGCATATTCAGTAGGG
64 TGCATATTCAGTAGGG
* *
160 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-TCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGGACATGTAGTTG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGAACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTTG
*
224 CATATTTAGTAGGG
66 CATATTCAGTAGGG
**
238 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGGGCATGTAGTT
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA-ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTT
303 GCATATTCAGTAGGG
65 GCATATTCAGTAGGG
* *
318 --TCATGTAGTTGGGTCATGTAGTTGCATTCAGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGC
1 ACACATGTAGTT--G-C----A--T--ATTCAGTAGGGAACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGC
*
381 ACATGTAGTTGCATATTTAGTAGGG
55 ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
*
406 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-TCATGTAGTT
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA-ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTT
470 GCATATTCAGTAGGG
65 GCATATTCAGTAGGG
* * *
485 -GACATGTAGTTTCATATTTAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGT
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA-ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-CACATGTAGT
549 TGCATATTCAGTAGGG
64 TGCATATTCAGTAGGG
* *
565 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-TCATGTTGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTT
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGAACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-CACATGTAGTT
629 GCATATTCAGTAGGG
65 GCATATTCAGTAGGG
* *
644 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-TCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-TCATGTAGTTG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGAACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTTG
*
707 CATATTCAGTAAGG
66 CATATTCAGTAGGG
** *
721 -CACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-TTATTTAGTT
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA-ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTT
784 GCATATTCAGTAGGG
65 GCATATTCAGTAGGG
*
799 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACGCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGT
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA-ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-CACATGTAGT
864 TGCATATTCAGTAGGG
64 TGCATATTCAGTAGGG
*
880 --TCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGT
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA-ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-CACATGTAGT
943 TGCATATTCAGTAGGG
64 TGCATATTCAGTAGGG
* ** *
959 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-TCATGTAGTTG---GGTCATGTAGTTG--CA--TA-T
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGAACATGTAGTTGCATATTCA-GTAG-GGCACATGTAGT
* *
1015 T-C--AGT-AG--GGAT
64 TGCATATTCAGTAGG-G
** *
1026 ACATGTAGT---TGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-TCATGTAGT
1 ACACAT-GTAGTTGCATATTCAGTAGGGA-ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGT
*
1087 TGCATACTCAGTAGGG
64 TGCATATTCAGTAGGG
* * * * *
1103 ACACTTGTAGTTGCATACTCAGTAGGGACACTTGTAGTTGCATATTCTGTAGGGGACATGTAGTT
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA-ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTT
1168 GCATATTCAGTAGGG
65 GCATATTCAGTAGGG
* * * * * *
1183 ACACATGTAGTTGCATATTCGGTAGGGAATATGCAGTTGCATATTTAGTTGGGGACA--T-GTTG
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGAACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTTG
1245 CATATTCAGTAGGG
66 CATATTCAGTAGGG
* * * * * *
1259 -GACATCTAGTTGAATATTCAATA-GGATCATGTAGTTGCATATT---TA-GG-ATCATGTAGTA
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGAACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCA-CATGTAGTT
* * *
1317 GCAAATTTAGTA-GC
65 GCATATTCAGTAGGG
* * *
1331 AAACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-TCATGTA-TATGCATATTTAGTAGAGG-ACATGT
1 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGAACATGTAGT-TGCATATTCAGTAG-GGCACATGT
1390 TTTTTTTACA
Statistics
Matches: 1149, Mismatches: 96, Indels: 131
0.84 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
65 16 0.01
66 2 0.00
67 14 0.01
68 5 0.00
69 9 0.01
70 7 0.01
71 4 0.00
72 7 0.01
73 49 0.04
74 19 0.02
75 22 0.02
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80 146 0.13
81 94 0.08
83 1 0.00
85 1 0.00
87 2 0.00
88 49 0.04
89 11 0.01
90 9 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.13, G:0.27, T:0.33
Consensus pattern (79 bp):
ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGAACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTTG
CATATTCAGTAGGG
Found at i:333 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 315--341 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
305 ATATTCAGTA
315 GGGTCATGTAGTT
1 GGGTCATGTAGTT
328 GGGTCATGTAGTT
1 GGGTCATGTAGTT
341 G
1 G
342 CATTCAGTAG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.07, G:0.41, T:0.37
Consensus pattern (13 bp):
GGGTCATGTAGTT
Found at i:367 original size:62 final size:64
Alignment explanation
Indices: 268--391 Score: 207
Period size: 62 Copynumber: 2.0 Consensus size: 64
258 AGTAGGGACA
* *
268 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGGGCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-TCATGTAGTTGGGT
1 CATGTAGTTGCA-ATTCAGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTTGGGT
332 CATGTAGTTGC-ATTCAGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTTG
1 CATGTAGTTGCAATTCAGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTTG
392 CATATTTAGT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 2, Indels: 3
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
62 36 0.63
63 10 0.18
64 11 0.19
ACGTcount: A:0.23, C:0.12, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (64 bp):
CATGTAGTTGCAATTCAGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTTGGGT
Found at i:647 original size:106 final size:104
Alignment explanation
Indices: 332--1389 Score: 1384
Period size: 106 Copynumber: 10.3 Consensus size: 104
322 GTAGTTGGGT
332 CATGTAGTTGC--ATTCAGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTTGCAT
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTA-GGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-ACATGTAGTTGCAT
*
395 ATTTAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
64 ATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
* *
436 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGGACATGTAGTTTCATA
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTA-GGGACATGTAGTTGCATA
*
501 TTTAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
65 TTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
* *
541 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTTGTTGCAT
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG--ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCAT
606 ATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
64 ATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
* *
647 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGCATAT
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATAT
*
712 TCAGTAAGG-CACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
66 TCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
** *
750 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTTATTTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCAT
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG--ACATGTAGTTGCAT
*
815 ATTCAGTAGGGACGCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
64 ATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
*
856 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCAT
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG--ACATGTAGTTGCAT
921 ATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
64 ATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
* *
962 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTA---G-----T---T-GGGTCATGTAGTTGCATAT
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATAT
*
1015 TCAGTAGGGATACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
66 TCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
* *
1054 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGCATACTCAGTAGGGACACTTGTAGTTGCAT
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA--TGTAGTTGCAT
* * * *
1119 ACTCAGTAGGGACACTTGTAGTTGCATATTCTGTAGGG-GA
64 ATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
* * *
1159 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCGGTAGGGAATATGCAGTTGCA
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG--ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-ACATGTAGTTGCA
* * * *
1224 TATTTAGTTGGG-GACA--T-GTTGCATATTCAGTAGGG-GA
63 TATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
* * * * *
1261 CATCTAGTTGAATATTCAATA-GGATCATGTAGTTGCATATT---TA-GGATCATGTAGTAGCAA
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA-CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA-CATGTAGTTGCAT
* * * *
1321 ATTTAGTA-GCAAACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG--T
64 ATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
*
1359 CATGTA-TATGCATATTTAGTAGAGGACATGT
1 CATGTAGT-TGCATATTCAGTAG-GGACATGT
1390 TTTTTTTACA
Statistics
Matches: 868, Mismatches: 52, Indels: 73
0.87 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
92 84 0.10
94 3 0.00
95 4 0.00
96 21 0.02
97 3 0.00
98 17 0.02
99 24 0.03
100 20 0.02
101 2 0.00
102 37 0.04
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104 63 0.07
105 152 0.18
106 314 0.36
107 43 0.05
108 2 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.13, G:0.27, T:0.33
Consensus pattern (104 bp):
CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATAT
TCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
Found at i:1001 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 983--1009 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
973 ATATTCAGTA
983 GGGTCATGTAGTT
1 GGGTCATGTAGTT
996 GGGTCATGTAGTT
1 GGGTCATGTAGTT
1009 G
1 G
1010 CATATTCAGT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.07, G:0.41, T:0.37
Consensus pattern (13 bp):
GGGTCATGTAGTT
Found at i:1013 original size:38 final size:40
Alignment explanation
Indices: 962--1036 Score: 136
Period size: 38 Copynumber: 1.9 Consensus size: 40
952 AGTAGGGACA
962 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-T-CATGTAGTTGGGT
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATACATGTAGTTGGGT
1000 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATACATGTAGTTG
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATACATGTAGTTG
1037 CATATTCAGT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
38 24 0.69
39 1 0.03
40 10 0.29
ACGTcount: A:0.24, C:0.11, G:0.29, T:0.36
Consensus pattern (40 bp):
CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATACATGTAGTTGGGT
Found at i:1030 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1000--1380 Score: 379
Period size: 27 Copynumber: 14.8 Consensus size: 27
990 GTAGTTGGGT
1000 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
*
1027 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
1054 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-T-
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
* *
1079 CATGTAGTTGCATACTCAGTAGGGACA
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
* * *
1106 CTTGTAGTTGCATACTCAGTAGGGACA
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
* * *
1133 CTTGTAGTTGCATATTCTGTAGGG-GA
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
*
1159 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACA
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
*
1186 CATGTAGTTGCATATTCGGTAGGGA-A
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
* * * * *
1212 TATGCAGTTGCATATTTAGTTGGG-GA
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
*
1238 CA--T-GTTGCATATTCAGTAGGG-GA
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
* * *
1261 CATCTAGTTGAATATTCAATA-GGAT-
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
1286 CATGTAGTTGCATATT---TA-GGAT-
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
* * * * *
1308 CATGTAGTAGCAAATTTAGTA-GCAAA
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
1334 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-T-
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
*
1359 CATGTA-TATGCATATTTAGTAG
1 CATGTAGT-TGCATATTCAGTAG
1381 AGGACATGTT
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 36, Indels: 30
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
22 20 0.07
23 20 0.07
24 1 0.00
25 63 0.21
26 76 0.25
27 124 0.41
ACGTcount: A:0.28, C:0.13, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (27 bp):
CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATA
Found at i:1065 original size:92 final size:92
Alignment explanation
Indices: 908--1088 Score: 353
Period size: 92 Copynumber: 2.0 Consensus size: 92
898 AGTAGGGACA
908 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC
973 ATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGGGT
66 ATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGGGT
*
1000 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC
1065 ATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTG
66 ATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTG
1089 CATACTCAGT
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
92 88 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.28, T:0.33
Consensus pattern (92 bp):
CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC
ATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGGGT
Found at i:1114 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 343--1389 Score: 1198
Period size: 159 Copynumber: 6.6 Consensus size: 160
333 ATGTAGTTGC
* *
343 ATTCAGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-CACATGTAGTTGCATATTTAGTAGGGA
1 ATTCTGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA
*
407 CACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCA-TGTAGTTG
66 -ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG--ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACTGTAGTTG
* *
471 CATATTCAGTAGGG-GACATGTAGTTTCATA-T
128 CATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATT
* *
502 -TT-AGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ATTCTGTAGGG-GACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
* *
565 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTTGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTG
65 A-ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACAC-TGTAGTTG
630 CATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC--A-T
128 CATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATT
* * * * *
660 ATTCAGTA-GGGTCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG--TCATGTAGTTGCATATTCAGTAAGGC
1 ATTCTGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA
** *
722 ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTTA-TTTAGTTGC
66 ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG--ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACTGTAGTTGC
786 ATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC--A-T
129 ATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATT
*
815 ATTCAGTA-GGGACGCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGG
1 ATTCTGTAGGGGA--CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGG
*
879 G-TCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGT
64 GAACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG--ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACAC-TGTAGT
943 TGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATT
126 TGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATT
* *
978 CAGTAGGGTCATGTAGTTGGGTCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATACATGTAGTTGCATATT
1 -A-T----TC-TGTAG--GGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATT
* *
1043 CAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGCATACTCAGTAGGGACACT
57 CAGTAGGGA-ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACAC-
* *
1108 TGTAGTTGCATACTCAGTAGGGACACTTGTAGTTGC--A-T
120 TGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATT
*
1146 ATTCTGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCGGTAGGGA
1 ATTCTGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA
* * * * * *
1211 ATATGCAGTTGCATATTTAGTTGGGGACA--T-GTTGCATATTCAGTAGGGGACA-TCTAGTTGA
66 ACATGTAGTTGCATATTCAG-TAGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTA-GGGACACTGTAGTTGC
* *
1272 ATATTCAATA-GGA-TCATGTAGTTGC--A-T
129 ATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATT
* * * * *
1299 A-T-T-TA--GGATCATGTAGTAGCAAATTTAGTA-GCAAACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
1 ATTCTGTAGGGGA-CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
* *
1358 -TCATGTA-TATGCATATTTAGTAGAGGACATGT
65 AACATGTAGT-TGCATATTCAGTAG-GGACATGT
1390 TTTTTTTACA
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 58, Indels: 84
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
146 3 0.00
147 20 0.03
148 29 0.04
149 19 0.02
150 2 0.00
151 1 0.00
152 1 0.00
153 13 0.02
154 3 0.00
155 88 0.11
156 37 0.05
157 87 0.11
158 122 0.15
159 160 0.20
160 50 0.06
161 5 0.01
162 3 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
168 1 0.00
169 3 0.00
170 3 0.00
171 111 0.14
173 27 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.13, G:0.27, T:0.33
Consensus pattern (160 bp):
ATTCTGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGA
ACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACTGTAGTTGCAT
ATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATT
Found at i:1141 original size:198 final size:197
Alignment explanation
Indices: 802--1364 Score: 686
Period size: 198 Copynumber: 3.0 Consensus size: 197
792 AGTAGGGACA
*
802 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACGCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC
* *
867 ATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG
66 ATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGCATACTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATACTCAGTAGGG
932 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTG
131 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG-CACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTG
997 GGT
195 GGT
*
1000 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGATACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC
*
1065 ATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGCATACTCAGTAGGGACACTTGTAGTTGCATACTCAGTAGGG
66 ATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGCATACTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATACTCAGTAGGG
* * * *
1130 ACACTTGTAGTTGCATATTCTGTAGGGGACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGG--A--CA-----
131 ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGG
1186 --
196 GT
* * * * * *
1186 CATGTAGTTGCATATTCGGTAGGGA-ATATGCAGTTGCATATTTAGTTGGG-GACA--T-GTTGC
1 CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC
* * * * * * *
1246 ATATTCAGTAGGGGACATCTAGTTGAATATTCAATA-GGA-TCATGTAGTTGCATA-T--TTA-G
66 ATATTCAGTA-GGGTCATGTAGTTGCATACTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATACTCAGTAGG
* * * * ***
1305 GA-TCATGTAGTAGCAAATTTAGTAGCAAACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTA
130 GACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTA
1365 TATGCATATT
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 33, Indels: 29
0.84 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 42 0.13
176 3 0.01
177 3 0.01
179 2 0.01
180 13 0.04
181 18 0.06
182 21 0.06
184 3 0.01
185 21 0.06
186 24 0.07
193 1 0.00
195 1 0.00
197 25 0.08
198 150 0.46
ACGTcount: A:0.28, C:0.13, G:0.27, T:0.33
Consensus pattern (197 bp):
CATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGACACATGTAGTTGC
ATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGCATACTCAGTAGGGACACATGTAGTTGCATACTCAGTAGGG
ACACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGCACATGTAGTTGCATATTCAGTAGGGTCATGTAGTTGG
GT
Found at i:1308 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1280--1377 Score: 81
Period size: 22 Copynumber: 4.1 Consensus size: 22
1270 GAATATTCAA
1280 TAGGATCATGTAGTTGCATATT
1 TAGGATCATGTAGTTGCATATT
* *
1302 TAGGATCATGTAGTAGCAAATT
1 TAGGATCATGTAGTTGCATATT
*
1324 TAGTAGCAAACATGTAGTTGCATATT
1 TAG--G--ATCATGTAGTTGCATATT
*
1350 CAGTAGGGTCATGTA-TATGCATATT
1 ---TAGGATCATGTAGT-TGCATATT
1375 TAG
1 TAG
1378 TAGAGGACAT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 7, Indels: 16
0.73 0.08 0.19
Matches are distributed among these distances:
22 26 0.43
24 2 0.03
25 14 0.23
26 15 0.25
27 1 0.02
29 3 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.22, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
TAGGATCATGTAGTTGCATATT
Found at i:3050 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1689--4073 Score: 3212
Period size: 331 Copynumber: 7.2 Consensus size: 331
1679 GTAACAAAAA
* * * *
1689 TTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTATTCATTACGGTTTTAAGCTAAAAACGC-TCTTT
1 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGT-TTC
* * * *
1753 AGTGCCCCGACTAAGTTTTGTATGATTTTTGGCATGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
65 GGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
*
1818 AAGCAAATCTCAGCCAAATAGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCATTTTTCGAT
130 AACCAAATCTCAGCCAAATAGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCATTTTTCGAT
* * * *
1883 TTAATTTTAAATTAATTCAGGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAACGTGTAAAAGTCTTCAAT
195 TTAATTTGAAATTAATTCA-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAAT
* *
1948 ATTTTTGACTTTGAATTATATAATTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGTAAAATTTTTG
259 ATTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTG
2013 GGATCAAT
324 GGATCAAT
*
2021 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG-----T--AT---GGTTTTATGCTAAAAACGCG-TTCG
1 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
* * *
2075 GGGCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACCCCTTGAAATATCTAT-TTCATCTA
66 GGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
* * *
2139 ACCAAATCTCAGGCAAATTA-GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGGAATCATGTTTCGAT
131 ACCAAATCTCAGCCAAA-TAGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCATTTTTCGAT
* * *
2203 TTAATTTGATATTAATTTAGAAAAAAAATTGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAA-CGCTTCA
195 TTAATTTGAAATTAATTCAG-AAAAAAA-TGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGC-CTTCA
* * *
2267 ATCTTTTTGACTTTAAATTATAT-TTTTTTATTAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTT
257 ATATTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTT
* *
2331 TCGGAACAAT
322 TGGGATCAAT
* *
2341 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCATGGTTTTAAGCGAAAAAACGC--TTC
1 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGC-TAAAAACGCGTTTC
* *** * *
2404 GGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGCTTTTTAAAACGAAGGCTCCTTGAAATAAT-TATATTAATC
65 GGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAAT-ATCTATATTCATC
* * * * *
2468 TAACAAAATCTCAGCCAAATTGGATTGAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCGGAATCATTTTTCGA
129 TAACCAAATCTCAGCCAAATAGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCATTTTTCGA
* * *
2533 TTCAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAATTGAAAAACGATATTATAAGCGTGAAAAAGCCTTCAAT
194 TTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAAT
* * *
2598 ATTTTTGA-GTTGAATTATATAATTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGTA-GAAAAGTTTTT
259 ATTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTG-AGGAAAAATTTTT
2661 GGGATCAAT
323 GGGATCAAT
*
2670 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
1 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
*
2735 GGGCCCCGACTAAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
66 GGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
* * * *
2800 AGCAAATCTCAGCCAAATAGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAATCATTTTTCGATT
131 ACCAAATCTCAGCCAAATAGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCATTTTTCGATT
*
2865 TAATTTGAAATTAATTCTGGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAATA
196 TAATTTGAAATTAATTC-AGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAATA
* * * * *
2930 TTTTTGACTATGAATTATATAGTTTGTATGAGAATTGTGACAAAAAATTGAGGAAATATTTTTGG
260 TTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGG
2995 GATCAAT
325 GATCAAT
* *
3002 TTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
1 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
* * **
3067 GGTCCCCGACTAAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGTTTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
66 GGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
* * * * *
3132 ACCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTG-TTTTATGAGCATCTA-AATCATGTTTCGAT
131 ACCAAATCTCAGCCAAATAGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC-AGAATCATTTTTCGAT
* * * * * * * *
3195 TTAATTCGAAATTAATTTATAAAAAATTGGAAAAATGATTTTAGAAGTC-TGAAAAACCCTTTAA
195 TTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAG-CGTGAAAAAGCCTTCAA
* * * * *
3259 TATTTTTCG-GTTTGAATTATATATTTTATATGATAATTGTGGTAAAAAATTGATGAAAAATTTT
258 TATTTTT-GACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTT
**
3323 TCAGATCAAT
322 TGGGATCAAT
* * * *
3333 TTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTATCTATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCATTTCG
1 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
* * * * *
3398 GGGCCCCGTCTCAGTTTTGTATGATTGTTGGCACGAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATATA
66 GGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
* * *
3463 ACCAAATCTCAGTCAAATTA-GATTTAAAGATTT-TTATTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCGA
131 ACCAAATCTCAGCCAAA-TAGGATTTAAGGATTTGTT-TTTACGAGCATCAGAATCATTTTTCGA
* *
3526 TTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAATACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
194 TTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAA-TGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAA
* * *
3591 TCTTTTTGACTTTTAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATCGAGGAAAAATTTTT
258 TATTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTT
3656 GGGATCAAT
323 GGGATCAAT
* *
3665 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCG
1 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
* *
3730 GGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTAGCACGAAGGCTCCTTGAAATAAT-TATATTCATCT
66 GGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAAT-ATCTATATTCATCT
* * * * *
3794 AACCAAATCTAAGCCAAA-ATGGATTTAA-GATTTGTTATTACAAGTATCGGAATCA-TTTTCGA
130 AACCAAATCTCAGCCAAATA-GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCATTTTTCGA
* * *
3856 TTTAATTTGAAATTAATTCAGAATAAAATTGAAAAACTATATTAGAAGCGTGAAAAAGGCTTCAA
194 TTTAATTTGAAATTAATTCAGAA-AAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAA
* * * * *
3921 TCTTATCGACTTTGAATTATATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATATT
258 TATTTTTGACTTTGAATTATATA-TTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTT
*
3986 TCGGATCAAT
322 TGGGATCAAT
* * * ** *
3996 TTTTGCAAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATTCATTACGGTTTTAAGCTAAAAACGATTTTCC
1 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
4061 GGGCCCCGACTCA
66 GGGCCCCGACTCA
4074 AAAATTATTT
Statistics
Matches: 1808, Mismatches: 200, Indels: 91
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
319 1 0.00
320 161 0.09
321 105 0.06
322 18 0.01
325 3 0.00
327 3 0.00
328 18 0.01
329 134 0.07
330 287 0.16
331 561 0.31
332 514 0.28
333 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
GGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
ACCAAATCTCAGCCAAATAGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCATTTTTCGATT
TAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAATAT
TTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGG
ATCAAT
Found at i:3505 original size:663 final size:662
Alignment explanation
Indices: 1689--4073 Score: 3277
Period size: 663 Copynumber: 3.6 Consensus size: 662
1679 GTAACAAAAA
* * * *
1689 TTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTATTCATTACGGTTTTAAGCTAAAAACGC-TCTTT
1 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGT-TTC
* * * * *
1753 AGTGCCCCGACTAAGTTTTGTATGATTTTTGGCATGAAGACTCCTTGAAAT-ATCTATATTCATC
65 GGGGCCCCGACTAAGTTTTGTATGATTTTTAGCACGAAGGCTCCTTGAAATAAT-TATATTCATC
* * *
1817 TAAGCAAATCTCAGCCAAATAGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC-AGAATCATTTTTCG
129 TAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCGA-AATCATTTTTCG
* * * * *
1881 ATTTAATTTTAAATTAATTCAGGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAACGTGTAAAAGTCTTCA
193 ATTTAATTTGAAATTAATTCA-GAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCA
*
1946 ATATTTTTGACTTTGAATTATATAATTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGTAAAATTTT
257 ATATTTTTGACTTTGAATTATATAATTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTT
* *
2011 TGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG------TAT---GGTTTTATGCTAAAAA
322 TCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATTATCACGGTTTTAAGCTAAAAA
* * * *
2067 CGC-GTTCGGGGCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACCCCTTGAAATATCTAT
387 CGCATTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* *
2131 -TTCATCTAACCAAATCTCAGGCAAATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGGAATCAT
452 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCAT
* * *
2195 GTTTCGATTTAATTTGATATTAATT-TAGAAAAAAAATTGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
517 GTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCT-GGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
*
2259 ACGCTTCAATCTTTTTGACTTTAAATTATAT-TTTTTTATTAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGA
581 AC-CTTCAATCTTTTTGACTTTAAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGA
* *
2323 AAAATTTTTCGGAACAAT
645 AAAATTTTTGGGATCAAT
* *
2341 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCATGGTTTTAAGCGAAAAAACGC--TTC
1 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGC-TAAAAACGCGTTTC
* * ** *
2404 GGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGCTTTTTAAAACGAAGGCTCCTTGAAATAATTATATTAATCT
65 GGGGCCCCGACTAAGTTTTGTATGATTTTTAGCACGAAGGCTCCTTGAAATAATTATATTCATCT
* * *
2469 AACAAAATCTCAGCCAAATTGGATTGAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCGGAATCATTTTTCGAT
130 AACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCGAAATCATTTTTCGAT
* *
2534 TCAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAATTGAAAAACGATATTATAAGCGTGAAAAAGCCTTCAATA
195 TTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAATA
* * *
2599 TTTTTGA-GTTGAATTATATAATTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGTA-GAAAAGTTTTTG
260 TTTTTGACTTTGAATTATATAATTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTG-AGGAAAAATTTTTC
* *
2662 GGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAC
324 GGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAT-TATCACGGTTTTAAGCTAAAAAC
* *
2727 GCGTTTCGGGGCCCCGACTAAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATA
388 GCATTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATA
* * *
2792 TTCATCTAAGCAAATCTCAGCCAAA-TAGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAATCAT
453 TTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCAT
*
2856 TTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCTGGAAAAAAA-TGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA
517 GTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCTGGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA
* * * * * *
2920 GCCTTCAATATTTTTGACTATGAATTATATAGTTTGTATGAGAATTGTGACAAAAAATTGAGGAA
582 -CCTTCAATCTTTTTGACTTTAAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAA
*
2985 ATATTTTTGGGATCAAT
646 AAATTTTTGGGATCAAT
* *
3002 TTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
1 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
* * **
3067 GGTCCCCGACTAAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGTTTCCTTGAAAT-ATCTATATTCATCT
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* * ** * *
3131 AACCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTG-TTTTATGAGCATCTAAATCATGTTTCGAT
130 AACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCGAAATCATTTTTCGAT
* * * * * * *
3195 TTAATTCGAAATTAATTTATAAAAAATTGGAAAAATGATTTTAGAAGTC-TGAAAAACCCTTTAA
195 TTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAATT-GAAAAACGATATTAGAAG-CGTGAAAAAGCCTTCAA
* * * *
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258 TATTTTT-GACTTTGAATTATATAATTTT-TATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTT
* * *
3322 TTCAGATCAATTTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTATCTATCACGGTTTTAAGCTAAA
321 TTCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAT-TATCACGGTTTTAAGCTAAA
* * * *
3387 AACGCATTTCGGGGCCCCGTCTCAGTTTTGTATGATTGTTGGCACGAAAACTCCTTAAAATATCT
385 AACGCATTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCT
* * *
3452 ATATTCATATAACCAAATCTCAGTCAAATTAGATTTAAAGATTT-TTATTTACGAGCATCAGAAT
450 ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGGATTTGTT-TTTACGAGCATCAGAAT
* *
3516 CATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTC-AGAAAAAAATTGAAATACGATATTAGAAGCGTGAA
514 CATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCTGGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA
* *
3580 AAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTTAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATCGAG
579 AAA-CCTTCAATCTTTTTGACTTTAAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAG
3645 GAAAAATTTTTGGGATCAAT
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* *
3665 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCG
1 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
*
3730 GGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTAGCACGAAGGCTCCTTGAAATAATTATATTCATCTA
66 GGGCCCCGACTAAGTTTTGTATGATTTTTAGCACGAAGGCTCCTTGAAATAATTATATTCATCTA
* * * * *
3795 ACCAAATCTAAGCCAAAATGGATTTAA-GATTTGTTATTACAAGTATCGGAATCA-TTTTCGATT
131 ACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCGAAATCATTTTTCGATT
* * *
3858 TAATTTGAAATTAATTCAGAATAAAATTGAAAAACTATATTAGAAGCGTGAAAAAGGCTTCAATC
196 TAATTTGAAATTAATTCAGAA-AAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAATA
* * * * *
3923 TTATCGACTTTGAATTATATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTC
260 TTTTTGACTTTGAATTATATA-ATTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC
* *
3988 GGATCAATTTTTGCAAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATTCATTACGGTTTTAAGCTAAAAAC
324 GGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATT-ATCACGGTTTTAAGCTAAAAAC
*
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388 GCA-TTTCGGGGCCCCGACTCA
4074 AAAATTATTT
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GGGCCCCGACTAAGTTTTGTATGATTTTTAGCACGAAGGCTCCTTGAAATAATTATATTCATCTA
ACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCGAAATCATTTTTCGATT
TAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAATAT
TTTTGACTTTGAATTATATAATTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGG
ATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATTATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCA
TTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
ATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCATGTTT
CGATTTAATTTGAAATTAATTCTGGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCTT
CAATCTTTTTGACTTTAAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATT
TTTGGGATCAAT
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4264 TTAAGAAATC
*
4274 GAAATGAACTTCCTTTCTAGCCCCTTGTTGGTTGACGAATGTAGGGTTCAGTTAAGTTGTGAGTT
1 GAAATGAACCTCCTTTCTAGCCCCTTGTTGGTTGACGAATGTAGGGTTCAGTTAAGTTGTGAGTT
* * *
4339 GTAATATAGTGACATTGGTCCAAACCCAAACTTCCTAAAGCAAAGCCCAAGGCTAACGATGAAAG
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* *
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131 AAGCCTTTACTCTAAAGGCAATAGGCTATGAAACTTTAGGTTGGACTTGACCAATCCATATTTGC
*
4469 CGACTTTTTCTCCTCTGCAACTTGAAGTCCAATTGTTGAGGCTAATTGTTCATTTAAGGGCTCAA
196 CGACTTTTTCTCCTCTGCAACTTGAAGTCCAATTGTTGAGGCTAATTGTTCATTTAAGAGCTCAA
*
4534 TATTTATGAAAATGTTCAATTTATGGCTTATCGTTC-AAAAAGTTTAAATCATGACTCAATGTTG
261 TATTTATGAAAATGTTCAATTTATGGCTTATCGTTCAAAAAAGTTTAAATCATGACTCAAAGTTG
4598 CAATT
326 CAATT
* *
4603 GAAATGAACCTCCTTTTTGGCCCCTTGTTGGTTGACGAATGTAGGGTTCAGTTAAGTTGTGAGTT
1 GAAATGAACCTCCTTTCTAGCCCCTTGTTGGTTGACGAATGTAGGGTTCAGTTAAGTTGTGAGTT
* * *
4668 GTAATACAGTGACATTGAG-CCAAACCTAAACTTCCCAAACCTAAGCCCAAGGTTAACGATGAAA
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*
4732 GAAGCCTTTACTCTAAAGGCAATAGGCTATGAAACTTTAGGTTGGGCTTGACCAATCCATATTTG
130 GAAGCCTTTACTCTAAAGGCAATAGGCTATGAAACTTTAGGTTGGACTTGACCAATCCATATTTG
*
4797 CTGACTTTTTCTCCTCTGCAACTTGAAGTCCAATTGTTGAGGCTAATTGTTCATTTAAGAGCTCA
195 CCGACTTTTTCTCCTCTGCAACTTGAAGTCCAATTGTTGAGGCTAATTGTTCATTTAAGAGCTCA
4862 ATATTTATGAAAATGTTCAATTTATGGCTTATCGTTCAAAAAAGTTTAAATCATGACTCAAAGTT
260 ATATTTATGAAAATGTTCAATTTATGGCTTATCGTTCAAAAAAGTTTAAATCATGACTCAAAGTT
4927 GCAA
325 GCAA
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GAAATGAACCTCCTTTCTAGCCCCTTGTTGGTTGACGAATGTAGGGTTCAGTTAAGTTGTGAGTT
GTAATACAGTGACATTGGTCCAAACCCAAACTTCCCAAACCAAAGCCCAAGGCTAACGATGAAAG
AAGCCTTTACTCTAAAGGCAATAGGCTATGAAACTTTAGGTTGGACTTGACCAATCCATATTTGC
CGACTTTTTCTCCTCTGCAACTTGAAGTCCAATTGTTGAGGCTAATTGTTCATTTAAGAGCTCAA
TATTTATGAAAATGTTCAATTTATGGCTTATCGTTCAAAAAAGTTTAAATCATGACTCAAAGTTG
CAATT
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1 GACAGAAAACAATTA
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1 GACAGAAAACAATTA
*
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1 GAC-AGAAAACAA
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Statistics
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GACAGAAAACAATTA
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13115 TGAATAGTTA
* *
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1 TTTCTT T-TTCTT TTTCTT TTTCTT TTTCTT TTTCTT TTTCTT TTTCTT
*
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1 TTTCTT TTTCTT TTTCT
13187 AGGATATATA
Statistics
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TTTCTT
Found at i:13158 original size:1 final size:1
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*
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T
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*
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*
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TTCTTTTTT
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15549 GGAAAACGAT
* * *
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* * * *
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**
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AACAAAAATTGAGAAAAAAAATTTTCGGGTCA
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16957 GGAAAACGAT
* *
16967 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATC-TTTTTGGCGTTGAATTATATA-T-TTTTATGAGTATT
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* *
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* *
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1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTTATGAGAATT
** *
17129 GTGGCCAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGG
66 GTGAACAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGG
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Statistics
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GTGAACAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCA
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17054 TTTCGGGTCA
*
17064 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTTTG-CTTTGAATTATATATTCTTTTATGAGAAT
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATC--TTTTTGACTTTGAATTATATATT-TTTTATGATAAT
* * * * *
17128 TGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGATCATTTTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGT
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* ** * * *
17193 ACTATCTATCACAACTTTT-GGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTT
128 ACTATCCATCAC-GGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT
* * * * * * * * * * *
17257 TGGCGCCAAGGCACTTTGAAATATCTATATTAATCTAACCCAATCCCAACCACATTGGATTTAAG
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* * * * * * *
17322 AAATTATTTTGACGAGTATCTG-AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAAAT
257 GATTTGTTTTTACGAGCATC-GAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAAT
* *
17385 AGGATAAACGAT
321 -TGAAAAACGAT
* * * * * *
17397 ATTAGAAGCGTG-AAAAGCATATCAATCTTTTTG-GTATTGAATT-T-T-CTTTTGA-G-TATTT
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* * * * * * * * *
17455 TTGTCAAAAAATTGACGTAAAATATTTCGGGTTTAA-TTTCGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTG-
64 GTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
* * * *
17517 --------T-ACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTGGAGGCCCCGACTAAGTTTTGCTTGATTTT
128 ACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT
* * * *
17573 AGGCTCGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG
192 TGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAG
* *
17638 GATTTTTTTTTACGAGCATCTG-AATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAAT
257 GATTTGTTTTTACGAGCATC-GAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAAT
* *
17702 TGGAAAACAAT
321 TGAAAAACGAT
* * ** * * *
17713 TTTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGGTTTGAATTATATA-TTTTTATGAGACTTGC
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGT
** * * * * * *
17777 AACCAAAAATTAAGG-AAAATTTTTTGGATTAACTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG---T
66 GGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* *
17838 A--CAT---GGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGG
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* * *
17898 CACGAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCAACTAACCAAATCTCAGCCAAATTAAATTTAAGGAT
195 CACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGGAT
* *
17963 TTGTTTTTACGAGCATCGGAATGATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAA
260 TTGTTTTTACGAGCATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAA
18028 AAACGAT
325 AAACGAT
* * * *
18035 ATTAGAAACGTGAAAAACCCATCAATCTTTTTGACTTT-ATATTATATATTTCTTATGAGAATTG
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGA-ATTATATATTTTTTATGATAATTG
*
18099 TGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-GGATCAATTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAATCGTG---
65 TGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * * * * *
18160 TA--CATCACGGTTTTATGCTAAAAACGCATTCTGGTGCCCCGACTCCGTTTTGCATGATTATTC
130 TATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTC-GGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
* * *
18223 GCACGAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCAAATTAGATTTAAGGA
194 GCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGGA
* * * * * *
18288 TTT-TTATTTACGAGCATCGGAATCATGTATCGATATAGTTTGAAATTAACTCTGAAAAAAATTG
259 TTTGTT-TTTACGAGCATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTG
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323 AAAAACGAT
* * * * *
18361 ATTAGAAACTTGAAAAACCATTCAATCTTTTTAACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTGT
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGT
*
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*
18491 ATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
131 ATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
*
18556 ACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACC-AATATAGATTTAAGGAT
196 ACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAAT-TAGATTTAAGGAT
* *
18620 TTGTTTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAA
260 TTGTTTTTACGAGCATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAA
18685 AAACGAT
325 AAACGAT
* *
18692 ATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGT
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGT
* * *
18757 GGCAAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
66 GGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* * * * *
18822 A-CCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTC-CGGCCCGGATTCAGTTTTCCATGATTTTTGGC
131 ATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* ** *
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196 ACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGGATT
* * * *
18950 TGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTTATAAAAAAATTGGAA
261 TGTTTTTACGAGCATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATT-GAA
19015 AAACGAT
325 AAACGAT
* * * * * *** *
19022 TTTAGAAGCCTAAAAAACCCTTAAATATTTTTGGGGTTGATTTATATATTTTTTATGATAATTGT
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGT
* * * *
19087 GGAAAAAAATTGCGGAAAAAATTTTT-GGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCAAAATCGTGTAT
66 GGCAAAAAATTGAGG-AAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-
* *
19151 TATATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
129 -CTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
* * *
19216 GGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTTAACAAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAGGG
193 GGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGG
* * * *
19281 ATTTGTGTTTACGAGCATCGAAAACATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAACTCAGAGAAAAATTG
258 ATTTGTTTTTACGAGCATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTG
19346 AAAAACGAT
323 AAAAACGAT
* * *
19355 ATTAGAATCGTGAAAAACCCTTTAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTGT
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGT
* *
19420 GGCAAAAAATTGTGGAAAATTTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTATT-GCCGAAATCGTGTAC
66 GGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATT-TTAGCCGAAATCGTGTAC
* *
19484 TATCTATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
130 TATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
*
19549 CACGAAGACTCCTTGAAATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGGAT
195 CACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGGAT
* * * *
19614 TT-TTATTTACGAGAATC-AGAATCATGTATCGA-TAAAGTTTGAAATTAAATCAGAAAAAAATT
260 TTGTT-TTTACGAGCATCGA-AATCATGTTTCGATTTAA-TTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATT
**
19676 GAAAATTGAT
322 GAAAAACGAT
* * * * *
19686 ATTTGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATCTTTTATAATAGTTGT
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGT
* * * *
19751 GGCAAAAAATTGTGGAAAAATATTTGGAATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGTAATCGTGTACT
66 GGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
*
19816 ATCCATCACGGTTTTAAGCTAAGAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
131 ATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * * *
19881 ACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAGTCTCATCC-TATATAGATTTAGGGAT
196 ACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAAT-TAGATTTAAGGAT
* * * *
19945 TTGTGTTTACGA-CAATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAACTCAGAGAAATATTGA
260 TTGTTTTTACGAGC-ATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGA
20009 AAAACGAT
324 AAAACGAT
* * * *
20017 ATTAGAAACGTGAAAAACACTTTAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTGT
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGT
* * *
20082 GGCAAAAAATTTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTTGCAAAATTTATTGACCGCAATCGTG
66 GGCAAAAAA-TTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAA-TTTTTGCAAAATTT-TAG-CCGAAATCGTG
*
20147 TACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT
127 TACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT
*
20212 TGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA-CAAAGTCTCAACC-AATATAGATTTA
192 TGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAA-TCTCAGCCAAAT-TAGATTTA
*
20275 AGGATTTGTTTTTACGAGAATCGGAAA-CATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAA
255 AGGATTTGTTTTTACGAGCATC-GAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAG-AAAAA
20339 AATTGAAAAACGAT
318 AATTGAAAAACGAT
* *
20353 ATTAGACGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATA-TTTTTATGAGAATTGT
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGT
* * *
20417 GGCAAAAATTTGAGGAAAAAAAATTCTT-GGATCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGT
66 GGCAAAAAATTGAGG---AAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
* ** * ** *
20481 ACTATCCATCACAGTTTTAATTTAAAAACGCATTTCAAGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTT
128 ACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGC-GTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT
*
20546 TGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACC-AATATAGATTTAA
192 TGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAAT-TAGATTTAA
*
20610 GGATTTGTTTTTACGAG-ATTCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAA
256 GGATTTGTTTTTACGAGCA-TCGAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAA
20674 TTGAAAAACGAT
320 TTGAAAAACGAT
* *
20686 ATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGT
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGT
* * * *
20751 GGCAAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACT
66 GGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* * * * *
20816 ATCCATCACGGTTTTAAACTAAAAACACGTTC-CGGCCCGGATTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
131 ATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* ** *
20880 ACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAATCTCAGCCGCATTGGATTTAAGGATT
196 ACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGGATT
* * * *
20945 TGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTTATAAAAAAATTGGAA
261 TGTTTTTACGAGCATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATT-GAA
21010 AAACGAT
325 AAACGAT
*
21017 TTTAGAAGC
1 ATTAGAAGC
21026 CTTGAAATAT
Statistics
Matches: 3212, Mismatches: 341, Indels: 154
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
314 4 0.00
315 17 0.01
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317 16 0.00
318 15 0.00
319 14 0.00
320 28 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGT
GGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
ATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
ACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGGATT
TGTTTTTACGAGCATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAA
AACGAT
Found at i:19418 original size:994 final size:990
Alignment explanation
Indices: 17064--21025 Score: 5179
Period size: 994 Copynumber: 4.0 Consensus size: 990
17054 TTTCGGGTCA
*
17064 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTTTGCTTTGAATTATATATTCTTTTATGAGAATT
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATC-TTTTTGGCTTTGAATTATATATT-TTTTATGAGAATT
** * * *
17129 GTGGCCAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGATCATTTTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTA
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* * * * *
17194 CTATCTATCACAACTTTT-GGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTT
128 CTATCCATCAC-AGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * * * ** * * * *
17258 GGCGCCAAGGCACTTTGAAATATCTATATTAATCTAACCCAATCCCAACCACATTGGATTTAAGA
192 GGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAACCAAATTAGATTTAAGG
* * * * * * * * *
17323 AATTATTTTGACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAAATAG
257 ATTTGTTTT-ACGAGCATCGGAAACATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAACTCAGAAAAAAAT-T
* * * *
17387 GATAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAAGCATATCAATCTTTTTG-GTATTGAATT-T-T-CTTTT
320 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCAT-TCAATCTTTTTGACT-TTGAATTATATATTTTT
* * * * * * * * * * *
17447 GA-G-TATTTTTGTCAAAAAATTGACGTAAAATATTTCGGGTTTAA-TTTCGCAAAA-TTTAACC
383 TATGATAGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCC
* * *
17508 GAAATCGTG---------T-ACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTGGAGGCCCCGACTAAGTTTT
447 GAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCG-TTCG-GGCCCCGACTCAGTTTT
* * * *
17563 GCTTGATTTTAGGCTCGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAT
510 GCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCA-AT
* * * * *
17628 -TGGATTTAAGGATTTTTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTC
574 ATAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTC
* * * * **
17692 AGAAAAAAATTGGAAAACAATTTTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGGTTTGAATTA
639 AGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTA
* *** * * * *
17757 TATA-TTTTTATGAGACTTGCAACCAAAAA-TTAAGG-AAAATTTTTTGGAT-TAACTTCTGCAA
704 TATATTTTTTATGAGAATTG-TGGCAAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCT-ATTTTTGCAA
* *
17818 AATTTTAGCCGAAATCGTG---TA--CAT---GGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACCC-
767 AATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACG-TTCGCGG-CCCG
* * *
17874 GACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACGAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCAACTAACCAAAT
830 GACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAT
** * * * *
17939 CTCAGCCAAATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGGAATGATGTTTCGATTTAATTTG
895 CTCAGCCGCATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTCG
18004 AAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGAT
960 AAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGAT
* * * *
18035 ATTAGAAACGTGAAAAACCCATCAATCTTTTTGACTTT-ATATTATATATTTCTTATGAGAATTG
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGA-ATTATATATTTTTTATGAGAATTG
* *
18099 TGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGATCAATTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAATCGTG---T
65 TGGAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* * * * * * *
18161 A--CATCACGGTTTTATGCTAAAAACGCATTCTGGTGCCCCGACTCCGTTTTGCATGATTATTCG
130 ATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTC-GGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * * **
18224 CACGAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCAAATTAGATTTAAGGAT
194 CACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAACCAAATTAGATTTAAGGAT
* * * * * *
18289 TTTTATTTACGAGCATCGGAATCATGTATCGATATAGTTTGAAATTAACTCTGAAAAAAATTGAA
259 TTGT-TTTACGAGCATCGGAAACATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAACTCAGAAAAAAATTGAA
* * *
18354 AAACGATATTAGAAACTTGAAAAACCATTCAATCTTTTTAACTTTGAATTATATATTTTTTATGA
323 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCATTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGA
*
18419 TAGTTGTGGCAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
388 TAGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
18484 GTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
453 GTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
18549 TTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCAATATAGATTT
517 TTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCAATATAGATTT
18614 AAGGATTTGTTTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAA
582 AAGGATTTGTTTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAA
*
18679 ATTGAAAAACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTT
647 ATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTT
18744 TTATGAGAATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTTTAGCC
712 TTATGAGAATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTTTAGCC
* *
18809 GAAATCGTGTACTA-CCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTC-CGGCCCGGATTCAGTTTTC
777 GAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTCGCGGCCCGGACTCAGTTTTG
*
18872 CATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAATCTCAGCCGCATT
842 CATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCGCATT
* * * *
18937 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTTAT
907 AGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCAG
19002 AAAAAAATTGGAAAAACGAT
972 AAAAAAATT-GAAAAACGAT
* * * * * ** * *
19022 TTTAGAAGCCTAAAAAACCCTTAAATATTTTTGGGGTTGATTTATATATTTTTTATGATAATTGT
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGT
* * *
19087 GGAAAAAAATTGCGGAAAAAATTTTTGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCAAAATCGTGTATT
66 GGAAAAAAATTGAGG-AAAAATTTTTGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA--
*
19152 ATATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
128 CTATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
* * *
19217 GCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTTAACAAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAGGGA
193 GCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAACCAAATTAGATTTAAGGA
* *
19282 TTTGTGTTTACGAGCATCGAAAACATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAACTCAGAGAAAAATTGA
258 TTTGT-TTTACGAGCATCGGAAACATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAACTCAGAAAAAAATTGA
* * *
19347 AAAACGATATTAGAATCGTGAAAAACCCTTTAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATG
322 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCATTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATG
* *
19412 ATAGTTGTGGCAAAAAATTGTGGAAAATTTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTATT-GCCGAAA
387 ATAGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATT-TTAGCCGAAA
*
19476 TCGTGTACTATCTATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATG
451 TCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATG
* *
19541 ATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAA-ATTAGA
515 ATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCAATA-TAGA
* * * *
19605 TTTAAGGATTT-TTATTTACGAGAATCAGAATCATGTATCGA-TAAAGTTTGAAATTAAATCAGA
579 TTTAAGGATTTGTT-TTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAA-TTTGAAATTAATTCAGA
** * *
19668 AAAAAATTGAAAATTGATATTTGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATAT
642 AAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATAT
* * * * * * * *
19733 ATCTTTTATAATAGTTGTGGCAAAAAATTGTGGAAAAATATTT-GGAATCAATTTTTGCAAAATT
707 ATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGG-ATCTATTTTTGCAAAATT
* * * * *
19797 TTAGCCGTAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAGAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCA
771 TTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTCGCGGCCCGGACTCA
* * *
19862 GTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAGTCTCATC
836 GTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
* * * *
19927 C-TATATAGATTTAGGGATTTGTGTTTACGA-CAATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAAT
901 CGCAT-TAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC-ATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAAT
* * *
19990 TAACTCAGAGAAATATTGAAAAACGAT
964 TAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGAT
* * * * * *
20017 ATTAGAAACGTGAAAAACACTTTAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTGT
1 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGT
* * * *
20082 GGCAAAAAATTTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTTGCAAAATTTATTGACCGCAATCGTG
66 GG-AAAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-GGATCAA-TTTTTGCAAAATTT-TAG-CCGAAATCGTG
* *
20147 TACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT
126 TACTATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT
*
20212 TGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAGTCTCAACC-AATATAGATTTAA
191 TGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAACCAAAT-TAGATTTAA
* *
20276 GGATTTGTTTTTACGAGAATCGGAAACATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAAA
255 GGATTTG-TTTTACGAGCATCGGAAACATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAACTCAG-AAAAAAA
* *
20341 TTGAAAAACGATATTAGACGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATA-TTTT
318 TTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCATTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTT
* * * * *
20405 TATGAGAATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAAAAATTCTT-GGATCAATTTTTGCAAAATTGTAG
383 TATGATAGTTGTGGCAAAAAATTGAGG---AAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG
* ** * *
20469 CCGAAATCGTGTACTATCCATCACAGTTTTAATTTAAAAACGCATTTCAAGGCCCCGACTCAGTT
445 CCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGC-GTTC-GGGCCCCGACTCAGTT
*
20534 TTGTATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCAA
508 TTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCAA
*
20599 TATAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGATTCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATT
573 TATAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATT
*
20664 CAGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATT
638 CAGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATT
20729 ATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAA
703 ATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAA
* * *
20794 ATTTTAGCAGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAACTAAAAACACGTTC-CGGCCCGGAT
768 ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTCGCGGCCCGGAC
*
20858 TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAATCTC
833 TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
* *
20923 AGCCGCATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAA
898 AGCCGCATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAA
* *
20988 TTAATTTATAAAAAAATTGGAAAAACGAT
963 TTAATTCAGAAAAAAATT-GAAAAACGAT
*
21017 TTTAGAAGC
1 ATTAGAAGC
21026 CTTGAAATAT
Statistics
Matches: 2621, Mismatches: 291, Indels: 129
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
962 4 0.00
963 19 0.01
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997 209 0.08
998 67 0.03
999 205 0.08
1000 322 0.12
1001 8 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (990 bp):
ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGT
GGAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
TCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
CGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAACCAAATTAGATTTAAGGATTT
GTTTTACGAGCATCGGAAACATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAACTCAGAAAAAAATTGAAAAA
CGATATTAGAAGCGTGAAAAACCATTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAG
TTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
TACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
GGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCAATATAGATTTAAGG
ATTTGTTTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTG
AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTAT
GAGAATTGTGGCAAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
TCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTCGCGGCCCGGACTCAGTTTTGCATG
ATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCGCATTAGAT
TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAA
AAATTGAAAAACGAT
Found at i:21137 original size:136 final size:135
Alignment explanation
Indices: 20889--21158 Score: 357
Period size: 136 Copynumber: 2.0 Consensus size: 135
20879 CACGAAGACT
* * * *
20889 CCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAATCTCAGCCGCATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCGAATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * * * *
20954 GAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTTATAAAAAAATTGGAAAAACGATTT
66 GAGCATCGAAATCATGTATCGATATAATTCGAAATTAATCTAGAAAAAAATT-GAAAAACGATAT
21019 TAGAAG
130 TAGAAG
21025 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCC-AATTTAGATTTAAGGATTT-TTATTT
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCGAA-TTAGATTTAAGGATTTGTT-TTT
* * * *
21088 ACGAGTATCGGAATCATGTATCGATATAGTTTGAAATTAACTCT-GAAAAAAATTGAAAAACGAT
64 ACGAGCATCGAAATCATGTATCGATATAATTCGAAATTAA-TCTAGAAAAAAATTGAAAAACGAT
21152 ATTAGAA
128 ATTAGAA
21159 ACGTGAAAAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 14, Indels: 7
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
135 19 0.16
136 96 0.82
137 2 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (135 bp):
CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCGAATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
GAGCATCGAAATCATGTATCGATATAATTCGAAATTAATCTAGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
AGAAG
Found at i:21435 original size:466 final size:466
Alignment explanation
Indices: 20559--21488 Score: 1429
Period size: 466 Copynumber: 2.0 Consensus size: 466
20549 CACGAAGACT
*
20559 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCAATATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAACCAATATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * *
20624 GAGATTCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
66 GAGATTCGGAATCATGTATCGATATAATTTGAAATTAACTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
**
20689 AGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGC
131 AGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGC
* *
20754 AAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGGATCTATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTATC
196 AAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTATC
*
20819 CATCACGGTTTTAAACTAAAAACACGTTCCGGCCCGGATTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGA
261 CATCACGGTTTTAAACTAAAAACACGTTCCGGCCCGGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGA
* * * * *
20884 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTATCCAAATCTCAGCCGCATTGGATTTAAGGATTTGTT
326 AGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCGAATTAGATTTAAGGATTTGTT
* * * * *
20949 TTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTTA-TAAAAAAATTGGAAAAA
391 TTTACGAGAATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAAATAATTCAGAAAAAAAATT-GAAAAA
*
21013 CGATTTTAGAAG
455 CGATATTAGAAG
* *
21025 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCAATTTAGATTTAAGGATTT-TTATTTA
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAACCAATATAGATTTAAGGATTTGTT-TTTA
* *
21089 CGAG-TATCGGAATCATGTATCGATATAGTTTGAAATTAACTCTGAAAAAAATTGAAAAACGATA
65 CGAGAT-TCGGAATCATGTATCGATATAATTTGAAATTAACTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATA
* *
21153 TTAGAAACGTGAAAAA-CCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTGTG
129 TTAGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTG
* * *
21217 GCAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
194 GCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTA
* ** * *
21282 TCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGTGTTCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
259 TCCATCACGGTTTTAAACTAAAAACACGTTC-CGGCCCGGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
* *
21347 CGAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACTAAGTCTCAACC-AATATAGATTTAAGGATT
323 CGAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCGAAT-TAGATTTAAGGATT
* * *
21411 TGTTTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAAATAATTCAGAAAAAAAATTGAC
387 TGTTTTTACGAGAATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAAATAATTCAGAAAAAAAATTGAA
21476 AAACGATATTAGA
452 AAACGATATTAGA
21489 TGCGTGAAAA
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 39, Indels: 10
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
465 139 0.33
466 272 0.65
467 9 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (466 bp):
CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAACCAATATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
GAGATTCGGAATCATGTATCGATATAATTTGAAATTAACTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
AGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGC
AAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTATC
CATCACGGTTTTAAACTAAAAACACGTTCCGGCCCGGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGA
AGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCGAATTAGATTTAAGGATTTGTT
TTTACGAGAATCGAAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAAATAATTCAGAAAAAAAATTGAAAAAC
GATATTAGAAG
Found at i:21634 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 21025--24068 Score: 4463
Period size: 332 Copynumber: 9.2 Consensus size: 331
21015 ATTTTAGAAG
* *
21025 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCAATTTAGATTTAAGGATTT-TTATTTA
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAATATAGATTTAAGGATTTGTT-TTTA
* * * * * *
21089 CGAGTATCGGAATCATGTATCGATATAGTTTGAAATTAACTCTGAAAAAAATTGAAAAACGATAT
65 CGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATAT
** *
21154 TAGAAACGTGAAAAA-CCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTGTGG
130 TAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGTGG
21218 CAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAT
195 CAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAT
* *
21283 CCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGTGTTCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAC
260 CCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAC
21348 GAAGACT
325 GAAGACT
* * * *
21355 CCTTAAAATATCTATATTCATCTAACTAAGTCTCAACCAATATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAATATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* *
21420 GAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAAATAATTCAGAAAAAAAATTGACAAACGATAT
66 GAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAG-AAAAAAATTGAAAAACGATAT
*
21485 TAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGG
130 TAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGTGG
* *
21550 CAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGCGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAT
195 CAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAT
* * * *
21615 CCATCACGGTTTTAAGCTAAAAATGCATTTCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCA
260 CCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGC-GTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
* *
21680 TGAA-AAT
324 CGAAGACT
* *
21687 CCTTGAAATATCTATATTCAGCT-ACCTAAATCTCAGCCAA-ATTAGATTTAAGGATTTGTATTT
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACC-AAATCTCAGCCAATA-TAGATTTAAGGATTTGTTTTT
** * ** * * *
21750 ACGATCATTGGAATCATGTTTCGATTTAATTCCAAATTAATTTATAAAAAAATTTGAAAAATGAT
64 ACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAA-TTGAAAAACGAT
* * * * * *** *
21815 TTTAGAAGCCTAAAAAACCCTTAAATCTTTTTGGGGTTGATTTATATATTTTTTATGATAATTGT
128 ATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGT
*
21880 GG-AAAACAATTGAGGAAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
193 GGCAAAA-AATTGTGG-AAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
*
21944 CTATCTATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
256 CTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
22009 GCACGAAGACT
321 GCACGAAGACT
* *
22020 CTTTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCAA-ATTAGATTTAAGGATTT-TTATTT
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAATA-TAGATTTAAGGATTTGTT-TTT
* * * * * *
22083 ACGAGCATCGGAATCATGTATCGATATAGTTTGAAATTAACTCTGAAAAAAATTGAAAAACGATA
64 ACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATA
** * *
22148 TTAGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTCTG
129 TTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGTG
* *
22213 GCAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTTGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTA
194 GCAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
22278 TCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
259 TCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
22343 CGAAGACT
324 CGAAGACT
* *
22351 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCATCCTATATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAATATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* *
22416 GAGAATCAGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAATACGATATT
66 GAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
* * *
22481 AGATGCGTGAAAAACCCGTCAATCATTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTGTGGC
131 AGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGTGGC
*
22546 AAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATC
196 AAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATC
* * *
22611 CATCACGGTTTTAAGCTAAGAACGCATTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCAC
261 CATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGC-GTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAC
*
22676 GAAAACT
325 GAAGACT
*
22683 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCAATATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAATATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
22748 GAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
66 GAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
* * *
22813 AGATGCGTGAAAAACCCTTTAATCTTTTTGACTTAGAATTATATATTTTCTT-TGAGAATT-TGG
131 AGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTT-TTATGATAATTGTGG
* *
22876 C-AAAAATTGTGGAAAAACTTTTGGGATCAATTTTTGTAAAATTTT--CCGAAATCGTGTACTAT
195 CAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAT
* *
22938 CCATCACGGTTTTAAGCTAAGAACGCGTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAC
260 CCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAC
23003 GAAGACT
325 GAAGACT
* * *
23010 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAGTCTCATCCTATATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAATATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
*
23075 GAGAATTGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
66 GAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
* * *
23140 AGATGCGTGAAAAACCCATCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATCTTTTATGATAGTTGTGGC
131 AGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGTGGC
*
23205 AAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCTTGTACTATC
196 AAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATC
* *
23270 CATCACGGTTTTAAGCTAAGAACGCGTTCGGGGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACG
261 CATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACG
23335 AAGACT
326 AAGACT
* *
23341 CCTTGAAATATCTATATAT-ATCTAACCAAATCTCAGCCAA-ATTGGATATAAGGATTTGTTTTT
1 CCTTGAAATATCTATAT-TCATCTAACCAAATCTCAGCCAATA-TAGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * * *
23404 ACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTTAGAAAAAAAATTGGGAAAACGA
64 ACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAG-AAAAAAATT-GAAAAACGA
* * * *** *
23469 TTTTAGATGCCTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGGGTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTG
127 TATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTG
* * * **
23534 TGGCAAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTTAAATCGTGTAC
192 TGGCAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* *
23599 TATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGTGTTTCGGGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTG
257 TATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCG-TTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
23664 GCACGAAGACT
321 GCACGAAGACT
* * * *
23675 CCTTGAACTATCTATATTCTTCTAACCAAATCTTAGCCAA-ATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAATA-TAGATTTAAGGATTTGTTTTTA
* *
23739 CGAGTATCGGAATCAT-TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTTAG-AAAAAATTGAAAAACGATAT
65 CGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATAT
* * * * *
23802 TAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAATCTTTTCGACTTTGAATTATATATTTTTTATAAGAATTGTGG
130 TAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGTGG
* * * * *
23867 CAAAAAATTGAT-GAAAAATTTTTCGGATCAATTTTCGTAAAATTTTAGCCGTATTCGTGTACTA
195 CAAAAAATTG-TGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
23931 TCTGTCTATCCATTACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA
259 TC---C-AT-C---ACGGTTTTAAGCTAAAAACGCG-TTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA
* *
23996 TTTTTGGCACGAAAATT
315 TTTTTGGCACGAAGACT
* * * *
24013 TCTTGAAATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACAT-TGGATTTAAGGATT
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA-ATATAGATTTAAGGATT
24069 AATTTTTAT
Statistics
Matches: 2461, Mismatches: 214, Indels: 70
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
326 2 0.00
327 219 0.09
328 47 0.02
329 42 0.02
330 259 0.11
331 621 0.25
332 646 0.26
333 392 0.16
334 120 0.05
335 1 0.00
338 111 0.05
339 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAATATAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
GAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
AGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAATTGTGGC
AAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATC
CATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACG
AAGACT
Found at i:23267 original size:990 final size:989
Alignment explanation
Indices: 21025--24068 Score: 4658
Period size: 990 Copynumber: 3.1 Consensus size: 989
21015 ATTTTAGAAG
* *
21025 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCAATTTAGATTTAAGGATTTTTATTTAC
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC-ATATAGATTTAAGGATTTTTATTTAC
*
21090 GAGTATCGGAATCATGTATCGATATAGTTTGAAATTAACTCTGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
65 GAGAATCGGAATCATGTATCGATATAGTTTGAAATTAACTCTGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
21155 AGAAACGTGAAAAA-CCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTGTGGC
130 AGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTGTGGC
21219 AAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATC
195 AAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATC
* *
21284 CATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGTGTTCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACG
260 CATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACG
* * *
21349 AAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACTAAGTCTCAACCAATATAGATTTAAGGATTTGT
325 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACC-ATATAGATTTAAGGATTTGT
* *
21414 TTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAAATAATTCAGAAAAAAAATTGACAAA
389 TTTTACGAGAATCAGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAAATTGA-AAA
21479 CGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAA
453 CGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAA
*
21544 TTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGCGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
518 TTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
* *
21609 TACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAATGCATTTCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTT
583 TACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTT
* *
21674 TTGGCATGAAAA-TCCTTGAAATATCTATATTCAGCT-ACCTAAATCTCAGCCAAATTAGATTTA
648 TTGGCACGAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACC-AAATCTCAGCCAAATTAGATTTA
* ** * ** *
21737 AGGATTTGTATTTACGATCATTGGAATCATGTTTCGATTTAATTCCAAATTAATTTATAAAAAAA
712 AGGATTTGTTTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTTAGAAAAAAA
* * * * ** *
21802 TTTGAAAAATGATTTTAGAAGCCTAAAAAACCCTTAAATCTTTTTGGGGTTGATTTATATATTTT
777 -TTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTAAATCTTTTT-GACTTGAATTATATATTTT
* * * *
21867 TTATGATAATTGTGGAAAACAATTGAGGAAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
840 TTATGAGAATTGTGGCAAA-AATTGTGG-AAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGTAAAATTTTA-C
*
21932 CGAAATCGTGTACTATCTATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTT
902 CGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTT
21997 GCATGATTTTTGGCACGAAGACT
967 GCATGATTTTTGGCACGAAGACT
* * *
22020 CTTTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGGATTTTTATTTAC
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATA-TAGATTTAAGGATTTTTATTTAC
*
22085 GAGCATCGGAATCATGTATCGATATAGTTTGAAATTAACTCTGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
65 GAGAATCGGAATCATGTATCGATATAGTTTGAAATTAACTCTGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
*
22150 AGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTCTGGC
130 AGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTGTGGC
* *
22215 AAAAAATTGTGGAAAAATTTTTTGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTATC
195 AAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATC
22280 CATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACG
260 CATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACG
*
22345 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCATCCTATATAGATTTAAGGATTTGT
325 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACC-ATATAGATTTAAGGATTTGT
22410 TTTTACGAGAATCAGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAG-AAAAAAATTGAAATA
389 TTTTACGAGAATCAGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAAATTGAAA-A
* * * *
22474 CGATATTAGATGCGTGAAAAACCCGTCAATCATTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAG
453 CGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAA
* *
22539 TTGTGGCAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
518 TTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
*
22604 TACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAGAACGCATTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTT
583 TACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTT
*
22669 TTGGCACGAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACC-AATATAGATTTA
648 TTGGCACGAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAAT-TAGATTTA
*
22733 AGGATTTGTTTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAA
712 AGGATTTGTTTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTTAGAAAAAAA
* *
22798 TTGAAAAACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTTAATCTTTTTGACTTAGAATTATATATTTTC
777 TTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTAAATCTTTTTGACTT-GAATTATATATTTT-
*
22863 TT-TGAGAATT-TGGCAAAAATTGTGGAAAAACTTTTGGGATCAATTTTTGTAAAATTTT-CCGA
840 TTATGAGAATTGTGGCAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGTAAAATTTTACCGA
* *
22925 AATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAGAACGCGTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
905 AATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
22990 TGATTTTTGGCACGAAGACT
970 TGATTTTTGGCACGAAGACT
* *
23010 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAGTCTCATCCTATATAGATTTAAGGATTTGTT-TTTA
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC-ATATAGATTTAAGGATTT-TTATTTA
* * * * * *
23074 CGAGAATTGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGAAAAACGATAT
64 CGAGAATCGGAATCATGTATCGATATAGTTTGAAATTAACTCTGAAAAAAATTGAAAAACGATAT
** * *
23139 TAGATGCGTGAAAAACCCATCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATCTTTTATGATAGTTGTGG
129 TAGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTGTGG
*
23204 CAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCTTGTACTAT
194 CAAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAT
* *
23269 CCATCACGGTTTTAAGCTAAGAACGCGTTCGGGGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAC
259 CCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAC
* * * *
23334 GAAGACTCCTTGAAATATCTATATAT-ATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATATAAGGATTT
324 GAAGACTCCTTGAAATATCTATAT-TCATCTAACCAAATCTCAACCATA-TAGATTTAAGGATTT
* * * *
23398 GTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTTAGAAAAAAAATTGGGA
387 GTTTTTACGAGAATCAGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAAATT--GA
* * * ***
23463 AAACGATTTTAGATGCCTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGGGTTGAATTATATATTTTTTATGA
450 AAACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGA
* * **
23528 GAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTTAAATC
515 GAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
** * *
23593 GTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGTGTTTCGGGGCCCCGAGTCAGTTTTGCATGA
580 GTGTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGA
* * * * *
23658 TTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCTTCTAACCAAATCTTAGCCAAATTGGATT
645 TTTTTGGCACGAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATT
*
23723 TAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCGGAATCAT-TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTTAG-AAAA
710 TAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTTAGAAAAA
* * *
23786 AATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAATCTTTTCGACTTTGAATTATATATTT
775 AATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTAAATCTTTTTGAC-TTGAATTATATATTT
* * *
23851 TTTATAAGAATTGTGGCAAAAAATTGAT-GAAAAATTTTTCGGATCAATTTTCGTAAAATTTTAG
839 TTTATGAGAATTGTGGC-AAAAATTG-TGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGTAAAATTTTA-
* *
23915 CCGTATTCGTGTACTATCTGTCTATCCATTACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCG
901 CCGAAATCGTGTACTATC---C-AT-C---ACGGTTTTAAGCTAAAAACGCG-TTCGGGGCCCCG
* *
23980 ACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAAATT
957 ACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACT
* * *
24013 TCTTGAAATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACAT-TGGATTTAAGGATT
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC--CATATAGATTTAAGGATT
24069 AATTTTTAT
Statistics
Matches: 1881, Mismatches: 134, Indels: 60
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
989 4 0.00
990 554 0.29
991 46 0.02
992 328 0.17
993 15 0.01
994 28 0.01
995 405 0.22
996 382 0.20
997 4 0.00
998 2 0.00
999 1 0.00
1002 21 0.01
1003 88 0.05
1004 2 0.00
1005 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (989 bp):
CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATATAGATTTAAGGATTTTTATTTACG
AGAATCGGAATCATGTATCGATATAGTTTGAAATTAACTCTGAAAAAAATTGAAAAACGATATTA
GAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGATAGTTGTGGCA
AAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCC
ATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGA
AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCATATAGATTTAAGGATTTGTTT
TTACGAGAATCAGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAAAATTGAAAACGA
TATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTG
TGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
TATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTG
GCACGAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTAGATTTAAGGA
TTTGTTTTTACGAGAATCGGAATCATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTTAGAAAAAAATTGA
AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTAAATCTTTTTGACTTGAATTATATATTTTTTATGA
GAATTGTGGCAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGATCAATTTTTGTAAAATTTTACCGAAATCGT
GTACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTT
TTGGCACGAAGACT
Done.