Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022411.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22444, whole genome shotgun sequence
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4874 TACACACATT
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1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
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Statistics
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TA
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** * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * **
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* * * * *
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*
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323 AAGTCCTT
* * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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63 ATATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTA--CTA-AC--CATCACTGTTT
* * * * * * * *
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* * *** ***
6992 TTGAAATA--TGTA--CA--T--TC--ATCT-AGCCAAATTGGATTTAAGGATTTG-TAAAACAA
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* * * * *
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* * * **
7110 GAAGCATGAAAAACCCTT
313 AAAACGTGAAAAGTCCTT
* * * * * ** * * **
7128 CAATCTTTTTGTCGTTGAATTATGTA-ATTTTTACGATTATGGTGGCTAAAAATTAAGAAAATAA
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATA-TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAAAA-AA
* * * * * * * ** * *
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64 TATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT
* * * * * * *
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129 AAAA-CGCGCTT-CGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTC-GAGACTCCTTGAAA
* * ** * * * * * * *
7314 TATTTATATTCATTTAATCAAATCTCAGGTAAATTGGA-TTAAGAATTCGTTTTTACGAGTATTT
190 TATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCT
* * ** *
7378 GAATCTTGTTTCAACTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGG
255 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGT
*
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320 GAAAAGTCCTT
* *
7454 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGGCAAAAATTTTCAGAAAAAA
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGT--GAAAAAA
* * *
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* * * * *
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127 CTA-AAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAA
** * ** **
7645 TTATCTA-ATTCATCTAGCCAAATCTTAG-C-C-----A-TT-----TTT-TTTACAAAT--ATC
190 -TATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATC
* * * * * * * *
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254 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATG-AAAAACGATATTAAAAAC
*
7757 GTGAAAAGCCCTT
318 GTGAAAAGTCCTT
* * * * * * *
7770 CAAT-CTTTCT-ACATCGAATTATATAT-TTTCTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAG-AAAAA
1 CAATCCTTT-TGGCGTTGAATTATATATATTT-TATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAAAAAA
* * * * * * * *
7831 TTTTATCCGATAATTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTG---T-A-CATCATTGGTTTTTTG
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* * * ** *
7891 CTAAAAACGCGTTTCGGCGCCCTGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCGAGACTCCTTGAAA
127 CT-AAAACGCGCTTCGGGGCCC-GGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAA
* * *
7956 TGTCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTT-TGTGCATAT
190 TATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCT
* * *
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255 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGT
* *
8085 GAAAAGCCCTC
320 GAAAAGTCCTT
* * *
8096 CAATCCTTTTGGCGTTCAATTATATATATATTATGAGTATTTTAGCCAAAAATAGCTGAAAAAAT
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTG-TGAAAAAAT
*
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** * **
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* * * *
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* *
8356 TCTTGTTTC-AGTTTAATTAGAAATTAATT---ATAAAAATATGAAAACCGATATTAAAAGCGTG
258 TCTTGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCGGA-AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGTG
* *
8417 AAAATGGCTTT
321 AAAA-GTCCTT
* * * * * * * * * * * *
8428 TAGAT-TTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTGTGAGTATTTTTGCTAGAAATCGAGGAGAAAT
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* * * * * * *
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* * * * *
8555 AAAATGTG-TTCCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTG-C-A-A-TTCTTGAAATAT
129 AAAACGCGCTT-CGGGGCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATAT
* * * *
8615 CTATATTTATCTAATCAAATCAT-AGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTAAT-TACGAATAT
193 CTATATTCATCTAATCAAATC-TCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGT--G--CAT
* * * * * * *
8678 CTGTATCTTGTTTAGATTTAATTAAAAATTAATTGGGAAAAAAT-TGGAAAAACAATATTAGAAG
253 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAT-GAAAAACGATATTAAAAA
* *
8742 CGTCAAAAGCCCTT
317 CGTGAAAAGTCCTT
** ** * * *
8756 C-ATTTTTTTGATGTCGAACTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAA-T-TGAAAAATAT
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAAAAA-AT
* * * * * * *
8818 CTTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTA-CTCGAAATCGTATACTTACCATCACGGTTTTTGGCT
65 ATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGC-CGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT
* * ** * * *
8882 AAAA-GTGCATTCCAGGGCCACAACTTTA-TTTTGCATAATTTTTGGCGCCGAAACTCCTTGAAA
129 AAAACGCGC-TT-CGGGGCC-CGGC-TTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAA
* * *
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190 TATCTATATTCATCTAATCAAATCTCA-GCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATC
* *
9001 TG--T-GTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACG
254 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACG
*
9063 GGAAAAGTCCTT
319 TGAAAAGTCCTT
*
9075 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATATTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGTGAAAAAAT
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT-GTGAAAAAAT
*
9140 ATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTTCTAACCATCACTGTTTTTGGCTA
65 ATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT-
* * *
9205 AAAACGCGCTTCGGGGTTCAGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATAT
129 AAAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATAT
* * *
9270 CTATATTCATCTAATCAAATCTTAGGCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTGAA
193 CTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTGAA
* * *
9335 TGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTTAAAACGGGAA
258 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGTGAA
*
9400 AAGTCCTC
323 AAGTCCTT
* * * *
9408 CAATCCTTTTCGCGATGAATTTATATATATATATATATTATAATTATTTTAGCCAAAAATTGGTG
1 CAATCCTTTTGGCGTTG-A---AT-TATATATAT-T-TTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT-GTG
* *
9473 AAAAAATATTTCGGGTGATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCA-TAG-T
58 AAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACT-GTT
* *
9536 TTTGGCTAAAAACACGCTTCGGGGTTCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCT
122 TTTGGCT-AAAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCT
* * *
9601 TGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTGAAGGATTTCTTTTTATGTG
185 TGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTG
* * *
9666 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAACACGATATTAAA
250 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAA
* *
9731 AACGGGAAAAGTCCTC
315 AACGTGAAAAGTCCTT
* * * * *
9747 CAATCCTTTTGGCATTGAATTATATCA-ATATTATGAGTATTTTAGTCGAAAATTGGCGGAAAAA
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATAT-ATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT-G-TGAAAAA
* *
9811 ATATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTCAGCCGAAATC--GTACT-ACCATCACCGTTTTTGGC
63 ATATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGC
*
9873 TAAGAACGCGCTTCGGGGTTCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAAT
128 TAA-AACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAAT
*
9938 ATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTG
191 ATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTG
* *
10003 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAATCGATATTAAAAACGGG
256 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGTG
*
10068 AAAAGTCCTC
321 AAAAGTCCTT
* *
10078 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATATATTATGATTATTTTAGCCAAAAATTGGCGAAAAA
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-T-TTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT-GTGAAAAA
*
10143 ATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTG-TTTTGGC
63 ATATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGC
* *
10207 TAAAAACGCGCTTCGGGGTTCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAAT
128 T-AAAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAAT
*
10272 ATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTG
191 ATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTG
* * *
10337 AATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAATGGG
256 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGTG
*
10402 AAAAGTCCTC
321 AAAAGTCCTT
* *
10412 CAATCCTTTTGGCGCTGAATTATATATATATTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGTGAAAAAA-
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT-GTGAAAAAAT
*
10476 ATTTTCGTGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT
65 A-TTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT
*
10541 AAAAACGCGCTTCGGGGTTCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATA
129 -AAAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATA
* *
10606 TCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAT-CATCTG
192 TCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATG-TGCATCTG
* ** * * *
10670 AATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATT-AAAAAATATATATCAAAACCGATATTAAAAGCG
256 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA-A-ATATGAAAAACGATATTAAAAACG
* *
10734 TGAAAATGGCTTT
319 TGAAAA-GTCCTT
* * * * * * * * * *
10747 CAGAT-TTTTTGGCGTTGAATTATATGTCTTTTGTGAGTATTTTTGCTAGAAATTGAGGAGAAAT
1 CA-ATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAAAAAAT
* * * * *
10811 CTTTCGGATCAATTTTGGCAA-A-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCA-TGGTTTTTGGCT
65 ATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACT-GTTTTTGGCT
* * * *
10873 AAAAATGCG-TTCCGGGGCCC-GATTCAGTTTTGCCTGATTTTTGGTG-C-A-A-TCCTTGAAAT
129 -AAAACGCGCTT-CGGGGCCCGGCTT-AGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAAT
* * * * * * * *
10932 ATCTATATTTATCTAACCAAATCTTAACTACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTAATTACGAGCAT
191 ATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TTT--TTATGTGCAT
* * * * * **
10997 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTGGGAAAAAATAGGAAAAA--ATAGTAGAAGT
253 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAAC
* *
11060 GTCAAAAGCCCTT
318 GTGAAAAGTCCTT
* ** * * *
11073 C-ATCTTTTTGATGTCGAATTATATATCTTTTATGAGTATTTTAGCCGAAAA-T-TGAAGAAATA
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAA-AAA-A
* * * * * * * *
11135 TCTTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTATACTTACCATCACGGTTTTTGGCT
64 TATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT
* ** * * *
11200 AAAA-GCGCATTCTAGGGCCACAACTTTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAAACTCCTTGAAAT
129 AAAACGCGC-TTC-GGGGCC-CGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAAT
* *
11264 ATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTG
191 ATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTG
*
11329 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGGG
256 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGTG
* *
11394 AAATGTCCTC
321 AAAAGTCCTT
* *
11404 CAATCCTTTTGGCGTTGAACTATATATATATATATATATATTACGATTTATGAGTATTTTAGTCG
1 CAATCCTTTTGGCGTTG----------A-AT-TATATATA-T----TTTATGAGTATTTTAGCCA
* * *
11469 AAATTTGGTGAAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCCTGTACTAACC
49 AAAATT-GTGAAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * *
11534 ATCAATGTTTTTGGCTAAAAACGCGCTTCGGGGTTCAGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
113 ATCACTGTTTTTGGCT-AAAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTC
* * *
11599 GAAACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGT
176 GAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* * * * * *
11664 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTATTTGGGAAAAAATAGGAAAAA-
241 TTTTATGTGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAAC
* * * *
11728 -ATACTAGAAGA-GTCAAAAGCCCTT
306 GATATTA-AAAACGTGAAAAGTCCTT
* *** * *
11752 C-ATCTTTTTTATGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAA-T-TGAAGAAATA
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAA-AAA-A
* * * * * *
11814 TCTTTCGGGTCAGTTTTTGTATA-ATTTTAGCCGAAATCGTATACTTACCATCAATGTTTTTGGC
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* ** * * *
11878 TAAAA-GCGCATTCCAGGGCCACAACTTTGTTTTGCATGATTTTTGGTG-CTGAAACTCCTTGAA
128 TAAAACGCGC-TT-CGGGGCC-CGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTC-GAGACTCCTTGAA
* * *
11941 ATATCTTTATTCATATAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATC
189 ATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATC
* *
12006 TGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAACG
254 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACG
* *
12071 GGAAAAGTCCTC
319 TGAAAAGTCCTT
*
12083 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATATTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGTGAAAAAA-
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT-GTGAAAAAAT
12147 ATTTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT
65 A-TTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT
*
12212 ATAAACGCGCTTCGGGGTTCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATA
129 A-AAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATA
* *
12277 TCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAT-CATCTG
192 TCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATG-TGCATCTG
* ** * *
12341 AATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAA-TCAAAAAAAAATATGAAAACCGATATTAAAAGCGT
256 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGT
* * *
12405 CAAAATGGCTTT
320 GAAAA-GTCCTT
* * * * * * * ** * * * * *
12417 TAGAT-TTTTTGGGGTTGAATTATATGTTTTTTGTGAGTATTTTTGATAGAAATCGAGGAGAAAT
1 CA-ATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAAAAAAT
* * * ** * *
12481 CTTTCGGATCAATTTTTGCAA-A-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTTTCACGGTTTTCGGCTA
65 ATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT-
* * * * * * *
12544 AAAATGCGTTTCGAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTG-C-A-A-TCCTTGAAATATA
129 AAAACGCGCTTCGGGGCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATC
* * * * * ** ** *
12605 TATATTTATCTAACCAAAAAT-TGAAG--AAATAT--CTTTCGGGTCAATTT-TTGTAAAAT-TT
194 TATATTCATCTAATC--AAATCT-CAGCCACAT-TGGATTTAAGG---ATTTGTT-T-TTATGTG
* * * * * * * * ** * ** * ***
12663 TAGCCGAAATC--GTAT--ACTTACCATCA-TAGTT--TT-TTACTAAAA-GCGCATTCCAGA-A
250 CATCTG-AATCTTGTTTCGATTTA--ATTAGAAATTAATTCGGA-AAAAATATGAAAAAC-GATA
** * * * *** *
12718 CCACAACCTTG--TTTTGCTT
310 TTAAAAACGTGAAAAGTCCTT
* * * * * * * * *
12737 -GAT--TTTTGGCGCCGAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCA-AATCTCAGGC--AC
1 CAATCCTTTT-G-G-CG-------TTGAATTATATATATT--T-T-ATGAGTATTTTAGCCAAAA
* ** *** * * * * **** * *
12796 ATTG-GATATAAGGATTTCTTTTTATGTGCATCTG-AATC-TCGTTTCGATTTAAT--TAGAAAT
52 ATTGTGA-AAAAATATTTCGGGTCAT-T--TTTTGCAA-CAT--TTTAGCCGAAATCGT-G-TAC
* ***** * * *** ***** * *** ** * *
12856 TAA--TTCGGAAAAAATAT-G-AAAAACGATATT-AAAAACGGGAAAAGTCCTCCAAT-ACTTTT
108 TAACCATC--ACTGTTTTTGGCTAAAACGCGCTTCGGGGCCCGGCTTAGTTTTGC-ATGATTTTT
* * ** * * * * ** ** *
12915 GGCGTTGA-ATTATATAT-ATATATAT-TATGAGT-ATTTTAGCAAAAAATTGGCGAACAAATT-
170 GGCGTCGAGACT-CCT-TGA-A-ATATCTAT-ATTCATCTAATC-AAATCTCAGC---CACATTG
** ** * * * * ** * *
12975 --TTTCGGGTCATTT-TTTGCAACATTTTACCATCACTG-TTTTTGGCTAAAAACGCGCTTTGGG
226 GATTTAAGG--ATTTGTTT---TTA-TGT-GCAT--CTGAATCTT-G-T-----TTCGATTT--A
* ** * * * ** ** * **** * ** ** ** * * *
13036 GTTCAG-GCTTAGTTTTGCATGATTTTTG-GCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATT
273 ATT-AGAAATTA-ATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATA-T--TAAAAACGTGAAAAGTC-CTT
* ** * * * ** * * ** ** *
13098 -AATCAAATCTCAGGCACATTGGATT-TA-AGGATTTGT-T-TTTATTTGCATCTGAATCTTGTT
1 CAATC--CT-TTTGG--CGTTGAATTATATA-TATTT-TATGAGTATTT-TAGCCAAAAATTGTG
*** ** * * ** * * * *
13158 TCGATTTAATT--AGAAATTATTTCGCGAAAAATTTTAGCTGAAATCGTG---T-A-CATCATTG
58 AAAAAATATTTCGGGTCATT-TTTTGC--AACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACT-
* * * * ** *
13216 GTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGCGCCCTGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCGAGACT
119 GTTTTTGGCT-AAAACGCGCTTCGGGGCCC-GGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACT
* * * *
13281 CCTTGAATTGTCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACTTTAGATTTAAGGATTTGTTTTTAT
182 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAT
13346 GTGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATT
247 GTGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATT
* *
13411 AAAAACGGGAAAAGTCCTC
312 AAAAACGTGAAAAGTCCTT
* *
13430 CAAT-CTTTTGGCATTGAATTATATATATATATATTATGAGTATTTTAGCCGAAAATTG-GCAAA
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAA-T-TATATATAT-T-TTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTG--AA
* * *
13493 AAAAAATTTTCGGGTCATTTTTTTGCAACAATTCAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTT
60 AAAATA-TTTCGGGTCA-TTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTT
* *
13558 TTGGCTATAAACGCGCTTCGGGGTTCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCCTCGAGACTCCTT
123 TTGGCTA-AAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTT
* ** *
13623 GAAATATATATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTCAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAT-
186 GAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATG-TG
* * * ** * *
13687 CATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATTTGGAATTAATT-AAAAAATATATATCAAAACCGATATTA
250 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA-A-ATATGAAAAACGATATTA
* * * *
13751 AAAGCGTCAAAATGGCTTT
313 AAAACGTGAAAA-GTCCTT
* * * * * * * * * * *
13770 AAGAT-TTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTGTGAGTATTTTTGCTAGAAATTGAGGAGAAAT
1 CA-ATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAAAAAAT
* * * * * *
13834 CTTTCGGATCAATTTTGGCAA-A-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTA
65 ATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT-
* * * * *
13897 AAAATGCG-TTACAGGGCCCGG-TTCAGTTTTACCTGATTTTTGGTG-C-A-A-TCCTTGAAATA
129 AAAACGCGCTT-CGGGGCCCGGCTT-AGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATA
* * * * * * * *
13956 TCTATATTTATCTAACCAAATCTTAGCCACATTAGATTTACGGATTTGTTTTAATTACGAGCATT
192 TCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TTT--TTATGTGCATC
* * * * * * **
14021 TGAATCTTGTATCAATTTAATTAAAAATTAATT-GGTAAAAAATAGGAAAAA-AATATTAGAAGT
254 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAAC
* *
14084 GTCAAAAGCCCTT
318 GTGAAAAGTCCTT
* ** * *
14097 C-ATCTTTTTGAAGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAA-T-TGAAGAAATA
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAA-AAA-A
* * * * * *
14159 TCTTTCGGGTCAAATTTTTGTAAAAATTTTAGCCGAAAATTCGTATACTTAACCAT--CGGTTTT
64 TATTTCGGGTC-ATTTTTTG-CAACATTTTAGCCG-AAA-TCGTGTAC-TAACCATCACTGTTTT
* ** * * *
14222 TGGCTAAAA-GCGCATTCCAGGGCCACAACTTTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAAACTCCTT
124 TGGCTAAAACGCGC-TT-CGGGGCC-CGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTT
* * * * *
14286 GAAATATCTTTATTCATCTTATCAAATCTCAGGCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGTGC
186 GAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGC
* *
14351 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATAATGAAAAACAATATTAAA
251 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAT-ATGAAAAACGATATTAAA
* * *
14415 AATGGGAAAAGTCCTC
315 AACGTGAAAAGTCCTT
*
14431 CAATCCTTTTGGCGCTGAATTATATATATATATATATATATATTATGAGTATTTTAGCCAAAAAT
1 CAATCCTTTT-G-GC-G---T-T-GA-AT-TATATATAT-T-TTATGAGTATTTTAGCCAAAAAT
* * * *
14496 TGGTGAAAAAA-ATTTCCGTGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCTGAAATCGTGTATTAACAATCA
54 T-GTGAAAAAATATTT-CGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA
*
14560 CTGTTTTTGGCTCAAAACGCGCTTCGGGGTTCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGA
117 CTGTTTTTGGCT-AAAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGA
* * *
14625 CTCCTTGACATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTTTTTTT
180 CTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * ** * **
14690 ACGAT-CATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATT-AAAAAATATATATCAAAGCCG
245 ATG-TGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA-A-ATATGAAAAACG
* * * *
14753 ATATTAAAAGCGTCAAAATGGCTTT
307 ATATTAAAAACGTGAAAA-GTCCTT
* * * * * * * *
14778 AAGAT-TTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTGTGAGTATTTTTGCTAGAAA-T-TGAAGAAAT
1 CA-ATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAA-AAA-
* * * * * * * *
14840 ATCTTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCTGAAATCGTATACTTACCATCACGGTTTTTGGC
63 ATATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGC
* ** * * * *
14905 TAAAA-GCGCATTCCAGGGCCACAACTT-TTTTTGCATGATTTTTTGCG-CTGAAACTCGTTGAA
128 TAAAACGCGC-TT-CGGGGCC-CGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTC-GAGACTCCTTGAA
* * * *
14967 ATATCTTTATTCATCTTATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTATTTTTATGTGCATC
189 ATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATC
* *
15032 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAAC
254 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAAC
* *
15097 GGGAAAAGTCCTC
318 GTGAAAAGTCCTT
*
15110 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATATTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGTGAAAAAAT
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT-GTGAAAAAAT
15175 ATTTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT
65 A-TTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT
* * * *
15240 AAAAACGCGCTTCGGGGTTCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGAGTCAAGACTCCTAGAAATA
129 -AAAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATA
15305 TCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTGA
192 TCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTGA
* *
15370 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAGATATGAAAAACGATATTAAAAACGGGA
257 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGTGA
*
15435 AAAGTCCTC
322 AAAGTCCTT
*
15444 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATATATATATGATTATGTTTAGCCAAAAATTGGTGAAA
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-T-T-TATGAGTAT-TTTAGCCAAAAATT-GTGAAA
* *
15509 AAA-ATTTTCGGGTCATTTTTTGTAACATTTTAGCCGATATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTT
61 AAATA-TTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTT
* * * **
15573 GTCTAAAAACGCGCTTCGGGGTTCCGGCTTAGTTTTACATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGA
125 GGCT-AAAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGA
*
15638 AATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCAT
188 AATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCAT
* * *
15703 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAAT
253 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAAC
* *
15768 GGGAAAAGTCCTC
318 GTGAAAAGTCCTT
* * *
15781 CAATCCTTTTGGCGCTGAATTATATATATATTATGAGTATTTTAGCCAAAAAATGGTGAAAAACA
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCC-AAAAATTGTGAAAAA-A
*
15846 -ATTTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCG-AATCGTTTACTAACCATCACTGTTTTTGGC
64 TA-TTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGC
* *
15909 TAAAAACGCGCTTCGGGGTTCCGGCTTAGTATTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAAT
128 T-AAAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAAT
* * **
15974 ATCTATATTAATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAT-CATCT
191 ATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA-TGTGCATCT
* * * * *
16038 GAATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATT--AAAAATATATATCAAAACCGATATTAAAAGC
255 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA-A-ATATGAAAAACGATATTAAAAAC
* * *
16101 GTCAAAATGGCTTT
318 GTGAAAA-GTCCTT
* * * * * * * * * *
16115 CAGAT-TTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTGTGAGTATTTTTGCTAGAAATTGAGGAGAAAT
1 CA-ATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAAAAAAT
* * * * * *
16179 CTTTCGGATCAATTTTGGCAA-A-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGTCTA
65 ATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT-
* * * * *
16242 AAAATGCG-TTCCGGGGACC-GATTCAGTTTTGCCTGATTTTTGGTG-C-A-A-TCCTTGAAATA
129 AAAACGCGCTT-CGGGGCCCGGCTT-AGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATA
* * * * * * * *
16301 TCTATATTTATCTAACCAAATCTTAGTCACATTAGATTTACGGATTTGTTTTAATTACGAGCATC
192 TCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TTT--TTATGTGCATC
* * * * * * **
16366 TGAATCTTGTATCGTTTTAATTAAAAATTAATT-GGTAAAAAATAGGAAAAA-AATATTAGAAGT
254 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAAC
* *
16429 GTCAAAAGCCCTT
318 GTGAAAAGTCCTT
* ** * *
16442 C-ATCTTTTTGATGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCC-AAAATT-TGAAGAAATA
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAA-AAA-A
* * * * * * *
16504 TCTTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTTACCAT--CGGTTTTTGGCT
64 TATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT
* ** * * *
16567 AAAA-GCGCATTCCAGGGCCACAACTTTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAAACTCCTTGAAAT
129 AAAACGCGC-TT-CGGGGCC-CGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAAT
* * *
16631 ATCTTTATTCATCTTATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTG
191 ATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTG
* *
16696 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAACGGG
256 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGTG
*
16761 AAAAGTCCTC
321 AAAAGTCCTT
*
16771 CAATCCTTTTGGCGCTGAATATATATATATATATATTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGTGAA
1 CAATCCTTTTGGCGTTG-A-AT-TATATATAT-T-TTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT-GTGAA
* *
16836 AAAAAATTTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-CATTACTGTTTT
60 AAAATA-TTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTT
* * *
16900 TGGCTCAAAACGCGCTACGGGGTTCCGGCTTAGTTTGGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTG
124 TGGCT-AAAACGCGCTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTG
* * * *
16965 ACATATCTATATTCATCTAATCAAATCTGAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAT-C
187 AAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATG-TGC
* * * **
17029 ATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATT--AAAATATATATATCAAAGCCGATATTA
251 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA-A-A-ATATGAAAAACGATATTA
* * * *
17092 AAAGCGTCAAAATGGCTTT
313 AAAACGTGAAAA-GTCCTT
* * * * * * * * * * * *
17111 AAGAT-TTTTTGGCATTGAATTATATGTTTTTTGTGAGTATTTTTGCTAGAAATTGAGGAGAAAT
1 CA-ATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAAAAAAT
* * * * *
17175 ATTTTGGATCAATTTTGGCAA-A-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTA
65 ATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT-
* * * *
17238 AAAATGCG-TTCCAGGGCCCGG-TTCAGTTTTGCCTGATTTTTGGTG-C-A-A-TCCTTGAAATA
129 AAAACGCGCTT-CGGGGCCCGGCTT-AGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATA
* * * * * * * *
17297 TCTATATTTATCTAACCAAGTCTTAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTAATTACGAGTATC
192 TCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TTT--TTATGTGCATC
* * * * * *
17362 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATT-GTGAAAAACTAGGTAAAAA-AATATTAGAAG
254 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-GAAAAAATATG-AAAAACGATATTAAAAA
* * *
17425 TGTCAAAAGCCCTT
317 CGTGAAAAGTCCTT
* ** * *
17439 C-ATCTTTTTGATGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAA-T-TGAAGAAATA
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAA-AAA-A
* * * * * *
17501 TCTTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACGT-A--ATCACGGTTTTTGGC
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* ** * * * *
17563 TAAAA-GCGCATTCCAGGGCCACAACTTTGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGAAA
128 TAAAACGCGC-TT-CGGGGCC-CGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAA
* * *
17627 TATCTTTATTCATCTTATCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCT
190 TATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCT
* * * *
17692 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGGAAACCGATATTAAAAGCGT
255 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGT
* *
17757 GAAAATGGCTTT
320 GAAAA-GTCCTT
* * * * * * * * *** * *
17769 CAGAT-TTTTTGGTGTTGAATTATATGTTTTTTGTGAGTATTTTTGCTAGAAATCAAGGAGAAAT
1 CA-ATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAAAAAAT
* * * * *
17833 CTTTCGGATCAATTTTTGCAA-A-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCTA
65 ATTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCT-
* * * * *
17896 AAAATGCG-TTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTG-C-A-A-TCCTTGATATAT
129 AAAACGCGCTT-CGGGGCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATAT
* * * *
17956 CTATATTTATCTAAACAAATCTTAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTGAA
193 CTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTGAA
18021 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACAG-GA
258 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAAC-GTGA
* *
18085 AAAATCCTC
322 AAAGTCCTT
* * *
18094 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTACGAGTATTTTAGCCAAAAATTTGCGGAAAAAT
1 CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAA-TTGTGAAAAAAT
* * * * *
18159 TTTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTAATTTTAGTCAAAACCGTGTACTAACTATCAC-GATTTTT
65 ATTTCGGGTCATTTTTTGCAAC----ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTG-TTTTT
* * *
18223 GG-TGACAAACGC-CTTTCGGGGTCCCGGCTTAGTTTTGCATAATTTTTAGCGCCGAGACTCCTT
125 GGCT-A-AAACGCGC-TTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTT
* * *
18286 AAAATATCTA-ATTCATCTAACCAAATTTCAGCCA
186 GAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCA
18320 TTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 9587, Mismatches: 1652, Indels: 1208
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
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310 61 0.01
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361 4 0.00
364 1 0.00
365 3 0.00
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
CAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGAAAAAATA
TTTCGGGTCATTTTTTGCAACATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAA
AACGCGCTTCGGGGCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTA
TATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTGAATCT
TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGTGAAAAG
TCCTT
Found at i:24596 original size:39 final size:41
Alignment explanation
Indices: 24553--24631 Score: 117
Period size: 41 Copynumber: 2.0 Consensus size: 41
24543 TCATTAGTCA
*
24553 TAACTTCTAGCTATC-TTTGTTGCTCTTCTTGC-CTTCTCT
1 TAACTCCTAGCTATCATTTGTTGCTCTTCTTGCTCTTCTCT
*
24592 TAACTCCTAGCTATCTATTTGTTGCTTTTCTTGCTCTTCT
1 TAACTCCTAGCTATC-ATTTGTTGCTCTTCTTGCTCTTCT
24632 TTTGCTTCTG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 3
0.88 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
39 14 0.40
41 16 0.46
42 5 0.14
ACGTcount: A:0.11, C:0.27, G:0.10, T:0.52
Consensus pattern (41 bp):
TAACTCCTAGCTATCATTTGTTGCTCTTCTTGCTCTTCTCT
Found at i:30400 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 30376--30417 Score: 75
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
30366 AAAAGAATCT
30376 AATTCCTCTCTCCAAACAA
1 AATTCCTCTCTCCAAACAA
*
30395 AATTCCTCTCTCCAGACAA
1 AATTCCTCTCTCCAAACAA
30414 AATT
1 AATT
30418 TAATTTGTTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 22 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.33, G:0.02, T:0.29
Consensus pattern (19 bp):
AATTCCTCTCTCCAAACAA
Done.