Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022443.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22476, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.37
Found at i:836 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 8--1904 Score: 2622
Period size: 333 Copynumber: 5.7 Consensus size: 332
1 TTCTGCA
* * *
8 AAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTAAACCGCAATACTCGTAAAAGATATATAATTCA
1 AAAATTGACCAGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCA
* * * *
73 ATGATAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATAGCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTA
66 ACGACAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTA
* * *
138 ATTTCTAATTAAATCGAAAGAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTAGC
131 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGC
* ** * ** *
203 TGAGATTTGGGATA-ATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGTTAAAAATCATGAAAATCT
196 TGATATTT-GTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCT
* * * *
267 GAGCCGGGTGCCCC-AAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTTATGGTT-GGTACACGATTTCGGC
260 AAGCCGGG-GCCCCGGAACGCGTTTTTAG-CAAAAAACCGTGAT-GTTACGTACACGATTTCGGC
330 AAAAATTTTGC
322 AAAAATTTTGC
* * ** *
341 AAAAATTGACCCAGAAA-ATTTTTCCGCAATTTTTAACCACAATACTTATAAAAAATATTTAATT
1 -AAAATTGA-CCAGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATT
*
405 CAAC-ACCAAAAAGATTGAAGGGGTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAA
64 CAACGA-CAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAA
* * * *
469 TTAATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAGATTCGTTGT
128 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGT
534 GGCTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAT
193 GGCTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAT
* * * *
599 CTAAACCGGAGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGTTAACGTACACGATGTCGGC
258 CTAAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGTT-ACGTACACGATTTCGGC
664 AAAAATTTTGC
322 AAAAATTTTGC
* * *
675 AAAATCTGAACGGAAAGATTTTTCCTCAA-TTTTAACCGCAGTACTCGTAAAAAATATATAATTC
1 AAAAT-TGACCAGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTC
* *
739 AACGACAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCATTTTTTTCCCGAATT
65 AACGACAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATT
* *
804 AATTTCTATTTAAATCGAAATAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGG
130 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGG
* * * * *
869 CTGATGTTTGGTTACATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAATATCATGCAAAACT
195 CTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCT
* * * * * *
934 GAGCCGGGACCGCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATG---CATACACGATTTCGGCAAA
260 AAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGTTACGTACACGATTTCGGCAAA
996 ATATTTTGC
325 A-ATTTTGC
* * * *
1005 AAAAATTGACCCAGAAA-ATTTTTCCGCAATTTTTAACCACAATACTTGTAAAAAATATTTAATT
1 -AAAATTGA-CCAGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATT
*
1069 CAAC-ACCAAAAAGATTGAAGGGGTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAA
64 CAACGA-CAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAA
* * * * * *
1133 TTAATTTCTAAATAAATCGATACAGGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAGATTCGTTGT
128 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGT
* *
1198 GGCTAATATTTGTTTAGATTAATATAAATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAT
193 GGCTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAT
* * * * ** *
1263 CTAAGACGGGGCCCCGAAACGTGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGAAACGTACACGATGTCGGCA
258 CTAAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGTTACGTACACGATTTCGGCA
1328 AAAATTTTGC
323 AAAATTTTGC
* * * *
1338 AAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGCAAAAAATATATAACTC
1 -AAAATTGACCAGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTC
* * * *
1403 AACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTACAC-ATT-T-CTATCATTTTTACAATTCTTTCCCGAAT
65 AACGACAAAAAGATTGAAGGGCTTTT-CACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAAT
** *
1464 TAATTGATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTATG
129 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTG
*
1529 GCTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
194 GCTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATC
* *
1594 -AGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGC
259 TA-AGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGAT-GTTACGTACACGATTTCGGC
*
1657 AAAAATTTTGTA
322 AAAAATTTTG-C
* *
1669 AAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCA
1 AAAATTGACCAGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCA
* * * * *
1734 ATGACAAAAAGATTGAAGGGCTTTACAAGCTTCTATTATCATTTTTACAATTCTTTCCCGAATTA
66 ACGACAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTA
* * * *
1799 ATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAAATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTATGGT
131 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGC
1864 TGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTT
196 TGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTT
1905 TCCTTAAATC
Statistics
Matches: 1387, Mismatches: 149, Indels: 55
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
329 19 0.01
330 308 0.22
331 259 0.19
332 16 0.01
333 485 0.35
334 294 0.21
335 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (332 bp):
AAAATTGACCAGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCA
ACGACAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTA
ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGC
TGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCTA
AGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGTTACGTACACGATTTCGGCAAAA
ATTTTGC
Found at i:1374 original size:664 final size:664
Alignment explanation
Indices: 4--1904 Score: 2910
Period size: 664 Copynumber: 2.9 Consensus size: 664
1 TTC
* * *
4 TGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTAAACCGCAATACTCGTAAAAGATATATAA
1 TGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAA
* * * *
69 TTCAATGATAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATAGCATTTTTTCAATTCTTTCCCGA
66 TTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGA
* *
134 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAAGAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG
131 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG
* * * **
199 TAGCTGA-GATTTGGGATAATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGTTAAAAATCATG-AA
196 TGGCTGATG-TTT-GGTTAATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAA
** * **
262 AATCTGAGCCGGGTGCCCCAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTTATGGTTGGTACACGATTTC
259 AA-CTGAGCCGGG-GCCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGG-TCATACACGATTTC
*
327 GGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAGAAAATTTTTCCGCAATTTTTAACCACAATACTTATAA
320 GGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAGAAAATTTTTCCGCAATTTTTAACCACAATACTTGTAA
392 AAAATATTTAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGGTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAA
385 AAAATATTTAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGGTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAA
457 TTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCT
450 TTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCT
522 TAGATTCGTTGTGGCTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAA
515 TAGATTCGTTGTGGCTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAA
* *
587 AATCATGCAAATCTAAACCGGAGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGTTAACGTA
580 AATCATGCAAATCTAAACCGGAGCCCCGAAACGTGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGTAAACGTA
652 CACGATGTCGGCAAAAATTT
645 CACGATGTCGGCAAAAATTT
* * * *
672 TGCAAAATCTGAACGGAAAGATTTTTCCTCAA-TTTTAACCGCAGTACTCGTAAAAAATATATAA
1 TGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAA
* *
736 TTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCATTTTTTTCCCGA
66 TTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGA
* *
801 ATTAATTTCTATTTAAATCGAAATAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG
131 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG
*
866 TGGCTGATGTTTGGTTACATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAATATCATGCAAA
196 TGGCTGATGTTTGGTTA-ATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* *
931 ACTGAGCCGGGACCGCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT-G-CATACACGATTTCGGCA
260 ACTGAGCCGGGGCC-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTCATACACGATTTCGGCA
994 AAATATTTTGCAAAAATTGACCCAGAAAATTTTTCCGCAATTTTTAACCACAATACTTGTAAAAA
324 AAA-ATTTTGCAAAAATTGACCCAGAAAATTTTTCCGCAATTTTTAACCACAATACTTGTAAAAA
1059 ATATTTAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGGTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTC
388 ATATTTAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGGTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTC
* *
1124 TTTCCCGAATTAATTTCTAAATAAATCGATACAGGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAG
453 TTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAG
* *
1189 ATTCGTTGTGGCTAATATTTGTTTAGATTAATATAAATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
518 ATTCGTTGTGGCTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
* *
1254 CATGCAAATCTAAGA-CGGGGCCCCGAAACGTGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATG-AAACGTACA
583 CATGCAAATCTAA-ACCGGAGCCCCGAAACGTGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGTAAACGTACA
1317 CGATGTCGGCAAAAATTT
647 CGATGTCGGCAAAAATTT
*
1335 TGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGCAAAAAATATATAA
1 TGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAA
* * * * *
1400 CTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTACAC-ATT-T-CTATCATTTTTACAATTCTTTCCCG
66 TTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGCTTTT-CACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCG
**
1461 AATTAATTGATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATT
130 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATT
* * *
1526 ATGGCTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAA
195 GTGGCTGATGTTTGGTTA-ATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAA
* * *
1591 AACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
259 AACTGAGCCGGGG-CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTCA-TACACGATTTCGG
* * * * *
1656 CAAAAATTTTGTAAAAATTGACCC-GAAAGATATTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAA
322 CAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAGAAA-ATTTTTCCGCAATTTTTAACCACAATACTTGTAAA
* * * * * * *
1720 AAATATATAATTCAATGA-CAAAAAGATTGAAGGGCTTTACAAGCTTCTATTATCATTTTTACAA
386 AAATATTTAATTCAA-CACCAAAAAGATTGAAGGGGTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAA
* * *
1784 TTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAAATGATCGTAAAAACAAATCCT
450 TTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCT
* * * * *
1849 TAAATCCATTATGGTTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTT
515 TAGATTCGTTGTGGCTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTT
1905 TCCTTAAATC
Statistics
Matches: 1131, Mismatches: 88, Indels: 33
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
661 181 0.16
662 8 0.01
663 293 0.26
664 374 0.33
665 2 0.00
666 16 0.01
667 224 0.20
668 33 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (664 bp):
TGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAA
TTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGA
ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG
TGGCTGATGTTTGGTTAATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
CTGAGCCGGGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTCATACACGATTTCGGCAAA
AATTTTGCAAAAATTGACCCAGAAAATTTTTCCGCAATTTTTAACCACAATACTTGTAAAAAATA
TTTAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGGTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTT
CCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAGATT
CGTTGTGGCTGATATTTGTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT
GCAAATCTAAACCGGAGCCCCGAAACGTGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGTAAACGTACACGAT
GTCGGCAAAAATTT
Found at i:2954 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 2909--2980 Score: 83
Period size: 31 Copynumber: 2.3 Consensus size: 31
2899 CCAGACATGC
* *
2909 ATGACCCTAAATCCAGCA-GACCCGAGACCCGA
1 ATGA-CCTGAATCCAG-ATGACCCGAAACCCGA
*
2941 ATGACCTGAATCCAGATGAGCCGAAACCCGA
1 ATGACCTGAATCCAGATGACCCGAAACCCGA
*
2972 ATGATCTGA
1 ATGACCTGA
2981 GAAAATTACC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 3
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.03
31 30 0.86
32 4 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.31, G:0.21, T:0.14
Consensus pattern (31 bp):
ATGACCTGAATCCAGATGACCCGAAACCCGA
Done.