Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022450.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22483, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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7059 ACTTGACATT
* * * * * * *
7069 ATCTAACCAAATCTCAACAACATTGGATTTAAGAATTAGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * *
7134 CGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATAAGAAATACGATATTA-AAAGCGTAAAAAACCTG
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAA-ACGATATTAGAAA-CGTGAAAAACCT-
* * *
7198 T-AATCTTTTGGGCGTTGAATTATGTA-TTTTTATGAGTTTTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAA-A
128 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGA-AATA
* * * *
7260 TCTTTC-GTATCATTTTTTGCAAACTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAAACCATCACAGTTTT
192 TCTTTCAG-GTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG---TAA-TAACCATCACAG----
* * * ** * * * * *
7324 TTTTTGGCTAAAAACGAGTT-TCAGGAACTCGGCTCAATTTTGCGA-GATTTTTGGCTTCGAA-A
248 TTTTCGGCTAAAAACGCGTTCT-GGGGCCCCAGCTCAGTTTTGC-ATGATTTTTGGC-GCCAAGA
*
7386 CTACTTGAAATATCTATATTC
310 CTCCTTGAAATATCTATATTC
* * * *
7407 ATTTAATCAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
*** *
7472 CGATTTAATTAGAAATTAATTTTTAAAAAATAGGAAAACGATATTAGAAACGTCAAAAACACTTC
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAAC-CTTC
* * *
7537 AATCTTTTTGGCGTTGAATTACATATTTTTTATGAGTATTTTATCCAAAAAATGAGGAAATATCT
130 AATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCT
* * *
7602 TTCAGGTAAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTCAGCTAAA
195 TTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTCGGCTAAA
** * * * *
7667 AAAACGTTCTGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGACGCCAAGACTCCTTGAGATATCC
260 AACGCGTTCTGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCT
7732 ATATTC
325 ATATTC
* * * * **
7738 ATCTAATCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGCTTTTAAAAGCATCTGAATCTTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * *
7803 CGATTTAATTGGAAATTAATTCAGAAAAAGTATGAAGAACGATACTA-AAAGCGTGAAAAGTCCT
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAA-AACGATATTAGAAA-CGTGAAAA-ACCT
* * * * * *
7867 CCAATCTTTTT-GCGTTAAATTAT-TGATATTTTATGAGTATTTT-GTCCAAAAATTAAGTAAAA
128 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAT-ATTTTTTATGAGTATTTTAG-CCAAAAATTGAGGAAAT
* * * * * * * * *
7929 ATTTTTTTA-GTCATTTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCATGTACTAACCA-CATAGTTTTTG
191 A-TCTTTCAGGTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTCG
* * *
7992 GCTAAAAACGCGTT-TCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTGGCACC-GGCACTCCTTG
254 GCTAAAAACGCGTTCT-GGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAG-ACTCCTTG
*
8055 AAATATCTGTATTC
317 AAATATCTATATTC
* * *
8069 ATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * *
8134 CGATTTAATTAGAAATTAATTCTAG-AAAAATATGGAAAATGATATTA-AAGGCATGAAAAGCCC
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTC-AGAAAAAATA-GGAAAACGATATTAGAA-ACGTGAAAA-ACC
** * * * **
8197 TTCAATCTTTTTGATGTTGAATTATATATTTTTTATAAGTATTATGGCCAAAAATTGAAAAAATA
127 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATA
* * * * * *
8262 ACTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAACTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATTACGGGTTTT-GGC
192 TCTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCAC-AGTTTTCGGC
* * * * * * ** * * ** * * *
8326 CAAAAACGCGTACCGAGG-CCCGGTTCAAATTTGAATGATTTTTGGTGCTGAGGCTCTTTGACAT
256 TAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAAT
8390 ATCTATATTC
321 ATCTATATTC
* * *
8400 ATCTAA-CGAGATC-CA---AC----C--------A-TTGTTTTTACAAG-ATTCTGAATCATGT
1 ATCTAATC-AAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA-TCTGAATCTTGT
* * *
8446 TT-TATTTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAAC
64 TTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGG-AAAACGATATTAGAAACGTG-AAAAAC
* * * * * *
8510 CTTCAATCTTTTTGGCATTTGAATTATATA-TTTTCATTAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAA
126 CTTCAATCTTTTTGGC-GTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGG--A
* * * * *
8574 AATAT-TTTGA-GTCAATTTTTGCAAAATATCAGCCGAAACCATG---TAA-CATCACAGTTTTT
188 AATATCTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAG---TT
** * * * * * *
8633 TTCCCCTCTAAAAACGTGTTAC-GAGGCCCCAG-GCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTCAATAC-
250 TT--CGGCTAAAAACGCGTT-CTGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACT
8695 CCTTGAAATATCTATATTC
312 CCTTGAAATATCTATATTC
* * * * * *
8714 ATGTAGTCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTATTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* ** ** * *
8779 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAGTAGGAAAAATTATATTAGATGCTTAAAAAGAACCC
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGG-AAAACGATATTAGAAACGT-GAAA-AA-CC
* * * * * **
8844 TTCTATATTTTTGGCGTTGAATTATGTATTATTTATGAGTATTTTATCCAAAAATT-ACAAAATA
127 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATA
* * * * *
8908 TCTTTCCGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGGTTTTTGGCT
192 TCTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTCGGCT
** * * * * * * * ** *
8973 AAAAACGCGTTCCAGGACTCCGGGTCAGTTTTGCATTATTTTTGGTGCTAAGACTCCTCCAGATA
257 AAAAACGCGTTCTGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATA
*
9038 TCCATATT-
322 TCTATATTC
*
9046 ATTCTAATCAAATCTAAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
1 A-TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * * *
9111 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCATAAAAAAT---ATAA--A-A--AG---CGTGAAAAGTCCTC
65 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAACGATATTAGAAACGTGAAAA-ACCTT
* ** * * * * *
9165 CAATCTTTTTAGAATTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTTG-GGAAAAAA
129 CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAA-TTGAGGAAATAT
* ** * * * * * * **
9229 GTTTTTGGTCATTTTTGTGCAAAATTTTAGTCGAATTCGTG---T-A-CGTTACGGTTTTTTTTG
193 CTTTCAGGTCAATTTT-TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAG--TTTTCGG
* * * * *
9289 CTAAAAATGCGTT-TCGGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAA
255 CTAAAAACGCGTTCT-GGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAA
9353 ATATCTATATTC
319 ATATCTATATTC
* * * * * *
9365 ATCTAATCTAATTTCAACGACATTGCATTT-AGGAATTTCTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGG-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * * * *
9429 TTGATTTAATTAGAAATTAATTCA-AAAAAATATGAAAACCAATATTA-AAAGCATGAAAAGTCC
65 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAA-CGATATTAGAAA-CGTGAAAA-ACC
* * * * ** *
9492 TCCAATTTTTTTGGAGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTATACAAAAATGGAGGAAA-A
127 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATA
* * * * **** *
9556 TATTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATATTAGCCGAAATCATGTACGTTTAGGGTTTCACGGTTTTT
192 TCTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA---ATA-ACCATCACAG-TTTT
** ** * * * * *
9621 CGTG-T--TCACGCGTTCCAGGG-CCCAGTTTCAATTTTGCATGCATTTTTGGGGTCAAGACTCT
252 CG-GCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCAG-CTCAGTTTTGCATG-ATTTTTGGCGCCAAGACTCC
* *
9682 TTAAAATATATATATATATTC
314 TT--GA-A-ATATCTATATTC
* * * * ** *
9703 TTCTAACCAAATCTCAGCCACGTTGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTTTCTAAAT-TGTGTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT-TGTT
* * ** * *
9767 TCGGTTT-ATCAGAAATTAATTTGGAAATAGTATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGG
65 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-A-AATAGG-AAAACGATATTAGAAACGTGAAAAA--
* * * * * * * *
9831 CTTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTAATGATTATTTTTGCCTAAAATCGA-GAAA
125 CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA
* * * * * *
9895 AATTCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAGTCGTATATTAACCATCACAGTTTTCG
190 TA-TCTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTCG
*** * *
9960 GCTAAAAACGCGTTCCACGGCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAA
254 GCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAA
* *
10024 ATATTTATATTT
319 ATATCTATATTC
* * *
10036 ATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATC
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATT-GCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * *
10100 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAGAAAAATAGGAAAAACAATATT-GAAAGCGTTAAAAACC
65 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGA-AAAAATAGG-AAAACGATATTAGAAA-CGTGAAAAA-C
* * * * *
10164 CTTTAATCTTTTTTAG-GTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGTAATCTAGCCAAAAATTGAGAAAA
126 CTTCAATC-TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA
* * * *
10227 TATTTTTCGGGTCAATTTTT-----A---T----GAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGG
190 TATCTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTCGG
** * ** **
10280 CTAAAGTCGCG-T-T--------A---CAG----G-ATCA----TGGCGCTGAGACTCCTTGATT
255 CTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAA
* *
10323 TGTCTTTATTC
320 TATCTATATTC
* * *
10334 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAAGTGCATCTGAATCTTGTTT
1 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * * * * **
10399 CGATTTAATTAGAAAATAATTTACAATAAATATGAAAAAGGATATTAGAAGCGTAGAAAGTCCTT
66 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA-GGAAAACGATATTAGAAACGT-GAAAAACCTT
* * * * ** * *
10464 CAAACTTTTTTTGCATTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTTTTCCAAAAAAATGAGGAAAA
129 CAATC-TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTA-TTTTAGCC-AAAAATTGAGGAAAT
*
10529 ATCTTTCGGGTCA
191 ATCTTTCAGGTCA
10542 TTTCTACTGT
Statistics
Matches: 2488, Mismatches: 496, Indels: 339
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
297 33 0.01
298 120 0.05
299 12 0.00
300 4 0.00
301 24 0.01
302 3 0.00
303 1 0.00
307 3 0.00
309 2 0.00
310 5 0.00
311 3 0.00
312 4 0.00
313 5 0.00
314 158 0.06
315 58 0.02
316 16 0.01
317 11 0.00
318 143 0.06
319 82 0.03
320 24 0.01
321 23 0.01
323 3 0.00
324 3 0.00
326 3 0.00
327 23 0.01
328 15 0.01
329 66 0.03
330 16 0.01
331 588 0.24
332 228 0.09
333 268 0.11
334 39 0.02
335 23 0.01
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338 201 0.08
339 83 0.03
340 26 0.01
341 55 0.02
342 36 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAACCTTCA
ATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTT
TCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAA
ACGCGTTCTGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
TATTC
Found at i:9090 original size:333 final size:329
Alignment explanation
Indices: 8419--10246 Score: 1361
Period size: 333 Copynumber: 5.5 Consensus size: 329
8409 GATCCAACCA
* * * *
8419 TTGTTTTTACAAG-ATTCTGAATCATGTTT-TATTTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGG
1 TTGTTTTTACGAGCA-TCTGAATCTTGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATAGG
* * * * * *
8482 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA-ACCTTCAATCTTTTTGGCATTTGAATTATATATT-TTC
63 AAAAACAATATTAGAAGC-TTAAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGG-AGTTGAATTATATATTATTT
* * ** * * * *
8545 ATTAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATATTTT-GAGTCAATTTTTGCAAAATATCAGCCG
126 ATGAGTATTTTATCCAAAAATT-A-G-AAAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* * * ** * * *
8609 AAACCATG---TAA-CATCACAGTTTTTTTCCCCTCTAAAAACGTGTTACGAGGCCCCAGG--CA
188 AAATCGTGTATTAATCATCAC-G-GTTTTT---GGCTAAAAACGCGTT-CCAGGGCCC-GGCTCA
* * *
8668 GTTTTGCATGATTTTT--TGCGTCAATAC-CCTTGAAATATCTATATTCA-TGTAGTCAAATCTC
246 GTTTTGCATGATTTTTGGTGC-TCAAGACTCCTTGAAATATCTATATT-ATTCTAATCAAATCTC
* *
8729 AGTCACATTGGATTTAAGGAT
309 AGCCACATTGCATTTAAGGAT
* *
8750 TTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAGTAGGAA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA-TAGGAA
** * * * * *
8815 AAATTATATTAGATGCTTAAAAAGAACCCTTCTATATTTTTGGCGTTGAATTATGTATTATTTAT
65 AAACAATATTAGAAGCTTAAAAAG--CCCTTCAATTTTTTTGGAGTTGAATTATATATTATTTAT
* * *
8880 GAGTATTTTATCCAAAAATTACAAAATATCTTTCCGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAAT
128 GAGTATTTTATCCAAAAATTAGAAAATAT-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
* * * *
8945 CGTGTAATAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGACTCCGGGTCAGTTTTGCATT
192 CGTGTATTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATG
** * * *
9010 ATTTTTGGTGCT-AAGACTCCTCCAGATATCCATATTATTCTAATCAAATCTAAGCCACATTGCA
256 ATTTTTGGTGCTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTATTCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCA
9074 TTTAAGGAT
321 TTTAAGGAT
9083 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC------AT----AA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAA
* * * * * * * * * *
9138 AA-AATATAAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTAGAATTAAATTATATA-TATTTCATGA
66 AACAATATTAGAAGCTTAAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGAGTTGAATTATATATTATTT-ATGA
* * * * * * *
9201 GTATTTTAGCCAAAAATTTGGGAAAAAAGTTTT-TGGTCATTTTTGTGCAAAATTTTAGTCGAAT
130 GTATTTTATCCAAAAA-TT-AGAAAATA-TTTTCGGGTCAATTTT-TGCAAAATTTTAGCCGAAA
* * * * * *
9265 TCGTG---T-A-CGTTACGGTTTTTTTTGCTAAAAATGCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTTGC
191 TCGTGTATTAATCATCACGG--TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGG-CCCGGCTCAGTTTTGC
* * * * * *
9325 ATGATTTTTGGCG-TCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA-TCTAATCTAATTTCAACGACAT
253 ATGATTTTTGGTGCTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATT-ATTCTAATCAAATCTCAGCCACAT
9388 TGCATTT-AGGAAT
317 TGCATTTAAGG-AT
* * * * *
9401 TTCTTTTCACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAA
* * * * * *
9466 ACCAATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATTTTTTTGGAGTTGAATTATATA-TATTTTATGA
66 AACAATATTAGAAGCTTAAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGAGTTGAATTATATATTA-TTTATGA
* * * *
9530 GTATTTTATACAAAAATGGAGGAAAATA-TTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATATTAGCCGAAATC
130 GTATTTTATCCAAAAAT-TA-GAAAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * * **** ** *
9594 ATGTACGTTTAGGGT-TTCACGGTTTTTCG-TGTTCACGCGTTCCAGGGCCCAGTTTCAATTTTG
193 GTGTA---TTA--ATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCC-GGCTCAGTTTTG
* * * * *
9657 CATGCATTTTTGG-GGTCAAGACTCTTTAAAATATATATATATATTCTTCTAACCAAATCTCAGC
252 CATG-ATTTTTGGTGCTCAAGACTCCTTGAAATATCTATAT-TA---TTCTAATCAAATCTCAGC
* *
9721 CACGTTGTATTTAAGGAT
312 CACATTGCATTTAAGGAT
** * * * **
9739 TTGTTTTTACGAGTTTCTAAAT-TGTGTTTCGGTTT-ATCAGAAATTAATTTGGAAATAGTATAG
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT-TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-A--ATAG
* * * * *
9802 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAGGCTTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTT-TT
62 GAAAAACAATATTAGAAGC-TTAAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGAGTTGAATTATATA-TTATT
* * * * *
9866 AATGATTATTTT-TGCCTAAAATCGAGAAAA-ATTCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
125 TATGAGTATTTTAT-CCAAAAAT-TAGAAAATA-T-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * * * *
9929 CGAAGTCGTATATTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCACGGCCCGACTCAGTTTT
186 CGAAATCGTGTATTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTT
* *
9994 GCATGATTTTTGGTGC-CAAGACTCCTTGAAATATTTATATT-TATCTAACCAAATCTCAGCCAC
251 GCATGATTTTTGGTGCTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAT-TCTAATCAAATCTCAGCCAC
10057 ATTAG-ATTTAAGGAT
315 ATT-GCATTTAAGGAT
* *
10072 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATCTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAGAAAAATAGGA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AGAAAAATAGGA
* * *
10137 AAAACAATATT-GAAAGCGTTAAAAA-CCCTTTAATCTTTTTTAG-GTTGAATTATAT-TTTTTT
64 AAAACAATATTAG-AAGC-TTAAAAAGCCCTTCAAT-TTTTTTGGAGTTGAATTATATATTATTT
* * *
10198 ATGAGTAATCTAGCCAAAAATTGAGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTT
126 ATGAGTATTTTATCCAAAAATT-AGAAAATA-TTTTCGGGTCAATTTTT
10247 ATGAAATCGT
Statistics
Matches: 1192, Mismatches: 214, Indels: 182
0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
316 6 0.01
317 5 0.00
318 145 0.12
319 43 0.04
320 11 0.01
321 43 0.04
322 5 0.00
324 2 0.00
326 1 0.00
327 24 0.02
328 13 0.01
329 71 0.06
330 30 0.03
331 117 0.10
332 92 0.08
333 246 0.21
334 59 0.05
335 6 0.01
336 16 0.01
337 46 0.04
338 75 0.06
339 23 0.02
340 25 0.02
341 52 0.04
342 35 0.03
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (329 bp):
TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAA
AACAATATTAGAAGCTTAAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGAGTTGAATTATATATTATTTATGAG
TATTTTATCCAAAAATTAGAAAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
TATTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
TGGTGCTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTATTCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAA
GGAT
Done.