Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022484.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22517, whole genome shotgun sequence
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77 GTCAGCCTTG
*
87 AATTT-TTTAATGT-TTAATTCTTA
1 AATTTATTTAATGTCTTAATTATTA
*
110 AATTTATTTAATGTCTTAATTATTC
1 AATTTATTTAATGTCTTAATTATTA
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1 AATTTATTT
144 TACAATCCAC
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AATTTATTTAATGTCTTAATTATTA
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1567 GAGATTTTGG
*
1577 AGAAATATGATAATCAAAATTACAAAAAATGTAATA
1 AGAAATATGATAACCAAAATTACAAAAAATGTAATA
1613 AGAAATATGATAACCAAAATTACAAAAAATGTAA
1 AGAAATATGATAACCAAAATTACAAAAAATGTAA
1647 GGTTATTGAA
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AGAAATATGATAACCAAAATTACAAAAAATGTAATA
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2099 TACTAATGTT
* *
2109 ATTAAGAATGTAAGGATTGGTAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCTTTTTTAGTAGATTACT
1 ATTAAGAATGCAAGGATTGGTAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCTTTTATAGTAGATTACT
*
2174 CAAGTAATTAAATTGGTAACTTTCATTATTAATCATAAAAAGTTACTAAAATTAATAAGGATGTA
66 CAAGTAATTAAATTGGCAACTTTCATTATTAATCATAAAAAGTTACTAAAATTAATAAGGATGTA
2239 AGATTACTTGAATCTAGATAGTACTATAATGTTTTTCGGCAAAAAAAA
131 AGATTACTTGAATCTAGATAGTACTATAATGTTTTTCGGCAAAAAAAA
* *
2287 ATTAAGAATGCAAGGATTGGTAAATACAATTTTAATAACTTTTTTAGCTTTTATAGTAGATTACT
1 ATTAAGAATGCAAGGATTGGTAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCTTTTATAGTAGATTACT
* * *
2352 TAAGTAATTAAATTGGCAACTTTCATTATTGATCATACAAAGTTACTAAAATTAATAAGGATGTA
66 CAAGTAATTAAATTGGCAACTTTCATTATTAATCATAAAAAGTTACTAAAATTAATAAGGATGTA
*
2417 AGATTATTTGAATCTAGATAGTACTATAATGTTTT
131 AGATTACTTGAATCTAGATAGTACTATAATGTTTT
2452 CATAACTTTT
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ATTAAGAATGCAAGGATTGGTAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCTTTTATAGTAGATTACT
CAAGTAATTAAATTGGCAACTTTCATTATTAATCATAAAAAGTTACTAAAATTAATAAGGATGTA
AGATTACTTGAATCTAGATAGTACTATAATGTTTTTCGGCAAAAAAAA
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4066 AAATTGATAA
*
4076 TCTTCTTGCATAGAAATCGATAACCTTCTTAATTGATTAATATTTAACTTCGTTCTTAATAGCCC
1 TCTTCATGCATAGAAATCGATAACCTTCTTAATTGATTAATATTTAACTTCGTTCTTAATAGCCC
4141 TGTAGTTTTTTTAGTAAATTATTTCTTCTTCTTCTTCT
66 TGTAGTTTTTTTAGTAAATTATTTCTTCTTCTTCTTCT
* *
4179 TCTTCATGCATCAGAGATCGATAACCTTCTTAATTGATTAATGTTTAACTTCGTTCTTAATAGCC
1 TCTTCATGCAT-AGAAATCGATAACCTTCTTAATTGATTAATATTTAACTTCGTTCTTAATAGCC
4244 CTGTAGTTTTTTTAGTAAATT
65 CTGTAGTTTTTTTAGTAAATT
4265 CAAATAAGAA
Statistics
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103 10 0.12
104 72 0.88
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TCTTCATGCATAGAAATCGATAACCTTCTTAATTGATTAATATTTAACTTCGTTCTTAATAGCCC
TGTAGTTTTTTTAGTAAATTATTTCTTCTTCTTCTTCT
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21464 CATCAAACAT
*
21474 ATTA ATTC ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA AT
1 ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA AT
21508 ACTATAATTT
Statistics
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4 28 1.00
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ATTA
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28798 AAAGAAAATG
28808 GTGGGTAGACAATTCTCTAACAGCCAAAGGCATCTAGCAGTGTATGGTCCATATATCTCATTATG
1 GTGGGTAGACAATTCTCTAACAGCCAAAGGCATCTAGCAGTGTATGGTCCATATATCTCATTATG
28873 GAACATTCATGCTT
66 GAACATTCATGCTT
28887 GTGGGTAGACAATTCTCTAACAGCCAAAGGCATCTAGCAGTGTATGGTCCATATATCTCATTATG
1 GTGGGTAGACAATTCTCTAACAGCCAAAGGCATCTAGCAGTGTATGGTCCATATATCTCATTATG
28952 GAACATTCATGCTT
66 GAACATTCATGCTT
28966 GT
1 GT
28968 ACTAGTGTAA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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79 81 1.00
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GTGGGTAGACAATTCTCTAACAGCCAAAGGCATCTAGCAGTGTATGGTCCATATATCTCATTATG
GAACATTCATGCTT
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46834 AGGATTTTGA
* * **
46844 ACCCGGATTCCAAATAACCATAGGAATTGCTAAGTGCTACAGTGGATTAAATTTGATTTAAAAAC
1 ACCCGGATTCCAAATAACCATAGGAATTACTAAATGCTACAACGGATTAAATTTGATTTAAAAAC
46909 ACCCGGATTCCAAATAACCATAGGAATTACTAAATGCTACAACGGATTAAATTTGATTTAAAAA
1 ACCCGGATTCCAAATAACCATAGGAATTACTAAATGCTACAACGGATTAAATTTGATTTAAAAA
46973 ATGAAAACAA
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65 60 1.00
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46930 AGGAATTACT
*
46940 AAATGCTACAACGGATTAAATTTGATTTAAAAAATGAAAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCC
1 AAATACTACAACGGATTAAATTTGATTTAAAAAATGAAAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCC
47005 TTTATTTATATTATTTTTAATTAATAAA
66 TTTATTTATATTATTTTTAATTAATAAA
* *
47033 AAATACTACAGCGGATTAAATTTGATTT-AAAAATGAAAACAATTTTATTTAAAAATAGAAGTCC
1 AAATACTACAACGGATTAAATTTGATTTAAAAAATGAAAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCC
47097 TTTATTTATATTATTTTTAATTAATAAA
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47125 AAA
1 AAA
47128 ATTAAAAAAT
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92 66 0.72
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AAATACTACAACGGATTAAATTTGATTTAAAAAATGAAAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCC
TTTATTTATATTATTTTTAATTAATAAA
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47198 ACAGCAGAGT
* * *
47208 ATATTGATGTGAATGCAAACAATTTTATTTACAAACAGAAGTTCTTTATTTATATTATTTTTAAT
1 ATATTGATGTGAATGCAAACAATTTTAATTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAAT
47273 AAAAAAATTAATTCC
66 -AAAAAATTAATTCC
47288 ATATTGATGTGAATGCAAACAATTTTAATTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAAT
1 ATATTGATGTGAATGCAAACAATTTTAATTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAAT
47353 AAAAAATTAA
66 AAAAAATTAA
47363 AAGTCCTTTA
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79 10 0.14
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ATATTGATGTGAATGCAAACAATTTTAATTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAAT
AAAAAATTAATTCC
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47300 ATGCAAACAA
* *
47310 TTTTAATTAAAAA-CAGAAGTCCTTTATTTATATTAT
1 TTTTAATAAAAAATCAAAAGTCCTTTATTTATATTAT
*
47346 TTTTAATAAAAAATTAAAAGTCCTTTATTTATATTAT
1 TTTTAATAAAAAATCAAAAGTCCTTTATTTATATTAT
47383 TT
1 TT
47385 GACAGAACTT
Statistics
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36 12 0.34
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TTTTAATAAAAAATCAAAAGTCCTTTATTTATATTAT
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53522 TCTATTTTTT
* * * * * * *
53532 AATTAATTTATAATTAAATCGAAATAAAATTTAAATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAAT
* ** * * ** **
53597 ATGCCTGATATTTGATTAGATG-ATATAGATATTTCAAAGAGTCTCGATGTAAAAAATCATGCAA
66 GTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
* * * * * * * *
53661 AACTTAGCTGGGGCCCCGCAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
131 AACTGAAC-CGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGA---TTATTACACGATTTCGG
* * *
53726 CTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAA
192 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCATAAAA
* * * * * *
53791 GATATATAATT-AGATGTAAAAAAAATTGAAGGGC-TTTCAACACTTTTAATATTGTTTTTCCTA
257 -ATATATAATTCA-ACGTCAAAAATATTGAAGGGCTTTTC-ACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA
*
53854 TTTTTTTCG
319 -TTTTTCCG
* * * * *
53863 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATACAGATGCTCATAAAAAAAAAAATCCTTATATCCA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT--AAAAACAAATCCTTAAATGCA
* * * *
53928 ATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGACACCAAAAATTATG
64 ATGTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGG-CGCCAAAAATCATG
* * * ** * * *
53993 CAAAACTGAGCC-GGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCGAAAACTGTGATGGTTAGTATACGATTTC
128 CAAAACTGAACCGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGA---TTATTACACGATTTC
* * * * * *
54057 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATTTTTCCTCAATTTCTAGCGAAACTACTCATAA
190 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCATAA
** * * * *
54122 GAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGAATGTCTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCT
255 -AAATATATAATTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGC-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTT-C-
*
54187 ATTTTATTTCC-
316 ATATT-TTTCCG
* * *
54198 ATATTAATTTC-AGATTAAATCGAAACAAGATTTAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATACA
1 A-ATTAATTTCTA-ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCA
* * * *
54262 ATGTGGATGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATATTTTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATTAT
64 ATGTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAG--ATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCA-
* **
54327 TG-AAAACT-AATCCGAGGCCCCG-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACAAAATCGTGA-TGGTACAC
126 TGCAAAACTGAA-CCG-GGCCCCGAAACGCGTTTTTAG-C---AA-AAAACCGTGATTATTACAC
* * * * * *
54388 GATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCC-AAA-ATATTTTTCTCAACTTTTAGTCACAATA
184 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATA-TTTCCTCAATTTTTTGCCAAAATA
*
54451 CTCATAAAAAGTATATATAATTCAACG-CAAAAAAGATTGAAGGG-TTTCTCACG-TTTCTAATA
248 CTCAT-AAAA--ATATATAATTCAACGTC-AAAAATATTGAAGGGCTTT-TCACGCTTT-TAATA
* * * * *
54513 TCGTATTTCTTCTTTTTTCA
307 TCGTTTTTCATATTTTTCCG
* * * * *
54533 AATTAATTTCTAATTAAATTGAAACATGATTCAAATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAAT
* * * * * * *
54598 GTGGCTAAGATTTTG-TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTGCCACAAAAAAT-ATGCA
66 GTGGTTGAGA-TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCA
* * * * *
54661 AAACTGATCCAGGCCCCCGGAACGCGTTTTTAACAAAAAA-----A--A--ACACAATTTCGGCT
130 AAACTGAACC-GGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATTATTACACGATTTCGGCT
* * * *
54717 AAAATTTTGCAAAAATTGACACGAAATAGT-TTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAT
194 AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGA-TATTTCCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCATAAAA-
* * * * * *
54781 ATATAGAATTCAACGTCAAAAAGATTGGAGGACTTGTCACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTT
257 ATATATAATTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTT
*
54846 TTCTG
322 TTCCG
* * *
54851 AATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTAAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAACT-CAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA-TGCAA
* * * * * * * * * * *****
54915 TGTGGCT--G--CTG-TCA-A-AAAAAAAAAAATCTCAATGTGGCTGAGAT-TTGATTAGAAAAA
65 TGTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAA----G--GAG-TCTCGGCGCCAAAAA
* * * ** * * ** * * ** * * ***
54972 T-ATAG-ATATTTCAA-GGAGACTC-GGCGCCAAAAATCATGTAAAAC-TAAGTCGGGGCCCGA-
123 TCAT-GCA-A----AACTGA-AC-CGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTG-ATTAT
* ** * ** * *** * * ** ** **
55031 AATGCGTTTTTAGCCAAAA---AAAAAAAAGTAACATGATGGATATACATGAT-CTGGGCAAAAA
179 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATAT---T--TCCT---C-AATT
* * * *
55092 TTTTGCAAAAAATGACCCAAAAAAAT-TTTCCCCAACTTTTGGCTAAAATAC-TCATAAAATATA
235 TTTTGC-CAAAAT-ACTCATAAAAATATAT----AA---TT--C----A-ACGTCA-AAAATAT-
* * *** * * * *
55155 T-ATA----ATTTAACGC-CAAAATGATTGGGGGACTTTTCACACTTTT---
282 TGA-AGGGCTTTTCACGCTTTTAAT-A-T---CG-TTTTTCATATTTTTCCG
** * ** ** * ** *
55198 AATATTGTTTTTCATATTTTAT-GAATTAA-TTTCTA-ATTAAATCG---AAACAAGA---TTCA
1 AAT-TAATTTCT-A-ATTAAATCGAAACAAGATTC-AGA-T-GCTCGTAAAAACAA-ATCCTTAA
* * * * * * * * * *
55254 ATCCAATCTAGCTGAAATTTGATTAGATAAATATGGATATCTCAAAGAGTCTTGG-GCCAAAAAT
59 ATGCAATGTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAAT
* * * * ** *
55318 CATGCAAAACTTAGCCGAGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAAAAATGTGATGATTGTTACA
124 CATGCAAAACTGAACCG-GGCCCCGAAACGCGTTTTTAG-C--AAAAAA-CCG-TGATTATTACA
* * * ** *
55383 CGATTTCGGCTAAAATTTTCCAAAAATTGACTCGAAAGTTATTTCCTCAATTTTCAGCCACAATA
183 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTGCCAAAATA
* * * * *
55448 CTCATACAAATTATATAATTCATCGTCAAAAATATTGAAGGACTTTTCATGCTTCTAATATCGTT
248 CTCATA-AAAATATATAATTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTT
*
55513 TTTCCTATTATTTTCCG
312 TTTCATA-T-TTTTCCG
* * *** * *
55530 -----A-TT-TAATT---TCGAAACATGATTCAGATGCTTGT-TTTACAAATCCTTAAATCCACT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAAT
* * * *
55584 GTGGCTGAGATTT-ATTTAAATGAATATCGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCA
66 GTGGTTGAGATTTGA-TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCA
* * *
55648 ACAA-TGAACCGGGCCCCGAAAAGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTTCGACTAACGTTCACGA
130 A-AACTGAACCGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGA-TT--A-T----TACACGA
** ** * * *
55712 TTTCGGCTAATTTTTTGCAAAAATTGACTAGAAATATTTTTCCTCAA-TTTTTGTCTAAAATACT
186 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTG-CCAAAATACT
* * * * *
55776 CGTAAAATATATATAATTCAAC-TCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTTCACGCTTTTATTATCGTT
250 CATAAAA-ATATATAATTCAACGT-CAAAAATATTGAAGGGC-TTTTCACGCTTTTAATATCGTT
*
55840 TTTCATATTTTTCTG
312 TTTCATATTTTTCCG
* * ** * * *
55855 AATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATTATCATAAAAACAAATCCTTGAATGAAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAAT
* * * * **
55920 AT-GTGTGAGATTTTATTAAATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGATGCCAAAAATCATGCA
66 GTGGT-TGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCA
* * * * * * *
55984 AAACT-AAGCCGGGGTCTCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGT-A--ACGTGCATGATTTCGA
130 AAACTGAA-CC-GGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATTA-TTACACGATTTCGG
* *** * * * *
56045 CTAAAATTTTGCAAAAAATGACAAAAAAAAT-TCTTCCTCAAATTTTTGCTAAAATATTCATGAA
192 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATAT-TTCCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCAT-AA
* * *** * *
56109 ATATATATAATTTAATACCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTTTCATATCGTTTTTCATAA
255 AAATATATAATTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT-A
*
56174 TTTTTCTG
319 TTTTTCCG
*
56182 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATGCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAAT
* * *** *
56247 GTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GGTATCTCAAGGAGTCTTAACGCCAAAAATTATGCAA
66 GTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
** * *
56311 AACTGAACCTGGGCCTTGGAACGCGTTTTAAGCAAAAAACCGTGATTATTACACGATTTCGGCTA
131 AACTGAACC-GGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATTATTACACGATTTCGGCTA
* * *
56376 AAATTTTGCAAAAATGGACCCGAAAGATATTTCCTCATTTTTTTTGACTAAAATACTCATAAAAA
195 AAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCA-ATTTTTTG-CCAAAATACTCATAAAAA
* * * * * *
56441 AATATATTTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTACTTT
258 TATATAATTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTT
56506 TTCCG
322 TTCCG
* * *
56511 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAAT
* * * **
56576 GTAGTAGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGTTGCCAAAAATCATGCAA
66 GTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
* * * * * * *
56641 AACTGAGTCGGGGCCGCGGAACGCGCTTTTAGCACAAAAAAAAAAACGTGATGA-TACACGATTT
131 AACTGA-ACCGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAG--C----AAAAAACCGTGATTATTACACGATTT
* * * * * * *
56705 CGGCTAATATTTTACAAAAATTGACCTGAAATAT-TTTCCCTCAATTTTTAGCCACAATACTGAT
189 CGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTT-CCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCAT
* * *
56769 AAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAAAAGGTTGAAGGGTTTTTCACGATTTTAATATCG-TT
253 --AAAAATATATAATTCAACGTC-AAAAATA--TTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTT
* *
56832 TTCCTATTATTGCCG
313 TTCATATT-TTTCCG
* * *
56847 AATCAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTTGT---AA-AAA--C---AATG----
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAAT
* * * * * * * * *
56899 GT--TGGA-ATTTGGTTGGGTGAATATTGGTATTTTAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGTAA
66 GTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
* * * * * * ** * *
56961 AAGTGGACCAGGCCCCGAAACACGTTTTTAAC-CATGA---TGATTATTACACGATTTTGTCTAA
131 AACTGAACCGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATTATTACACGATTTCGGCTAA
* * * **
57022 AATTTTGCCAAAATTGACCC-AAAGATATTTCCTTAATTTTTAGCCACGATACTCATAAAAAATA
196 AATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCAT-AAAAATA
* * * *
57086 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTC
260 TATAATTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTC
*
57151 GG
325 CG
* * *
57153 AATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATA-ATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGTAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAA
* * * * *
57217 TGTGGCTAAGATTTTATTTGATGAGTATAGATATGTT-AAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGC
65 TGTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAT-TTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGC
* * * * * *
57281 AAAACTGAGCTGGGGCCCCGAAACGCGTTTGTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTT
129 AAAACTGAAC-CGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGA---TTATTACACGATTTC
* * ** * **
57346 TGCTAAAATTTTGTTAAAAA-TGACTTGAAA-AT-TTTTCTCAA-TTTTTGTATAAAATACTCAT
190 GGCTAAAATTTTG-CAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTG-CCAAAATACTCAT
* * * ** **
57407 AAAATATATATAATTTTAACGAT-GAAAAGATTGGTGGATTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTT
253 AAAA-ATATATAA-TTCAACG-TCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTT
*
57471 CATATTTTTCTG
315 CATATTTTTCCG
* * * * * *
57483 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCATAAAAAGAAATTCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAAT
*** * * * * ** *
57548 GTAACTGAAATTTGAATAGATGAATATGGATATCTCAATTAGTCTTGGCGCC-AAAATCATGCAA
66 GTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
* * * * *
57612 AACTGAACCGGGACCCCGGAACGCTTTTTTAGC-CAAAACTATGATGGTTATTACACGATTTCGG
131 AACTGAACCGGG-CCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAC--CG-TGATTATTACACGATTTCGG
* * * * *
57676 CTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATATTTGGCCACAATGCTCATAAAA
192 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCATAAAA
* * * *
57741 AGTATATAATTCAACGACAAACATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCATATA
257 A-TATATAATTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAT-
57806 TTTTCCG
320 TTTTCCG
57813 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
57847 CACAAAAAAT
Statistics
Matches: 3099, Mismatches: 618, Indels: 535
0.73 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (326 bp):
AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAAT
GTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
AACTGAACCGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATTATTACACGATTTCGGCTAA
AATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTGCCAAAATACTCATAAAAATAT
ATAATTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCC
G
Found at i:57508 original size:972 final size:966
Alignment explanation
Indices: 56102--57846 Score: 2289
Period size: 972 Copynumber: 1.8 Consensus size: 966
56092 GCTAAAATAT
* * * * * * * *
56102 TCATGAAATATATATAATTTAATACCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTTTCATATCGTTT
1 TCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCATTT
*
56167 TTCATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAA
66 TTCATAATTTTTCGGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAA
* * * * *
56232 ATCCTTCAATGCAATGTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATGGTATCTCAAGGAGTCTTAACGC
131 ATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATGATATCTCAAGGAGTCTCAACGC
* ** * *
56297 CAAAAATTATGCAAAACTGAACCTGGGCCTTGGAACGCGTTTTAAGCAAAAAACCGTGATTATTA
196 CAAAAATCATGCAAAACTGAACCTGGGCCCCGAAACGCGTTTTAAGCAAAAAACCGTGATTAGTA
* *
56362 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATGGACCCGAAAGATATTTCCTCATTTTTTTTGACTAA
261 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATGGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGTGACTAA
* * *
56427 AATACTCATAAAAAAATATATTTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGTTTTTTACGCTTCTAATATC
326 AATACTCATAAAAAAATATATTTCAACGTCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATC
* * *
56492 GTTTTTCCTACTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAA
391 GTTTTTCATACTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCATAAAA
* * * * *
56557 TCAAATCCTTAAATCCAATGT-AGTAGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
456 ACAAATCCTTAAATCCAATGTAACT-GAAATTTGAATAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCT
** ** * *
56621 TGTTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCGCGGAACGCGCTTTTAGCACAAAAAAAAAA
520 TGGCGCC-AAAATCATGCAAAACTGAACCGGGACCCCGGAACGCGCTTTTAGC-CAAAAAAAAAA
* * *
56686 ACGTGATGATACACGATTTCGGCTAATATTTTACAAAAATTGACCTGAAATAT-TTTCCCTCAAT
583 ACGTGAT--TACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATATTT-CCTCAAT
* * *
56750 TTTTAGCCACAATACTGATAAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAAAAGGTTGAAGGGTTTTT
645 ATTTAGCCACAATACTCAT-AAAAAATATATAATTCAACGAC-AAAAAAA--TTGAAGGGCTTTT
* * *
56814 CACGATTTTAATATCGTTTTCC-TAT-TATTGCCGAATCAATTTCTAATTAAATCGAAACATGAT
706 CACGATTCTAATATCATTTTCCATATAT-TTGCCGAATCAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
56877 TCAGATGCTTGTAAAAACAATGGTTGGAATTTGGTTGGGTGAATATTGGTATTTTAAGGAGTCTC
770 TCAGATGCTTGTAAAAACAATGGTTGGAATTTGGTTGGGTGAATATTGGTATTTTAAGGAGTCTC
56942 GACGCCAAAAATCATGTAAAAGTGGACCAGGCCCCGAAACACGTTTTTAACCATGATGATTATTA
835 GACGCCAAAAATCATGTAAAAGTGGACCAGGCCCCGAAACACGTTTTTAACCATGATGATTATTA
57007 CACGATTTTGTCTAAAATTTTGCCAAAATTGACCCAAAGATATTTCCTTAATTTTTAGCCACGAT
900 CACGATTTTGTCTAAAATTTTGCCAAAATTGACCCAAAGATATTTCCTTAATTTTTAGCCACGAT
57072 AC
965 AC
* *
57074 TCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTTTAATATCATTT
1 TCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCATTT
* *
57139 TTCAT-ATTTTTCGGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATA-ATTTAGATGCTCGTAAAAACA
66 TTCATAATTTTTCGGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-AGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * * * * * **
57202 AATCCTTAAATGTAATGTGGCTAAGATTTTATTTGATGAGTATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGC
130 AATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATAT-GATATCTCAAGGAGTCTCAAC
* *
57267 GCCAAAAATCATGCAAAACTG-AGCTGGGGCCCCGAAACGCGTTTGT-AGCCAAAAACCGTGATG
194 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAACCT-GGGCCCCGAAACGCGTTT-TAAGCAAAAAACCGTGA--
** * ** *
57330 GTTAGTACACGATTTTTGCTAAAATTTTGTTAAAAAT-GACTTGAAA-AT-TTTTCTCAATTTTT
255 -TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-CAAAAATGGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTT
* * * **
57392 GT-A-TAAAATACTCATAAAATATATATAATTTTAACGAT-GAAAAGATTGGTGGATTTTTCACG
318 GTGACTAAAATACTCATAAAA-AAATAT-ATTTCAACG-TCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACG
* *
57454 CTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTTAGA
380 CTTCTAATATCGTTTTTCATACTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTTAGA
* * *
57518 TGCTCATAAAAAGAAATTCTTAAATCCAATGTAACTGAAATTTGAATAGATGAATATGGATATCT
445 TGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAACTGAAATTTGAATAGATGAATATAGATATCT
** **
57583 CAATTAGTCTTGGCGCCAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGACCCCGGAACGCTTTTTTAGCCAA
510 CAAGGAGTCTTGGCGCCAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGACCCCGGAACGCGCTTTTAGCCAA
** ** ** * **
57648 AACTATGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCC
575 AAAAAAAAACGTGATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCC
* * * * *
57713 TCAATATTTGGCCACAATGCTCATAAAAAGTATATAATTCAACGACAAACATATTGAAGGGCTTT
640 TCAATATTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGGCTTT
* * * *
57778 TCACGCTTCTAATATCATTTTTCATATATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
705 TCACGATTCTAATATCATTTTCCATATATTTGCCGAATCAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
57843 TCAG
770 TCAG
57847 CACAAAAAAT
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 99, Indels: 38
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
965 30 0.05
966 40 0.06
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968 62 0.09
969 3 0.00
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971 147 0.22
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973 61 0.09
974 3 0.00
975 32 0.05
976 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (966 bp):
TCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCATTT
TTCATAATTTTTCGGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAA
ATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATGATATCTCAAGGAGTCTCAACGC
CAAAAATCATGCAAAACTGAACCTGGGCCCCGAAACGCGTTTTAAGCAAAAAACCGTGATTAGTA
CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATGGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGTGACTAA
AATACTCATAAAAAAATATATTTCAACGTCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATC
GTTTTTCATACTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCATAAAA
ACAAATCCTTAAATCCAATGTAACTGAAATTTGAATAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTT
GGCGCCAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGACCCCGGAACGCGCTTTTAGCCAAAAAAAAAAACG
TGATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATATTTAG
CCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGATTCTA
ATATCATTTTCCATATATTTGCCGAATCAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTG
TAAAAACAATGGTTGGAATTTGGTTGGGTGAATATTGGTATTTTAAGGAGTCTCGACGCCAAAAA
TCATGTAAAAGTGGACCAGGCCCCGAAACACGTTTTTAACCATGATGATTATTACACGATTTTGT
CTAAAATTTTGCCAAAATTGACCCAAAGATATTTCCTTAATTTTTAGCCACGATAC
Found at i:58091 original size:251 final size:251
Alignment explanation
Indices: 57600--58095 Score: 665
Period size: 252 Copynumber: 2.0 Consensus size: 251
57590 TCTTGGCGCC
* * * * * ** *
57600 AAAATCATGCAAAACTGAACCGGGACCCCGGAACGCTTTTTTAGCCAAAACTATGATGGTTATTA
1 AAAATCATGCAAAACTGAACCAGGA-CCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAACCATGATCATTAGTA
* * * *
57665 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATATTTGGCCACAA
65 AACGATTTCGGCTAAAATTTAGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATATTTGGCCAAAA
* * * *
57730 TGCTCATAAAAAGTATATAATTCAACGACAAACATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCA
130 TACTCATAAAAAGTATATAATTCAACGACAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCA
*
57795 TTTTTCATATATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGCACAA
195 TTTTTCATATATTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGCACAA
* *
57852 AAAATCATGCAAAACTGAACCAGG-CCCGAAATGCGTTTTTAACCGAAAACCGTGATCATTAGTA
1 AAAATCATGCAAAACTGAACCAGGACCCGAAACGCGTTTTTAACC-AAAACCATGATCATTAGTA
* * * *
57916 AACGATTTCGGCTAAAATTTAGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCATCAATTTTTGGCTAAA
65 AACGATTTCGGCTAAAATTTAGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCC-TCAATATTTGGCCAAA
* * * * *
57981 ATACTCATAAAATA-TATATAATTTAACGTCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCATGCTTTTAATAT
129 ATACTCATAAAA-AGTATATAATTCAACGACAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATAT
* *
58045 CGTTTTTCATAT-TTTTCAGAATTAATTTCTAGTTAAATCGAAACAAGATTC
193 CATTTTTCATATATTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
58096 GGATGCTCGT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 30, Indels: 7
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
250 16 0.08
251 94 0.45
252 100 0.47
253 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (251 bp):
AAAATCATGCAAAACTGAACCAGGACCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAACCATGATCATTAGTAA
ACGATTTCGGCTAAAATTTAGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATATTTGGCCAAAAT
ACTCATAAAAAGTATATAATTCAACGACAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCAT
TTTTCATATATTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGCACAA
Found at i:58163 original size:581 final size:585
Alignment explanation
Indices: 57270--58431 Score: 1626
Period size: 581 Copynumber: 2.0 Consensus size: 585
57260 TCTCGGCGCC
* ** * **
57270 AAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGGGCCCCGAAACGCGTTTGTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAACTCAGGCCCCGAAACGCGTTTGTAACCAAAAACCGTGATCATTAG
* ** * * ** *
57335 TACACGATTTTTGCTAAAATTTTGTTAAAAATGACTTGAAAATTTTTCTCAATTTTTGTATAAAA
66 TAAACGATTTCGGCTAAAATTTAGTCAAAAATGACCCGAAAATTTTTCTCAATTTTTGGATAAAA
* * *
57400 TACTCATAAAATATATATAATTTTAACGATGAAAAGATTGGTGGATTTTTCACGCTTTTAATATC
131 TACTCATAAAATATATATAATTTTAACGATAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATC
* *
57465 GTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCATAAAAA
196 GTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCATAAAAA
* * **
57530 GAAATTCTTAAATCCAATGTAACTGAAATTTGAATAGATGAATATGGATATCTCAATTAGTCTTG
261 GAAATTCTTAAATCCAATGTAACTGAAATTAGAATAAATGAATATGGATATCTCAAAGAGTCTTG
* *
57595 GCGCC-AAAATCATGCAAAACTGAACCGG-GACCCCGGAACGCTTTTTTAG-CCAAAACT-ATGA
326 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAG-CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAAATCATGA
* * *
57656 TGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATATT
390 TGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTACTCAATATT
* * *
57721 TGGCCACAATGCTCATAAAAAGTATATAATTCAACGACAAACATATTGAAGGGCTTTTCACGCTT
455 TAGCCACAATACTCATAAAAAGTATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTT
57786 CTAATATCATTTTTCATA-TATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGCAC
520 CTAATATCATTTTTCATATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGCAC
57850 A
585 A
* * *
57851 AAAAATCATGCAAAACTGAAC-CAGG-CCCGAAATGCGTTTTTAACCGAAAACCGTGATCATTAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAACTCAGGCCCCGAAACGCGTTTGTAACCAAAAACCGTGATCATTAG
*
57914 TAAACGATTTCGGCTAAAATTTAG-CAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCATCAATTTTTGGCT
66 TAAACGATTTCGGCTAAAATTTAGTCAAAAA-TGACCCGAAA-ATTTTT-C-TCAATTTTTGGAT
*
57978 AAAATACTCATAAAATATATATAA-TTTAACG-TCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCATGCTTTTA
127 AAAATACTCATAAAATATATATAATTTTAACGAT-AAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTA
* * * *
58041 ATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAGTTAAATCGAAACAAGATTCGGATGCTCGT
191 ATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCAT
* * * * * *
58106 -AAAAGCAAATTCTTCAATCCAATGTAGCTGAGATTAGAGTAAATGATTATTGATATCTCAAAGA
256 AAAAAG-AAATTCTTAAATCCAATGTAACTGAAATTAGAATAAATGAATATGGATATCTCAAAGA
* *
58170 GTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGCCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAAAT
320 GTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAAAT
* * * * *
58235 CGTGATGATTATTACATGATTTCGGCTAGAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGTTATTTACTCA
385 CATGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTACTCA
* * * * *
58300 ATTTTTATCCACAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGTTTTTCA
450 ATATTTAGCCACAATACTCATAAAAAGTATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCTTTTCA
* * * *
58365 TGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTC
515 CGCTTCTAATATCATTTTTCATATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
58430 AG
580 AG
58432 ATGCTTGTTT
Statistics
Matches: 508, Mismatches: 62, Indels: 18
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
578 5 0.01
579 60 0.12
580 14 0.03
581 172 0.34
582 74 0.15
583 8 0.02
584 133 0.26
585 42 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (585 bp):
AAAAATCATGCAAAACTGAACTCAGGCCCCGAAACGCGTTTGTAACCAAAAACCGTGATCATTAG
TAAACGATTTCGGCTAAAATTTAGTCAAAAATGACCCGAAAATTTTTCTCAATTTTTGGATAAAA
TACTCATAAAATATATATAATTTTAACGATAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATC
GTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCATAAAAA
GAAATTCTTAAATCCAATGTAACTGAAATTAGAATAAATGAATATGGATATCTCAAAGAGTCTTG
GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAAATCATGAT
GATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTACTCAATATTT
AGCCACAATACTCATAAAAAGTATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTC
TAATATCATTTTTCATATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGCACA
Found at i:58558 original size:333 final size:326
Alignment explanation
Indices: 57849--59195 Score: 1072
Period size: 333 Copynumber: 4.2 Consensus size: 326
57839 AGATTCAGCA
* * * * * *
57849 CAAAAAATCATGCAAAACTGAACCAGGCCCGAAATGCGTTTTTAACCGAAAACCGTGATCATTAG
1 CAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GTTAT
* * * * *
57914 TAAACGATTTCGGCTAAAATTTAGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCATCAATTTTTGGCTA
65 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCC-TCAATTTTTAGCTA
* * * * * *
57979 AAATACTCAT-AAAATATATATAATTTAACGTCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCATGCTTTTAAT
129 CAATACTCATAAAAAT-TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAAT
* *
58043 ATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAGTTAAATCGAAACAAGATTCGGATGCTCGTAA
193 ATCGTTTTTCATATTTTTC-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * * * * * * * *
58108 AAGCAAATTCTTCAATCCAATGTAGCTGAGATTAGAG-TA-AATGATTATTGATATCTCAAAGAG
257 AA-CAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG-GTTAGAA-GAATGTAGATATTTCAAGGAG
* *
58171 TCTTGGCG
319 TCTCGGTG
* * * * *
58179 CCAAAAATCATGCAAAACTTAGCCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAAATCGTGATGAT
1 CAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG-G-CCCGAAACGCGTTTTTAG-CCAAAAACCGTGATG-T
* * * * * *
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62 TATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGC
* * ** *
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* * *
58374 TATCGTTTTTCCTATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTTG
192 TATCGTTTTT-C-A-TATTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
*** * *
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58504 TCTCGGTG
319 TCTCGGTG
** * * * *
58512 CAAAAAATCATGCAACGCTGTACCGAGGCCCCGAAAGGCTTTTTTAGCAAAAAACCGTGA---T-
1 CAAAAAATCATGCAAAACTGAACCG-GG-CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTTA
* * * * ** * *
58573 TT-CGACTA-AT--G-TACAATTTCG-ACTAACT-A---GAAAAATA-TTCTCTCAATTTTTAGC
64 TTAC-ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTC-CTCAATTTTTAGC
* * * * * * *
58627 GACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTAAAGGAATTTTGACGCTTCTAA
127 TACAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAA
* * * * * *
58692 TATTGTTTTTC-------T-GAATTAATTTCTAATTAAAACGAAATATGATTCAAATG-T--T-T
192 TATCGTTTTTCATATTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * * * * *
58745 GA-AAA-GC---AAT----GGTTG--GA-ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
257 AACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCT
58798 CGGTG
322 CGGTG
* * * * * *
58803 CCAAAAATCATTCAAAATTGAACCGGGCCCTAGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATG--AT
1 CAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTTAT
* *
58866 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATTGACCCGAAAGATATCTCCTCAATTTTTAGTT
65 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC--AAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCT
* * * * *
58931 ATAATACTCGTAAGAAACTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAA
128 ACAATACTCATAA-AAATTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAA
* * *
58996 TATCATTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTA
192 TATCGTTTTTCATATTTTTC-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-
* * ** *
59061 AAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGT
255 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATGTAGATATTTCAAGGAGT
* **
59126 GTCGGCA
320 CTCGGTG
* * * * * * * *
59133 CCAAAAACCATTCAAAATTGAGCCGGGGCCGCGAAACTCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTGATG
1 CAAAAAATCATGCAAAACTGAACC-GGGCC-CGAAACGCGTTTTTAGC-CAAAAACCGTGATG
59196 GTTTTTTTTT
Statistics
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Consensus pattern (326 bp):
CAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTTATT
ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCTACA
ATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATC
GTTTTTCATATTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAACA
AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTCGGT
G
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Alignment explanation
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59044 AGATTTAGAT
59054 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATGTAGATATTTC
1 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATGTAGATATTTC
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1 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATGTAGATATTTC
* *
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59362 TGGGAAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATGTAGATATTTC
AAGGAGTGTCGGCACCAAAAACCATTCAAAATTGAGCCGGGGCCGCGAAACTCGTTTTTAGCAAA
AAAACAGTGATGGTTTTTTTTTGGCC
Found at i:62850 original size:662 final size:646
Alignment explanation
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61352 GGAATAAGCA
* * * * ** *
61362 CATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCATACTTCTATTATCGTTTT
1 CATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
* * * *
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* ** *
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** * ** * * * *
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* * * * * * *
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242 -TATTAC--ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATCTCCTCAATTTTT
* * * * * *
61684 -GTCTAAAATACTTATAAAATATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCT-CACT
304 AGT-T-AAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTT-TACGCT
* * *
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366 TTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATG
* * **
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* ** * * * **
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496 GAGTGTCGACACCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGG-CCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAA
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560 AACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAGTTTTGC-AAAAAAATGACCAGAAAAATATTC
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* *
62021 CATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAAATTGAAGGGCTTTACACGCTTCTAATATTGTTT
1 CATAAAAAATATATAATTCAATGCC-AAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT
* * *
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* *
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129 AATGGTTTGAATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATTCA
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194 AAATTGAACCGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGAT-ATTATTACACGATTTCGG
*
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258 CTAAAATTTTGC--AAAAATTGACCCGAAAGATATCTCCTCAATTTTTAGTTAAATACTCATAAA
62346 AAACTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTTACGCTTTTAATATCATTTTTCATA
321 AAA-TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTTACGCTTTTAATATCATTTTTCATA
*
62411 TTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAAAAAAACTC
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*
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* *
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510 AAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC-------AAAAAAACAGTGA
* *
62606 TGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTGC-AAAAAATGACCAGAAAAATATTCTCTCAATT
568 TGGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAAGTTTTGCAAAAAAATGACCAGAAAAATATTCTCTCAACT
62670 TTTAGCCACAATACT
632 TTTAGCCACAATACT
** * *
62685 CATAAAAAATATATAATTCAATAACAAAAATATTGAACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
1 CATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
62750 TCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAACGAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAAACAA
66 TCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAACGAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAAACAA
* * *
62815 TGGTTTGAATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGGGTCTCAGTGCCAAAAATCATTCAAA
131 TGGTTTGAATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATTCAAA
*
62880 ATTGAACCAGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCT
196 ATTGAACCGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGAT-ATTATTACACGATTTCGGCT
62945 AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATCTCCTCAATTTTTAGTTATAATACTCAT-AAAAA
260 AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATCTCCTCAATTTTTAGTTA-AATACTCATAAAAAA
*
63009 TATATAATTCAACGCC-CAAAGTATTGAAGGGCTTTTTACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTT
324 TATATAATTCAACGCCAAAAAG-ATTGAAGGGCTTTTTACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTT
63073 TTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
388 TTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
* *
63138 TGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGCGTATAGATATTTCAAAGAGTGTCGACACCAAAAACC
453 TGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATG-AT-TAGATATTTCAAGGAGTGTCGACACCAAAAACC
* ** * * *
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516 ATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTGATGGTTAGTACACG
*
63266 ATTTTGGCTAAA
581 ATTTCGGCTAAA
63278 AACTTTGCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAACGAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAAACAA
TGGTTTGAATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATTCAAA
ATTGAACCGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATATTATTACACGATTTCGGCTA
AAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATCTCCTCAATTTTTAGTTAAATACTCATAAAAAATA
TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTTACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTT
CTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGC
AATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGATTAGATATTTCAAGGAGTGTCGACACCAAAAACCATGCA
AAACTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTC
GGCTAAAGTTTTGCAAAAAAATGACCAGAAAAATATTCTCTCAACTTTTAGCCACAATACT
Found at i:63819 original size:8 final size:8
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63796 TTTTATATAG
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1 TAGTAAGA
63822 TAGTAAGA
1 TAGTAAGA
63830 T
1 T
63831 TTATATAGTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (8 bp):
TAGTAAGA
Found at i:66363 original size:31 final size:31
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66310 GAAGTATCTA
* *
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1 AAGGGTGAGTATCAGGTGTCTTTGTTTT
66379 GGAAGGTTGA
Statistics
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66455 ATTACTTCTA
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1 TATTAACCCATTAAAGAGAATCTCAAAAACACCTCAGTTTATGTT
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1 TATTAACCCATTAAAGAGAATCTCAAAAACACCTCAGTTTATG
66553 AAAAAAACAC
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69822 TTCCAAATAA
*
69832 CCGTAGGAATTGCCAAGTGCTACAACGGATTATATTTGATTTGAAAATGCAAACAATCTTATTTA
1 CCGTAGGAATTACCAAGTGCTACAACGG--TATATTTGATTTGAAAATGCAAACAATCTTATTTA
*
69897 AAAACAGAAGTCCTTCATTTATATTATTTTTAATAAAAGAATTTAAAAAAAATTTCCCCTATAT
64 AAAACAGAAGTCCTTCATTTATATTATTTTTAAT-AAAGAAATTAAAAAAAATTTCCCCTATAT
* *
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1 CCGTAGGAATTACCAAGTGCTACAACGGTATATTTGATTTGAAAATGCAAACAATCTTATTTAAA
*
70025 AACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAGAAATTAAAAAAAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (126 bp):
CCGTAGGAATTACCAAGTGCTACAACGGTATATTTGATTTGAAAATGCAAACAATCTTATTTAAA
AACAGAAGTCCTTCATTTATATTATTTTTAATAAAGAAATTAAAAAAAATTTCCCCTATAT
Found at i:70404 original size:133 final size:135
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70090 TGGACCCAAA
* *
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* * **
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*
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* * **
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* *
70297 GTTTTATTT-AAAACTAGAAGTCCTTTATTTATATAATTTTTAATAAAAAAATAAA-AAAATTTT
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70360 -CCGGG
130 CCCGGG
** * *
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*
70430 ATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAATAAAAATAATTTTTTTTTCAAC
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* *** * *
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120 AG--AAAATTT--TCCCGGG
* * * * * **
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* * *
70579 AATTTTATTTAAAAGCAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAAAAATTAAA-AATAATT
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*
70643 TT-CCGAG
128 TTCCCGGG
* * *** * ** * *
70650 TTCCAAATAACGGTAGGATTTGGGAAGTGCTACAACGGATCATATTTGATTTGGAAATGCAAATA
1 TTCCAAATAACCGTAGGAATTACCAAGTGCTACAACGGATGATACGTGATTTGAAAATGCAAACA
* * * *
70715 ATTTTATTTAAAAGCAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAGTAAAAAAAT
66 ATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATAATTTTAAATAAAAAAAT
70767 TTATTTCCGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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136 1 0.00
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142 3 0.01
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149 2 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (135 bp):
TTCCAAATAACCGTAGGAATTACCAAGTGCTACAACGGATGATACGTGATTTGAAAATGCAAACA
ATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATAATTTTAAATAAAAAAATAAAGAAAATTTTC
CCGGG
Found at i:70565 original size:150 final size:149
Alignment explanation
Indices: 70360--70632 Score: 438
Period size: 150 Copynumber: 1.8 Consensus size: 149
70350 AAAAAATTTT
* * * * *
70360 CCGGGTTCCAAATAACCGTAGGAATTGTCAAGTGCTAGAGCGGATGATACGTGATTTGAAAATGC
1 CCGGATTCCAAATAACCGTACGAATTGACAAGTGCTACAGCAGATGATACGTGATTTGAAAATGC
70425 AAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAATAAAAATAATTTTTTTT
66 AAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAATAAAAA-AATTTTTTTT
70490 TCAACTGCCGGGATTTGAAC
130 TCAACTGCCGGGATTTGAAC
* * **
70510 CCGGATTCCAAATAACTGTACGAATTGACAAGTGCTACAGCAGATTATATTTGATTTGAAAATGC
1 CCGGATTCCAAATAACCGTACGAATTGACAAGTGCTACAGCAGATGATACGTGATTTGAAAATGC
* *
70575 AAACAATTTTATTTAAAAGCAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAAAAATT
66 AAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAATAAAAAAATT
70633 AAAAATAATT
Statistics
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0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
149 4 0.04
150 108 0.96
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Consensus pattern (149 bp):
CCGGATTCCAAATAACCGTACGAATTGACAAGTGCTACAGCAGATGATACGTGATTTGAAAATGC
AAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAATAAAAAAATTTTTTTTT
CAACTGCCGGGATTTGAAC
Found at i:70587 original size:283 final size:281
Alignment explanation
Indices: 70226--70912 Score: 932
Period size: 283 Copynumber: 2.4 Consensus size: 281
70216 AGAAATTTTT
* *
70226 CCCGGGTTCCAAATAACTGTAGGAATT-ACCAAGTGCTACAACGGATTATATTTGATTTGAAAAT
1 CCCGGATTCCAAATAACTGTACGAATTGA-CAAGTGCTACAACGGATTATATTTGATTTGAAAAT
* *
70290 GCAAACAGTTTTATTTAAAACTAGAAGTCCTTTATTTATATAATTTTTAATAAAAAAA-TAAAAA
65 GCAAACAATTTTATTTAAAAC-AGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAAAAATTAAAAA
* * * * *
70354 -AATTTTCCGGGTTCCAAATAACCGTAGGAATTGTCAAGTGCTAGAGCGGATGATACGTGATTTG
129 TAATTTTCCGAGTTCCAAATAACCGTAGGAATTGGCAAGTGCTACAACGGATCATACGTGATTTG
70418 AAAATGCAAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAATAAAAATAAT
194 AAAATGCAAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAATAAAAA-AA-
* * *
70483 TTTTTTTTCAACTGCCGGGATTTGAA
257 -TTTATTTCAACTGCCGGAAATTGAA
* *
70509 CCCGGATTCCAAATAACTGTACGAATTGACAAGTGCTACAGCAGATTATATTTGATTTGAAAATG
1 CCCGGATTCCAAATAACTGTACGAATTGACAAGTGCTACAACGGATTATATTTGATTTGAAAATG
70574 CAAACAATTTTATTTAAAAGCAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAAAAATTAAAAAT
66 CAAACAATTTTATTTAAAA-CAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAAAAATTAAAAAT
* * * ** *
70639 AATTTTCCGAGTTCCAAATAACGGTAGGATTTGGGAAGTGCTACAACGGATCATATTTGATTTGG
130 AATTTTCCGAGTTCCAAATAACCGTAGGAATTGGCAAGTGCTACAACGGATCATACGTGATTTGA
* * * *
70704 AAATGCAAATAATTTTATTTAAAAGCAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAGTAAAAAAATTT
195 AAATGCAAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAATAAAAAAATTT
** * *
70769 ATTTCCGCTGTCGTAAATTGAA
260 ATTTCAACTGCCGGAAATTGAA
* * ** * *
70791 CCCAGATTCCAAATAACTGTACGAATTGCCAAGCCCTACAACGGATTATA-TTGATGTGAAAATA
1 CCCGGATTCCAAATAACTGTACGAATTGACAAGTGCTACAACGGATTATATTTGATTTGAAAATG
* * * *
70855 AAAATAATTTTATTTTAATAGAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATTAAAAAAA
66 CAAACAATTTTA-TTTAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAA-TAAAAAAA
70913 ACTAAAAGTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (281 bp):
CCCGGATTCCAAATAACTGTACGAATTGACAAGTGCTACAACGGATTATATTTGATTTGAAAATG
CAAACAATTTTATTTAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAAAAATTAAAAATA
ATTTTCCGAGTTCCAAATAACCGTAGGAATTGGCAAGTGCTACAACGGATCATACGTGATTTGAA
AATGCAAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAATAAAAAAATTTA
TTTCAACTGCCGGAAATTGAA
Found at i:70617 original size:410 final size:407
Alignment explanation
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Period size: 410 Copynumber: 2.3 Consensus size: 407
69809 AATTGGACCT
69819 GGGTTCCAAATAACCGTAGGAATTGCCAAGTGCTACAACGGATTATATTTGATTTGAAAATGCAA
1 GGGTTCCAAATAACCGTAGGAATTGCCAAGTGCTACAACGGATTATATTTGATTTGAAAATGCAA
* * *
69884 ACAATCTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTCATTTATATTATTTTTAATAAAAGAATTTAAAAAAAA
66 ACAATTTTATTT-AAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAA-AA-ATAAAAAAAA
* * *
69949 TTTCCCCTATATCCGTAGGAATTACCAAGTGCTACAGCGGATATTTGATTTGAAAATGCAAACAA
128 TTTCCCCAATAACCGTAGGAATTACCAAGTGCTACAGCGGATATGTGATTTGAAAATGCAAACAA
* **
70014 TTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAGAAATTAAAAAAAAATCCG
193 TTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAATAAAGAAATTAAAAAAAAATCAA
* * **
70079 CTGCCGGGATTTGGACCCAAATTCCAAATAACTGTAGGAATTACCAAGTGCTACAATGGATTATA
258 CTGCCGGGATTTGAACCCAAATTCCAAATAACTGTACGAATTACCAAGTGCTACAACAGATTATA
70144 TTTGAAAATGCAAACAATTTTATTTAAGAACAGAAAACAGAAGTCCTTTATGTATATTATTATTT
323 TTTGAAAATGCAAACAATTTTATTTAAGAACAG---ACAGAAGTCCTTTATGTATATTATTATTT
*
70209 TCAATAAAGAAA-T-T-TTTCCC
385 TCAATAAAAAAATTATATTTCCC
* *
70229 GGGTTCCAAATAACTGTAGGAATTACCAAGTGCTACAACGGATTATATTTGATTTGAAAATGCAA
1 GGGTTCCAAATAACCGTAGGAATTGCCAAGTGCTACAACGGATTATATTTGATTTGAAAATGCAA
* * *
70294 ACAGTTTTATTTAAAACTAGAAGTCCTTTATTTATATAATTTTTAATAAAAAAATAAAAAAATTT
66 ACAATTTTATTTAAAAC-AGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAAAAATAAAAAAAATT
** *
70359 TCCGGGTTCCAAATAACCGTAGGAATTGTCAAGTGCTAGAGCGGATGATACGTGATTTGAAAATG
130 TCC-----CC-AATAACCGTAGGAATTACCAAGTGCTACAGCGGAT-AT--GTGATTTGAAAATG
***
70424 CAAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAAT-AA-AAA-TAATTTT
186 CAAACAATTTTATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAATAAAGAAATTAA-AAA
**** ** *
70486 TTTTTCAACTGCCGGGATTTGAACCCGGATTCCAAATAACTGTACGAATTGA-CAAGTGCTACAG
250 AAAATCAACTGCCGGGATTTGAACCCAAATTCCAAATAACTGTACGAATT-ACCAAGTGCTACAA
70550 CAGATTATATTTGATTTGAAAATGCAAACAATTTTATTT-A-AA-AG-CAGAAGTCCTTTAT-T-
314 CAGA-T-TA--T-ATTTGAAAATGCAAACAATTTTATTTAAGAACAGACAGAAGTCCTTTATGTA
* *
70609 TA-TATTATTTTTAATAAAAAAATTAAAAATAATTTTCC
374 TATTATTATTTTCAATAAAAAAATT----AT-ATTTCCC
* * * ** * *
70647 GAGTTCCAAATAACGGTAGGATTTGGGAAGTGCTACAACGGATCATATTTGATTTGGAAATGCAA
1 GGGTTCCAAATAACCGTAGGAATTGCCAAGTGCTACAACGGATTATATTTGATTTGAAAATGCAA
* *
70712 ATAATTTTATTTAAAAGCAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAGTAAAAAAAT
66 ACAATTTTATTTAAAA-CAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAAAAAT
70767 TTATTTCCGC
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 46, Indels: 44
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Matches are distributed among these distances:
408 13 0.03
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (407 bp):
GGGTTCCAAATAACCGTAGGAATTGCCAAGTGCTACAACGGATTATATTTGATTTGAAAATGCAA
ACAATTTTATTTAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAAAAATAAAAAAAATTT
CCCCAATAACCGTAGGAATTACCAAGTGCTACAGCGGATATGTGATTTGAAAATGCAAACAATTT
TATTTAAAAACAGAAGTCCTTTATTTATATTATTTTAAATAAAGAAATTAAAAAAAAATCAACTG
CCGGGATTTGAACCCAAATTCCAAATAACTGTACGAATTACCAAGTGCTACAACAGATTATATTT
GAAAATGCAAACAATTTTATTTAAGAACAGACAGAAGTCCTTTATGTATATTATTATTTTCAATA
AAAAAATTATATTTCCC
Found at i:71317 original size:30 final size:30
Alignment explanation
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71273 ATGAAAGATA
*
71283 AATTATTTTAAGAAGCTAAAGAGAAAAAAG
1 AATTATTTTAAGAAGCTAAAAAGAAAAAAG
* *
71313 AATTATTTTAAGGAGTTAAAAAGAAAAA
1 AATTATTTTAAGAAGCTAAAAAGAAAAA
71341 GTTCAACGAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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AATTATTTTAAGAAGCTAAAAAGAAAAAAG
Found at i:72163 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 72145--72173 Score: 58
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
72135 AGTAGATTAA
72145 AGTTTTTCTGATG
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72158 AGTTTTTCTGATG
1 AGTTTTTCTGATG
72171 AGT
1 AGT
72174 ATAAAGCTTG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 16 1.00
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Consensus pattern (13 bp):
AGTTTTTCTGATG
Found at i:72700 original size:154 final size:153
Alignment explanation
Indices: 72345--73020 Score: 880
Period size: 154 Copynumber: 4.4 Consensus size: 153
72335 CTGGATATCA
*
72345 ATAGGAATTGCCAAGTGCTACAACAGATTATATTTGATGTGAAAATACAAACAATTTTATTT-AA
1 ATAGGAATTGCCAAGTGCTACAACAGATTATATTTGATGTGAAAATGCAAACAATTTTATTTGAA
*
72409 ATACAAAAGTCCTTTATTTATATTATTTCTAATAAAAAAATTAAAAATTTTATTCAAACTATCGG
66 A-ACAAAAGTCCTTTATTTATATTATTTCTAATAAAAAAATTAAAAATTTTATTC--ACTACCGG
* * *
72474 GATTTGAAACTAGGTTCCAAATAA-T
128 GATTTGAACCCAGATTCCAAATAACT
*
72499 CATAGGAATTGCCAAGTGCTACAGC-GAATTATATTTGATGTGAAAATGCAAACAATTTTATTTG
1 -ATAGGAATTGCCAAGTGCTACAACAG-ATTATATTTGATGTGAAAATGCAAACAATTTTATTTG
* * * * *
72563 AAAACAAAAATCCTTTATTTATATTATTTTTAATAAAAAAATTAAAATTTTTATTCGGCTACCAG
64 AAAACAAAAGTCCTTTATTTATATTATTTCTAATAAAAAAATTAAAAATTTTATTC-ACTACCGG
*
72628 GATTTGAACCCAAATTCCAAATAACT
128 GATTTGAACCCAGATTCCAAATAACT
* * *
72654 GTAAGAATTGTCAAGTGCTACAACAGATTATATTTGATGTGAAAATGCAAACAATTTTATTTGAA
1 ATAGGAATTGCCAAGTGCTACAACAGATTATATTTGATGTGAAAATGCAAACAATTTTATTTGAA
72719 AACAAAAGTCCTTTATTATATATTAATTTCTAAT--AAAAATTAAAAATTTTATTCCACTACCGG
66 AACAAAAGTCCTTTATT-TATATT-ATTTCTAATAAAAAAATTAAAAATTTTATT-CACTACCGG
** * * *
72782 GATTTGAACCTGGATTTCAAATATCC
128 GATTTGAACCCAGATTCCAAATAACT
* *
72808 ATAGGAATTGCCAAGTGTTACAACAGATTATATTTGATGTGAAAATGCAACCAATTTTATTTGAA
1 ATAGGAATTGCCAAGTGCTACAACAGATTATATTTGATGTGAAAATGCAAACAATTTTATTTGAA
* * * * *
72873 AACAAAAGTCCTTTATTTTTATAATTTC-AATAAAAAAATTAAAAATTTTATTC-TTGCCGGAAT
66 AACAAAAGTCCTTTATTTATATTATTTCTAATAAAAAAATTAAAAATTTTATTCACTACCGGGAT
* * * * *
72936 TTGGACTCGGGTTCCAAGTAACT
131 TTGAACCCAGATTCCAAATAACT
* * * * **
72959 GTAGGAATTACCAAGTGCTACAGCAAATTATATTTGACATGAAAATGCAAACAATTTTATTT
1 ATAGGAATTGCCAAGTGCTACAACAGATTATATTTGATGTGAAAATGCAAACAATTTTATTT
73021 AAATAGAAAT
Statistics
Matches: 458, Mismatches: 54, Indels: 22
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
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ATAGGAATTGCCAAGTGCTACAACAGATTATATTTGATGTGAAAATGCAAACAATTTTATTTGAA
AACAAAAGTCCTTTATTTATATTATTTCTAATAAAAAAATTAAAAATTTTATTCACTACCGGGAT
TTGAACCCAGATTCCAAATAACT
Found at i:74941 original size:89 final size:90
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74780 CAGCGGATTA
74790 CATTTAATGTGATATTGCAAACAATTTTATTTAGAACAAAAGTTATTTATTTATATTATTTTTAA
1 CATTTAATGTGATATTGCAAACAATTTTATTTAGAACAAAAGTTATTTATTTATATTATTTTTAA
74855 T-AAAAATAAAAAAAAATATTATTC
66 TAAAAAATAAAAAAAAATATTATTC
74879 CATTTAATGTGATATTGCAAACAATTTTATTTAGAACAAAAGTTATTTATTTATATTATTTTTAA
1 CATTTAATGTGATATTGCAAACAATTTTATTTAGAACAAAAGTTATTTATTTATATTATTTTTAA
74944 TAAAAAATAAAAAAAAATATTATTC
66 TAAAAAATAAAAAAAAATATTATTC
74969 CATT
1 CATT
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Statistics
Matches: 93, Mismatches: 0, Indels: 1
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Consensus pattern (90 bp):
CATTTAATGTGATATTGCAAACAATTTTATTTAGAACAAAAGTTATTTATTTATATTATTTTTAA
TAAAAAATAAAAAAAAATATTATTC
Found at i:75159 original size:157 final size:156
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74882 TTAATGTGAT
* * * * ** * *
74892 ATTGCAAACAATTTTATTTAGAA-CAAAAGTTATTTATTTATATTATTTTTAATAAAAAATAAAA
1 ATTGCAATCAATTTTATTTAAAAGTAGAAGTCCTTTATTCATAATATTTTTAATAAAAAATAAAA
* * *
74956 AAAAATATTATTCCATTGTCAGGATTTGAACCCAAATTCCAAATATCCATAGGAATTGCCAAGTG
66 AAAAATATTATTCCAATATCAGGATTTGAACACAAATTCCAAATATCCATAGGAATTGCCAAGTG
* * *
75021 CTTCAACAAATTATATTTGACGTGAAA
131 CTACAACAAATAACATTTGACGT-AAA
75048 A-TGCAAAT-AATTTTATTTAAAAGTAGAAGTCCTTTATTCATAATATTTTTAATAAAAAA-AAA
1 ATTGC-AATCAATTTTATTTAAAAGTAGAAGTCCTTTATTCATAATATTTTTAATAAAAAATAAA
* ** ***
75110 TTAAAAAATTTTATTCCAATATTGGGATTTGAACATGGATTCCAAATATCCATAGGAATTGCCAA
65 --AAAAAATATTATTCCAATATCAGGATTTGAACACAAATTCCAAATATCCATAGGAATTGCCAA
*
75175 GTGCTACAACAAATAACATTTGATGTAAA
128 GTGCTACAACAAATAACATTTGACGTAAA
75204 ATTGCAATCAATTTTAT
1 ATTGCAATCAATTTTAT
75221 AGGAATTACC
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 21, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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ATTGCAATCAATTTTATTTAAAAGTAGAAGTCCTTTATTCATAATATTTTTAATAAAAAATAAAA
AAAAATATTATTCCAATATCAGGATTTGAACACAAATTCCAAATATCCATAGGAATTGCCAAGTG
CTACAACAAATAACATTTGACGTAAA
Found at i:75233 original size:58 final size:58
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Indices: 75161--75278 Score: 173
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75151 CCAAATATCC
* *
75161 ATAGGAATTGCCAAGTGCTACAACAAATAACATTTGATGTAAAATTGCAATCAATTTT
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**** *
75219 ATAGGAATTACCAAGTGCTACAGTGGATTACATTTAATGTAAAATTGCAATCAATTTT
1 ATAGGAATTACCAAGTGCTACAACAAATAACATTTAATGTAAAATTGCAATCAATTTT
75277 AT
1 AT
75279 TTAAAGTCTC
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 7, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ATAGGAATTACCAAGTGCTACAACAAATAACATTTAATGTAAAATTGCAATCAATTTT
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81087 ATAATGGTTG
*
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1 TAAAAGCCTT
81107 TAAAAGCCTT
1 TAAAAGCCTT
81117 TAAAAGCCTT
1 TAAAAGCCTT
81127 T
1 T
81128 GAATTGAATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
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81137 TGTGAAAACC
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1 TGTAAAAGCATTTCAATAA
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1 T
81186 ATGAGTTTCA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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TGTAAAAGCATTTCAATAA
Found at i:81820 original size:22 final size:22
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81785 GTAATATATA
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* **
81817 TAATTAAATGTAATAC-T--A-
1 TAATTAACTAAAATACTTACAT
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1 TAATTAACTAAAATACTTACAT
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1 TAATTAA
81863 ATTCTTAGGT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 6, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.51, C:0.10, G:0.01, T:0.37
Consensus pattern (22 bp):
TAATTAACTAAAATACTTACAT
Found at i:81824 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 81797--81863 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 3.6 Consensus size: 18
81787 AATATATATA
81797 ATTAACTAAAATACTTAC
1 ATTAACTAAAATACTTAC
*
81815 ATTAATTAAATGTAATACTATA-
1 ATTAACT-AA---AATACT-TAC
81837 A-TAACTAAAATACTTAC
1 ATTAACTAAAATACTTAC
*
81854 ATTAATTAAA
1 ATTAACTAAA
81864 TTCTTAGGTA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 14
0.70 0.05 0.25
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.05
17 7 0.18
18 13 0.33
19 2 0.05
20 2 0.05
21 4 0.10
22 7 0.18
23 2 0.05
ACGTcount: A:0.52, C:0.10, G:0.01, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
ATTAACTAAAATACTTAC
Found at i:81845 original size:39 final size:41
Alignment explanation
Indices: 81783--81864 Score: 141
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 41
81773 TTTAATTTCT
81783 ATGTAATATATATAATTAACTAAAATACTTACATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAATTAACTAAAATACTTACATTAATTAA
*
81824 ATGTAATA-CTATAA-TAACTAAAATACTTACATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAATTAACTAAAATACTTACATTAATTAA
81863 AT
1 AT
81865 TCTTAGGTAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 2
0.93 0.02 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 27 0.68
40 5 0.12
41 8 0.20
ACGTcount: A:0.51, C:0.09, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (41 bp):
ATGTAATATATATAATTAACTAAAATACTTACATTAATTAA
Found at i:82208 original size:204 final size:202
Alignment explanation
Indices: 81975--82385 Score: 673
Period size: 201 Copynumber: 2.0 Consensus size: 202
81965 TTCCTTAATA
* *
81975 ATAAATAAATCGGATATTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTT
1 ATAAATAAATCGGATATCTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATAT
*
82040 AATTTAATAAATC-AACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTTTGGTATAGTTCTGTATATCTAA
66 AATTTAATAAATCAAACCACTAATGTTCAACTAA--TTTTTTTTGGTATAGTT-T-TATATATAA
* *
82104 TAGTAATGCATTGTATCTTATTCACTTCAACTTTGATAGTAACCTTAGACTTAAAAATTAATAAC
127 TAATAATGCATTGTATCTTATTCACTACAACTTTGATAGTAACCTTAGACTTAAAAATTAATAAC
82169 ATTCACCATTG
192 ATTCACCATTG
*
82180 ATAAAT-AATCGGATCTCTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATAT
1 ATAAATAAATCGGATATCTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATAT
82244 AATTTAATAAATCAAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGGTATAGTTTTATATATAATAAT
66 AATTTAATAAATCAAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGGTATAGTTTTATATATAATAAT
** * * *
82309 AATGTGTTGTATCTTATTCACTAGAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAATTAATAACATTC
131 AATGCATTGTATCTTATTCACTACAACTTTGATAGTAACCTTAGACTTAAAAATTAATAACATTC
82374 ACCATTG
196 ACCATTG
82381 ATAAA
1 ATAAA
82386 GTTATTAAGC
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 11, Indels: 6
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
201 82 0.42
202 1 0.01
203 17 0.09
204 68 0.35
205 26 0.13
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (202 bp):
ATAAATAAATCGGATATCTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATAT
AATTTAATAAATCAAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGGTATAGTTTTATATATAATAAT
AATGCATTGTATCTTATTCACTACAACTTTGATAGTAACCTTAGACTTAAAAATTAATAACATTC
ACCATTG
Found at i:83919 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 83880--83919 Score: 55
Period size: 12 Copynumber: 3.4 Consensus size: 12
83870 CCAGGCGCGC
83880 GGGCCAGCGCTT
1 GGGCCAGCGCTT
* *
83892 GGCCCAGCGCCT
1 GGGCCAGCGCTT
83904 GGGCCAG-GCTT
1 GGGCCAGCGCTT
83915 GGGCC
1 GGGCC
83920 CTAAGCCCAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
11 8 0.33
12 16 0.67
ACGTcount: A:0.07, C:0.38, G:0.42, T:0.12
Consensus pattern (12 bp):
GGGCCAGCGCTT
Done.