Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022486.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22519, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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254 TAAGAAAATT
264 GATAACCTTCCTATTGAA
1 GATAACCTTCCTATTGAA
282 GATAACCTTCCTATTGAA
1 GATAACCTTCCTATTGAA
300 GATAACC
1 GATAACC
307 ATAATTGTAT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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18 25 1.00
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Consensus pattern (18 bp):
GATAACCTTCCTATTGAA
Found at i:3936 original size:331 final size:328
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2749 CCATGATGGT
* * * * * *
2759 AAAAA-TGACCTAAAAGATTTTTCCTCAATTTTTTGGCAAAAATACTCATAAAATATATATAGTT
1 AAAAATTGACCGAAAA-ATATTTCCTCAA-TTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATT
* * ** * *
2823 CAACGCCAAAAGGATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTGAATTA
64 CAACGCCAAAAAGATTGAAG-GGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTA
* *
2888 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCGCATAAAAACAAATCCTTAAAT-TCAATGT-A
128 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCT-AATGTGA
* * * ** *
2951 CCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTTATGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATACAAAAC
192 -CTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * ** *
3016 AGAGCCGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTAAAAAAAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTT
256 TGAGCCG-GGCCCCGGAACGCGTTTTTAG------CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
*
3081 CGGCTAAAATTTTGG
314 CGGCTAAAATTTTGC
** *
3096 AAAAATTGCACCGAAAGTTATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
1 AAAAATTG-ACCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* ** * * * * * * *
3161 GACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACACTTCTAATATTGTTTTTCTTTTTTTTTCAAATTAA
65 AACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAA
* * *
3226 TTTCTAATGAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTGGC
129 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGAC
* * * * * *
3291 TGAGATATTG-TTACATGAATATAGATATTTCAAGGAGTATTGGCACAAAAAATCATGCAAAACT
193 TGAGAT-TTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACT
** * * ** *
3355 GAGTTGGGCCCCGAAACGCGATTTTAGCTGAAAACCGTGA----TAGTACATGATTTCGGCTAAA
257 GAGCCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
*
3416 ATTTTAC
322 ATTTTGC
* * * * *
3423 AAAAAATTGATCCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATATAATT
1 -AAAAATTGA-CCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATT
* * * * *
3488 CAATTCAGCGTTAAAAGGATTTG-AGGACTTTTCACGCATTTAATATCGTTTTT-C-ATATTTT-
64 CAA--C-GC--CAAAAAGA-TTGAAGG-GTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTC
* * ** *
3549 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACACAAAAACAAATCCTTAAGTCTAA
122 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAA
* * * *
3614 TGTGACTGGGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTTAAGGAGTCTCGACGTCAAAAATCATGCA
187 TGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCA
** * * * * * * *
3679 AAACAAAACCGTAGCCCTGTAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGCTGCTTAGTACACGATTTC
252 AAACTGAGCCG-GGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
*
3744 GGTTAAAATTTTGC
315 GGCTAAAATTTTGC
*
3758 AAAAATTGATCCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
1 AAAAATTGA-CCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * ** * *
3823 GACGTCAAAAAGATTGAAGGGTTTTAACGCTTCCAATAGT-ATTTTTCCTATTTTTTCAAATTAA
65 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATA-TCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAA
* * *
3887 TTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGATT
129 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGACT
* * * *
3952 GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGA
194 GAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* *
4017 GCCGGGCCCCGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTT-G----C-A--------AAAA-
259 GCCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
4067 -TTG-
324 TTTGC
* * * * * *
4070 ----ACT---CGAAATATTTTTCCTCGATTTCTAG-TGAAAATACTCATAAAAAATATATAATTA
1 AAAAATTGACCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCT-AAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
** * * ** * *
4127 AATTC-CCAAAAA-ATTGAAAGCCTTTTTCACACTTTTCATAAAGTTTTTCATATTTTTTTGAAT
65 AA--CGCCAAAAAGATTG-AAG-GGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAAT
* * **
4190 TAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATAATCGTAAAAA-AAATCCTTAAAT-TCAATGT
126 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCT-AATGT
* * * *
4253 GGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCATTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGC
190 GACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATA--T--TTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGC
* * * * * *
4318 AAAACTGAGTCGGG-CTCGGAATGCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTTTGTACACGATTTC
251 AAAACTGAGCCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG-TTAGTACACGATTTC
4382 GGCTAAAATTTTGC
315 GGCTAAAATTTTGC
* * * * *
4396 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCATCAATTTTTAGCTAAACTACTAATAAAATATATATAATT
1 AAAAATTGA-CCGAAAAATATTTCC-TCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAA-T
* * * **
4461 TC-ACGTC--AAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTAAATT
63 TCAACGCCAAAAAGATTGAAGG-GTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATT
* * * *
4523 AATTTCTAGTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTCAATCCAATGT-A
127 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGA
* * * * ** * * *
4587 GCTGAGATTAGATTAAATGATTATGGAT-TTCTCAAAAAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGGAAAA
192 -CTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATT-TCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * * * *
4651 CTTAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAACCAAAAAAACGTGATGATTATTACACGATTTCGGC
255 CTGAGCC-GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
* *
4716 TAGAATTTTAC
318 TAAAATTTTGC
** * * * * *
4727 AAAAATTGACTCGAAAGTTATTTCCTCAATTTTTATCCACAATACTCTTAAAAATTATATAATTC
1 AAAAATTGAC-CGAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * *
4792 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCATGCCTCTAATATCGTTTTTCCTATTATTTTCCGAATT
65 AACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATT-TTTT-CGAATT
* * * * *** * * *
4857 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTTAGATACTTGT-TTTACAAATCCTTCAATCCAATGTGG
127 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGA
* * * * * ***
4921 CTGAGATTTGGTTAGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAACGGT
192 CTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * * *
4986 GTA-CCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATTTCGACTAACATACACGATTTC
257 G-AGCC-GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA--T-G-GTTA-GTACACGATTTC
* *
5050 GGCTAATACTTTGC
315 GGCTAAAATTTTGC
* * * *
5064 AAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCTAAATTTTT-GTCTAAAATACTCATAAAATATATATAATT
1 AAAAATTGACC-GAAAAATATTTCCTCAATTTTTAG-CTAAAATACTCATAAAAAATATATAATT
* * * * * *
5128 CAACTCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCTCACTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATT
64 CAACGCCAAAAAGATTGAAGG-GTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTC-GAATT
*
5192 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGC-AATGTG
127 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CTAATGTG
* * * * *
5256 GCT--GA---GATT---T-AATATAGATATTTCGAGAAGTTTTGACGCCAAAAATCATGCAAAAC
191 ACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * * *
5312 TGAGCCGGAACCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAACAGTGATGGTTAATACACGATTTCG
256 TGAGCCGG-GCCCCGGAACGCGTTTTTAGC----CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
5377 GCTAAAATTTTGC
316 GCTAAAATTTTGC
* * * *
5390 AAAAACTGACCAGAAAAATA-TTCTCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATACATAATT
1 AAAAATTGACC-GAAAAATATTTC-CTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATT
* * * * *
5454 CAATGCCAAAAAAAATTGAAGGGGTTTTCACACTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAA
64 CAACGCC-AAAAAGATTGAA-GGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTT-CGAA
* * * * *
5519 TTAATTTCTAATTAAAACGAAACATGATTCAAATGTTTGT-------AA-----AAA--TAATG-
125 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGT
** * * * *
5569 GTTTG-GATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTC-AGTGCCAAAAAACAT-TAAG
190 GACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGA-CGCCAAAAATCATGCAA-
* * * * * * * *
5631 AATTGAACCGGGCCCTGGAACGCATTTTTAGCCGAAAATCGTGATGATTATTACACGATTTCGGC
253 AACTGAGCCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
5696 TAAAATTTTGC
318 TAAAATTTTGC
* * *
5707 AAAAAAATTGACCCGAAAGATATCTCCTCAATTTTTAG-TCATAATACTCATAAAAAACTATATA
1 --AAAAATTGA-CCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCT-AAAATACTCATAAAAAA-TATATA
* *
5771 ATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCATA-TTTTTCTGA
61 ATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTC-GA
* *
5835 ATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGC-AAT
124 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CTAAT
* * * * * * * * * *
5899 GTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATGTAGATATTACAAAGAGTGTCGACACCAAAAACCATTCAA
188 GTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAA
* ** * * * * *
5964 AACTGAGTCGGGGCTTCGAAACGCATTTTTAGCAAAAAAAAAAGCAGTAATGGTTAGTACACGAT
253 AACTGAG-CCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGC----CAAAAA-CCGTGATGGTTAGTACACGAT
*
6029 TTCGGCTAAAATTTTAC
312 TTCGGCTAAAATTTTGC
* * *
6046 AAAAACTGACCAGAAAAATA-TTCTCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATT
1 AAAAATTGACC-GAAAAATATTTC-CTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATT
* * * * * *
6110 CAATGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACACTTATAATATCATTTTTCGCAATTTTTTTCTGAA
64 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTC-CTA-TTTTTTC-GAA
* * * * *
6175 TTAATTTCTAATTAAAAT-GAAACATGCTTCAAATGTTTGT-------AA-----AAA-C-AATG
125 TTAATTTCTAATT-AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATG
* * * *
6225 -GA-TGGGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTC-AGTGCCAAAAATCATTCAA
189 TGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGA-CGCCAAAAATCATGCAA
* * * * * *
6287 AATTGAACCGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAATCGTGATGATTATTACACGATTTCGGC
253 AACTGAGCCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
6351 TAAAATTTTGC
318 TAAAATTTTGC
* * * *
6362 AAAAATTGACCCGAAAGATATCTCCTCAATTTTTAG-TCATAATAATCAT-AAAAATATATAATT
1 AAAAATTGA-CCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCT-AAAATACTCATAAAAAATATATAATT
*
6425 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATT
64 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTC-GAATT
* *
6490 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATGC-AATGTG
127 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CTAATGTG
* * * * * * *
6554 TCTAAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTCGACACAAAAAACCATGCAAAAC
191 ACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * * * *
6619 TGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATAGTTACTACACGATTTTGGCTA
256 TGAGCCG-GGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-
6684 AAAACTTTT-C
319 AAAA-TTTTGC
* * * * * * * ** *
6694 AAAAAATGACTCGAAAAATTTTTCCCCTATTTCTGGATAAAATACTCATAAAATTTATATAATTT
1 AAAAATTGAC-CGAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * ** * * ** *
6759 AATGCCAAAAAGATTGGAGAACTTTTCACGCATTTAATATCATTTTTTATATTTTTTTGAATTAA
65 AACGCCAAAAAGATTGAAG-GGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAA
* ** * * * * * *
6824 TTTCTAATTAAATCAAAACTGGATTCAAATACTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCT
129 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGACT
* * * * * ** *
6889 GAGATTTGATTAGATTAATATGGATATCTAAAGGAGTCTTGGTGTCAAAAATCATGCAAAACTGA
194 GAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
** * ** * *
6954 GCCGGGGCCCAAGAACGCTTTTTTAGCCAAAAACTATGATAGTTATTACACGATTTCGGCTAAAA
259 GCC-GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
*
7019 TTTTGT
323 TTTTGC
* * *
7025 AAAAATTGATTCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGGTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
1 AAAAATTGA-CCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * ** * * *
7090 AACGCCAAAATGATTGCAGAGCATTTGAAG-TTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCAAATT
65 AACGCCAAAAAGATTGAAG-GGTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTCCTATTTTTT-CGAATT
*
7154 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGA
127 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGA
* * * *
7219 CTGAGATTTGATTAAATGAATTTAGATATTTCAAGTAGTCTCGGA-GCCAAAAATCATGCAAAAT
192 CTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTC-GACGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * *
7283 TAAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTGTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTTGTTAGTACACGATTTCG
256 TGAGCCGGG-CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTTAGTACACGATTTCG
7348 GCTAAAATTTTGC
316 GCTAAAATTTTGC
* * *
7361 AAAATTTGACAC-AAAAGAT-TTCTCCTCAATTTTTGGCTAATATACTCAT-AAAAATATATAAT
1 AAAAATTGAC-CGAAAA-ATATT-TCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAAT
* * * * * * * * *
7423 CCAACGTCAAAAATATTGGAGGGCTTTTTACGCTTTTAATATCGTATTTCTTCTTTTTTCTAAAT
63 TCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTC-GAAT
* * * * *
7488 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAAATGCTCGTAAAAA-TAATTCTTAAATCCAATGTT
126 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATG-T
* *
7552 G-CTGAGATTTGGTCAGATGA
190 GACTGAGATTTGATTAGATGA
7572 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 3621, Mismatches: 643, Indels: 427
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
303 1 0.00
304 52 0.01
305 52 0.01
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307 1 0.00
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340 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (328 bp):
AAAAATTGACCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCA
ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATT
TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGACTGA
GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
CGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT
TGC
Found at i:7939 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 7921--7950 Score: 53
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7911 ATAAATAATA
7921 ATATTATAAT-TAAAT
1 ATATTATAATCTAAAT
7936 ATATTATAATCTAAA
1 ATATTATAATCTAAA
7951 AGTAATTATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.71
16 4 0.29
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
ATATTATAATCTAAAT
Found at i:9244 original size:156 final size:156
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Indices: 8956--9305 Score: 506
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8946 ATGTACACTC
* *
8956 CAATTTTATTTAAAAACAAAAATCCTTTATTTATATTATTTTTGATGAAAGAAAATTAAAAATTT
1 CAATTTTATTTAAAAACAAAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTGATGAAAAAAAATTAAAAATTT
* * * *
9021 TATTCCGCTGTCGGGATTTGAACCCAGATTCCAAATATCCATAAGAATTACCAAGTGCTACAGCG
66 CATTCCGCTGCCAGGATTTGAACCCAGATTCCAAATATCCATAAGAATTACCAAGTGCTACAACG
** *
9086 GATTATATTTGATTTGAAATTGCAAA
131 GATTATATTCAATTTCAAATTGCAAA
* *
9112 CAATTTTATTTTAAAACAAAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTGAT-AAAAAAAATTGAAAATTT
1 CAATTTTATTTAAAAACAAAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTGATGAAAAAAAATTAAAAATTT
*** * * *
9176 CATTTTTCTGCCAGGATTTGAA-CCGGATTCCAAATATATCCATAGGAATTGCCAAGTGCTACAA
66 CATTCCGCTGCCAGGATTTGAACCCAGATTCC-AA-ATATCCATAAGAATTACCAAGTGCTACAA
9240 CGGATTATATTCAATTTCAAATTGCAAA
129 CGGATTATATTCAATTTCAAATTGCAAA
*
9268 CAATTTTATTTAAAAACAAAAGTTCTTTATTTATATTA
1 CAATTTTATTTAAAAACAAAAGTCCTTTATTTATATTA
9306 GGCTCAATAC
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 19, Indels: 4
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
154 8 0.05
155 34 0.20
156 131 0.76
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.11, T:0.38
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CAATTTTATTTAAAAACAAAAGTCCTTTATTTATATTATTTTTGATGAAAAAAAATTAAAAATTT
CATTCCGCTGCCAGGATTTGAACCCAGATTCCAAATATCCATAAGAATTACCAAGTGCTACAACG
GATTATATTCAATTTCAAATTGCAAA
Found at i:10627 original size:96 final size:95
Alignment explanation
Indices: 10459--10636 Score: 270
Period size: 96 Copynumber: 1.9 Consensus size: 95
10449 ATGCTTGTTT
10459 TGTTTTTAATGTAATATAAATCTACCTGCTTATAAATTTGGTATAAACTTACATATCCAACAAGG
1 TGTTTTTAATGTAATATAAATCTACCTGCTTATAAATTTGGTATAAACTTACATATCCAACAAGG
* *
10524 TTAATTGGATGGTCAAATCTTAGAATAACA
66 CTAATTGGATGGCCAAATCTTAGAATAACA
* *
10554 TGTTTTTTATGTAATAATTAAATCTGA-CTGCTTGTAAATTTGG-ATAAACTTACATATCCAACA
1 TGTTTTTAATGTAAT-A-TAAATCT-ACCTGCTTATAAATTTGGTATAAACTTACATATCCAACA
*
10617 AGGCTGATTGGATGGCCAAA
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TGTTTTTAATGTAATATAAATCTACCTGCTTATAAATTTGGTATAAACTTACATATCCAACAAGG
CTAATTGGATGGCCAAATCTTAGAATAACA
Found at i:11065 original size:21 final size:21
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11031 TTAATATAAA
11041 TAATAACTAAAATACTTACAT
1 TAATAACTAAAATACTTACAT
* ** *
11062 TAATTAAATGTAATA-ATAC-T
1 TAA-TAACTAAAATACTTACAT
*
11082 ATAATAACTAAAACACTTACAT
1 -TAATAACTAAAATACTTACAT
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1 TAAT
11108 TAAATTCTTA
Statistics
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Consensus pattern (21 bp):
TAATAACTAAAATACTTACAT
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Indices: 11032--11112 Score: 130
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11022 ATTCCTATGT
*
11032 TAAT-ATA-AATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAAATG
1 TAATAATACAATAATAACTAAAACACTTACATTAATTAAATG
*
11072 TAATAATACTATAATAACTAAAACACTTACATTAATTAAAT
1 TAATAATACAATAATAACTAAAACACTTACATTAATTAAAT
11113 TCTTAGGTAT
Statistics
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TAATAATACAATAATAACTAAAACACTTACATTAATTAAATG
Found at i:11139 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 11103--11149 Score: 85
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11093 AACACTTACA
11103 TTAATTAAATTCTTAGGTATTTTT
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1 TTAATT-AAATTCTTAGGTATTT
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TTAATTAAATTCTTAGGTATTTTT
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Indices: 11249--11631 Score: 687
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11239 ATGTTTTTAA
*
11249 TTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTGATAAATCAACCACTAATGTT
1 TTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTT
* * *
11314 CAACTAATTTTTTTTGGTATAGTTCTATAT-ATAATAGTAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAA
66 CAACT-ACTTTTTTTGGTATAGTTATATATAATAATAATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAA
*
11378 CTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATAAATAAATCGGATCTT
130 CTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTCATAAATAAATCGGATCTT
11443 TAATATCT
195 TAATATCT
11451 TTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTT
1 TTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTT
*
11516 CAACTACTTTTTTTGTTATAGTTATATATAATAATAATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAAC
66 CAACTACTTTTTTTGGTATAGTTATATATAATAATAATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAAC
*
11581 TTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAGAAATTAATAACATTCACCATTCATAAA
131 TTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTCATAAA
11632 GTTATTAAGC
Statistics
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Consensus pattern (202 bp):
TTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTT
CAACTACTTTTTTTGGTATAGTTATATATAATAATAATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAAC
TTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTCATAAATAAATCGGATCTTT
AATATCT
Found at i:12615 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 12591--12657 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 3.2 Consensus size: 21
12581 GTAATATAAA
12591 TAATAACTAAAATACTTACAT
1 TAATAACTAAAATACTTACAT
* ** *
12612 TAATTAAATGTAATA-ATAC-T
1 TAA-TAACTAAAATACTTACAT
*
12632 ATAATAACTAAAACACTTACAT
1 -TAATAACTAAAATACTTACAT
12654 TAAT
1 TAAT
12658 TAAATTCTTA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 9, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
20 8 0.24
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Consensus pattern (21 bp):
TAATAACTAAAATACTTACAT
Found at i:19468 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 19449--19487 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.9 Consensus size: 13
19439 AAATTGTAAA
19449 ATTTAAAAAATTT
1 ATTTAAAAAATTT
* *
19462 CATTTAAGAAATAT
1 -ATTTAAAAAATTT
19476 ATTTAAAAAATT
1 ATTTAAAAAATT
19488 CTAATATATA
Statistics
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ATTTAAAAAATTT
Found at i:19646 original size:131 final size:123
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Indices: 19473--19727 Score: 379
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19463 ATTTAAGAAA
19473 TATATTTAAAAAATTCTAATATATATAAGTTTTTTAAATAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAA
1 TATATTTAAAAAATTCTAATATATATAAGTTTTTTAAATAAAATAGTAAAATGGTAAAAAT----
* *
19538 TAGGTATAAGGATATTAGATTTAATTAAATAAAA-TAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTGTAAAA
62 CA--TA-AA-GATATTAGATTTAATTAAATAAAATTAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATAAAA
19602 G
123 G
*
19603 TATATTT-AAAAATTCTAATATATATATAAGTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGTAAAAATCA
1 TATATTTAAAAAATTCT-A-ATATATATAAGTTTTTTAAATAAAATAGTAAAATGGTAAAAATCA
19667 TAAAGATATTAGATTTAATTAAATAAAATTAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATAAAAG
64 TAAAGATATTAGATTTAATTAAATAAAATTAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATAAAAG
19727 T
1 T
19728 TTAAACAATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATATTTAAAAAATTCTAATATATATAAGTTTTTTAAATAAAATAGTAAAATGGTAAAAATCATA
AAGATATTAGATTTAATTAAATAAAATTAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATAAAAG
Found at i:20025 original size:41 final size:38
Alignment explanation
Indices: 19968--20043 Score: 125
Period size: 41 Copynumber: 1.9 Consensus size: 38
19958 GACCGAAATC
19968 CATTTTTAAAACCCAAACAATTTTATTCTTTTATCCCAATT
1 CATTTTTAAAACCCAAACAA-TTT-TT-TTTTATCCCAATT
20009 CATTTTTAAAACCCAAACAATTTTTTTTTATCCCA
1 CATTTTTAAAACCCAAACAATTTTTTTTTATCCCA
20044 TCCGGTATCT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.22, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (38 bp):
CATTTTTAAAACCCAAACAATTTTTTTTTATCCCAATT
Found at i:20253 original size:90 final size:87
Alignment explanation
Indices: 20151--20313 Score: 247
Period size: 90 Copynumber: 1.8 Consensus size: 87
20141 TTGTTTAAAG
*
20151 TTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTATTTTTTAT-TTAATTAAGTCTAATATCCTTATTAA
1 TTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTA-TTTTTATCTT-ATTAAATCTAATAT-CTTA-TAA
20215 CTATTTTATTTTTAGCAGTTTACTAT
62 CTATTTTATTTTTAGCAGTTTACTAT
* * *
20241 TTTTATAGTTTTACTCAATTAAAAACTCTATTTTTATCTTATTAAATCTAATATTTTATACCTAT
1 TTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTATTTTTATCTTATTAAATCTAATATCTTATAACTAT
20306 TTTATTTT
66 TTTATTTT
20314 ACCATTTTAC
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 4, Indels: 5
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TTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTATTTTTATCTTATTAAATCTAATATCTTATAACTAT
TTTATTTTTAGCAGTTTACTAT
Found at i:21604 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 21461--21605 Score: 220
Period size: 78 Copynumber: 1.9 Consensus size: 78
21451 CCATAGGAGT
* * * *
21461 TGCTACAGCGGATTATATTTGATGTGAAATTGCAAATAATTTTATTTAAAAGAAAAAGTCATTTA
1 TGCTACAGCGGATTATATTTGATGTGAAAATACAAACAATTTTATTTAAAACAAAAAGTCATTTA
21526 TTCCACTGCCGAG
66 TTCCACTGCCGAG
* *
21539 TGCTACAGTGGATTATATTTGATGTGAAAATACAAACAATTTTATTTGAAAACAAAAA-TCCTTT
1 TGCTACAGCGGATTATATTTGATGTGAAAATACAAACAATTTTATTT-AAAACAAAAAGTCATTT
21603 ATT
65 ATT
21606 TATATTATTT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 6, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TTCCACTGCCGAG
Found at i:21849 original size:153 final size:158
Alignment explanation
Indices: 21571--21859 Score: 414
Period size: 153 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
21561 TGTGAAAATA
*
21571 CAAACAATTTTATTTGAAAACAAAAATCCTTTATTTATATTATTTCATTTTTAATAAAAAAATTA
1 CAAACAATTTTATTTAAAAACAAAAATCCTTTATTTATATTATTTCATTTTTAATAAAAAAATTA
* * *
21636 AAATTTTATTCCGCTGCCGAGATTTGAACCCAAATTCCAAATATTCATAGGAATTACCAAGTGCT
66 AAATTTTATTCCACTGCCGAGATTTGAACCCAAATTCCAAAGATTCATAGGAATTACCAAGTCCT
21701 ACAATGAAATATATTTGATATTGCAATG
131 ACAATGAAATATATTTGATATTGCAATG
*
21729 CAAACAATTTTATTTAAAAACAAAAGTCCTTTA-TT-TA-TA-TT-ATTTTTAAT-AAAAAATTA
1 CAAACAATTTTATTTAAAAACAAAAATCCTTTATTTATATTATTTCATTTTTAATAAAAAAATT-
* ** *
21788 AAAATTTTATTCCATTATCG-GAATTTGAACCCAAATTCCAAAGA-TCAATAGGAATTGCCAAGT
65 AAAATTTTATTCCACTGCCGAG-ATTTGAACCCAAATTCCAAAGATTC-ATAGGAATTACCAAGT
21851 CCTACAATG
128 CCTACAATG
21860 GATTATAATT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 9, Indels: 11
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
152 11 0.09
153 69 0.58
154 2 0.02
155 2 0.02
156 2 0.02
157 2 0.02
158 31 0.26
ACGTcount: A:0.42, C:0.14, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (158 bp):
CAAACAATTTTATTTAAAAACAAAAATCCTTTATTTATATTATTTCATTTTTAATAAAAAAATTA
AAATTTTATTCCACTGCCGAGATTTGAACCCAAATTCCAAAGATTCATAGGAATTACCAAGTCCT
ACAATGAAATATATTTGATATTGCAATG
Done.