Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022548.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22581, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 31866
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.18, T:0.32
Found at i:2372 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2354--2378 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
2344 ATTATGGGTT
2354 TTAATTTAAGTGA
1 TTAATTTAAGTGA
2367 TTAATTTAAGTG
1 TTAATTTAAGTG
2379 TAATTATTAG
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.16, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
TTAATTTAAGTGA
Found at i:13137 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 13119--13143 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
13109 ATTATGGGTT
13119 TTAATTTAAGTGA
1 TTAATTTAAGTGA
13132 TTAATTTAAGTG
1 TTAATTTAAGTG
13144 TAATTATTAG
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.16, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
TTAATTTAAGTGA
Found at i:19251 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 19128--19314 Score: 297
Period size: 39 Copynumber: 4.8 Consensus size: 39
19118 AAACTTTGAT
*
19128 GGGATCTTTCCCCT-AATTGAAAACTTTGAGAAAGACTGGAT
1 GGGATCTTT-CCCTAAATTGAAAACTTTGA-AAA-ACTGGAC
* * *
19169 GGGATCTTTCCCTAAATTGAAAATTTTG-AAAACTAGAT
1 GGGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAAAAACTGGAC
19207 GGGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAAAAACTGGAC
1 GGGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAAAAACTGGAC
19246 GGGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAAAAACTGGAC
1 GGGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAAAAACTGGAC
19285 GGGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAA
1 GGGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAA
19315 GGAAATTCCT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 5, Indels: 6
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
38 33 0.24
39 80 0.58
40 4 0.03
41 22 0.16
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (39 bp):
GGGATCTTTCCCTAAATTGAAAACTTTGAAAAACTGGAC
Found at i:20035 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 19985--20064 Score: 108
Period size: 41 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
19975 ACAATAAACA
* *
19985 AACAAGGCCCAA-ATATATTTAAAACCCATCATATAAAAGC
1 AACAAAGCCCAACATA-AATTAAAACCCATCATATAAAAGC
*
20025 AACAAAGCCCAAGCATAAATTAAAGCCCATCATATAAAAG
1 AACAAAGCCCAA-CATAAATTAAAACCCATCATATAAAAG
20065 GATAAGACCC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 3
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
40 11 0.31
41 21 0.60
42 3 0.09
ACGTcount: A:0.51, C:0.23, G:0.09, T:0.17
Consensus pattern (40 bp):
AACAAAGCCCAACATAAATTAAAACCCATCATATAAAAGC
Found at i:23857 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 23783--24246 Score: 495
Period size: 59 Copynumber: 7.9 Consensus size: 58
23773 ATTAAGTTAA
* * *
23783 TAAAAAAGTAAATCAGTAATAATTAGCTTGATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGTGT
1 TAAAAAAATAAATCAGTAATAATTGGCTT-ATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGT
* *
23842 TAAAAAAATACATCAGTAATAATTGGCTTAGTTCAGAGTAATAAAGTTAATTAAGGAG-
1 TAAAAAAATAAATCAGTAATAATTGGCTTA-TTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGT
* * * *
23900 TAAAAAAAGTAAATCTGTAATAATTGGCTTAATTTAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAAT
1 TAAAAAAA-TAAATCAGTAATAATTGGCTT-ATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGT
* * *
23960 TGAAAAAGTAAATTAGTAATAATTGGCTTGATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGA-T
1 TAAAAAAATAAATCAGTAATAATTGGCTT-ATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGT
* * * *
24018 TAAAAAATGTAAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTTAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAAT
1 TAAAAAA-ATAAATCAGTAATAATTGGCTTA-TTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGT
* * * * *
24078 TGAAAAAGTTAATCAGTAATAATTGACTTAATTAAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAG-
1 TAAAAAAATAAATCAGTAATAATTGGCTT-ATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGT
* * * ** * * *
24136 TAAAAAAAGTGAATCAATAATAATTGGCTTCGTTCAGAGTTGTTAAATTAACTGAGGAGT
1 TAAAAAAA-TAAATCAGTAATAATTGGCTT-ATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGT
* * * *
24196 AAATAAAAAT-AATCAGTAATAATTGCCTTAGTTTAGAGTGATTAAGTTAAT
1 TAA-AAAAATAAATCAGTAATAATTGGCTTA-TTCAGAGTAATTAAGTTAAT
24247 AAAGAAAGGA
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 50, Indels: 24
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
58 23 0.07
59 297 0.87
60 18 0.05
61 5 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
TAAAAAAATAAATCAGTAATAATTGGCTTATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGT
Found at i:24046 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 23784--24253 Score: 611
Period size: 177 Copynumber: 2.7 Consensus size: 176
23774 TTAAGTTAAT
* *
23784 AAAAAAGTAAATCAGTAATAATTAGCTTGATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGTGTTAAAAAA
1 AAAAAAGTAAATCAGTAATAATTGGCTTGATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGG-ATTAAAAAA
* * * * *
23849 ATACATCAGTAATAATTGGCTTAGTTCAGAGTAATAAAGTTAATTAAGGAGTAAAAAAAGTAAAT
65 ATAAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTTAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATAAAAAAAGTAAAT
* * * *
23914 CTGTAATAATTGGCTTAATTTAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATT
130 CAGTAATAATTGACTTAATTAAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATA
* *
23961 GAAAAAGTAAATTAGTAATAATTGGCTTGATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGATTAAAAAAT
1 AAAAAAGTAAATCAGTAATAATTGGCTTGATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGATTAAAAAA-
* ** *
24026 GTAAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTTAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATTGAAAAAGTTAAT
65 ATAAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTTAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATAAAAAAAGTAAAT
* *
24091 CAGTAATAATTGACTTAATTAAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGTA
130 CAGTAATAATTGACTTAATTAAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATA
* * ** * * * *
24138 AAAAAAGTGAATCAATAATAATTGGCTTCG-TTCAGAGTTGTTAAATTAACTGAGGAGTAAATAA
1 AAAAAAGTAAATCAGTAATAATTGGCTT-GATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGATTAAA-AA
* * *
24202 AA-ATAATCAGTAATAATTGCCTTAGTTTAGAGTGATTAAGTTAATAAAGAAA
64 AATA-AATCAGTAATAATTGGCTTAGTTTAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAA
24254 GGAAAAAGGT
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 33, Indels: 8
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 9 0.04
177 243 0.95
178 4 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (176 bp):
AAAAAAGTAAATCAGTAATAATTGGCTTGATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGATTAAAAAAA
TAAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTTAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATAAAAAAAGTAAATC
AGTAATAATTGACTTAATTAAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATA
Found at i:24119 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 24097--24138 Score: 59
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
24087 TAATCAGTAA
*
24097 TAATTGACTTAATTAA-GAG
1 TAATTAACTTAATTAAGGAG
*
24116 TAATTAAGTTAATTAAGGAG
1 TAATTAACTTAATTAAGGAG
24136 TAA
1 TAA
24139 AAAAAGTGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 14 0.70
20 6 0.30
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
TAATTAACTTAATTAAGGAG
Found at i:24260 original size:118 final size:117
Alignment explanation
Indices: 23784--24246 Score: 567
Period size: 118 Copynumber: 3.9 Consensus size: 117
23774 TTAAGTTAAT
* *** *
23784 AAAAAAGTAAATCAGTAATAATTAGCTT-GATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGTGTTAAAAA
1 AAAAAAGTAAATCAGTAATAATTGGCTTAG-TTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATTGAAAA
* *
23848 AATACATCAGTAATAATTGGCTTAGTTCAGAGTAATAAAGTTAATTAAGGAGTA
65 AGTA-ATCAGTAATAATTGGCTTAGTTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGTA
* * *
23902 AAAAAAGTAAATCTGTAATAATTGGCTTAATTTAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATTGAAAAA
1 AAAAAAGTAAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATTGAAAAA
* *
23967 GTAAATTAGTAATAATTGGCTT-GATTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGATTA
66 GT-AATCAGTAATAATTGGCTTAG-TTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGTA
* *
24020 AAAAATGTAAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTTAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATTGAAAAA
1 AAAAAAGTAAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATTGAAAAA
* * *
24085 GTTAATCAGTAATAATTGACTTAATTAAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGTA
66 G-TAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGTA
* * * ** * *
24138 AAAAAAGTGAATCAATAATAATTGGCTTCGTTCAGAGTTGTTAAATTAACTGAGGAGTAAA-T-A
1 AAAAAAGTAAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTCAGAGTAATTAAGTTAA-TTA--AG-AAATTGA
* * *
24201 AAAA-TAATCAGTAATAATTGCCTTAGTTTAGAGTGATTAAGTTAAT
62 AAAAGTAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTCAGAGTAATTAAGTTAAT
24247 AAAGAAAGGA
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 33, Indels: 18
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
117 1 0.00
118 287 0.95
119 4 0.01
120 5 0.02
121 3 0.01
122 3 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (117 bp):
AAAAAAGTAAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGAAATTGAAAAA
GTAATCAGTAATAATTGGCTTAGTTCAGAGTAATTAAGTTAATTAAGGAGTA
Found at i:25831 original size:34 final size:31
Alignment explanation
Indices: 25777--25844 Score: 82
Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
25767 TTATATATGT
* *
25777 TATAAATTAAAAATCTGAAAATATATAAATATA
1 TATAAATTAAAAATCAGAAAAT-CA-AAATATA
*
25810 TATAACATTAATAATCAGAAAATCAAAATATA
1 TATAA-ATTAAAAATCAGAAAATCAAAATATA
25842 TAT
1 TAT
25845 TTTTAATTTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 3
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
32 10 0.32
33 6 0.19
34 15 0.48
ACGTcount: A:0.59, C:0.06, G:0.03, T:0.32
Consensus pattern (31 bp):
TATAAATTAAAAATCAGAAAATCAAAATATA
Done.