Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022552.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22585, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27482
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.17, T:0.33
Found at i:1092 original size:50 final size:48
Alignment explanation
Indices: 988--1221 Score: 214
Period size: 42 Copynumber: 5.1 Consensus size: 48
978 TCAAAAGAAT
* *
988 TGTTTTCTTATCTCTTTCCAAAAATGCCCCTTCCTGGTCGGAAAGT-CC
1 TGTTTTC-TATCTCTTTCCAAAAATGCCCCTTCCTGGTTGGAAGGTCCC
**
1036 TAGTTTTCAATATCTCTTTCCAAAAATGCCCCAACCTGGTTGGAAGGTCCC
1 T-GTTTTC--TATCTCTTTCCAAAAATGCCCCTTCCTGGTTGGAAGGTCCC
*
1087 TGTTTT-TA-----TTCCAAAAATGCTCCTTCCTGGTTGGAAGGTCCC
1 TGTTTTCTATCTCTTTCCAAAAATGCCCCTTCCTGGTTGGAAGGTCCC
* * *
1129 CGTTTTC--TCTCTTTCCAAAAATGACCCTTCTTGGTTGGAAGGTCCC
1 TGTTTTCTATCTCTTTCCAAAAATGCCCCTTCCTGGTTGGAAGGTCCC
* *
1175 --TTTT-TA-----TTCCAAAAATGCCTCTTCCTGGTTGGAAGGTTCC
1 TGTTTTCTATCTCTTTCCAAAAATGCCCCTTCCTGGTTGGAAGGTCCC
*
1215 AGTTTTC
1 TGTTTTC
1222 GTTCAATATT
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 16, Indels: 33
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
40 30 0.19
42 40 0.26
44 4 0.03
46 31 0.20
47 2 0.01
48 1 0.01
49 6 0.04
50 39 0.25
51 3 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.26, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (48 bp):
TGTTTTCTATCTCTTTCCAAAAATGCCCCTTCCTGGTTGGAAGGTCCC
Found at i:1203 original size:86 final size:88
Alignment explanation
Indices: 1003--1221 Score: 282
Period size: 86 Copynumber: 2.5 Consensus size: 88
993 TCTTATCTCT
* * * * *
1003 TTCCAAAAATGCCCCTTCCTGGTCGGAAAGTCCTAGTTTTCAATATCTCTTTCCAAAAATGCCCC
1 TTCCAAAAATGCCTCTTCCTGGTTGGAAGGTCCCAGTTTTC---ATCTCTTTCCAAAAATGACCC
1068 AACCTGGTTGGAAGGTCCCTGTTTTTA
63 AACCTGGTTGGAAGGTCCC-GTTTTTA
* **
1095 TTCCAAAAATG-CTCCTTCCTGGTTGGAAGGTCCCCGTTTTC-TCTCTTTCCAAAAATGACCCTT
1 TTCCAAAAATGCCT-CTTCCTGGTTGGAAGGTCCCAGTTTTCATCTCTTTCCAAAAATGACCCAA
*
1158 CTTGGTTGGAAGGTCCC-TTTTTA
65 CCTGGTTGGAAGGTCCCGTTTTTA
*
1181 TTCCAAAAATGCCTCTTCCTGGTTGGAAGGTTCCAGTTTTC
1 TTCCAAAAATGCCTCTTCCTGGTTGGAAGGTCCCAGTTTTC
1222 GTTCAATATT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 11, Indels: 10
0.84 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
86 42 0.37
87 2 0.02
88 35 0.31
91 1 0.01
92 34 0.30
ACGTcount: A:0.21, C:0.26, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (88 bp):
TTCCAAAAATGCCTCTTCCTGGTTGGAAGGTCCCAGTTTTCATCTCTTTCCAAAAATGACCCAAC
CTGGTTGGAAGGTCCCGTTTTTA
Found at i:1342 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 1238--1757 Score: 486
Period size: 41 Copynumber: 12.7 Consensus size: 40
1228 TATTCCAAAA
** * * *
1238 TTTGCCCTTCCTCATTAGAAGGTGTTGTCAGCTTTTCCAC
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTTACCTTTTCCAG
* * * *
1278 TTTGTCCTTCCTCGTCGGGAGGTGTTGTTGCCTTTGTCCAG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTTACCTTT-TCCAG
* *
1319 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAA
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGT-TACCTTTTCCAG
* * *
1360 TTTGTCCTTCCTCATCGGGAGGTGTTGTTGCCTTTGTCCAG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTTACCTTT-TCCAG
* *
1401 TTTGCCCTTCCTTATCGGAAGGTGTT-TTCAACCTTTTCCAA
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTT--ACCTTTTCCAG
** * * *
1442 TTTGGACTTCCTCATCGGGAGGTGTTATTGCCTTTGTCCAG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTTACCTTT-TCCAG
* *
1483 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAA
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGT-TACCTTTTCCAG
* * * * *
1524 TTTGTCCTTACTCATCGGGAGGTGTTATTGCCTTTGTCCAG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTTACCTTT-TCCAG
* * * * * *
1565 TTTGCCCTTCCTCATTGAAAGGTGTTGTCAACATTTACCAA
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGT-TACCTTTTCCAG
* *
1606 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGCTTACAC-ATCCCTAG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTG-TTAC-CTTTTCC-AG
* * * * *
1648 TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGATGTTGTTTACATTTCCCAG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTG-TTACCTTTTCCAG
** * *
1689 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTTTATATTTCCCTG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTG-TTACCTTTTCCAG
*
1730 TTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGT
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGT
1758 CTGTATTCCT
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 75, Indels: 28
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
40 45 0.12
41 291 0.74
42 55 0.14
ACGTcount: A:0.14, C:0.27, G:0.21, T:0.39
Consensus pattern (40 bp):
TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTTACCTTTTCCAG
Found at i:1380 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 1238--1758 Score: 647
Period size: 82 Copynumber: 6.4 Consensus size: 82
1228 TATTCCAAAA
** * * *
1238 TTTGCCCTTCCTCATTAGAAGGTGTTGTC-AGCTTTTCCACTTTGTCCTTCCTCGTCGGGAGGTG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAATTTGTCCTTCCTCATCGGGAGGTG
1302 TTGTTGCCTTTGTCCAG
66 TTGTTGCCTTTGTCCAG
1319 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAATTTGTCCTTCCTCATCGGGAGGTG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAATTTGTCCTTCCTCATCGGGAGGTG
1384 TTGTTGCCTTTGTCCAG
66 TTGTTGCCTTTGTCCAG
* * **
1401 TTTGCCCTTCCTTATCGGAAGGTGTTTTCAACCTTTTCCAATTTGGACTTCCTCATCGGGAGGTG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAATTTGTCCTTCCTCATCGGGAGGTG
*
1466 TTATTGCCTTTGTCCAG
66 TTGTTGCCTTTGTCCAG
*
1483 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAATTTGTCCTTACTCATCGGGAGGTG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAATTTGTCCTTCCTCATCGGGAGGTG
*
1548 TTATTGCCTTTGTCCAG
66 TTGTTGCCTTTGTCCAG
* * * * * *
1565 TTTGCCCTTCCTCATTGAAAGGTGTTGTCAACATTTACCAATTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAATTTGTCCTTCCTCATCGGGAGGTG
* * *
1630 TTGCTTACAC-AT-CCCTAG
66 TTG-TTGC-CTTTGTCC-AG
* * * ** * * * * *
1648 TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGATGTTGTTTACATTTCCCAGTTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTG
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAATTTGTCCTTCCTCATCGGGAGGTG
** *
1713 TTGTT-TATATT-TCCCTG
66 TTGTTGCCT-TTGT-CCAG
*
1730 TTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTC
1 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTC
1759 TGTATTCCTA
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 43, Indels: 13
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
81 27 0.07
82 295 0.76
83 67 0.17
84 1 0.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.27, G:0.21, T:0.39
Consensus pattern (82 bp):
TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAATTTGTCCTTCCTCATCGGGAGGTG
TTGTTGCCTTTGTCCAG
Found at i:1667 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 1317--1838 Score: 268
Period size: 41 Copynumber: 12.7 Consensus size: 42
1307 GCCTTTGTCC
* ** * *
1317 AGTTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCC-
1 AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTTTACATTTCCCT
* * * * * * *
1358 AATTTGTCCTTCCTCATCGGGAGGTGTTG-TTGCCTTTGTCC-
1 AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTTTACATTT-CCCT
** * * *
1399 AGTTTGCCCTTCCTTATCGGAAGGTGTT-TTCAACCTTTTCC-
1 AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTT-TACATTTCCCT
* ** * * * * * *
1440 AATTTGGACTTCCTCATCGGGAGGTGTT-ATTGCCTTTGTCC-
1 AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTTTACATTT-CCCT
* ** * *
1481 AGTTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCC-
1 AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTTTACATTTCCCT
* * * * * * * * *
1522 AATTTGTCCTTACTCATCGGGAGGTGTT-ATTGCCTTTGTCC-
1 AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTTTACATTT-CCCT
* * * ** *
1563 AGTTTGCCCTTCCTCATTGAAAGGTGTTGTCAACATTTACC-
1 AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTTTACATTTCCCT
* * * **
1604 AATTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGCTTACACATCCCT
1 AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTTTACATTTCCCT
* *
1646 AGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGATGTTGTTTACATTTCCC-
1 AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTTTACATTTCCCT
* *
1687 AGTTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTTTATATTTCCCT
1 AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTTTACATTTCCCT
* **
1729 -GTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTCTGTA-TT-CCT
1 AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTTTACATTTCCCT
* * ** * * * *
1768 AATTGGCCCTTTTCTAACTGGAAGGTGTTATTTACA-TACCC-
1 AGTTTGCCCTTCCCCATC-GGAAGGTGTTGTTTACATTTCCCT
* *
1809 AATTTGCGCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGT
1 AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGT
1839 CTAGTGTTGT
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 89, Indels: 25
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 3 0.01
40 39 0.10
41 288 0.76
42 50 0.13
ACGTcount: A:0.16, C:0.26, G:0.20, T:0.38
Consensus pattern (42 bp):
AGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTTTACATTTCCCT
Found at i:1682 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 1238--1839 Score: 378
Period size: 82 Copynumber: 7.3 Consensus size: 83
1228 TATTCCAAAA
* ** * * * * * *
1238 TTTGCCCTTCCTCATTAGAAGGTGTTGTCAGC-TTTTCCACTTTGTCCTTCCTCGTCGGGAGGTG
1 TTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTCAACATTTACCAATTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTG
* * *
1302 TTG-TTGC-CTTTGTCC-AG
66 TTGCTTACAC-AT-CCCTAG
* * * * *
1319 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAATTTGTCCTTCCTCATCGGGAGGTG
1 TTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTCAACATTTACCAATTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTG
* * *
1384 TTG-TTGC-CTTTGTCC-AG
66 TTGCTTACAC-AT-CCCTAG
** * * * ** *
1401 TTTGCCCTTCCTTATCGGAAGGTGTTTTCAACCTTTTCCAATTTGGACTTCCTCATCGGGAGGTG
1 TTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTCAACATTTACCAATTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTG
* * * *
1466 TT-ATTGC-CTTTGTCC-AG
66 TTGCTTACAC-AT-CCCTAG
* * * * * *
1483 TTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTGTTGTCAACCTTTTCCAATTTGTCCTTACTCATCGGGAGGTG
1 TTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTCAACATTTACCAATTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTG
* * * *
1548 TT-ATTGC-CTTTGTCC-AG
66 TTGCTTACAC-AT-CCCTAG
* * *
1565 TTTGCCCTTCCTCATTGAAAGGTGTTGTCAACATTTACCAATTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTG
1 TTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTCAACATTTACCAATTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTG
1630 TTGCTTACACATCCCTAG
66 TTGCTTACACATCCCTAG
* * ** * *
1648 TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGATGTTGTTTACATTTCCCAGTTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTG
1 TTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTCAACATTTACCAATTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTG
* * **
1713 TTGTTTATATTTCCCT-G
66 TTGCTTACACATCCCTAG
*** * * *
1730 TTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTCTGTA-TT-CCTAATTGGCCCTT-TTCTAACTGGAAG
1 TTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTCAACATTTACC-AATTTGCCCTTCCTC-ATC-GGAAG
** * *
1792 GTGTTATTTACATA-CCC-AA
63 GTGTTGCTTACACATCCCTAG
*
1811 TTTGCGCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTC
1 TTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTC
1840 TAGTGTTGTT
Statistics
Matches: 460, Mismatches: 52, Indels: 18
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
80 4 0.01
81 73 0.16
82 308 0.67
83 74 0.16
84 1 0.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.26, G:0.20, T:0.38
Consensus pattern (83 bp):
TTTGCCCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTCAACATTTACCAATTTGCCCTTCCTCATCGGAAGGTG
TTGCTTACACATCCCTAG
Found at i:1881 original size:49 final size:50
Alignment explanation
Indices: 1792--1886 Score: 147
Period size: 50 Copynumber: 1.9 Consensus size: 50
1782 TAACTGGAAG
*
1792 GTGTTATTTACATACCCAATTTGCGCTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTCTA
1 GTGTTATTTACATACCCAATTTGCGCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTCTA
* * *
1842 GTGTTGTTTGCATTCCCAATTTGC-CTTCCCCACCGGAAGGTGTTG
1 GTGTTATTTACATACCCAATTTGCGCTTCCCCACCGGAAGGTGTTG
1887 CTTAGTTTAC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 4, Indels: 1
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
49 20 0.49
50 21 0.51
ACGTcount: A:0.17, C:0.25, G:0.22, T:0.36
Consensus pattern (50 bp):
GTGTTATTTACATACCCAATTTGCGCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTCTA
Done.