Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022572.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22605, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14910
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.19, T:0.30
Found at i:223 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 93--738 Score: 977
Period size: 47 Copynumber: 13.9 Consensus size: 47
83 AATTCTAAGG
* *
93 AAGAAAAAGAAATTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
* *
140 AAGAAGGAGAA-TTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
186 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
* * *
233 AAGAAGGAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
*
280 AAGAAGAAGAGTTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
327 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
* * *
374 AAGAAGGAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
*
421 AACAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
*
468 AA-AAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGAAA
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
*
514 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGAAA
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
561 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACT-A--AGTAA
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
* * * *
605 AAGGAGAAGAGA-TTAGTTTAATTCTAAGTAATTAAACTAATTAGTAA
1 AAGAAGAAGA-ATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
** * **
652 AAGAAGAAGAAACTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTTG
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
*
699 AAGAAGGAA-AGA-TTAGTTTAA-TCTTAGGTAATTAAACTAA
1 AAGAA-GAAGA-ATTTGGTTTAATTC-TAGGTAATTAAACTAA
739 AAGAAGAAGT
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 32, Indels: 20
0.91 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 37 0.07
45 2 0.00
46 93 0.17
47 421 0.76
48 4 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (47 bp):
AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
Found at i:518 original size:234 final size:233
Alignment explanation
Indices: 93--738 Score: 1025
Period size: 234 Copynumber: 2.8 Consensus size: 233
83 AATTCTAAGG
* *
93 AAGAAAAAGAAATTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAAGAAGGAG-AATTAGTT
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAAGAAGGAGAAATTAGTT
157 TAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAA
66 TAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAA
* *
222 CTAAGTAGTAAAAGAAGGAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAAGAAGA
131 CTAAGTAGTAAAA-AAGAAG-AATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGAAAAAGAAGA
* *
287 AGAGTTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
194 AGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGAAA
327 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAAGAAGGAGAAATTAGTT
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAAGAAGGAGAAATTAGTT
*
392 TAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAACAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAA
66 TAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAA
*
457 CTAAGTAGTAAAAAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGAAAAAGAAGAA
131 CTAAGTAGTAAAAAAGAAGAA-TTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGAAAAAGAAGAA
522 GAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGAAA
195 GAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGAAA
* * *
561 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACT-A--AGTAAAAGGAGAAGAGATTAGTT
1 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAAGAAGGAGAAATTAGTT
* * ** *
623 TAATTCTAAGTAATTAAACTAATTAGTAAAAGAAGAAGAAACTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAA
66 TAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAA
* *
688 CTAAGTAGTTGAAGAAGGAA-AGATTAGTTTAA-TCTTAGGTAATTAAACTAA
131 CTAAGTAG-T-AAAAAAGAAGA-ATTAGTTTAATTC-TAGGTAATTAAACTAA
739 AAGAAGAAGT
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 20, Indels: 14
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
231 89 0.23
232 26 0.07
233 11 0.03
234 175 0.45
235 85 0.22
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (233 bp):
AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAAGAAGGAGAAATTAGTT
TAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAAAAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAA
CTAAGTAGTAAAAAAGAAGAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGAAAAAGAAGAAG
AATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGAAA
Found at i:4128 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 4100--4141 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.7 Consensus size: 11
4090 CAATTCTTGC
*
4100 TCTTGAAATAA
1 TCTTCAAATAA
*
4111 TTCTTCAAATTA
1 -TCTTCAAATAA
4123 TCTTCAAATAA
1 TCTTCAAATAA
4134 TCTTCAAA
1 TCTTCAAA
4142 CATGAACTTC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
11 18 0.67
12 9 0.33
ACGTcount: A:0.40, C:0.17, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (11 bp):
TCTTCAAATAA
Found at i:6005 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5981--6025 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
5971 GGCTTGGATT
5981 GGTGATGGCACGGACATGGCC
1 GGTGATGGCACGGACATGGCC
* * **
6002 GGTGGTGGTACGGTGATGGCC
1 GGTGATGGCACGGACATGGCC
6023 GGT
1 GGT
6026 CCTAGCTTAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.18, G:0.49, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
GGTGATGGCACGGACATGGCC
Found at i:9306 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 9282--9324 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
9272 TTTTTTAAAG
9282 AAAAACGCAAAAA-AAAAAAAT
1 AAAAACGCAAAAAGAAAAAAAT
9303 AAAAACGCAAAAATGAAAAAAA
1 AAAAACGCAAAAA-GAAAAAAA
9325 AAATTTTTAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 13 0.65
23 7 0.35
ACGTcount: A:0.79, C:0.09, G:0.07, T:0.05
Consensus pattern (22 bp):
AAAAACGCAAAAAGAAAAAAAT
Found at i:10999 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 10978--11013 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
10968 TTGAAATAAT
10978 TCTTCAAA-GATCTTCAAG
1 TCTTCAAATGATCTTCAAG
*
10996 TCTTCAAATTATCTTCAA
1 TCTTCAAATGATCTTCAA
11014 ATAATCTTCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.50
19 8 0.50
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
TCTTCAAATGATCTTCAAG
Found at i:11012 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 10996--11025 Score: 51
Period size: 11 Copynumber: 2.7 Consensus size: 11
10986 GATCTTCAAG
*
10996 TCTTCAAATTA
1 TCTTCAAATAA
11007 TCTTCAAATAA
1 TCTTCAAATAA
11018 TCTTCAAA
1 TCTTCAAA
11026 CACGAACTTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 18 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.20, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (11 bp):
TCTTCAAATAA
Done.