Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01022589.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22622, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3296
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.17, T:0.29


Found at i:1166 original size:272 final size:272

Alignment explanation


    Indices: 680--1225  Score: 1020
    Period size: 272  Copynumber: 2.0  Consensus size: 272

        670 CAAATAAAAT

                                                                             
        680 AAAGAAGATTTTGAGAGTAAAATTAGGTTAAACCAATCTAACAATTAAAATTATCTAAGAACGCA
          1 AAAGAAGATTTTGAGAGTAAAATTAGGTTAAACCAATCTAACAATTAAAATTATCTAAGAACGCA

                                                                             
        745 ATCAAGAAAATTAAAGAAAACAATTAATCAGAAAGCAGAGAATAAATTGAGAAAATAATTAAAAG
         66 ATCAAGAAAATTAAAGAAAACAATTAATCAGAAAGCAGAGAATAAATTGAGAAAATAATTAAAAG

                                                                             
        810 AAACCTCCAACATAGAATTAATATCCCTCCTGACAACAATAACACGAATCATTGACATCAAAAGA
        131 AAACCTCCAACATAGAATTAATATCCCTCCTGACAACAATAACACGAATCATTGACATCAAAAGA

                                                                             
        875 TTATGAAAACAATGGATAGCTTGCTTGGAATTTAATCCTAAATTACCTTAATTAGATAAAACTCT
        196 TTATGAAAACAATGGATAGCTTGCTTGGAATTTAATCCTAAATTACCTTAATTAGATAAAACTCT

                        
        940 TGATCCAGTGTG
        261 TGATCCAGTGTG

                                                                             
        952 AAAGAAGATTTTGAGAGTAAAATTAGGTTAAACCAATCTAACAATTAAAATTATCTAAGAACGCA
          1 AAAGAAGATTTTGAGAGTAAAATTAGGTTAAACCAATCTAACAATTAAAATTATCTAAGAACGCA

                                                                             
       1017 ATCAAGAAAATTAAAGAAAACAATTAATCAGAAAGCAGAGAATAAATTGAGAAAATAATTAAAAG
         66 ATCAAGAAAATTAAAGAAAACAATTAATCAGAAAGCAGAGAATAAATTGAGAAAATAATTAAAAG

                          *              *           *  * *        *  **     
       1082 AAACCTCCAACATATAATTAATATCCCTCTTGACAACAATACCATGGATCATTGATATTTAAAGA
        131 AAACCTCCAACATAGAATTAATATCCCTCCTGACAACAATAACACGAATCATTGACATCAAAAGA

                                                                             
       1147 TTATGAAAACAATGGATAGCTTGCTTGGAATTTAATCCTAAATTACCTTAATTAGATAAAACTCT
        196 TTATGAAAACAATGGATAGCTTGCTTGGAATTTAATCCTAAATTACCTTAATTAGATAAAACTCT

                        
       1212 TGATCCAGTGTG
        261 TGATCCAGTGTG

              
       1224 AA
          1 AA

       1226 GTATCCCTTT


Statistics
Matches: 266,  Mismatches: 8, Indels: 0
        0.97            0.03        0.00

Matches are distributed among these distances:
 272  266  1.00

ACGTcount: A:0.47, C:0.14, G:0.13, T:0.26


Consensus pattern (272 bp):   
AAAGAAGATTTTGAGAGTAAAATTAGGTTAAACCAATCTAACAATTAAAATTATCTAAGAACGCA
ATCAAGAAAATTAAAGAAAACAATTAATCAGAAAGCAGAGAATAAATTGAGAAAATAATTAAAAG
AAACCTCCAACATAGAATTAATATCCCTCCTGACAACAATAACACGAATCATTGACATCAAAAGA
TTATGAAAACAATGGATAGCTTGCTTGGAATTTAATCCTAAATTACCTTAATTAGATAAAACTCT
TGATCCAGTGTG
Done.