Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01002273.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig02273, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4566
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.35


Found at i:3823 original size:156 final size:153

Alignment explanation


    Indices: 3536--3838  Score: 439
    Period size: 156  Copynumber: 2.0  Consensus size: 153

       3526 AGGGTCTCAT

                                                            *    *           
       3536 CATCTCAATTGGAATAATTAATATTTTAATTTAGATAAATTAATATATTAATTTCATAAGTGAGG
          1 CATCTCAATTGGAATAATTAATATTTTAATTTAGATAAATTAATATATCAATTCCATAAGTGAGG

                     *                *                             * *      
       3601 TTATTAATCTACCAAACCTTAATACAGTTAAACAAACAGTTTGGCTAATGGGTGCCTAGGGGCAC
         66 TTATTAATCCACCAAACCTTAATACAATTAAACAAACAGTTTGGCTAATGGGTGCCAACGGGCAC

              *                    
       3666 CCGTGAAGAGCCAATTACTACAC
        131 CCATGAAGAGCCAATTACTACAC

                                                             *               
       3689 CATCTCAATTGGAATAATTAATATTTTAA-TTAGATAAATTAATATATCGATTCCATAAGTGAAG
          1 CATCTCAATTGGAATAATTAATATTTTAATTTAGATAAATTAATATATCAATTCCATAAGTG-AG

            *                       *                 *                      
       3753 TTATAATTAATTCCACCAAACC-TCATCACAATTAAACAAACTGTTTGGCTAATGGGTGCCAACG
         65 GT-T-ATTAA-TCCACCAAACCTTAAT-ACAATTAAACAAACAGTTTGGCTAATGGGTGCCAACG

             *                    
       3817 GTCACCCATGAAGAGCCAATTA
        126 GGCACCCATGAAGAGCCAATTA

       3839 TTATCCCCAA


Statistics
Matches: 133,  Mismatches: 12, Indels: 7
        0.88            0.08        0.05

Matches are distributed among these distances:
 152   29  0.22
 153   32  0.24
 154    1  0.01
 155    8  0.06
 156   63  0.47

ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.14, T:0.31


Consensus pattern (153 bp):   
CATCTCAATTGGAATAATTAATATTTTAATTTAGATAAATTAATATATCAATTCCATAAGTGAGG
TTATTAATCCACCAAACCTTAATACAATTAAACAAACAGTTTGGCTAATGGGTGCCAACGGGCAC
CCATGAAGAGCCAATTACTACAC

Found at i:3961 original size:22 final size:22

Alignment explanation


    Indices: 3933--3991  Score: 68
    Period size: 21  Copynumber: 2.8  Consensus size: 22

       3923 CAATTGGAGT

                              *   
       3933 AATTAATATTATTATTTTGATA
          1 AATTAATATTATTATTTTCATA

                          *       
       3955 AATTAATA-TATTAATTTCATA
          1 AATTAATATTATTATTTTCATA

               *   *         
       3976 AATGAA-GTTATTATTT
          1 AATTAATATTATTATTT

       3992 CTACCAAACT


Statistics
Matches: 31,  Mismatches: 5, Indels: 3
        0.79            0.13        0.08

Matches are distributed among these distances:
  21   23  0.74
  22    8  0.26

ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.05, T:0.51


Consensus pattern (22 bp):   
AATTAATATTATTATTTTCATA

Found at i:4429 original size:37 final size:37

Alignment explanation


    Indices: 4377--4447  Score: 115
    Period size: 37  Copynumber: 1.9  Consensus size: 37

       4367 TTCTATGATC

                      *                          
       4377 CTCACCATCTGAATTGGAATAATGAATATTTTAAGGT
          1 CTCACCATCTCAATTGGAATAATGAATATTTTAAGGT

                                   * *        
       4414 CTCACCATCTCAATTGGAATAATTATTATTTTAA
          1 CTCACCATCTCAATTGGAATAATGAATATTTTAA

       4448 TTTAGATAAA


Statistics
Matches: 31,  Mismatches: 3, Indels: 0
        0.91            0.09        0.00

Matches are distributed among these distances:
  37   31  1.00

ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38


Consensus pattern (37 bp):   
CTCACCATCTCAATTGGAATAATGAATATTTTAAGGT
Done.