Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022751.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22784, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18531
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.17, T:0.33
Found at i:970 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 948--976 Score: 51
Period size: 9 Copynumber: 3.3 Consensus size: 9
938 TAATGTAGGA
948 ATTATGGA-
1 ATTATGGAT
956 ATTATGGAT
1 ATTATGGAT
965 ATTATGGAT
1 ATTATGGAT
974 ATT
1 ATT
977 TGAAGGCTTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
8 8 0.40
9 12 0.60
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.21, T:0.45
Consensus pattern (9 bp):
ATTATGGAT
Found at i:12110 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 12070--12551 Score: 357
Period size: 36 Copynumber: 13.5 Consensus size: 35
12060 TAATGTCCCC
*
12070 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTTTCTTGACTTT
* * *
12106 ACTTAATTA-CCTCGAATTAA--ATTTATTGACTCT
1 ACTTAATTACCCT-GAATTAAGTCTTTCTTGACTTT
*
12139 ACTTAATTA-CCTAGAATTAAG--TTTATTGACTCTTT
1 ACTTAATTACCCT-GAATTAAGTCTTTCTTGA--CTTT
*
12174 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGAC-TG-CTTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGT-CTT-TCTTGAC-TTT
* * *
12210 ACTTAATTACCCAGAATTAAGTTTTTGTTTG-CTTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-CTTGAC-TTT
* *
12246 ACTTAATTACCTTGAATCAAGTCTTTGC-TGA-TTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-CTTGACTTT
* * *
12280 ACTTAATTTCCTTAAAATTAAGTCTTTGCTTGA-TTT
1 ACTTAATTACCCT-GAATTAAGTCTTT-CTTGACTTT
* * * *
12316 TCTTAATTTCCTTGAAATTAACTCTTTGCTTGA-TTT
1 ACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTT-CTTGACTTT
* * *
12352 ACTTAATTACCCTGAATTAACTCTGTGCTTGATTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCT-TTCTTGACTTT
* * * *
12388 ACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTG-TTCTT
1 ACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTT-CTTGACT-TT
** * *
12425 ACCCAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGA-TTT
1 ACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTT-CTTGACTTT
* *
12461 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGAATTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCT-TTCTTGACTTT
12497 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTG-CTTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-CTTGAC-TTT
12533 ACTTAATTACCCTGAATTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTA
12552 TTAGAATTAT
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 38, Indels: 52
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
33 38 0.10
34 15 0.04
35 72 0.19
36 206 0.54
37 47 0.12
38 4 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (35 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTCTTGACTTT
Found at i:12136 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 12094--12193 Score: 139
Period size: 33 Copynumber: 3.0 Consensus size: 33
12084 AATTAAGTTC
12094 TTTATTGACTTTACTTAATTACCTCGAATTAAA
1 TTTATTGACTTTACTTAATTACCTCGAATTAAA
* * *
12127 TTTATTGACTCTACTTAATTACCTAGAATTAAG
1 TTTATTGACTTTACTTAATTACCTCGAATTAAA
12160 TTTATTGACTCTTTACTTAATTACC-CTGAATTAA
1 TTTATTGA--CTTTACTTAATTACCTC-GAATTAA
12194 GTCCTTGACT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 5, Indels: 4
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
33 38 0.64
35 21 0.36
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (33 bp):
TTTATTGACTTTACTTAATTACCTCGAATTAAA
Found at i:12268 original size:72 final size:71
Alignment explanation
Indices: 12070--12551 Score: 450
Period size: 72 Copynumber: 6.8 Consensus size: 71
12060 TAATGTCCCC
* * *
12070 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTT-ATTGAC-TTTACTTAATTACCTCGAATTAA--ATTT-
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTTTGCTTG-CTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTG
* *
12130 ATTGACTCT
64 CTTGA-TTT
* * *
12139 ACTTAATTA-CCTAGAATTAAG--TTT-ATTGACTCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTT
1 ACTTAATTACCCT-GAATTAAGTCTTTGCTTG-CT-TTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT
*
12200 GAC-TGCTTTT
63 G-CTTG-ATTT
* * * *
12210 ACTTAATTACCCAGAATTAAGTTTTTGTTTGCTTTTACTTAATTACCTTGAATCAAGTCTTTGC-
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGCTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGCT
12274 TGATTT
66 TGATTT
* * * * * *
12280 ACTTAATTTCCTTAAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTT-CTTAATTTCCTTGAAATTAACTCTTTG
1 ACTTAATTACCCT-GAATTAAGTCTTTGCTTGCTTTTACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTTTG
12344 CTTGATTT
64 CTTGATTT
* * * * *
12352 ACTTAATTACCCTGAATTAACTCTGTGCTTGATTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGCTTTTACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTTTGC
*
12417 TTGTTCTT
65 TTGAT-TT
** * * * * *
12425 ACCCAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTG-ATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGC
1 ACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGCTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGC
12489 TTGAATTT
65 TTG-ATTT
*
12497 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGCTTTTACTTAATTACCTTGAATTA
12552 TTAGAATTAT
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 48, Indels: 37
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
66 9 0.03
68 24 0.07
69 17 0.05
70 27 0.08
71 92 0.27
72 126 0.37
73 32 0.09
74 18 0.05
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (71 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGCTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGCT
TGATTT
Found at i:12462 original size:109 final size:107
Alignment explanation
Indices: 12224--12532 Score: 417
Period size: 109 Copynumber: 2.9 Consensus size: 107
12214 AATTACCCAG
* * * * * *
12224 AATTAAGTTTTTGTTTGCTTTTACTTAATTACCTTGAATCAAGTCTTTGC-TGATTTACTTAATT
1 AATTAAGTCTTTGCTTG-ATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGATTTACTTAATT
* **
12288 TCCTTAAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTTCTTAATTTCCTTGA
65 TCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTTCCCAATTTCCTTGA
* * *
12331 AATTAACTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAACTCTGTGCTTGATTTTACCTAATT
1 AATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGA-TTTACTTAATT
12396 TCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTG-TTCTTACCCAATTTCCTTGA
65 TCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATT-TT-CCCAATTTCCTTGA
12440 AATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGAATTTACTTAATT
1 AATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTG-ATTTACTTAATT
* * *
12505 ACCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGCTTTT
65 TCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTT
12533 ACTTAATTAC
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 17, Indels: 11
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
106 27 0.15
107 19 0.11
108 54 0.30
109 78 0.44
110 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (107 bp):
AATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGATTTACTTAATTT
CCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGATTTTCCCAATTTCCTTGA
Found at i:17473 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 17428--17562 Score: 125
Period size: 41 Copynumber: 3.3 Consensus size: 41
17418 TATATCTCTA
* *
17428 AAATCAGGGAGCCAATTGCATCAAAT-AGTAAATAAAATCTT
1 AAATCAGGGA-CCAATTGCATCAAATCAGAAAATAAAATCCT
* **
17469 AAATCAGGGACTAAGCCGCAT-AAATCAGAAAATAAAATCCT
1 AAATCAGGGACCAA-TTGCATCAAATCAGAAAATAAAATCCT
* * ***
17510 AAATCAAGGACCAAATTGCATCAAA-CA-AAAGTGGTATCCT
1 AAATCAGGGACC-AATTGCATCAAATCAGAAAATAAAATCCT
17550 AAATCAGGGACCA
1 AAATCAGGGACCA
17563 TGTTGAATAC
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 14, Indels: 10
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.01
40 27 0.36
41 43 0.57
42 5 0.07
ACGTcount: A:0.47, C:0.19, G:0.16, T:0.19
Consensus pattern (41 bp):
AAATCAGGGACCAATTGCATCAAATCAGAAAATAAAATCCT
Done.