Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022789.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22822, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5772
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Found at i:541 original size:200 final size:197
Alignment explanation
Indices: 1--708 Score: 1030
Period size: 198 Copynumber: 3.6 Consensus size: 197
* *
1 CCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGAGTATGTGTCAACTTC
1 CCTTAGGGAATATGTATTAATATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGAGTATGTGTCAACTTC
* *
66 TTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATATC-ATATAAAA
66 TTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAAT-TCTATAAAAAA
* * * *
130 GTCATACAATACATCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGCTTAAGGGTTGACATGTG
130 ATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGCTTAAGGGTTGACATGTG
195 T-C
195 TCC
* * *
197 CCTTAGGGAATATGTATTTATAATTT-ATATTTAATTAATT-TGAAATAGGGTATTTGTCAACTT
1 CCTTAGGGAATATGTATTAAT-ATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGAGTATGTGTCAACTT
* * * *
260 CTTAACCCGCTTATGAAGTTCAAAATTTACACTGACAATGTATTGTATAACAATCCTATAAAAAA
65 CTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATTCTAT-AAAAA
* *
325 AATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAACAGACTGCACACGCAGGGCTTAAGGGTTGACACA
129 AATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCA-GGCTTAAGGGTTG--ACA
390 TGTGTCC
191 TGTGTCC
* **
397 CCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGAGTACATGTCAACTTC
1 CCTTAGGGAATATGTATTAATATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGAGTATGTGTCAACTTC
* *
462 TTAACCCGCCTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATTCTATAAAAAAA
66 TTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATTCTATAAAAAAA
* * *
527 TTATACAATACACCGTCAGTGAAGTTTAGCAGACTGCACGTGCATGGTTTAAGGGTTGACATGTG
131 TTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCA-GGCTTAAGGGTTGACATGTG
592 TCC
195 TCC
* * *
595 CCTTAGGGAATATTTATTAAAATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAG-GATATGTGTCAATTT
1 CCTTAGGGAATATGTATTAATATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGAG-TATGTGTCAACTT
* * *
659 CTTAACCCGCTTATCGAGTCCAAAATTTACATTGATAGTGTATTGTATAA
65 CTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAA
709 TGATTCTTAT
Statistics
Matches: 460, Mismatches: 42, Indels: 18
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
194 1 0.00
195 72 0.16
196 78 0.17
197 17 0.04
198 111 0.24
199 12 0.03
200 94 0.20
201 75 0.16
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (197 bp):
CCTTAGGGAATATGTATTAATATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGAGTATGTGTCAACTTC
TTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATTCTATAAAAAAA
TTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGCTTAAGGGTTGACATGTGT
CC
Found at i:1077 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1052--1082 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
1042 TCTAAATATT
1052 ATAAAGATTTAGTAAA
1 ATAAAGATTTAGTAAA
*
1068 ATAAATATTTAGTAA
1 ATAAAGATTTAGTAA
1083 TATTTTTCAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (16 bp):
ATAAAGATTTAGTAAA
Done.