Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022959.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22992, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13335
ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.19, T:0.32
Found at i:405 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 346--441 Score: 147
Period size: 26 Copynumber: 3.7 Consensus size: 26
336 ACAGTAATTT
* * *
346 TGACAAAAATGCCCCTGGGGCGAAAAA
1 TGACCAAAATGCCCCTGAGGTG-AAAA
373 TGACCAAAATGCCCCTGAGGTGAAAA
1 TGACCAAAATGCCCCTGAGGTGAAAA
399 TGACCAAAATGCCCCTGAGGTGAAAA
1 TGACCAAAATGCCCCTGAGGTGAAAA
*
425 TAACCAAAATGCCCCTG
1 TGACCAAAATGCCCCTG
442 GTGAATTTTA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 4, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
26 46 0.71
27 19 0.29
ACGTcount: A:0.39, C:0.25, G:0.22, T:0.15
Consensus pattern (26 bp):
TGACCAAAATGCCCCTGAGGTGAAAA
Found at i:12767 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 12709--13335 Score: 1085
Period size: 47 Copynumber: 13.3 Consensus size: 47
12699 TCTTTACGAC
* * *
12709 TTAGCTTAATTACCTAGAATTAAATTAAGTTCTTCTTCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
*
12756 TTAGTTTAATTACCTAGATTTAAACTAAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT-AATTTCTTCTTCTTTTACTAT
*
12804 TTAGTTTAACTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
* * *
12851 TTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTTTTCTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
*
12898 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTTTTC-TCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
* *
12944 TTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
12991 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
13038 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
*
13085 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTGATTTCTTCTTCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
*
13132 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTGATTTCTTCTTCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
13179 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
*
13226 TTAGTTTAATTACCTATAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
*
13273 TTAGTTTAATACTATCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAAT--TACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
13322 TTAGTTTAATTACC
1 TTAGTTTAATTACC
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 23, Indels: 8
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
46 43 0.08
47 421 0.76
48 44 0.08
49 45 0.08
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.05, T:0.51
Consensus pattern (47 bp):
TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTAT
Done.