Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022977.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23010, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 56136
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.16, T:0.33
Found at i:153 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 126--180 Score: 110
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
116 ATACCAGTAA
126 ATTTTAATTTTATTTAGACAAAAC
1 ATTTTAATTTTATTTAGACAAAAC
150 ATTTTAATTTTATTTAGACAAAAC
1 ATTTTAATTTTATTTAGACAAAAC
174 ATTTTAA
1 ATTTTAA
181 AAAAGAAAGA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 31 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (24 bp):
ATTTTAATTTTATTTAGACAAAAC
Found at i:12074 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 12048--12118 Score: 117
Period size: 21 Copynumber: 3.4 Consensus size: 21
12038 TGCTAGGAGT
12048 TCATTGGAGCAA-GTTCCAAGC
1 TCATTGGAG-AAGGTTCCAAGC
12069 TCATTGGAGAAGGTTCCAAGC
1 TCATTGGAGAAGGTTCCAAGC
*
12090 TCATTGGAGAAGGTTTCAAGC
1 TCATTGGAGAAGGTTCCAAGC
12111 TCATTGGA
1 TCATTGGA
12119 ATTGCCTAAG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 1, Indels: 2
0.94 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.04
21 46 0.96
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
TCATTGGAGAAGGTTCCAAGC
Found at i:13587 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13561--13613 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
13551 TGCCACCACT
**
13561 GTGCCATCACCGGTTAAGCCC
1 GTGCCATCACCGGCCAAGCCC
* *
13582 GTGCCACCACCGGCCATGCCC
1 GTGCCATCACCGGCCAAGCCC
13603 GTGCCATCACC
1 GTGCCATCACC
13614 ATTCCAAGCC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 27 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.45, G:0.23, T:0.15
Consensus pattern (21 bp):
GTGCCATCACCGGCCAAGCCC
Found at i:14028 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 13972--14043 Score: 74
Period size: 26 Copynumber: 2.7 Consensus size: 27
13962 GGTCACCTAG
**
13972 AGGGGCATTTTGGTCATTTTTACACTA
1 AGGGGCATTTTGGTCATTTGCACACTA
* * *
13999 A-GGGCATTTTGGTCATTTGCATATTC
1 AGGGGCATTTTGGTCATTTGCACACTA
**
14025 AGGGGCACGTTGGTCATTT
1 AGGGGCATTTTGGTCATTT
14044 TAAGTCCACT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 7, Indels: 2
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 21 0.57
27 16 0.43
ACGTcount: A:0.19, C:0.15, G:0.26, T:0.39
Consensus pattern (27 bp):
AGGGGCATTTTGGTCATTTGCACACTA
Found at i:15648 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 15627--15658 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
15617 ATTAAGTTGC
15627 ATCTTGCATGTTTCTT
1 ATCTTGCATGTTTCTT
*
15643 ATCTTGCCTGTTTCTT
1 ATCTTGCATGTTTCTT
15659 TAACTTATAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.22, G:0.12, T:0.56
Consensus pattern (16 bp):
ATCTTGCATGTTTCTT
Found at i:16331 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 16277--16350 Score: 130
Period size: 38 Copynumber: 1.9 Consensus size: 38
16267 AATCAAAAGC
*
16277 AAAAACAGTTTCAAGGCATCCATAACCATTCATCATGT
1 AAAAACAGTTTCAAGGCACCCATAACCATTCATCATGT
*
16315 AAAAACAGTTTTAAGGCACCCATAACCATTCATCAT
1 AAAAACAGTTTCAAGGCACCCATAACCATTCATCAT
16351 TGCATATTTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 34 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.24, G:0.09, T:0.26
Consensus pattern (38 bp):
AAAAACAGTTTCAAGGCACCCATAACCATTCATCATGT
Found at i:19873 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 19836--19882 Score: 69
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
19826 TTGAAAATTT
19836 TGAAAAACTTTGATGGATGAGATGGA
1 TGAAAAACTTTGAT-GAT-AGATGGA
19862 TGAAAAAC-TTGATGATAGATG
1 TGAAAAACTTTGATGATAGATG
19883 AATAGAAGGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.24
24 3 0.14
25 5 0.24
26 8 0.38
ACGTcount: A:0.40, C:0.04, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (24 bp):
TGAAAAACTTTGATGATAGATGGA
Found at i:21284 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 21260--21369 Score: 150
Period size: 31 Copynumber: 3.5 Consensus size: 31
21250 TAAATCTTTT
21260 ATTTTAG-GAGGATCAATGTGATAAAACTTCA
1 ATTTTAGTG-GGATCAATGTGATAAAACTTCA
* *
21291 ATTTTAGTGGGGTCAATATGATAAAACTTCA
1 ATTTTAGTGGGATCAATGTGATAAAACTTCA
* * *
21322 ATTTTAATGGGGTCAATATGATAAAACTTCA
1 ATTTTAGTGGGATCAATGTGATAAAACTTCA
*
21353 ATTTTAGTGGGGTCAAT
1 ATTTTAGTGGGATCAAT
21370 TGGTAATTTA
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 4, Indels: 2
0.93 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
31 73 0.99
32 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (31 bp):
ATTTTAGTGGGATCAATGTGATAAAACTTCA
Found at i:21917 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 21876--21921 Score: 57
Period size: 15 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
21866 CTCGTTGAAA
21876 CTCGCTGCTAGGAAG
1 CTCGCTGCTAGGAAG
21891 CTCG-T--T--GAAG
1 CTCGCTGCTAGGAAG
21901 CTCGCTGCTAGGAAG
1 CTCGCTGCTAGGAAG
21916 CTCGCT
1 CTCGCT
21922 AACGCTCGCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 10
0.72 0.00 0.28
Matches are distributed among these distances:
10 8 0.31
11 1 0.04
12 1 0.04
13 1 0.04
14 1 0.04
15 14 0.54
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.30, T:0.24
Consensus pattern (15 bp):
CTCGCTGCTAGGAAG
Found at i:21928 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 21853--21940 Score: 124
Period size: 25 Copynumber: 3.5 Consensus size: 25
21843 CAGAGGAGCA
* *
21853 CGCTGCTAGGATGCTCGTTGAAACT
1 CGCTGCTAGGAAGCTCGTTGAAGCT
21878 CGCTGCTAGGAAGCTCGTTGAAGCT
1 CGCTGCTAGGAAGCTCGTTGAAGCT
*
21903 CGCTGCTAGGAAGCTCGCT-AACGCT
1 CGCTGCTAGGAAGCTCGTTGAA-GCT
*
21928 CGCTGCTGGGAAG
1 CGCTGCTAGGAAG
21941 TTGGCAGAGA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 4, Indels: 2
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 2 0.03
25 56 0.97
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.32, T:0.23
Consensus pattern (25 bp):
CGCTGCTAGGAAGCTCGTTGAAGCT
Found at i:23032 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 23025--23062 Score: 67
Period size: 2 Copynumber: 19.0 Consensus size: 2
23015 TATTGGTGCT
*
23025 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TT TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
23063 ACATCTACGT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 34 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:23377 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 23339--23436 Score: 169
Period size: 31 Copynumber: 3.2 Consensus size: 31
23329 TAAATTACCA
23339 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCAT
1 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCAT
* *
23370 ATTGACCCCATTAAAATTGAAATTTTATCAT
1 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCAT
*
23401 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCAC
1 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCAT
23432 ATTGA
1 ATTGA
23437 TCCTCCTAAA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 62 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (31 bp):
ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCAT
Found at i:23446 original size:31 final size:29
Alignment explanation
Indices: 23339--23448 Score: 130
Period size: 31 Copynumber: 3.5 Consensus size: 29
23329 TAAATTACCA
23339 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCAT
1 ATTGA-CCC-CTAAAATTGAAGTTTTATCAT
*
23370 ATTGACCCCATTAAAATTGAAATTTTATCAT
1 ATTGACCCC--TAAAATTGAAGTTTTATCAT
*
23401 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCAC
1 ATTGA-CCC-CTAAAATTGAAGTTTTATCAT
23432 ATTGATCCTCCTAAAAT
1 ATTGA-CC-CCTAAAAT
23449 AAAAGATTTA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 4, Indels: 10
0.83 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
29 1 0.01
30 3 0.04
31 61 0.87
32 4 0.06
33 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.20, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (29 bp):
ATTGACCCCTAAAATTGAAGTTTTATCAT
Found at i:23459 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 23339--23478 Score: 115
Period size: 31 Copynumber: 4.5 Consensus size: 31
23329 TAAATTACCA
** * *
23339 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCAT
1 ATTGACCCCACTAAAATAAAAGATTTATCAC
* * * *
23370 ATTGACCCCATTAAAATTGAAA-TTTTATCAT
1 ATTGACCCCACTAAAA-TAAAAGATTTATCAC
** *
23401 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCAC
1 ATTGACCCCACTAAAATAAAAGATTTATCAC
*
23432 ATTGATCCTC-CTAAAATAAAAGATTTAT-AGC
1 ATTGA-CCCCACTAAAATAAAAGATTTATCA-C
*
23463 ATTGACCCCATTAAAA
1 ATTGACCCCACTAAAA
23479 ATGTTGGATA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 13, Indels: 10
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 7 0.08
31 78 0.86
32 6 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (31 bp):
ATTGACCCCACTAAAATAAAAGATTTATCAC
Found at i:23459 original size:62 final size:61
Alignment explanation
Indices: 23339--23478 Score: 169
Period size: 62 Copynumber: 2.3 Consensus size: 61
23329 TAAATTACCA
* * * *
23339 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCATATTGACCCCATTAAAATTGAAATTTTATCA-T
1 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCACATTGACCCCA-TAAAATTAAAAATTTAT-AGC
23401 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCACATTGATCCTCC-TAAAA-TAAAAGATTTATAGC
1 ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCACATTGA-CC-CCATAAAATTAAAA-ATTTATAGC
*
23463 ATTGACCCCATTAAAA
1 ATTGACCCCACTAAAA
23479 ATGTTGGATA
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 5, Indels: 8
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
61 5 0.07
62 60 0.87
63 2 0.03
64 2 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (61 bp):
ATTGACCCCACTAAAATTGAAGTTTTATCACATTGACCCCATAAAATTAAAAATTTATAGC
Found at i:25664 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 25657--25693 Score: 65
Period size: 2 Copynumber: 18.5 Consensus size: 2
25647 GCAGTACTAT
*
25657 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TG TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
25694 GTTTGTTTGA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 33 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.03, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:33691 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 33667--33706 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
33657 GAAGTTCGTG
*
33667 ATTGAAGATAATTTGAAGA
1 ATTGAAGACAA-TTGAAGA
*
33686 ATTGAAGACCATTGAAGA
1 ATTGAAGACAATTGAAGA
33704 ATT
1 ATT
33707 ATCTCAAGAC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.53
19 9 0.47
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (18 bp):
ATTGAAGACAATTGAAGA
Found at i:34155 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 34118--34189 Score: 92
Period size: 26 Copynumber: 2.7 Consensus size: 27
34108 GTCACATAGG
34118 GGGCATTTTGGTCATTTTTACACT-AA
1 GGGCATTTTGGTCATTTTTACACTCAA
* ** * *
34144 GGGCATTCTGGTCATTTGCACATTCAG
1 GGGCATTTTGGTCATTTTTACACTCAA
34171 GGGCATTTTGGTCATTTTT
1 GGGCATTTTGGTCATTTTT
34190 TAGATTAGCT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 8, Indels: 1
0.80 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
26 20 0.54
27 17 0.46
ACGTcount: A:0.18, C:0.17, G:0.24, T:0.42
Consensus pattern (27 bp):
GGGCATTTTGGTCATTTTTACACTCAA
Found at i:34688 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 34663--34701 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
34653 GAAAATACAA
34663 GGCATTTGATTTACAAATTC
1 GGCATTTGATTTACAAATTC
*
34683 GGCATTTGATTTGCAAATT
1 GGCATTTGATTTACAAATT
34702 GGTGCTCTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.13, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (20 bp):
GGCATTTGATTTACAAATTC
Found at i:34774 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 34768--34792 Score: 50
Period size: 1 Copynumber: 25.0 Consensus size: 1
34758 GCTTTTCCTG
34768 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
34793 CGCAAGAAAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 24 1.00
ACGTcount: A:1.00, C:0.00, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (1 bp):
A
Found at i:48705 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 48681--48728 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
48671 TTTTACTCCC
*
48681 TTTTTAAATTACC-GAATTTCA
1 TTTTTAAATTACCAAAATTTCA
*
48702 TTTTT-TATTACCAAAATTTCA
1 TTTTTAAATTACCAAAATTTCA
48723 TTTTTA
1 TTTTTA
48729 CCTCTTTTTC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 3
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.26
21 17 0.74
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (22 bp):
TTTTTAAATTACCAAAATTTCA
Found at i:48891 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 48865--48894 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
48855 CCATACTTTG
48865 TATTTCCAAATTTCT
1 TATTTCCAAATTTCT
48880 TATTTGCCAAATTTC
1 TATTT-CCAAATTTC
48895 ATTACTAAAC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.36
16 9 0.64
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.03, T:0.50
Consensus pattern (15 bp):
TATTTCCAAATTTCT
Found at i:48933 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 48905--49878 Score: 345
Period size: 26 Copynumber: 36.6 Consensus size: 26
48895 ATTACTAAAC
*
48905 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTC
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTT
*
48931 TTACTCTTTAATTACCCAAATTTCCTT
1 TTACTCTTTAATTA-CCAAATTTTCTT
* * * *
48958 TTATTCTTTAATTATCAGATTTCCTT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTT
*
48984 TTACTCTTTAATTGACC--ACTTTCGTT
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTTTC-TT
*
49010 TTACTCTTTAACTT-CCTAA-TTTCATT
1 TTACTCTTTAA-TTACCAAATTTTC-TT
*
49036 TTACTCTTTAATTACCAAATTTCCTT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTT
**
49062 TTACTCTTTAATTAACCAAA-TTTAAT
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTTTCTT
* ** *
49088 TAAC-C-CAAATTTACC-AA-TTAC--
1 TTACTCTTTAA-TTACCAAATTTTCTT
49109 -T-CT-TTTAATTAACC-AA-TTTCATT
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTTTC-TT
** **
49132 TTACTCTTTAATTAACCAAATTAACCAA
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATT-TTCTT
*
49160 TTACTCTTTAATTACCCAA--TTC--
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTT
* * **
49182 -CA-T-TTTACTTACCAAA-TTCATT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTT
* **
49204 TTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAA
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTT-TCTT
* *
49232 TTACTCTTTTAATTAACTAA-TTTCATT
1 TTACTC-TTTAATTACCAAATTTTC-TT
* **
49259 TTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAA
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTT-TCTT
49287 TTACTCTTTTAATTAACC-AA-TTTCATT
1 TTACTC-TTTAATT-ACCAAATTTTC-TT
* **
49314 TTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAA
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTT-TCTT
* * **
49342 TTACTCTTTTAATTACCCAATTATGAT
1 TTACTC-TTTAATTACCAAATTTTCTT
* *
49369 TTACTTTTTTAACTACCAAATTAACCAATTTCCTT
1 TTAC-TCTTTAATTACCAAA-T------TTT-CTT
* * * *
49404 TTACTCTTTGATTAACAAAATTTATT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTT
* * * **
49430 TTACTTTTCTAACTAACCAAATTTACCAA
1 TTACTCTT-TAA-TTACCAAATTT-TCTT
*
49459 TTACTCTTTAATTAACC-AA-TTTCACT
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTTTC-TT
*
49485 TTACTTTTTAATTACCAAA--TTCATT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTC-TT
* * * **
49510 TTACTTTTTAATTACCCATATTTACCAA
1 TTACTCTTTAATTA-CCAAATTT-TCTT
* * **
49538 TTACTCTTGAATTAACCAAATTTACCAA
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTT-TCTT
*
49566 TTACTCTTTAATTACCCAA-TTTCATT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTC-TT
*
49592 TTACTTTTTAATTACCAAA--TTCATT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTC-TT
* * **
49617 TTACTCTTTAATTAACAAAGTTTACCAA
1 TTACTCTTTAATTACCAAA-TTT-TCTT
* *
49645 TTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTT
* *
49671 TTACTTTTTGAATTGACC-AATTCAT-TT
1 TTACTCTTT-AATT-ACCAAATT-TTCTT
49698 TTACTCTTTAATTACCAAA--TTCATT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTC-TT
* * **
49723 TTACTCTTTAATTAACCAAGTTTACCAA
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTT-TCTT
* *
49751 TTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTT
* * *
49777 TTACTTTTTTAACTACCAAATTAACCAATTTTGTT
1 TTAC-TCTTTAATTACC------A--AATTTTCTT
* *
49812 TTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTT
* *
49838 TTACTTTTTAATTGACC-AATTCAT-TT
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATT-TTCTT
49864 TTACTCTTTAATTAC
1 TTACTCTTTAATTAC
49879 TATATTCATT
Statistics
Matches: 722, Mismatches: 138, Indels: 177
0.70 0.13 0.17
Matches are distributed among these distances:
19 14 0.02
20 12 0.02
21 1 0.00
23 6 0.01
24 8 0.01
25 86 0.12
26 238 0.33
27 139 0.19
28 138 0.19
29 39 0.05
34 23 0.03
35 18 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (26 bp):
TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTT
Found at i:48969 original size:53 final size:52
Alignment explanation
Indices: 48905--49878 Score: 433
Period size: 55 Copynumber: 18.3 Consensus size: 52
48895 ATTACTAAAC
*
48905 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTCTTACTCTTTAATTACCCAAATTTCCTT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTTTTACTCTTTAATTA-CCAAATTTCCTT
* * * * * *
48958 TTATTCTTTAATTATCAGATTTCCTTTTACTCTTTAATTGACC-ACTTTCGTT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTTCCTT
*
49010 TTACTCTTTAACTT-CCTAA-TTTCATTTTACTCTTTAATTACCAAATTTCCTT
1 TTACTCTTTAA-TTACCAAATTTTC-TTTTACTCTTTAATTACCAAATTTCCTT
* * **
49062 TTACTCTTTAATTAACCAAA------TTTA---ATTAA--CCCAAATTTACCAA
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTTTCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTT-CCTT
* **
49105 TTACTCTTTTAATTAACC-AA-TTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTAACCAA
1 TTACTC-TTTAATT-ACCAAATTTTC-TTTTACTCTTTAATT-ACCAAATT-TCCTT
* * * *
49160 TTACTCTTTAATTACCCAA--TTC---CA-T-TTTACTTACCAAA-TTCATT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTTCCTT
* ** * * *
49204 TTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACTAATTTCATT
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTT-TCTTTTACTC-TTTAATTACCAAATTTCCTT
* ** *
49259 TTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACC-AATTTCATT
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTT-TCTTTTACTC-TTTAATT-ACCAAATTTCCTT
* ** * **
49314 TTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTACCCAATTAT-GAT
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTT-TCTTTTACTC-TTTAATTACCAAATT-TCCTT
* * * * *
49369 TTACTTTTTTAACTACCAAATTAACCAATTTCCTTTTACTCTTTGATTAACAAAATTT-ATT
1 TTAC-TCTTTAATTACCAAA-T------TTT-CTTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTTCCTT
* * * **
49430 TTACTTTTCTAACTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTAATTAACC-AATTTCAC-T
1 TTACTCTT-TAA-TTACCAAATTT-TCTTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTTC-CTT
* * * **
49485 TTACTTTTTAATTACCAAA--TTCATTTTACTTTTTAATTACCCATATTTACCAA
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTC-TTTTACTCTTTAATTA-CCAAATTT-CCTT
* * ** * *
49538 TTACTCTTGAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCATT
1 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTT-TCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTTCCTT
* * **
49592 TTACTTTTTAATTACCAAA--TTCATTTTACTCTTTAATTAACAAAGTTTACCAA
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTC-TTTTACTCTTTAATTACCAAA-TTT-CCTT
* * * *
49645 TTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTTTTACTTTTTGAATTGACC-AA-TTCATTT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTTTTACTCTTT-AATT-ACCAAATTTC-CTT
* **
49698 TTACTCTTTAATTACCAAA--TTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAGTTTACCAA
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTC-TTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTT-CCTT
* * * * *
49751 TTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTTTTACTTTTTTAACTACCAAATTAACCAATTTTGTT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTTTTAC-TCTTTAATTACCAAATT-TCC-------TT
* * * *
49812 TTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTTTTACTTTTTAATTGACC-AA-TTCATTT
1 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTTTTACTCTTTAATT-ACCAAATTTC-CTT
49864 TTACTCTTTAATTAC
1 TTACTCTTTAATTAC
49879 TATATTCATT
Statistics
Matches: 726, Mismatches: 110, Indels: 171
0.72 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
42 8 0.01
43 10 0.01
44 29 0.04
45 6 0.01
46 6 0.01
47 11 0.02
48 2 0.00
49 5 0.01
50 3 0.00
51 51 0.07
52 94 0.13
53 131 0.18
54 75 0.10
55 181 0.25
56 27 0.04
57 1 0.00
58 1 0.00
59 1 0.00
60 14 0.02
61 49 0.07
62 21 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (52 bp):
TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTTTTACTCTTTAATTACCAAATTTCCTT
Found at i:49058 original size:78 final size:76
Alignment explanation
Indices: 48905--49781 Score: 344
Period size: 79 Copynumber: 11.1 Consensus size: 76
48895 ATTACTAAAC
* * *
48905 TTACTCTTTAATTACCAAATTTTCTCTTACTCTTTAATTACCCAAATTTCCTTTTATTCTTTAAT
1 TTACTCTTTAATTACC--ACTTTCTCTTACTCTTTAATTA-CCAAATTTCATTTTACTCTTTAAT
* *
48970 TATCAGATTTCCTT
63 TACCAAATTTCCTT
* *
48984 TTACTCTTTAATTGACCACTTTCGTTTTACTCTTTAACTT-CCTAATTTCATTTTACTCTTTAAT
1 TTACTCTTTAATT-ACCACTTTC-TCTTACTCTTTAA-TTACCAAATTTCATTTTACTCTTTAAT
49048 TACCAAATTTCCTT
63 TACCAAATTTCCTT
** *
49062 TTACTCTTTAATTA--A----C-C--A-AATTTAATTAACCCAAATTTACCA-ATTACTCTTTTA
1 TTACTCTTTAATTACCACTTTCTCTTACTCTTTAATT-A-CCAAATTT--CATTTTACTC-TTTA
*
49116 ATTAACC-AATTTCATT
61 ATT-ACCAAATTTCCTT
* * * *
49132 TTACTCTTTAATTAACCAAATTAAC-CAATTACTCTTTAATTACCCAATTCCATTTTA--C----
1 TTACTCTTTAATT-ACC-ACTT-TCTC--TTACTCTTTAATTACCAAATTTCATTTTACTCTTTA
*
49190 -TTACCAAA-TTCATT
61 ATTACCAAATTTCCTT
* * *
49204 TTACTCTTTAATTAACCAAATTTAC-CAATTACTCTTTTAATTAACTAATTTCATTTTACTCTTT
1 TTACTCTTTAATT-ACC-ACTTT-CTC--TTACTC-TTTAATTACCAAATTTCATTTTACTCTTT
**
49268 AATTAACCAAATTTACCAA
60 AATT-ACCAAATTT-CCTT
* * *
49287 TTACTCTTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCA-ATTACTCTTT
1 TTACTC-TTTAATT-ACCACTTTC-TCTTACTCTTTAATT-ACCAAATTT--CATTTTACTC-TT
*
49351 TAATTACCCAATTATGATTTACTTTT
59 TAATTA-CC-A--A--ATTT-C-CTT
** * * * * *
49377 TTAACTAC-CAAATTAACCAATTTCCTTTTACTCTTTGATTAACAAAATTT-ATTTTACTTTTCT
1 TT-ACT-CTTTAATT-ACCACTTT-CTCTTACTCTTTAATT-ACCAAATTTCATTTTACTCTT-T
* **
49440 AACTAACCAAATTTACCAA
60 AA-TTACCAAATTT-CCTT
* * * *
49459 TTACTCTTTAATTAACCAATTTCACTTTACTTTTTAATTACCAAA-TTCATTTTACTTTTTAATT
1 TTACTCTTTAATT-ACCACTTTCTC-TTACTCTTTAATTACCAAATTTCATTTTACTCTTTAATT
* **
49523 ACCCATATTTACCAA
64 A-CCAAATTT-CCTT
* * * *
49538 TTACTCTTGAATTAACCAAATTTAC-CAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCATTTTACTTTTTA
1 TTACTCTTTAATT-ACC-ACTTT-CTC--TTACTCTTTAATTACCAAATTTCATTTTACTCTTTA
*
49602 ATTACCAAA-TTCATT
61 ATTACCAAATTTCCTT
* * * ** *
49617 TTACTCTTTAATTAACAAAGTTTAC-CAATTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTTTTACTTTTTG
1 TTACTCTTTAATT-AC-CACTTT-CTC--TTACTCTTTAATTACCAAATTTCATTTTACTCTTT-
*
49681 AATTGACC-AA-TTCATTT
60 AATT-ACCAAATTTC-CTT
** * * *
49698 TTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAGTTTACCA-ATTACTCTTTAA
1 TTACTCTTTAATTACCACTTTC-TCTTACTCTTTAATT-ACCAAATTT--CATTTTACTCTTTAA
* **
49762 TTACCCAATTTTGTT
62 TTACCAAATTTCCTT
49777 TTACT
1 TTACT
49782 TTTTTAACTA
Statistics
Matches: 644, Mismatches: 77, Indels: 154
0.74 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
65 2 0.00
66 5 0.01
67 1 0.00
68 7 0.01
69 6 0.01
70 30 0.05
71 5 0.01
72 41 0.06
73 24 0.04
74 1 0.00
75 2 0.00
77 1 0.00
78 70 0.11
79 142 0.22
80 56 0.09
81 83 0.13
82 44 0.07
83 27 0.04
84 29 0.05
85 2 0.00
87 5 0.01
88 10 0.02
89 8 0.01
90 38 0.06
91 4 0.01
92 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (76 bp):
TTACTCTTTAATTACCACTTTCTCTTACTCTTTAATTACCAAATTTCATTTTACTCTTTAATTAC
CAAATTTCCTT
Found at i:49087 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 49068--49100 Score: 59
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
49058 CCTTTTACTC
49068 TTTAATTAA-CCAAA
1 TTTAATTAACCCAAA
49082 TTTAATTAACCCAAA
1 TTTAATTAACCCAAA
49097 TTTA
1 TTTA
49101 CCAATTACTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 9 0.50
15 9 0.50
ACGTcount: A:0.45, C:0.15, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (15 bp):
TTTAATTAACCCAAA
Found at i:49127 original size:43 final size:40
Alignment explanation
Indices: 49042--49124 Score: 112
Period size: 44 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
49032 CATTTTACTC
**
49042 TTTAATTACCAAATTTCCTTTTACTCTTTAATTAACCAAA
1 TTTAATTACCAAATTTCCAATTACTCTTTAATTAACCAAA
49082 TTTAATTAACCCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACCAA
1 TTTAATT-A-CCAAATTT-CCAATTACTC-TTTAATTAACCAA
49125 TTTCATTTTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
40 7 0.19
41 1 0.03
42 8 0.22
43 8 0.22
44 13 0.35
ACGTcount: A:0.37, C:0.20, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (40 bp):
TTTAATTACCAAATTTCCAATTACTCTTTAATTAACCAAA
Found at i:49172 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 49082--49769 Score: 327
Period size: 28 Copynumber: 25.5 Consensus size: 27
49072 ATTAACCAAA
49082 TTTAATTAACCCAAATTTACCAATTACTC
1 TTTAATTAA-CCAAA-TTACCAATTACTC
* *
49111 TTTTAATTAACC-AATT-TCATTTTACTC
1 -TTTAATTAACCAAATTACCA-ATTACTC
49138 TTTAATTAACCAAATTAACCAATTACTC
1 TTTAATTAACCAAATT-ACCAATTACTC
*
49166 TTTAATT-ACCCAATT-CC----A-T-
1 TTTAATTAACCAAATTACCAATTACTC
* ***
49185 TTTACTT-ACCAAATT-CATTTTACTC
1 TTTAATTAACCAAATTACCAATTACTC
49210 TTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTC
1 TTTAATTAACCAAA-TTACCAATTACTC
* * *
49238 TTTTAATTAA-CTAATT-TCATTTTACTC
1 -TTTAATTAACCAAATTACCA-ATTACTC
49265 TTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTC
1 TTTAATTAACCAAA-TTACCAATTACTC
* *
49293 TTTTAATTAACC-AATT-TCATTTTACTC
1 -TTTAATTAACCAAATTACCA-ATTACTC
49320 TTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTC
1 TTTAATTAACCAAA-TTACCAATTACTC
* ** * *
49348 TTTTAATT-ACCCAATTATGATTTACTTT
1 -TTTAATTAACCAAATTACCAATTAC-TC
*
49376 TTTAACT-ACCAAATTAACCAATTTCCTTTTACTC
1 TTTAATTAACCAAATT-ACCAA-------TTACTC
* * ** *
49410 TTTGATTAACAAAATTTA--TTTTACTT
1 TTTAATTAACCAAA-TTACCAATTACTC
*
49436 TTCTAACTAACCAAATTTACCAATTACTC
1 TT-TAATTAACCAAA-TTACCAATTACTC
* * *
49465 TTTAATTAACC-AATT-TCACTTTACTT
1 TTTAATTAACCAAATTACCA-ATTACTC
* *
49491 TTTAATT-ACCAAATT--CATTTTACTT
1 TTTAATTAACCAAATTACCA-ATTACTC
* *
49516 TTTAATTACCCATATTTACCAATTACTC
1 TTTAATTAACCA-AATTACCAATTACTC
*
49544 TTGAATTAACCAAATTTACCAATTACTC
1 TTTAATTAACCAAA-TTACCAATTACTC
* * * *
49572 TTTAATT-ACCCAATT-TCATTTTACTT
1 TTTAATTAACCAAATTACCA-ATTACTC
*
49598 TTTAATT-ACCAAATT--CATTTTACTC
1 TTTAATTAACCAAATTACCA-ATTACTC
49623 TTTAATTAA-CAAAGTTTACCAATTACTC
1 TTTAATTAACCAAA--TTACCAATTACTC
* ***** *
49651 TTTAATT-ACCCAATTTTGTTTTACTT
1 TTTAATTAACCAAATTACCAATTACTC
* *
49677 TTTGAATTGACC-AATT--CATTTTTACTC
1 TTT-AATTAACCAAATTACCA--ATTACTC
*
49704 TTTAATT-ACCAAATT--CATTTTACTC
1 TTTAATTAACCAAATTACCA-ATTACTC
*
49729 TTTAATTAACCAAGTTTACCAATTACTC
1 TTTAATTAACCAA-ATTACCAATTACTC
*
49757 TTTAATTACCCAA
1 TTTAATTAACCAA
49770 TTTTGTTTTA
Statistics
Matches: 519, Mismatches: 78, Indels: 124
0.72 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
19 14 0.03
20 1 0.00
21 1 0.00
23 1 0.00
24 1 0.00
25 69 0.13
26 118 0.23
27 109 0.21
28 130 0.25
29 48 0.09
30 9 0.02
34 6 0.01
35 10 0.02
36 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (27 bp):
TTTAATTAACCAAATTACCAATTACTC
Found at i:49203 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 49166--49208 Score: 61
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
49156 CCAATTACTC
* *
49166 TTTAATTACCCAATTCCAT
1 TTTACTTACCAAATTCCAT
49185 TTTACTTACCAAATT-CAT
1 TTTACTTACCAAATTCCAT
49203 TTTACT
1 TTTACT
49209 CTTTAATTAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.41
19 13 0.59
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (19 bp):
TTTACTTACCAAATTCCAT
Found at i:49216 original size:72 final size:74
Alignment explanation
Indices: 49111--49263 Score: 238
Period size: 72 Copynumber: 2.1 Consensus size: 74
49101 CCAATTACTC
* * *
49111 TTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTAACCAATTACTC-TTTAATTAC
1 TTTTACTTAACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTAACCAATTACTCTTTTAATTAA
49175 CCAATTCCA
66 CCAATTCCA
*
49184 TTTTACTT-ACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAA
1 TTTTACTTAACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTAACCAATTACTCTTTTAATTAA
* *
49248 CTAATTTCA
66 CCAATTCCA
49257 TTTTACT
1 TTTTACT
49264 CTTTAATTAA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 6, Indels: 2
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
72 44 0.60
73 29 0.40
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (74 bp):
TTTTACTTAACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTAACCAATTACTCTTTTAATTAA
CCAATTCCA
Found at i:49241 original size:127 final size:129
Alignment explanation
Indices: 49082--49318 Score: 424
Period size: 127 Copynumber: 1.9 Consensus size: 129
49072 ATTAACCAAA
49082 TTTAATTAACCCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAA
1 TTTAATTAACCCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAA
*
49147 CCAAATTAACCAATTACTC-TTTAATTACCCAATTCCATTTTACTTACCAAATTCATTTTACTC
66 CCAAATTAACCAATTACTCTTTTAATTAACCAATTCCATTTTACTTACCAAATTCATTTTACTC
*
49210 TTTAATTAA-CCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACTAATTTCATTTTACTCTTTAATTAA
1 TTTAATTAACCCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAA
* *
49274 CCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACCAATTTCATTTTACT
66 CCAAATTAACCAATTACTCTTTTAATTAACCAATTCCATTTTACT
49319 CTTTAATTAA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 4, Indels: 2
0.95 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
127 72 0.69
128 32 0.31
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (129 bp):
TTTAATTAACCCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAA
CCAAATTAACCAATTACTCTTTTAATTAACCAATTCCATTTTACTTACCAAATTCATTTTACTC
Found at i:49344 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 49036--49344 Score: 404
Period size: 127 Copynumber: 2.4 Consensus size: 127
49026 TAATTTCATT
*
49036 TTACTCTTTAATT-ACCAAATTTCCTTTTACTCTTTAATTAACCAAATTT---AATTAACCCAAA
1 TTACTCTTTAATTAACC-AATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTAACCCAAA
49097 TTTACCAATTACTCTTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTAACCAA
65 TTTACCAATTACTCTTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTAACCAA
* * ** *
49160 TTACTCTTTAATTACCCAATTCCATTTTACT-TACCAAATT---C-ATTTTACTCTTTAATTAA-
1 TTACTCTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCT--TTAATTAACCAAATTTAC-C---AATTAAC
* *
49219 CCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACTAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTAC
60 CCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTAAC
49284 CAA
125 CAA
49287 TTACTCTTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTA
1 TTACTC-TTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTA
49345 CTCTTTTAAT
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 13, Indels: 29
0.79 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
121 4 0.03
122 1 0.01
123 1 0.01
124 25 0.16
125 6 0.04
127 81 0.52
128 29 0.19
129 1 0.01
130 2 0.01
131 6 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (127 bp):
TTACTCTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTAACCCAAAT
TTACCAATTACTCTTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTAACCAA
Found at i:49463 original size:90 final size:89
Alignment explanation
Indices: 49297--49463 Score: 194
Period size: 90 Copynumber: 1.9 Consensus size: 89
49287 TTACTCTTTT
* * *
49297 AATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTACCCAA
1 AATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACAAAATTTA-CAATTACTCTTTTAATAACCAAA
** *
49362 TTATGATTTACTTTTTTAACTACCA
65 TTACCAATTACTTTTTTAACTACCA
* * **
49387 AATTAACCAATTTCCTTTTACTCTTTGATTAACAAAATTTA-TTTTACT-TTTCTAACTAACCAA
1 AATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACAAAATTTACAATTACTCTTT-TAA-TAACCAA
49450 ATTTACCAATTACT
64 A-TTACCAATTACT
49464 CTTTAATTAA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 10, Indels: 6
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
87 3 0.05
88 8 0.12
89 6 0.09
90 47 0.73
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (89 bp):
AATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACAAAATTTACAATTACTCTTTTAATAACCAAAT
TACCAATTACTTTTTTAACTACCA
Found at i:49486 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 49449--49487 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
49439 TAACTAACCA
* *
49449 AATTTACCAATTACTCTTT
1 AATTAACCAATTACACTTT
*
49468 AATTAACCAATTTCACTTT
1 AATTAACCAATTACACTTT
49487 A
1 A
49488 CTTTTTAATT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.21, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
AATTAACCAATTACACTTT
Found at i:49561 original size:107 final size:106
Alignment explanation
Indices: 49082--49769 Score: 585
Period size: 107 Copynumber: 6.4 Consensus size: 106
49072 ATTAACCAAA
*
49082 TTTAATTAACCCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACC-AATTT--CATTTTACTCTTTAAT
1 TTTAATTAA-CC-AATTTACCAATTACTC-TTTAATTAACCAAATTTACCA-ATTACTCTTTAAT
* * * *
49144 TAACCAAATTAACCA-ATTACTCTTTAATTACCCAATTCCATTTTA--C
62 TAACC-AATT--TCATTTTACTTTTTAATTACCAAATT-CATTTTACTC
* *
49190 -----TT-ACCAAATT--CATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTA
1 TTTAATTAACCAATTTACCA-ATTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTC-TTTAATTA
* * *
49247 ACTAATTTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCA-ATTACTC
64 ACCAATTTCATTTTACTTTTTAATT-ACCAAA-TT--CATTTTACTC
*
49293 TTTTAATTAACCAATTT--CATTTTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATT
1 -TTTAATTAACCAATTTACCA-ATTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTC-TTTAATT
* * *
49356 ACCCAATTATGA-TTTACTTTTTTAACTACCAAATTAACCAATTTCCTTTTACTC
63 AACCAATT-TCATTTTAC-TTTTTAATTACCAAATT---C-A-----TTTTACTC
* * ** * *
49410 TTTGATTAACAAAATTTA--TTTTACTTTTCTAACTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTAATTA
1 TTTAATTAAC-CAATTTACCAATTACTCTT-TAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTAATTA
* *
49473 ACCAATTTCACTTTACTTTTTAATTACCAAATTCATTTTACTT
64 ACCAATTTCATTTTACTTTTTAATTACCAAATTCATTTTACTC
* * *
49516 TTTAATTACCCATATTTACCAATTACTCTTGAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTAATTAC
1 TTTAATTAACCA-ATTTACCAATTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTAATTAA
49581 CCAATTTCATTTTACTTTTTAATTACCAAATTCATTTTACTC
65 CCAATTTCATTTTACTTTTTAATTACCAAATTCATTTTACTC
* * **** * *
49623 TTTAATTAACAAAGTTTACCAATTACTCTTTAATT-ACCCAATTT-TGTTTTACTTTTTGAATTG
1 TTTAATTAACCAA-TTTACCAATTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTT-AATTA
*
49686 ACCAA-TTCATTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTC
64 ACCAATTTCA-TTTTACTTTTTAATTACCAAATTCATTTTACTC
*
49729 TTTAATTAACCAAGTTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAA
1 TTTAATTAACCAA-TTTACCAATTACTCTTTAATTAACCAA
49770 TTTTGTTTTA
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 50, Indels: 79
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
98 15 0.03
99 24 0.05
100 19 0.04
101 19 0.04
102 4 0.01
103 3 0.01
105 13 0.03
106 103 0.21
107 105 0.21
108 7 0.01
109 4 0.01
110 73 0.15
111 11 0.02
112 1 0.00
115 18 0.04
116 36 0.07
117 36 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (106 bp):
TTTAATTAACCAATTTACCAATTACTCTTTAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTAATTAAC
CAATTTCATTTTACTTTTTAATTACCAAATTCATTTTACTC
Found at i:49710 original size:213 final size:217
Alignment explanation
Indices: 49204--49769 Score: 629
Period size: 213 Copynumber: 2.6 Consensus size: 217
49194 CAAATTCATT
* *
49204 TTACTCTT-TAATTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTAACTAATTTCATTTTACTCTTT
1 TTACTCTTCTAACTAACCAAATTTACCAATTACTC-TTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTT
* *
49268 AATTAACCAAATTTACCA-ATTACTCTTTTAATTAACCAATTT--CATTTTACTCTTTAATTAAC
65 AATT-ACCAAA-TT--CATTTTACT-TTTTAATTAACCAATTTACCA-ATTACTCTTTAATTAAC
*
49330 CAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTACCCAATTATGATTTACTTTTTTAACTACCAAATTAACC
124 CAAATTTACCAATTACTCTTTTAATTACCCAATTATCATTTACTTTTTTAACTACCAAATT-A-C
* **
49395 AATTTCCTTTTACTCTTTGATTAACAAAATTTATT
187 AA--T--TTTTACTCTTTAATTAACAAAATTTAAA
* * *
49430 TTACTTTTCTAACTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTAATTAACCAATTTCACTTTACTTTTTA
1 TTACTCTTCTAACTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTA
* *
49495 ATTACCAAATTCATTTTACTTTTTAATTACCCATATTTACCAATTACTCTTGAATTAACCAAATT
66 ATTACCAAATTCATTTTACTTTTTAATTAACCA-ATTTACCAATTACTCTTTAATTAACCAAATT
*
49560 TACCAATTACTC-TTTAATTACCCAATT-TCATTTTAC-TTTTTAATTACCAAATT-C-A-TTTT
130 TACCAATTACTCTTTTAATTACCCAATTATCA-TTTACTTTTTTAACTACCAAATTACAATTTTT
*
49619 ACTCTTTAATTAACAAAGTTTACCAA
194 ACTCTTTAATTAACAAAATTTA--AA
* * **** * *
49645 TTACTCTT-TAA-TTACCCAATTT-TGTTTTACTTTTTGAATTGACCAA-TTCATTTTTACTCTT
1 TTACTCTTCTAACTAACCAAATTTACCAATTACTCTTT-AATTAACCAATTTCA-TTTTACTCTT
* *
49706 TAATTACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAGTTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAA
64 TAATTACCAAATTCATTTTACTTTTTAATTAACCAA-TTTACCAATTACTCTTTAATTAACCAA
49770 TTTTGTTTTA
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 30, Indels: 35
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
212 13 0.04
213 108 0.36
214 3 0.01
215 7 0.02
218 1 0.00
219 1 0.00
222 32 0.11
223 29 0.10
224 35 0.12
225 8 0.03
226 37 0.12
227 25 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (217 bp):
TTACTCTTCTAACTAACCAAATTTACCAATTACTCTTTAATTAACCAATTTCATTTTACTCTTTA
ATTACCAAATTCATTTTACTTTTTAATTAACCAATTTACCAATTACTCTTTAATTAACCAAATTT
ACCAATTACTCTTTTAATTACCCAATTATCATTTACTTTTTTAACTACCAAATTACAATTTTTAC
TCTTTAATTAACAAAATTTAAA
Found at i:49744 original size:106 final size:103
Alignment explanation
Indices: 49459--49923 Score: 436
Period size: 106 Copynumber: 4.3 Consensus size: 103
49449 AATTTACCAA
* * * *
49459 TTACTCTTTAATTAACCAATTTCA-CTTTACTTTTTAATTACCAAATTCATTTTACTTTTTAATT
1 TTACTTTTTAATT-ACCAA-TTCATTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTTAATT
* * * ***
49523 ACCCATATTTACCAATTACTCTTGAATTAACCAAATTTACCAA
64 AACCA-ATTTACCAATTACTCTTTAATT-ACCCAATTT-CGTT
* *
49566 TTACTCTTTAATTACCCAATTTCA-TTTTACTTTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTTAATT
1 TTACTTTTTAATTA-CCAA-TTCATTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTTAATT
* *
49630 AACAAAGTTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTT
64 AACCAA-TTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCGTT
49671 TTACTTTTTGAATTGACCAATTCATTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTTAATT
1 TTACTTTTT-AATT-ACCAATTCATTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTTAATT
*
49736 AACCAAGTTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTT
64 AACCAA-TTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCGTT
* * **
49777 TTACTTTTTTAACTACCAAATTAACCAATTTTGTTTTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTTTTAC
1 TTAC-TTTTTAATTACC-AATT---C-A---T-TTTTACTCTTTAATTA-CCAAATTCATTTTAC
* * * *** * *
49842 TTTTTAATTGACCAATTCA-TTTTTACTCTTTAATTA--CTATATTCATT
55 TCTTTAATTAACCAATTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAAT-TTCGTT
49889 TTACTTTTTAATTAACCAATTCATTTTTACTCTTT
1 TTACTTTTTAATT-ACCAATTCATTTTTACTCTTT
49924 TGTTTTTTAA
Statistics
Matches: 313, Mismatches: 27, Indels: 40
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
103 11 0.04
104 1 0.00
105 15 0.05
106 108 0.35
107 90 0.29
108 1 0.00
109 1 0.00
110 1 0.00
111 15 0.05
112 11 0.04
113 15 0.05
114 19 0.06
115 25 0.08
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (103 bp):
TTACTTTTTAATTACCAATTCATTTTTACTCTTTAATTACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAA
CCAATTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTCGTT
Found at i:49878 original size:52 final size:49
Alignment explanation
Indices: 49810--49959 Score: 165
Period size: 51 Copynumber: 2.9 Consensus size: 49
49800 ACCAATTTTG
49810 TTTTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTTTTACTTTTTAATTGACCAATTCAT
1 TTTTACTCTTTAATTA--CAATTTTGTTTTACTTTTTAATT-ACCAATTCAT
* **
49862 TTTTACTCTTTAATTACTATATTCATTTTACTTTTTAATTAACCAATTCAT
1 TTTTACTCTTTAATTACAAT-TTTGTTTTACTTTTTAATT-ACCAATTCAT
** **
49913 TTTTACTCTTTTGTTTTTTAATTTTGTTTTACTTTTTTAATTACCAA
1 TTTTACTC-TTT-AATTACAATTTTGTTTTAC-TTTTTAATTACCAA
49960 ATTAACCAAT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 11, Indels: 8
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
50 3 0.04
51 35 0.42
52 32 0.39
53 13 0.16
ACGTcount: A:0.25, C:0.15, G:0.03, T:0.58
Consensus pattern (49 bp):
TTTTACTCTTTAATTACAATTTTGTTTTACTTTTTAATTACCAATTCAT
Found at i:49885 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 49795--49923 Score: 140
Period size: 26 Copynumber: 5.0 Consensus size: 26
49785 TTAACTACCA
*
49795 AATTAACCAATT-TTGTTTTACTCTTT
1 AATTAACCAATTCAT-TTTTACTCTTT
* * *
49821 AATTACCCAATT-TTGTTTTACTTTTT
1 AATTAACCAATTCAT-TTTTACTCTTT
*
49847 AATTGACCAATTCATTTTTACTCTTT
1 AATTAACCAATTCATTTTTACTCTTT
* *
49873 AATT-ACTATATTCA-TTTTACTTTTT
1 AATTAACCA-ATTCATTTTTACTCTTT
49898 AATTAACCAATTCATTTTTACTCTTT
1 AATTAACCAATTCATTTTTACTCTTT
49924 TGTTTTTTAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 10, Indels: 8
0.83 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 22 0.25
26 66 0.74
27 1 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (26 bp):
AATTAACCAATTCATTTTTACTCTTT
Found at i:49888 original size:166 final size:165
Alignment explanation
Indices: 49645--49984 Score: 511
Period size: 164 Copynumber: 2.1 Consensus size: 165
49635 AGTTTACCAA
49645 TTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTTTTACTTTTTGAATTGACCAATTCATTTTTACTCTTTAAT
1 TTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTTTTACTTTTTGAATTGACCAATTCATTTTTACTCTTTAAT
*
49710 TACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAAGTTTACCAATTACTCTTTAATTACCCAATTTTG
66 TACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAA-TTCA-CAATTACTCTTTAATTACCCAATTTTG
**
49775 TTTTACTTTTTTAACTACCAAATTAACCAATTTTGTT
129 TTTTACTTTTTTAACTACCAAATTAACCAATTTCCTT
49812 TTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTTTTACTTTTT-AATTGACCAATTCATTTTTACTCTTTAAT
1 TTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTTTTACTTTTTGAATTGACCAATTCATTTTTACTCTTTAAT
* * * *** ** ****
49876 TACTATATTCATTTTACTTTTTAATTAACCAATTCATTTTTACTCTTTTGTTTTTTAATTTTGTT
66 TACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAATTCACAATTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTT
*
49941 TTACTTTTTTAATTACCAAATTAACCAATTTCCTT
131 TTACTTTTTTAACTACCAAATTAACCAATTTCCTT
49976 TTACTCTTT
1 TTACTCTTT
49985 GATTTATCTC
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 16, Indels: 3
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
164 61 0.39
165 3 0.02
166 58 0.37
167 35 0.22
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.03, T:0.53
Consensus pattern (165 bp):
TTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTTTTACTTTTTGAATTGACCAATTCATTTTTACTCTTTAAT
TACCAAATTCATTTTACTCTTTAATTAACCAATTCACAATTACTCTTTAATTACCCAATTTTGTT
TTACTTTTTTAACTACCAAATTAACCAATTTCCTT
Found at i:53291 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 53249--53323 Score: 150
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
53239 ACGGCTTAAC
53249 ATACAGTATCATCAATAAGTAGCAAAAAA
1 ATACAGTATCATCAATAAGTAGCAAAAAA
53278 ATACAGTATCATCAATAAGTAGCAAAAAA
1 ATACAGTATCATCAATAAGTAGCAAAAAA
53307 ATACAGTATCATCAATA
1 ATACAGTATCATCAATA
53324 TTTGGTGAGT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 46 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.15, G:0.09, T:0.23
Consensus pattern (29 bp):
ATACAGTATCATCAATAAGTAGCAAAAAA
Found at i:55072 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 55013--55114 Score: 186
Period size: 50 Copynumber: 2.0 Consensus size: 50
55003 AAAGACCAAC
* *
55013 ATATTGAATGGTATACTCCATTTTGTGCGTTCACTATTTAATTTTCCACT
1 ATATTGAATGGTATACTCCATTGTGTGCGTGCACTATTTAATTTTCCACT
55063 ATATTGAATGGTATACTCCATTGTGTGCGTGCACTATTTAATTTTCCACT
1 ATATTGAATGGTATACTCCATTGTGTGCGTGCACTATTTAATTTTCCACT
55113 AT
1 AT
55115 TTAATAATGA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 50 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.14, T:0.44
Consensus pattern (50 bp):
ATATTGAATGGTATACTCCATTGTGTGCGTGCACTATTTAATTTTCCACT
Done.