Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023148.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23181, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9105
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Found at i:703 original size:314 final size:314
Alignment explanation
Indices: 105--1636 Score: 1117
Period size: 313 Copynumber: 4.7 Consensus size: 314
95 TAAGGATGGC
* * * * * *
105 TTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCAG-AAAAAATATGAAAAA
1 TTTTACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAGGAAAAA
* * * * *
169 TGATATTAAAAGAGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTTATGAGT
66 CGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TATTTTATGAGT
* * * * * * *
234 ATTATGACTAAAACTTGAAGAGATATCTTTCGGGTCAAACTTTTTGGAAAATTTTAGCCGAAATC
130 ATTGTGACTAAAAATTGAGGAAATATATTTCTGGTC-AA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
** * * * *
299 GTGTAATAATCATCACAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCAG-TTCAATTTTGAAT-A
193 GTGTAATAATCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGA
* *
362 TTTTTGGCAAC-AAGACTCCTTGAAATATATTCATCTAACCAAATCCCAACCATTGT-
258 TTTTTGGCGACGAA-ACTCCTTGAAATATATTCATCTAACCAAATCTCAACCATTGTA
* * * * *
418 TTTTACAAACATTTGAATCATGTTTCGTTTTAAATAGAAATTACTTCGGAAAAAAATAGGAAAAA
1 TTTTACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAGGAAAAA
* * *
483 CGATATTATAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCATTCAATTATATATATTTTATGAGTA
66 CGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTATGAGTA
* * *
548 TTGTGGCTAAAAATTGA-GAGAATATTTTTCTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
131 TTGTGACTAAAAATTGAGGA-AATATATTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
* * * ** *
612 GTACTAA-CTATCACTGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTTCCGACTCAGTTTTGCATGA
195 GTAATAATC-ATCAC-GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGA
* * * * * **
676 TTTTTGGCGTCGAAACTCCTCGAAATATCTATATTAAATCTCAACCACATTGCATTTAAAGATT-
258 TTTTTGGCGACGAAACTCCTTG-AA-A--TATATT-CATCT-AACCA-AAT-C--TCAACCATTG
*
740 TC
313 TA
* * * *
742 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AGAAAAATACGAAAAA
1 TTTTACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAGGAAAAA
* * * * * * * *
805 TGATATTAAAAGTGAGAAATGTCCTCCAATCTGTTTGG-AGTTGAATCATATATATTTTATGAGT
66 CGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCA-TTGAATTATATATATTTTATGAGT
* * * * *
869 ATTTTAGACAAAAAATTTAGGAAAAATATTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATATTAGCCGAAATCG
130 ATTGT-GACTAAAAATTGAGGAAATATATTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* * * * * * * ***
934 TGTACGTTAGTCGAAATCACGGTTTTTGGCTTAAAACGCGTTTCGAGGCCCCG-GTACAGCGTTG
194 TGTA--ATAATC---ATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACT-CAATTTTG
* * * *
998 CATGATTTTTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATT
253 CATGATTTTTGGCGACGAAACTCCTTGAAATA--T--ATTCATCTAACCAAATCTCA-AC-CATT
1063 GGATTTAAGGA
312 -G---T----A
*
1074 TTTGTAAAACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAATAATAGGA
1 TTT-T---ACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAGGA
* * *
1139 AAAACGATATTAGAAA-CATGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-ATTTTTA
62 AAAACGATATTA-AAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATA-TTTTA
* * *
1202 TGAGTATTGTGGA-TAAAAATTAAGGAAATAAATTTC-GAGTCAATTTTTGCAAAATTCTAGCCG
125 TGAGTATTGT-GACTAAAAATTGAGGAAATATATTTCTG-GTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* * * *
1265 AAATTGTGTAATAATCATCACAGTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTAAATTTT
188 AAATCGTGTAATAATCATCAC-GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAATTTT
* * * * *** *
1330 GCATGATTTTTGGCG-CCAAGACTCTTTGAGATATCCATAATCATTTAATTTAATCTCAGCTACA
252 GCATGATTTTTGGCGACGAA-ACTCCTTGA-A-AT--ATATTCATCTAACCAAATCTCAAC--CA
1394 TTGGATTGAAGAA
310 TT-G--T-----A
* ** ** * * * *
1407 TTTGTTTTTACGAGCATCCCAATTTTGTTTCGATTTAACTAGAAATTAATT--TAGAAAAATATG
1 -----TTTTACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAGG
* * * * ** * * * *
1470 AAAAACGATATTAAAA-CATAAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTACGTTAAATTATATACATTTCAT
61 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTAT
* * * * *
1534 GAGTATT-TTAGCCAAAAATTGATGGAAAAATATTTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
126 GAGTATTGTGA-CTAAAAATTGA-GGAAATATATTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
* * * * *
1598 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTCGGTTAAAAACGC
189 AATCGTGTAATAATCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGC
1637 ATTTTTGGTA
Statistics
Matches: 970, Mismatches: 178, Indels: 124
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
310 1 0.00
311 37 0.04
312 28 0.03
313 88 0.09
314 76 0.08
315 4 0.00
316 1 0.00
318 6 0.01
319 4 0.00
320 5 0.01
321 5 0.01
322 70 0.07
323 60 0.06
324 49 0.05
325 9 0.01
326 8 0.01
327 59 0.06
328 6 0.01
329 1 0.00
330 1 0.00
331 72 0.07
332 87 0.09
333 81 0.08
334 38 0.04
335 7 0.01
336 42 0.04
337 54 0.06
338 68 0.07
339 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (314 bp):
TTTTACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAGGAAAAA
CGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTATGAGTA
TTGTGACTAAAAATTGAGGAAATATATTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
TAATAATCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTT
TTGGCGACGAAACTCCTTGAAATATATTCATCTAACCAAATCTCAACCATTGTA
Found at i:1397 original size:333 final size:328
Alignment explanation
Indices: 414--3403 Score: 1722
Period size: 333 Copynumber: 9.2 Consensus size: 328
404 ATCCCAACCA
* * * * * * * *
414 TTGTTTTTACAAACATTTGAATCATGTTTCGTTTTAAATAGAAATTACTTCGGAAAAAAATAGGA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AGAAAAATAGGA
* * * *
479 AAAACGATATTATAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGCATTCAATTATAT-ATATTTTAT
64 AAAACGATATTA-AAACGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAAT-TTTTAT
* * * * *
543 GAGTATTGTGGCTAAAAATTGA-GAGAATATTTTTCTGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
127 GAGTATTTTAGCTAAAAATTGAGGA-AAAATCTTTC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
** * ** *
607 ATCGTGTACTAACTATCACTGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTTCCGACTCAGTTTTGC
190 ATCGTGTACTAAC-ATCAC-GTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGC
* * *
672 ATGATTTTTGGCGTCGAA-ACTCCTCGAAATATC--TA-T-A--T--T-AAATCTCAACCACATT
253 ATGATTTTTGGCG-CCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT
* *
727 GCATTTAAAGAT
317 GGATTTAAGGAT
* *
739 TT-CTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATACGAAA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAA
* * * * * *
803 AATGATATTAAAA-GTGAGAAATGTCCTCCAATCTGTTTGGAGTTGAATCATAT-ATATTTTATG
66 AACGATATTAAAACGTGA-AAA-GCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAAT-TTTTATG
* * * *
866 AGTATTTTAGACAAAAAATTTAGGAAAAATATTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATATTAGCCGAAA
128 AGTATTTTAG-CTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
* * * * *
931 TCGTGTACGTTAGTCGAAATCACGGTTTTT-GGCTTAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGG-TACAGC
191 TCGTGTAC--TA----ACATCAC-GTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCT-CAGT
* * * * *
994 GTTGCATGATTTTTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
248 TTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCA
1059 CATTGGATTTAAGGAT
313 CATTGGATTTAAGGAT
*** * * *
1075 TTG-TAAAACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAATAATAGGA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAA-AATAGGA
* *
1139 AAAACGATATTAGAAACATGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATG
64 AAAACGATATTA-AAACGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATG
* * * * * *
1204 AGTATTGTGGATAAAAATTAAGGAAATAA-ATTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTCTAGCCGAAA
128 AGTATTTTAGCTAAAAATTGAGGAAA-AATCTTTCG-GTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
* * * *
1268 TTGTGTAATAATCATCACAGTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTAAATTTTGCA
191 TCGTGTACTAA-CATCAC-GTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCA
* * * * * ** *
1333 TGATTTTTGGCGCCAAGACTCTTTGAGATATCCATAATCATTTAATTTAATCTCAGCTACATTGG
254 TGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGG
* *
1398 ATTGAAGAAT
319 ATTTAAGGAT
** * * * *
1408 TTGTTTTTACGAGCATCCCAATTTTGTTTCGATTTAACTAGAAATTAATTTAGAAAAATATGAAA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAA
* * * * ** * *
1473 AACGATATTAAAACATAAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTACGTTAAATTATATACA-TTTCATGAG
66 AACGATATTAAAACGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-ATTTTTATGAG
* * *
1537 TATTTTAGCCAAAAATTGATGGAAAAATATTTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
130 TATTTTAGCTAAAAATTGA-GGAAAAATCTTTC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * * *** ** *
1602 GTGTACTAACCATCACGGTTTTCGGTTAAAAACGCATT-TTTGGTACCGACTCAGTTTTGCATGA
193 GTGTACTAA-CATCACGTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
* * *
1666 TTTTCGGTGCCGAGACTCCTTGGATGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTG
257 TTTTTGGCGCCAAGACTCC-T---TGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTG
*
1731 AATTTAAGGAT
318 GATTTAAGGAT
* * * *
1742 TTTTTTTTACGAGTATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAA
** * * * * *
1807 AACTTTATTAAAAGTGTGAAAAAGGCTTTCAAT-TTTTTGGGCGTTTAATTATATATTTTTTATG
66 AACGATATTAAAA-CGTG-AAAAGCCCTTCAATCTTTTT-GGCGTTGAATTATATAATTTTTATG
* * * * * * * **
1871 TGTATTTTCA-CTAGAAATCGAGGAAAAATCTTTCGAGTCAATTTTCGCAACCA--TCA-CGGTT
128 AGTATTTT-AGCTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCG-GTCAATTTTTGCAA-AATTTTAGCCGAA
* * * * **** *** * ** * *
1932 TTC--G-ACTAAAACCGCGTTCCGGGGGC--CCGACTCAGTT---TTG-CACGACT---TTTGAT
190 ATCGTGTACTAACATCACGTT-TTTAGGCTAAAAACGC-GTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTT--T
* ** * * ** * * * * * * * * * * *
1985 GCCAAGACTCCTT---G-AAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAACCACATTAGATTTAAG
251 G-CATGA-TTTTTGGCGCCAAGA-CT-CCTTGAAATATCTATAT-TCATCTA-ATCAAATCTCAG
* * *** *
2046 -GA-TTTATTTTTACGAGTAT
310 CCACATTGGATTTA--AGGAT
* * * * * * * ** *
2065 CTGAATCTTGTTTC--G-AT-TTAAT-TAGAAATT-AATTTGAA--A-AAAAT-A-GGAAAA--A
1 TTG--T-TT-TTACGAGCATCTGAATCTTG--TTTCGATTT-AATTAGAAATTAATTCAGAAAAA
* * * ** *
2117 T-------A--ATATTGGAAGCG-GTAAAATCCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATTATAT-ATA
59 TAGGAAAAACGATATT-AAAACGTG-AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAAT-
* * * * *
2171 TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGGAAATATCTCTCAGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAG
121 TTTTATGAGTATTTTAGCTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
* * * * * ** * *
2236 CCGAAATCGTG---T---A-C-GGCTTTT-GGTTAAAAACGCGTTTCAGGGCCATGGTTCTGTTT
185 CCGAAATCGTGTACTAACATCACGTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTT
* * * * * *
2292 TGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTAAAATATCTTTATACATCTAATCAAATCTCAGGCACA
250 TGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
*
2357 TTAGATTTAAGGAT
315 TTGGATTTAAGGAT
* * * * *
2371 TTGTTTTTATGTGAATCGGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC---AAAATACGAAA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAA
* * * **** * * *
2433 AACGATATTAAATGCGTGAAAAGTCC-TCGAATCCTTTTAATATTGAATTTTATATTTTTTATTA
66 AACGATATTAAA-ACGTGAAAAGCCCTTC-AATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATGA
* * * * * * *
2497 GTATTTTCGCTAGAAATCGACGAAAAATCTTTAGGATCAATTTTTGTAAAATTTTAGCTGAAATC
129 GTATTTTAGCTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGG-TCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * * * * **
2562 ATGTACTAACTATCACGGTTTTAAGCTAAAACCACGTTCC-GGGACCTAGCTCAGTTTTGCATGA
193 GTGTACTAAC-ATCACGTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
* **
2626 TTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA-CAAAATCTCAGCCACATTAAAT
257 TTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGCCACATTGGAT
* *
2690 CTAAGAAT
321 TTAAGGAT
* *
2698 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAATTAATT-TGAAAAATAGGAAA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAA
* * * * *
2762 AACAATATTAGAA-GTGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTCGAATTATATATTTTTTATGA
66 AACGATATTAAAACGTG--AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATGA
* *
2826 GTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
129 GTATTTTAGCTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * * *
2891 GTGTACTAACCATCACAGTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCACGGCTCTGTTTTGTA
193 GTGTACTAA-CATCAC-G--TTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCA
** * * *
2956 TGATTTTTGGC-ATAGAGACTCCTTGAATTATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACA-TG
254 TGATTTTTGGCGCCA-AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTG
3019 GAATTTAAGGAT
318 G-ATTTAAGGAT
* * * *
3031 TTGTTTTTATGTGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATAGGAA
* * ** * * * *
3096 AAATGATATTGAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATCCTTTTAGCGTTGAACTATATATATTTTT-TG
65 AAACGATATT-AAAACGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-ATTTTTATG
* ** * **
3160 AGTATTTTTG-TAAAAA---A--AAAAA--TTGAGG--AA-------AAATCTTTTAG--GTCAT
128 AGTATTTTAGCTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTCAATTTTTGCAAA-ATTTTAGCCGAAAT
* * * * ** * ** *
3206 -TTTTACCATCAT-GGGTTTTT-GGCTAAAAACGCATTCCGGATCCCCGGCTCAGTTTTGCATAA
192 CGTGTACTAACATCACGTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
* * * * * * **
3268 TTTTTGGCGCCGAGACTTCTTAAAATACCTATATT-ATATAATCAAATCTCATG-CATATTCTAT
257 TTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCA-GCCACATTGGAT
3331 TTAAGGAT
321 TTAAGGAT
* * * * *
3339 TTGTTTTTACGAGCCTTTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAA
1 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAA
3404 CAAAAATTTG
Statistics
Matches: 2041, Mismatches: 470, Indels: 326
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
302 4 0.00
303 5 0.00
304 7 0.00
305 7 0.00
306 29 0.01
307 96 0.05
308 109 0.05
309 75 0.04
310 11 0.01
311 1 0.00
312 1 0.00
314 3 0.00
315 5 0.00
316 4 0.00
317 11 0.01
318 98 0.05
319 5 0.00
320 5 0.00
321 25 0.01
322 71 0.03
323 79 0.04
324 54 0.03
325 9 0.00
326 18 0.01
327 195 0.10
328 26 0.01
329 134 0.07
330 47 0.02
331 83 0.04
332 101 0.05
333 223 0.11
334 160 0.08
335 89 0.04
336 124 0.06
337 57 0.03
338 59 0.03
339 8 0.00
340 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (328 bp):
TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAA
AACGATATTAAAACGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATGAGT
ATTTTAGCTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
TACTAACATCACGTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
TGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG
GAT
Found at i:2144 original size:974 final size:954
Alignment explanation
Indices: 1015--2874 Score: 2187
Period size: 974 Copynumber: 1.9 Consensus size: 954
1005 TTTTGCGCCG
* * *
1015 AGACTCCTTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTA
1 AGACTCCTTGAAATATCTACATTCATATAACCAAATCTCAACCACATTAGATTTAAGGATTTGTA
* *
1080 AAACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAATAATAGGAAAAACG
66 AAACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAGGAAAAACA
* *
1145 ATATTAGAAACATGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-ATTTTTATGAGTAT
131 ATATTAGAAACATGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACGTCGAATTATATATA-TTTTATGAGTAT
* * * *
1209 TGTGGATAAAAATTAAGGAAATAAATTTC-GAGTCAATTTTTGCAAAATTCTAGCCGAAATTGTG
195 TGTAGACAAAAATTAAGGAAATAAATCTCAG-GTCAATTTTTGCAAAATTCTAGCCGAAATCGTG
* * *
1273 TAATAATCATCACAGTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTAAATTTTGCATGATT
259 ---------T-ACAGCTTTT-GGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACGGCTAAATTTTGCATGATT
* * * * ** *
1338 TTTGGCGCCAAGACTCTTTGAGATATCCATAAT-CATTTAATTTAATCTCA-GCTACATTGGATT
313 TTTGGCGCCAAGACTCCTTAAAATAT-CATAATACATCTAATCAAATCTCAGGC-ACATTAGATT
* *
1401 GAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCCCAATTTTGTTTCGATTTAACTAGAAATTAATTTAGAAAAA
376 GAAGAATTTGTTTTTACGAGAATCCCAATCTTGTTTCGATTTAACTAGAAATTAA-TT--AAAAA
* * * *
1466 TATGAAAAACGATATTAAA-ACATAAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTACGTTAAATTATATACATT
438 TACGAAAAACGATATTAAATACATAAAAAGTCCTCCAATCCTTTTAACATTAAATTATATACATT
* * * *
1530 TCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGATGGAAAAATATTTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAGC
503 TCATGAGTATTTTAGCCAAAAATCGA-CGAAAAATATTTAGGATCAACTTTTGCAAAATTTTAGC
* ** * * ** *
1595 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTCGGTTAAAAACGCA-TTTTTGGTACCGA-CTCAGTT
567 CGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCT-AAAAC-CACGTTCCGGGACCGAGCTCAGTT
*
1658 TTGCATGATTTTCGGTGCCGAGACTCCTTGGATGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCA
630 TTGCATGATTTTCGGTGCCAAGACTCC-T---TGAAATATCTATATTCATCTAA-CAAAATCTCA
* * * * * *
1722 GCCACATTGAATTTAAGGATTTTTTTTTACGAGTATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
690 GCCACATTAAATCTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAAT
* ** * * *
1787 TAATTCAGAAAAATATGAAAAACTTTATTAAAAGTGTGAAAAAGGCTTTCAAT-TTTTTGGGCGT
755 TAATT-AGAAAAATAGGAAAAACAATATTAAAAGTGT-AAAAAGCCCTTCAATCTTTTT-GACGT
** * * *
1851 TTAATTATATATTTTTTATGTGTATTTTCA-CTAGAAATCGAGGAAAAATCTTTCGAGTCAATTT
817 CGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTT-AGCCAAAAATCGAGGAAAAATCTTTCGAGTCAATTT
1915 TCGCAACCATCACGGTTTTCGACTAAAACCGCGTTCCGGGGGCCCGACTCAGTTTTGCACGACTT
881 TCGCAACCATCACGGTTTTCGACTAAAACCGCGTTCCGGGGGCCCGACTCAGTTTTGCACGACTT
1980 TTGATGCCA
946 TTGATGCCA
* *
1989 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAACCACATTAGATTTAAGGATTTATT
1 AGACTCCTTGAAATATCTACATTCATATAACCAAATCTCAACCACATTAGATTTAAGGATTT-GT
*** * * * * *
2054 TTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-TGAAAAAAATAGGAAAAAT
65 AAAACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAGGAAAAAC
* * * * *
2118 AATATTGGAAGC-GGTAAAATCCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATTATATATATTTTATGAGTA
130 AATATTAGAAACATG-AAAAACCCTTCAATCTTTTTGACGTCGAATTATATATATTTTATGAGTA
* * ** ** * *
2182 TTTTAGCCAAAAATTGTGGAAATATCTCTCAGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
194 TTGTAGACAAAAATTAAGGAAATAAATCTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTCTAGCCGAAATCGTG
* * * * * *** * *
2247 TACGGCTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCAGGGCCATGGTTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGA
259 TACAGCTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACGGCTAAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAA
* * * *
2312 GACTCCTTAAAATATCTTTATACATCTAATCAAATCTCAGGCACATTAGATTTAAGGATTTGTTT
324 GACTCCTTAAAATATCATAATACATCTAATCAAATCTCAGGCACATTAGATTGAAGAATTTGTTT
* * ** * *
2377 TTATGTGAATCGGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAATACGAAAAACGATATT
389 TTACGAGAATCCCAATCTTGTTTCGATTTAACTAGAAATTAATTAAAAATACGAAAAACGATATT
* * * * * * * ** * * *
2442 AAATGCGTGAAAAGTCCTCGAATCCTTTTAATATTGAATTTTATATTTTTTATTAGTATTTTCGC
454 AAATACATAAAAAGTCCTCCAATCCTTTTAACATTAAATTATATACATTTCATGAGTATTTTAGC
* * * * * *
2507 TAGAAATCGACGAAAAATCTTTAGGATCAATTTTTGTAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTAAC
519 CAAAAATCGACGAAAAATATTTAGGATCAACTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAAC
* * *
2572 TATCACGGTTTTAAGCTAAAACCACGTTCCGGGACCTAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCC
584 CATCACGGTTTTAAGCTAAAACCACGTTCCGGGACCGAGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGTGCC
2637 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTAAATCTAAGAATTTGT
649 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTAAATCTAAGAATTTGT
* *
2702 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAATTAATTTGAAAAATAGGAAAAACAA
714 TTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAATTAATTAGAAAAATAGGAAAAACAA
* *
2767 TATTAGAAGTGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTT
779 TATTAAAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTT
* * * *
2832 TAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
844 TAGCCAAAAATCGAGGAAAAATCTTTCGAGTCAATTTTCGCAA
2875 AATTTTAGCC
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 129, Indels: 44
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
953 1 0.00
954 75 0.10
955 32 0.04
956 93 0.12
958 2 0.00
959 14 0.02
960 114 0.15
961 53 0.07
962 6 0.01
963 125 0.17
964 9 0.01
965 1 0.00
973 1 0.00
974 177 0.24
975 42 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (954 bp):
AGACTCCTTGAAATATCTACATTCATATAACCAAATCTCAACCACATTAGATTTAAGGATTTGTA
AAACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAGGAAAAACA
ATATTAGAAACATGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACGTCGAATTATATATATTTTATGAGTATT
GTAGACAAAAATTAAGGAAATAAATCTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTCTAGCCGAAATCGTGTA
CAGCTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCACGGCTAAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGA
CTCCTTAAAATATCATAATACATCTAATCAAATCTCAGGCACATTAGATTGAAGAATTTGTTTTT
ACGAGAATCCCAATCTTGTTTCGATTTAACTAGAAATTAATTAAAAATACGAAAAACGATATTAA
ATACATAAAAAGTCCTCCAATCCTTTTAACATTAAATTATATACATTTCATGAGTATTTTAGCCA
AAAATCGACGAAAAATATTTAGGATCAACTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCA
TCACGGTTTTAAGCTAAAACCACGTTCCGGGACCGAGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGTGCCAA
GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTAAATCTAAGAATTTGTTT
TTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAATTAATTAGAAAAATAGGAAAAACAATA
TTAAAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTA
GCCAAAAATCGAGGAAAAATCTTTCGAGTCAATTTTCGCAACCATCACGGTTTTCGACTAAAACC
GCGTTCCGGGGGCCCGACTCAGTTTTGCACGACTTTTGATGCCA
Found at i:2686 original size:327 final size:326
Alignment explanation
Indices: 1923--3167 Score: 1245
Period size: 329 Copynumber: 3.8 Consensus size: 326
1913 TTTCGCAACC
* * * * *
1923 ATCACGGTTTTCGACTAAAACCGCGTTCCGGGGGCCCGACTCAGTTTTGCACGACTTTTGATGCC
1 ATCACGGTTTTAG-CTAAAACCGCGTTCC-GGGGCCAG-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCC
* * * *
1988 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAACCACATTAGATTTAAGGATTTAT
63 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGT
* *
2053 TTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATAGGAAAAAT
128 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT--AAAAAATAGGAAAAAC
* * * *
2118 AATATTGGAAGCG-GTAAAA-TCCCTTCAATCTTTTTGATGTCGAATTATATATATTTTATGAGT
191 AATATTGAAAGCGTG-AAAAGT-CCTTCAATCCTTTTAATGTCGAATTATATATTTTTTATGAGT
* * *
2181 ATTTTAGCCAAAAATTGTGGAAATATCTCTCAGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
254 ATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCT-TTAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
**
2246 GTAC-GGCT
318 GTACTAACT
** * * * * * * *
2254 -T-TTGG--TTA---AAAA-CGCGTTTCAGGGCCATGGTTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCG
1 ATCACGGTTTTAGCTAAAACCGCGTTCCGGGGCCA--GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCA
* * * *
2311 AGACTCCTTAAAATATCTTTATACATCTAATCAAATCTCAGGCACATTAGATTTAAGGATTTGTT
64 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTT
* * * * * * *
2376 TTTATGTGAATCGGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TT-CAAAATACGAAAAACGAT
129 TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAAAAAATAGGAAAAACAAT
* * * *
2439 ATT-AAATGCGTGAAAAGTCC-TCGAATCCTTTTAATATTGAATTTTATATTTTTTATTAGTATT
194 ATTGAAA-GCGTGAAAAGTCCTTC-AATCCTTTTAATGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATT
* * * * * * * * *
2502 TTCGCTAGAAATCGACGAAAAATCTTTAGGATCAATTTTTGTAAAATTTTAGCTGAAATCATGTA
257 TTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTAGG-TCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
2567 CTAACT
321 CTAACT
* *
2573 ATCACGGTTTTAAGCTAAAACCACGTTCCGGGACCTAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCA
1 ATCACGGTTTT-AGCTAAAACCGCGTTCCGGGGCC-AGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCA
* * *
2638 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA-CAAAATCTCAGCCACATTAAATCTAAGAATTTGT
64 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGT
* *
2702 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAATTAATTTGAAAAATAGGAAAAACAA
128 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAAAAAATAGGAAAAACAA
* * * * * *
2767 TATT-AGAAGTGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATT
193 TATTGA-AAGCGTGAAAAGTCCTTCAATCCTTTTAATGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATT
*
2831 TTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
257 TTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTT-AGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
*
2896 CTAACC
321 CTAACT
* * * * * *
2902 ATCACAGTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCACGGCTCTGTTTTGTATGATTTTT-G-
1 ATCAC-G---GTTTTAGCTAAAACCGCGTTCCGGGGCCA--GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGT
* * * * *
2965 GCATAGAGACTCCTTGAATTATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGGCACA-TGGAATTTAAGG
60 GC-CA-AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAG-ATTTAAGG
* * * * *
3029 ATTTGTTTTTATGTGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATG
122 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT--TAAAAAATAGG
** * * ** * *
3094 AAAAATGATATTGAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATCCTTTTAGCGTTGAACTATATATATTTTT-
185 AAAAACAATATTGAAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATCCTTTTAATGTCGAATTATATAT-TTTTTA
3158 TGAGTATTTT
249 TGAGTATTTT
3168 TGTAAAAAAA
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 134, Indels: 72
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
317 8 0.01
318 108 0.15
319 4 0.01
320 1 0.00
321 9 0.01
322 122 0.16
323 7 0.01
324 1 0.00
326 1 0.00
327 123 0.17
328 12 0.02
329 127 0.17
330 8 0.01
331 3 0.00
332 21 0.03
333 118 0.16
334 1 0.00
335 62 0.08
336 6 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (326 bp):
ATCACGGTTTTAGCTAAAACCGCGTTCCGGGGCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAG
ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTT
TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAAAAAATAGGAAAAACAATAT
TGAAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATCCTTTTAATGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAG
CCAAAAATTGAGGAAATATCTTTAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
T
Done.