Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023149.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23182, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17802
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.18, T:0.29
Found at i:2799 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2766--2801 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
2756 TTAAGATAAT
2766 TCTTCAATGATCTTCAAA
1 TCTTCAATGATCTTCAAA
*
2784 TCTTCAAATTATCTTCAA
1 TCTTC-AATGATCTTCAA
2802 TAAATCTTTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.31
19 11 0.69
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
TCTTCAATGATCTTCAAA
Found at i:13314 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13292--13340 Score: 80
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
13282 CATACCACAT
13292 GACTAGTAATGTTTTAG
1 GACTAGTAATGTTTTAG
* *
13309 GACTAGTCATGTTTTAT
1 GACTAGTAATGTTTTAG
13326 GACTAGTAATGTTTT
1 GACTAGTAATGTTTT
13341 TCAAATCTTG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 29 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.08, G:0.20, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
GACTAGTAATGTTTTAG
Found at i:16579 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 16526--16764 Score: 125
Period size: 41 Copynumber: 6.1 Consensus size: 37
16516 TCATTTGCTA
**
16526 TTTAGTTTAATTTCCTAGAATTAAACTAA-CTTCTTC
1 TTTAGTTTAATCACCTAGAATTAAACTAATCTTCTTC
16562 TTTAGTTTAATCACCTAGAATTAAACTAATCTTCTTTTTTAC
1 TTTAGTTTAATCACCTAGAATTAAACTAATCTTC----TT-C
* * *
16604 TACTTAGTTTAATTACCTAGAATGAAACTAAAC-TCTTC
1 T--TTAGTTTAATCACCTAGAATTAAACTAATCTTCTTC
*
16642 TTCT--TTTACT-A-CTAGAATTAAACTAATCTCTCCTCCTTTTAC
1 TT-TAGTTTAATCACCTAGAATTAAACTAA--TCT--T-C--TT-C
*
16684 TACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATATCTT-TTAC
1 T--TTAGTTTAATCACCTAGAATTAAACT-A-ATCTTCTT-C
* * *
16725 TACTTAGTTTAATTACATAGAATTAAACCAAT-TTCTTC
1 T--TTAGTTTAATCACCTAGAATTAAACTAATCTTCTTC
16763 TT
1 TT
16765 CTTTTACTAT
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 11, Indels: 54
0.72 0.05 0.23
Matches are distributed among these distances:
33 14 0.08
34 1 0.01
35 6 0.04
36 29 0.18
37 5 0.03
38 7 0.04
39 7 0.04
40 1 0.01
41 35 0.21
42 4 0.02
43 3 0.02
44 28 0.17
45 6 0.04
46 1 0.01
47 16 0.10
48 1 0.01
49 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (37 bp):
TTTAGTTTAATCACCTAGAATTAAACTAATCTTCTTC
Found at i:16665 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 16620--16687 Score: 100
Period size: 33 Copynumber: 2.1 Consensus size: 33
16610 GTTTAATTAC
* *
16620 CTAGAATGAAACTAAACTCTTCTTCTTTTACTA
1 CTAGAATGAAACTAAACTCTCCTCCTTTTACTA
* *
16653 CTAGAATTAAACTAATCTCTCCTCCTTTTACTA
1 CTAGAATGAAACTAAACTCTCCTCCTTTTACTA
16686 CT
1 CT
16688 TAGTTTAATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 31 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.25, G:0.04, T:0.40
Consensus pattern (33 bp):
CTAGAATGAAACTAAACTCTCCTCCTTTTACTA
Found at i:16903 original size:135 final size:134
Alignment explanation
Indices: 16563--17244 Score: 657
Period size: 135 Copynumber: 5.1 Consensus size: 134
16553 AACTTCTTCT
* *
16563 TTAGTTTAATCACCTAGAATTAAACTAA--TCTTCTT-TTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
* * * * * * *
16625 ATGAAACTAAACTC--TT-CT-TCT--TTT-ACTA-CTAGAATTAAACTAATCTCTCCTCCTTTT
66 ATTAAACTAATCTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTTTCCT-TTTTT
*
16682 ACTAC
130 ACTAA
* * *
16687 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA-----T-ATCTTTTACTACTTAGTTTAATTACATAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
* *
16746 ATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTTGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTTTCCT
66 ATTAAACTAA-----TC-TCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTTTCCT
*
16811 TTTTCTGCTAA
125 TTTT-TACTAA
* * * *** *
16822 TTAGTTTAATTATCTGGACTTAAACCAGCCTCTT-TTCCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAG
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTCTT-CTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAG
* * * *
16886 AATTAAACTAATCTCTTTTACTACTCAGTTTAATTACCTAAAATTAAACTAATCTCTT-CTTCTT
65 AATTAAACTAATCTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAT-TTTTCCTT-TT
*
16950 TTACTAC
128 TTACTAA
**
16957 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTGTTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
* * * * *
17022 ATTAAAGTAATTTCTTCTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCATCTTTT
66 ATTAAACTAATCTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTT-TTCCTTTTTT
*
17087 ACTAT
130 ACTAA
*
17092 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
* * * * *
17157 ATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTGCATGGAATTTAACTAATTTCTT-C
66 ATTAAACTAA-----TC-TCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTT-TTCC
*
17221 TTCTTTTACTAT
124 TT-TTTTACTAA
17233 TTAGTTTAATTA
1 TTAGTTTAATTA
17245 TCTTCTATTT
Statistics
Matches: 465, Mismatches: 59, Indels: 51
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
120 1 0.00
121 35 0.08
124 27 0.06
126 1 0.00
127 2 0.00
129 2 0.00
130 2 0.00
131 2 0.00
133 3 0.01
134 7 0.02
135 273 0.59
136 11 0.02
140 4 0.01
141 95 0.20
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (134 bp):
TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
ATTAAACTAATCTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTTTCCTTTTTTA
CTAA
Found at i:17010 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 16677--17244 Score: 712
Period size: 182 Copynumber: 3.1 Consensus size: 177
16667 ATCTCTCCTC
* * *
16677 CTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATATCTTTTACTACTTAGTTTAATTACA
1 CTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACC
* * *
16742 TAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTTGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTT-
66 TAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTC
* * *
16806 TTC--CTTTTTCTGCTAATTAGTTTAATTATCTGGACTTAAACCAGCCTCTTTT
131 TTCTTCTTTTACTG-T--TTAGTTTAATTACCTGGAATT-AA-CAG--TCTTTT
*
16858 CCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTTTACTACTCAGTTTAATTAC
1 -CTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTTTACTACTTAGTTTAATTAC
* * *
16923 CTAAAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTT
65 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTT
* **
16988 CTTCTTCTTTTACTGTTTAGTTTAATTACCTAGAATTAA-AGTAATTT
130 CTTCTTCTTTTACTGTTTAGTTTAATTACCTGGAATTAACAGTCTTTT
* *
17035 CTTCTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCATCTTTTACTATTTAGTTTA
1 CTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA-----TC-TCTTTTACTACTTAGTTTA
17100 ATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT
60 ATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT
* * ** * * *
17165 AATCTCCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTGCATGGAATTTAACTAATTTCTTCTT
125 AATTTCTTCTTCTTTTACTGTTTAGTTTAATTACCTGGAA-TTAAC--A-GTCTT-TT
17223 CTTTTACTATTTAGTTTAATTA
1 CTTTTACTATTTAGTTTAATTA
17245 TCTTCTATTT
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 33, Indels: 24
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 37 0.11
177 4 0.01
179 2 0.01
181 4 0.01
182 249 0.74
183 7 0.02
184 1 0.00
185 8 0.02
186 1 0.00
187 2 0.01
188 23 0.07
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (177 bp):
CTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACC
TAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTC
TTCTTCTTTTACTGTTTAGTTTAATTACCTGGAATTAACAGTCTTTT
Found at i:17255 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 16653--17244 Score: 695
Period size: 47 Copynumber: 13.0 Consensus size: 47
16643 TCTTTTACTA
* * * *
16653 CTAGAATTAAACTAATCTCTCCTCCTTTTACTACTTAGTTTAATTAC
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
* *
16700 CTAGAATTAAACTAA-----T-ATCTTTTACTACTTAGTTTAATTAC
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
* * *
16741 ATAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTTGTTTAATTAC
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
* * *
16788 CTAGAATTAAACTAATTT-TTCCTT-TTTCTGCTAATTAGTTTAATTAT
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTT-CTTCTTT-TACTATTTAGTTTAATTAC
* * * ***
16835 CTGGACTTAAACCAGCCTCTT-TTCCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTT-CTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
* *
16882 CTAGAATTAAACTAA-----TC-TCTTTTACTACTCAGTTTAATTAC
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
* * *
16923 CTAAAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTAC
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
* *
16970 CTAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTGTTTAGTTTAATTAC
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
*
17017 CTAGAATTAAAGTAA--T-TTCTTC---TACTATTTAGTTTAATTAC
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
*
17058 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCATCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
*
17105 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTAC
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
* * * *
17152 CTAGAATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTGC
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
* * *
17199 ATGGAATTTAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTA
1 CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTA
17245 TCTTCTATTT
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 53, Indels: 48
0.82 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 103 0.22
42 2 0.00
43 1 0.00
44 11 0.02
45 1 0.00
46 10 0.02
47 335 0.72
48 5 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (47 bp):
CTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
Done.