Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023153.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23186, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8053
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.20, T:0.33
Found at i:3362 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 3309--3376 Score: 109
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
3299 TATCATAAAA
*
3309 CCATTGTTCCGAGGATAAAAGTTAAGGATTACAGG
1 CCATTGTTCCGAGAATAAAAGTTAAGGATTACAGG
* *
3344 CCATTGTTCTGAGAATAAAATTTAAGGATTACA
1 CCATTGTTCCGAGAATAAAAGTTAAGGATTACA
3377 AACCATCGTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 30 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (35 bp):
CCATTGTTCCGAGAATAAAAGTTAAGGATTACAGG
Found at i:6980 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 6913--7399 Score: 688
Period size: 47 Copynumber: 10.7 Consensus size: 47
6903 TTGACTACTC
* * *
6913 TTTACTACTTAGTTCAATTACCTGGACTTAAACTAATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
*
6960 CTTACTACTTAGTTTAATTACC-----TTAAACTAA--T-TTCTTC-
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
6998 --T--T-CTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
*
7040 TTTACTACTTAGTTTAATTA-CTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
**
7086 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGTGTTAAACTAATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* *
7133 TTTACTACTTAGTTTAATTA-CTAGAATTAAACTATTTTCTTTTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
7179 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTTC-TCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAT-TTCTTCTTCT
*
7226 TTTACTACTTAGTTTAATTACTTAGAATTAAACTAATCTTC-TCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAT-TTCTTCTTCT
* *
7273 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTTTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* *
7320 TTTACTACTTAGTTTAATTACCCAAAATTAAACTAATCTTC-TCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAT-TTCTTCTTCT
7367 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAAC
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAAC
7400 CTATGAGACC
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 22, Indels: 38
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
33 15 0.04
34 1 0.00
36 1 0.00
38 9 0.02
39 6 0.02
40 2 0.01
41 6 0.02
42 9 0.02
44 1 0.00
46 90 0.23
47 254 0.64
48 5 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (47 bp):
TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
Found at i:7009 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 6967--7040 Score: 105
Period size: 38 Copynumber: 2.1 Consensus size: 34
6957 TCTCTTACTA
6967 CTTAGTTTAATTACC-TTAAACTAATTTCTTCTT
1 CTTAGTTTAATTACCATTAAACTAATTTCTTCTT
7000 CTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTT
1 CTTAGTTTAATTACC----ATTAAACTAATTTCTTCTT
7038 CTT
1 CTT
7041 TTACTACTTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 5
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
33 15 0.42
38 21 0.58
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.04, T:0.50
Consensus pattern (34 bp):
CTTAGTTTAATTACCATTAAACTAATTTCTTCTT
Found at i:7296 original size:94 final size:93
Alignment explanation
Indices: 7000--7399 Score: 662
Period size: 93 Copynumber: 4.3 Consensus size: 93
6990 ATTTCTTCTT
7000 CTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACTAGA
1 CTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACTAGA
7065 ATTAAACTAAT-TTCTCCTTCTTTTACTA
66 ATTAAACTAATCTTCT-CTTCTTTTACTA
**
7093 CTTAGTTTAATTACCTAGTGTTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACTAGA
1 CTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACTAGA
* *
7158 ATTAAACT-ATTTTCTTTTTCTTTTACTA
66 ATTAAACTAATCTTC-TCTTCTTTTACTA
7186 CTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTTC-TCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACTTA
1 CTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAT-TTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTAC-TA
7250 GAATTAAACTAATCTTCTCTTCTTTTACTA
64 GAATTAAACTAATCTTCTCTTCTTTTACTA
* * * *
7280 CTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTTTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCCAA
1 CTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTA-CTAG
7345 AATTAAACTAATCTTCTCTTCTTTTACTA
65 AATTAAACTAATCTTCTCTTCTTTTACTA
7374 CTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAAC
1 CTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAAC
7400 CTATGAGACC
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 11, Indels: 13
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
92 2 0.01
93 142 0.49
94 139 0.48
95 6 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.04, T:0.48
Consensus pattern (93 bp):
CTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACTAGA
ATTAAACTAATCTTCTCTTCTTTTACTA
Done.