Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01002317.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig02317, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 738
Length: 1231
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:35 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 15--46 Score: 64
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
5 AATAAAACAG
15 ATTAGCATTAAATGT
1 ATTAGCATTAAATGT
30 ATTAGCATTAAATGT
1 ATTAGCATTAAATGT
45 AT
1 AT
47 AGGGAATTTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (15 bp):
ATTAGCATTAAATGT
Found at i:331 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 226--599 Score: 329
Period size: 41 Copynumber: 9.4 Consensus size: 41
216 TTTTGTTTTT
*
226 TTCAAGATCAAGTCATCGAGACCCTTGAATTAAATTATCAA
1 TTCAAGATCAAGTCATCGAGATCCTTGAATTAAATTATCAA
*
267 TTCAAGAT----T-GTCGAG-TCCTTTGAATTAAATTATCAA
1 TTCAAGATCAAGTCATCGAGATCC-TTGAATTAAATTATCAA
** * * *
303 TTCAAGATTGAGTCATTGAGATCATTGAATTAAGTTATCAA
1 TTCAAGATCAAGTCATCGAGATCCTTGAATTAAATTATCAA
*
344 TAT-AAGAACACAAGTCATCGAGA-CACTTGAATTAAA-TA--AA
1 T-TCAAG-A-TCAAGTCATCGAGATC-CTTGAATTAAATTATCAA
*
384 -T-AAG-TC-A-T--T-GAGACCCTTGAATTAAATTATCAA
1 TTCAAGATCAAGTCATCGAGATCCTTGAATTAAATTATCAA
* * *
417 TTTAAGAACAAGTAATCGAGATCCTTGAATTAAATTATCAA
1 TTCAAGATCAAGTCATCGAGATCCTTGAATTAAATTATCAA
** *
458 TTCAAGATTGAGTCATTGAGATCCTTGAATTAAATTATCAA
1 TTCAAGATCAAGTCATCGAGATCCTTGAATTAAATTATCAA
* * *
499 TTCAAGAACAAGTCATCAAGATCCTTGAATCGAATTATTATCAA
1 TTCAAGATCAAGTCATCGAGATCCTTGAAT-TAA--ATTATCAA
* * *
543 TTCAAGATCAAGTCGTCAAGA-CCTTTGAATTAGATTATCAA
1 TTCAAGATCAAGTCATCGAGATCC-TTGAATTAAATTATCAA
*
584 TTCAAGACCAAGTCAT
1 TTCAAGATCAAGTCAT
600 TCGACCCTTG
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 33, Indels: 54
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
30 15 0.05
31 4 0.01
33 3 0.01
34 2 0.01
35 6 0.02
36 31 0.11
37 2 0.01
38 5 0.02
40 4 0.01
41 137 0.50
42 9 0.03
43 22 0.08
44 33 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (41 bp):
TTCAAGATCAAGTCATCGAGATCCTTGAATTAAATTATCAA
Found at i:477 original size:155 final size:148
Alignment explanation
Indices: 235--528 Score: 414
Period size: 155 Copynumber: 1.9 Consensus size: 148
225 TTTCAAGATC
**
235 AAGTCATCGAGACCCTTGAATTAAATTATCAATTCAAGATTGTCGAGTCCTTTGAATTAAATTAT
1 AAGTCATCGAGACCCTTGAATTAAATTATCAATTCAAGATAATCGAGTCCTTTGAATTAAATTAT
* *
300 CAATTCAAGATTGAGTCATTGAGATCATTGAATTAAGTTATCAATAT-AAGAACACAAGTCATCG
66 CAATTCAAGATTGAGTCATTGAGATCATTGAATTAAATTATCAAT-TCAAG-A-ACAAGTCATCA
364 AGA-CACTTGAATTAAATAAAT
128 AGATC-CTTGAATTAAATAAAT
* *
385 AAGTCATTGAGACCCTTGAATTAAATTATCAATTTAAGAACAAGTAATCGAGATCC-TTGAATTA
1 AAGTCATCGAGACCCTTGAATTAAATTATCAATTCAAG----A-TAATCGAG-TCCTTTGAATTA
*
449 AATTATCAATTCAAGATTGAGTCATTGAGATCCTTGAATTAAATTATCAATTCAAGAACAAGTCA
60 AATTATCAATTCAAGATTGAGTCATTGAGATCATTGAATTAAATTATCAATTCAAGAACAAGTCA
514 TCAAGATCCTTGAAT
125 TCAAGATCCTTGAAT
529 CGAATTATTA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 7, Indels: 13
0.87 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
150 36 0.28
153 20 0.16
154 4 0.03
155 66 0.51
156 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (148 bp):
AAGTCATCGAGACCCTTGAATTAAATTATCAATTCAAGATAATCGAGTCCTTTGAATTAAATTAT
CAATTCAAGATTGAGTCATTGAGATCATTGAATTAAATTATCAATTCAAGAACAAGTCATCAAGA
TCCTTGAATTAAATAAAT
Found at i:582 original size:85 final size:81
Alignment explanation
Indices: 398--599 Score: 260
Period size: 85 Copynumber: 2.4 Consensus size: 81
388 TCATTGAGAC
* * * *
398 CCTTGAATTAAATTATCAATTTAAGAACAAGTAATCGAGATCCTTGAATTAAATTATCAATTCAA
1 CCTTGAATTAAATTATCAATTCAAGAACAAGTCATCAAGATCCTTGAATGAAATTATCAATTCAA
** **
463 GATTGAGTCATTGAGA
66 GATCAAGTCATCAAGA
479 TCCTTGAATTAAATTATCAATTCAAGAACAAGTCATCAAGATCCTTGAATCGAATTATTATCAAT
1 -CCTTGAATTAAATTATCAATTCAAGAACAAGTCATCAAGATCCTTGAAT-GAA--ATTATCAAT
*
544 TCAAGATCAAGTCGTCAAGA
62 TCAAGATCAAGTCATCAAGA
* *
564 CCTTTGAATTAGATTATCAATTCAAGACCAAGTCAT
1 CC-TTGAATTAAATTATCAATTCAAGAACAAGTCAT
600 TCGACCCTTG
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 11, Indels: 5
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
82 46 0.44
83 2 0.02
84 2 0.02
85 55 0.52
ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (81 bp):
CCTTGAATTAAATTATCAATTCAAGAACAAGTCATCAAGATCCTTGAATGAAATTATCAATTCAA
GATCAAGTCATCAAGA
Done.