Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01023460.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23493, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 14115
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.18, T:0.35


Found at i:6530 original size:60 final size:61

Alignment explanation


    Indices: 6437--6557  Score: 217
    Period size: 60  Copynumber: 2.0  Consensus size: 61

       6427 GGCATGGAAG

                                                 *                       
       6437 TATGTTTCAAGTGGTTTTGTTCTCATATCTGCTTAATTTCTTGT-CAGTTTTCTTTTGTGT
          1 TATGTTTCAAGTGGTTTTGTTCTCATATCTGCTTAATATCTTGTGCAGTTTTCTTTTGTGT

                                               *                         
       6497 TATGTTTCAAGTGGTTTTGTTCTCATATCTGCTTACTATCTTGTGCAGTTTTCTTTTGTGT
          1 TATGTTTCAAGTGGTTTTGTTCTCATATCTGCTTAATATCTTGTGCAGTTTTCTTTTGTGT

       6558 ATATTATTGT


Statistics
Matches: 58,  Mismatches: 2, Indels: 1
        0.95            0.03        0.02

Matches are distributed among these distances:
  60   42  0.72
  61   16  0.28

ACGTcount: A:0.13, C:0.14, G:0.17, T:0.55


Consensus pattern (61 bp):   
TATGTTTCAAGTGGTTTTGTTCTCATATCTGCTTAATATCTTGTGCAGTTTTCTTTTGTGT

Found at i:7241 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 7235--7303  Score: 138
    Period size: 3  Copynumber: 23.0  Consensus size: 3

       7225 TTTTATCATC

                                                                           
       7235 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

                                       
       7283 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

       7304 TTGTTTTCCT


Statistics
Matches: 66,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   66  1.00

ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Found at i:13174 original size:18 final size:19

Alignment explanation


    Indices: 13151--13190  Score: 57
    Period size: 19  Copynumber: 2.2  Consensus size: 19

      13141 TCTTGAGATG

                                
      13151 ATTCTTC-AA-TAGTCTTCA
          1 ATTCTTCAAATTA-TCTTCA

                               
      13169 ATTCTTCAAATTATCTTCA
          1 ATTCTTCAAATTATCTTCA

               
      13188 ATT
          1 ATT

      13191 AATCTTCAAT


Statistics
Matches: 20,  Mismatches: 0, Indels: 3
        0.87            0.00        0.13

Matches are distributed among these distances:
  18    7  0.35
  19   11  0.55
  20    2  0.10

ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.03, T:0.47


Consensus pattern (19 bp):   
ATTCTTCAAATTATCTTCA

Done.