Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023594.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23627, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21164
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.18, T:0.34
Found at i:267 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 209--267 Score: 75
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
199 GTTTATCATC
*
209 TTTTAATTTGTTTAATTTAAGGCTTTCA
1 TTTTAATTTGTTTAATTTAAGGCTTTAA
* *
237 TTTTAATTTTTTTTAATTTAATGC-TTAA
1 TTTTAA-TTTGTTTAATTTAAGGCTTTAA
265 TTT
1 TTT
268 GTTTTAATTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 12 0.44
29 15 0.56
ACGTcount: A:0.25, C:0.05, G:0.07, T:0.63
Consensus pattern (28 bp):
TTTTAATTTGTTTAATTTAAGGCTTTAA
Found at i:1013 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1006--1033 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
996 GTCGTAATGA
1006 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1034 TTATTGACCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1807 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 1788--1825 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.9 Consensus size: 13
1778 AATCTTTCAA
*
1788 ATAATATTTAGTAT
1 ATAATATATA-TAT
1802 ATAATATATATAT
1 ATAATATATATAT
1815 AT-ATATATATA
1 ATAATATATATA
1826 ACCCAATATA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
12 9 0.39
13 5 0.22
14 9 0.39
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (13 bp):
ATAATATATATAT
Found at i:3743 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 3469--3771 Score: 579
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 151
3459 TACTCGGAGC
3469 ACAAAACTCAACAGGAAAAAATGTTTCCCTGTTCATAATCATCCTCACACTAATCAAAGAATTGA
1 ACAAAACTCAACAGGAAAAAATGTTTCCCTGTTCATAATCATCCTCACACTAATCAAAGAATTGA
3534 CACAAAAAACAATTACCTTTAGACAGATCAACACAACATGTTTAAGTAATATTTAGAAACATATG
66 CACAAAAAACAATTACCTTTAGACAGATCAACACAACATGTTTAAGTAATATTTAGAAACATATG
3599 ATACTGAACTCCAACAATTCA
131 ATACTGAACTCCAACAATTCA
*
3620 ACAAAACTCAACAGGAAAAAATGTTTCCTTGTTCATAATCATCCTCACACTAATCAAAGAATTGA
1 ACAAAACTCAACAGGAAAAAATGTTTCCCTGTTCATAATCATCCTCACACTAATCAAAGAATTGA
* *
3685 CACATAAAAGAATTACCTTTAGACAGATCAACACAACATGTTTAAGTAATATTTAGAAACATATG
66 CACAAAAAACAATTACCTTTAGACAGATCAACACAACATGTTTAAGTAATATTTAGAAACATATG
3750 ATACTGAACTCCAACAATTCA
131 ATACTGAACTCCAACAATTCA
3771 A
1 A
3772 AGAATACTAC
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 3, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
151 149 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.20, G:0.09, T:0.26
Consensus pattern (151 bp):
ACAAAACTCAACAGGAAAAAATGTTTCCCTGTTCATAATCATCCTCACACTAATCAAAGAATTGA
CACAAAAAACAATTACCTTTAGACAGATCAACACAACATGTTTAAGTAATATTTAGAAACATATG
ATACTGAACTCCAACAATTCA
Found at i:4204 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 4163--4230 Score: 127
Period size: 32 Copynumber: 2.1 Consensus size: 32
4153 GGGGGGGGGG
4163 GGTTGGTTTTTATATCGGGGTGGGGTTTAGGT
1 GGTTGGTTTTTATATCGGGGTGGGGTTTAGGT
*
4195 GGTTGGTTTTTATATTGGGGTGGGGTTTAGGT
1 GGTTGGTTTTTATATCGGGGTGGGGTTTAGGT
4227 GGTT
1 GGTT
4231 AAACTTAGTG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 35 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.01, G:0.44, T:0.46
Consensus pattern (32 bp):
GGTTGGTTTTTATATCGGGGTGGGGTTTAGGT
Found at i:5090 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 5029--5132 Score: 154
Period size: 52 Copynumber: 2.0 Consensus size: 52
5019 ATTAAACCAG
* * *
5029 TCTTTGTTTACTTCTTCTTTCACTCTTTAGTTTAATTACCCAGGATTAAACT
1 TCTTGGTTTACTTCTTCTTTCACTCTTTAGTCTAATTACCCAGAATTAAACT
* * *
5081 TCTTGGTTTACTTCTTCTTTTACTTTTTAGTCTAATTATCCAGAATTAAACT
1 TCTTGGTTTACTTCTTCTTTCACTCTTTAGTCTAATTACCCAGAATTAAACT
5133 AATTATTGTT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 6, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 46 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.08, T:0.51
Consensus pattern (52 bp):
TCTTGGTTTACTTCTTCTTTCACTCTTTAGTCTAATTACCCAGAATTAAACT
Found at i:5147 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 5035--5182 Score: 133
Period size: 52 Copynumber: 2.9 Consensus size: 52
5025 CCAGTCTTTG
* * ** *
5035 TTTACTTCTTCTTTCACTCTTTAGTTTAATTACCCAGGATTAAACTTCTTGG
1 TTTACTTCTTCTTTCACTCTTTAGTCTAATTACCCAGAATTAAACTAATTGA
* * *
5087 TTTACTTCTTCTTTTACTTTTTAGTCTAATTATCCAGAATTAAACTAATT-A
1 TTTACTTCTTCTTTCACTCTTTAGTCTAATTACCCAGAATTAAACTAATTGA
* * * * * *
5138 -TT-GTTCTTCTCTCACTAC-CTAGTTTAATTTCCTAGAATTAAACTA
1 TTTACTTCTTCTTTCACT-CTTTAGTCTAATTACCCAGAATTAAACTA
5183 GGCTCTTCTT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 17, Indels: 5
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
49 33 0.42
50 2 0.03
52 43 0.55
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (52 bp):
TTTACTTCTTCTTTCACTCTTTAGTCTAATTACCCAGAATTAAACTAATTGA
Found at i:5210 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 5092--5898 Score: 792
Period size: 47 Copynumber: 18.2 Consensus size: 46
5082 CTTGGTTTAC
* *
5092 TTCTTCTTTTACTTTTTAGTCTAATTATCC-AGAATTAAACTAA-TT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTA-CCTAGAATTAAACTAACTT
* ** * * *
5137 ATTGTTCTTCTCTCACTACCTAGTTTAATTTCCTAGAATTAAACTAGGCTC
1 -TTCTTCTT-T-T-ACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTA-ACTT
* * * *
5188 TTCTTCTCTTACGATTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAATCCTC
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA--CTT
*
5236 TTCTTCTTTTACTAATTAGTTTAATTACC------T-AACT-A--T
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTT
* *
5272 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAATCCTC
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA--CTT
* *
5320 TTCTTCTTTTACAAATTAGTTTAATTACC------T-AACT-A--T
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTT
* *
5356 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAACATC
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAC-TT
*
5403 TTCTTCTTTTACTAATTAGTTTAATTACC------T-AACT-A--T
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTT
5439 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTAT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACT-T
5486 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACC------T-AACT-A-TT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTT
* *
5523 TT-GTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAACTAAACTAACTAT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACT-T
* * ***
5569 TTTTTGTAAAACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTAT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACT-T
*
5616 TTCTCCTTTTACTA-TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTT
* *
5661 TTCTTCTTTTGCTACTTAGTTTAATTACCTAG-----AACTAACTT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTT
*
5702 TTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTAT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACT-T
* *
5749 TTCTTCTTTTGCTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTT
* * *
5795 TTCCTCTTTTACTACTTAGTTTAATTTCCTAGAATTAAACTAACATT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAC-TT
*
5842 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAC-TT
5889 TTCTTCTTTT
1 TTCTTCTTTT
5899 TTTGCTCTTT
Statistics
Matches: 644, Mismatches: 56, Indels: 121
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
36 108 0.17
37 3 0.00
38 1 0.00
39 2 0.00
40 10 0.02
41 50 0.08
42 6 0.01
43 16 0.02
44 4 0.01
45 14 0.02
46 107 0.17
47 231 0.36
48 60 0.09
49 25 0.04
50 6 0.01
51 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (46 bp):
TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTT
Found at i:5277 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 5236--5552 Score: 276
Period size: 36 Copynumber: 7.9 Consensus size: 36
5226 ACTAATCCTC
*
5236 TTCTTCTTTTACTAATTAGTTTAATTACCTAACTAT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAACTAT
5272 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAATCCT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACC------T-AACT-A---T
* *
5319 CTTCTTCTTTTACAAATTAGTTTAATTACCTAACTAT
1 -TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAACTAT
5356 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAACAT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACC------T-AACT---AT
*
5402 CTTCTTCTTTTACTAATTAGTTTAATTACCTAACTAT
1 -TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAACTAT
5439 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTAT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTA-C----------CTAACTAT
5486 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAACTAT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAACTAT
5522 TT-TGTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTA
1 TTCT-TCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTA
5553 GAACTAAACT
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 7, Indels: 70
0.76 0.02 0.22
Matches are distributed among these distances:
35 1 0.00
36 118 0.49
37 4 0.02
40 5 0.02
41 5 0.02
42 3 0.01
43 8 0.03
44 1 0.00
46 3 0.01
47 64 0.27
48 27 0.11
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.04, T:0.51
Consensus pattern (36 bp):
TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAACTAT
Found at i:5457 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 5188--5870 Score: 791
Period size: 83 Copynumber: 7.9 Consensus size: 83
5178 AACTAGGCTC
* * * *
5188 TTCTTCTCTTACGATTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAATCCTCTTCTTCTTTTACTAATT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA-CATCTTCTTCTTTTACTAATT
5253 AGTTTAATTACCTAACTAT
65 AGTTTAATTACCTAACTAT
* * *
5272 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAATCCTCTTCTTCTTTTACAAATT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA-CATCTTCTTCTTTTACTAATT
5337 AGTTTAATTACCTAACTAT
65 AGTTTAATTACCTAACTAT
*
5356 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAACATCTTCTTCTTTTACTAATTA
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACATCTTCTTCTTTTACTAATTA
5421 GTTTAATTACCTAACTAT
66 GTTTAATTACCTAACTAT
*
5439 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTAT-TTCTTCTTTTACTATTT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAC-ATCTTCTTCTTTTACTAATT
5503 AGTTTAATTACCTAACTAT
65 AGTTTAATTACCTAACTAT
* * *
5522 TT-TGTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAACTAAACTAACTATTTTTTGTAAAACTATTT
1 TTCT-TCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAC-ATCTTCT-T----CT-TTT
* * ** *
5586 AGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTAT
58 A--CTAATTA-GTTTAATT-ACCTAACTAT
* * * *
5616 TTCTCCTTTTACTA-TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAC-TTTTCTTCTTTTGCTACTTA
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACATCTTCTTCTTTTACTAATTA
5679 GTTTAATTACCTAGAACTAACTT
66 GTTTAATTACCT--AACT-A--T
* * *
5702 TTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTAT-TTCTTCTTTTGCTACTT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAC-ATCTTCTTCTTTTACTAATT
5766 AGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTT
65 AGTTTAATTACC------T-AACT-A--T
* * * * *
5795 TTCCTCTTTTACTACTTAGTTTAATTTCCTAGAATTAAACTAACATTTTCTTCTTTTACTATTTA
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACATCTTCTTCTTTTACTAATTA
5860 GTTTAATTACC
66 GTTTAATTACC
5871 CAGAATTAAA
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 31, Indels: 49
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
81 3 0.01
82 6 0.01
83 169 0.31
84 130 0.24
85 4 0.01
86 16 0.03
87 29 0.05
88 29 0.05
89 3 0.01
90 5 0.01
91 5 0.01
92 7 0.01
93 111 0.21
94 21 0.04
95 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (83 bp):
TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACATCTTCTTCTTTTACTAATTA
GTTTAATTACCTAACTAT
Found at i:5645 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 5526--5898 Score: 528
Period size: 93 Copynumber: 4.1 Consensus size: 93
5516 AACTATTTTG
* * * * *** *
5526 TCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAACTAAACTAACTATTTTTTGTAAAACTATTTAGTTT
1 TCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCTTCTTTTACTACTTAGTTT
5591 AATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCT
66 AATTACCTAGAATTAAACTAACT-TTTCT
* *
5620 CCTTTTACTA-TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACT-TTTCTTCTTTTGCTACTTAGTTT
1 TCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCTTCTTTTACTACTTAGTTT
5683 AATTACCTAG-----AACTAACTTTTCT
66 AATTACCTAGAATTAAACTAACTTTTCT
*
5706 TCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCTTCTTTTGCTACTTAGTTT
1 TCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCTTCTTTTACTACTTAGTTT
*
5771 AATTACCTAGAATTAAACTAACTTTTCC
66 AATTACCTAGAATTAAACTAACTTTTCT
* *
5799 TCTTTTACTACTTAGTTTAATTTCCTAGAATTAAACTAAC-ATTTTCTTCTTTTACTATTTAGTT
1 TCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTA-TTTCTTCTTTTACTACTTAGTT
*
5863 TAATTACCCAGAATTAAACTAACTTTTTCT
65 TAATTACCTAGAATTAAACTAAC-TTTTCT
5893 TCTTTT
1 TCTTTT
5899 TTTGCTCTTT
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 16, Indels: 18
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
86 14 0.06
87 38 0.15
88 33 0.13
92 27 0.11
93 122 0.48
94 20 0.08
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (93 bp):
TCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCTTCTTTTACTACTTAGTTT
AATTACCTAGAATTAAACTAACTTTTCT
Found at i:5743 original size:180 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5188--5870 Score: 770
Period size: 180 Copynumber: 4.0 Consensus size: 172
5178 AACTAGGCTC
* * * * * * *
5188 TTCTTCTCTTACGATTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAA-TCCTCTTCTTCT-TTTA--CT
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACT-ATTTTTTTCTATTTAGTTT
* ** * * *
5249 AATTA-GTTTAATT-ACCTAACTATTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAAC
65 AATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCTCCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAAC
* * *
5312 TAATCCTCTTCTTCTTTTACAAATTAGTTTAATTACCTAACTA-T
130 TAA--CTTTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAACTATT
* * * *
5356 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAAC-ATCTTCTTCT-TTTA--CTA
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTTTTTCTATTTAGTTTA
* ** * *
5417 ATTA-GTTTAATT-ACCTAACTATTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT
66 ATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCTCCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT
5480 AACTATTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAACTATT
131 AACT-TTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAACTATT
* *
5523 TT-GTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAACTAAACTAACTATTTTTTGTAAAACTATTTA
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTTTT-T----CTATTTA
5587 GTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCTCCTTTTACTA-TTAGTTTAATTACCTAGAATT
61 GTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCTCCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATT
* *
5651 AAACTAACTTTTCTTCTTTTGCTACTTAGTTTAATTACCTAGAACTAACTT
126 AAACTAACTTTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCT--AACT-A-TT
* *
5702 TTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCTTCTTTTGCTACTTA
1 TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTA--T-TT-TTTT-CTATTTA
* *
5767 GTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACT-TTTC-CTCTTTTACTACTTAGTTTAATTTCCTAGAAT
61 GTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCTC-CTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAAT
5830 TAAACTAACATTTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACC
125 TAAACTAAC-TTTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACC
5871 CAGAATTAAA
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 28, Indels: 39
0.87 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 71 0.15
167 88 0.19
168 42 0.09
172 2 0.00
173 4 0.01
175 35 0.08
176 35 0.08
177 26 0.06
178 2 0.00
179 17 0.04
180 101 0.22
181 29 0.06
182 1 0.00
183 3 0.01
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (172 bp):
TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTTTTTCTATTTAGTTTA
ATTACCTAGAATTAAACTAACTATTTCTCCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT
AACTTTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAACTATT
Found at i:9389 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 9331--9399 Score: 95
Period size: 26 Copynumber: 2.6 Consensus size: 27
9321 CCAGCAATCT
* * **
9331 TGACCTAAATGCCCCTGAGGCGGAAAA
1 TGACCAAAATGCCCCTAAGGCAAAAAA
9358 TGACCAAAATGCCCCTAAGG-AAAAAA
1 TGACCAAAATGCCCCTAAGGCAAAAAA
9384 TGACCAAAATGCCCCT
1 TGACCAAAATGCCCCT
9400 GGTAATTTCT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 1
0.88 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
26 20 0.53
27 18 0.47
ACGTcount: A:0.39, C:0.28, G:0.19, T:0.14
Consensus pattern (27 bp):
TGACCAAAATGCCCCTAAGGCAAAAAA
Found at i:9733 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 9709--9747 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
9699 GTAATGATAG
*
9709 GATGC-ACATGATTTGACAT
1 GATGCAACATGATGTGACAT
9728 GATGCAACATGATGTGACAT
1 GATGCAACATGATGTGACAT
9748 AATTTCTTAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.28
20 13 0.72
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
GATGCAACATGATGTGACAT
Done.