Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023705.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23738, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4813
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.18, T:0.36
Found at i:2241 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 2209--2258 Score: 93
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
2199 TAACTCATAT
2209 AAAAATGATATAGAAAGATT-GTCAA
1 AAAAATGATATAGAAAGATTAGTCAA
2234 AAAAATGATATAGAAAGATTAGTCA
1 AAAAATGATATAGAAAGATTAGTCA
2259 TTTTGCGAAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 20 0.83
26 4 0.17
ACGTcount: A:0.56, C:0.04, G:0.16, T:0.24
Consensus pattern (26 bp):
AAAAATGATATAGAAAGATTAGTCAA
Found at i:3811 original size:199 final size:199
Alignment explanation
Indices: 3471--4150 Score: 1082
Period size: 199 Copynumber: 3.4 Consensus size: 199
3461 AAGAAGACCG
* *
3471 AAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACCATACAACC-TCAG
1 AAATTTACACTGACAGTGAATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATAC-ACCGTCAG
* * * *
3535 TAGAGTTTAGCAGACCGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGACCCCTTAGGAAATATGTA
65 TGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTA
3600 TTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACCTCTTAACCCGCTTATGGA
130 TTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACCTCTTAACCCGCTTATGGA
3665 GTCTA
195 GTCTA
3670 AAATTTACACTGACAGTGAATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGT
1 AAATTTACACTGACAGTGAATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGT
* *
3735 GGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGATCGACATGTGTCCCC-TAGGGGAATATGTA
66 GGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTA-GGGAATATGTA
* * * *
3799 TTAATATTAAATATATTTACTTAATTATGGAATGGAGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATG
130 TTAATATT-AA-ATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACCTCTTAACCCGCTTATG
*
3864 GAGTCCA
193 GAGTCTA
* * *
3871 AAATTTACATTGACAATGTATTGTATAATAATCCTATAA-AAAAATTATACAATACACCGTCAGT
1 AAATTTACACTGACAGTGAATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGT
* *
3935 GGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGGGTTTTAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTA-
66 GGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTAT
* *
3999 T-ATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACCTCTTAACCCACTTATGGAA
131 TAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACCTCTTAACCCGCTTATGGAG
4063 TCTA
196 TCTA
* *
4067 AAATTTACACTGACAGTGAATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAAGTATACAATACACCGTTAGT
1 AAATTTACACTGACAGTGAATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGT
*
4132 GGAGTTTAGTAGACTGCAC
66 GGAGTTTAGCAGACTGCAC
4151 TTGTAAGACC
Statistics
Matches: 442, Mismatches: 33, Indels: 14
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
196 89 0.20
197 43 0.10
198 10 0.02
199 123 0.28
200 84 0.19
201 93 0.21
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (199 bp):
AAATTTACACTGACAGTGAATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGT
GGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTAT
TAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACCTCTTAACCCGCTTATGGAG
TCTA
Done.