Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01002381.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig02381, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1735
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34


Found at i:668 original size:90 final size:89

Alignment explanation


    Indices: 556--733  Score: 302
    Period size: 90  Copynumber: 2.0  Consensus size: 89

        546 ATATCTAAAA

                                              **                             
        556 TGTCCTTTTTAATTTTAAATATTATCAATAACTTTTAAGATTTAATATGTAATTTTATTTATCAA
          1 TGTCCTTTTTAATTTTAAATATTATCAATAACTTAAAAGATTTAATATGTAATTTTATTTATCAA

                                    
        621 TTAAATTAAGAATTATATATCATG
         66 TTAAATTAAGAATTATATATCATG

                                                    *                        
        645 TGTCCTTTTTAATTTTTAAATATTATCAATAACTTAAAAGGTTTAATATGTAATTTTATTTATCA
          1 TGTCCTTTTTAA-TTTTAAATATTATCAATAACTTAAAAGATTTAATATGTAATTTTATTTATCA

                       *     *      
        710 ATTAAATTAAGGATTATTTATCAT
         65 ATTAAATTAAGAATTATATATCAT

        734 ATTCATGTGT


Statistics
Matches: 83,  Mismatches: 5, Indels: 1
        0.93            0.06        0.01

Matches are distributed among these distances:
  89   12  0.14
  90   71  0.86

ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.06, T:0.49


Consensus pattern (89 bp):   
TGTCCTTTTTAATTTTAAATATTATCAATAACTTAAAAGATTTAATATGTAATTTTATTTATCAA
TTAAATTAAGAATTATATATCATG
Done.