Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023838.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23871, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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3133 AAACCTAAAA
* * *
3143 ATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAATTTGTAACTCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCT-TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
* * * * *
3208 GATATTTCAAGGAGCCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAATAGAGCCGGGACCCCGAAACACGTTT
65 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAACTA-AGTCGGG-CCCTGAAACACGTTT
* * **
3273 TTAGCCCAAAAACCGTGATGG----TACACGATTTCGGCT-AAAAACTGACCCGAATTTTTTTTC
128 TTAG-CCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGTTCAAAAACTGACCCAAAAATTTTTT-
* * * * * *
3333 CCTGAATTGTTTGCCATAATACT-TAGAAAGAAAATATAATTCAACGCCAAAAATATTGACGGGC
191 CCTAAATTTTTTGCCACAATACTCTAGAAA-AATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG-
* * * * * * *
3397 TTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCTATTCATTTCTGAATTAAATTCTGATTAAATCGATATAA
254 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATT-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA-ACAA
* * *
3462 GATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT-AGGATTTGGTTCTATGAATA
317 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA-GATTTGATTCGATGAATA
* * * * * *
3526 TAAATATTTCAGGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGAGGCCTCAAAAGGCGT
381 TAGATATTTCAAGGAGTCTTCACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCTCGAAACGCGT
* * * * * **
3591 TTTTAGAC-AAAAACCGTCATGG-TA--A-ACGATGTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTAAGTCG
446 TTTTAGACAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCG
* ** * *
3651 AAAATTTTTTCCTCAATTCTCCG-CCACAATACGCAGAAAAAATGTATAATTCAACGCCAAAAAA
511 AAAA-TTTTTCCTCAATTTTTTGTCC-CAATACTC--AAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAA
* * * * * * * *** *
3715 CTTAAAGGGTTTTTCAGGGTTTTAATATCGCTTTTCCATTTTTTTACGAATTTATAAATTATTAA
571 ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
* *
3780 TTTGAAACAAG
636 ATCGAAACAAG
* * * *
3791 TTTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATCTGGTTATATGAATATA
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT-CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
* * *
3856 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAACACTAAGTCGAGGCGCTGAAACGCGTTT
65 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAA-ACTAAGTCG-GGCCCTGAAACACGTTT
* * *
3921 TCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAATACATGATTTCGGTT-AAAAACTGACCCAAAAATTTTTTTT
128 TTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGTTCAAAAACTGACCCAAAAA--TTTTTT
*
3985 CTTAAATTTTTTGCCACAATACTCTA-AAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGT
191 CCTAAATTTTTTGCCACAATACTCTAGAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGT
*
4049 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCACTTCTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACAAGA
255 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACAAGA
* * * * *
4114 TTCAGATACTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTG-GGTTTGATTCGATGGATATAG
319 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATGAATATAG
* * *
4178 ATATTTCAAGGAGTCTTCACGCCAAAAATCATGCAAAAGTGAGCCGAGGCCTCGGAACGCGTTTT
384 ATATTTCAAGGAGTCTTCACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCTCGAAACGCGTTTT
* *
4243 TAGACAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAAGCCGAGA
449 TAGACAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGA-A
*
4308 AATTTTTCCTCAATTTTTTGTCCCAATACTCAAAAAATATACAATTCAACGTCAAAAAAACTTGA
513 AATTTTTCCTCAATTTTTTGTCCCAATACTCAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAAA-TTGA
* * * *
4373 AGGGTTTTTCAAGGTTTTAATATCGTTTTTCAAATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCG
576 AGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTC-CATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
4438 AAACAAG
640 AAACAAG
*
4445 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATGTA
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT-CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
* * * *
4510 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAACACTGAGTTGAGGCCCTGAAACGCGTTT
65 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAA-ACTAAGTCG-GGCCCTGAAACACGTTT
* * * * *
4575 TTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAATACATGATTTCGG-T-AAAAACTAACCCGAAAATTTTTTTC
128 TTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGTTCAAAAACTGACCCAAAAATTTTTTCC
* * * * **
4638 TTAATTTTTTGGCACAATACTCT-GAAAAAATATTTAATTCAACTCCAAAAAGATTGAATGATTT
193 TAAATTTTTTGCCACAATACTCTAG-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAA-GGGTT
* * * * * * *
4702 TTCATGCCTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCCGAAAT-ATGTTTTAATTAAATCAAAACAAA
256 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCGAATTAAT-TTCTAATTAAATC-GAACAAG
* ** *
4766 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGCTATTTGGTTAC-ATGAATAT
318 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATT-CGATGAATAT
** * * * * * *
4830 AGATATTTTTAGAAGTCTTTCTC-CCTAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCC-CTGAAACTCA
382 AGATATTTCAAGGAGTC-TTCACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCTC-GAAACGCG
* * * * *
4893 TTTTTAGCCAAAAAAAACCGTGATGGTTAGTGCATGATTTCGGCTTAAATTTTGCAAAAAACTGA
445 TTTTTAG--ACAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAACTGA
* * ** * *
4958 CCCAAAAAATTATTCCTTTATTTTTTTTGCCACAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCA
507 CCC-GAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGT-CC-CAATACTC--AAAAAATATATAATTCAACG-CA
* * * * * * *
5023 AAAATATTGACGGGTTTTTCACGCTTCTAATATTG-TTTTCCCTTTTTTTTCAAATTAATTTCTA
566 AAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTA
*
5087 ATTAAATCGTAACAAG
631 ATTAAATCGAAACAAG
* * * *
5103 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTTTAAATTCAATGTGGATGAGACTT-GTTACGATGAATATA
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTA-GATGAATATA
* * * * * ** * *
5167 GATATTTCAAGGAGTGTTTACGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTGGCATTGGAACATGTTT
65 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAA-CTAAGTCG-GGCCCTGAAACACGTTT
* * * * * *
5232 TTAGCCATAAACCGTTATTGGTTAATACATGATTTCTGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCTAG
128 TTAGCCAAAAACCGTGA-TGGTTAATACACGATTTC-G-------GTT-C-AAAAACTGACCCAA
* * * * * *
5297 AAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCATAATACTC-AGAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAAA
182 AAATTTTTTCCTAAATTTTTTGCCACAATACTCTAG-AAAAATATATAATTCAACGC-CAAAAAG
* * * * * *
5361 ATTGACGTGTTTCTCACGCTTCTAACATTGTTCTTCCATTTTTTCCCGAAATT-ATTTCTAATAA
245 ATTGAAGGGTTT-TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTT-CCG-AATTAATTTCTAATTA
* * * *
5425 AATCCAAAGAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
307 AAT-CGAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGAT
* * *
5490 TAC-ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTAT-ATTG-CAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGT
371 T-CGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT-TCA-CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGG
* * * ** ** *
5552 AC-CGAAAACGCGATTTTAGCCAAAAATAGTGATGATTATTAGTACACGATTTCGGCTAACATTT
433 CCTCG-AAACGCGTTTTTAGACAAAAA-A-CCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT
* * * ** *
5616 TCCAGAAAA-TGACCAGAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATATATAT
495 TGCA-AAAACTGACCCG-AAAATTTTTCCTCAATTTTTTGTC-CCAATACTCA--AAAAATATAT
* ** ** * * ** *
5679 AATTTAACGCCAAAAAGGTTGGTGGATTTTTCACGCTTTTCATATTATTTTT-CATATTTTTTCT
555 AATTCAACG-CAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCAT-TTTTTTCC
* *
5743 GAATTAATTTCTAATTAAATTGAACCAAG
618 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * * ** *
5772 ATTCAGATGCTCGTGAAAACAAATCCCTATTAATGCAATGTGATTGAGA-TTGGATTAGATGGAT
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT--CT-TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG-TTAGATGAAT
* * ** * * * * *
5836 ATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATACAAAACTAACTTGGG--GTGGAACACGT
62 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGC-AAACTAAGTCGGGCCCTGAAACACGT
* * * * *
5899 TTTTAGCCAAAAACCGTGA-GTATTATTACACGATTTTGGCTAACATTTTGCAAAAATTGATCCA
126 TTTTAGCCAAAAACCGTGATG-GTTAATACACGATTTCGG--------TT-CAAAAACTGACCCA
** * * * * *
5963 AAAA-TACTTCCTCAATTTTTTTGGCAAAAATACTCATA-AAAAATATATAATTCAATGTCAAAA
181 AAAATTTTTTCCT-AAATTTTTT-GCCACAATACTC-TAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * * *
6026 ATATTGAAGGGTTTTTTTATGC-TCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAAT
243 AGATTGAAGGG--TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC-ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAAT
* *
6090 TAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTCAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
305 TAAATCG-AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
** ** * *
6155 ATAAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGACTCG-GGC
369 ATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGC
* * ** * * *
6219 ACT-GGAACGCATTTTT-GACAAAAAAAAATCG-T-GATCGTACACGATTTCGGCTAATATTTTG
434 -CTCGAAACGCGTTTTTAGACAAAAAACCAT-GATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
* * * * * *
6280 TAAAAATTGACCCGTAATATTTTTTCTCAATTTTTAGTCACAATACTCATTAAAAATATATAATT
497 CAAAAACTGACCCG-AAAATTTTTCCTCAATTTTTTGTCCCAATACTCA--AAAAATATATAATT
* * ***
6345 CAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTCCCAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCGAAT
559 CAAC-GCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCC-ATTTTTTTCCGAAT
* * *
6410 TAATTTCTAATTAATTCAAAACATG
622 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * * *
6435 ATTCAGATG--C-T---------TGTTAAA-AC-AT-TGACTGAGATTTGGTTAGATGAATACAG
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
*** * *
6485 ATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAA-TCGGGCCCTGGAACGCGTTTT
66 ATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGC-AAACT-AAGTCGGGCCCTGAAACACGTTTT
* * * * *
6549 TAGACAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAG
129 TAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGG--------TT-CAAAAACTGACCC-AAAA
* * * * * * *
6614 A-TATTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTC-ATAAAAA-ATATAATTAAACACCAAAAAGATTA
184 ATTTTTTCCTAAATTTTTTGCCACAATACTCTAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG
* * * * * * *
6676 AAGGGCTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTTAATT
249 AAGGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CA-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAA-TTAAATC
* * * * * ** * * *
6741 GAAACAAGATTGAGATGCTTGTAAAAATAAATCCTTAAATGCTATGTAACTAAGATTTTATTAGA
311 G-AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGA
* * * *
6806 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTC-TCAGCGTCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGACCCCAA
375 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCA-CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCTCGA
* * *
6870 AACGCGTGTTTAG-CCAAAAACCGTGATG
439 AACGCGTTTTTAGACAAAAAACCATGATG
6898 AATATAGATA
Statistics
Matches: 2554, Mismatches: 428, Indels: 251
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
642 6 0.00
643 15 0.01
644 46 0.02
645 174 0.07
646 37 0.01
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648 124 0.05
649 85 0.03
650 55 0.02
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664 4 0.00
665 7 0.00
666 24 0.01
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670 90 0.04
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673 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (646 bp):
ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
ATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGCAAACTAAGTCGGGCCCTGAAACACGTTTTTA
GCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGTTCAAAAACTGACCCAAAAATTTTTTCCTAA
ATTTTTTGCCACAATACTCTAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTCAC
GCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACAAGATTCAGAT
GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTC
AAGGAGTCTTCACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGACAA
AAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTC
CTCAATTTTTTGTCCCAATACTCAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTC
ACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
Found at i:4486 original size:332 final size:330
Alignment explanation
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Period size: 332 Copynumber: 11.5 Consensus size: 330
3133 AAACCTAAAA
* * * *
3143 ATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAAT-TTGTAACTCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT-TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAT
* * * *
3207 AGATATTTCAAGGAGCCTTT-CTGCCAAAAATCATGCAAAA-TAGAGCCG-GGACCCCGAAACAC
65 AGATATTTCAAGGAGTCTTTAC-GCCAAAAATCATGCAAAACT-GAGTCGAGG-CCTCGAAACGC
3269 GTTTTTAGCCCAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTCGGC--------T--AAAAACTGACC
127 GTTTTTAG-CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACC
** * * * *
3320 CGAATTTTTTTTCCCTGAATTGTTTGCCATAATACTTAGAAAGAAA-ATATAATTCAACGCCAAA
191 CGAA-AATTTTT-CCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-AAA-AAATATATAATTCAACGCCAAA
* * * * * ** * * *
3384 AATATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCTATTCATTTCTGAATTAAATTCTGAT
252 AAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAAT
* *
3449 TAAATCGATATAAG
317 TAAATCGAAACAAG
* * **
3463 ATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT-AGGATTTGGTTCTATGAATAT
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA-GATTTGATTAGATGAATAT
* * * * *
3527 AAATATTTCAGGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGAGGCCTCAAAAGGCGTT
65 AGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCTCGAAACGCGTT
* * * * * **
3592 TTTAGACAAAAACCGTCATGG-TA--A-ACGATGTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTAAGTCGAA
130 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAA
* ** * * *
3653 AATTTTTTCCTCAATTCTCCGCCACAATACGCAGAAAAAATGTATAATTCAACGCCAAAAAACTT
195 AA-TTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATT
* * * * * * * *** * * *
3718 AAAGGGTTTTTCAGGGTTTTAATATCGCTTTTCCATTTTTTTACGAATTTATAAATTATTAATTT
258 GAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
3783 GAAACAAG
323 GAAACAAG
* * * * *
3791 TTTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATCTGGTTATATGAATATA
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATA
* * * *
3856 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAACACTAAGTCGAGGCGCT-GAAACGCGTT
66 GATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGC-CTCGAAACGCGTT
* * * * *
3920 TTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAATACATGATTTCGG--------TT--AAAAACTGACCCAAA
130 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAA
* * * *
3975 AATTTTTTTTCTTAAATTTTTTGCCACAATACTCTAAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
195 AA---TTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTC-AAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAA
* *
4040 TTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCACTTCTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
256 TTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
4104 TCG-AACAAG
321 TCGAAACAAG
* * * * * *
4113 ATTCAGATACTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTG-GGTTTGATTCGATGGATATA
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATA
* * * *
4177 GATATTTCAAGGAGTCTTCACGCCAAAAATCATGCAAAAGTGAGCCGAGGCCTCGGAACGCGTTT
66 GATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCTCGAAACGCGTTT
* * * *
4242 TTAGACAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAAGCCGAG
131 TTAG-CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGA-
* *
4307 AAATTTTTCCTCAATTTTTTGTCC-CAATACTC-AAAAAATATACAATTCAACGTCAAAAAAACT
194 AAATTTTTCCTCAATTTTTTG-CCACAATACTCAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAA-T
* * * * *
4370 TGAAGGGTTTTTCAAGGTTTTAATATCGTTTTTCAAATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAA
257 TGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
4435 TCGAAACAAG
321 TCGAAACAAG
* *
4445 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATGTA
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATA
* * * *
4510 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAACACTGAGTTGAGGCC-CTGAAACGCGTT
66 GATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCTC-GAAACGCGTT
* * * *
4574 TTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAATACATGATTTCGG---------T--AAAAACTAACCCGAA
130 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAA
* * * * * * *
4628 AATTTTTTTCTTAATTTTTTGGCACAATACTCTGAAAAAATATTTAATTCAACTCCAAAAAGATT
195 AA-TTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTC-AAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATT
* * * * * * *
4693 GAATGATTTTTCATGCCTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCCGAAAT-ATGTTTTAATTAAAT
258 GAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAAT-TTCTAATTAAAT
* *
4757 CAAAACAAA
322 CGAAACAAG
* ** * *
4766 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGCTATTTGGTTACATGAATATA
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATA
** * * * * * *
4831 GATATTTTTAGAAGTCTTT-CTCCCTAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCC-CTGAAACTCAT
66 GATATTTCAAGGAGTCTTTAC-GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCTC-GAAACGCGT
* * *
4894 TTTTAGCCAAAAAAAACCGTGATGGTTAGTGCATGATTTCGGCTTAAATTTTGCAAAAAACTGAC
129 TTTTAGCC---AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAACTGAC
* * * * *
4959 CCAAAAAATTATTCCTTTATTTTTTTTGCCACAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAA
190 CC-GAAAATTTTTCC-TCA-ATTTTTTGCCACAATACTCA-AAAAAATATATAATTCAACGCCAA
* * * * * *
5024 AAATATTGACGGGTTTTTCACGCTTCTAATATTG-TTTTCCCTTTTTTTTCAAATTAATTTCTAA
251 AAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAA
*
5088 TTAAATCGTAACAAG
316 TTAAATCGAAACAAG
* * * *
5103 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT-TTTAAATTCAATGTGGATGAGACTTG-TTACGATGAATAT
1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTA-GATGAATAT
* ** * * * * * **
5166 AGATATTTCAAGGAGTGTTTACGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTGGCATTGGAACATGTT
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * *
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** * * *
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* * * * * * *
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** ** * * * ** *
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* *
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* * * ** * *
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* * *** * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * *
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255 ATTGAAGGG-TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAT-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATT
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* * *
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1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATA
** * * * *
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* *** * * * * *
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* * * * * * *
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193 -AAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAA
* *
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256 TTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC-ATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
* * *
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320 ATCGAAACAAG
* * * * *
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1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATA
** * *
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66 GATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCTC-GAAACGCGTT
* * * * *
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130 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAA
* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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66 GATATTTCAAGGAGTCTTTA-CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCTCGAAACGCGTT
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ACAAG
Found at i:4783 original size:321 final size:322
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* *
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322 G
* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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*
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * *
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1 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTA-GATGAATAT
* * ** * * ** * **
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* * * * *
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* * * * *
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184 A-AAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTCAACGC-CAAAAA
* * * * * * * * *
5360 AATTGACGTGTTTCTCACGCTTCTAACATTGTTCTTCCATTTTTTCCCGAAATTATTTCTAATAA
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* *
5425 AATCCAAAGAAG
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* *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* ** * * * ** *
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* *
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* * * ** *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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*** * * * * *
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* *
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* * *
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309 TAAATCGAAACAAG
* * * *
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*** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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*
6738 ATTGAAACAAG
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* * * * * ** * **
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* * **
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*
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TTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGTTAAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCC
TCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
Found at i:7608 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 7584--7613 Score: 53
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
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Consensus pattern (14 bp):
AATTATAATATTAT
Found at i:14519 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 14512--14548 Score: 74
Period size: 2 Copynumber: 18.5 Consensus size: 2
14502 GGCTTTGAAT
14512 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
14549 TATGAGTATT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 35 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:15135 original size:332 final size:327
Alignment explanation
Indices: 14595--16849 Score: 1901
Period size: 332 Copynumber: 6.9 Consensus size: 327
14585 TATGGTCAGT
* * * * * * * *
14595 TTTTACCCGAAATCGGGTACTAACCCTCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGG-GACTCGAC
1 TTTTAGCCGAAATC-GTTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGC
*** * * * * ** * * *
14659 TTTGTATTGCATGGCTTTTGGCGTAAGGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAAACAAATCTC
65 TCAATTTTGCAT-GATTTTTGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
* * * *
14724 AGCCACATTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACAAGCATCGGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAA
129 AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * * * * * *
14789 TAAATTCAGAAAAAAAAGGAAAACTATCTTAGAAGCATGAAAACCCCTTCAATTCTTTTGGCGTT
194 TTAATTCGGAAAAAAATGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTCTTTTGGCGTT
*
14854 GAATTATATATTTTTTCTGAATATTCTGGCAAAAAATTGAGGGAAATA-TTTTCAGGTCAGTTTT
259 GAATTATATATTTTTTCTGAATATT-TGGCAAAAAATTGA-GGAAA-ACTTTTCGGGTCAGTTTT
*
14918 GGCAAAA
321 TGCAAAA
* ** * * * *
14925 CTTTAGCTAAAATCGTCTGCTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGAGCCTCGGC
1 TTTTAGCCGAAATCGT-TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGC
* * * * *
14990 TCATTTTTGCATGGTTTTTGACGCAAAAACTCCTTGAAATAACTAGATTCATCGAACCAGATCTC
65 TCAATTTTGCATGATTTTTG-CGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
* * * * *
15055 AGCCACATTGCATATAAGGGTTTTTTTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAA
129 AGCCACATTGGATTTAA-GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * *
15120 ATTCATTCGG-AAAAAATGGAAAAATC-ATATTAGAAGCATG-AAAAGCCTGTCAA-TCTTTTTG
193 ATTAATTCGGAAAAAAATGG-AAAA-CGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT-TCAATTC-TTTTG
* * * * * * * *
15181 ACATTAAATTATATATGTTTTCTAAATATTTTGCAAATAAATTGTGAAAAAACTTTTCGGGTCAG
254 GCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAATATTTGGCAAA-AAATTGAG-GAAAACTTTTCGGGTCAG
15246 ----T------
317 TTTTTGCAAAA
* ** * * *
15247 TTTTAGCCAAAATCGTGTA-T--GTATCACGGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTTCGG-GACCCGGC
1 TTTTAGCCGAAATCGT-TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGC
* * ** * * *
15308 TTAGTTTTGCATGAGCTTTG-GCAGAAAGACTCCGTGGAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
65 TCAATTTTGCATGATTTTTGCGCA-AAA-ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
* * * *
15372 CAGCAACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATGT-AAGTCTTGTTTCGATTTAATTATA
128 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAA-TCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * *
15436 AATAAATTCGAGAAAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTT
192 AATTAATTCG-G--AAAAAAATGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA----TTCT
* * * * * *
15501 TTTTGCATTGAATTAAATACTTTTTATGAGTATTGTGG-AAAAAGATTGAGGAAAAACTTTTCGG
250 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAATATT-TGGCAAAAA-ATTGAGG-AAAACTTTTCGG
15565 GTCAGTTTTTGCAAAA
312 GTCAGTTTTTGCAAAA
* * *
15581 TTTTAGCCGAAA----T-C--A-CATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGG-GGCCCGTCT
1 TTTTAGCCGAAATCGTTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCT
* ** * * * * * *
15637 CAATTTTGCATAATTTTTTTTTTGTAAAGACTTCTTAAAATATCTATATTCATTGAACCAAATCC
66 CAATTTTGCATGA---TTTTTGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
* * *
15702 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC-ATGTATCCT-ATTCTTGTTTCAATTTAATTAG
128 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA-GCAT-CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* * *
15765 AAATTAATTCGGAAAAAAACTGGAAAAAAGATATTAGAAGCGTAAAAAACCCTTC-ATTTTTTTG
191 AAATTAATTCGGAAAAAAA-TGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTCTTTTG
* * * * *
15829 GCGTTGAATTACATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGGAAAATTTTTCTGGTCAT
254 GCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAATATT-TGGCAAAAAATTGA-GGAAAACTTTTCGGGTCAG
15894 TTTTTGCAAAA
317 TTTTTGCAAAA
* ** * * *
15905 -TTTAGCCGAAATTGTGTTTTAACCATCACGTTTTTTTGGCTAAAAACGCTTTCCAGAGCCCCGG
1 TTTTAGCCGAAATCGT-TACTAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGG
* * * * *
15969 CTTAATTTTGCATGATTTTTAGCGCAAAGACGCCTTGAAATATCTTTATTCATCAAACCAAATCT
64 CTCAATTTTGCATGATTTTT-GCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
* * * * *
16034 GAGCCACATTGGATATAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAA
128 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * * * * * * *
16099 ATTAATTCCGAAAAAACTGGAAAAATGATACTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAA-ACTTTTTGGT
193 ATTAATTCGGAAAAAAATGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTC-TTTTGGC
* * *
16163 ATTGAATTATGTATTTTTTCTGAATATTTTGC---AAA---A--AAAA--TTTC-GG--A----T
256 GTTGAATTATATATTTTTTCTGAATATTTGGCAAAAAATTGAGGAAAACTTTTCGGGTCAGTTTT
16211 T----AA
321 TGCAAAA
* * ** * * *
16214 TTTGTAACCGAAATGGTGTACTAAATATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTTCGGGGCCCCGG
1 TTT-TAGCCGAAATCGT-TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGG
* * *
16279 CTCAGTTTTGCATGATTTTTG-GCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATT
64 CTCAATTTTGCATGATTTTTGCGCA-AAA-ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATC
* *
16343 TCAGCCACAATGGATTTATA-GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGCTTCGATTTAATT-G
127 TCAGCCACATTGGATTTA-AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
*
16406 AAAATAAATTCTGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATT-TTTT
191 -AAATTAATTC-GGAAAAAAATGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTCTTTT
** * * ** *
16470 GATGTTAAATTATTTATTTTATT-TGAGGACTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAACTTTTCGGGTC
253 GGCGTTGAATTATATATTTT-TTCTGAATA-TTTGGC-AAAAAATTGAGGAAAACTTTTCGGGTC
16534 AGTTTTTGCAAAA
315 AGTTTTTGCAAAA
* ** * *
16547 TTTTAGCCGAAATGGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAACGTTACGGAGCCCCGAC
1 TTTTAGCCGAAATCGT-TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGC
* * *
16612 TCAATTTTGCATAATTTTTGGCGCAAAGACTTCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
65 TCAATTTTGCATGATTTTT-GCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
* * * * ** *
16677 AGCCACATTGGATATAAGAATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTTTTTTTATTTCATTAGAAA
129 AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * * *
16742 TTAATTCGG--AAAAATGGAAAAACGATATAAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAGTAT-TTTTGGCG
194 TTAATTCGGAAAAAAATGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAAT-TCTTTTGGCG
* * *
16804 TAGAATTATATA-ATTTTCTGAATATGTT-GCAAAAAATTGAGAAAAA
257 TTGAATTATATATTTTTTCTGAATAT-TTGGCAAAAAATTGAGGAAAA
16850 AAACTTTTCG
Statistics
Matches: 1553, Mismatches: 267, Indels: 213
0.76 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
308 3 0.00
309 5 0.00
310 165 0.11
311 69 0.04
313 2 0.00
315 3 0.00
316 5 0.00
317 50 0.03
318 67 0.04
319 30 0.02
320 29 0.02
321 16 0.01
322 23 0.01
323 15 0.01
324 118 0.08
325 12 0.01
327 22 0.01
328 58 0.04
329 81 0.05
330 155 0.10
331 138 0.09
332 423 0.27
333 32 0.02
334 32 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (327 bp):
TTTTAGCCGAAATCGTTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCT
CAATTTTGCATGATTTTTGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAG
CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
AATTCGGAAAAAAATGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTCTTTTGGCGTTGA
ATTATATATTTTTTCTGAATATTTGGCAAAAAATTGAGGAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
AA
Done.