Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023839.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23872, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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3022 TTTGTTTCAT
* * * *
3032 ATTTTTT--GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTTAAATACTCGTAAAAACAAATCCT
1 ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* ** * * * ***
3095 TAAATCCAATATACCTGAAACTTGATTAGAT-AATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAA
66 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAA
* * * * * * * * * *
3159 AATCATACAAAATTGAGTC-AGG-ACTCGGAACACATTTTTAGGCAAAAACCTTGACGG-TA-AA
131 AATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCT-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
* * * *** * * * * * * *
3220 AATGATTACATATTATTAATTACTATTACACCAAAGA-TTTTTCGTC-ATTTTTTGGCAAAAATA
195 CACGATTTC-GGCTA--AA-AAC--TGACTCGAAA-ATTTTTTCCTCAATTTTTT-GCCACAATA
* * ** * *
3283 CTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAA-GACTTTTCAGGCTTTTAATATCGT
252 CTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT-GAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGT
*
3347 TTTTCAT
316 TTTTC-C
* * * * *
3354 ATTTTTTCTGGATTAATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAACCAAATCCT
1 ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* ** * *** *
3419 TAAATCCAATGTTGCTGAGATTTAATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGGCAAA
66 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAA
* * * * * * ** * *
3484 AATCATGCAAAACAGAGTCGTGGCCCCGGAACGCTTTTTTAGTCAAAAACTATTATTGTTAGTAC
131 AATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
* * * * * *
3549 ACAATTTCAGCTAAAAACTGA-TCCAAAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGTCACAATACACAGAA
196 ACGATTTCGGCTAAAAACTGACT-C-GAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAA
* * * * *
3613 AAAATTTATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACACTTCTAATATCATTTTTCC
259 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
* * * *
3676 TTTTTTTCAGAATTATTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAAT-CT
1 ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* *
3740 GTAACTCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTT-CTGCCA
66 -TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAC-GCCA
* * * *
3804 AAAATCATGCAAAACAGAGCCG-GGACCTCGAAACACGTTTTTAGCCCAAAAACCGTGAT-G---
129 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCT-GAAACGCGTTTTTAG-CCAAAAACCGTGATGGTTA
* * * * * * *
3864 GTACACGATTTCGGTTAAAAACTAACCCG--AATTTTTTCCCTGAATTGTTTGCCATAATACTTA
192 GTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACTCGAAAATTTTTT-CCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA
* * * *
3927 GAAAGAAA-ATATAATTCAACGCCAAAAATATTGACGGGGTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTT
256 GAAA-AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT
3991 -C
320 CC
* * *
3992 ATTTATTTCTGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
1 ATTT-TTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * *
4057 TTAAATCCAATGTAGCTG-GAATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAGGGAGTCTTTACGCCA
65 TTAAATCCAATGTGGCTGAG-ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCA
* * * * * * *
4121 AAAATCATTCAAAAGTGAGCCGAGG-CCTCAAAAGGCGTTTTTAGACAAAAACTGTGATGGTAAA
129 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCT-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT---
* * ** * * * * *
4185 CGATGTCGTCTAAAATTT-TGC-AAAAACTAACTCGAAAAATTTTTCCTCAATTCTCTGCCACAA
190 -TA-GT--AC-ACGATTTCGGCTAAAAACTGACTCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAA
* * * * *
4248 TACGCAGAAAAAATGTATAATTCAACGCCAAAAA-ACTTAAAGGGTTTTTCAGGCTTTTAATATC
250 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA-TTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATC
*
4312 GTTTTT-A
314 GTTTTTCC
* * *
4319 ATCTTTTTACGAATTTATTTCTAATTAATTCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCC
1 AT-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* *
4383 TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTATATGAATATAGATA-TTCTAAGGAGTCTTTATGCCA
65 TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC-AAGGAGTCTTTACGCCA
* * * * * *
4447 AAAACCATGCAACACTAAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTGGCCAAAAATCGTGATGGTTAAT
129 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
* * * * *
4512 ACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCCAAAATTTTTTTCTTAATTTTTTGCCACAATACGCTA-A
194 ACACGATTTCGGCTAAAAACTGACTCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTC-AGA
* * **
4576 ATATATATATAATTCATTGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
258 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
* * * * *
4640 ACTTCTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACAAGATTCATATACTCGTAAAAACAAATTC
1 A-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * *
4705 TTAAATCCAATGTGGCTG-GGTTTGATTCGATGGATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAA
65 TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAA
* * * * ** * *
4769 AAATCATGCAAAAGTGAGCCAAGG-CCTCGGAACGTATTTTTAGACAAAAAACTGTGATGGTTAG
130 AAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCT-GAAACGCGTTTTTAG-CCAAAAACCGTGATGGTTAG
* ** * *
4833 TACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTAAGCCGAGAAA-TTTTTCCTCAATTTTCTGTCA
193 TACACGATTTCGGCTAAAA-ACTG-----ACT----CGA-AAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCA
* * * * *
4897 CAATACTCAGAAAAAATATACAATTCAACGCCAAAAA-ACTTG-ATGGTTTTTCAAGATTTTAAT
247 CAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA-TTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAAT
4960 ATCGTTTTTCC
311 ATCGTTTTTCC
* *
4971 AATTTTTTCCGAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
1 -ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * *
5036 TTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATGTAGATATTTCACGGAGTCTTTATGCCAA
65 TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAA
* * *
5101 AAA-CTATGCAACACTTAGTTGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTGTTA
130 AAATC-ATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G-GTTA
* * * * *
5165 ATACATGATTTCGGCTAAAAACTGACTCGAAAATTTTTTTTCTTAATTTTTTGCCACAATACTCT
192 GTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACTCGAAAA-TTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA
* *
5230 G-AAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC
256 GAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC
5294 C
321 C
* * * * *
5295 ATTTTTTCCGACA-TAATTTTTAATTAAATCAAAATAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTC
1 ATTTTTTCCGA-ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
** * ** * *
5359 TTAAATCCAATGTGGCTGCTATTTGGTTACATGAATATAGATATTTTTAGGAGTCTTT-CTCCCT
65 TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAC-GCCA
* * *
5423 AAAATCATGCAAAATTGAGTCGTGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAACCATGATGGT
129 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCC----AAAAACCGTGATGGT
* * * * * * *
5488 TAGTGCATGATTTCGGCTTAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATTATTT-ATTAATTTTTT
190 TAGTACACGATTTCGGC--------T---AAAAACTGACTC-GAAAATTTTTTCCTCAA---TTT
* * * *
5552 TTTGCCACAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGACGGGTTTTTCACGCT
240 TTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCT
* *
5617 TCTAATATTG-TTGTCC
305 TCTAATATCGTTTTTCC
* * * *
5633 CTTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTT
1 ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* * * * *
5698 TAAATTCAATGTGGATGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTTTGCGCCAAA
66 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAA
** * * ** * ** * * **
5763 AATCATGCAAATTTGAGCCGTGGCATTGGAACATGTTTTTAGCCATAAACCGTTATTGGTTAACA
131 AATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA-TGGTTAGTA
* *
5828 CATGATTTCTGCTAAAAA
195 CACGATTTCGGCTAAAAA
5846 TTTGCAAAAA
Statistics
Matches: 2036, Mismatches: 353, Indels: 204
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
316 25 0.01
317 214 0.11
318 13 0.01
319 25 0.01
320 95 0.05
321 124 0.06
322 218 0.11
323 260 0.13
324 145 0.07
325 71 0.03
326 145 0.07
327 145 0.07
328 22 0.01
331 116 0.06
332 122 0.06
333 28 0.01
334 8 0.00
335 21 0.01
336 16 0.01
337 5 0.00
338 166 0.08
339 52 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (321 bp):
ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAA
AATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
ACGATTTCGGCTAAAAACTGACTCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAA
AATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
Found at i:6233 original size:400 final size:402
Alignment explanation
Indices: 5491--6258 Score: 1405
Period size: 400 Copynumber: 1.9 Consensus size: 402
5481 TGATGGTTAG
* *
5491 TGCATGATTTCGGCTTAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATTATTTATTAATTTTTTTTTG
1 TGCATGATTTCGGATTAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATTATTCATTAATTTTTTTTTG
*
5556 CCACAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGACGGGTTTTTCACGCTTCTA
66 CCACAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGACGGGTTTTTCACGCTTCTA
*
5621 ATATTGTTGTCCCTTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
131 ATATTGTTGTCCCTTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTA
5686 AAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGATGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
196 AAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGATGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
* *
5751 GTTTGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTGGCATTGGAACATGTTTTTAGCCATAAACCGT
261 GTTTACGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTGGCATCGGAACATGTTTTTAGCCATAAACCGT
5816 TATTGGTTAACACATGATTTCTGCTAAAAATTTGCAAAAAACTTTTCAAAACGCGTTTCAGGGCC
326 TATTGGTTAACACATGATTTCTGCTAAAAATTTGCAAAAAACTTTTCAAAACGCGTTTCAGGGCC
5881 CCGACTCAGTTT
391 CCGACTCAGTTT
* * *
5893 TGCATGATTTCGGATTAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAATTATTCCTTAA-TTTTTTTTG
1 TGCATGATTTCGGATTAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATTATTCATTAATTTTTTTTTG
5957 CCACAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGACGGGTTTTTCACGCTTCTA
66 CCACAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGACGGGTTTTTCACGCTTCTA
*
6022 ATATTGTTTTCCC-TTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTA
131 ATATTGTTGTCCCTTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTA
6086 AAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGATGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
196 AAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGATGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
*
6151 TTTTACGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTGGCATCGGAACATGTTTTTAGCCATAAACCGT
261 GTTTACGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTGGCATCGGAACATGTTTTTAGCCATAAACCGT
* *
6216 TATTGGTTAATACATGATTTCTGCTAAAATTTTGCAAAAAACT
326 TATTGGTTAACACATGATTTCTGCTAAAAATTTGCAAAAAACT
6259 GACCTAAAAA
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 13, Indels: 2
0.96 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
400 218 0.62
401 85 0.24
402 50 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (402 bp):
TGCATGATTTCGGATTAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATTATTCATTAATTTTTTTTTG
CCACAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGACGGGTTTTTCACGCTTCTA
ATATTGTTGTCCCTTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTA
AAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGATGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
GTTTACGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTGGCATCGGAACATGTTTTTAGCCATAAACCGT
TATTGGTTAACACATGATTTCTGCTAAAAATTTGCAAAAAACTTTTCAAAACGCGTTTCAGGGCC
CCGACTCAGTTT
Found at i:6818 original size:334 final size:331
Alignment explanation
Indices: 5961--7796 Score: 1143
Period size: 335 Copynumber: 5.6 Consensus size: 331
5951 TTTTTGCCAC
* * * *
5961 AATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGACGGG-TTTTTCACGCTTCTAATA
1 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA-GGGATTTTTCATGC-TCTAATA
** *
6025 T--TGTTTTC-CCTTTTTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTA
64 TCAT-TTTTCATATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-
* *
6086 AAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGA-TGAGATTTGGTT-CGATGAATATAGATATTTCAAGGA
127 AAAACAAATCTTTAAATGCAATGT-GACTGAGATTTGGTTAC-ATGAATATAGATATCTCAAGGA
** * * * * ** * * * * * * *
6149 GTTTTTA-CGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTGG-CATCGGAACATGTTTTTAGCCATAAA
190 G-CCTTAGTGTCAAAAACCATACAAAACTGACCCGGGGTCCT-GAAACACGTTTTAAGCCAAAAA
* * * * * * * * * * * * * **
6212 CCGTTATTGGTTAATACATGATTTCTGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCTAAAAAGTTTTTCC
253 CAGTGAGT-ATTAGTACACGATTTCGGCTAACATTTTTCCAAAAATTGACCCAAAAAATACTTCC
* * *
6277 TCAATTTTTGGCCAT
317 TCAATTTTTGACAAA
* * * * *
6292 AATACTCAGAAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAAATTGAAGGG-TTTTTCACGTTTCTAA
1 AATACTCA-TAAAAAATATATAATTCAACGC-CAAAAAGATTG-AGGGATTTTTCATG-CTCTAA
* ** * * * * * *
6356 CATTGTTCTTCCAT-TTTTTCCCGAAATT-ATTTCTAATAAAATCCAAAGAAGATTCAAATGCTC
62 TATCATT-TTTCATATTTTTTCC-AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC
* * *
6419 GTAGAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATTTCAAGG
125 GTA-AAACAAATCTTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATCTCAAGG
* * ** * *
6484 AGCCTATATTG-CAAAAACCATGCAAAACTGAGTC-GAGTGCC-GAAAACGCGATTTT-AGCCAA
189 AGCCT-TAGTGTCAAAAACCATACAAAACTGACCCGGGGT-CCTG-AAACACG-TTTTAAGCCAA
* * **
6545 ATACAGTGATTATTAGTACACGATTTCGGCTAACA-TTTTCCAGAAAA-TGA-CCAGAAAAATTT
250 AAACAGTGAGTATTAGTACACGATTTCGGCTAACATTTTTCCA-AAAATTGACCCA-AAAAATAC
* *
6607 TTCCTCAATTTTTGGCTAA
313 TTCCTCAATTTTTGACAAA
* * * * * * *
6626 AATACTCATGAAATATATATAATTTAACGCCGAAAAGGTTG-GTGGATTTTTCATGCTTTTCATA
1 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAG-GGATTTTTCATGC-TCTAATA
* ** *
6690 TTATTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTGA
64 TCATTTTTCATATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-A
* * *
6755 AAACAAATCCCTATT-AATGCAATGTGACTGAGA-TTGGATTAGATGGATATGGATATCTCAAGG
128 AAACAAAT--CT-TTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGG-TTACATGAATATAGATATCTCAAGG
* * * *
6818 AGTCTTGGTGTCAAAAATCATACAAAACTGACCCGGGGTCCTGGAACACGTTTTAAGCCAAAAAC
189 AGCCTTAGTGTCAAAAACCATACAAAACTGACCCGGGGTCCTGAAACACGTTTTAAGCCAAAAAC
* * * *
6883 CGTGAGTATTATTACACGATTTTGGCTAACATTTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATACTTCCTC
254 AGTGAGTATTAGTACACGATTTCGGCTAACATTTTTCCAAAAATTGACCCAAAAAATACTTCCTC
6948 AATTTTTGACAAA
319 AATTTTTGACAAA
* * * *
6961 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGTTTTTTTATGCTCTAATAT
1 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AGGGATTTTTCATGCTCTAATAT
* * * * *
7026 CGTTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAGATCGAAACAAGATTTAGATCCTCGTAAA
65 CATTTTTCATATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AA
* * * * ** * * *
7091 AACAAATTTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
129 AACAAATCTTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATCTCAAGGAGCCT
* * * * ** * * * * * * * *
7156 TGGCGCCAAAAATCATGTAAAGCTGACTC-GGGCCCTGAAACGCGTTTT-TGACAAAAAAAAAT-
194 TAGTGTCAAAAACCATACAAAACTGACCCGGGGTCCTGAAACACGTTTTAAG-CCAAAAACAGTG
* * * * * * ** *
7218 CGTGA-TCGTACACGATTTCGGCTAATATTTTGT--AAAAATTGACCCGTAATATTTTTTTCTCA
258 AGT-ATTAGTACACGATTTCGGCTAACATTTT-TCCAAAAATTGACCC-AAAAAATACTTCCTCA
* *
7280 ATTTTTAGTC-AC
320 ATTTTT-GACAAA
* * * *
7292 AATACTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCA--TTTCACGCTTCCAAT
1 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AGGG-ATTTTTCATGC-TCTAAT
* * * * * * *
7355 ATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTGTAATTAATTCAAAACATGATTCAGA------T-
63 ATCATTTTTCATATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
* * * * *
7413 --AC---T-TGTTAAA-ACAATG-G-CTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGT
128 AAACAAATCT-TTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATCTCAAGGAGC
* * * * * ** ** * * * *
7469 CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATC-GGACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
192 CTTAGTGTCAAAAACCATACAAAACTGACCCGGGGTCCTGAAACACGTTTTAAGCCAAAAACAGT
* * ** * * * *
7533 GA-TGATTATTACACGATTTCGGTTAA-AACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAA
257 GAGT-ATTAGTACACGATTTCGGCTAACATTTTTCCAAAAATTGACCCAAAAAATACTTCCTCAA
* *
7596 TTTTT-AGCCAC
321 TTTTTGA-CAAA
* * * * *
7607 AATACTCATAAAAAA-ATATAATTAAACACCAAAAAGATTGAAGGG--CTTTCACGCTTTTAATA
1 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AGGGATTTTTCATGC-TCTAATA
* ** * *
7669 TCATTTTTCATATTAATTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTTGTA
64 TCATTTTTCATATT-TTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-
* * * * ** * *
7734 AAAATAAATCTTTAAATGCTATGTAACTAAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
127 AAAACAAATCTTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATCTCAAGGA
7797 TTCTCAGCGC
Statistics
Matches: 1218, Mismatches: 211, Indels: 153
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
313 26 0.02
314 66 0.05
315 125 0.10
316 31 0.03
317 6 0.00
318 6 0.00
320 1 0.00
321 2 0.00
324 1 0.00
325 1 0.00
327 6 0.00
328 5 0.00
330 52 0.04
331 157 0.13
332 119 0.10
333 126 0.10
334 153 0.13
335 177 0.15
336 145 0.12
337 13 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAGGGATTTTTCATGCTCTAATATC
ATTTTTCATATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
CAAATCTTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATCTCAAGGAGCCTTA
GTGTCAAAAACCATACAAAACTGACCCGGGGTCCTGAAACACGTTTTAAGCCAAAAACAGTGAGT
ATTAGTACACGATTTCGGCTAACATTTTTCCAAAAATTGACCCAAAAAATACTTCCTCAATTTTT
GACAAA
Found at i:7072 original size:335 final size:330
Alignment explanation
Indices: 5898--7824 Score: 1667
Period size: 333 Copynumber: 5.8 Consensus size: 330
5888 AGTTTTGCAT
* * *
5898 GATTTCGGATTAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAAAT-TATTCCTTAATTTTTTTTG-CCAC
1 GATTTCGG-CTAAATTTTGC-AAAAATTGACCCAAAAAATAT-TTCCTCAA---TTTTTGACCAC
* * * *
5961 AATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGACGGGTTTTTCACGCTTCTAATAT
60 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATAT
* * *
6026 TG-TTTTCC-CTTTTTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAA
125 CGTTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
* * *
6088 AACAAATCTTTAAATTCAATGTGGA-TGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTT
190 AACAAATCTTTAAATGCAATGT-GACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
** ** * ** * *
6152 TTTACGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGC-CGTGG-CATCGGAACATGTTTTTAGCCATAAACCG
254 TTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-CTCG-GGCCCT-GGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACCG
* * * * *
6215 TTATTGGTTAATACAT
316 TGAGT-ATTAGTACAC
* * * * * * *
6231 GATTTCTGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCTAAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTGGCCATAATA
1 GATTTCGGCT-AAATTTTGC-AAAAATTGACCCAAAAAATATTTCCTCAATTTTTGACCACAATA
* * * * * *
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64 CTCA-TAAAAAATATATAATTCAACGC-CAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCG
* * * * * *
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* * * *
6424 AACAAATCTTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATTTCAAGGAGCCT
190 AACAAATCTTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
*** * * * * *
6489 ATATTG-CAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGTG-CC-GAAAACGCGATTTT-AGCCAAATACA
255 -TGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGACTCG-G-GCCCTG-GAACGCG-TTTTAAGCCAAAAACC
*
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315 GTGAGTATTAGTACAC
* * * * *
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1 GATTTCGGCTAA-ATTTTGCA-AAAATTGACCCA-AAAAATATTTCCTCAATTTTTGACCACAAT
* * * * * ** * * * * **
6629 ACTCATGAAATATATATAATTTAACGCCGAAAAGGTTGGTGGATTTTTCATGCTTTTCATATTAT
63 ACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGT
* ** * *
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128 TTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
* * *
6759 AAATCCCTATT-AATGCAATGTGACTGAGA-TTGGATTAGATGGATATGGATATCTCAAGGAGTC
193 AAAT--CT-TTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGG-TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * * * * *
6822 TTGGTGTCAAAAATCATACAAAACTGACCCGGGGTCCTGGAACACGTTTTAAGCCAAAAACCGTG
254 TTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGACTC-GGGCCCTGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACCGTG
*
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318 AGTATTAGTACAC
* * * *
6900 GATTTTGGCTAACATTTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATACTTCCTCAATTTTTGACAAAAATA
1 GATTTCGGCTAA-A-TTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATATTTCCTCAATTTTTGACCACAATA
* * * *
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64 CTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTTCACGCTTCTAATATCGT
* * *
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128 TTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
* * * * **
7094 AAATTTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTCATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGG
193 AAATCTTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGG
* * * *** *
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258 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGACTCGGGCCCTGGAACGCG-TTTT-A-AGCCAAAAACCGTGAG
*
7222 -A-TCGTACAC
320 TATTAGTACAC
* * * * * * *
7231 GATTTCGGCTAATATTTTGTAAAAATTGACCCGTAATATTTTTTTCTCAATTTTT-AGTCACAAT
1 GATTTCGGCTAA-ATTTTGCAAAAATTGACCC-AAAAAATATTTCCTCAATTTTTGA-CCACAAT
* * ** *
7295 ACTCATTAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCATTTCACGCTTCCAATATCGT
63 ACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGT
* * * * *
7360 TTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTGTAATTAATTCAAAACATGATTCAGA------T----AC
128 TTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
* *
7415 ---T-TGTTAAA-ACAATG-G-CTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTCTTG
193 AAATCT-TTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTG
* * *
7473 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA-TG
257 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGACTCGGGCCCTGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACCGTGAGT-
*
7537 ATTATTACAC
321 ATTAGTACAC
* * * *
7547 GATTTCGGTTAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTT-AGCCACAATA
1 GATTTCGGCT-AAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATATTTCCTCAATTTTTGA-CCACAATA
* * * * *
7611 CTCATAAAAAA-ATATAATTAAACACCAAAAAGATTGAAGGG-CTTTCACGCTTTTAATATCATT
64 CTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTT
* * ** * * *
7674 TTTCATATTAATTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAAT
129 TTTCCTATT-TTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
* * * ** * **
7739 AAATCTTTAAATGCTATGTAACTAAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTCAG
193 AAATCTTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGG
7804 CGCCAAAAATCATGCAAAACT
258 CGCCAAAAATCATGCAAAACT
7825 AAGCCGAGAC
Statistics
Matches: 1297, Mismatches: 231, Indels: 135
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
312 9 0.01
313 26 0.02
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Consensus pattern (330 bp):
GATTTCGGCTAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATATTTCCTCAATTTTTGACCACAATACT
CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
TCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA
TCTTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGC
CAAAAATCATGCAAAACTGACTCGGGCCCTGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACCGTGAGTATTAG
TACAC
Found at i:8556 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 8513--8556 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
8503 TTGTATTTAC
8513 AAAATCTTTACATAACTAAAAT
1 AAAATCTTTACATAACTAAAAT
* *
8535 AAAATGTTT-CATGACTATAAAT
1 AAAATCTTTACATAACTA-AAAT
8557 TATAATATTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.37
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Consensus pattern (22 bp):
AAAATCTTTACATAACTAAAAT
Found at i:8741 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 8702--8744 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
8692 CATAATTAAT
*
8702 AAAAAAAGTTGAATCATCTA
1 AAAAAAAGTTAAATCATCTA
*
8722 AAAAAAAGTTAAATGA-CTA
1 AAAAAAAGTTAAATCATCTA
8741 AAAA
1 AAAA
8745 GAATACTTAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.33
20 14 0.67
ACGTcount: A:0.63, C:0.07, G:0.09, T:0.21
Consensus pattern (20 bp):
AAAAAAAGTTAAATCATCTA
Done.