Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023844.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23877, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
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Found at i:3528 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1525--6235 Score: 5376
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1515 AAATTAATTG
* * * *
1525 TATTAAAAGCTCGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
* * * * *
1590 TAGCGAAAAATTG-GAGAAAAA-TTTTCAGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGA
66 TAGCCAAAAATTGAG-GAAAAATTTTTC-GGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGT
* * * *
1653 ACTAACCACCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCTGACTCAGTTTTGCTGCTTTT
129 ACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCA--------G-TTTT
* * ** * * * *
1718 GCATGAGTTTTGGCGTTGAGACTCCTTG-AATATTTATATTCATCTAATCAAACCTCAGCA-AAT
184 GCATGATTTTTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATT
* * * * * * **
1781 TGCATTTAAGGATTTGCTTATACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTTTAAATTAATTCA
249 TGAATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCA
*
1846 GAAAAATGTGAAAAACGA
314 GAAAAATATGAAAAACGA
* * * * * *
1864 TATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATATTATGATTATCT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
* * * *
1929 TAGCCAAAAATTGAGGAGAATTTTTTTGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTAC
66 TAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTAC
* * * *
1994 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTT
131 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGA--TTTT
* * *
2059 TTCCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCATATCTCAACACATTTGAATTTAAT
194 TTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAAT
*
2124 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
259 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
2189 AAAAACGA
324 AAAAACGA
* * * * * * *
2197 TAATTAAGAGCTGGAAAAGTGCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATCATATATATTTCATGAGTATT
1 T-ATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATT
* * * * * * * *
2262 TTAACTAAAAGTTGAAGAAAAATTTTCCGGGTCATTTTTTGGAAAAATTT-AGCCGAAATC----
65 TTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTT-GCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGT
* * *
2322 A-T---GA-CACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTT
129 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
* ** * * * *
2382 TGGCGATGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCAC-TTTGCATTTAAG
194 TTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAAT
* * * * * *
2446 GATTTGATTGTATGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCAGAAAAATATG
259 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
*
2511 AAAAACGG
324 AAAAACGA
* * * * *
2519 TATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTCGGAGTTAAATTATATATATTATATGACTATTT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
* * * * * * *
2584 TAGCCAAAAACTGAGGAAAAAATTTTCAGGCCATTTTCTGCAAAACTTAAGCTGGAATCTTGTAC
66 TAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTAC
* * * * * * * *
2649 TAACCTTAAAGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTT
131 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTT
2714 GCGCCGTA-ACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTTGAATTTAAT
196 GCGCCG-AGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAG-CACATTTGAATTTAAT
2778 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
259 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
2843 AAAAACGA
324 AAAAACGA
** ** * **
2851 TATTAAAAGCTCAAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCTTTAAATTATATATATTTCATGGGTATTT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
* * * * * * *
2916 TAGCGAAAAATTGAAGAAAAATTTTCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAG-TCGAAATCATGAA
66 TAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCT-GGAATCGTGTA
* * *
2980 CGT---TATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCATTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
130 C-TAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* * ** * * ** *
3042 TTGGGGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAACCTTGGCACA-TTGCATTTAA
193 TTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAA
* * * * * *
3106 GGATTTGTTTGTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCAGAAAAATAA
258 TGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAT
3171 GAAAAACGA
323 GAAAAACGA
* * *
3180 TATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
* * * * * * * *
3245 TAGCCAAAATTTCAGGAGAAATTTTTTGGGCCATTTTCTGCAAAATTTAATCAGGAATCGTGTAC
66 TAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTAC
* * * * * *
3310 TAACCATCACGGTTTTTGGATAAAAACGTGTTTCGGGGC-CCGACTTAGTTTTGCATAATTTTTT
131 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTT
* * * * *
3374 TCACCGTGACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTAATCAAATCTTAGCCACATTTGAATTTAATG
196 GCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAG-CACATTTGAATTTAATG
3439 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGA
260 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGA
3504 AAAACGA
325 AAAACGA
* *
3511 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCA-TTAAATTATATATATTTCATGAGTATT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGG-AGTTAAATTATATATATTTTATGACTATT
* * * * *
3575 TTAGCTAAAAATTGAGGAGAAA-TTTTCTGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
65 TTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-GGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTG
* * * * *
3639 AATTAACCATCACCGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCTGGCTCAGTTTTGCATGATTT
128 TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* ** * * * * *
3704 TTGGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCACCGCACATTTAAATTTAA
193 TTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAA
*
3769 TGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAAATAT
258 TGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAT
3834 GAAAAACGA
323 GAAAAACGA
** *
3843 TATTAAAAGCTCAAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATAACTATTT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
*
3908 TAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTATGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTAC
66 TAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTAC
* ** * * * * * *
3973 TAACCATTAATGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTTC-TTATTTTTT
131 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTT
* * * *
4037 GCGCCAAAAGTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTAAATTTAATGA
196 GCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAATGA
*
4102 TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCTG-AAAATATGAA
261 TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAA
4166 AAACGA
326 AAACGA
*
4172 TATTAAAAGCTTGAAGAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
* * *
4237 TAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCTGGTCATTTTATGTAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTAC
66 TAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTAC
* ** * * * * * *
4302 T-A-CATTAATGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGGCCCCGGCTAAATTTTGTATGATTTTTT
131 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTT
* * *
4365 GCGCCGAAAGTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGC-CACTATTAAATTTAAT
196 GCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACA-T-TTGAATTTAAT
*
4429 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAATATG
259 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
4494 AAAAACGA
324 AAAAACGA
* * * * * *
4502 TATTAAAAGCTCGAAAAGTCCTTCATCATTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
** * * * * * * *
4567 TAG-TTAAAATTGAAGAAAAATTTTCCAGGTAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG-AT
66 TAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTA-
* * *
4630 CTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTTCGGAGCTTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
130 CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
* ** * * * *
4695 GGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCACA-TTGCATTTAAGG
195 TGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAATG
* * * * *
4759 ATTTGGTTGTACGAGCATTTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAA-TAATTCAGAAAAATATGA
260 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGA
4823 AAAACGA
325 AAAACGA
* * * * * *
4830 TATTAAAAGCGTGGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATATTATGACTTTTT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
* * * * * *
4895 TAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGCCATTTTCTGCAAAAATTAAGCTGGATTAGTG---
66 TAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTAC
* * * *
4957 T-ACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GACCCCGGCTTAAAG-TTTGCAAGATTT
131 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAG-CTCCGGC-T-CAGTTTTGCATGATTT
* * * * * *
5019 TTTGCTCTGAAACTCCTTAAAATATCTATACTCATGTAATCAAATCTCAGC-CTTATTTAAATTT
193 TTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCAC--ATTTGAATTT
*
5083 AATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAT
256 AATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAT
5148 ATGAAAAACGA
321 ATGAAAAACGA
* * * *
5159 TATTAAAAGCTCGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATAATTTCATGAGTATT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATAT-ATTTTATGACTATT
* * * * * * *
5224 TTAGCTAAAAATTGAAGAAAAATTTTCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGAA
65 TTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTA
* * *
5289 GTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
130 CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
* ** * * * * *
5354 GGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTCAGCATA-TTGCATTTAAGG
195 TGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAATG
* * * * * * *
5418 ATTTGGTTGTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCAGTAAAATATTA
260 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGA
5483 AAAACGA
325 AAAACGA
* * *
5490 TATTAAAAGCGTGAAAAGT-CTTCCAATCTTTTAGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTT-CAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATT
* *
5554 TTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGTTGGAATCGTGTA
65 TTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTA
** * * * *
5619 CTAACAACCATCACAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGAC-CCGACTTAGTTTTGCCTGAT
130 CT---AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAG-CTCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
* *
5683 TTTTTGCGCCGAAACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAAT-AAATCTGAGCCACATTTGAATT
191 TTTTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAG-CACATTTGAATT
* * *
5747 TAATGATCTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAGAAATTAATT------AA
255 TAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA
5806 -ATG-----C--
320 TATGAAAAACGA
* * *
5810 ---T-----C--GAAAAGTCATTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATATTTCTTGACTAT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATAT-TTT-ATGACTAT
*** * * * * *
5865 TTTATATAAAAATTGAAGAAAAAATTTCCGGGTCATTTTTTGCTAAATTTTAGC------C--G-
64 TTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGT
* * * *
5921 A--AATCGTCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTT
129 ACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* ** * * *
5984 TTGGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTAAGCACA-TTGCATTTAA
193 TTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAA
* * * *
6048 GGATTTGTTTGTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAATAT
258 TGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAT
6112 G-AAAACGA
323 GAAAAACGA
* * * ** *
6120 TATTAAAACCATGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
1 TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
* *
6185 TAGCCAAAAATTGAGGAGAAAA-TTTTCGGGCCATTTTCTGCAAAATTTAAG
66 TAGCCAAAAATTGAGGA-AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAG
6236 TT
Statistics
Matches: 3701, Mismatches: 574, Indels: 215
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
298 64 0.02
299 83 0.02
300 8 0.00
303 3 0.00
304 4 0.00
306 1 0.00
308 1 0.00
310 33 0.01
311 5 0.00
312 52 0.01
313 1 0.00
317 1 0.00
318 47 0.01
319 7 0.00
320 42 0.01
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323 48 0.01
324 1 0.00
325 84 0.02
326 58 0.02
327 54 0.01
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330 458 0.12
331 550 0.15
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335 9 0.00
338 29 0.01
339 116 0.03
340 5 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (331 bp):
TATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTT
TAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTAC
TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTT
GCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAATGA
TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAA
AAACGA
Found at i:3780 original size:992 final size:988
Alignment explanation
Indices: 1023--6235 Score: 5979
Period size: 992 Copynumber: 5.3 Consensus size: 988
1013 AACCAACACA
* *
1023 GTTTTTT-GCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGAC
1 GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGAC
* *
1087 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTGTA
66 TCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTGTA
* * * * * *
1151 TGAGCATTTGAATCTGGTTACGATTTAATTATAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACAATATT
131 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATT
* * *
1216 AAAAGCGTGAAAAGTCCACCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTAATTTAGC
196 AAAAGC-TGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTTTAGC
* * * * * *
1281 CAAAAATTGAGTAGAAATTTTTTGGGCCATTTTATGCAAAATTTAAGCTGGAATTGTGTATTAAC
260 CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGCCATTTTATGCAAAATTTAAGCCGGAATCGTGTACTAAC
* * * * *
1346 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGAGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTTCGC
325 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCG-GGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGC
1411 CGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTTGAATTTAATGATTT
389 CGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTTGAATTTAATGATTT
*
1476 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTTTGATTTAATTAG--A--AATT------AAT-T------
454 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAA
* *
1524 -G-TATTAAAAGCTCGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTA
519 CGATATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGTA
* *
1587 TTTTAGCGAAAAATTG-GAGAAAAATTTTCAGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
584 TTTTAGCCAAAAATTGAG-GAAAAATTTTCTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
*
1651 GAACTAACCACCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCTGACTCAGTTTTGCTGCTT
648 GAACTAACCATCACGG-TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCTGACTCA--------G-TT
* * *
1716 TTGCATGAGTTTTGGCGTTGAGACTCCTTG-AATATTTATATTCATCTAATCAAACCTCAGCA-A
703 TTGCATGATTTTTGGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCACA
* * * * * * * **
1779 ATTGCATTTAAGGATTTGCTTATACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTTTAAATTAATT
768 TTTGAATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATT
* * *
1844 CAGAAAAATGTGAAAAACGATATTAAAAGCGT-GAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATT
833 CAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGC-TCGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATT
* * * * *
1908 ATATATATATTATGATTATCTTAGCCAAAAATTGAGGAGAATTTTTTTGGGTCATTTTCTGCAAA
897 ATATATAT-TTATGACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAA
*
1973 ATTTAAGCTGGAATCGTGTACTAACCATCACG
961 ATTTAAGCT-GAATCATGTACT---CATCACG
* * * ** **
2005 G-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTTTCCGCCGAG
1 GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA--TTTTTGGCGTTGAG
* * * *
2069 ACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCATATCTCAACACATTTGAATTTAATGATTTGTTTT
64 ACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTG
**
2134 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTTAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATA
129 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGAT-
* * * * * * *
2199 ATTAAGAGCTGGAAAAGTGCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATCATATATATTTCATGAGTATTTT
193 ATTAAAAGCT-GAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTTT
* * * * * * * * *
2264 AACTAAAAGTTGAAGAAAAATTTTCCGGGTCATTTTTTGGAAAAATTT-AGCCGAAATC----A-
257 AGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGCCATTTTAT-GCAAAATTTAAGCCGGAATCGTGTAC
* * * * *
2323 T---GA-CACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTG
321 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTT
** * * * *
2384 GCGATGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAG-CAC-TTTGCATTTAAGG
385 GCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTTGAATTTAATG
* * * * * *
2447 ATTTGATTGTATGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCAGAAAAATATGA
450 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGA
* * * * *
2512 AAAACGGTATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTCGG-AGTTAAATTATATATATTAT-A
515 AAAACGATATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCA-TTAAATTATATATATT-TCA
* * * * * * * * *
2575 TGACTATTTTAGCCAAAAACTGAGGAAAAAATTTTC-AGGCCATTTTCTGCAAAACTTAAGCTGG
578 TGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGG-AAAAATTTTCTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
* * * * * * * * * * *
2639 AATCTTGTACTAACCTTAAAGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGC
642 AATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCTGACTCAGTTTTGC
* ** *
2704 ATGATTTTTTGCGCCGTA-ACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT
707 ATGATTTTTGGCGTTG-AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAG-CACATT
2768 TGAATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCA
770 TGAATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCA
* **
2833 GAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCTCAAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCTTTAAATTATA
835 GAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCTCGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATA
** * * * *
2898 TATATTTCATGGGTATTTTAGCGAAAAATTGAAGAAAAATTTTCCGGGTCATTTTTTGCAAAATT
900 TATATTT-ATGACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATT
* * *
2963 TTAG-TCGAAATCATGAACGTTATCACG
964 TAAGCT-G-AATCATGTAC-TCATCACG
* * * *
2990 GTTTTTTTGCTAAAAACGCATTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGGGTTGAGAC
1 GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGAC
* * ** *
3055 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAACCTTGGCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTGTA
66 TCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTGTA
* * *
3119 CGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCAGAAAAATAAGAAAAACGATATT
131 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATT
*
3184 AAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTTTAGC
196 AAAAGC-TGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTTTAGC
* * * * * * *
3249 CAAAATTTCAGGAGAAATTTTTTGGGCCATTTTCTGCAAAATTTAATCAGGAATCGTGTACTAAC
260 CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGCCATTTTATGCAAAATTTAAGCCGGAATCGTGTACTAAC
* * * * * * *
3314 CATCACGGTTTTTGGATAAAAACGTGTTTCGGGGCCCGACTTAGTTTTGCATAATTTTTTTCACC
325 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCC
* * *
3379 GTGACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTAATCAAATCTTAGCCACATTTGAATTTAATGATTTG
390 GAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTTGAATTTAATGATTTG
3444 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAAC
455 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAAC
3509 GATATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGTAT
520 GATATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGTAT
* *
3574 TTTAGCTAAAAATTGAGGAGAAATTTTCTGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
585 TTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCTGGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
* * *
3639 AATTAACCATCACCGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCTGGCTCAGTTTTGCATGATTT
649 AACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCTGACTCAGTTTTGCATGATTT
* * * *
3704 TTGGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCACCGCACATTTAAATTTAA
714 TTGGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAA
*
3769 TGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAAATAT
779 TGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAT
*
3834 GAAAAACGATATTAAAAGCTCAAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTA
844 GAAAAACGATATTAAAAGCTCGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATA-TTTA
* *
3899 TAACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTATGCAAAATTTAAGCTGGA
908 TGACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGCT-GA
* * **
3964 ATCGTGTACTAACCATTAAT
972 ATCATGTACT---CATCACG
* * * * * * *** * *
3984 G-TTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTTC-TTATTTTTTGCGCCAAAAG
1 GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGAC
* * *
4047 TCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTAAATTTAATGATTTGTTTTTA
66 TCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTGTA
* *
4112 CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCTG-AAAATATGAAAAACGATATT
131 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATT
* *
4176 AAAAGCTTGAAGAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTTTAGC
196 AAAAGC-TGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTTTAGC
* * * *
4241 CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCTGGTCATTTTATGTAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTACT-A-
260 CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGCCATTTTATGCAAAATTTAAGCCGGAATCGTGTACTAAC
* ** * * * *
4304 CATTAATGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGGCCCCGGCTAAATTTTGTATGATTTTTTGCGC
325 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGC
* * *
4369 CGAAAGTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC-TATTAAATTTAATGATT
389 CGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAT-TTGAATTTAATGATT
*
4433 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAATATGAAAA
453 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAA
* * * *
4498 ACGATATTAAAAGCTCGAAAAGTCCTTCATCATTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGT
518 ACGATATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGT
** * ** *
4563 ATTTTAG-TTAAAATTGAAGAAAAATTTTCCAGGTAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
583 ATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
* * *
4627 GATCTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTTCGGAGCT-TCGGCTCAGTTTTGCATGAT
648 GAACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCT-GACTCAGTTTTGCATGAT
* *
4691 TTTTGGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCACA-TTGCATTT
712 TTTTGGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTT
* * * * * *
4755 AAGGATTTGGTTGTACGAGCATTTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAA-TAATTCAGAAAAAT
777 AATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAT
* * *
4819 ATGAAAAACGATATTAAAAGCGT-GGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATA
842 ATGAAAAACGATATTAAAAGC-TCGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATAT-
* * * *
4883 TTATGACTTTTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGCCATTTTCTGCAAAAATTAAGCT
905 TTATGACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGCT
* * *
4948 GGATTAGTGTAC-CATCACT
970 GAATCA-TGTACTCATCACG
* * *
4967 G-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GACCCCGGCTTAAAG-TTTGCAAGATTTTTTGC-TCTG
1 GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAG-CCCCGGC-T-CAGTTTTGCATGATTTTTGGCGT-TG
* * * * *
5028 AAACTCCTTAAAATATCTATACTCATGTAATCAAATCTCAGC-CTTATTTAAATTTAATGATTTG
62 AGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCAC--ATTTGAATTTAAGGATTTG
* * *
5092 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAATATGAAAAAC
125 TTTGTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAAC
* * * *
5157 GATATTAAAAGCTCGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATAATTTCATGAGTA
190 GATATTAAAAGCT-GAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATAT-ATTTTATGACTA
* * * * * * *
5222 TTTTAGCTAAAAATTGAAGAAAAATTTTCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
253 TTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGCCATTTTATGCAAAATTTAAGCCGGAATCGTG
* * * * *
5287 AAGTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
318 TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* ** * * * *
5352 TTGGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTCAG-CATA-TTGCATTTA
382 TTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTTGAATTTA
* * * * * * *
5415 AGGATTTGGTTGTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCAGTAAAATA
447 ATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATA
* * * *
5480 TTAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGT-CTTCCAATCTTTTAGG-AGTTAAATTATATATATT
512 TGAAAAACGATATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTT-CAACCTTTTTGGCA-TTAAATTATATATATT
* * * * *
5543 TTATGACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTT-TCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGT
575 TCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCT-GGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * ** * * * *
5607 TGGAATCGTGTACTAACAACCATCACAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGAC-CCGACTTA
639 CGAAATCGTGAACT---AACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAG-CTCTGACTCA
* * ** * * *
5671 GTTTTGCCTGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAAT-AAATCTGAGC
700 GTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAG-
* * *
5735 CACATTTGAATTTAATGATCTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAG--A--
764 CACATTTGAATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATT
* *
5796 AATT------AAT-T-----A--A-A-T----GCTCGAAAAGTCATTCAACCTTTTTGGCGTTAA
829 AATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCTCGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAA
* *** * * * *
5841 ATTATATATATATTTCTTGACTATTTTATATAAAAATTGAAGAAAAAATTTCCGGGTCATTTTTT
894 A-T-TATATATATTT-ATGACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTCT
* * * *
5906 GCTAAATTTTAGCCG-A--A---A-TCGTCACG
956 GCAAAATTTAAGCTGAATCATGTACTCATCACG
* * *
5932 GTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGAC
1 GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGAC
* * *
5997 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTAAGCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTGTA
66 TCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTGTA
*
6061 CGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAATATG-AAAACGATATT
131 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATT
* ** *
6124 AAAACCATGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTTTAGC
196 AAAAGC-TGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTTTAGC
*
6189 CAAAAATTGAGGAGAAAA-TTTTCGGGCCATTTTCTGCAAAATTTAAG
260 CAAAAATTGAGGA-AAAATTTTTCGGGCCATTTTATGCAAAATTTAAG
6236 TT
Statistics
Matches: 3599, Mismatches: 525, Indels: 236
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
960 53 0.01
961 54 0.02
962 9 0.00
963 60 0.02
964 3 0.00
965 62 0.02
966 30 0.01
967 1 0.00
969 2 0.00
970 27 0.01
971 4 0.00
972 58 0.02
974 1 0.00
975 49 0.01
976 6 0.00
977 90 0.03
978 2 0.00
979 3 0.00
981 14 0.00
982 129 0.04
983 115 0.03
984 131 0.04
985 164 0.05
986 210 0.06
987 386 0.11
988 248 0.07
989 190 0.05
990 204 0.06
991 262 0.07
992 616 0.17
993 296 0.08
994 108 0.03
995 12 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (988 bp):
GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGAC
TCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTGTA
CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATT
AAAAGCTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGACTATTTTAGCC
AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGCCATTTTATGCAAAATTTAAGCCGGAATCGTGTACTAACC
ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCG
AGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTTGAATTTAATGATTTGT
TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACG
ATATTAAAAGCTTGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGTATT
TTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGAA
CTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
GGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCACATTTGAATTTAATG
ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGA
AAAACGATATTAAAAGCTCGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTATGA
CTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGCTGAATCA
TGTACTCATCACG
Done.