Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023856.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23889, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 108--153 Score: 85
Period size: 2 Copynumber: 23.5 Consensus size: 2
98 TGCCTCTAGC
108 TA TA T- TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
149 TA TA T
1 TA TA T
154 TTAAACCTAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 0, Indels: 2
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 42 0.98
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Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:5685 original size:217 final size:215
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Indices: 5352--5740 Score: 516
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5342 AAAAAACTAC
* *
5352 TTTTCACCTCAAACTCAACACCAAACAAGTCATGCATTGTGTCAAAAGCTAATTTTGACAGCAAA
1 TTTTCACCTCAAACACAACACCAAACAAATCATGCATTGTGTCAAAAGCTAATTTTGACAGCAAA
* * * *
5417 AGTCATCCTAACCTTAAAAGCTAGAATTTAGGTGTTTTTGCACTTCAAAAGTGCTTTTA-AGCAT
66 AGCCAGCCTAACCTGAAAAGCTAGAATTTAGATGTTTTTGCACTTCAAAAGTGCTTTTAGA-CAT
5481 TAAATGACTAAAAATCACCTAAATTA-TTTTTCTCTTCCTTTTTAAGGCCTGGTTTGACATTGCG
130 TAAATGACT-AAAATCACCT-AATTATTTTTTCT-TTCCTTTTTAAGGCCTGGTTTGACATTGCG
5545 TTTGGAGATAAAAAAAAAAGTTGT
192 TTTGGAGATAAAAAAAAAAGTTGT
** * * ** * *
5569 TTTTCACCTCAAACACAATGCCAAATAAATCTTGGTTTGTGTCAAAAGCTCATTTTGACTGCAAA
1 TTTTCACCTCAAACACAACACCAAACAAATCATGCATTGTGTCAAAAGCTAATTTTGACAGCAAA
* ** *
5634 AGCCAAGCC-AACCTGAAAAGCTA-ATTCTTAGATGTTTTTGCGTTTCAAAAGTGCTTTTGGACA
66 AGCC-AGCCTAACCTGAAAAGCTAGAAT-TTAGATGTTTTTGCACTTCAAAAGTGCTTTTAGACA
* *
5697 TTAAATGACTTAAATCTCCTAATTATTTTTTCTTTCCTTTTTAA
129 TTAAATGACTAAAATCACCTAATTATTTTTTCTTTCCTTTTTAA
5741 CTTATATATC
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 20, Indels: 10
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
215 16 0.11
216 17 0.11
217 111 0.75
218 4 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (215 bp):
TTTTCACCTCAAACACAACACCAAACAAATCATGCATTGTGTCAAAAGCTAATTTTGACAGCAAA
AGCCAGCCTAACCTGAAAAGCTAGAATTTAGATGTTTTTGCACTTCAAAAGTGCTTTTAGACATT
AAATGACTAAAATCACCTAATTATTTTTTCTTTCCTTTTTAAGGCCTGGTTTGACATTGCGTTTG
GAGATAAAAAAAAAAGTTGT
Found at i:6646 original size:18 final size:19
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Indices: 6623--6665 Score: 79
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
6613 ATAATTACTC
6623 TTCTTTATTTATTTGTAA-
1 TTCTTTATTTATTTGTAAT
6641 TTCTTTATTTATTTGTAAT
1 TTCTTTATTTATTTGTAAT
6660 TTCTTT
1 TTCTTT
6666 TCCTTATAGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 18 0.75
19 6 0.25
ACGTcount: A:0.19, C:0.07, G:0.05, T:0.70
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TTCTTTATTTATTTGTAAT
Found at i:12100 original size:13 final size:13
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Indices: 12063--12092 Score: 53
Period size: 12 Copynumber: 2.4 Consensus size: 13
12053 AATTTCTATC
12063 TATAATATAATA-
1 TATAATATAATAT
12075 TATAATATAATAT
1 TATAATATAATAT
12088 TATAA
1 TATAA
12093 AGTAATATAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
12 12 0.71
13 5 0.29
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (13 bp):
TATAATATAATAT
Found at i:14894 original size:19 final size:20
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Indices: 14872--14913 Score: 59
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14862 ATAAGTATTC
*
14872 TTTTTAG-TCATTTAACTTT
1 TTTTTAGATCATTCAACTTT
*
14891 TTTTTAGATGATTCAACTTT
1 TTTTTAGATCATTCAACTTT
14911 TTT
1 TTT
14914 AATAATTATG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.35
20 13 0.65
ACGTcount: A:0.21, C:0.10, G:0.07, T:0.62
Consensus pattern (20 bp):
TTTTTAGATCATTCAACTTT
Found at i:16150 original size:332 final size:332
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Indices: 15419--16757 Score: 1389
Period size: 332 Copynumber: 4.0 Consensus size: 332
15409 ATACTTTACA
** * * *
15419 TCATCTAACCAAATATCAGCAACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTAT
1 TCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * *** *
15484 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAA-AAAAGAAGAAATACGATGTTAAAAGCAAGAAAAGC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAGAATAG--GAAAAACGATATTAAAAGCGTCAAAAAC
* * * *
15548 CCTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATCGAGGAGAA
129 CCTCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGA-AA
* * * *
15613 -ATCTTTTGTGTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGCACTATCAAACCATCACGGTT
193 TATCTTTCGGGTCATATTTTTGCAAAATTTTAACCAAAATCGTGTA--AT--AACCATCAC----
** * * * *
15676 TTTTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGAGGA-TCAGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCTCCGTA
250 -AATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGGACCCA-GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCG-A
* *
15740 -ACTACTTGAAATATTTATAT
312 GACTCCTTGAAATATCTATAT
* *
15760 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT-TATG
1 TCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT-TG
* *
15824 TTTCGATTTAATTACAAATTAATTTGGAAAGAATAGGAAAAACGATATTAGAAA-CGTCAAAAAC
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAGAATAGGAAAAACGATATTA-AAAGCGTCAAAAAC
* * *
15888 CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTGTTATGAGAATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAA
129 CCTCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTT-TTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAA
** * * *
15953 TATCTTTCGGGTCA-ATTTTTATAAAATTTTAGCCGAAATCATGTAATAACCATCACAATTTTTG
193 TATCTTTCGGGTCATATTTTTGCAAAATTTTAACCAAAATCGTGTAATAACCATCACAATTTTTG
* * * * *
16017 GCTAAAAACGCGTTCCGAGGACGCAGCTCAGCTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAG
258 GCTAAAAACGCGTTCCGAGGACCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAA
* *
16082 TTATCCATAT
323 ATATCTATAT
* * *
16092 TCATCTAATAAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGAATCTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * **
16157 CTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTAAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAGAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTCAAAAACCC
* * * * *
16221 TCCAATAATTTTGGCGTTAAATTATATATATCTTATGAGTATTTTA-TCCAAAAATTAAGGAAAA
131 TCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTAGT-CAAAAATTGAGGAAAT
* * * * * *
16285 ATTTTTCGGATCATTTTTTTGTAAAATTTTAATCAAAATCGTG---------T-ACAATTTATGG
194 ATCTTTCGGGTCATATTTTTGCAAAATTTTAACCAAAATCGTGTAATAACCATCACAATTTTTGG
* ** * * * * * * *
16340 CTAAAAATGCGTTTTGGGGCCCCAACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGTGACGAGACTCCTTAAAA
259 CTAAAAACGCGTTCCGAGGACCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAA
16405 TATCTATAT
324 TATCTATAT
* * *
16414 TCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAATG-ATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTG
1 TCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA-GAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
* * * *
16478 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAGAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGC
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAG-AATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTCAAAAAC
* * *
16542 CCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTAATGAGTATTATAG-CTGAAAATTGAGGAA
129 CCTCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT-ATGAGTATTTTAGTC-AAAAATTGAGGAA
* * * * *
16606 TTATCTTTCGGGT-ATACTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTTT
192 ATATCTTTCGGGTCATATTTTTGCAAAATTTTAACCAAAATCGTGTAATAACCATCACAATTTTT
* * * * *
16670 GGCTAAAAACGAGTTCC--GGAGCCCAGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCGAGATTCCTTG
257 GGCTAAAAACGCGTTCCGAGGA-CCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTG
16733 AAATATCTATAT
321 AAATATCTATAT
16745 TCATCTAACTAAA
1 TCATCTAA-TAAA
16758 TCCCATACAT
Statistics
Matches: 837, Mismatches: 131, Indels: 69
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
322 176 0.21
323 95 0.11
330 6 0.01
331 150 0.18
332 189 0.23
333 3 0.00
337 9 0.01
339 2 0.00
340 52 0.06
341 151 0.18
342 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
TCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAGAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTCAAAAACCC
TCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAATAT
CTTTCGGGTCATATTTTTGCAAAATTTTAACCAAAATCGTGTAATAACCATCACAATTTTTGGCT
AAAAACGCGTTCCGAGGACCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATA
TCTATAT
Found at i:17337 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 16368--17337 Score: 1388
Period size: 512 Copynumber: 1.9 Consensus size: 511
16358 GCCCCAACTT
* * * * * *
16368 AGTTTTGCATGATTTTTGGTGACGAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAG
1 AGTTTTGCATGAATTTTGGTGACAAGAATCCCTAAAATATCCATATTCATCTAATAAAATCTCAG
* * * * * *
16433 CCACATTGCATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
66 CCACATTGAATTTAAGGATTCGTTTTTACGAGCATCTGAAACTTGTTTCGATTTAATAAGAAATT
* * * * *
16498 AATTCAGAAGAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCGTTG
131 AATTCAGAAGAAATAGGAAAAACAATATTAAAAGCGTCAAAAGCCATTCAATATTTTTGGCGTTA
* ** * * * *
16563 AATTATATATTTTTAATGAGTATTATAGCTGAAAATTGAGGAATTATCTTTCGGGTATACTTTTG
196 AATTATATACTTTTAATGAGTATTATAGCCAAAAATTGAGAAAATATCTTTCGGATATACTTTTA
* *
16628 CAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCGGAGCC
261 CAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGAGTTCCGGAGCC
* * *
16693 CAGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCGAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAA
326 CAATTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAA
* * * * **
16758 TCCCATACATTTTTTTTACAAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAA
391 TCCCAGACATTGTTTTTACAAGCATCTGAATCATATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAA
16823 AAAATAATGTACCATCACGATTTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGGCCCGAGTC
456 AAAATAATGTACCATCACGATTTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGGCCCGAGTC
* * *
16879 AGTTTTGCATGAATTTTGGTGCCAAGAATCCCTGAGATATCCATATTCATCTAATAAAATCTCAG
1 AGTTTTGCATGAATTTTGGTGACAAGAATCCCTAAAATATCCATATTCATCTAATAAAATCTCAG
* * *
16944 CCTCATTGAATTTAAGGATTCGTTTTTATGAGTATCTGAAACTTGTTTCGATTTAATAAAGAAAT
66 CCACATTGAATTTAAGGATTCGTTTTTACGAGCATCTGAAACTTGTTTCGATTTAAT-AAGAAAT
* ** * *
17009 TAATTCGGAATTAATAGGAAAAGCAATATTAGAAA-CGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGT
130 TAATTCAGAAGAAATAGGAAAAACAATATTA-AAAGCGTCAAAAGCCATTCAATATTTTTGGCGT
* * *
17073 TAAATTATATACCTTTT-ATGAGTGTTTTAGCCAAAAATTGAGAAAATATCTTTCGGATCA-ATT
194 TAAATTATATA-CTTTTAATGAGTATTATAGCCAAAAATTGAGAAAATATCTTTCGGAT-ATACT
* * * *
17136 TTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTTCGG
257 TTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGAGTTCCGG
*
17201 AGCCCAATTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCCGAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
322 AGCCCAATTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
*
17266 CAAATCCCAGCCATTGTTTTTACAAGCATCTGAATCATATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCA
387 CAAATCCCAGACATTGTTTTTACAAGCATCTGAATCATATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCA
17331 GAAAAAA
452 GAAAAAA
17338 TATGAAAAAC
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 55, Indels: 7
0.87 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
511 105 0.26
512 287 0.72
513 8 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (511 bp):
AGTTTTGCATGAATTTTGGTGACAAGAATCCCTAAAATATCCATATTCATCTAATAAAATCTCAG
CCACATTGAATTTAAGGATTCGTTTTTACGAGCATCTGAAACTTGTTTCGATTTAATAAGAAATT
AATTCAGAAGAAATAGGAAAAACAATATTAAAAGCGTCAAAAGCCATTCAATATTTTTGGCGTTA
AATTATATACTTTTAATGAGTATTATAGCCAAAAATTGAGAAAATATCTTTCGGATATACTTTTA
CAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGAGTTCCGGAGCC
CAATTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAA
TCCCAGACATTGTTTTTACAAGCATCTGAATCATATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAA
AAAATAATGTACCATCACGATTTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGGCCCGAGTC
Found at i:18155 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 17597--21295 Score: 3148
Period size: 332 Copynumber: 10.9 Consensus size: 331
17587 CCAGCCATTA
* * * * *
17597 TTTTTACAAGCATCTAAATCATGTTTTGATGATTAAATTAGACATTAATTCGGAAAAAAGTAGGA
1 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT--TT-AATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA-TAGGA
** * *
17662 AGAACGATATTAGAAACGT-ATAAAACC-CCTCAATATTTTTGGCATTT-AATTATATATTTTTT
62 A-AACGATATTAGAAACGTGA-AAAACCATTTTAAT-TTTTTGGC-TTTAAATTATATAGTTTTT
* * * * * * * * * * * *
17724 ATG-GCTATTTTAGCCAAAAATTGAGTATATA-TTTTTGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
123 CTGAG-TATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCG
* * * * * * *
17787 AAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGGGTTCCAGG-GCCCCGGGTCAGTTTT
187 AAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGAGCCCCGGCTCAATTTT
* * * * * * ** *
17851 GCATAATTTTTTGCGTC-AAGAATCCTTGAAATATCCATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCACA
251 GCTTGATTTTTGGCG-CAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACA
* *
17915 TTGCATTTAAGGATTTG
315 ATGGATTTAAGGATTTG
* * * * **
17932 TTTTTATGAGCATCTAAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCGGAATTAATAGGAAAAA
1 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGG-AAAA
* * ** * * * * *
17997 TGATTTTAGAAACGTCCAAAGCC-CTTTAATCTTTTTGGCTTTAAATTATATACTTCTTATGAGT
65 CGATATTAGAAACGTGAAAAACCATTTTAAT-TTTTTGGCTTTAAATTATATAGTTTTTCTGAGT
* * * * *
18061 GTTTTAGGC-AAAATTTGA-GAAAATA-TCTTTCGGGTCAAT-TTTCACAAAAATTTAGCCGAAA
129 ATTGT-GGCAAAAAATTGAGGAAAA-ACT-TTTCGGGTCAGTATTT-ACAAAATTTTAGCCGAAA
*** * *
18122 TCGTGTATTAACCATCACGGTTTTTAATTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTT
190 TCGTGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTT
* * *
18187 GATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATTTATATTCATCTAACCAAGTCTTAGCTACAATGGA
255 GATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGA
* *
18252 TTTAAGGAATTC
320 TTTAAGGATTTG
* * * * *
18264 TTATTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAA-TAAATCGAAAAAAATGGGAAAAC
1 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAC
* * * ** * *
18328 GATATTGGAAGCATGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAA-TATTATAGTATTTCTGAGTA
66 GATATTAGAAACGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCTTTAAATTA-TATAGTTTTTCTGAGTA
* * *
18392 TTATGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTT-GAAAATTTTAGTCGAAATCGT
130 TTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGT
* *
18456 GAATGTTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGA
194 G--TATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGA
*
18521 TTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTTGCCACAATGGATT
257 TTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATT
*
18586 TAAGGATTTA
322 TAAGGATTTG
* *
18596 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATAGGAAAA
1 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATAGGAAAA
* ** *
18661 CGAAATT-GAAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGAGTTGAATGT-TATAGTTTTTCTGAG
65 CGATATTAGAAA-CGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCTTTAAAT-TATATAGTTTTTCTGAG
*
18724 TATTGTGGCATAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
128 TATTGTGGCA-AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATC
*
18789 GTGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGA
192 GTGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGA
* * *
18854 TTTTTGGCGCAATGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCAACTATGGATT
257 TTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATT
*
18919 TATGGATTTG
322 TAAGGATTTG
*
18929 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATAGGAAAA
1 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATAGGAAAA
* * **
18994 CGATATTGGAAGCGTG-AAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTAAA-TATTATAGTTTTTCTGAGT
65 CGATATTAGAAACGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCTTTAAATTA-TATAGTTTTTCTGAGT
* * *
19057 ACTGTGGCAAAAAAATTGAGGTAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGTCGAAATCG
129 ATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCG
*
19122 TGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTACTTGAT
193 TGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGAT
19187 TTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTT
258 TTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTT
19252 AAGGATTTG
323 AAGGATTTG
* * * *
19261 ATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGGAAAAAAATGGGAAAA
1 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATAGGAAAA
* * * ** * *
19326 CGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATGTTTTGGGGTTGAA-TATTATAGTTTTTGTTGAG
65 CGATATTAGAAACGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCTTTAAATTA-TATAGTTTTT-CTGAG
* * *
19390 TACTGTGGCAAAAAAATTGAGGTAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
128 TATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * * *
19455 GTATATTAAGCATCACGATTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTCCTTGA
192 GTGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGA
* *
19520 TTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAAACAAATCTTAGCCACAATGGATA
257 TTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATT
19585 TAAGGATTTG
322 TAAGGATTTG
** * * ** * *
19595 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCTTTTTAATTAGAAATAAATAC-G-AGTATTATGTAAAA
1 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA-GGAAAA
* ***** *** * * * **** * *
19658 CCCGTTATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTGAGTATTATGGCAAGCAATTAAGGAAAA
65 --CG--ATATTAGAAACG-TGAA--A-A-ACCATTTT-AATTTTTTGGCTTTAAATT-A--TATA
** * * * *** * * * * *
19723 AATTTTCAG-GTCAATTTTTGC--AAGCGTGA-AAAACCATTTTAATTTTTGGAGTTGAATATTA
117 GTTTTTCTGAGT--ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAA--A----ACTTTTCGG-G-TCAGTATT-
** * * * * * * ** * * *
19784 TAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAC-AAATTGAGGA-AAACTTTTC-GGGTCAGTATTTGC--A
171 TA------C--AAAATTTTAGC---CGAAATCGTGTATTAAC-CATCACGGT---TTTTGGCTAA
** * ** ** ** * *** ** * * * * *
19844 AAA--TTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCAT-C-ACAGTTTTTGGC-TAAAAACGCGTTCCGGA
221 AAACGCGTT--CCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGA-TTTTTGGCGCAAAGACTCCTT-C-AA
**** * * * * ** ** * * * * ** * ** *
19904 GCCCCGA-CTCCATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAAACT-CCTTCAAATATTTA
281 ATATCTATATTCATCTAAC-CAAATCTTAGC-C-ACAA-TGGATTTAAGGATTTG
* * * ** *
19957 TATTCATCTAACCGA--ATCTTAGCCACA-ATGGATTTAAGGATTTTTGTTTACGAGCATCTGAA
1 T-TT--T-T-A-CGAGCATC-T-G--A-ATCTTG-TTT--CGA--TTTAATTA-GA-AAT-T-AA
* ** * * * *
20019 TATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGGAAAAAATGTGGAAACGATATTGGAAGCGTGACA
46 T-TCG----GA-AAAAATAG-----------G-AA---------AACGATATTAGAAACGTGAAA
** * *
20084 AACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAA-TATTATAGTTTTTCTGTGTATTGTGGCAAAAAAATTGA
84 AACCATTTTAATTTTTTGGCTTTAAATTA-TATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGA
* * * * *
20148 GGAAGAACTTTTCAGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAAGCGTATATTAACCATCACGGTT
147 GGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTT
*
20213 TTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCT
212 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCT
20278 TCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTG
277 TCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTG
* *
20333 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAATGGGAAAA
1 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAATAGGAAAA
* * * * *
20398 TGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGTTTGAA-TATTATAGTTTTTCTGAGT
65 CGATATTAGAAACGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCTTTAAATTA-TATAGTTTTTCTGAGT
* * *
20462 ATTGTGGCAAAAAAACTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCG
129 ATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCG
* * * *
20527 -GTATTGATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGATCCCCGGCTCAATTTTACTTGAT
193 TGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGAT
20591 TTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTT
258 TTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTT
20656 AAGGATTTG
323 AAGGATTTG
* *
20665 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAA-ATGTGAAA
1 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA-G-GAAA
* * * *
20729 ACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCGTTGAA-TATTATAGTTTTTCTGAG
64 ACGATATTAGAAACGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCTTTAAATTA-TATAGTTTTTCTGAG
* * *
20793 TATTGTGGCAAAACAACTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATT
128 TATTGTGGCAAAA-AATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * * * **
20858 GTGTCTTAACGATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTTCGGAGCCCCAACTCAATTTTGCTTGA
192 GTGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGA
* *
20923 TTTTTGGCGCAAAGACTTCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAAAGGATT
257 TTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATT
20988 TAAGGATTTG
322 TAAGGATTTG
* *
20998 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAAT-GTGAAAA
1 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAG-GAAAA
* * ** *
21062 CGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAA-TATTATAGTTTTTCTGAGT
65 CGATATTAGAAACGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCTTTAAATTA-TATAGTTTTTCTGAGT
* *
21126 ATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAGAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
129 ATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCG
*
21191 TGTA-T---CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGA-CCTCCGACTCAATTTTGCTTGA
193 TGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCC-CCGGCTCAATTTTGCTTGA
*
21251 TTTTTGGCGCAAAGACACCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCA
257 TTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCA
21296 TCATTGTTTC
Statistics
Matches: 2777, Mismatches: 429, Indels: 323
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
327 2 0.00
328 90 0.03
329 5 0.00
330 70 0.03
331 129 0.05
332 1119 0.40
333 559 0.20
334 354 0.13
335 45 0.02
336 8 0.00
337 4 0.00
339 1 0.00
340 1 0.00
341 7 0.00
342 16 0.01
343 5 0.00
344 2 0.00
345 11 0.00
347 7 0.00
348 1 0.00
349 6 0.00
350 1 0.00
354 4 0.00
355 2 0.00
356 1 0.00
358 19 0.01
359 23 0.01
360 31 0.01
361 4 0.00
362 18 0.01
363 9 0.00
365 3 0.00
366 4 0.00
367 6 0.00
368 7 0.00
370 7 0.00
371 6 0.00
372 4 0.00
373 1 0.00
375 9 0.00
376 19 0.01
377 4 0.00
378 30 0.01
379 25 0.01
380 19 0.01
382 1 0.00
385 1 0.00
386 1 0.00
387 4 0.00
388 1 0.00
389 6 0.00
390 1 0.00
391 6 0.00
393 6 0.00
394 8 0.00
395 4 0.00
396 6 0.00
397 11 0.00
398 7 0.00
399 1 0.00
400 1 0.00
402 3 0.00
403 7 0.00
405 2 0.00
407 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAC
GATATTAGAAACGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCTTTAAATTATATAGTTTTTCTGAGTAT
TGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
ATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTT
TGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAG
GATTTG
Found at i:18907 original size:665 final size:662
Alignment explanation
Indices: 16845--19640 Score: 2710
Period size: 665 Copynumber: 4.3 Consensus size: 662
16835 CATCACGATT
* * * * * * * *
16845 TTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGG-G-CCCGAGTCAGTTTTGCATGAATTTTGGTGCCAAGAAT
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACT
* * * * ** * * * *
16908 CCCTGAGATATCCATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCTCATTGAATTTAAGG-ATTCGTTTTTA
65 CCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAG-CACAATGGATTTAAGGAATT-GTTTTTA
* * * * * * ** *
16972 TGAGTATCTGAAACTTGTTTCGATTTAATAAAGAAATTAATTCGG-AATTAATAGGAAAAGCAAT
128 CGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAAT-TAGAAA-TAAATCGGAAAAAAATAGGAAAA-CGAT
* * * * * * ** * *
17036 ATTAGAAACGTCAAAAGCCA-TTCAATCTTTTTGGCGTTAAAT-TATATACCTTTTATGAGTGTT
190 ATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAAT-TTTTTGGGGTTAAATAT-TATAGTTTTTCTGAGTATT
* * * * * * *
17099 TTAGC-CAAAAATTGA-GAAAATA-TCTTTCGGATCAATTTTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGT
253 ATGGCAAAAAAATTGAGGAAAA-ACT-TTTCGGGTCAGTATTT-GAAAATTTTAGTCGAAATCGT
* * * * *** * *
17161 GTAA--TAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTTCGGAG-CCCAATTCAGTTTTGCATGA
315 G-AATTTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGA
* ** * * **
17223 TTTTTGGCTCCGAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCCCAG-C-C-----A-T
379 TTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATT
* * * * * *
17280 T---G-----TTTTTACAAGCATCTGAATCATATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAA
444 TAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAA
* * * * * * * *
17337 ATATGAAAAACGATATTAAAAGTGTGAAAAGCCCTTCAATCTATTTTGCA-TCGAATTATATATT
509 ATA-GGAAAACGATATTGAAAGCGTGAAAAACCCTTTAATCT-TTTTGGAGTTGAATTATATAGT
* * *
17401 TTTTAGGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
572 TTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGCAAAATTTTAG
* * *
17466 CCTAAATCGTATAATAATCATCACGG
637 CCGAAATCGTATATTAACCATCACGG
* * * * * ** *
17492 TTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAG-CCCG-GTTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGAAT
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAA-TTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACT
* * * ** *
17555 CCTTGAAATATGTATATTCATCTAATCAAATCCCAGC-C-----A-TT-----A---TTTTTACA
65 CCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCACAATGGATTTAAGGAATTGTTTTTACG
* * * * *
17605 AGCATCTAAATCATGTTTTGATGATTAAATTAGACATTAATTCGGAAAAAAGTAGGAAGAACGAT
130 AGCATCTGAATCATGTTTCGAT--TT-AATTAGA-AATAAATCGGAAAAAAATAGGAA-AACGAT
* * ** * ** * * *
17670 ATTAGAAACGT-ATAAAACC-CCTCAATATTTTTGGCATTTAAT-TATATATTTTTTATG-GCTA
190 ATTGGAAGCGTGA-AAAACCATTTTAAT-TTTTTGGGGTTAAATAT-TATAGTTTTTCTGAG-TA
* * * * * * * * * * *
17731 TTTTAGC-CAAAAATTGAGTATATA-TTTTTGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
251 TTATGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTG-AAAATTTTAGTCGAAATCGT
* * * * * *
17794 GTAA--TAA-TCATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGGGTTCCAGG-GCCCCGGGTCAGTTTTGCAT
315 G-AATTTAACT-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTT
* * * * * ** * * *
17855 AATTTTTTGCGTC-AAGAATCCTTGAAATATCCATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGC
377 GATTTTTGGCG-CAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGG
* * * * * *
17919 ATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTAAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCGGAA
441 ATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAA
** * * ** * ** *
17984 TTAATAGGAAAAATGATTTTAGAAA-CGTCCAAAGCCCTTTAATCTTTTTGGCTTTAAATTATAT
506 AAAATAGG-AAAACGATATT-GAAAGCGTGAAAAACCCTTTAATCTTTTTGGAGTTGAATTATAT
* * * * * *
18048 ACTTCTTATGAGTGTTTTAGGC-AAAATTTGA-GAAAATATCTTTCGGGTCAAT-TTTCACAAAA
569 AGTTTTTATGAGTATTGT-GGCTAAAAATTGAGGAAAA-ATCTTTCGGGTCAATATTT-GCAAAA
* *
18110 ATTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGG
631 TTTTAGCCGAAATCGTATATTAACCATCACGG
*** *
18142 TTTTTAATTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTC
* * * *
18207 CTTCAAATATTTATATTCATCTAACCAAGTCTTAGCTACAATGGATTTAAGGAATTCTTATTACG
66 CTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGC-ACAATGGATTTAAGGAATTGTTTTTACG
*
18272 AGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATC-GAAAAAAATGGGAAAACGATATTGG
130 AGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATCGGAAAAAAATAGGAAAACGATATTGG
* * *
18336 AAGCATGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATATTATAGTATTTCTGAGTATTATGGCAA
195 AAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTAAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTATGGCAA
18401 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGAAAATTTTAGTCGAAATCGTGAATGTTAAC
260 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGAAAATTTTAGTCGAAATCGTGAAT-TTAAC
18466 TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGC
324 TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGC
*
18531 AAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTTGCCACAATGGATTTAAGGATTTA
389 AAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTA
*
18596 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATAGGAAAA
454 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG-AAAAAATAGGAAAA
* * *
18661 CGAAATTGAAAGCGTGAAAAACCATTTTAAT-TTTTTGGAGTTGAATGT-TATAGTTTTTCTGAG
518 CGATATTGAAAGCGTGAAAAACC-CTTTAATCTTTTTGGAGTTGAAT-TATATAGTTTTTATGAG
*
18724 TATTGTGGCATAAAAATTGAGGAAAAA-CTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
581 TATTGTGGC-TAAAAATTGAGGAAAAATC-TTTCGGGTCAATATTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
*
18788 CGTGTATTAACCATCACGG
644 CGTATATTAACCATCACGG
*
18807 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAATGACTC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTC
* * *
18872 CTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCAACTATGGATTTATGGATTTGTTTTTACG
66 CTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGC-ACAATGGATTTAAGGAATTGTTTTTACG
*
18937 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATAGGAAAACGATATTG
130 AGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATAAA-TCGGAAAAAAATAGGAAAACGATATTG
* *
19002 GAAGCGTG-AAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTAAATATTATAGTTTTTCTGAGTACTGTGGCA
194 GAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTAAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTATGGCA
* * *
19066 AAAAAATTGAGGTAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTA-TTAA
259 AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTT-GAAAATTTTAGTCGAAATCGTGAATTTAA
* *
19130 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTACTTGATTTTTGGCG
323 CTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCG
19195 CAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTT
388 CAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTT
* *
19260 GA-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGGAAAAAAATGGGAA
453 -ATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG-AAAAAATAGGAA
* * * * *
19324 AACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAAT-GTTTTGGGGTTGAA-TATTATAGTTTTTGTT
516 AACGATATTGAAAGCGTGAAAAACC-CTTTAATCTTTTTGGAGTTGAATTA-TATAGTTTTT-AT
* * * *
19387 GAGTACTGTGGCAAAAAAATTGAGGTAAAA-CTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGA
578 GAGTATTGTGGC-TAAAAATTGAGGAAAAATC-TTTCGGGTCAATATTTGCAAAATTTTAGCCGA
* *
19451 AATCGTATATTAAGCATCACGA
641 AATCGTATATTAACCATCACGG
* * *
19473 TTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTCCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTC
* * *
19538 CTTCAAATATCTATATTCATCTAAACAAATCTTAGCCACAATGGATATAAGGATTTGTTTTTACG
66 CTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAG-CACAATGGATTTAAGGAATTGTTTTTACG
* **
19603 AGCATCTGAATCTTGTTTCTTTTTAATTAGAAATAAAT
130 AGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATAAAT
19641 ACGAGTATTA
Statistics
Matches: 1823, Mismatches: 240, Indels: 154
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
631 23 0.01
633 80 0.04
634 144 0.08
635 7 0.00
636 1 0.00
639 2 0.00
640 1 0.00
641 1 0.00
642 2 0.00
645 2 0.00
646 6 0.00
647 78 0.04
649 13 0.01
650 170 0.09
651 63 0.03
652 3 0.00
653 1 0.00
658 1 0.00
659 2 0.00
661 51 0.03
662 52 0.03
663 31 0.02
664 206 0.11
665 471 0.26
666 333 0.18
667 79 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (662 bp):
TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTC
CTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCACAATGGATTTAAGGAATTGTTTTTACGA
GCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATCGGAAAAAAATAGGAAAACGATATTGGA
AGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTAAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTATGGCAAA
AAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGAAAATTTTAGTCGAAATCGTGAATTTAACTA
TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAA
AGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTATT
TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAATAGGAAAACGA
TATTGAAAGCGTGAAAAACCCTTTAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATAGTTTTTATGAGTATTG
TGGCTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATAT
TAACCATCACGG
Found at i:19770 original size:98 final size:99
Alignment explanation
Indices: 19667--19844 Score: 236
Period size: 99 Copynumber: 1.8 Consensus size: 99
19657 ACCCGTTATT
* * *
19667 TTTTTGGCGTTGAAT-TATATA-TTTTTTTGAGTATTATGGCAAGC-AATTAAGGAAAAAATTTT
1 TTTTTGGAGTTGAATAT-TATAGTTTTTCTGAGTATTATGGCAAACAAATTAAGG-AAAAATTTT
*
19729 CAGGTCAATTTTTGCAAGCGTGAAAAACCATTTTAA
64 CAGGTCAATATTTGCAAGCGTGAAAAACCATTTTAA
* * * *
19765 TTTTTGGAGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAACAAATTGAGGAAAACTTTTCG
1 TTTTTGGAGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTATGGCAAACAAATTAAGGAAAAATTTTCA
*
19830 GGTCAGTATTTGCAA
66 GGTCAATATTTGCAA
19845 AATTTTAGCC
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 9, Indels: 5
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
98 18 0.26
99 43 0.63
100 7 0.10
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.20, T:0.40
Consensus pattern (99 bp):
TTTTTGGAGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTATGGCAAACAAATTAAGGAAAAATTTTCA
GGTCAATATTTGCAAGCGTGAAAAACCATTTTAA
Found at i:21095 original size:664 final size:661
Alignment explanation
Indices: 19744--22761 Score: 3540
Period size: 665 Copynumber: 4.6 Consensus size: 661
19734 CAATTTTTGC
19744 AAGCGTGAAAAACCATTTTAA-TTTTTGGAGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAA
1 AAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGG-GTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAA
* *
19808 ACAAATTGAGG-AAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACC
65 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG-GTATT-ATC
* *
19872 ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCCATTTTGCTTGATTTTTGGCGCA
128 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGA-CCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCA
* * *
19937 AAAACTCCTTCAAATATTTATATTCATCTAACCGAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTTT
192 AAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTTT
* *
20002 GTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGGAAAAAATGTGGAAACG
257 GTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAATGTGAAAACG
* * *
20067 ATATTGGAAGCGTGACAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATATTATAGTTTTTCTGTGTATT
322 ATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATT
* *
20132 GTGGCAAAAAAATTGAGGAAGAACTTTTCAGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAAGCGTAT
387 GTGGCAAAAAAACTGAGGAAAAACTTTTCAGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAAGCGTAT
* * * **
20197 ATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTT
452 ATTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTCCGGAGCCCCAACTCAATTTTGCTTGATTTT
*
20262 TGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAG
517 TGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAAAGGATTTAAG
*
20327 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAATG
582 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATG
*
20392 GGAAAATGATATTGG
647 GGAAAACGATATTGG
20407 AAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGTTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAA
1 AAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGG-TTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAA
* *
20472 AAAAACTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGGTATTGATCA
65 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTATT-ATCA
* *
20537 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGATCCCCGGCTCAATTTTACTTGATTTTTGGCGCAA
129 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGA-CCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAA
20602 AGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTT
193 AGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTT-TT
* *
20667 -TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGTGAAAAC
257 GTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG-AAAAAATGTGAAAAC
20731 GATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTAT
321 GATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTAT
* * ** *
20796 TGTGGCAAAACAACTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTG
386 TGTGGCAAAAAAACTGAGGAAAAACTTTTCAGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAAGCGTA
* * *
20861 TCTTAACGATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTTCGGAGCCCCAACTCAATTTTGCTTGATTT
451 TATTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTCCGGAGCCCCAACTCAATTTTGCTTGATTT
*
20926 TTGGCGCAAAGACTTCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAAAGGATTTAA
516 TTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAAAGGATTTAA
20991 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GAAAAAAAT
581 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAT
*
21055 GTGAAAACGATATTGG
646 GGGAAAACGATATTGG
21071 AAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAA
1 AAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTT-GGGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAA
* *
21136 AAAAATTGAGGAAGAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC-GT-GTATCAT
65 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTATTATCAT
21199 CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGACCTCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAA
130 CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGACC-CCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAA
* * * **
21264 GACACCTTCAAATATCTATATTCATCTAACC--A---T-----C-ATTG-TTT--CGA--TTTAA
194 GACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTTTGT
* *** ** **
21313 TTA-GA--A-AT-AA-A----TTCAGAAAAAAATGGGAAA-ACGATATT-GG---AAGCGTGAAA
259 TTACGAGCATCTGAATATTGTTTC-G-ATTTAATTAGAAATA--A-ATTCGGAAAAAATGTG-AA
* ** ******* *
21363 AACCAT-TT--AAATGTTTTGGGGC---TGAA-----T----------ATTATAGTTTTTCTGAG
318 AACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAG
* * * *
21407 TATT-TCGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTCTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
383 TATTGT-GGCAAAAAAACTGAGGAAAAACTTTTCAGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAAG
* * * * * *
21471 CGTGTA-TAAGACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACT-ATATTTTACT
447 CGTATATTAA-CCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTCCGGAGCCCCAACTCA-ATTTTGCT
*
21534 TGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGG
510 TGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAAAGG
*
21599 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATAAATTCGGGA
575 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GGA
* *
21664 AAAAATTGGG-AAACAATATTGG
639 AAAAAATGGGAAAACGATATTGG
* * * *
21686 AAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTAAATATTATAGTTTTTCTGAATACTGTCGCAA
1 AAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTT-GGGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAA
* *
21751 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATATTAACC
65 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG-GTATT-ATC
*
21816 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCA
128 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGA-CCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCA
21881 AAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGT
192 AAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTT-T
*
21946 T-TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGTGAAAA
256 TGTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG-AAAAAATGTGAAAA
* * * *
22010 CGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTCTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTG
320 CGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTA
* * * * * * *
22075 TTATTGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGT
385 TTGTGGCAAAAAAACTGAGGAAAAACTTTTCAGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAAGCGT
* * * ** *
22139 GTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCTGACTCAATTTTACTTGATT
450 ATATTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTCCGGAGCCCCAACTCAATTTTGCTTGATT
* * * * * * ** *
22204 TTTGACGCAAAGACTCATTGAAATATCAATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATATA
515 TTTGGCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAAAGGATTTA
* *
22269 AGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAA
580 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAA
* *
22332 TAGGAAAACGATATTAG
645 TGGGAAAACGATATTGG
* ** * *
22349 AAGCGTGAAAAGCC-CGTCAATCTTTTTGGCGTTGAAT-TATATATTTTTTTCTG-GATAATT-T
1 AAGCGTGAAAAACCATTTTAAT-TTTTTGG-GTTGAATAT-TATA-GTTTTTCTGAG-T-ATTGT
* * * *
22410 -GC--AAAAATCGA-GAAAAACCTATTCAGGTCAG----T------TTTTAGCCGAAATCGTTTA
60 GGCAAAAAAATTGAGGAAAAA-CTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG-GTA
* * * * * * ** * * * * *
22461 CTAACCTTCACGGTTTTTGACT-AAAATGTGTTTTAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTT
123 -TTATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCCGGACCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTT
* * * * * * *
22525 GGAAG-GAAGACTCTTTGAAATATCTGTAGTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAG
186 GG-CGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAG
* * * *
22589 GATTTGTT-TTTACAAGCATCTGAATCTCGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAATG
250 GATTT-TTGTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAATG
* ** * ** * * *
22652 GGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCC-CGTCAATCTATTTGGCGTTGAAT-TATATAATTTT
314 TGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAAT-TTTTTGGCGTTGAATAT-TATAGTTTT
* * *
22715 TCTGAATAATT-T-GCAAAAAAAATCGA-GAAAAACCTTTTCGGGTCAGT
377 TCTGAGT-ATTGTGGCAAAAAAACT-GAGGAAAAA-CTTTTCAGGTCAGT
22762 TTTTAGCTGA
Statistics
Matches: 2063, Mismatches: 194, Indels: 210
0.84 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
613 5 0.00
614 247 0.12
615 125 0.06
616 10 0.00
617 1 0.00
618 1 0.00
619 95 0.05
620 2 0.00
621 1 0.00
624 2 0.00
629 4 0.00
630 3 0.00
631 3 0.00
632 5 0.00
633 2 0.00
634 7 0.00
635 14 0.01
636 5 0.00
637 8 0.00
638 4 0.00
639 4 0.00
640 4 0.00
641 4 0.00
642 4 0.00
643 8 0.00
644 6 0.00
645 14 0.01
646 7 0.00
647 7 0.00
648 78 0.04
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652 1 0.00
656 2 0.00
657 1 0.00
659 1 0.00
660 8 0.00
661 114 0.06
662 15 0.01
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664 368 0.18
665 579 0.28
666 25 0.01
667 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (661 bp):
AAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAA
AAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTATTATCATC
ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGACCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGA
CTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTTTGTTT
ACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAATGTGAAAACGATAT
TGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGG
CAAAAAAACTGAGGAAAAACTTTTCAGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAAGCGTATATTA
ACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTCCGGAGCCCCAACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGC
GCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAAAGGATTTAAGGATT
TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGGAA
AACGATATTGG
Found at i:21426 original size:282 final size:282
Alignment explanation
Indices: 21018--21581 Score: 965
Period size: 282 Copynumber: 2.0 Consensus size: 282
21008 CATCTGAATC
*
21018 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATGTGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAA
* * *
21083 CCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGA
66 CCATTTAAATGTTTTGGGGCTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGA
* *
21148 AGAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAT-CATCACGGTTTTTGGC
131 AAAACTCTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATACATCACGGTTTTTGGC
*
21212 TAAAAACGCGTTCCGGA-CCTCCGACTCA-ATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACACCTTCAA
196 TAAAAACGCGTTCCGGAGCC-CCGACT-ATATTTTACTTGATTTTTGGCGCAAAGACACCTTCAA
21275 ATATCTATATTCATCTAACCATCA
259 ATATCTATATTCATCTAACCATCA
21299 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
21364 ACCATTTAAATGTTTTGGGGCTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATT-TCGGCAAAAAAATTGAG
65 ACCATTTAAATGTTTTGGGGCTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGT-GGCAAAAAAATTGAG
21428 GAAAAACTCTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAAGACATCACGGTTT
129 GAAAAACTCTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAT---ACATCACGGTTT
*
21493 TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTATATTTTACTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTT
191 TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTATATTTTACTTGATTTTTGGCGCAAAGACACCTT
21558 CAAATATCTATATTCATCTAACCA
256 CAAATATCTATATTCATCTAACCA
21582 AATCTTAGCC
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 8, Indels: 11
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
281 29 0.11
282 142 0.53
285 1 0.00
286 93 0.35
287 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (282 bp):
TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAA
CCATTTAAATGTTTTGGGGCTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGA
AAAACTCTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATACATCACGGTTTTTGGC
TAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTATATTTTACTTGATTTTTGGCGCAAAGACACCTTCAAAT
ATCTATATTCATCTAACCATCA
Found at i:22091 original size:947 final size:948
Alignment explanation
Indices: 20353--22246 Score: 3201
Period size: 947 Copynumber: 2.0 Consensus size: 948
20343 CATCTGAATC
* * *
20353 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAATGGGAAAATGATATTGGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
* * **
20418 ACCATTTTAATTTTTTGGGTTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAACTGAGG
66 ACCATTTAAATGTTTTGGGGCTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAACTGAGG
* * *
20483 AAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGGTATTGATCATCACGGTTTTT
131 AAAAACTCTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTATAGATCATCACGGTTTTT
* *
20548 GGCTAAAAACGCGTTCCGGATCCCCGGCTCAATTTTACTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCA
196 GGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTACTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCA
20613 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
261 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
*
20678 CTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGTGAAAACGATATTGGAAGC
326 CTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGTGAAAACAATATTGGAAGC
* * * * *
20743 GTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAACA
391 GTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCGTTAAATATTATAGTTTTTCTGAATACTGTCGCAAAAAA
* * * *
20808 ACTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTCTTAACGATCA
456 ACTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATATTAACCATCA
*
20873 CAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTTCGGAGCCCCAACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGA
521 CAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTCCGGAGCCCCAACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGA
*
20938 CTTCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAAAGGATTTAAGGATTTGTTTTT
586 CTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAAAGGATTTAAGGATTTGTTTTT
21003 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATGTGAAAACGATAT
651 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATGTGAAAACGATAT
* * *
21068 TGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGG
716 TGGAAGCGTGAAAAACCATTCTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTATGG
* *
21133 CAAAAAAATTGAGGAAGAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-T-
781 CAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTA
* *
21196 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGA-CCTCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCG
846 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCC-CCGACTCAATTTTACTTGATTTTTGACG
* * *
21260 CAAAGACACCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCATCA
910 CAAAGACACATTCAAATATCAATATTCATCGAACCATCA
21299 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
*
21364 ACCATTTAAATGTTTTGGGGCTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATT-TCGGCAAAAAAATTGAG
66 ACCATTTAAATGTTTTGGGGCTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGT-GGCAAAAAAACTGAG
21428 GAAAAACTCTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAAGA-CATCACGGTT
130 GAAAAACTCTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG-GTAT-AGATCATCACGGTT
21492 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACT-ATATTTTACTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCC
193 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCA-ATTTTACTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCC
21556 TTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
257 TTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
* *
21621 GCATCTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAT-TGGGAAACAATATTG
322 GCATCTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGT-GAAAACAATATTG
*
21685 GAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTAAATATTATAGTTTTTCTGAATACTGTCGCA
386 GAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCGTTAAATATTATAGTTTTTCTGAATACTGTCGCA
*
21750 AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATATTAAC
451 AAAAAACTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATATTAAC
* * **
21815 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGC
516 CATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTCCGGAGCCCCAACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGC
*
21880 AAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTG
581 AAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAAAGGATTTAAGGATTTG
21945 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGTGAAAA
646 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GAAAAAAATGTGAAAA
*
22010 CGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTCTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTG
710 CGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTCTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTA
* *
22075 TTATTGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGT
775 TTATGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGT
*
22139 GTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCTGACTCAATTTTACTTGATT
840 GTATT-A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTACTTGATT
* *
22204 TTTGACGCAAAGACTCATTGAAATATCAATATTCATCGAACCA
903 TTTGACGCAAAGACACATTCAAATATCAATATTCATCGAACCA
22247 AATCTCAGCC
Statistics
Matches: 887, Mismatches: 50, Indels: 17
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
945 1 0.00
946 164 0.18
947 545 0.61
948 86 0.10
951 89 0.10
952 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (948 bp):
TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
ACCATTTAAATGTTTTGGGGCTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAACTGAGG
AAAAACTCTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTATAGATCATCACGGTTTTT
GGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTACTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTCA
AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
CTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGTGAAAACAATATTGGAAGC
GTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGCGTTAAATATTATAGTTTTTCTGAATACTGTCGCAAAAAA
ACTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATATTAACCATCA
CAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTCCGGAGCCCCAACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGA
CTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAAAGGATTTAAGGATTTGTTTTT
ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATGTGAAAACGATAT
TGGAAGCGTGAAAAACCATTCTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTATGG
CAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTA
CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTACTTGATTTTTGACGC
AAAGACACATTCAAATATCAATATTCATCGAACCATCA
Found at i:22273 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 21299--22766 Score: 1833
Period size: 333 Copynumber: 4.5 Consensus size: 332
21289 CTAACCATCA
*
21299 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
* * * *
21364 ACCATT-TAAATGTTTTGGGGCTGAATATTATAGTTTTTCTGAGTATTTCGGCAAAAAAATTGAG
66 ACCATTCT-AATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTT-TGCAAAAAAATTGAG
* * *
21428 GAAAAACTCTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAAGACATCACGGTT
129 GAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAA-CCATCACGGTT
*
21492 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACT-ATATTTTACTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCC
193 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCA-ATTTTACTTGATTTTTGACGCAAAGACTCC
*
21556 TTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
257 TTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
21621 GCATCTGAATC
322 GCATCTGAATC
* * *
21632 TTGTTTCTATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAATTGGG-AAACAATATTGGAAGCGTGAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAA
* * * * * *
21696 AACCATTTTAATTTTTTGGGGTTAAATATTATAGTTTTTCTGAATACTGTCGCAAAAAAATTGAG
65 AACCATTCTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTA-TTTTGCAAAAAAATTGAG
* *
21761 GAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATATTAACCATCACGGTTT
129 GAAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTT
* * *
21826 TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTT
194 TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTACTTGATTTTTGACGCAAAGACTCCTT
*
21891 CAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
259 CAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
21956 ATCTGAATC
324 ATCTGAATC
*
21965 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGTGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
*
22030 ACCATTCTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTGTTATTGC-AAAAAATTGAGG
66 ACCATTCTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATT-TTGCAAAAAAATTGAGG
*
22094 AAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTT
130 AAAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTT
* * *
22159 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCTGACTCAATTTTACTTGATTTTTGACGCAAAGACTCATTG
195 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTACTTGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTC
* * * *
22224 AAATATCAATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
260 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
*
22289 TTTGAATC
325 TCTGAATC
* * *
22297 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAATAGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
* ** * * * * *
22360 GCCCGTC-AATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTG-GATAATTTGC--AAAAATCGA
66 ACCATTCTAAT-TTTTTGGGGTTGAATAATATA-GTTTTTCTGAG-TATTTTGCAAAAAAATTGA
* * * * *
22421 -GAAAAACCTATTCAGGTCAG----T------TTTTAGCCGAAATCGTTTACTAACCTTCACGGT
128 GGAAAAA-CTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGT
* * * ** * * * * * * *
22475 TTTTGACT-AAAATGTGTTTTAGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGAAG-GAAGACT
192 TTTTGGCTAAAAACGCG-TTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTACTTGATTTTT-GACGCAAAGACT
* * * *
22537 CTTTGAAATATCTGTAGTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
255 CCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
*
22602 AAGCATCTGAATC
320 GAGCATCTGAATC
* * **
22615 TCGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAATGGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
* ** * * * * * * *
22678 GCCCGTC-AATCTATTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTCTGAATAATTTGCAAAAAAAATCGA-
66 ACCATTCTAAT-TTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGC-AAAAAAATTGAG
*
22741 GAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTA
129 GAAAAA-CTTTTCGGGTCAGTATTTA
22767 GCTGATTTTA
Statistics
Matches: 1023, Mismatches: 90, Indels: 52
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
317 16 0.02
318 193 0.19
319 43 0.04
320 27 0.03
324 1 0.00
325 1 0.00
328 6 0.01
329 22 0.02
330 58 0.06
331 10 0.01
332 241 0.24
333 387 0.38
334 18 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA
ACCATTCTAATTTTTTGGGGTTGAATAATATAGTTTTTCTGAGTATTTTGCAAAAAAATTGAGGA
AAAACTTTTCGGGTCAGTATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTTT
GGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTACTTGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTCA
AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
CTGAATC
Found at i:23676 original size:334 final size:328
Alignment explanation
Indices: 22774--24277 Score: 1472
Period size: 324 Copynumber: 4.6 Consensus size: 328
22764 TTAGCTGATT
* * * * * *
22774 TTAAAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCTATTTT-GCATCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGT
1 TTAAAAGCGTCAAAAGTCCTTCAATCT-TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTT
* * * * *
22838 GGCTAAAAATTGAAGAAATATCTTTCGCATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATAAT
65 AGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCG-GTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CGAAATCGT-GAAT
* * * * *
22903 AATCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCT-GGGCTCCGGGTAAGTTTTGCATGATTTTTT
127 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT--TGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTT
* * * * **
22967 GCGCCAAGAATCCTTAAGATATCCATATTCATTTGATAAAAT-TTCATCTGCATTGCATTTAAGG
190 GCGCCAAGACTCCTTAAGATATCCATATTCATCTAATAAAATCTT-AGCCACATTGCATTTAAGG
*
23031 ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTC-AAAAAAATA
254 ATTTGTTTTTACGAGCATCT--GAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAAATA
23095 TGAAAAAC--T-
317 TGAAAAACGATA
* * * * *
23104 TTGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA--TTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTAGTTT
1 TT-AAAAGCGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTT
* * * *
23167 AGCCAAAAATTGA-GAAAAATTATTTCGGTC-ATGTTTTGCAAAAATTTAGCTTAAA-C-TG--T
65 AGCCAAAAATTGAGGAAATA-TCTTTCGGTCAAT-TTTTGCAAAATTTTAGC-GAAATCGTGAAT
* * ***** * ** * *
23226 GCACGATTTTTTTTTTTTGCTAAAAACATGTTTCGGGGCCCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTG
127 -AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTT
* * * * * *
23291 GCGTCGAGACTACTTGAA-TTATCTATATTCATCTAATCAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGG
190 GCGCCAAGACTCCTT-AAGATATCCATATTCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGG
** * *
23355 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAGAATAGG
254 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAAATATG
23420 AAAAACGATA
319 AAAAACGATA
* *
23430 TTAGAAA-CATCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTT
1 TTA-AAAGCGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTT
*
23494 AGCCAAAAATTGAGGAAATA-CATTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTAA
65 AGCCAAAAATTGAGGAAATATC-TTTC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CGAAATCGTG-AA
* *
23558 TAACACCATCACAGTTTTTGGCTGAAAAA-GCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGCTTTGCATGATTT
126 T-A-ACCATCACGGTTTTTGGCT-AAAAACGCGTT-TGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* * * * *
23622 TTTTCGCCAAGACTCCTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATCTGAGCCACATTGGATTTAA
187 TTTGCGCCAAGACTCCTTAAGATATCCATATTCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAA
* * * * * * *
23687 GAATTTGTTTTTACGAGAATTTGAATCTTGTCTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATA
252 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAAATA
*
23752 TGAAATACGATA
317 TGAAAAACGATA
* * * *
23764 TTAAAAGCCCG-AAAAAGTCC-TCAAATATTTTTGGTGTT-AGATTATATATATTTTATGAGTAT
1 TTAAAAG--CGTCAAAAGTCCTTC-AATCTTTTTGGCGTTGA-ATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * * *
23826 TTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCGAAAAT-G-G
62 TTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTC-GGTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAGCG-AAATCGTG
* *
23889 --T----GT-ACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTT
124 AATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
* * * **
23946 TTGCTGCCGAGATTCCTTAAAATATCTGTATTCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAA
188 TTGC-GCCAAGACTCCTTAAGATATCCATATTCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAA
* * *
24011 GGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTGATTCAAAAAAAATA
252 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAAATA
24076 TGAAAAACGATA
317 TGAAAAACGATA
* * * * * * *
24088 TTAAAAGCGTGAAAAGACCTTCAATCTTTTTGGCGTTGATTTATTTATTTTTTAAGAGTATTATG
1 TTAAAAGCGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTA
* * * *
24153 GCTAAAAATTGAGTAAATATCTTTCGGGTAAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCAATA
66 GCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CGAAATCGTG-AATA
* * * * * *
24218 ATCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTATGGAG-CCTGGTTCAGTTTTGCATGATTTT
128 ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-TGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
24278 GGCAACAAGA
Statistics
Matches: 963, Mismatches: 153, Indels: 114
0.78 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
322 55 0.06
323 95 0.10
324 282 0.29
325 21 0.02
326 6 0.01
327 56 0.06
328 55 0.06
329 48 0.05
330 4 0.00
331 39 0.04
332 27 0.03
333 6 0.01
334 168 0.17
335 80 0.08
336 21 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (328 bp):
TTAAAAGCGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTA
GCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCGAAATCGTGAATAACC
ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCA
AGACTCCTTAAGATATCCATATTCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTT
TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAAATATGAAAAACG
ATA
Found at i:24045 original size:658 final size:649
Alignment explanation
Indices: 22774--24277 Score: 1880
Period size: 658 Copynumber: 2.3 Consensus size: 649
22764 TTAGCTGATT
* * * * *
22774 TTAAAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCTATTTTGCATCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTG
1 TTAAAAGCATCAAAAGACCTTCAATCT-TTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATG
* * * *
22839 GCTAAAAATTGAAGAAATATCTTTCGCATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATAATA
65 GCTAAAAATTGAGGAAATATCTTTCG-GTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATA
* * * *
22904 ATCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCT-GGGCTCCGGGTAAGTTTTGCATGATTTTTTG
129 ATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTG
* * * * ** *
22968 CGCCAAGAATCCTTAAGATATCCATATTCATTTGATAAAATTTCATCTGCATTGCATTTAAGGAT
193 CGCCAAGAATCCTTAAGATATCCATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGAAT
* *
23033 TTGTTTTTACGAGCATCTAAAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAATATGA
258 TTGTTTTTACGAGAATCTAAAAATCTTGTCTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAATATGA
** *
23098 AAAACTTTGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTA
323 AAAACTTTGAAAAGCCCGAAAAGTCCTCAAATTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTA
* *
23163 GTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAATTATTTCGGTCATGTTTTGCAAAAATTTAGCTTAAACTGTGC
388 GTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAATTATTTCGGTCATGTTTTGCAAAAATTTAGCTGAAAATGTGC
* * * *
23228 ACGATTTTTTTTTTTTGCTAAAAACATGTTTCGGGGCCCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
453 ACG-----TGTTTTTGGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * *
23293 GTCGAGACTACTTGAATTATCTATATTCATCTAATCAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGATT
513 GCCGAGACTACTTAAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGATT
* ** *
23358 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAGAATAGGAAA
578 TGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAAATAGGAAA
23423 AACGATA
643 AACGATA
* *
23430 TTAGAAA-CATCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTT
1 TTA-AAAGCATCAAAAGACCTTCAATCTTTTTG-CGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTAT
* * *
23494 AGCCAAAAATTGAGGAAATA-CATTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTAA
64 GGCTAAAAATTGAGGAAATATC-TTTC-GGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAA
* * *
23558 TAACACCATCACAGTTTTTGGCTGAAAAA-GCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGCTTTGCATGATTT
127 T-A-ATCATCACGGTTTTTGGCT-AAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* * * * * *
23622 TTTTCGCCAAGACTCCTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATCTGAGCCACATTGGATTTAA
189 TTTGCGCCAAGAATCCTTAAGATATCCATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGCATTTAA
** * *
23687 GAATTTGTTTTTACGAGAAT-T-TGAATCTTGTCTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAA
254 GAATTTGTTTTTACGAGAATCTAAAAATCTTGTCTCGATTTAATTAAAAATTAATTCA-AAAAAA
* * *
23750 TATGAAATACGATATT-AAAAGCCCGAAAAAGTCCTCAAATATTTTTGGTGTTAGATTATATATA
318 TATGAAAAAC--T-TTGAAAAGCCCG-AAAAGTCCTC-AA-ATTTTTGGCGTTAAATTATATATA
* * * *
23814 TTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATT-TTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTT
377 TTTTATGAGTAGTTTAGCCAAAAATTGA-GAAAAATTATTTC-GGTCA-TGTTTTGCAAAAATTT
* **
23878 AGC-GAAAATGGTGTACG-GTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCAT
439 AGCTGAAAAT-GTGCACGTGTTTTTGGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCAT
* * *
23941 GATTTTT-GCTGCCGAGATTCCTTAAAATATCTGTATTCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGC
503 GATTTTTGGC-GCCGAGACTACTTAAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGC
* *
24005 ATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTGATTCAAAA
567 ATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAA
*
24070 AAAATATGAAAAACGATA
632 AAAATAGGAAAAACGATA
* * * * *
24088 TTAAAAGCGTGAAAAGACCTTCAATCTTTTTGGCGTTGATTTATTTATTTTTTAAGAGTATTATG
1 TTAAAAGCATCAAAAGACCTTCAATCTTTTT-GCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATG
* * *
24153 GCTAAAAATTGAGTAAATATCTTTCGGGTAAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCAATA
65 GCTAAAAATTGAGGAAATATCTTTC-GGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATA
* * * * * *
24218 ATCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTATGGAG-CCTGGTTCAGTTTTGCATGATTTT
129 ATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
24278 GGCAACAAGA
Statistics
Matches: 730, Mismatches: 94, Indels: 49
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
655 32 0.04
656 157 0.22
657 29 0.04
658 392 0.54
659 15 0.02
660 12 0.02
661 1 0.00
662 52 0.07
663 17 0.02
664 23 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (649 bp):
TTAAAAGCATCAAAAGACCTTCAATCTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGG
CTAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAAT
CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGC
CAAGAATCCTTAAGATATCCATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGAATTTG
TTTTTACGAGAATCTAAAAATCTTGTCTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAATATGAAAA
ACTTTGAAAAGCCCGAAAAGTCCTCAAATTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTAGTT
TAGCCAAAAATTGAGAAAAATTATTTCGGTCATGTTTTGCAAAAATTTAGCTGAAAATGTGCACG
TGTTTTTGGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGAC
TACTTAAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTA
CAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAAATAGGAAAAACGATA
Found at i:25155 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 25131--25159 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
25121 TATATTACTA
25131 TATACTAATATATAT
1 TATACTAATATATAT
25146 TATA-TAATATATAT
1 TATACTAATATATAT
25160 CTTTATCATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.71
15 4 0.29
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (15 bp):
TATACTAATATATAT
Found at i:25240 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 25202--25241 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
25192 ATAACATCAC
**
25202 AATATATATTATACTAAATAA
1 AATATATATTATAAAAAATAA
25223 AATATAT-TTATAAAAAATA
1 AATATATATTATAAAAAATA
25242 TGGCTAAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.59
21 7 0.41
ACGTcount: A:0.60, C:0.03, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
AATATATATTATAAAAAATAA
Done.