Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023869.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23902, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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722 TGGTACATGA
* *
732 ATTTCGGCGAAAATTTTGCAAAAATTTACCCAAAAGAGTTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACT
1 ATTTCGGCGAAAATTTTGCAAAAATTAACCCAAAAGAGTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACT
* * * * **
797 CATAAAAAATATATGATTCAACGCCAAAAATATTAAAAGGTTTTTCACTCTTATAATATTGTTTT
66 CATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAATATTAAAAGGTTTCTCACGCTTATAATATTGTTCC
* * * * * * * *
862 TCTTATATTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATATGATTTAGCTGCTCGTAAAAACAAAT
131 TATTATATTTCTAAATTAATTTATAATTAAATCGAAATAGGATTGAGATGATCGTAAAAACAAAT
* **** * ** **
927 CGTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAATGGGACTTGGTGCC
196 CGTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTCAAAAGATGAATATAAATATTTCAATAAGACTTGGCCCC
*
992 AAAAATCATGCAAAACAGAACCGGCGCCCCGAAACGCGTTTACGATAAAAACCGTGATGGTTAGT
261 AAAAATCATGCAAAACAGAACCGGCGCACCGAAACGCGTTTACGATAAAAACCGTGATGGTTAGT
1057 ACACG
326 ACACG
*
1062 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAA-A-TTTCTCAC-CAATTTTTGGCCACAAT
1 ATTTCGGCGAAAATTTTGCAAAAATTAACCC-AAAAGAGTTT-TC-CTCAATTTTTGGCCACAAT
* * *
1124 ACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCC-AAAATGATTGAAGGGTTTCTCCCGCTTAT-ATCATT
63 ACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAT-ATTAAAAGGTTTCTCACGCTTATAAT-ATT
* * * *
1187 -TTCCTATTTTTTTTCTAAATATAATTTATAATTAAATCGAAATCGGATTGAGATGATCGTGAAA
126 GTTCCTATTATATTTCTAAAT-TAATTTATAATTAAATCGAAATAGGATTGAGATGATCGTAAAA
* * *** *
1251 ACAAATTC-TTAAATCCAATGTTGATGAGTTTTCAAAAG-TCGAATATGGGTATTTCAATAAGTC
190 ACAAA-TCGTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTCAAAAGAT-GAATATAAATATTTCAATAAGAC
* * *
1314 TTGGCCCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCACCGAAA
253 TTGGCCCCAAAAATCATGCAAAACAGAACCGGCGCACCGAAA
1356 TGAGTTTTTA
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 44, Indels: 16
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 25 0.10
330 210 0.87
331 7 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (330 bp):
ATTTCGGCGAAAATTTTGCAAAAATTAACCCAAAAGAGTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACT
CATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAATATTAAAAGGTTTCTCACGCTTATAATATTGTTCC
TATTATATTTCTAAATTAATTTATAATTAAATCGAAATAGGATTGAGATGATCGTAAAAACAAAT
CGTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTCAAAAGATGAATATAAATATTTCAATAAGACTTGGCCCC
AAAAATCATGCAAAACAGAACCGGCGCACCGAAACGCGTTTACGATAAAAACCGTGATGGTTAGT
ACACG
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Alignment explanation
Indices: 2031--2315 Score: 331
Period size: 144 Copynumber: 2.0 Consensus size: 144
2021 ATCGAAATCG
* **
2031 GATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGATGAGATTTCGTTAAACGAATAT
1 GATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAAATGAGATTTCGTTAAACGAATAT
* * * *
2096 AGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATAAAAAACTGAGTCGGGGCACCGAAATGCGTT
66 AGATATTTCAATGAGTATTGGTGCCAAAAAACATAAAAAACTGAATCGGGGCACCGAAACGCGTT
2161 TTTAGCCAAAACAA
131 TTTAGCCAAAACAA
* * * * * * *** *
2175 GATTTAGATGCTTGTAAATATAAATCTTTAAATCCAATGTAAATGAGATTTGGTTAGGTGTATAT
1 GATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAAATGAGATTTCGTTAAACGAATAT
* * * * * *
2240 AGATATTTCAA-GAATTATTGGTGCCAAAAAACA-AGCAAAACTGAATCTGGGCCCCGTAACGTG
66 AGATATTTCAATG-AGTATTGGTGCCAAAAAACATA-AAAAACTGAATCGGGGCACCGAAACGCG
2303 TTTTTAGCCAAAA
129 TTTTTAGCCAAAA
2316 ATCGTGATGC
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 23, Indels: 4
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
143 2 0.02
144 114 0.98
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (144 bp):
GATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAAATGAGATTTCGTTAAACGAATAT
AGATATTTCAATGAGTATTGGTGCCAAAAAACATAAAAAACTGAATCGGGGCACCGAAACGCGTT
TTTAGCCAAAACAA
Found at i:2839 original size:802 final size:800
Alignment explanation
Indices: 1--3724 Score: 4922
Period size: 803 Copynumber: 4.7 Consensus size: 800
* *
1 TATAATTCAATGCCAAAAATAGTTAAAAAGTTTTTTGACGCTTATAATATTGTTTTTCCTATTTT
1 TATAATTCAATGCCAAAAATA-TT-AAAAGGTTTTTCACGCTTATAATATTGTTTTTCCTATTTT
* * *
66 TCTGAATTAATTTCTGAGTAAAATTGAAATAATGATTAAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAA
64 TCTGAATTAATTTCT-AATTAAATTGAAAT-ATGATTTAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAA
* ** *
131 TCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCGGTTAGACTTGGTACCAAAAATC
127 TCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT-TATTAGACTTGGTGCCAAAAATC
* * *
196 ACGCAAAACAGAGCTGGGG-CCCGAAACACGTTTATGGTAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA
191 ATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTATGGTAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA
* * * *
260 TTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTCTCCCCAATTCTTGGCCACAATACTC
256 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTC
* * * *
325 ATAAAAAATATATAACTCAACGTCAAAATTATTGAAGGGCTTCTCATGCTTCTTATATCATTTTC
321 ATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTTCA-CCTTCTTATATCATTTTC
*
390 CTATTTTTTT-CGAATTAATTTATAATTAAATCGAAA-CTGGAATGAGATGCTCGTAAAAACAAA
385 CTATTTTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCGAAATC-GGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAA
* * * * *
453 TCCTTAAATCTACTGTGGATGAGATTTCGTTAAACAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGC
449 TCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTCATTAAACGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGC
* *
518 CAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCACCAAAATGTGTTTTTAGCCGAAACAAGATTCAGATG
514 CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCACCGAAATGTGTTTTTAGCCGAAACAAGATTCAGATG
* * *
583 CTTTTAAATACAAATCTTTTAATCCAATGTAAATGAGATTTGGTTAGCTGTATATAGATATTTCA
579 CTTGTAAATACAAATCTTTAAATCCAATGTAAATGAGATTTGGTTAGATGTATATAGATATTTCA
*
648 AGAATTCTTGGTGCCAAAAAAATATGCAAAACTGAATCTGGGCCCCGTAACGTGTTTTTAGCCAA
644 AGAATTCTTGGTGCCAAAAAAA-A-GCAAAACTGAACCTGGGCCCCGTAACGTGTTTTTAGCCAA
* * * *
713 AAATCGTGA-TGGTACATGAATTTCGGCGAAAATTTTGCAAAAATTTACCCAAAAGAGTTTTCCT
707 AAATCGTGAGTAG-ACACG-ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTTACCCGAAAGAGTTTTCCT
777 CAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATA
770 CAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATA
* * * * *
808 TATGATTCAACGCCAAAAATATTAAAAGGTTTTTCACTCTTATAATATTGTTTTTCTTATATTTC
1 TATAATTCAATGCCAAAAATATTAAAAGGTTTTTCACGCTTATAATATTGTTTTTCCTATTTTTC
* * *
873 TGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATATGATTTAGCTGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATCCA
66 TGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATATGATTTAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCA
* **
938 ATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAATGGGACTTGGTGCCAAAAATCATGC
131 ATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTT-ATTAGACTTGGTGCCAAAAATCATGC
* * * *
1003 AAAACAGAACCGGCGCCCCGAAACGCGTTTACGAT-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
195 AAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTATGGTAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
*
1067 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAAATTTCTCACCAATTTTTGGCCACAATACTCATAA
260 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTCATAA
*
1132 AAAATATATAACTCAACGCCAAAATGATTGAAGGG-TTTCTC-CC-GCTTATATCATTTTCCTAT
325 AAAATATATAACTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTT-TCACCTTCTTATATCATTTTCCTA-
** * * *
1194 TTTTTTTCTAAATATAATTTATAATTAAATCGAAATCGGATTGAGATGATCGTGAAAACAAATTC
388 TTTTTTTCCGAAT-TAATTTATAATTAAATCGAAATCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * * * *
1259 TTAAATCCAATGTTGATGAGTTTTCA--AAAGTCGAATATGGGTATTTCAATAAGTCTTGGCCCC
452 TTAAATCCAATGTGGATGAGATTTCATTAAA--CGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCC
* * * * **
1322 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCACCGAAATGAGTTTTTAGTCGAAACAAGATTCATATTT
515 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCACCGAAATGTGTTTTTAGCCGAAACAAGATTCAGATGC
**
1387 TTGTAAATACAAATCTTTAAATCCAATGTAAATGAGATTTTATTAGATGTATATAGATATTTCAA
580 TTGTAAATACAAATCTTTAAATCCAATGTAAATGAGATTTGGTTAGATGTATATAGATATTTCAA
* * * * * *
1452 GGATTCTTGATGCCAAAAAAATGCAACACTGAACCTCGGCCCCGTAACGTGTTTTTAGCCAAAAC
645 GAATTCTTGGTGCCAAAAAAAAGCAAAACTGAACCTGGGCCCCGTAACGTGTTTTTAGCCAAAAA
* * *
1517 T-GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTTACCTGAAATAGTTTTCCCC
710 TCGTGA--G-TAG-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTTACCCGAAAGAGTTTTCCTC
*
1581 AATTTTTGGCCACGATACTTAT-AAAAAT-
771 AATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATA
* * *
1609 TAT-A-T-AATGCCAAAAAAATTAAAAGGTTTTTCACGCGTATAATATTGTTTTTCCTATTTTCC
1 TATAATTCAATGCCAAAAATATTAAAAGGTTTTTCACGCTTATAATATTGTTTTTCCTATTTTTC
* * * *
1671 TGAATTATTTTCTAATTAAATTGAAATCTGATTTGGATGCTCGTAAAAGGAAATCCTTAAATCCA
66 TGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATATGATTTAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCA
* * * *
1736 ATGTGGGTAAGATATGATTAGATCAATATAGATATTTTATTGAGACTTGGTGCCAAAAATCATGC
131 ATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTATT-AGACTTGGTGCCAAAAATCATGC
* * * ** *
1801 AAAACAGAGAC-GGGCTCCGAAACGCGTTTATGGTCAAAAATTGTGATGGTTAGTACATGATTTC
195 AAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTATGGTAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* *
1865 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTCATAA
260 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTCATAA
* * * *
1930 AAAATATATAACTCAACGTCAAAATTATTGAAGGGCTTCTCAGGCTTCTTATA-CTATTTTCCTA
325 AAAATATATAACTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTTCA-CCTTCTTATATC-ATTTTCCTA
* *
1994 ATTTTTTCAGAATTAATTTATAATTAAATCGAAATCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
388 TTTTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCGAAATCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* * *
2059 TAAATCTAATGTGGATGAGATTTCGTTAAACGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAA
453 TAAATCCAATGTGGATGAGATTTCATTAAACGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAA
** * * *
2124 AATCATAAAAAACTGAGTCGGGGCACCGAAATGCGTTTTTAGCCAAAACAAGATTTAGATGCTTG
518 AATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCACCGAAATGTGTTTTTAGCCGAAACAAGATTCAGATGCTTG
* *
2189 TAAATATAAATCTTTAAATCCAATGTAAATGAGATTTGGTTAGGTGTATATAGATATTTCAAGAA
583 TAAATACAAATCTTTAAATCCAATGTAAATGAGATTTGGTTAGATGTATATAGATATTTCAAGAA
* *
2254 TTATTGGTGCCAAAAAACAAGCAAAACTGAATCTGGGCCCCGTAACGTGTTTTTAGCCAAAAATC
648 TTCTTGGTGCCAAAAAA-AAGCAAAACTGAACCTGGGCCCCGTAACGTGTTTTTAGCCAAAAATC
2319 GTGA-T-G-CACGAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTTACCCGAAAGAGTTTTCCTCAATTT
712 GTGAGTAGACACG-ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTTACCCGAAAGAGTTTTCCTCAATTT
2381 TTGGCCACGATACTCATAAAAAATA
776 TTGGCCACGATACTCATAAAAAATA
*
2406 TATAATTCAATGCCAAAAATATTAAAAGTTTTTTCACGCTTATAATATTGTTTTTCCTATTTTTC
1 TATAATTCAATGCCAAAAATATTAAAAGGTTTTTCACGCTTATAATATTGTTTTTCCTATTTTTC
* * * *
2471 TGAATTAATTTATGATTAAATTGAAATATGATTCAGATGCTTGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCA
66 TGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATATGATTTAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCA
* * * *
2536 ATGTGTGGGTGAGA-TTGGTTAGATGAATATAGATATTTCTCTTAGACTTGATACTAAAAATCAT
131 A--TGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT-TATTAGACTTGGTGCCAAAAATCAT
* *
2600 GCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTATGGTAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATT
193 GCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTATGGTAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * *
2665 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTAACCCGAAAAATTTCTCCCCAATTTCTAGCCACAATACTCAT
258 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTCAT
* *
2730 ATAAAATATATAACTCAACGCCAAAATGAATGAAGGGCTTTTCACACTTCTTATATCATTTTCCT
323 AAAAAATATATAACTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTTCAC-CTTCTTATATCATTTTCCT
* * * *
2795 ATTTTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCAAAATTGGATTGAGATGCTCCTAAAAACAAATTC
387 ATTTTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCGAAATCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* ** * * * *
2860 TTAAATCCAATGTTGATGAGATTTCATTAGTCAAATATAGATATTTGAATAAGTCTTGGCGCAAA
452 TTAAATCCAATGTGGATGAGATTTCATTAAACGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAA
* * *
2925 AAATCTTGCAAAACTTAG-CCGGGCACCGAAATGTGTTTTTAGCCGAAACAAGATTCAGATGCTT
517 AAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCACCGAAATGTGTTTTTAGCCGAAACAAGATTCAGATGCTT
* * *
2989 GTAAATACAAATCATTAAATCCAATGTAAATGAGATTTGGTTCGATGTATATAGATATTTCAAGG
582 GTAAATACAAATCTTTAAATCCAATGTAAATGAGATTTGGTTAGATGTATATAGATATTTCAAGA
*
3054 ATTCTCGGTGCCAAAAAAACATGCAAAACTGAACCTGGGCCCC-TAACGTGTTTTTAGCCAAAAA
647 ATTCTTGGTGCCAAAAAAA-A-GCAAAACTGAACCTGGGCCCCGTAACGTGTTTTTAGCCAAAAA
* * * *
3118 -CTGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAACATTTACCCGGATA-AGTTTTCC
710 TC-GTGA--G-TAG-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTTACCC-GAAAGAGTTTTCC
* *
3181 TCAATTTTT-GACATCGATAATCATAAAAAATA
769 TCAATTTTTGGCCA-CGATACTCATAAAAAATA
* * * *
3213 TATAATTCAACGAC-AAAATGATTCAAAGGTTTTTCACGCTTATAATATTGTTTTTCTTATTTTT
1 TATAATTCAATGCCAAAAAT-ATTAAAAGGTTTTTCACGCTTATAATATTGTTTTTCCTATTTTT
* *
3277 CTGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATATGATTTAGATGCTCGTAACAGCAAAACCTTAAATCC
65 CTGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATATGATTTAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCC
* * *
3342 AATGTGGGTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTTCATGAGACTTGGTGCCAAAAATCAGG
130 AATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTT-ATTAGACTTGGTGCCAAAAATCATG
* * * * *
3407 CAAAACAAAGCCAGGGCCCCGAAACGCGTTTATATGGTCAAAAATCGTGATGATTAGTACACGAT
194 CAAAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCG-TT-TATGGTAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
* * *
3472 TTCGGCTAAAA--TTG---------ACCTGAAAAAATTCTCCCCAATTTTTGGCCACAGTACTCA
257 TTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTCA
* * * **
3526 TAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGTTTGAAAGGC--TT---C-TC-T-CGT--TTTTCCT
322 TAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTTCACCTTCTTATATCATTTTCCT
* ** * * * * * *
3581 A-TTTTTTCCAAATTAAAATCTAATTAAATCAAAACCGAATTAAAATGCTCGTAAAAACAAATCC
387 ATTTTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCGAAATCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * * * * *
3645 TTAAATCCAATGAGGTTGAGATTTTATTAGAA-GGATATAGATATTTTAAAGAGTCTTGGCGCCC
452 TTAAATCCAATGTGGATGAGATTTCATTA-AACGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCA
3709 AAAATCATGCAAAACT
516 AAAATCATGCAAAACT
3725 AAGCCAGGAC
Statistics
Matches: 2563, Mismatches: 300, Indels: 130
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
785 117 0.05
786 8 0.00
788 1 0.00
789 1 0.00
790 2 0.00
791 1 0.00
794 4 0.00
795 66 0.03
796 7 0.00
797 94 0.04
798 296 0.12
799 234 0.09
800 188 0.07
801 271 0.11
802 332 0.13
803 517 0.20
804 36 0.01
805 63 0.02
806 81 0.03
807 197 0.08
808 47 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (800 bp):
TATAATTCAATGCCAAAAATATTAAAAGGTTTTTCACGCTTATAATATTGTTTTTCCTATTTTTC
TGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATATGATTTAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCA
ATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTATTAGACTTGGTGCCAAAAATCATGCA
AAACAGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTATGGTAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
GCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAA
AAATATATAACTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTTCACCTTCTTATATCATTTTCCTATTT
TTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCGAAATCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
ATCCAATGTGGATGAGATTTCATTAAACGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
CATGCAAAACTGAGTCGGGGCACCGAAATGTGTTTTTAGCCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAA
ATACAAATCTTTAAATCCAATGTAAATGAGATTTGGTTAGATGTATATAGATATTTCAAGAATTC
TTGGTGCCAAAAAAAAGCAAAACTGAACCTGGGCCCCGTAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGA
GTAGACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTTACCCGAAAGAGTTTTCCTCAATTTTTGGC
CACGATACTCATAAAAAATA
Found at i:5021 original size:322 final size:320
Alignment explanation
Indices: 4156--5397 Score: 1620
Period size: 322 Copynumber: 3.9 Consensus size: 320
4146 TTTTAGCCAA
* * * * * **
4156 AATACTCAGAAAAAGTAAAAAATTCAATGC-CAAAAAGATTAAAG-GATTTTTCACGCTTCT-AA
1 AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAA--CACAAAAAGATTGACGTGA-TTTTCACTATTCTAAA
* * * * * * * **
4218 TATCGTTTTTCCAACGTTTTTCCTAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGAATCAGATGTTCG
63 TATCG-TTTTCCCA-TTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTCAGATACTCG
* * * * * * * *
4283 TAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACGGA
126 TAAAAACAAATCCTTATATCGAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATCAATATAGAAATTTTAAGGA
* * * * *
4348 ATCTTTGCACCCAAAATCATGCAAAATGGAGCCGGGCTCCGGAATGTGTTTTTAGCCAAAAACTG
191 GTCTTTGCACCCAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
** * * * * ** *
4413 TGAT-GCAACGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCAAAAAGTTTTTTCTCAATCATTTGCAA
256 TGATGGTTA-GTACACGATTTCGTCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTATCAATTTTTTACAA
4477 C
320 C
* * *
4478 AATACTCAGAAATAATATACAATTCAACACCAAAAGATTGACGTGATTTTCA-TGATTCTAAATA
1 AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAGATTGACGTGATTTTCACT-ATTCTAAATA
*
4542 TCGTTTTCCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGATACAAGAGTCAGATACTCGTAAA
65 TCGTTTTCCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTCAGATACTCGTAAA
* * *
4607 AACAAATCCTTATATGGAATGTGGCTAAGATTTGGTTACATGAATATAG-AATTTTAAAGGAGTC
130 AACAAATCCTTATATCGAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATCAATATAGAAATTTT-AAGGAGTC
*
4671 TTTGCACCCAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGCTCCGGAAGGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA
194 TTTGCACCCAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA
4736 TGGTTAGTACACGATTTCGTCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTATCAATTTTTTACAAC
259 TGGTTAGTACACGATTTCGTCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTATCAATTTTTTACAAC
* * *
4798 AATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACACAAAAAAGATTGACGTGATTTTCACTATTATATATA
1 AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACAC-AAAAAGATTGACGTGATTTTCACTATTCTAAATA
* * *
4863 TCGTTTTCCCATTTTTTTCTGAACTAATTTCTAATTCAGTCGATACAAGATTCAGATACTCGTAA
65 TCGTTTTCCCATTTTTTTC-GAATTAATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTCAGATACTCGTAA
* *
4928 AAACAAATCCTTATATCGAATGTGTCTAAGATTTGGTTAGATCAATATAGAAATTTTAAGGAGCC
129 AAACAAATCCTTATATCGAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATCAATATAGAAATTTTAAGGAGTC
* * *
4993 TTTGCGCCCAAAATCATG-AAATATTGAGCCAGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
194 TTTGCACCCAAAATCATGCAAA-ATTGAGCCGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTG
* * * *
5057 ATGGTTAGCACACGATTTC-TGCTAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTTTCAATTTTTTTCAAC
258 ATGGTTAGTACACGATTTCGT-CTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTATCAATTTTTTACAAC
*
5120 AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACATCAAAAAGATTGACGTGATTTTCACAATTCTAAATA
1 AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACA-CAAAAAGATTGACGTGATTTTCACTATTCTAAATA
* *
5185 TCGTTTTCCCATATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGATACATGATTCGGATACTCGT
65 TCGTTTTCCC--ATTTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTCAGATACTCGT
* * * **
5250 AAAAACAAATTCTTATATGGAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATCAATATAGAAATTTTAAGTCG
127 AAAAACAAATCCTTATATCGAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATCAATATAGAAATTTTAAGGAG
* * * *
5315 TCTTTGCGCCCAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGCTCCGGATCGCATTTTTAGTCAAAAACCGT
192 TCTTTGCACCCAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
5380 GATGG-TAGTACACGATTT
257 GATGGTTAGTACACGATTT
5398 GGGTTCTAAA
Statistics
Matches: 817, Mismatches: 86, Indels: 33
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
319 4 0.00
320 234 0.29
321 82 0.10
322 309 0.38
323 19 0.02
324 165 0.20
325 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (320 bp):
AATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAGATTGACGTGATTTTCACTATTCTAAATAT
CGTTTTCCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTCAGATACTCGTAAAA
ACAAATCCTTATATCGAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATCAATATAGAAATTTTAAGGAGTCTT
TGCACCCAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG
GTTAGTACACGATTTCGTCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTATCAATTTTTTACAAC
Done.