Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023872.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23905, whole genome shotgun sequence
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* *
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* * * * * *
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*
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* * * * ** *
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* *
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* * *
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* * ** **
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325 GGCTAAAA
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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**
1312 TAACTAAAA
324 TGGCTAAAA
* * **
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1 ACGCGTTTC-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCT
* *
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* * * *
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* * * * * *
1514 GTCCTCCAATCTTTTTGGTGCTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTATCAAAAAATTGAGG-
195 GTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATT-AGGA
* * *
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259 AAAATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAA-AATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
*
1635 TTGCCTAAAA
323 TTGGCTAAAA
* * * * * *
1645 ATGCG-TTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGAATTTTGTCGTCAAGACTCTTTGAAATATCTA
1 ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * * * * * *
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* ** *
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* * *
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*
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1967 TGGCTAAAA
324 TGGCTAAAA
* *
1976 ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCTAGACTCCTTGAAATATCTA
1 ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * * ** *
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* * *
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* * * * *
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2286 -----T----
323 TTGGCTAAAA
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1 ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * * * * * *
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* * *
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131 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
* * * *
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*
2607 TTTTTTGGCTAAAA
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* * * ** * * * * * *
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1 ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * ** * *
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* * * ** * *
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*
2940 TGGCAAAAAA
324 TGGC-TAAAA
** * * * *
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1 ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
* ** *
3015 TATTCATCTAATAAAAACCTAGCCACGTTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCT
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* * * * * * *
3080 TGTTTCGATTTAAGTACAAATTAATTCA-TAAAAATATGAAAAAAGATATTACAAGCGTGAAATG
131 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
* * ** * * * *
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* * * *
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* * *
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1 ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * * * * * *
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*
3412 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATCTGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAG
131 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
*
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* * *
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*
3601 TTTGGTTAAAA
322 TTTGGCTAAAA
* ** * *
3612 ACGCGTTCCGTTGCCCCGGCTCAGTTTTACATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
1 ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
* ** * *
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** * * * * * *
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* * ** *
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196 TCCTCCAAT-ATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAA-TT-AGG
* * * *
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*
3932 TATTGGCTAAAA
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** * * * * * *
3944 ACAAGTTTCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATAAGTTTTGCCGTCAAGACTCATTGAAATATCTA
1 ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
* *
4009 GATTCATCCAATAAAAAAGTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCT
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* *
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*
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* * * *
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*
4267 TTGGCCAAAA
323 TTGGCTAAAA
* *
4277 ACGCGTTTCGGGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTA
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* * *
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66 GATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCT
* * * *
4407 TATTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAGGAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAC
131 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
*
4472 TCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGTA
196 TCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATT-AGGAA
* * * *
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* *
4607 ACGCG-TTCTGGGGCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCT
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* * * * * * *
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*
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*
4801 GTCCTCCAATATTTTTAGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATTAAGGA
195 GTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATT-AGGA
* *
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4930 TGGCTAAAA
324 TGGCTAAAA
* * ** * *
4939 ATGCGTTCCGTTG-CCCGGCTCAGTTTTACATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
1 ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
* ** * *
5003 TATTCATCTAATAAAAACCTATCCACGTTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCT
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** * * * * *
5068 TGTTTCGATTTAATTCCAAATCAATTCAGAAAAAATATGAAAAATGATATTACAAGCGTGAAATG
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5133 TCCTCCAATCTATTTT-GCGTTAAATTATATGTAGTATACGAGTATTTTATCCAAAATTTAAGGA
196 TCCTCCAATAT-TTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATT-AGGA
* * * * *
5197 AAAATTTTTCGCGGTAATTTTTTGCAAAATTTTGGCCAAAATCGTGTTCT-ACCATCACGATTAT
259 AAAATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
5261 T-GCTTAAAA
324 TGGC-TAAAA
* * * * *
5270 ACGCGTTTCGGGGCGCCGGCTTAGTTTTGCATTATTTTTGCCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTA
1 ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
* *
5335 GAATCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATTTGAATCT
66 GATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCT
*
5400 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATCTGAAGAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
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* ** *
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196 TCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATT-AGGAA
* * * * *
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*
5593 TTGGTTAAAA
323 TTGGCTAAAA
* * * * ** * *
5603 ACGCGTTCCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATATTTT-CCGTGAAGACTCCTTGAATTATTT
1 ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT-TTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCT
* *
5667 AGATTCATCTCATAAAAAATTAG-CACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTGA-AAGCATTTGAAT
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5730 CTTGTTTCGATTTAATTAGATTTTAAATT-AGAAAAAATCTG-AAAAGGATATTAAAAGCGTGAA
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193 AAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATTAG-
* ** * * *
5848 AGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGTGAAA-TTTAGCCAAAATCGTGTACTAGCCATAACAGT
257 -GAAAAATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
5912 TTTTGGCTAAAA
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* ** * * * *
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* * * * **
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* * * *
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** *
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195 GTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATT-AGGA
* * *
6183 AAAA-TTTTCGCGATTA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAATCATCATGGTTTT
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6246 TGGCTAAAA
324 TGGCTAAAA
* * * * * *
6255 ACGCG-TTCTGAGGCCCCGGCTTAGTTTTGCAAGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAGTATCC
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*
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* ** * *
6384 CTTGTTTCGTTTTTGTTACAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAA
129 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAA
* * *
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* *
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258 AAAAATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTT
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* * * * *
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6823 AGGCTAAAAA
Statistics
Matches: 5661, Mismatches: 674, Indels: 313
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
306 1 0.00
307 27 0.00
308 94 0.02
309 134 0.02
310 10 0.00
311 1 0.00
312 2 0.00
314 1 0.00
315 1 0.00
318 68 0.01
319 24 0.00
320 190 0.03
321 109 0.02
322 74 0.01
323 166 0.03
324 187 0.03
325 16 0.00
326 42 0.01
327 10 0.00
328 106 0.02
329 295 0.05
330 494 0.09
331 891 0.16
332 1297 0.23
333 747 0.13
334 168 0.03
335 42 0.01
336 172 0.03
337 247 0.04
338 4 0.00
339 37 0.01
340 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
ACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
GATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCT
TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
TCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATTAGGAAA
AATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTG
GCTAAAA
Found at i:7070 original size:250 final size:244
Alignment explanation
Indices: 6580--7072 Score: 704
Period size: 250 Copynumber: 2.0 Consensus size: 244
6570 CACAGTTTTT
* *
6580 GGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTTAGTTTTGCAAGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGA
1 GGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTTAGTTTTGCAAGATTTTTGCCGCAAAGACTACTTGA
* * * *
6645 AATATCTAGATTTATCTAATAAAAAATTAACCACTTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATT
66 AATATATAGATTCATCTAATAAAAAATTAACCACTTGAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATT
* *
6710 GAATCTTGTTTCGATTAATTACAAATTAATTCAGAAAAAATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAA
131 GAATCTTCTTTCGATTAATTACAAATTAATTCAGAAAAAATGAAAAACGATAATAAAAGCGTGAA
* * * ** *
6775 AAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATGTATTTTATGAGTATA
196 AAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATA
* *
6824 GGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTTGCATA-ATTTTTGCCGTC-AAGACTACT
1 GGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTTAG-TTTTGCA-AGATTTTTGCCG-CAAAGACTACT
*
6887 TGAAATATATAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAG
63 TGAAATATATAGATTCATCTAATAAAAAATTAACCAC-TTGAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAG
* *
6952 CATTTGAATCTTCTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATT-AGAAAAAATCTGAAAAATGATAATAA
127 CA-TTGAATCTTCTTTCGA-TTAATTACAAATT-AATTCAGAAAAAA--TGAAAAACGATAATAA
*
7016 AATCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTAT
187 AAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTAT
7073 TTTATCCAAA
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 20, Indels: 12
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
244 30 0.14
245 58 0.26
246 29 0.13
247 15 0.07
248 20 0.09
249 4 0.02
250 64 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (244 bp):
GGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTTAGTTTTGCAAGATTTTTGCCGCAAAGACTACTTGA
AATATATAGATTCATCTAATAAAAAATTAACCACTTGAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATT
GAATCTTCTTTCGATTAATTACAAATTAATTCAGAAAAAATGAAAAACGATAATAAAAGCGTGAA
AAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATA
Found at i:7542 original size:324 final size:325
Alignment explanation
Indices: 6824--7688 Score: 1191
Period size: 324 Copynumber: 2.6 Consensus size: 325
6814 TATGAGTATA
* * *
6824 GGCTAAAAACGCGTT-TCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTTGCATAATTTTTGCCGTCAAGACTACTT
1 GGCTAAAAACGCGTTCT-GGGGCCCCGGCTTAG-TTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACT-CCT
*
6888 GAAATATATAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGC
63 GAAATATCTAGATTCATCTAAT-AAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGC
* * *
6953 ATTTGAATCTTCTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTAGAAAAAATCTGAAAAATGATAATAAAA
127 ATTTGAATCTTGTTTCGA-TT-ATTA-AAATT-AATTAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAA
* *
7018 TCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAA
188 GCGTGAAAAG---TCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATAAGTATTTTATCCAAA
* * * * *
7083 AATTGAGGAAAAAATTTCCGCGGTTATTTTTTTTGGAAAATTTTAGCGAAAATCGTGCACTAACC
250 AATTGACGAAAAAATTTCCGCGGTCA-TTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGCACTAACA
7148 ATCACAGTTTTT
314 ATCACAGTTTTT
* * * * *
7160 GGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCAGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGAGCCAAGACTCCTCGA
1 GGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCCT-GA
* * * * *** *
7225 AATGTCTAGGTTCATCTAATAAAAACTTAGCCACCTTGCATTTAACTGTTTGGTTTTACGAGCAT
65 AATATCTAGATTCATCTAATAAAAA-TTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCAT
7290 TTGAATCTTGTTTCGA-T-TT-AAATTAATTCAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCGTG
129 TTGAATCTTGTTTCGATTATTAAAATTAATT-AGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCGTG
7352 AAAAGTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATAAGTATTTTATCCAAAAATTGACG
193 AAAAGTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATAAGTATTTTATCCAAAAATTGACG
* * *
7417 AAAAAGTTTTCGCGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACAATCACAGTT
258 AAAAAATTTCCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGCACTAACAATCACAGTT
7481 TTT
323 TTT
* * * *
7484 GGCTAAAAACGCGTTCTGAGGCCCCGACTTAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCCATGA
1 GGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCC-TGA
*
7549 AATATCTAGATTCATCTAATAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTATTTTTACGAGCATT
65 AATATCTAGATTCATCTAATAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATT
*
7614 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTTAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCG
130 TGAATCTTGTTTCGA-TT-ATTA-AAATTAA-TTAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCG
7679 TGAAAAGTCC
191 TGAAAAGTCC
7689 TCCAATCTTT
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 49, Indels: 31
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
323 48 0.10
324 122 0.26
325 2 0.00
326 73 0.16
327 2 0.00
328 4 0.01
329 87 0.19
330 2 0.00
331 2 0.00
333 1 0.00
334 7 0.01
335 91 0.19
336 27 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (325 bp):
GGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCCTGAA
ATATCTAGATTCATCTAATAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATTT
GAATCTTGTTTCGATTATTAAAATTAATTAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAA
AGTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATAAGTATTTTATCCAAAAATTGACGAAA
AAATTTCCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGCACTAACAATCACAGTTTTT
Found at i:7884 original size:907 final size:905
Alignment explanation
Indices: 5914--8650 Score: 3955
Period size: 907 Copynumber: 3.0 Consensus size: 905
5904 ATAACAGTTT
* * * * *
5914 TTGGCTAAAAACGC-ATTCTGGGGCCTTGGCTTAATTTTGCA-AGATTTTTGGCGCCAAGACTCC
1 TTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGGCC-CGGCTTAGTTTTGCATA-ATTTTTGCCGTCAAGACTCC
*
5977 ATGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTT-ATTTCTACG
63 TTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGATTT-TACG
** * * * *
6041 ATAATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTTAGAAAAAATATGAAAAACAATATTA
127 AGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTA
** * *
6106 AAAGCGTGAAAAGTCCTAAAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTAGCC
192 AAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCC
* *
6171 AAAAATTAAGGAAAAATTTTCGC-G--ATTATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA
257 AAAAATTGAGGAAAAATTTTCGCGGTTATTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA
* * * * *
6233 TCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGAGGCCCCGGCTTAGTTTTGCA-AGATTTTTGGC
322 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATA-ATTTTTGGC
* * * * *
6297 GCAAAGACTCCTTGAAGTATCCAGATTTATCTAATAAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGAT
386 GCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAAT-AAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAAG-T
*
6362 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGTTTTTGTTACAAATTAATTCAG-AAAAATATGAA
449 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCG--TAT-TT--AAATTAATTCAGAAAAAATATGAA
* * * * *
6426 AAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATAAATTTTATGA
509 AAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG--CTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATAA
6491 GTA-TTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAAT
572 GTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAAT
*
6555 CGTGTACGTTACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-TCGAGGCCCCGACTTAGTTTTGCA
637 CGTGTAC-TAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCT-GAGGCCCCGACTTAGTTTTGCA
* * * *
6619 AGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTTATCTAATAAAAAATTAACCACTTGCA
700 TGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTAATCTAAT-AAAAATTAGCCACTTGCA
*
6684 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA-TTGAATCTTGTTTCGA-TTAATTACAAATTAATTCAG-AA
764 TTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAA
6746 AAA-ATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATGT
829 AAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATGT
6810 ATTTTATGAGTA
894 ATTTTATGAGTA
* *
6822 TAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTTGCATAATTTTTGCCGTCAAGACTACT
1 TTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG-CCCGGCTTAG-TTTTGCATAATTTTTGCCGTCAAGACTCCT
* *
6887 TGAAATATATAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAG
64 TGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGATTTTACGAG
* * *
6952 CATTTGAATCTTCTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTAGAAAAAATCTGAAAAATGATAATAAA
129 CATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAA
*
7017 ATCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAA
194 AGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAA
* * * *
7082 AAATTGAGGAAAAAATTTCCGCGGTTATTTTTTTTGGAAAATTTTAGCGAAAATCGTGCACTAAC
259 AAATTGAGG-AAAAATTTTCGCGGTTATTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC
* * * *
7147 CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCAGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGAGC
323 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGC
* * * * * *
7212 CAAGACTCCTCGAAATGTCTAGGTTCATCTAATAAAAACTTAGCCACCTTGCATTTAACTGTTTG
388 CAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAA-AGTTTG
* *
7277 GTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCG-ATTTAAATTAATTCAGAAAAAATCTGAAAAACGATA
452 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGTATTTAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATA
7341 TTAAAAGCGTGAAAAG-TCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATAAGTATTTTATC
517 TTAAAAGCGTGAAAAGCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATAAGTATTTTATC
* * *
7405 CAAAAATTGACGAAAAAGTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA
582 CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA
* *
7470 CAATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGAGGCCCCGACTTAGTTTTGCTTGATTTTTGGCG
647 CCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGAGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * * *
7535 CCAAGACTCCATGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTA
712 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTAATCTAATAAAAATTAGCCAC-TTGCATTTAAGGATTTA
*
7600 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTTAGAAAAAATATGAAAAA
776 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAA
* *
7665 CGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAATTTATATATATTTTATGAGTA
841 CGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATGTATTTTATGAGTA
7730 TTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTTAGTTTTGCATAATTTTTGCCGTCAAGACTCCTT
1 TTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATAATTTTTGCCGTCAAGACTCCTT
* * * *
7795 GAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTACCCACATTGCATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGC
65 GAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGATTTTACGAGC
*
7860 ATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTTGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAA
130 ATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAA
* *
7925 GCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGGGTATATTATCCAAA
195 GCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAA
* *
7990 AATTGAGGAAAATTTTTCGCGGTTA--TTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCATGTACTAACCA
260 AATTGAGGAAAAATTTTCGCGGTTATTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCA
*
8053 TCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
325 TCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCC
* * * *
8118 AAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATTTAATAAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTAT
389 AAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAA-AGTTTGT
* * *
8183 TTTTACGAACATTTGAATCTTATTTCGATTTAATTATAAATTAATTCAAAAAAAAATATGAAAAA
453 TTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCG---T-ATT-TAAATTAATTC-AGAAAAAATATGAAAAA
* *
8248 CGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCTTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATGATA-AGGTT
512 CGATATTAAAAGCGTGAAAAG-C-TCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATAAG-T
*
8312 ATTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCG
574 ATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCG
* * * * * *
8377 TATAAGTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
639 TGT-ACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGAGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGA
* * * *
8442 TTTTTGGTGCCAAGACTCCTTTAAATATCTATATTTTAATCTAATAAAAACCTAGCCACGTTGCA
703 TTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGA--TTAATCTAATAAAAA-TTAGCCAC-TTGCA
*
8507 TTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAA
764 TTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAA
* * * * * *
8572 AAATATGAAAAACGATATTACAAGCGTGAAATGTCCTCCACTCTATTTGGCGTTAAGTTATATGT
829 AAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATGT
* *
8637 AGTATATGAGTA
894 ATTTTATGAGTA
8649 TT
1 TT
8651 TTATCCAGAA
Statistics
Matches: 1644, Mismatches: 150, Indels: 59
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
903 12 0.01
904 194 0.12
905 214 0.13
906 46 0.03
907 260 0.16
908 128 0.08
909 213 0.13
910 18 0.01
911 12 0.01
912 90 0.05
913 116 0.07
914 3 0.00
915 98 0.06
916 83 0.05
918 14 0.01
919 143 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (905 bp):
TTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTTAGTTTTGCATAATTTTTGCCGTCAAGACTCCTTG
AAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTGATTTTACGAGCA
TTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAG
CGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAA
ATTGAGGAAAAATTTTCGCGGTTATTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCAT
CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAA
GACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAAGTTTGTTTT
TACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGTATTTAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAA
AAGCGTGAAAAGCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATAAGTATTTTATCCAAA
AATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCAT
CACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGAGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAA
GACTCCTTGAAATATCTAGATTAATCTAATAAAAATTAGCCACTTGCATTTAAGGATTTATTTTT
ACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATA
TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATGTATTTTATGAGTA
Found at i:7919 original size:249 final size:248
Alignment explanation
Indices: 7482--7979 Score: 757
Period size: 249 Copynumber: 2.0 Consensus size: 248
7472 ATCACAGTTT
* * * *
7482 TTGGCTAAAAACGCGTTCTGAGGCCCCGACTTAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCCAT
1 TTGGCTAAAAACGCGTTCTGAGGACCCGACTTAGTTTTGCATAATTTTTGCCGCCAAGACTCCAT
* *
7547 GAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTATTTTTACGAGCA
66 GAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAATTACCCACATTGAATTTAAGAATTTAGTTTTACGAGCA
7612 TTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTTAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAG
131 TTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTTAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAG
* * * * * *
7677 CGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAATTTATATATATTTTATGAGTA
196 CGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTA
* * * *
7730 TTGGCTAAAAACGCGTT-TCGGGGACCCGGCTTAGTTTTGCATAATTTTTGCCGTCAAGACTCCT
1 TTGGCTAAAAACGCGTTCT-GAGGACCCGACTTAGTTTTGCATAATTTTTGCCGCCAAGACTCCA
* * *
7794 TGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTACCCACATTGCATTTAAGGATTTGGTTTTACGAG
65 TGAAATATCTAGATTCATCTAAT-AAAAATTACCCACATTGAATTTAAGAATTTAGTTTTACGAG
* *
7859 CATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTT-GAAAAAATCTGAAAAACGATATTAA
129 CATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATT-AATTTAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAA
*
7923 AAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGGGTA
193 AAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTA
7979 T
1 T
7980 ATTATCCAAA
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 22, Indels: 5
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
247 1 0.00
248 77 0.34
249 142 0.63
250 5 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (248 bp):
TTGGCTAAAAACGCGTTCTGAGGACCCGACTTAGTTTTGCATAATTTTTGCCGCCAAGACTCCAT
GAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAATTACCCACATTGAATTTAAGAATTTAGTTTTACGAGCA
TTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTTAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAG
CGTGAAAAGTCCTCCAATATTTATGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTA
Found at i:9149 original size:335 final size:334
Alignment explanation
Indices: 7728--9871 Score: 2857
Period size: 336 Copynumber: 6.4 Consensus size: 334
7718 ATTTTATGAG
* * *
7728 TATTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTTAGTTTTGCATAATTTTTGCCGTCAAGACTCC
1 TATTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCGTCAAGACTCC
* *
7793 TTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTACCCACATTGCATTTAAGGATTTGGTTTTACGA
66 TTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
* * * *
7858 GCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATT-TGAAAAAATCTGAAAAACGATATTA
131 GCATTTGAATCTTTTTTCGATTTAATTACAAATT-AATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTA
* * *
7922 AAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATAT-TTATGGCGTTAAATTATATAAAT-TATATGGGTATATTAT
195 AAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATATT-TGGCGTTAAATTAAATAAATGTATATGAGTATTTTAT
* * * *
7985 CCAAAAATTGAGG-AAAATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCATGTACTA
259 CCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAAGTTTAGCCAAAATCGTGTACTA
8049 ACCATCACGGTT
324 ACCATCACGG-T
* * * *
8061 TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCC
1 TATTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCGTCAAGACTCC
* * * *
8126 TTGAAATATCTAGATTCATTTAATAAAAAATTAGCCACATTGAATTTAAGAATTTATTTTTACGA
66 TTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
* * * *
8191 ACATTTGAATCTTATTTCGATTTAATTATAAATTAATTCAAAAAAAAATATGAAAAACGATATTA
131 GCATTTGAATCTTTTTTCGATTTAATTACAAATTAATTC-AGAAAAAATATGAAAAACGATATTA
* * *
8256 AAAGCGTGAAAAGTCTTCCAATAT-TTATGGCGTTAAATTATATAAATG-ATAAG-GTTATTTTA
195 AAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATATT-TGGCGTTAAATTAAATAAATGTATATGAG-TATTTTA
* * * *
8318 TCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATAAG
258 TCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAAGTTTAGCCAAAATCGTGT-AC
*
8383 TAACCATCACAGT
322 TAACCATCACGGT
* * ** *
8396 TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCC
1 TATTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCGTCAAGACTCC
* * * ** * *
8461 TTTAAATATCTATATTTTAATCTAATAAAAACCTAGCCACGTTGCATTTAAGGATTTATTTTTAC
66 TTGAAATATCTAGA--TTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTAC
8526 GAGCATTTGAATCTTGTTTT-GATTTAATTACAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATAT
129 GAGCATTTGAATCTT-TTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATAT
* * * * * * **
8590 TACAAGCGTGAAATGTCCTCCACTCTATTTGGCGTTAAGTTATATGTA-GTATATGAGTATTTTA
193 TAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATATTTGGCGTTAAATTAAATAAATGTATATGAGTATTTTA
* * * *
8654 TCCAGAATTTAAGGAAAAAATTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAAGTTTAGCCAAAATCGTATACT
258 TCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAAGTTTAGCCAAAATCGTGTACT
*
8719 AACTATCACGGT
323 AACCATCACGGT
* *
8731 TATTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGG-CCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCATCAAAACTCC
1 TATTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCGTCAAGACTCC
8795 TTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
66 TTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
* *
8860 GCATTTGAAT-TTTTTTCGATTTAATTACGAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAC
131 GCATTTGAATCTTTTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAA
* * * *
8924 AATCGTGAAATGTCCTCCAATCTATTTGGCGTTAAATTAAATTATATGTAGTGTATGAGTATTTT
196 AAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATATTTGGCGTTAAATTAAA-TAAATGTA---TATGAGTATTTT
* * * *
8989 ATCCATAATTTAAAGAAAAA-TTTTCGTGGTCA-TTTTTGCAAAAGTTTAGCCAAAATCGTGTAC
257 ATCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAAGTTTAGCCAAAATCGTGTAC
9052 TAACCATCACGGT
322 TAACCATCACGGT
*
9065 TATTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCGTCAAAACTCC
1 TATTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCGTCAAGACTCC
*
9130 TTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACGTTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
66 TTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
* * * *
9195 GCTTTTGAATCTTTTTTCGATTTAATTACAAATTAATTAAG-AAAAATATGAAAAACTATATTAC
131 GCATTTGAATCTTTTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAA
* * *
9259 AAGCGTGAAATGTCCTCCAATCTATTTGGCGTTAAATTAAATTATATGTAGTGTATGAGTATTTT
196 AAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATATTTGGCGTTAAATTAAA-TAAATGTA---TATGAGTATTTT
* * * *
9324 ATCCATAATTTAAAGAAAAATTTTTCGTGGTCA-TTTTTGCAAAAGTTTAGCCAAAATCGTGTAC
257 ATCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAAGTTTAGCCAAAATCGTGTAC
*
9388 TAACCTTCACGGT
322 TAACCATCACGGT
* ** *
9401 TATTGGCTAAAAACGCGTTCCGTGGCCCCAACTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCGTCAGGACTCC
1 TATTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCGTCAAGACTCC
* * *
9466 TTGAAATATCTAGATTCATCAAATAAAAAATCAGCCTCATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
66 TTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
* * * * *
9531 GCAATTGAATCTTGTTTGGATTTAATTAGAAATTAAATT-AGAAAAAATCTGAAAAACGATATTA
131 GCATTTGAATCTTTTTTCGATTTAATTACAAATT-AATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTA
* * *
9595 AAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCATTAAATTATATAAAT-TATATGAGTATTTTATC
195 AAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATATTTGGCGTTAAATTAAATAAATGTATATGAGTATTTTATC
* * * * * * *
9659 CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGTGGTTATTTTTTACAAAATTTTAGCTAAAATTGTGTACTAA
260 CAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAAGTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA
*
9724 CCATCACTGT
325 CCATCACGGT
* * * * * *
9734 TATTGGCTAGAAACGCGTTCCGGGGCCCCGTCTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCAAGACTAC
1 TATTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCGTCAAGACTCC
* * * * * * * * * *
9799 TTGAAAAATCTATATTGATCTAA-AAAAACTTAGCTACCTTCCATTTAACGATCTGTATTTACGA
66 TTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
9863 GCATTTGAA
131 GCATTTGAA
Statistics
Matches: 1639, Mismatches: 148, Indels: 49
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
330 4 0.00
331 85 0.05
332 143 0.09
333 265 0.16
334 203 0.12
335 389 0.24
336 408 0.25
337 139 0.08
338 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (334 bp):
TATTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCGTCAAGACTCC
TTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
GCATTTGAATCTTTTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAA
AAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATATTTGGCGTTAAATTAAATAAATGTATATGAGTATTTTATCC
AAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAAGTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC
CATCACGGT
Done.