Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023875.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23908, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2500
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Found at i:1217 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 42--2500 Score: 3246
Period size: 333 Copynumber: 7.4 Consensus size: 331
32 TAAATCGTGT
* * *
42 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCATTCCGGGGGCCCGGCACAGTTTTGCAT
1 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGGCCCGGCTCAGTTTTGCAT
* * * * * * ** *
107 GATTTTTTGCGCCAAGACTCTTTGAAATATCTAGATTTATCTAATAAAAAGTTAGCTGCATTACA
65 GATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCA
*
172 TTTAAGGATTTGTTGTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAG-AAA
130 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAA
* * *
236 AATATGTAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATATA
195 AATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATA
* * * * * * * *
301 TTTTATGAGTATTTCATCCAAAAATTAAGGAAAATATTTTTGTGGACA-TTTTTGGAAGATTTTA
260 TTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTA
365 GCCAAAA
325 GCCAAAA
* * * *** *
372 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGTCCAAATCAATTTTGCATG
1 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATG
* *
437 ATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATCGCAT
66 ATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCAT
* * * *
502 TTAAGGATTTGTTTTCAAGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAGTTAATTTAGAAAAA
131 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAA
* * * ** *
567 ATATGAAAAATGATATTAAAGGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGTATTAAATTATATAAAT
196 ATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATAT
* * * * *
632 TATATTAGTATTTTATCCAAAAATTAGAGGAAATAGTTTTCGCGGTCACTTTTTGCAAAATTTTA
261 TTTATGAGTATTTTATCCAAAAATT-GAGGAAAAAATTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTA
697 GCCAAAA
325 GCCAAAA
*
704 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCAT
1 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGGCCCGGCTCAGTTTTGCAT
* * * * * * * *
769 GATTTTTTGTGCCAAGACTCCTTGAAATACCTAGATTCATCTGATAAAAAATTAACCACATTGCA
65 GATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCA
834 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAA
130 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAA
* * *
899 AATATGAAAAACGATATTAAAAGTGTGAAAAGTGCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATATA
195 AATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATA
*** * * * * *
964 TTTTATGAGCGCTTTATCCAAATATTAAGGAAAAAAATTTCGCGGACATTTTTTGCAAAAATTTA
260 TTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTA
*
1029 GCCATAA
325 GCCAAAA
* * * * * * ** *
1036 TCCTGTACTAACCATCAAGATTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGGTCCGAATCAATTTTGCATG
1 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATG
* *
1101 ATTTTTGGCATCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATCGCAT
66 ATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCAT
* * *
1166 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATTTTGTTTCAATTTAATTAGAATTGATTCTA-AAAA
131 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTC-AGAAAA
* *
1230 AATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTATATTATATATA
195 AATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATA
* * ** *
1295 TTTTATGAGTATTTTATCTAAAAATTGAGGTAAATTTTTTCGCGGTCATTTTTTGTAAAATTTTA
260 TTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTA
**
1360 GTTAAAA
325 GCCAAAA
** * * * *
1367 TCGTGTACTAATTATCATGG-TTTTGGCTAAAAATGCGTTTCC-GGGTCAGGCTCAGTTTTGCAT
1 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCAT
*
1430 GAATTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCA
65 GATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCA
* * *
1495 TTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCGGAAA
130 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-GAATTAATTCAGAAA
* * * * *
1560 AAATCTGAAAAA-GA-ATTAAAAAAAACCATGAAAAGCCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTAT
194 AAATATGAAAAACGATATT----AAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTAT
* * * ** *
1623 ATAAATTATATTAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAGTTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAA
255 ATATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAA
1688 TTTTAGCCAAAA
320 TTTTAGCCAAAA
* * * *
1700 TCGTGTACTAACCATCTCGGTTTTCGGCTAAAAACGTGTTCCAGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCAT
1 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGGCCCGGCTCAGTTTTGCAT
* * *
1765 GATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAAGATCTATATTCATCTAATAAAAACCTAGCCACATTGCA
65 GATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCA
* * *
1830 TTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAAAAA
130 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-GAATTAATTCAGAAA
* * * *
1895 AAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTAGAGTTAAATTATATAA
194 AAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATAT
* * *
1960 ATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAATAATTTTTGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTT
259 ATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTT
2025 AGCCAAAA
324 AGCCAAAA
* * *
2033 TCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGACCCGGCTCAGTTTTGCAT
1 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG-GGCCCGGCTCAGTTTTGCAT
* ** *
2098 GATTTTTGGGCGTCAAGAATATTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGTCACATTGC
65 GATTTTT-GGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGC
*
2163 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGGATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATAATTAGAATTAATTCAG
129 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGA-TT--TAATTAGAATTAATTCAG
* **
2228 AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAACCGTGAAAAGTCCTCCAAGATTTTTGGCGTT--A--A-A
191 AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATA
* *
2288 T-TA---TAT-A-TATTTTATCCAAAAATTGAGG-AAAAATTTTCGTGGTCATTTTTTGCAAAAG
256 TATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAAT
2346 TTTAGCCAAAA
321 TTTAGCCAAAA
* * * * *
2357 TCGTGTACTAACCATCACCGTTATTGGCTTAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTTGTAT
1 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGG-GCCCGGCTCAGTTTTGCAT
* * * * *
2422 TATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATATAATAAGAAGTTAGCCACATTGCA
65 GATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCA
2487 TTTAAGGATTTGTT
130 TTTAAGGATTTGTT
Statistics
Matches: 1870, Mismatches: 236, Indels: 53
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
323 65 0.03
324 99 0.05
325 21 0.01
326 1 0.00
327 3 0.00
329 129 0.07
330 267 0.14
331 306 0.16
332 138 0.07
333 509 0.27
334 105 0.06
335 155 0.08
336 63 0.03
337 9 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATG
ATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCAT
TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAA
ATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATAT
TTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAG
CCAAAA
Found at i:1308 original size:664 final size:662
Alignment explanation
Indices: 42--2500 Score: 3306
Period size: 664 Copynumber: 3.7 Consensus size: 662
32 TAAATCGTGT
* *
42 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCATTCCGGGGGCCCGGCACAGTTTTGCAT
1 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCAT
* * * ** *
107 GATTTTTTGCGCCAAGACTCTTTGAAATATCTAGATTTATCTAATAAAAAGTTAGCTGCATTACA
66 GATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCA
*
172 TTTAAGGATTTGTTGTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAG-AAA
131 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAA
* * * * *
236 AATATGTAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATATA
196 AATATGAAAAACGATATTAAAACCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATATA
** * * * * *
301 TTTTATGAGTATTTCATCCAAAAATTAAGGAAAATATTTTTGTGGACA-TTTTTGGAAGATTTTA
261 TTTTATGAGCCTTT-ATCCAAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGCGGACATTTTTTGCAAAATTTTA
* * *
365 GCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGTCCAAATCAATT
325 GCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCGAATCAATT
*
430 TTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCAC
390 TTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCAC
* * *
495 ATCGCATTTAAGGATTTGTTTTCAAGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAGTTAATT-
455 ATCGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTC
* * * *
559 TAGAAAAAATATGAAAAATGATATTAAAGGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGTA-TTAAAT
520 TA-AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGG-AGTTAAAT
* * *
623 TATATAAATTATATTAGTATTTTATCCAAAAATTAGAGGAAATAGTTTTCGCGGTCACTTTTTGC
583 TATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATT-GAGGAAATAATTTTCGCGGTCATTTTTTGC
688 AAAATTTTAGCCAAAA
647 AAAATTTTAGCCAAAA
704 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCAT
1 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCAT
* * * * *
769 GATTTTTTGTGCCAAGACTCCTTGAAATACCTAGATTCATCTGATAAAAAATTAACCACATTGCA
66 GATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCA
834 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAA
131 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAA
** * * *
899 AATATGAAAAACGATATTAAAAGTGTGAAAAGTGCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATATA
196 AATATGAAAAACGATATTAAAACCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATATA
* * *
964 TTTTATGAGCGCTTTATCCAAATATTAAGGAAAAAAATTTCGCGGACATTTTTTGCAAAAATTTA
261 TTTTATGAGC-CTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGCGGACATTTTTTGCAAAATTTTA
* * * * * *
1029 GCCATAATCCTGTACTAACCATCAAGATTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGGTCCGAATCAATT
325 GCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCGAATCAATT
*
1094 TTGCATGATTTTTGGCATCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCAC
390 TTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCAC
* * *
1159 ATCGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATTTTGTTTCAATTTAATTAGAATTGATTC
455 ATCGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTC
* *
1224 TAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTATATTA
520 TAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATTA
* * * * *
1289 TATATATTTTATGAGTATTTTATCTAAAAATTGAGGTAAAT-TTTTTCGCGGTCATTTTTTGTAA
585 TATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGG-AAATAATTTTCGCGGTCATTTTTTGCAA
**
1353 AATTTTAGTTAAAA
649 AATTTTAGCCAAAA
** * * *
1367 TCGTGTACTAATTATCATGG-TTTTGGCTAAAAAT-GCGTTTCC--GGGTCAGGCTCAGTTTTGC
1 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT-AAAATCGCG-TTCCGGGGGCCCGGCTCAGTTTTGC
* * * *
1428 ATGAATTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTG
64 ATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTG
* * *
1493 CATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCGGA
129 CATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-GAATTAATTCAGA
* * *
1558 AAAAATCTGAAAAA-GA-ATTAAAAAAAACCATGAAAAGCCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATT
193 AAAAATATGAAAAACGATATT----AAAACCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATT
* * * ** * ** **
1621 ATATAAATTATATTAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAGTTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAA
254 ATATATATTTTATGAG-CCTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGCGGACATTTTTTGCAA
* * * *
1686 AATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCTCGGTTTTCGGCTAAAAACGTGTTCCAGGGTCCCG
318 AATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGT-CCG
** * * *
1751 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAAGATCTATATTCATCTAATAAAAAC
382 AATCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAAC
* * * *
1816 CTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACA
447 TTAGCCACATCGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-G
* *
1881 AATTAATTCAAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTAGA
511 AATTAATTCTAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGA
*
1946 GTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAATAATTTTTGCGGTCATT
576 GTTAAATTATATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAATAATTTTCGCGGTCATT
2011 TTTTGCAAAATTTTAGCCAAAA
641 TTTTGCAAAATTTTAGCCAAAA
* * * * *
2033 TCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGACCCGGCTCAGTTTTGCAT
1 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCAT
* * * ** * *
2098 GATTTTTGGGCGTCAAGAATATTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGTCACATTGC
66 GATTTTT-TGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGC
*
2163 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGGATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATAATTAGAATTAATTCAG
130 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGA-TT--TAATTAGAATTAATTCAG
*
2228 AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAACCGTGAAAAGTCCTCCAAGATTTTTGGCGTTAAA-T-TA
192 AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAACCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATA
* * * *
2291 TATA---TAT-----TTTATCCAAAAATTGAGG-AAAAATTTTCGTGGTCATTTTTTGCAAAAGT
257 TATATTTTATGAGCCTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGCGGACATTTTTTGCAAAATT
* * * ** **
2347 TTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACCGTTATTGGCTTAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTC
322 TTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGG-GTCCGAATC
* * * * * * *
2412 AGTTTTGTATTATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATATAATAAGAAGTTAG
386 AATTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAG
*
2477 CCACATTGCATTTAAGGATTTGTT
451 CCACATCGCATTTAAGGATTTGTT
Statistics
Matches: 1592, Mismatches: 177, Indels: 61
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
657 160 0.10
658 18 0.01
660 3 0.00
661 125 0.08
662 213 0.13
663 164 0.10
664 421 0.26
665 126 0.08
666 158 0.10
667 15 0.01
668 24 0.02
669 128 0.08
670 2 0.00
671 24 0.02
672 8 0.01
673 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (662 bp):
TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCAT
GATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCA
TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAA
AATATGAAAAACGATATTAAAACCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATATA
TTTTATGAGCCTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGCGGACATTTTTTGCAAAATTTTAG
CCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCGAATCAATTT
TGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACA
TCGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCT
AAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATTAT
ATAAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAATAATTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAA
TTTTAGCCAAAA
Done.