Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023876.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23909, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 880
Length: 1468
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.36
Found at i:687 original size:335 final size:330
Alignment explanation
Indices: 9--1468 Score: 1777
Period size: 335 Copynumber: 4.5 Consensus size: 330
1 AAGTCTAT
*** * * *
9 CCATCACGGTTTTAAACTAAAAACGTGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTG
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* *
74 -CGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACCTAGCCACATTGCATTTAAGCATT
66 TC-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCATTTAAGGATT
* *
138 TGATTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATT--ACA--AATT----AAAAATATGAAA
130 TGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAA
* * * * *
195 AACGATATTAAAAGCATGATATGTCCTCCAATCTATTTGGCGTTAAATTATATGTATTATATGAG
195 AACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTATATGAG
* * * * *
260 TATTTTATCCAAAATTTAAGGAAAAATTTTTTGGGGTCATATTTTGCAAAAGTTTAGCCAAAATC
260 TATTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATC
*
325 ATGTACTAA
325 GTG-A-T-A
* * * * * *
334 CCATCACGGTTATTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCTCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCG
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * * * *
399 TCAAGACTCCTTAAAATATCTAGATTCATCTACTAAAAAGTTAGTCACATTGCATTTAAGGATTT
66 TCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
* * *
464 GTTTTTACGAGCATTTGAATTTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATCTGAAAA
131 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAA
* *
529 A-GA-ATTAAAAAAAAGCGTCAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATATATTATAT
196 ACGATATT----AAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTATAT
* * * * *
592 TAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGCGGTTATTTTTTGCAAAACTTTAGCCAAA
257 GAGTATTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
657 ATCGTGTACTAA
322 ATCGTG-A-T-A
* *
669 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* ** *
734 CCAAGACTCCTTTTAATATCTATATTCATCTAATAAAAACCTAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
66 TCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
* *
799 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAAAAATATGACAA
131 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAA
* * * * *
864 ACGATATTAAAAGC-TGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGTGCTAAACTATATATATTTTATGAGT
196 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTATATGAGT
*
928 ATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTC-TTATTTTGGCAAAATTTTAG-C-----
261 ATTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATT-TTTT-GCAAAATTTTAGCCAAAAT
986 C---ATA
324 CGTGATA
* *
990 --AT--C-G--TGTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCGCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * * *
1048 CCAACACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAGTAAACAA-TTAGCCACATTGCATTTAAGGATT
66 TCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAA-AACTTAGCCACATTGCATTTAAGGATT
* *
1112 TGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAG-AATTAATTCTAAAAAAAATATGAA
130 TGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-AGAAAAAATATGAA
* * * *
1176 AAACGATATT-AAAGCGTGAAAATTCGTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATATATTTTATGA
194 AAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTATATGA
* * *
1240 GTA-TTTATCCAAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTACCCAAAAC
259 GTATTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAAT
1304 CGTG-TA
324 CGTGATA
* * * * *
1310 CCATCACGATTTTTGGCTCAAAACGCGTTTCGGGG--CCGGAATCAATTTTGCATGATTTTTGGC
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGG-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * *
1373 ATCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATAAAAACTTAGCCACATCGCATTTAAGGATT
65 GTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCATTTAAGGATT
* *
1438 TGTTTTCACTAGCATTTTGAATCTTGTTTCG
130 TGTTTTTACGAGCA-TTTGAATCTTGTTTCG
Statistics
Matches: 982, Mismatches: 113, Indels: 78
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
312 11 0.01
313 52 0.05
314 213 0.22
315 2 0.00
316 1 0.00
317 1 0.00
318 1 0.00
319 2 0.00
320 2 0.00
321 1 0.00
322 3 0.00
323 1 0.00
324 1 0.00
325 149 0.15
326 87 0.09
327 39 0.04
329 4 0.00
331 5 0.01
332 84 0.09
333 30 0.03
335 288 0.29
336 2 0.00
337 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
TCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAA
ACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTATATGAGT
ATTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCG
TGATA
Done.