Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023883.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23916, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Period size: 12 Copynumber: 2.9 Consensus size: 12
503 TAGTATAGAT
513 ATATATAATTAC
1 ATATATAATTAC
* *
525 ATATATAATAAT
1 ATATATAATTAC
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1 ATATATAATTA
548 TTAAACAGTT
Statistics
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Consensus pattern (12 bp):
ATATATAATTAC
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11791 GCAATCTTCC
11801 TATATAGAAACCAAACCAAATTAGCTTAATCTA
1 TATATAGAAACCAAACCAAATTAGCTTAATCTA
11834 TATATAGAAACCAAACCAAATTAGCTTAATC
1 TATATAGAAACCAAACCAAATTAGCTTAATC
11865 ATCTGCATTT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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33 31 1.00
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TATATAGAAACCAAACCAAATTAGCTTAATCTA
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13666 TTTGTTTTGG
* ** * * ** * *
13676 CGAAATCGTGTAGTAACCATCACGGTTTTTAACTAAAAACGCGTACCAAGGCCCCGACTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT-GGTTAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGATT
* ** * * * *
13741 TGCATGATTTTCAGCGGCAATACT-TTTCGAAATATCTTTATTCATCTAA-CTAAATCTCACCCA
65 TGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTT-GAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCAACCA
* * *** * * * * * *
13804 TATTGGATTTAGGGATTTAAATCTACGAGCTTCAGAAAATGGTTTCAATCTAATTAGAAATTATT
128 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
** * * * ** * * * *
13869 TCTA-AAAAA-AAAGGAAAAGTGATATTAAAAGC-TGAAAAG-CCTAAAATCTTTCTGACATTGA
193 T-TAGAAAAATATTGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGA
* * * * * * *** * * *
13930 ATTATATATTTCTTACGAGTATTATGACTAAAAATTGAGAAAAAAAAATTCAGATCAGTTTTGGC
257 ATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGC
** * * * * * *
13995 AAAA---T---CG-TGTAG-CATCACGGTTTTTTGTTAAAAACGTGTTCCGGAGTCTCGGCTCAG
322 AAAATTTTAGCCGAAATCGTCATCAC-GTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCGG-GCCCCGACTCAG
* * * * * ** *
14052 TTTTGCATGATTTTTGACGCAAATACTCCCTGAAAT-TCTCATATTCATCTAACCAAATCTCAAC
385 TTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCT-ATATTCATCTAATAAAATCTCAGC
* * * *
14116 CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTAT--GTAAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAAT
449 CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAG-AAAT-TGGTTTCGATTTAATTAGAAAT
*
14179 TAATTCAGAAAAAATAGT-AAAATGATATTAGAAGTGTGAAATG-CCTTCAATTTTTTTGGCGTT
512 TAATT-TGAAAAAAT-GTAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTT
** ** * * * *
14242 GAATTATATTTTTTTTACTCGAATTGT-GCTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA-CTTTT
575 GAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTT
* *
14305 GTAAAATTTTAGT
640 GCAAAATTTTAGC
* * * *
14318 CGAAATCGAGTGCGTTAA--ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGA
1 CGAAATCGTGTAC--TAACCATCACGGTTTTTGG-TTAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGA
** * * *
14381 TTTGCATGATTTTCGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCTA
63 TTTGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCA
*
14446 CATTGGATTTAAGGA-TTGTTTCAACGAGCATCAGAAAGTGGTTTCGATTTAATTAG-----AA-
128 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
* * * * * *
14504 --AG--TAA-ATTGGAAAAATGATATTAAAATCATGAAATGCCCTTCAAATTTTTTGGCATTTAA
193 TTAGAAAAATATTGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAA
* * ** * *
14564 TTATAGATTTTTTACGAGTATTTTAGG-CACAAATTGAGGAAAAATTATTCGGGAAATTTTTTAC
258 TTATAGATTTTTTACGAGTATTTT-GGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGC
*
14628 AAAACTTTAGCCGAAATCGTATATTAACCATCACGATTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC
322 AAAATTTTAGCCGAAATCG-----T---CATCACG-TTTTTGGTTAAAAACGCGTTCC-GGGCCC
* * * * * * * * *
14693 AGGCTCAATTTTGTAAGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATATATGTTGATCTAATAAAA
377 CGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAA
* * *
14758 TCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTATGAGCATTAGAAATTGGTTTCGATTTGATTA
442 TCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTA
*
14823 GAAATT-ATTT-------TCGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTC-ATTTTTTTGG
507 GAAATTAATTTGAAAAAAT-GTAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGG
** *
14879 CGTAAAATTATAGATTTTTTACGATTATTTTGGCCAAAAATTGA-GAAGAAATTTTTCGGGTCAG
571 CGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAA-AAATTTTTCGGGTCAG
*
14943 TTTATT-CAAATTTTTAGC
635 TTT-TTGCAAAATTTTAGC
* * * * * *
14961 CAAAATTGTGTACTTACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAAGGAGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTT-AAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGATT
* * * * *
15026 TGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATGTTCATCTGATAAAATCTCAGCCACA
65 TGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCACA
** * *
15091 TTAAACTTAAGGATTTGTTTCAACGAGCATC-------GG-TTCGATTTAATCAGAAATTAATTT
130 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT
* * **
15148 GGAAAAAGA-TGGAAAAATGATATTAGAAGGGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATT
195 AGAAAAATATTGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATT
* * * * * *
15212 ATAGATTTTTTTATGAGTATTTTTGCCAAAAATTTATGAAAAATTTTTCGAGTCAGGTTTTGCAA
260 ATAGA-TTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
* * * *
15277 AATTTTAGCCGAAATCGTACCTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAACACGCGTTCCCGGGGCCCGA
324 AATTTTAGCCGAAATCG----T---CATCA-CGTTTTTGGTTAAAAACGCGTT-CCGGGCCCCGA
* * *
15342 CTCAGTTTTACATGATTTTCGACGCCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCT
380 CTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCT
*
15407 TAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAA
445 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAA
* *
15472 ATTAATTTG-------G-AAAAATGATATTGGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTT
510 ATTAATTTGAAAAAATGTAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTT
* * * * *
15529 CAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTAAAGAAACATTTTTCGGGTCAGTTTTT
575 GAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTT
15594 GCAAAATTTTAGC
640 GCAAAATTTTAGC
* * ** * * * *
15607 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACAAGTT-CTGGGCCCTGACTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG-TTAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGATT
* * * *
15671 TGCATGATTTTCGGC-CCTAAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCAAACCAAATCTCAATCAC
65 TGCATGATTTTCGGCACC-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCAC
* * * *
15735 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGTATCAGATATTGGTTTTGATTTAATTA-AAATTAATT
129 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
*
15799 TAGAAAAATATTGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCTTTAATTTTTTTGGCGTTGAAT
194 TAGAAAAATATTGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAAT
* *
15864 TATAGATTCTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
259 TATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
*
15929 AATTTTAGCCGAAATCG-CA-CA-GTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGACTCAGTTTT
324 AATTTTAGCCGAAATCGTCATCACGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGACTCAGTTTT
* * * **
15991 GCATGATTTTCGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAT
389 GCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCACAT
* * *
16056 TGGATTTGAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGATATTGGTTTTGATTTAATTA-AAATTAATTTA
454 TGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-
* * * * * ** *
16120 GAAAAATAATGTAAAAATAATATTAAAAGTGTGAAATACCCATCAATTTTTGTATCGTTAAATTA
518 G-AAAA-AATGTAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTA
* * *
16185 TAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAGTTTACTGGTCAGTTTTTGCAAAA
581 TAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAA
*
16250 TTTTAGT
646 TTTTAGC
* * * * * *
16257 TGAAATCGTGTACTAACCATCAAGATTTTTGGTTAAACCGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGATTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGATTT
* * * * * *
16322 GCATGATTTTCGACGCCAAGACACCTTGAAATATCGATGATT-ATCTTATAAAATCTCAACCACA
66 GCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTAT-ATTCATCTAATCAAATCTCAACCACA
* *
16386 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCAACGAGCTTTAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT
130 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT
* **
16451 -G---------GAAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATT
195 AGAAAAATATTGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATT
* * * * *
16506 ATAGATTTTTTACTAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGG-AAAATTTTTTGGGTCAGGTTATGCAAA
260 ATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAA
* * * *
16570 ATTTTAGCCGAAATCGTTCTAACCTTCACCGTGTTTGGCTAAACACGCGTTCCCGGGGCCCGACT
325 ATTTTAGCCGAAATCG-TC--A---TCA-CGTTTTTGGTTAAAAACGCGTT-CCGGGCCCCGACT
* * * * *
16635 CAGTTTTACATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTCAAATATCTATAATCATCTAATAAATTCTTA
382 CAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTCA
* * * ** *
16700 GGCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTCTATGAGCATCAGAAATTGGCCTCGAATTAATTAGAAAT
447 GCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* *
16765 TAATTTGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCCTTG
512 TAATTT-GAAAAAATGTAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTG
* * * * *
16830 AATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAAATTTTT-GGGTTAGTTTTT
576 AATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTG-AGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTT
*
16894 GCAAAATTTTAAC
640 GCAAAATTTTAGC
* * * *
16907 CGAAATCGTGTACTAACCGTCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAG-TT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG-TTAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGATT
* * * * * * * *
16971 TAGCATCAATTTCGGCGCCAAGACACCTTGAAATATTTATAATCATCTAACCAAATCTCAGCCAC
65 T-GCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCAC
* *
17036 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATC-GAATATTGGTTTTGATTTAATTA-AAATTAAT
129 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCAACGAGCATCAGAA-ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
* * *
17099 TT-GAAAAAATAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAA--TTTTTGGCGTTAA
193 TTAG-AAAAATATTGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGA
*
17161 ATTATAGATTTTTTACGA-TGATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAGATTTTTCGGGTCAGTTTTTG
257 ATTATAGATTTTTTACGAGT-ATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTG
* *
17225 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTAATAATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGTGTTCCGGGAGC
321 CAAAATTTTAGCCGAAATCG--T-C-----ATCAC-GTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCGGG-CC
* * * *
17290 CCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCATGAAATATCTATGA-TCATCTAATAA
376 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAT-ATTCATCTAATAA
*
17354 AATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAAT
440 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAAT
* ***
17419 TAGAAATTAATTTGGAAAAAATG-AAAAAT-A-ATT-GAA-----AAATG-------ATATTAAA
505 TAGAAATTAATTT-GAAAAAATGTAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTT
* * *
17468 AGCG-TGAAATGCCCT-TCA-ATTTTTTTCGAGTATTTTGGCTCAAAAATTTAGGAAAAAGTTTT
569 GGCGTTG-AAT----TAT-AGATTTTTTACGAGTATTTTGGC-CAAAAATTGAGGAAAAA-TTTT
* *
17530 TTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAAC
626 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * * * * * * *
17557 CAAAATCGTATACTAAACATCAAGGTTTTTGGCTAAAGACGCATTTC-GGGTCTCGGCTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAA-ACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGATT
* * * * * *
17621 TGCATGAGTTTAGGCACCCAGACTCATTGAAATATCTATATTCTTCTAATCAAATCTCATCCACA
65 TGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCACA
* * *
17686 TTGGATTTAAGGAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTA
130 TTGGATTT----AAGGATTTGTTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
* * *
17751 ATTTTAGAAAAATGAAAAATAATAG-AAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCATTTTTTT
191 A-TTTAGAAAAAT-----AT--TGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCTTCAATTTTTT
* * * ** *
17815 TGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGTCCAGAAATTTAGG-AAAATTTTGTTTGCT
248 TGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTT-TCGGGT
* *
17879 CA-TATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGT
312 CAGT-TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC---G---T---CATCAC-GTTTTTGGTTAAAAACGC
* * * * * *
17943 GTTCCGAGCCCCGCCTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACCCAGACTCCCTGAAATATCTATATTC
366 GTTCCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * * *
18008 ATCTAATCAAATCTCATCCACATTGGATTCAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCATAAATT-GTTT
431 ATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTT
* *
18072 CCGTTTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAATGAAAAATAATGGTAAAATGATATTAGAAGCGT
496 -CGATTTAATTAGAAATTAATTT-G-AAAAAATG-----T-A----AAAATGATATTAGAAGTGT
* * *
18137 GAAATGCTCATCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAAAT
548 GAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATT
* * *
18202 GAGGAAAAATTTTTCAGTTCAGTTTTTGCTAAATTTTAGC
613 GAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * *
18242 CGAAATCGTGTACTAACCATAAAGGTTTTTGGTTAAAAACGTGTTCCGGGACCCCGGCTCAGATT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTT-AAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGATT
** ** *
18307 TGCATGATTTTCGG-TGCAAGGACTCCACGAAATATCTATGTTCATCTAA
65 TGCATGATTTTCGGCACCAA-GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
18356 AAAGCGTGAA
Statistics
Matches: 3354, Mismatches: 489, Indels: 346
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
631 21 0.01
632 7 0.00
633 66 0.02
634 1 0.00
636 15 0.00
637 2 0.00
639 12 0.00
640 169 0.05
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642 146 0.04
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654 10 0.00
655 9 0.00
656 1 0.00
657 4 0.00
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667 2 0.00
669 1 0.00
671 1 0.00
675 5 0.00
676 1 0.00
677 3 0.00
678 3 0.00
683 5 0.00
685 63 0.02
686 69 0.02
687 21 0.01
690 10 0.00
691 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (652 bp):
CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGATTT
GCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCACAT
TGGATTTAAGGATTTGTTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTA
GAAAAATATTGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTA
TAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAA
TTTTAGCCGAAATCGTCATCACGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGACTCAGTTTTGC
ATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTG
GATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAA
AAAATGTAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGAT
TTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTA
GC
Found at i:17056 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 13676--18355 Score: 4626
Period size: 319 Copynumber: 14.3 Consensus size: 330
13666 TTTGTTTTGG
* ** * **
13676 CGAAATCGTGTAGTAACCATCACGGTTTTTAACTAAAAACGCGTACCAAGGCCCCGACTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * * * *
13741 TGCATGATTTTCAGCGGCAATACT-TTTCGAAATATCTTTATTCATCTAA-CTAAATCTCACCCA
66 TGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTT-GAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGCCA
* * *** * * * * *
13804 TATTGGATTTAGGGATTTAAATCTACGAGCTTCAGAAAATGGTTTCAATCTAATTAGAAATTATT
129 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
** * * * * * ** * * * *
13869 TCTAAAAAAAAAGGAAAAGTGATATTAAAAG-CTGAAAAG-CCTAAAATCTTTCTGACATTGAAT
194 T-TGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAAT
* * * * * **** *
13932 TATATATTTCTTACGAGTATTATGACTAAAAATTGA-GAAAAAAAAAT---TCAG---AT-C--A
258 TATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAA
* *
13987 GTTTT-GG
323 ATTTTAGC
* * * * * * * * *
13994 CAAAATCGTG---T-AGCATCACGGTTTTTTGTTAAAAACGTGTTCCGGAGTCTCGGCTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * * * * *
14055 TGCATGATTTTTGACGCAAATACTCCCTGAAAT-TCTCATATTCATCTAACCAAATCTCAACCAC
66 TGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCT-ATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC
* * * *
14119 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTAT--GTAAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAA
130 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAG-AAAT-TGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
** * *
14182 TTCAGAAAAAATAGTAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATG-CCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAAT
193 TTTGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAAT
** ** * * * * *
14246 TATATTTTTTTTACTCGAATTGT-GCTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA-CTTTTGTAA
258 TATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-GGGTCAGTTTTTGCAA
*
14309 AATTTTAGT
322 AATTTTAGC
* * * * *
14318 CGAAATCGAGTGCGTTAA--ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGA
1 CGAAATCGTGTAC--TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGT
* * *
14381 TTTGCATGATTTTCGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCTA
64 TTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCA
* *
14446 CATTGGATTTAAGGA-TTGTTTCAACGAGCATCAGAAAGTGGTTTCGATTTAATTAG--A--AA-
129 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
* * * * * * *
14505 ---G-TAAATTGGAAAAATGATATTA-AAATCATGAAATGCCCTTCAAATTTTTTGGCATTTAAT
194 TTGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGT-GTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAAT
* * ** * *
14565 TATAGATTTTTTACGAGTATTTTAGG-CACAAATTGAGGAAAAATTATTCGGGAAATTTTTTACA
258 TATAGATTTTTTACGAGTATTTT-GGCCAAAAATTGAGGAAAAATT-TTTGGGTCAGTTTTTGCA
*
14629 AAACTTTAGC
321 AAATTTTAGC
* * * * * * *
14639 CGAAATCGTATATTAACCATCACGATTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCAGGCTCAATTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * * * * *
14704 TGTAAGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATATATGTTGATCTAATAAAATCTCAGCCACA
66 TGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
* * *
14769 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTATGAGCATTAGAAATTGGTTTCGATTTGATTAGAAATT-ATTT
131 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT
**
14833 --------TCGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTC-ATTTTTTTGGCGTAAAATTA
196 GGAAAAAAT-GGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTA
*
14889 TAGATTTTTTACGATTATTTTGGCCAAAAATTGA-GAAGAAATTTTTCGGGTCAGTTTATT-CAA
260 TAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAA-AAATTTTT-GGGTCAGTTT-TTGCAA
*
14952 ATTTTTAGC
322 AATTTTAGC
* * * * * * *
14961 CAAAATTGTGTACTTACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAAGGAGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * * *
15026 TGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATGTTCATCTGATAAAATCTCAGCCACA
66 TGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
** * * *
15091 TTAAACTTAAGGATTTGTTTCAACGAGCATC-------GG-TTCGATTTAATCAGAAATTAATTT
131 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT
*
15148 GGAAAAAGATGGAAAAATGATATTAGAAGGGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTA
196 GGAAAAA-ATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTA
* * * * * *
15213 TAGATTTTTTTATGAGTATTTTTGCCAAAAATTTATGAAAAATTTTTCGAGTCAGGTTTTGCAAA
260 TAGA-TTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-GGGTCAGTTTTTGCAAA
15278 ATTTTAGC
323 ATTTTAGC
* *
15286 CGAAATC--GTACCTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAACACGCGTTCCCGGGG-CCCGACTCAGT
1 CGAAATCGTGTA-CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CCGGGGCCCCGACTCAGT
* * * * *
15348 TTTACATGATTTTCGACGCCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAGCCA
64 TTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCA
15413 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-
129 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
* * *
15477 TT--------TGGAAAAATGATATTGGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTCAATT
194 TTGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATT
* * * *
15534 ATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTAAAGAAACATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAA
259 ATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-GGGTCAGTTTTTGCAAA
15599 ATTTTAGC
323 ATTTTAGC
* ** * *
15607 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACAAGTT-CTGGGCCCTGACTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * **
15671 TGCATGATTTTCGGC-CCTAAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCAAACCAAATCTCAATCAC
66 TGCATGATTTTCGGCGCC-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC
* * *
15735 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGTATCAGATATTGGTTTTGATTTAATTA-AAATTAATT
130 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
* ** *
15799 TAGAAAAATATTGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCTTTAATTTTTTTGGCGTTGAAT
195 TGGAAAAA-A-TGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAAT
* *
15864 TATAGATTCTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
258 TATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-GGGTCAGTTTTTGCAA
15929 AATTTTAGC
322 AATTTTAGC
* *
15938 CGAAATC--G-------CA-CA--GTTTTTGGTTAAAAACGCGTT-CTGGGCCCCGACTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * *
15990 TGCATGATTTTCGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACA
66 TGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
* * *
16055 TTGGATTTGAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGATATTGGTTTTGATTTAATTA-AAATTAATTT
131 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT
* * * * * * * ** *
16119 AGAAAAATAATGTAAAAATAATATTAAAAGTGTGAAATACCCATCAATTTTTGTATCGTTAAATT
196 -GGAAAA-AATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATT
*
16184 ATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAGTTTACT-GGTCAGTTTTTGCAA
259 ATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA-TTT-TTGGGTCAGTTTTTGCAA
*
16248 AATTTTAGT
322 AATTTTAGC
* * * * * * *
16257 TGAAATCGTGTACTAACCATCAAGATTTTTGG-TTAAACCGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGATT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * * * *
16321 TGCATGATTTTCGACGCCAAGACACCTTGAAATATCGATGATT-ATCTTATAAAATCTCAACCAC
66 TGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAT-ATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC
* * *
16385 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCAACGAGCTTTAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
130 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
16450 TGG-----A---AAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTA
195 TGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTA
* * * * *
16507 TAGATTTTTTACTAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAATTTTTTGGGTCAGGTTATGCAAAAT
260 TAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAAT
16572 TTTAGC
325 TTTAGC
* * * *
16578 CGAAATCGT-T-CTAACCTTCACCGTGTTTGGCTAAACACGCGTTCCCGGGG-CCCGACTCAGTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CCGGGGCCCCGACTCAGTT
* * * * *
16640 TTACATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTCAAATATCTATAATCATCTAAT-AAATTCTTAGGCA
65 TTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAA-TCTCAGCCA
* * ** *
16704 CATTAGATTTAAGGATTTGTTTCTATGAGCATCAGAAATTGGCCTCGAATTAATTAGAAATTAAT
129 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
*
16769 TTGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCCTTGAATT
194 TTGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATT
* * * * *
16834 ATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAAATTTTTGGGTTAGTTTTTGCAAA
259 ATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTG-AGGAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAA
*
16899 ATTTTAAC
323 ATTTTAGC
* *
16907 CGAAATCGTGTACTAACCGTCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * * * * *
16972 AGCATCAATTTCGGCGCCAAGACACCTTGAAATATTTATAATCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
66 TGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
*
17037 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATC-GAATATTGGTTTTGATTTAATTA-AAATTAATT
131 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAA-ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
* * *
17100 TGAAAAAATAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAA--TTTTTGGCGTTAAAT
195 TG-GAAAA-AATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAAT
*
17163 TATAGATTTTTTACGA-TGATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAGATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCA
258 TATAGATTTTTTACGAGT-ATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-GGGTCAGTTTTTGCA
17227 AAATTTTAGC
321 AAATTTTAGC
* ** * * * *
17237 CGAAATCGTCTACTAATAATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGTGTTCCGGGAG-CCCGGCTCAGAT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGG-GCCCCGACTCAGTT
* * *
17301 TTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCATGAAATATCTATGA-TCATCTAATAAAATCTCAGCCA
65 TTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAT-ATTCATCTAATCAAATCTCAGCCA
*
17365 CTTTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
129 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
* ****
17430 TTGGAAAAAAT-GAAAAAT-A-ATT-GAA-----AAATG-------ATATTAAAAGCG-TGAAAT
194 TTGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTG-AAT
* *
17478 GCCCT-TCA-ATTTTTTTCGAGTATTTTGGCTCAAAAATTTAGGAAAAAGTTTTTTGGGTCAGTT
258 ----TAT-AGATTTTTTACGAGTATTTTGGC-CAAAAATTGAGGAAAAA--TTTTTGGGTCAGTT
*
17541 TTTGCAAAATTTTAAC
315 TTTGCAAAATTTTAGC
* * * * * * * * * *
17557 CAAAATCGTATACTAAACATCAAGGTTTTTGGCTAAAGACGCATTTC-GGGTCTCGGCTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * * * * *
17621 TGCATGAGTTTAGGCACCCAGACTCATTGAAATATCTATATTCTTCTAATCAAATCTCATCCACA
66 TGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
* *
17686 TTGGATTTAAGGAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTA
131 TTGGATTT----AAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
* ** * *
17751 ATTTTAGAAAAATGAAAAATAATAG-AAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCATTTTTTT
192 A-TTT-G------G-AAAA-AATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTT
* * * * * *
17815 TGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGTCCAGAAATTTAGGAAAATTTTGTTTGCTC
247 TGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTT-TTGGGTC
17880 A-TATTTTGCAAAATTTTAGC
311 AGT-TTTTGCAAAATTTTAGC
* * * *
17900 CGAAATCGGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCC-GAGCCCCGCCTCAGTT
1 CGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTT
* * * * *
17964 TTGCATGATTTTAGGCACCCAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCAC
65 TTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC
* * *
18029 ATTGGATTCAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCATAAATT-GTTTCCGTTTTAATTAGAAATTAAT
130 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTT-CGATTTAATTAGAAATTAAT
* * * *
18093 TTCGAAAAAAATGAAAAATAATGGTAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCTCATCAATTTTTTT
194 TT-G--------G-AAAA-AATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTT
* * *
18158 GGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAAATGAGGAAAAATTTTTCAGTTCA
248 GGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-GGGTCA
*
18223 GTTTTTGCTAAATTTTAGC
312 GTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * * * *
18242 CGAAATCGTGTACTAACCATAAAGGTTTTTGGTTAAAAACGTGTTCCGGGACCCCGGCTCAGATT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* ** *
18307 TGCATGATTTTCGGTG-CAAGGACTCCACGAAATATCTATGTTCATCTAA
66 TGCATGATTTTCGGCGCCAA-GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
18356 AAAGCGTGAA
Statistics
Matches: 3663, Mismatches: 506, Indels: 362
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
312 1 0.00
313 40 0.01
314 198 0.05
315 17 0.00
317 3 0.00
318 57 0.02
319 423 0.12
320 240 0.07
321 373 0.10
322 413 0.11
323 128 0.03
324 164 0.04
325 73 0.02
326 6 0.00
327 30 0.01
328 195 0.05
329 64 0.02
330 258 0.07
331 410 0.11
332 78 0.02
333 8 0.00
334 2 0.00
335 3 0.00
336 3 0.00
339 6 0.00
340 47 0.01
341 62 0.02
342 171 0.05
343 29 0.01
344 130 0.04
345 20 0.01
348 9 0.00
349 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
TGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT
GGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTAT
AGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATT
TTAGC
Found at i:18548 original size:203 final size:203
Alignment explanation
Indices: 18173--18558 Score: 465
Period size: 204 Copynumber: 1.9 Consensus size: 203
18163 TGAATTATAG
* * *
18173 ATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAAATGAGGAAAAATTTTTCAGTTCAGTTTTTGCTAAATTT
1 ATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAAATGAGGAAAAATTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTT
* * * ** ***
18238 TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATAAAGGTTTTTGGTTAAAAACGTGTTCCGGGACCCCGGCTCA
66 TAGCCGAAATCGTATACTAAACATAAAGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGACCCCAAATCA
* * *** *
18303 GATTTGCATGATTTTCGGTGCAAGGACTCCACGAAATATCTATGTTCATCTAAAAAGCGTGAAAT
131 GATTTGCATGAGTTTAGCACCAAGGACTCCACGAAATATCTATATTCATCTAAAAAGCGTGAAAT
18368 GCCCTTCA
196 GCCCTTCA
* * *
18376 ATTTTTT-CGAGTATTTTGGCTCAAAAATTTAGGAAAAAAGTTTTT-GGGTCAATTTTTGCAAAA
1 ATTTTTTACGAGTATTTTGGC-CAAAAAATGAGG-AAAAA-TTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAA
* * * *
18439 TTTTAGCCGAAATCGTATACTAAACATCACGGTTTTTGGCTAAAGACGCATTTCGGG-CCCCAAA
63 TTTTAGCCGAAATCGTATACTAAACATAAAGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGACCCCAAA
* **
18503 TCAGTTTTGCATGAGTTTAGACACCAA-GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
128 TCAGATTTGCATGAGTTTAG-CACCAAGGACTCCACGAAATATCTATATTCATCTAA
18559 TCAAATCTCA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 27, Indels: 8
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
202 13 0.09
203 64 0.42
204 70 0.46
205 5 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (203 bp):
ATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAAATGAGGAAAAATTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTT
TAGCCGAAATCGTATACTAAACATAAAGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGACCCCAAATCA
GATTTGCATGAGTTTAGCACCAAGGACTCCACGAAATATCTATATTCATCTAAAAAGCGTGAAAT
GCCCTTCA
Found at i:19048 original size:335 final size:336
Alignment explanation
Indices: 18373--19272 Score: 1187
Period size: 335 Copynumber: 2.6 Consensus size: 336
18363 GAAATGCCCT
18373 TCAATTTTTT-CGAGTATTTTGGCTCAAAAATTTAGGAAAA-AAGTTTTTGGGTCAATTTTTGCA
1 TCAATTTTTTACGAGTATTTTGGCT-AAAAATTTAGGAAAATAA-TTTTTGGGTCAA----TG-A
* *
18436 AAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAAACATCACGGTTTTTGGCTAAAGACGCATTTCGGGCCCCA
59 AAATTTTAGCCGAAATCTTATACT-AACATCACGGTTTTTGGCTAAAGAAGCATTTCGGGCCCC-
**
18501 AATCAGTTTTGCATGAGTTTAGACACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATC
122 GCTCAGTTTTGCATGA-TTTAGACACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATC
* * *
18566 TCATCCACATTGGATTTAAGGA-TTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAG
186 TCATCCACATTGGATTTAAGGATTTTGTTTCTACGAGCATCAAAAATTGCTTCCGATTTAATTAG
* * * *
18630 AAATTAATTTGGAAAAAAAATGAAAAATAATTGAAAAATGATATTAGAGGCATGAAATGCCCTTC
251 AAATTAATTTCGAAAAAAAATGAAAAATAATCGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATC
18695 AATTTTTTTCGAGTTGAATAA
316 AATTTTTTTCGAGTTGAATAA
18716 TCAATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAAA-TTAGGAAAATAATTTTTGGGTC-A-G-AAATTT
1 TCAATTTTTTACGAGTATTTTGG-CTAAAAATTTAGGAAAATAATTTTTGGGTCAATGAAAATTT
* * *
18777 TAGCCGAAATCTTATACTAACTATCACGATTTTTGGCTAAAGAAGTATTTCGGGCCCCGCCTCAA
65 TAGCCGAAATCTTATACTAAC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAGAAGCATTTCGGGCCCCG-CTCAG
* * *
18842 TTTTGCATGATTTTAGGCACCCAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCC
128 TTTTGCATGA-TTTAGACACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCC
*
18907 ACATTGGATTTAAGGATTTTTTTTCTACGAGCATCAAAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTA
192 ACATTGGATTTAAGGATTTTGTTTCTACGAGCATCAAAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTA
* *
18972 ATTTCG-AATAAAATGAAAAATAATCGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATTTT
257 ATTTCGAAAAAAAATGAAAAATAATCGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCAATTTT
* * *
19036 TTTGGCGTTGAATTA
322 TTTCGAGTTGAATAA
*
19051 T-AGATTTTTTACGAGTATTTTGGCAAAAAATTTAGG-AAATAATTTTTGGGTCAGATTTTGCAA
1 TCA-ATTTTTTACGAGTATTTTGGCTAAAAATTTAGGAAAATAATTTTTGGGTCA-A---TG-AA
* *
19114 AATTTTAGCCGAAAT-TGGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA-AACGCATTCCAGGGCC
60 AATTTTAGCCGAAATCT--TATACTAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAGAA-GCATTTC-GGGCC
* * *
19177 CCAGCTCAGTTTTGCATGATTTCGACTCTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAA
120 CC-GCTCAGTTTTGCATGATTTAGACACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAA
* * *
19242 TCTCAGCCAAATAGGATTTAAGGA-TTTGTTT
184 TCTCATCCACATTGGATTTAAGGATTTTGTTT
19273 GTATGTGCCG
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 40, Indels: 45
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
334 26 0.05
335 227 0.46
336 50 0.10
337 1 0.00
340 1 0.00
341 1 0.00
342 25 0.05
343 120 0.24
344 41 0.08
345 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (336 bp):
TCAATTTTTTACGAGTATTTTGGCTAAAAATTTAGGAAAATAATTTTTGGGTCAATGAAAATTTT
AGCCGAAATCTTATACTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAGAAGCATTTCGGGCCCCGCTCAGTTT
TGCATGATTTAGACACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACAT
TGGATTTAAGGATTTTGTTTCTACGAGCATCAAAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTAATTT
CGAAAAAAAATGAAAAATAATCGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCAATTTTTTTC
GAGTTGAATAA
Found at i:19416 original size:156 final size:158
Alignment explanation
Indices: 19121--19433 Score: 382
Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
19111 CAAAATTTTA
* * *
19121 GCCGAAATTGGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGGGCCCCAGCTCAG
1 GCCGAAATTCGTGTACAAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGGGCCCCAGCTCAG
* * * * * *
19186 TTTTGCATGATTTCGACTCTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCA
66 ATTTACATGATTTCGACACCAAGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCA
*
19251 AATAGGATTTAAGGATTTGTTTGTATGT
131 AATAGGATTTAAGGATTTGTTTCTATGT
* * **
19279 GCCGAAA-TCGTGTACAAACCATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCC-GAGG-CCTGGCTCA
1 GCCGAAATTCGTGTACAAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAG-GGCCCCAGCTCA
* * * * * *
19341 GATTTACCTTATTTTCGGCACCAAGATTCCATG-AATATCTATGTTCATCTAATAAAATCTCAGT
65 GATTTACATGA-TTTCGACACCAAGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTCAGC
* *
19405 CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTATG
129 CAAATAGGATTTAAGGATTTGTTTCTATG
19434 AGCATTAGAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 22, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
156 69 0.53
157 55 0.42
158 7 0.05
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (158 bp):
GCCGAAATTCGTGTACAAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGGGCCCCAGCTCAG
ATTTACATGATTTCGACACCAAGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCA
AATAGGATTTAAGGATTTGTTTCTATGT
Found at i:19929 original size:331 final size:322
Alignment explanation
Indices: 19279--19919 Score: 691
Period size: 331 Copynumber: 1.9 Consensus size: 322
19269 GTTTGTATGT
* * *
19279 GCCGAAATCGTGTACAAACCATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCGAGGCCTGGCTCAGAT
1 GCCGAAATCGTGTACAAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCCGACTCAGAT
* * * **
19344 TTACCTTATTTTCGGCACCAAGATTCCATGAATATCTATGTTCATCTAATAAAATCTCAGTCACA
66 TTACATGATTTTCGGCACCAAGACTCCATGAATATCTATAATCATCTAATAAAATCTCAGTCACA
* * * * * *
19409 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTATGAGCATTAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTT
131 TTGGATTTAAAGATTTGTATCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTATTTT
* * * * * *
19474 GGACAAAAATTGGAGAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCGCTTCAATTTTTTAGGTGTTGAATT
196 GGACAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATACCCATCAATTTTTTAGGCGTTGAATT
* * *
19539 AGATTTTTTATGAGAATTTTGGGCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTAGGGTCAGTTTTTGCAAAAT
261 AGATTTATTACGAGAATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAA--TTT---GT-A-TTTTTGCAAAAT
19604 TTTA
319 TTTA
* * * *
19608 GCCGAAATCGGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCC-ATGGTCCCGACTCA
1 GCCGAAATC-GTGTACAAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGA-GG-CCCGACTCA
* * *
19672 GTTTTACATGA-TTTCGGCGACC-AGACTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAATCAAATCTCAG
63 GATTTACATGATTTTCGGC-ACCAAGACTCCATG-AATATCTATAATCATCTAATAAAATCTCAG
* *
19735 -CAACATTGGATTTAAAGATTTGTATCTACGAGCCTCATAAATTGCTTCCGATTTAATT-GAAAT
126 TC-ACATTGGATTTAAAGATTTGTATCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAAT
*
19798 TAATTTATAAAAAAATGA-AAAAATAATGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATACCCATCAAT
190 T-ATTT-T-------GGACAAAAAT--TGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATACCCATCAAT
* *
19862 TTTTTTGGCGTTGAATTTTAGATTTATTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAA
244 TTTTTAGGCGTTGAA--TTAGATTTATTACGAGAATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAA
19920 TTTTTTTTGC
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 35, Indels: 25
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
329 10 0.04
330 59 0.23
331 97 0.38
332 1 0.00
338 6 0.02
339 2 0.01
340 46 0.18
342 37 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (322 bp):
GCCGAAATCGTGTACAAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCCGACTCAGAT
TTACATGATTTTCGGCACCAAGACTCCATGAATATCTATAATCATCTAATAAAATCTCAGTCACA
TTGGATTTAAAGATTTGTATCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTATTTT
GGACAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATACCCATCAATTTTTTAGGCGTTGAATT
AGATTTATTACGAGAATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATTTGTATTTTTGCAAAATTTTA
Found at i:20682 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 19960--22411 Score: 3039
Period size: 331 Copynumber: 7.3 Consensus size: 331
19950 GTCAAAATTT
* *
19960 TAATC-AATCTCATCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTTGA
1 TAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGA
** * *
20024 TTTTGTTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGAGTGAAATGCCCTTC
66 TTTAATTAGAAATTAATTTGG--AAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTC
* * * * *
20089 AATTTTTTTGGCATTGAATCATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAGTTT
129 AATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTT
* * * *
20154 TTCTGATCAGTTTTTGC-AAA-TTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAA
194 TTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* * * * *
20217 AGCGCGTT-CTGGGCCGCGGCTCAGTTTTGCATGATTTCCGGCGCCAAGACTCCTTGAGATATTA
259 AACGCGTTCCGGGGCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTT
20281 ATATTCATC
323 ATATTCATC
* * *
20290 TAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTGAAGGATTTGTTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGA
1 TAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGA
* *
20355 TTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAAAGATATTAGAAGTGGGAAATGCCCTTCAA
66 TTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAA
* ** * *
20420 ATTTTTTGGCGTTGAATTATAGATAGTTTACGAGTTTTTTGGCCTAAAATTGTAGAAAAATTTTT
131 TTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTT
* * *
20485 CGGGTCAGGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATTACGTTTTTTGGCTAAAAA
196 CGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* * * *
20550 CACGTTCTGGGGCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTTAC
261 CGCGTTCCGGGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTTAT
20615 ATTCATC
325 ATTCATC
* ** * * *
20622 TAACCAAATCTCAGGAACATTGGATTTAAGAATTTGTTTCTACGAGCATCAGATATTGGTTTTGA
1 TAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGA
* *
20687 TTTAATTA-AAATTACTTTGGAAAAATAATGG-AAAATGATATTAGAAGTGTAAAATGCCCTTCA
66 TTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAA-AATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCA
* * * *
20750 ATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTGTTTACGAGTTTTTTGGCCTGAAATTGAAGAAAACTTTT
130 ATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTT
* * *
20815 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTGGGCTAAAA
195 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* * *
20880 ACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTCCATGATTTTCGGCTCCAAGACTCCTTGAAATATTTA
260 ACGCGTTCCGGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTTA
20945 TATTCATC
324 TATTCATC
* * * * * *
20953 AAATAAAATCTCAACCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGTATCAGAAGTTGGTTTCGA
1 TAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGA
* **
21018 TTTAATTATAAATTAATTTGGAAAAAAAATGAAAAATAATAGAAAAATGATATTAGAAGCATGAA
66 TTTAATTAGAAATTAATTTGG-AAAAAAATG----------GAAAAATGATATTAGAAGTGTGAA
* * * * *
21083 ATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATTTTTTACGAGTACTTTGGCCCAAAATTCAG
120 ATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATT---
* * * *
21148 GAA-AAAAATTTTT-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTA-TTA-CATCACGA
182 GAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* * * * * *
21209 TTTTTGGTTAAAAACGTGTTCCGGGACCTCGGCTCAGATTTGCATGATTTTCGGTGCCAACACTC
247 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTC
* * *
21274 CATGAAATATCTATGTTCATC
311 CTTGAAATATTTATATTCATC
* ***
21295 TAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTATTCGCATCAGAAATT-GTTTCCG
1 TAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTT-CG
* * * * * *
21359 ATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAATGAAAAATAATGGGAAATGACACTAAAAGCGTTAAA
65 ATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATG-GAAA-AAT--G--AT---ATTAGAAGTGTGAAA
* * ** * *
21424 TGCCCATAAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCAAAAAATTTAGG
121 TGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAG
* * ** *
21489 AAAAAATTTAT-GGGTTACATTTTGGAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACCATCACGGTT
186 -AAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGTT
* * * * * * *** * *
21553 TTTGTCTAAAAATGTGTTCCGGGCCCCGGCACAGTATTGCATGATTTTATTCACCCAGACTCCTT
249 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTT
*
21618 GAAATATCTATATTCATC
314 GAAATATTTATATTCATC
* * *
21636 TAATCAAAGCTCATCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTTGA
1 TAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGA
* *
21701 TTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGAGTGAAATGCCCTTCA
66 TTTAATTAGAAATTAATTTGG-AAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCA
* **
21766 ATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTATACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAATTTTTT
130 ATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTT
* * * * *
21831 TTGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTATCCGGAATTGTGTACTAACCATCGA-GGTTTTTGGCTAAA
195 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC-ACGGTTTTTGGCTAAA
* * *
21895 AACGCGTTCTGGGGCTCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTT
259 AACGCGTTCCGGGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTT
21960 ATATTCATC
323 ATATTCATC
* * *
21969 TAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCA-AATATTGGTTTTG
1 TAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAA-ATTGGTTTCG
*
22033 ATTTAATTA-AAATTACTTTGGAAAAATAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTC
65 ATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAA-AATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTC
* * *
22097 AATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTGTTTAGGAGTATTTTGGCCTGAAATTGAAGAAAAATTT
129 AATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTT
* * * *
22162 TTCAGGACAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTTTGGTTTAA
194 TTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* * * * * ** *
22226 AACGTGTTCCGGGACCTCGGCTCAGATTTGCGTGATTTTCGGTGCCAAGACTCCACGAAATATCT
259 AACGCGTTCCGGGGCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTT
*
22291 ATGTTCATC
323 ATATTCATC
*
22300 TAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGA
1 TAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGA
* * *
22365 TTGAATTAGAAATTAATTTGG-AAAAAATGAAAAAATGTTATTAGAAG
66 TTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAG
22412 CGAAATCGGT
Statistics
Matches: 1831, Mismatches: 242, Indels: 98
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 107 0.06
330 29 0.02
331 561 0.31
332 349 0.19
333 218 0.12
335 1 0.00
336 1 0.00
337 3 0.00
338 1 0.00
339 36 0.02
340 72 0.04
341 138 0.08
342 192 0.10
343 75 0.04
344 36 0.02
345 9 0.00
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
TAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGA
TTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAA
TTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTT
CGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
CGCGTTCCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATA
TTCATC
Found at i:22585 original size:223 final size:223
Alignment explanation
Indices: 22190--22641 Score: 635
Period size: 223 Copynumber: 2.0 Consensus size: 223
22180 AAATTTTAGC
* * *
22190 CGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGTTTAAAACGTGTTCCGGGACCTCGGCTCAGATTT
1 CGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGTGTTCCGGGACCCCGGCACAGATTT
* * * * *
22255 GCGTGATTTTCGGTGCCAAGACTCCACGAAATATCTATGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACAT
66 GCATGATTTTCAGTACCAAGACTCCACGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAGCTCAGCCACAT
*
22320 TGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTGAATTAGAAATTAATTTG
131 TGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCAGCAGAAATTGGTTTCGATTGAATTAGAAATTAATTTG
22385 G-AAAAAATGAAAAAATGTTATTAGAAG
196 GAAAAAAATGAAAAAATGTTATTAGAAG
*
22412 CGAAATCGGTGTACTAACCATCATGGTTTTT-GTCTAAAAACGTGTTCCGGG-CCCCGGCACAG-
1 CGAAATC-GTGTACTAA-CATCACGGTTTTTGGT-TAAAAACGTGTTCCGGGACCCCGGCACAGA
* * ** * *
22474 TATTGCATGATTTT-ATTCACCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATGAAAGCTCATC
63 T-TTGCATGATTTTCAGT-ACCAAGACTCCACGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAGCTCAGC
*
22538 CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCAGCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
126 CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCAGCAGAAATTGGTTTCGATTGAATTAGAAATTA
*
22603 ATTTGGAAAAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAG
191 ATTTGG---AAAAAAATGAAAAAATGTTATTAGAAG
22639 CGA
1 CGA
22642 GAAATGCCCT
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 18, Indels: 13
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
222 9 0.04
223 138 0.68
224 28 0.14
227 28 0.14
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (223 bp):
CGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGTGTTCCGGGACCCCGGCACAGATTT
GCATGATTTTCAGTACCAAGACTCCACGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAGCTCAGCCACAT
TGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCAGCAGAAATTGGTTTCGATTGAATTAGAAATTAATTTG
GAAAAAAATGAAAAAATGTTATTAGAAG
Found at i:22916 original size:558 final size:555
Alignment explanation
Indices: 21865--22949 Score: 1584
Period size: 558 Copynumber: 1.9 Consensus size: 555
21855 ATCCGGAATT
* * * * *
21865 GTGTACTAACCATCGAGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCTCTGACTCAGTTTTGCATGA
1 GTGTACTAACCATCGAGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCCGACACAGTATTGCATGA
* * * * *
21930 TTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATT
66 TTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAGCTCAGCCACATTGGATT
* * * *
21995 TAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAAATATTGGTTTTGATTTAATTAAAATTACTTTGGAAAAAT
131 TAAGGATTTGTTTCTACGAGCAGCAAATATTGGTTTCGATTTAATTAAAATTAATTTGGAAAAAA
* * * *
22060 AATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTG
196 AATGGAAAAATGATATTAGAAGCGAGAAATGCCCTTCAATTTTTTAGGCATTGAATTATAGATTG
* * *
22125 TTTAGGAGTATTTTGGCCTGAAATTGAAGAAAAATTTTTCAGGACAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
261 TTTACGAGTACTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTTCAGGACAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
*** * * * **
22190 CGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGTTTAAAACGTGTTCCGGGACCTCGGCTCAGATTT
326 CGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGCAAAAAAAGCGTTCCGGGACCCCAACTCAGATTT
* ** * *
22255 GCGTGATTTTCGGTGCCAAGACTCCACGAAATATCTATGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACAT
391 GCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCACGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACAT
* *
22320 TGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTGAATTAGAAATTAATTTG
456 TGGATTTAAGGATTTGGTTCTACGAGCACCAGAAATTGGTTTCGATTGAATTAGAAATTAATTTG
22385 GAAAAAATGAAAAAATGTTATTAGAAGCGAAATCG
521 GAAAAAATGAAAAAATGTTATTAGAAGCGAAATCG
* * *
22420 GTGTACTAACCATC-ATGGTTTTTGTCTAAAAACGTGTTC-CGGGCCCCGGCACAGTATTGCATG
1 GTGTACTAACCATCGA-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCCGACACAGTATTGCATG
** * ** *
22483 ATTTTATTCACCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATGAAAGCTCATCCACATTGGAT
65 ATTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAGCTCAGCCACATTGGAT
22548 TTAAGGATTTGTTTCTACGAGCAGCAGAA-ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAA
130 TTAAGGATTTGTTTCTACGAGCAGCA-AATATTGGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTTGG--A
*
22612 AAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGAGAAATGCCCTTCAATTTTTTAGGCATTGAATTATA
191 AAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGAGAAATGCCCTTCAATTTTTTAGGCATTGAATTATA
* * * *
22677 GATTTTTTACGAGTACTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATT
256 GATTGTTTACGAGTACTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTTCAGGACAGTTTTTGCAAAATT
22742 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAAAAGCGTTCCGGGACCCCAACTC
321 TTAGCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTTTGGCAAAAAAAGCGTTCCGGGACCCCAACTC
* * *
22807 AGTTTTGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTC-AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
385 AGATTTGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCC-ACGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCA
* *
22871 TCCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTCTACGAGCACCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAAT
449 GCCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTCTACGAGCACCAGAAATTGGTTTCGATTGAATTAGAAAT
22936 TAATTTGGAAAAAA
514 TAATTTGGAAAAAA
22950 CATGGAAAAA
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 55, Indels: 11
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
554 116 0.25
555 48 0.10
557 139 0.30
558 164 0.35
559 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (555 bp):
GTGTACTAACCATCGAGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCCGACACAGTATTGCATGA
TTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAGCTCAGCCACATTGGATT
TAAGGATTTGTTTCTACGAGCAGCAAATATTGGTTTCGATTTAATTAAAATTAATTTGGAAAAAA
AATGGAAAAATGATATTAGAAGCGAGAAATGCCCTTCAATTTTTTAGGCATTGAATTATAGATTG
TTTACGAGTACTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTTCAGGACAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
CGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGCAAAAAAAGCGTTCCGGGACCCCAACTCAGATTT
GCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCACGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACAT
TGGATTTAAGGATTTGGTTCTACGAGCACCAGAAATTGGTTTCGATTGAATTAGAAATTAATTTG
GAAAAAATGAAAAAATGTTATTAGAAGCGAAATCG
Found at i:23526 original size:334 final size:333
Alignment explanation
Indices: 22412--24219 Score: 2366
Period size: 334 Copynumber: 5.4 Consensus size: 333
22402 TTATTAGAAG
* * * * *
22412 CGAAATCGGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGTCTAAAAACGTGTTCC-GGGCCCCGGCACAGTA
1 CGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTT
*** * ** * *
22476 TTGCATGATTTTATTCACCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATGAAAGCTCATCCAC
65 TTGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAC
*
22541 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCAGCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
130 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
** * * * *
22606 TGGAAAAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGAGAAATGCCCTTCAATTTTTTAGGCATTGA
195 TGG--AAAAATTATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGA
* *
22671 ATTATAGATTTTTTACGAGTACTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGC
258 ATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGC
22736 AAAATTTTAGC
323 AAAATTTTAGC
* * * * *
22747 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAAAAGCGTTCCGGGACCCCAACTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* *
22812 TGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCATCCACA
66 TGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
* *
22877 TTGGATTTAAGGATTTGGTTCTACGAGCACCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT
131 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT
* * * * *
22942 GGAAAAAACATGGAAAAATAATAGAAAAAAGATATCATAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTC
196 GG--AAAA-AT-------T-ATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTT
* * * * * * * *
23007 CGAGTTGAATAATAGATTTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAAATATTTTTGGGTC
250 GGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAAT-TTTTCGGGTC
23072 AGTTTTTGCAAAATTTTAG-
314 AGTTTTTGCAAAATTTTAGC
** * * * * * *
23091 CGAAAATCGCATACGTTA-CATCACGATTTTTTGTTAAAAACGTGTTTCGGGGCCCCAACTCAGT
1 CG-AAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGT
* * *
23155 TTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAACTCTCAGCCA
64 TTTGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
* * * *
23220 CATTGGACTTAAGGATTTGTTTCTATGAGCATCAGATATTGGTTTTGATTTAATTA-AAATTAAT
129 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
* *
23284 TTGGAAAAATTATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCTCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAA
194 TTGGAAAAATTATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAA
* *
23349 TTATAGATTTTTTACAAGTATTTTGGCCTAAACTTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCA
259 TTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCA
23414 AAATTTTAGC
324 AAATTTTAGC
* *
23424 CGAAATCGTGTACGTTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGT
1 CGAAATCGTGTAC--TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGT
* *
23489 TTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
64 TTTGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
* *
23554 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGATATTGGTTTGGATTTAATTA-AAATTAA-
129 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
* * *
23617 TTGTGAAAAATTATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATTCCCTTCAA--TTTTTGGCGATGA
194 TTG-GAAAAATTATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGA
* * * *
23680 A-TAGTAGATTTTTTATGAGTATTTTGGCCTAAAATAGAACAAAAATTTTTCGTGTCAGTTTTTG
258 ATTA-TAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTG
23744 CAAAATTTTAGC
322 CAAAATTTTAGC
*
23756 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCC-GGGCCCCGGCTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * * * *
23820 TGCATGATTTTAC-GCACCCAGACACCTTGAAATCTTTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCAC
66 TGCATGATTTT-CGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAC
* * *
23884 AATGGATTTAAGAATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTGGATTTAATTAGAAATTAATT
130 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
* * * *
23949 TGGAGAAAA--ATGGGAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTCTTGGCATTGAA
195 TGGA-AAAATTATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAA
* * * * *
24012 TAATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCAGGTCAATTTTTGCA
259 TTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCA
24077 AAATTTTAGC
324 AAATTTTAGC
* * * * *
24087 CGAAATCATGTACTAACCATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGTGTT-CTGTGCCCCGGCTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
* * * * *
24151 TGCATGATTTTCGGCGCGAAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCGAACCCAATCTCAGCCACA
66 TGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
24216 TTGG
131 TTGG
24220 TATCGATTTA
Statistics
Matches: 1300, Mismatches: 146, Indels: 58
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
329 158 0.12
330 44 0.03
331 198 0.15
332 130 0.10
333 90 0.07
334 243 0.19
335 147 0.11
336 1 0.00
341 2 0.00
342 4 0.00
344 96 0.07
345 185 0.14
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (333 bp):
CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
TGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT
GGAAAAATTATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATT
ATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAA
ATTTTAGC
Found at i:24037 original size:663 final size:664
Alignment explanation
Indices: 22410--24219 Score: 2501
Period size: 663 Copynumber: 2.7 Consensus size: 664
22400 TGTTATTAGA
* * *
22410 AGCGAAATCGGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGTCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGGCACAGT
1 AGCGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTCAGT
* ** * * *
22475 ATTGCATGATTTTATTCACCCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATGAAAGCTCATCCA
65 TTTGCATGATTTTACGCACCCAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCA
*
22540 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCAGCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
130 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
*
22605 TTGGAAAAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGAGAAATGCCCTTCAATTTTTTAGGCATTG
195 TTGG----AAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTT-GGCATTG
* *
22670 AATTATAGATTTTTTACGAGTACTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTG
255 AATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTG
* *
22735 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAAAAGCGTTCCGGGACC
320 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGGGCC
* * *
22800 CCAACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAA
385 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
*
22865 ATCTCATCCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTCTACGAGCACCAGAAATTGGTTTCGATTTAATT
450 ATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTCTACGAGCACCAGAAATTGGTTTCGATTTAATT
*
22930 AGAAATTAATTTGGAAAAAACATGGAAAAATAATAGAAAAAAGATATCATAAGCGTGAAATGCCC
515 AGAAATTAATTTGG-------ATGGAAAAATAATAGAAAAAAGATATCAGAAGCGTGAAATGCCC
*
22995 TTCAATTTTTTCCGAGTTGAATAATAGATTTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAAA
573 TTCAATTTTTGCCGAG-TGAATAATAGATTTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAA-TTAGGAAAAA
*
23060 TATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTT
636 AATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTT
** * * * * * **
23089 AGCGAAAATCGCATACGTTA-CATCACGATTTTTTGTTAAAAACGTGTTTCGGGGCCCCAACTCA
1 AGCG-AAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTG-TTCCGGGCCCCGGCTCA
* * * * *
23153 GTTTTGCATGATTTT-CGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAACTCTCAG
63 GTTTTGCATGATTTTAC-GCACCCAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCAT
* * * *
23217 CCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTCTATGAGCATCAGATATTGGTTTTGATTTAATTA-AAATT
127 CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATT
* * * *
23281 AATTTGGAAAAATTATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCTCTTCAATTTTTTTGGCGTT
192 AATTTGGAAAAA--ATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAA-TTTTTTGGCATT
* *
23346 GAATTATAGATTTTTTACAAGTATTTTGGCCTAAACTTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTT
254 GAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTT
*
23411 GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACGTTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCCGGG
319 GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC--TAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGG
*
23476 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAAC
382 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
* * * *
23541 CAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGATATTGGTTTGGATTTA
447 CAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTCTACGAGCACCAGAAATTGGTTTCGATTTA
* * * * * *
23606 ATTA-AAATTAA-TT-G-T-GAAAAATTATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATTCCCTTCA
512 ATTAGAAATTAATTTGGATGGAAAAATAATAGAAAAAAGATATCAGAAGCGTGAAATGCCCTTCA
* * * * *
23666 ATTTTTGGCGA-TGAATAGTAGATTTTTTATGAGTATTTTGGCCTAAAA-TA-GAACAAAAATTT
577 ATTTTTGCCGAGTGAATAATAGATTTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTAGGAA-AAAAATTT
*
23728 TTCGTGTCAGTTTTTGCAAAATTTT
641 TT-GGGTCAGTTTTTGCAAAATTTT
23753 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTCAGT
1 AG-CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTCAGT
* *
23818 TTTGCATGATTTTACGCACCCAGACACCTTGAAATCTTTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCA
65 TTTGCATGATTTTACGCACCCAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCA
* * *
23883 CAATGGATTTAAGAATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTGGATTTAATTAGAAATTAAT
130 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
*
23948 TTGGAGAAAAATGGGAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTCTTGGCATTGAAT
195 TTGGA-AAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTT-TTGGCATTGAAT
* * * * *
24013 AATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCAGGTCAATTTTTGCAA
258 TATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
* * * * * *
24078 AATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGTGTT-CTGTGCCCCG
323 AATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCG
* * * * *
24142 GCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCGAAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCGAACCCAATC
388 ACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
24207 TCAGCCACATTGG
453 TCAGCCACATTGG
24220 TATCGATTTA
Statistics
Matches: 1004, Mismatches: 110, Indels: 53
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
660 80 0.08
661 29 0.03
662 7 0.01
663 259 0.26
664 69 0.07
665 39 0.04
667 47 0.05
668 1 0.00
675 5 0.00
676 1 0.00
677 128 0.13
678 13 0.01
679 200 0.20
680 126 0.13
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (664 bp):
AGCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTT
TTGCATGATTTTACGCACCCAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCAC
ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
TGGAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTGGCATTGAATTAT
AGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCTAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAT
TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACT
CAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
GCCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTCTACGAGCACCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAAT
TAATTTGGATGGAAAAATAATAGAAAAAAGATATCAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTGCC
GAGTGAATAATAGATTTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTAGGAAAAAAATTTTTGGGTCAGT
TTTTGCAAAATTTT
Found at i:26019 original size:967 final size:948
Alignment explanation
Indices: 24594--26502 Score: 2349
Period size: 967 Copynumber: 2.0 Consensus size: 948
24584 AAAAATGTTG
* *
24594 TTAGAAGCGTGAAATGCCCTTAAATTTTTTGGGCGTTGAATTATAGATTTTTACGAATATTTTGG
1 TTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATTTTTTGGGCATTGAATTATAGATTTTTACGAATATTTTGG
* * * * * *
24659 CCAAAAATTGAGGAAATTTTTTCAGGTCAGTTTTTCCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTACCCCT
66 CCAAAAATTGAGGAAAATTTTTCAGGTCAGTTCTTACAAAATTTTAGACAAAATCGTGTACACCA
** ** * * * * **
24724 TAACGGATTTTGGTTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGGCTCAAATTTGCATGATTTTCGGCGCCA
131 TAACGGATTTTGCCTAAAAACACGTTCCAGGGCCACGACTCAAATTTACATGATTTTCAACGCCA
* * ** * *
24789 AGAGTCCAAGAACCATCTATGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTT
196 AGACTCCAAGAAACATCTATAATCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAGATTTGTT
* * * *
24854 TCTACGAGCATCTGAAATTGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAAAAAAAAGGAAAATG
261 TCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCAATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAAAAAAAAGAAAAATG
* * * * *
24919 ATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTTGGTGTTGAATTATAGATTTCTTATGAGTAT
326 ATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCAATTTGTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTCTTACGAGTAT
*
24984 TTTGGCCAAAAATTTAGGAAAATCTTTTTTGCTCAGACTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAGTG
391 TATGGCCAAAAATTTAGGAAAATCTTTTTTGCTCAGACTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAGTG
* * *
25049 TACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTGT-CGGGCCCCGACTTATTTTTGCATGATTT
456 TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGT-TCCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTT
* *
25113 TAGGCACCCA-AACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCATCTACAATAGATTTA
520 TAGGCACCCAGAA-TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACAATAGATTTA
25177 AGGATTTGTTTCTACAAGAATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAA
584 AGGATTTGTTTCTACAAGAATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAA
*
25242 TGAAAAATAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTT-TTCGAGTTGAATA
649 TG----------GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCATTCAATTTTCTTCGAGTTGAATA
* *
25306 ATAGATTTT-TACGAGTATTTTGACCAAAAATT-TGGAAAAA-AATTTTTTGCAAAATTTTAGCC
704 ATAGATTTTGTACGAGTATTTTGACCAAAAATTGAGGAAAAATAAGTTTTTGCAAAA-TTTAGCC
* * * * * **
25368 GAAATCGTATACGT-TATCACGGTTTTTGGCTAAAGACGCATT-TCGGGCTTCGGCTCAGTTTTG
768 CAAATCGTATAC-TACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCT-GGGCCCCGGCTCAGTTTTG
** *
25431 CATGATTTTAGGCA-CCAAGACTCCTTGAAATATCT-ATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAAA
831 CATGATTTTAGG-AGAAAAGACTCCTTGAAATAT-TAATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAA
**
25494 TAGAAATTAAGGATTTGTTTGTATGAGCATCAGAAATTAATTTGGAAAAATAATA
894 TAGAAATTAAGGATTTGTTTCAATGAGCATCAGAAATTAATTTGGAAAAATAATA
* * * *
25549 TTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAA-T-TAGATTTTTTATGAGTATTTTG
1 TTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATTTTTTGGGCATTGAATTATAGA-TTTTTACGAATATTTTG
* *
25612 GGCAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-AGGATCAGTTCTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGGTGTAC
65 GCCAAAAATTGAGG-AAAATTTTTCAGG-TCAGTTCTTACAAAATTTTAGACAAAATC-GTGTAC
* * * **
25676 TAACCATCACGGTTTTTGCCTAAAAACACGTTCCATGGCCACGACTCAGTTTTACATGA-TTTCA
127 --ACCATAACGGATTTTGCCTAAAAACACGTTCCAGGGCCACGACTCAAATTTACATGATTTTCA
** * * *
25740 ACGGCC-AGACTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAACCAAATCTTAGCCACATTGGATTTAAAG
190 AC-GCCAAGACTCCAAGAAACATCTATAATCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAG
* * *
25804 ATTTGTTTCTACGAGCCTCAGAAATTGCTTCCGATTTAATT-GAAATTAATTTATAAAAAAATAA
254 ATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCAATTTAATTAGAAATTAATTT-T-------GAA
25868 AAAAAAATTTGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCAA-TTGTTTTGGCGTTGAATTA
311 AAAAAAA---GAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCAATTTGTTTTGGCGTTGAATTA
* * *
25932 TAGATTTTTTACGAGTATTATGGCCAAAAATTTAGGAAAATTTTTTTTTGCTCAGATTTTGCAAA
373 TAGATTTCTTACGAGTATTATGGCCAAAAATTTAGGAAAA-TCTTTTTTGCTCAGACTTTGCAAA
* * * *
25997 ATTTTGGCCGAAATCGGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAACAACGTGTTCCGGGCCCCGG
437 ATTTTAGCCGAAATCAGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGA
* *
26062 CTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACCCAGAATCCTTGATATATCTATATTTATCTAATCAAATCT
502 CTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACCCAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCT
* * * * * *
26127 CATCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTATTTAGAA
567 CATCCACAATAGATTTAAGGATTTGTTTCTACAAGAATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAA
* * * *
26192 ATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAATTCCATTCAATTTTCTTGGCG
632 ATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCATTCAATTTTCTTCGAG
* *
26257 TTGAATTATAGATTTTGTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTAAGTTT
697 TTGAATAATAGATTTTGTACGAGTATTTTGACCAAAAATTGAGGAAAAA---------TAAGTTT
* *
26322 TTGCAAAATTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGC
753 TTGCAAAATTTAGCCCAAATCGTATACT-A-CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGC
* *
26387 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGAGAAAAGACTCCTTGAAATATTAATATTCTTCTAACCA
816 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTAGGAGAAAAGACTCCTTGAAATATTAATATTCATCTAACCA
** * * *
26452 AATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGTTTCAATGAGCATCAGAAATT
881 AATCTCAGCCAAATAGAAATTAAGGATTTGTTTCAATGAGCATCAGAAATT
26503 GGTTTCGATT
Statistics
Matches: 811, Mismatches: 103, Indels: 64
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
953 4 0.00
954 32 0.04
955 69 0.09
956 17 0.02
957 125 0.15
958 64 0.08
959 22 0.03
960 7 0.01
964 9 0.01
966 55 0.07
967 246 0.30
968 3 0.00
969 17 0.02
970 15 0.02
971 125 0.15
972 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (948 bp):
TTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATTTTTTGGGCATTGAATTATAGATTTTTACGAATATTTTGG
CCAAAAATTGAGGAAAATTTTTCAGGTCAGTTCTTACAAAATTTTAGACAAAATCGTGTACACCA
TAACGGATTTTGCCTAAAAACACGTTCCAGGGCCACGACTCAAATTTACATGATTTTCAACGCCA
AGACTCCAAGAAACATCTATAATCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAGATTTGTT
TCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCAATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAAAAAAAAGAAAAATG
ATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCAATTTGTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTCTTACGAGTAT
TATGGCCAAAAATTTAGGAAAATCTTTTTTGCTCAGACTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAGTG
TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT
AGGCACCCAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACAATAGATTTAAG
GATTTGTTTCTACAAGAATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATG
GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCATTCAATTTTCTTCGAGTTGAATAATAGATTTTGTA
CGAGTATTTTGACCAAAAATTGAGGAAAAATAAGTTTTTGCAAAATTTAGCCCAAATCGTATACT
ACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTAGGAGA
AAAGACTCCTTGAAATATTAATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATAGAAATTAAGGATTTG
TTTCAATGAGCATCAGAAATTAATTTGGAAAAATAATA
Found at i:26161 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 25536--26956 Score: 1636
Period size: 343 Copynumber: 4.2 Consensus size: 339
25526 GAAATTAATT
* * * *
25536 TGGAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAA-T-TAGATTTTT
1 TGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAA-TTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTT
* * * * * * *
25599 TATGAGTATTTTGGGCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTAGGATCAGTTCTTACAAAATTTTAGCCA
65 TACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* * * *
25664 AAATCGGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGCCTAAAAACACGTTCCATGGCCACGACTCAGTTTT
130 AAATC-GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGCCACGGCTCAGTTTT
* * * *
25729 ACATGATTTCA-ACGGCC-AGACTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAACCAAATCTTAGCCACA
193 ACATGATTTTAGAC-ACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
* *
25792 TTGGATTTAAAGATTTGTTTCTACGAGCCTCAGAAATTGCTTCCGATTTAATT-GAAATTAATTT
257 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTAATTT
*
25856 ATAAAAAAATAAAAAAAAA
322 -TAAAAAAATGAAAAAAAA
* *
25875 TTTGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCAATTGTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTT
1 -TGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATT-TTTTGGCGTTGAATTATAGATTTT
* * * * * * *
25940 TTACGAGTATTATGGCCAAAAATTTAGGAAAATTTTTTTTTGCTCAGATTTTGCAAAATTTTGGC
64 TTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAA-ATTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * *
26005 CGAAATCGGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAACAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTT
128 CGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCACGGCTCAGTTT
* * * * * * * *
26070 TGCATGATTTTAGGCACCCAGAATCCTTGATATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCATCCACA
192 TACATGATTTTAGACACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
* ** *
26135 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTATTTAGAAATTAA--T
257 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTAATTT
*
26198 T-------TGGAAAAAAA
322 TAAAAAAATGAAAAAAAA
* *
26209 TGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAAT-TCCATTCAATTTTCTTGGCGTTGAATTATAGATTTT
1 TGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCA-TCAATTTT-TTGGCGTTGAATTATAGATTTT
* * *
26273 GTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAA-TTTAGCC
64 TTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
* ** * * *
26337 CAAATCGTGTACTAACCATCATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTTTG
129 GAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCACGGCTCAGTTTTA
* * * * *
26402 CATGATTTTCGGAGA-AAAGACTCCTTGAAATAT-TAATATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACG
194 CATGATTTT-AGACACCAAGACTCCTTGAAATATCT-ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
* * * *
26465 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCAATGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT
257 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTAATTT
* *
26530 TGAAACAAATGGAAAAATAA
322 T-AAAAAAAT-GAAAAAAAA
* * ** * * *
26550 TAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTCCGAGTTGAATAATAGAATTTTT
1 TGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTT
* *
26615 ACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
66 ACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA-TTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* * * * *
26680 AAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGTGTTCTGGGACCACGGCTCAGATTTA
130 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGG-CCACGGCTCAGTTTTA
* * ** * ** * *
26745 CATGATTTTCGACGCCAAGACTCCACGAAATATCTATGTTCATCTAATAAAATCTCAGCTATATT
194 CATGATTTTAGACACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATT
* *
26810 GGATTTAAGGATTTGTTTCTATGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTAATTTCG
259 GGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTAATTT-T
*
26875 AAAAAAATGAAAAATAA
323 AAAAAAATGAAAAAAAA
* * * * * *
26892 TGGGAAAATGACACTAAAAGCGTGAAATACCCATCAATTTTTTTGGCGTTGAATTGTAGATTTTT
1 TGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAA-TTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTT
26957 CACGGTTTCT
Statistics
Matches: 914, Mismatches: 137, Indels: 57
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 1 0.00
330 158 0.17
331 13 0.01
332 26 0.03
333 82 0.09
334 8 0.01
339 2 0.00
340 92 0.10
341 65 0.07
342 156 0.17
343 302 0.33
344 9 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
TGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTT
ACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCACGGCTCAGTTTTACA
TGATTTTAGACACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGG
ATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTAGAAATTAATTTTAAA
AAAATGAAAAAAAA
Found at i:26822 original size:673 final size:673
Alignment explanation
Indices: 25536--26892 Score: 1809
Period size: 673 Copynumber: 2.0 Consensus size: 673
25526 GAAATTAATT
* * *
25536 TGGAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTAGATTTTTTA
1 TGGAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTCAATTTTCTTGGCATTGAATTAGATTTTGTA
* * *
25601 TGAGTATTTTGGGCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTAGGATCAGTTCTTACAAAATTTTAGCCAAA
66 CGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTAGGATAAGTTCTTACAAAATTTTAGCCAAA
*
25666 ATCGGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGCCTAAAAACACGTTCCATGGCCACGACTCAGTTTTAC
131 ATCGGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGCCTAAAAACACGTTCCATGGCCACGACTCAGTTTTAC
*** *
25731 ATGATTTCAACGGCCAGACTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAACCAAATCTTAGCCACATTGG
196 ATGATTTCAACGAAAAGACTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGG
* *
25796 ATTTAAAGATTTGTTTCTACGAGCCTCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTGAAATTAATTTATAAA
261 ATTTAAAGATTTGTTTCAACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTGAAATTAATTTATAAA
* ** *
25861 AAAATAAAAAAAAATTTGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCAATTGTTTTGGCGTT
326 AAAATAAAAAAAAATTAGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCAATTGTTTCCGAGTT
* * * * *
25926 GAATTATAGATTTTTTACGAGTATTATGGCCAAAAATTTAGGAAAATTTTTTTTTGCTCAGATTT
391 GAATAATAGAATTTTTACGAGTATTATGACCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTTTGGCTCAGATTT
* * *
25991 TGCAAAATTTTGGCCGAAATCGGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAACAACGTGTTCCGGG
456 TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGG
* * * * * ** * * *
26056 CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACCCAGAATCCTTGATATATCTATATTTATCTAATC
521 CCACGGCTCAGATTTACATGATTTTAGACACCAAGAATCCACGAAATATCTATATTCATCTAATA
* * ** *
26121 AAATCTCATCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAT
586 AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAA
*
26186 TTAGAAATTAATTTGGAAAAAAA
651 TTAGAAATTAATTTCGAAAAAAA
** ** *
26209 TGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAATTCCATTCAATTTTCTTGGCGTTGAATTATAGATTTTG
1 TGGAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTCAATTTTCTTGGCATTGAA-T-TAGATTTTG
* * * * *
26274 TACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAA-TTTAGCCC
64 TACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTAGGATAAGTTCTTACAAAATTTTAGCCA
* * * * *
26338 AAATC-GTGTACTAACCATCATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-C-TGGGCCCCGGCTCAGTTT
129 AAATCGGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGCCTAAAAACACGTTCCAT-GGCCACGACTCAGTTT
* * * *
26400 TGCATGATTTTCGGA-GAAAAGACTCCTTGAAATAT-TAATATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCA
193 TACATGA-TTTC-AACGAAAAGACTCCTTGAAATATCT-ATAATCATCTAACCAAATCTCAGCCA
* * * * *
26463 CGTTGGATTTAAGGATTTGTTTCAATGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
255 CATTGGATTTAAAGATTTGTTTCAACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATT-GAAATTAAT
* * * * *
26528 TT-TGAAACAAATGGAAAAATAA-TAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATT-T
319 TTAT-AAAAAAAT-AAAAAAAAATTAGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCAATTGT
*
26590 TTCCGAGTTGAATAATAGAATTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTTTGG
382 TTCCGAGTTGAATAATAGAATTTTTACGAGTATTATGACCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTTTGG
* * *
26655 GTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC-GTATACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACG
447 CTCAGATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG
* * * * *
26719 TGTTCTGGGACCACGGCTCAGATTTACATGATTTTCGACGCCAAGACTCCACGAAATATCTATGT
512 TGTTCCGGG-CCACGGCTCAGATTTACATGATTTTAGACACCAAGAATCCACGAAATATCTATAT
* * *
26784 TCATCTAATAAAATCTCAGCTATATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTATGAGCATCAGAAATTGCT
576 TCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGCT
26849 TCCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAA
641 TCCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAA
26882 T-GAAAAATAAT
1 TGGAAAAATAAT
26893 GGGAAAATGA
Statistics
Matches: 590, Mismatches: 84, Indels: 21
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
671 1 0.00
672 69 0.12
673 388 0.66
674 68 0.12
675 64 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (673 bp):
TGGAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTCAATTTTCTTGGCATTGAATTAGATTTTGTA
CGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTAGGATAAGTTCTTACAAAATTTTAGCCAAA
ATCGGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGCCTAAAAACACGTTCCATGGCCACGACTCAGTTTTAC
ATGATTTCAACGAAAAGACTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGG
ATTTAAAGATTTGTTTCAACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAATTGAAATTAATTTATAAA
AAAATAAAAAAAAATTAGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCAATTGTTTCCGAGTT
GAATAATAGAATTTTTACGAGTATTATGACCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTTTGGCTCAGATTT
TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGG
CCACGGCTCAGATTTACATGATTTTAGACACCAAGAATCCACGAAATATCTATATTCATCTAATA
AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAAATTGCTTCCGATTTAA
TTAGAAATTAATTTCGAAAAAAA
Found at i:28040 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 26956--28066 Score: 1349
Period size: 340 Copynumber: 3.3 Consensus size: 339
26946 TGTAGATTTT
* * * * * * *
26956 TCACGGTTTCTGGCTTAAAACACGTTCCGGGGCCCCAACTCAGTTTTGCTTGATTTTCGGCGA--
1 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTAGGC-ACC
* * * *
27019 CAAGTCTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCACAAAGGATTTAAGGATTTG
65 CAA-ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATAGGATTTAAGGATTTG
* * * * *
27084 TTTCTACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATATAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAATGAAAAATA
129 TTTCTATGAGCATCAGAAATTGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-TAAAAAATGAAAAATA
* * *
27149 ATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTC-GACTTGAATAATAGATTT
193 ATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAA-TTTTTTCGGAATTGAATTATAGATTT
* **
27213 TTTACGAGTATTTT-GACCAAATATTTAGGAAAAAAATTTTGGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAG
257 TTTAAGAGTATTTTGGACCAAA-ATTTAGG-AAAATTTTTTGGGTCAG-TTTTGCAAAATTTTAG
*
27277 CCGAAATC-GTATACTAACCA
319 CCGAAATCGGTGTACTAACCA
* * * *
27297 TCACGGTTTTTGGCTAAAGACGCATTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACTC
1 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACCC
* * * *
27361 AGACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCAAATAGGATTTAAGGATTTGTT
66 AAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATAGGATTTAAGGATTTGTT
* * **
27426 TGTATGAGCATCAGAAATTAATTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTT--GGAAT--AAAA-AATG
131 TCTATGAGCATCAGAAATTGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTAAAAAATGAAAAATAATG
* *
27485 GTAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATATTTTT-GGCATTGAA-T-TAGATTTTT
196 G-AAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAAT-TTTTTCGGAATTGAATTATAGATTTTT
* * * * * *
27547 TATGAGTATTTTGGGCAAAAATTGAGGAAAACTTTTTAGGGTCAGTTCTTACAAAATTTTAGCCG
259 TAAGAGTATTTTGGACCAAAATTTAGGAAAA-TTTTTTGGGTCAGTT-TTGCAAAATTTTAGCCG
27612 AAATCGGTGTACTAACCA
322 AAATCGGTGTACTAACCA
* * * * * **
27630 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCATGGCCCCGACTCAGTTTTACATGATTTCA-ACGGCC
1 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACCC
* * * *
27694 AAACTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAATCAAATCTTAGCCACATTGGATTTAAAGATTTGTT
66 AAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATAGGATTTAAGGATTTGTT
* * * *
27759 TCTATGAGCCTCAGAAATTGCTTCCGATTTAAGT-GAAATTAATTTATAAAAAATGAAAAAATAA
131 TCTATGAGCATCAGAAATTGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-TAAAAAATG-AAAAATAA
* * **
27823 TGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAATGCCCATCAATTTTTTCGGTGTTGAATTATAGATTTTT
194 TGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTCGGAATTGAATTATAGATTTTT
* * *
27888 TAAGAGTATTTTGGCCCAAAATTTAGGAAAATTTTTTTGCTCAGATTTTGCAAAATTTTAGCCGA
259 TAAGAGTATTTTGGACCAAAATTTAGGAAAATTTTTTGGGTCAG-TTTTGCAAAATTTTAGCCGA
*
27953 AATCGGTGTACTAAGCA
323 AATCGGTGTACTAACCA
** *
27970 TCATAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACCC
1 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACCC
28034 AAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCA
66 AAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCA
Statistics
Matches: 657, Mismatches: 90, Indels: 47
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
331 6 0.01
332 65 0.10
333 134 0.20
334 75 0.11
336 6 0.01
338 5 0.01
339 72 0.11
340 232 0.35
341 62 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACCC
AAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATAGGATTTAAGGATTTGTT
TCTATGAGCATCAGAAATTGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTAAAAAATGAAAAATAATG
GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTCGGAATTGAATTATAGATTTTTTA
AGAGTATTTTGGACCAAAATTTAGGAAAATTTTTTGGGTCAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
CGGTGTACTAACCA
Done.