Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023884.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23917, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Alignment explanation
Indices: 2--3737 Score: 4495
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1 A
*
2 AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAA-CTAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTG
1 AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* * *
66 TTACAACGAGCATCAGAAGTTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTAAAAAAAATGAAAAAT
65 TTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTTGAAAAAAATGAAAAAT
* *
131 AATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATACTAGATAT
129 AATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATTT
* * *** *
196 TTTACGAGTATTTTGACCAAAAACTTAGGAAAATTTTTTCCCTCAGATTTTGCAAAATTTTAGCC
194 TTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
*
261 GAAATCGTTGTACAAACCATCACGGTTTTTGG-TAACAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTT
259 GAAATCG-TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAA-AACGTGTT-CGGGCCCCGGCTCAGTTTT
* * * *
325 GCATGATTTTAGGCACCCAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATCAATTCTCATCCACAT
321 GCATGATTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAT
* *
390 TGGATTTATGGATTTGTTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAGTTAGAAATTAATTTG
386 TGGATTTAAGGATTTGTTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTG
* *
455 GAAAAAAAAAAGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTCTTGGCGTTGAATT
451 G-AAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTT-TTGGCGTTGAATT
* * **
520 ATCGATTTTTTACGAGTATTTTAGCCAAAAATAGAGGAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTGCAAA
514 ATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATAGAGG-AAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAA
*** * * * *
585 ATTTTAGCCGAAATCGTGTACT---CATCATAATTTTTAGTTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGC
578 ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGGC
* * *
647 TCAGTTTTGCATGATTTTCGGAG-A
643 TCAGTTTTGCATGA-TTTCAGCGCC
* * * * * * * *
671 ATAGACTCCTTAAAATATTAATATTCTTCTAACCAAATGTCAGCCATATTGGGTTTAAAGATTTG
1 A-AGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
*
736 TTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAATAAATGGAAAAA
65 TTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-GAAAAAAAT-GAAAAA
*
801 TAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTGAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATT
128 TAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATT
* *
866 TTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAACACGTTTTGGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTA
193 TTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAA-A-TTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTA
* * * * ** *
931 GCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTTGTTAAAACATGTTCCGGGGACCCAACTTAGTT
256 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAACGTGTT-C-GGGCCCCGGCTCAGTT
* ** *
996 TTGCATGATTTTCGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAA-CTAAATCTCAGCCA
319 TTGCATGATTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGCCA
* * * *
1060 CAATGGATTTAAGGATTTGTTTGTACGAGCATAAGAAATTGGTTTTGATTTAATTA-AAATTAA-
383 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAAT
** * * *
1123 TTGTGAAAAATTATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTGGGCGATCA
448 TTG-GAAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTT-GGCGTTGA
* * * * *
1188 ATTATAGATTTTTTTCAAGTATTTTGGCCTAAAATAGAAGAAAATTTTTCGTGTCAGTTTTTGCA
511 ATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATAGAGGAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCA
*
1253 AAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCC
576 AAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CGGGGCCCC
* *
1318 GACTCAGTTTTGCTTGATTATCAGCGCC
640 GGCTCAGTTTTGCATGATT-TCAGCGCC
* *
1346 AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* *
1411 TTCTACGAGCATCAGAAGTTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTT-AAAAAAAT-AAAAATA
66 TTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATT-AATTTGAAAAAAATGAAAAATA
* * * *
1474 ATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTGAATTTATTTCGAGTTGAATACTAGATATT
130 ATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATTTT
*** * *
1539 TTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTTCCCTCAGATTTTGTAAAATTTTAGCC
195 TTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAAA-TTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
* *
1604 GAAATCGTTGTA-TAAACCATCACGGTTTTTGGTTACAACGTGCTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTT
259 GAAATCG-TGTACT-AACCATCACGGTTTTTGGTTAAAACGTG-TTCGGGCCCCGGCTCAGTTTT
* * * *
1668 GCATGATTTTAGGCACCCAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATCAATTCTCATCCACAT
321 GCATGATTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAT
* * *
1733 TGGATTTATGGATTTGTTTCTAAGAGCATCATAAATTGGTTTTGATTTAGTTAGAAATTAATTTG
386 TGGATTTAAGGATTTGTTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTG
*
1798 GAAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTCTTGGCGTTGAATTA
451 GAAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTT-TTGGCGTTGAATTA
* *
1863 TCGATTTTTTACGAGTATTTTAGCCAAAAATAGAGGGAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAA
515 TAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATAGA-GGAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAA
* * *** * *
1928 TTTTAACTGAAATCGTGTACTAACCATCATAATTTTTGGCAAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCT
579 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGGCT
* * * **
1993 TAGTTTTGCATGATTTTCGGAGAA
644 CAGTTTTGCATGA-TTTCAGCGCC
* * * * * *
2017 AAGACTCCTTGAAATATTAATATTCTTCTAACCAAATGTCAGCCATATTGGCTTTAAGGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* *
2082 TTCAACGAGCATCAGAATTTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAATAAATGGAAAAAT
66 TTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-GAAAAAAAT-GAAAAAT
* *
2147 AATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAATACCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATTT
129 AATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATTT
* *
2212 TTTACGAGTATTTTGACCAAAAATGTAGGAAAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAGAATTTTAG
194 TTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGG--AAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAG
* *
2277 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTT
257 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAA-CGTGTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTT
* * *
2342 GCATGATTTTAGGCACCTAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCAAAT
321 GCATGATTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAT
* * * ** * *
2407 AGGATTTAAGGATTTGTTTGTATGAGCATCAGAAATTAATTTCGATTTTATTAGAAATTAATTTG
386 TGGATTTAAGGATTTGTTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTG
* * * *
2472 G-AAAAAAATGGAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAA
451 GAAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAA-TTTTTTGGCGTTGAATTA
* * ** **** *
2536 TAGATTTTTTATGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAATTTTTTTTCCTCAGATTTTGCAAAA
515 TAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATAGAGGAAAA-TTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAA
* * * * * *
2601 TTTTAGCCAAAATCGGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAACAACGTGTTCTGGGTCCCAGC
579 TTTTAGCCGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGGC
* *
2666 TCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACC
643 TCAGTTTTGCATGATTTCA-GCGCC
* * * * *
2691 TAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTGGATTTAATGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* * * *
2756 TTCTACAAGCATCAGAAATTGGTTTTC-ATTTAGTTAGAAATTAATTTG----GAA--AAAAA-A
66 TTCAACGAGCATCAGAAATTGG-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATGAAAAATA
* * * * * * * *
2813 ATGGAAAAATGTTATTAGATGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTCTTGGCGTTGAATTATAGTTTTT
130 ATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATTTT
* ** *
2878 TTACGAGTATTTTGGCCAAAAATAGAGGAAAACATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
195 TTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAA-ATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
* * *
2943 GAAATCGTGTACTAA-AAT-A--G-----CGTT----C----T-GGGCCCCGGCTCTGTTTTGCA
259 GAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAACGTGTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCA
* ** * *
2990 TGATTTTCGG-AGAAAAGACTCCTTGAAATAT-TAATATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATT
324 TGATTTTAGGCA-CCAAGACTCCTTGAAATATCT-ATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT
* *
3053 GGATTTAAGGATTTGTTTC-AACAAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTG
387 GGATTTAAGGATTTGTTTCTAA-GAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTG
* **
3117 GAAATAAATGGAAAAATAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTT-TA
451 G------A---AAAAA-AATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTGGC
* * **
3181 GTTGAATAATAGATTTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGAAAAAAACTTTTT-GGGTCAG
506 GTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAA--TAGAGGAAAA-TTTTTCGGGTCAG
* * ** *
3245 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAGGCGCATTTC
568 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGC-GTTC
* *
3310 -GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACC
632 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTCA-GCGCC
* * * * *
3345 TAGACTCCTTGAAGTATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTGGATTTTAGGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* *
3410 TTCTACGAGCATCAGAAATT-TTTTCCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAATGAAAAAT
66 TTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTT-CGATTTAATTAGAAATTAATTT-GAAAAAAATGAAAAAT
* * * * * *
3474 AATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATTGTTTTGGCGTTGAATTATAGATTT
129 AATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATTT
* * * *
3539 TTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
194 TTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAAATTTTT-GGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * **
3604 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACATGTTCTGTACCCCGGCTCAGTTTT
258 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG-TTAAAACGTGTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTT
* * * * * * * *
3669 GCATAATTTTCGGGCGCGAAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCAAACCCAATCTCAGCCACA
321 GCATGATTTT-AGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
3734 TTGG
385 TTGG
3738 TATCGATTTA
Statistics
Matches: 2643, Mismatches: 332, Indels: 170
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
644 3 0.00
645 127 0.05
646 1 0.00
650 1 0.00
652 3 0.00
653 1 0.00
654 200 0.08
655 44 0.02
656 48 0.02
659 2 0.00
660 1 0.00
661 10 0.00
662 131 0.05
663 8 0.00
664 46 0.02
665 81 0.03
666 6 0.00
669 6 0.00
670 304 0.12
671 536 0.20
672 134 0.05
673 299 0.11
674 526 0.20
675 46 0.02
676 6 0.00
680 1 0.00
682 24 0.01
683 48 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (666 bp):
AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
TTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATGAAAAATAA
TAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATTTTT
TACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAACGTGTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATG
ATTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGAT
TTAAGGATTTGTTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAA
AAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTGGCGTTGAATTATAGATT
TTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATAGAGGAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTT
GCATGATTTCAGCGCC
Found at i:1988 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 2--3737 Score: 4014
Period size: 332 Copynumber: 11.2 Consensus size: 332
1 A
* *
2 AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAA-CTAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTG
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* * *
66 TTAC-AACGAGCATCAGAAGTTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-TAAAAAAAATGAAAA
65 TTTCTAA-GAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAATG----
129 ATAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAA-TACTAGA
125 ------GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAA-TTTTTTCGAGTTGAATTA-TAGA
* * * ** *
193 TATTTTACGAGTATTTTGACCAAAAACT-TAGG-AAAATTTTTTC-CCTCAGATTTTGCAAAATT
182 TTTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAA-TAGAGGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATT
* * * *
255 TTAGCCGAAATCGTTGTACAAACCATCACGGTTTTTGG-TAACAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTC
246 TTAGCCGAAATCG-TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTC
319 AGTTTTGCATGATTTTAGGCACC
310 AGTTTTGCATGATTTTAGGCACC
* * * * *
342 CAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATCAATTCTCATCCACATTGGATTTATGGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* * *
407 TTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAGTTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAAAAGGAAAA
66 TTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGG-AAAAAAAATGGAAAA
* * * *
472 ATGTTATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTCTTGGCGTTGAATTATCGATTTTTTACGAGT
130 ATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTT-TTCGAGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGT
**
537 ATTTT-AGCCAAAAATAGAGGAAAAA-AATTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
194 ATTTTGA-CCAAAAATAGAGGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
*** * * *
600 GTGTACT---CATCATAATTTTTAGTTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
258 GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
* **
662 TTTCGG-AGA
323 TTTAGGCACC
* * * * * * *
671 ATAGACTCCTTAAAATAT-TAATATTCTTCTAACCAAATGTCAGCCATATTGGGTTTAAAGATTT
1 A-AGACTCCTTGAAATATCT-ATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTT
735 GTTTC-AACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAATAAATGGAAA
64 GTTTCTAA-GAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGG------A---AAA
* * *
799 AATAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTGAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGA
119 AA-AATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAA-TTTTTTCGAGTTGAATTATAGA
** * *
864 TTTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAACACGTTTT-GGGTCAGCTTTTGCAAAATT
182 TTTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATAGAGGAAAA-ACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATT
* * * ** * * ** *
928 TTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTTG-TTAAAACATGTTCCGGGGACCCAACTT
246 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CTGGGCCCCGGCTC
* **
992 AGTTTTGCATGATTTTCGGTGCC
310 AGTTTTGCATGATTTTAGGCACC
* *
1015 AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAA-CTAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTG
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* * * * **
1079 TTTGTACGAGCATAAGAAATTGGTTTTGATTTAATTA-AAATTAA-TTGTGAAAAATTATGGAAA
65 TTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTG-GAAAAAAAATGGAAA
* * * * * * *
1142 AATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTGGGCGATCAATTATAGATTTTTTTCAAG
129 AATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTT-CGAGTTGAATTATAGATTTTTTACGAG
* * * * *
1207 TATTTTGGCCTAAAATAGAAG-AAAA-TTTTTCGTGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATT
193 TATTTTGACCAAAAATAGAGGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * *
1270 GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCTTGA
258 GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
* *
1335 TTATCA-GCGCC
322 TT-TTAGGCACC
* * *
1346 AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* * **
1411 TTCTACGAGCATCAGAAGTTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTTAAAAAAATAAAAATAAT
66 TTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATT-AATTT----GGA-AAAAA-AAT
* * *
1476 AGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTGAATTTATTTCGAGTTGAA-TACTAGATATTT
124 GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTT-TTTCGAGTTGAATTA-TAGATTTTT
** * ** * *
1540 TACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTTC-CCTCAGATTTTGTAAAATTTTAGCC
187 TACGAGTATTTTGACCAAAAATAGAGGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
* * * * *
1604 GAAATCGTTGTA-TAAACCATCACGGTTTTTGG-TTACAACGTGCTCCGGGCCCCGGCTCAGTTT
252 GAAATCG-TGTACT-AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTT
1667 TGCATGATTTTAGGCACC
315 TGCATGATTTTAGGCACC
* * * * *
1685 CAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATCAATTCTCATCCACATTGGATTTATGGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* * *
1750 TTCTAAGAGCATCATAAATTGGTTTTGATTTAGTTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAATGGAAAAA
66 TTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAATGGAAAAA
* * * *
1815 TGTTATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTCTTGGCGTTGAATTATCGATTTTTTACGAGTA
131 TGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTT-TTCGAGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTA
* * *
1880 TTTT-AGCCAAAAATAGAGGGAAAA-TTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAACTGAAATCG
195 TTTTGA-CCAAAAATAGAGGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
*** * *
1943 TGTACTAACCATCATAATTTTTGGCAAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATT
259 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATT
* **
2008 TTCGG-AGAA
324 TTAGGCA-CC
* * * * *
2017 AAGACTCCTTGAAATAT-TAATATTCTTCTAACCAAATGTCAGCCATATTGGCTTTAAGGATTTG
1 AAGACTCCTTGAAATATCT-ATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
*
2081 TTTC-AACGAGCATCAGAATTTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAATAAATGGAAAA
65 TTTCTAA-GAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGG------A---AAAA
* * * *
2145 ATAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAATACCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGAT
120 A-AATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAA-TTTTTTCGAGTTGAATTATAGAT
* *
2210 TTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAAT-GTAGGAAAAAAATTTTT-GGGTCAGTTTTTGCAGAATT
183 TTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATAG-AGG-AAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATT
*
2273 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTC-GGGCCCCGGCTCA
246 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTCA
2337 GTTTTGCATGATTTTAGGCACC
311 GTTTTGCATGATTTTAGGCACC
* * * *
2359 TAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCAAATAGGATTTAAGGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* * ** *
2424 TTGTATGAGCATCAGAAATTAATTTCGATTTTATTAGAAATTAATTTGG-AAAAAAATGGAAAAA
66 TTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAATGGAAAAA
* * *
2488 TAATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATTTTTTATGAGTA
131 TGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAA-TTTTTTCGAGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTA
** ** * * *
2553 TTTTGACCAAAAATTTAGGAAAATTTTTTTTC--CTCAGATTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCG
195 TTTTGACCAAAAATAGAGGAAAA-ACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC-
* * * *
2616 GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAACAACGTGTTCTGGGTCCCAGCTCAGTTTTGCATGAT
258 GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
2681 TTTAGGCACC
323 TTTAGGCACC
* * * *
2691 TAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTGGATTTAATGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
*
2756 TTCTACA-AGCATCAGAAATTGGTTTTC-ATTTAGTTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAAATGGAA
66 TTCTA-AGAGCATCAGAAATTGG-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGG-AAAAAAAATGGAA
* * * * *
2819 AAATGTTATTAGATGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTCTTGGCGTTGAATTATAGTTTTTTTACGA
128 AAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTT-TTCGAGTTGAATTATAGATTTTTTACGA
* *
2884 GTATTTTGGCCAAAAATAGAGG-AAAACATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
192 GTATTTTGACCAAAAATAGAGGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
*
2948 CGTGTACTAA--A--A-----------T----A-GCGTTCTGGGCCCCGGCTCTGTTTTGCATGA
257 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
* **
2993 TTTTCGG-AGAA
322 TTTTAGGCA-CC
* *
3004 AAGACTCCTTGAAATAT-TAATATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
1 AAGACTCCTTGAAATATCT-ATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
*
3068 TTTC-AACAAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAATAAATGGAAAA
65 TTTCTAA-GAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGG------A---AAAA
* * *
3132 ATAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTT-TAGTTGAATAATAGATT
120 A-AATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTCGAGTTGAATTATAGATT
*
3196 TTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGA-AAAAAACTTTTT-GGGTCAGTTTTTGCAAAATTT
184 TTTTACGAGTATTTTGACCAAAAA--TAGAGGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTT
* * ** *
3259 TAGCCGAAATCATATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAGGCGCATT-TCGGGCCCCGGCTCA
247 TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCT-GGGCCCCGGCTCA
3323 GTTTTGCATGATTTTAGGCACC
311 GTTTTGCATGATTTTAGGCACC
* * * *
3345 TAGACTCCTTGAAGTATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTGGATTTTAGGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* * *
3410 TTCTACGAGCATCAGAAATT-TTTTCCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAATGAAAAAT
66 TTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTT-CGATTTAATTAGAAATTAATTT-G--------GAAAAAA
* * *
3474 AATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATTGTTTTGGCGTTGAATTATAGATTT
121 AATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATT-TTTTCGAGTTGAATTATAGATTT
* * * *
3539 TTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA-TTTTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
185 TTTACGAGTATTTTGACCAAAAATAGAGGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAG
** **
3603 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACATGTTCTGTACCCCGGCTCAGTTT
250 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTT
* * * *
3668 TGCATAATTTTCGGGCGCG
315 TGCATGATTTT-AGGCACC
* * * *
3687 AAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCAAACCCAATCTCAGCCACATTGG
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGG
3738 TATCGATTTA
Statistics
Matches: 2872, Mismatches: 371, Indels: 304
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
311 1 0.00
312 7 0.00
313 129 0.04
314 1 0.00
318 3 0.00
320 36 0.01
321 46 0.02
322 53 0.02
323 1 0.00
325 1 0.00
329 20 0.01
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333 68 0.02
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335 2 0.00
336 2 0.00
337 1 0.00
338 19 0.01
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342 320 0.11
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344 9 0.00
350 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (332 bp):
AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
TTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAATGGAAAAA
TGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTCGAGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTAT
TTTGACCAAAAATAGAGGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
AGGCACC
Found at i:2414 original size:674 final size:666
Alignment explanation
Indices: 1--3737 Score: 4475
Period size: 674 Copynumber: 5.6 Consensus size: 666
* *
1 AAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACTAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTG
1 AAAGACTCCTTGAAATA-TTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* * **
66 TTACAACGAGCATCAGAAGTTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTAAAAAAAATGAAAAAT
65 TTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGAAAAAT
* *
131 AATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATACTAGATAT
130 AATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATTT
* *** *
196 TTTACGAGTATTTTGACCAAAAACTTAGG-AAAATTTTTTCCCTCAGATTTTGCAAAATTTTAGC
195 TTTACGAGTATTTTGACCAAAAA-TTAGGAAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
* *
260 CGAAATCGTTGTACAAACCATCACGGTTTTTGGTAACAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTT
259 CGAAATCG-TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTAA-AACGTGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTTT
* * *
325 GCATGATTTTAGGCACCCAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATC-AATTCTCATCCACA
322 GCATGATTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATT-TCAGCCACA
* *
389 TTGGATTTATGGATTTGTTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAGTTAGAAATTAATTT
386 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTT
* *
454 GGAAAAAAAAAAGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTCTTGGCGTTGAAT
451 GG-AAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTT-TTGGCGTTGAAT
* **
519 TATCGATTTTTTACGAGTATTTTAGCCAAAAATAGAGGAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
514 TATAGATTTTTTACGAGTATTTT-GCCAAAAATAGAGG-AAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
*** * * *
584 AATTTTAGCCGAAATCGTGTACT---CATCATAATTTTTAGTTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGG
577 AATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGG
646 CTCAGTTTTGCATGATTTTCGGAG-
642 CTCAGTTTTGCATGATTTTCGGAGC
* * * * * *
670 AATAGACTCCTTAAAATATTAATATTCTTCTAACCAAATGTCAGCCATATTGGGTTTAAAGATTT
1 AA-AGACTCCTTGAAATATT-ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTT
*
735 GTTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAATAAATGGAAAA
64 GTTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAT-GAAAA
*
800 ATAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTGAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGAT
128 ATAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGAT
** *
865 TTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAACACGTTTTGGGTCAGCTTTTGCAAAATTTT
193 TTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAA-TTAGGAAAA-AATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTT
* * * * * ** *
930 AGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTTGTTAAAACATGTTCCGGGGACCCAACTTAGT
256 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGTAAAACGTGTT-CTGGGCCCCGGCTCAGT
* ** * *
995 TTTGCATGATTTTCGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAA-CTAAATCTCAGCC
319 TTTGCATGATTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATTTCAGCC
* * * *
1059 ACAATGGATTTAAGGATTTGTTTGTACGAGCATAAGAAATTGGTTTTGATTTAATTA-AAATTAA
383 ACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAA
** * * *
1123 -TTGTGAAAAATTATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTGGGCGATC
448 TTTG-GAAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTT-GGCGTTG
* * * * *
1187 AATTATAGATTTTTTTCAAGTATTTTGGCCTAAAATAGAAGAAAATTTTTCGTGTCAGTTTTTGC
511 AATTATAGATTTTTTACGAGTATTTT-GCCAAAAATAGAGGAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGC
* *
1252 AAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC
575 AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CTGGGCCC
* * * * *
1317 CGACTCAGTTTTGCTTGATTATCAGCGC
639 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGAGC
* ** *
1345 CAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATAAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTG
1 AAAGACTCCTTGAAATA-TTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* *
1410 TTTCTACGAGCATCAGAAGTTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTT--AAAAAAAT-AAAAA
65 TTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATT-AATTTGGAAAAAAATGAAAAA
* * * *
1472 TAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTGAATTTATTTCGAGTTGAATACTAGATA
129 TAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATT
* *** * *
1537 TTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTTCCCTCAGATTTTGTAAAATTTTAG
194 TTTTACGAGTATTTTGACCAAAAA-TTAGGAAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAG
* * *
1602 CCGAAATCGTTGTA-TAAACCATCACGGTTTTTGGTTACAACGTGCTCCGGGCCCCGGCTCAGTT
258 CCGAAATCG-TGTACT-AACCATCACGGTTTTTGG-TAAAACGTGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTT
* * *
1666 TTGCATGATTTTAGGCACCCAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATC-AATTCTCATCCA
320 TTGCATGATTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATT-TCAGCCA
* * *
1730 CATTGGATTTATGGATTTGTTTCTAAGAGCATCATAAATTGGTTTTGATTTAGTTAGAAATTAAT
384 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAAT
*
1795 TTGGAAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTCTTGGCGTTGAA
449 TTGGAAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTT-TTGGCGTTGAA
*
1860 TTATCGATTTTTTACGAGTATTTTAGCCAAAAATAGAGGGAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCA
513 TTATAGATTTTTTACGAGTATTTT-GCCAAAAATAGA-GGAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCA
* * *** *
1925 AAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAACCATCATAATTTTTGGCAAAAAACGCGTTCTGGGCCCCG
576 AAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCG
* *
1990 GCTTAGTTTTGCATGATTTTCGGAGA
641 GCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGAGC
* * * *
2016 AAAGACTCCTTGAAATATTAATATTCTTCTAACCAAATGTCAGCCATATTGGCTTTAAGGATTTG
1 AAAGACTCCTTGAAATATT-ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* *
2081 TTTCAACGAGCATCAGAATTTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAATAAATGGAAAAA
65 TTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAT-GAAAAA
* *
2146 TAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAATACCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATT
129 TAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATT
*
2211 TTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATGTAGGAAAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAGAATTTTA
194 TTTTACGAGTATTTTGACCAAAAAT-TAGG-AAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTA
*
2276 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTC-GGGCCCCGGCTCAGTT
257 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG-TAAAA-CGTGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTT
* *
2340 TTGCATGATTTTAGGCACCTAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCAA
320 TTGCATGATTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCAC
* * * ** * *
2405 ATAGGATTTAAGGATTTGTTTGTATGAGCATCAGAAATTAATTTCGATTTTATTAGAAATTAATT
385 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATT
* * *
2470 TGG-AAAAAAATGGAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAAT
450 TGGAAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAA-TTTTTTGGCGTTGAAT
* * ** **** *
2534 AATAGATTTTTTATGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAATTTTTTTTCCTCAGATTTTGCAA
514 TATAGATTTTTTACGAGTATTTTG-CCAAAAATAGAGGAAAA-TTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
* * * * *
2599 AATTTTAGCCAAAATCGGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAACAACGTGTTCTGGGTCCCA
577 AATTTTAGCCGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCG
*
2664 GCTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCA-C
641 GCTCAGTTTTGCATGATTTTCGG-AGC
** * * * *
2690 CTAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTGGATTTAATGATTTG
1 AAAGACTCCTTGAAATAT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* * *
2755 TTTCTACAAGCATCAGAAATTGGTTTTC-ATTTAGTTAGAAATTAATTTGG-----AA--AAAAA
65 TTTCAACGAGCATCAGAAATTGG-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGAAAAA
* * * * * * * *
2812 -AATGGAAAAATGTTATTAGATGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTCTTGGCGTTGAATTATAGTTT
129 TAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATT
* * * *
2876 TTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATAGAGGAAAACATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAG
194 TTTTACGAGTATTTTGACCAAAAAT-TAGGAAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAG
* *
2941 CCGAAATCGTGTACTAA--A--A----------T---A-GCGTTCTGGGCCCCGGCTCTGTTTTG
258 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTAAAACGTGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTTTG
* ** * * *
2988 CATGATTTTCGG-AGAAAAGACTCCTTGAAATAT-TAATATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACA
323 CATGATTTTAGGCA-CCAAGACTCCTTGAAATATCT-ATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCACA
* *
3051 TTGGATTTAAGGATTTGTTTC-AACAAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
386 TTGGATTTAAGGATTTGTTTCTAA-GAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATT
*
3115 TGGAAATAAATGGAAAAATAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTT-
450 TGG------A---AAAAA-AATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTG
** * **
3179 TAGTTGAATAATAGATTTTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATTTAGAAAAAAACTTTTT-GGGTC
505 GCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTG-CCAAAAA--TAGAGGAAAA-TTTTTCGGGTC
* * ** *
3243 AGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAGGCGCATT
566 AGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
*
3308 -TCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCA-C
631 CT-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGG-AGC
** * * * *
3344 CTAGACTCCTTGAAGTATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTGGATTTTAGGATTTG
1 AAAGACTCCTTGAAATAT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* * *
3409 TTTCTACGAGCATCAGAAATT-TTTTCCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAATGAAAAA
65 TTTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTT-CGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGAAAAA
* * * * * *
3473 TAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATTGTTTTGGCGTTGAATTATAGATT
129 TAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATT
* * *
3538 TTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGG-AAAAATTTTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
194 TTTTACGAGTATTTTGACCAAAAATT-AGGAAAAAATTTTT-GGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTA
* **
3602 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACATGTTCTGTACCCCGGCTCAGTT
257 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG-T-AAAACGTGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTT
* * * * * * * * *
3667 TTGCATAATTTTCGGGCGCGAAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCAAACCCAATCTCAGCCA
320 TTGCATGATTTT-AGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCA
3732 CATTGG
384 CATTGG
3738 TATCGATTTA
Statistics
Matches: 2648, Mismatches: 323, Indels: 180
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
644 9 0.00
645 127 0.05
646 1 0.00
649 1 0.00
652 3 0.00
653 2 0.00
654 203 0.08
655 38 0.01
656 48 0.02
659 2 0.00
660 1 0.00
661 13 0.00
662 126 0.05
664 50 0.02
665 81 0.03
666 6 0.00
669 9 0.00
670 311 0.12
671 523 0.20
672 126 0.05
673 298 0.11
674 530 0.20
675 61 0.02
677 1 0.00
681 1 0.00
682 29 0.01
683 48 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (666 bp):
AAAGACTCCTTGAAATATTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
TTCAACGAGCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGAAAAATA
ATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATTTT
TTACGAGTATTTTGACCAAAAATTAGGAAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTAAAACGTGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCAT
GATTTTAGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCACATTGGA
TTTAAGGATTTGTTTCTAAGAGCATCAGAAATTGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAA
AAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTGGCGTTGAATTATAGAT
TTTTTACGAGTATTTTGCCAAAAATAGAGGAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGCCCCGGCTCAGTTTT
GCATGATTTTCGGAGC
Found at i:4574 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3733--5743 Score: 2459
Period size: 331 Copynumber: 6.0 Consensus size: 331
3723 TCTCAGCCAC
* * *
3733 ATTGGTATCGATTTAATTAGAAATTAATTTGG-AAAAAATGGAAAAATGGTATTCGAAGCGTGAA
1 ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAA
** * * * **
3797 ATGAACTTCAATTTTTTTGGTGTTGAATTATAAACTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTTTG
66 ATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAG
* * * *
3862 GAAAAAATTTTT-TGGTCAGTTTATGCAAAATTTTAGCTGAAATCGGTGTATTAGCCATCACGGT
131 G-AAAAATTTTTCGGGTCAGTTT-TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACCATCACGGT
* * * * *
3926 TTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTA-ACACCC-AGAATCC
194 TTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTAGGC-CCCAAGACTCC
*
3989 ATGAACCATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGA
258 ATGAAACATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGA
*
4054 GCATCTGAA
323 GCATCAGAA
* *
4063 ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTG-AAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAA
1 ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAA
* * * * * *
4127 ATGCCCTTTAATTTTTTTGGTGTTGAAATATAGATTTCTTAAGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAG
66 ATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAG
* ** * *
4192 GAAAATTTTTTTTGCTCAGATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAGTGTACTAACCATCACGGTT
131 GAAAAATTTTTCGGGTCAG-TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACCATCACGGTT
* * *
4257 TTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTAGGCACCCAA-ACTCCT
195 TTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTAGGC-CCCAAGACTCCA
* * * * *
4321 TGAAATATCTATA-TTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTCTACAA
259 TGAAACATCTA-AGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGA
*
4385 GAATCAGAA
323 GCATCAGAA
4394 ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAGAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGA
1 ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAA-AAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGA
* * *
4459 AATGCCCTTCAA-TTTTATGGCGTTGGATTATAGATTTGTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGA
65 AATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGA
* * *
4523 GGAAAAATTTTTCAGATCAGTTTTCCCAAAATTTTAGCCGAAATC-GTGTACTAA-CATTCACGG
130 GGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTT-GCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACCA-TCACGG
* * * ** * * * * *
4586 TTTTTTGTTAAAAATGCATTTCGGGTCCCCGGCTCTGATTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTA
193 TTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGG-CCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTAGGCCCCAAGACTC
* *
4651 CAAGAAACATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCAACG
257 CATGAAACATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACG
4716 AGCATCAGAA
322 AGCATCAGAA
* *
4726 ATTGGTTCCGATTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAAATGG-AAAATGATT-TTAGAAGCGTGA
1 ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATG-TTATTAGAAGCGTGA
* * * * *
4789 AGTGCCCTTTAATTTTTTTGGCGTTCAATTATAGATTTTTTACAAGTATTTTGGTCAAAAATTGA
65 AATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGA
* *
4854 GGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATC-GTGTGCTAACCATCACGGT
130 GGAAAAATTTTTCGGGTCAG-TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACCATCACGGT
* * ** * * * **
4918 TTTTGGTTAAAATCGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGATTTGTAGGATTTT-CGCCGATAAGACTC
194 TTTTGGCTAAAAACGTGTTCC-GGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTAGGCC-CCAAGACTC
* * * * *
4982 CATGAAATATCTATA-TTCATCTAATTAAATCACATCCACATTTGATTTAAGGATTTGTTTCTAC
257 CATGAAACATCTA-AGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTAC
*
5046 GAGAATCAGAA
321 GAGCATCAGAA
5057 ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGG-AAAATGTTATTAGAAGCGTGAA
1 ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAA
* * *
5121 ATGCCCTTAAATTTTTTGGGGGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAG
66 ATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAG
* * * * * * *
5186 GAAAATTTTTTCGGGTAAGTTTTTCCAAAATTTTAGACGAAATC-GTGTAC--CCCTTCACGGAT
131 GAAAAATTTTTCGGGTCAG-TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACCATCACGGTT
* * * *
5248 TCTGGTTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCA
195 TTTGGCTAAAAACGTGTTCC-GGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTAGGCCCCAAGACTCCA
* *
5313 AGAACCATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAG
259 TGAAACATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAG
5378 CATCTA-AA
324 CATC-AGAA
*
5386 ATATGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGAAAAATAATAGAAAAATGATATT
1 AT-TGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATG----------GAAAAATGTTATT
* * * *
5451 AGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTGAATAATAGATTTTTTTACGAGTATTTTGA
55 AGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAGA-TTTTTTACGAGTATTTTGG
* * *
5516 CCAAAAATTTAGGAAAATTTTTTTC--CTCAGATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACT
119 CCAAAAATTGAGGAAAA-ATTTTTCGGGTCAG-TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACT
* * *
5579 AACCATCACGGTTTTTGGCTAACAACGTGTTCCGGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTAGGC
182 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTAGGC
* * * * * * * *
5644 ACCC-AGAATCCTTGATATATCTATA-TTTATCTAATCAAATCTCATCCACATCGGATTTAAGGA
247 -CCCAAGACTCCATGAAACATCTA-AGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGA
5707 TTTGTTTCTACGAGCATCAGAA
310 TTTGTTTCTACGAGCATCAGAA
*
5729 ATTGGTTTTGATTTA
1 ATTGGTTTCGATTTA
5744 TTT
Statistics
Matches: 1464, Mismatches: 174, Indels: 74
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
328 1 0.00
329 133 0.09
330 283 0.19
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340 1 0.00
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343 105 0.07
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Consensus pattern (331 bp):
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GAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGGTGTACTAACCATCACGGTTT
TTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTAGGCCCCAAGACTCCATG
AAACATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCA
TCAGAA
Found at i:4799 original size:663 final size:658
Alignment explanation
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* * *
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** * * **
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66 ATGCCCTTCAA-TTTTTTGGCGTTGAATTATAGA-TTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAG
* * * *
3862 GAAAAAATTTTT-TGGTCAGTTTATGCAAAATTTTAGCTGAAATCGGTGTATTAGCCA-TCACGG
129 G-AAAAATTTTTCAGGTCAGTTT-TCCAAAATTTTAGCCGAAATC-GTGTACTA-CCATTCACGG
* * * ** * * *
3925 TTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT-AACACCCAGAATCC
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*
3989 ATGAACCATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGA
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* *
4054 GCATCTGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTG-AAAAAATGGAAAAATGATATTAG
320 GCATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAG
* *
4118 AAGCGTGAAATGCCCTTTAATTTTTTTGGTGTTGAAATATAGATTTCTTAAGAGTATTTTGGCCA
385 AAGCGTGAAATGCCCTTTAATTTTTTTGGAGTTGAAATATAGATTTTTTAAGAGTATTTTGGCCA
4183 AAAATTTAGGAAAATTTTTTTTGCTCAGATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAGTGTACTAACC
450 AAAATTTAGGAAAA-TTTTTTTGCTCAGATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC-GTGTACTAACC
*
4248 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTAGGCACCC
513 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCACCC
4313 AAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTAGATTTAAGGATTTGTT
578 AAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTAGATTTAAGGATTTGTT
*
4378 TCTACAAGAATCAGAA
643 TCTACGAGAATCAGAA
4394 ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAGAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGA
1 ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAA-AAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGA
* *
4459 AATGCCCTTCAATTTTATGGCGTTGGATTATAGATTTGTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAG
65 AATGCCCTTCAATTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTT-TTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAG
* *
4524 GAAAAATTTTTCAGATCAGTTTTCCCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACATTCACGGTTT
129 GAAAAATTTTTCAGGTCAGTTTT-CCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTACCATTCACGGTTT
* * ** * *
4589 TTTGTTAAAAATGCATTTCGGGTCCCCGGCTCTGATTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTACAA
193 TTGGTTAAAAACGTGTTTCGGG-CCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCAA
* *
4654 GAAACATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCAACGAGC
257 GAACCATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGC
* * *
4719 ATCAGAAATTGGTTCCGATTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAAATGG-AAAATGATTTTAGAA
322 ATCAGAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAA
* * * * *
4783 GCGTGAAGTGCCCTTTAATTTTTTTGGCGTTCAATTATAGATTTTTTACA-AGTATTTTGGTCAA
387 GCGTGAAATGCCCTTTAATTTTTTTGGAGTTGAAATATAGATTTTTTA-AGAGTATTTTGGCCAA
* ** * * * *
4847 AAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTGCTAACCAT
451 AAATTTAGG-AAAATTTTTTTGCTCAGATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
* * ** * * * * **
4912 CACGGTTTTTGGTTAAAATCGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGATTTGTAGGATTTT-CGC-CGAT
515 CACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTAGGCAC-CC
* * * *
4975 AAGACTCCATGAAATATCTATATTCATCTAATTAAATCACATCCACATTTGATTTAAGGATTTGT
578 AA-ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTAGATTTAAGGATTTGT
5040 TTCTACGAGAATCAGAA
642 TTCTACGAGAATCAGAA
5057 ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGG-AAAATGTTATTAGAAGCGTGAA
1 ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAA
* *
5121 ATGCCCTTAAATTTTTTGGGGGTTGAATTATAGATTTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAG
66 ATGCCCTTCAATTTTTT-GGCGTTGAATTATAGA-TTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAG
* * * * * *
5186 GAAAATTTTTTCGGGTAAGTTTTTCCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTAC--CCCTTCACGGATT
129 GAAAAATTTTTCAGGTCAG-TTTTCCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTACCATTCACGGTTT
* *
5249 CTGGTTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCAA
193 TTGGTTAAAAACGTGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCAA
5314 GAACCATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGC
257 GAACCATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGC
5379 ATCTA-AAATATGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGAAAAATAATAGAAAA
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* * *
5443 ATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTCAATTTTTTTCGAGTTG-AATAATAGATTTTTTTACGA
375 ATGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCTTTAATTTTTTTGGAGTTGAAAT-ATAGA-TTTTTTAAGA
* *
5507 GTATTTTGACCAAAAATTTAGGAAAATTTTTTTCCTCAGATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
438 GTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAATTTTTTTGCTCAGATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC-
* *
5572 GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAACAACGTGTTCCGGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGAT
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* * **
5637 TTTAGGCACCCAGAA-TCCTTGATATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCATCCACATCGGATT
567 TTTAGGCACCCA-AACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTAGATT
*
5701 TAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCAGAA
631 TAAGGATTTGTTTCTACGAGAATCAGAA
*
5729 ATTGGTTTTGATTTA
1 ATTGGTTTCGATTTA
5744 TTT
Statistics
Matches: 1181, Mismatches: 131, Indels: 65
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
660 135 0.11
661 157 0.13
662 221 0.19
663 395 0.33
664 14 0.01
671 3 0.00
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673 65 0.06
674 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (658 bp):
ATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAA
ATGCCCTTCAATTTTTTGGCGTTGAATTATAGATTTTTACGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGA
AAAATTTTTCAGGTCAGTTTTCCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTACCATTCACGGTTTTTG
GTTAAAAACGTGTTTCGGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTCGGCGCCAAGACTCCAAGAAC
CATCTAAGTTCATCTAATAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCA
GAAATTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGT
GAAATGCCCTTTAATTTTTTTGGAGTTGAAATATAGATTTTTTAAGAGTATTTTGGCCAAAAATT
TAGGAAAATTTTTTTGCTCAGATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
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AATCAGAA
Done.