Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023909.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23942, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:835 original size:154 final size:154
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Indices: 555--1533 Score: 1564
Period size: 154 Copynumber: 6.4 Consensus size: 154
545 TGGCGCATCA
* * * *
555 ATTTTGTTTAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAATTGTTATTTTGGGCCT
1 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
620 ATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
66 ATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
685 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
131 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
* *
709 ATTTTGTTGAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
1 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
* * *
774 ATCGGGGCCTATTAGTGACGTATTGGATCGTCTTCGATTTGACAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
66 ATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
839 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
131 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
* *
863 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGACCT
1 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
* ** **
928 ATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCTTCTTCGATTTAACAAACCTCAATGCTTTTGGTTCC
66 ATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
993 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
131 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
* * * * *
1017 ATTTTGTTTATATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGATCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
1 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
*
1082 ATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATAGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
66 ATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
* *
1147 ATTGTTTATGGTCTAACTATAATT
131 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
1171 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
1 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
** *
1236 ATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
66 ATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
* *
1301 ATTGTTTATGGCCTAACCATAAAC
131 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
* * * * * *
1325 AATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTATAAGCTCATTTGGAACAATTGTTATTTTGGTCCT
1 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
* * * *
1390 ATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAACCTCAATGTTTTTGTTTCC
66 ATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
*
1455 ATTG-TTATGGTCTAACTATAATC
131 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
* * *
1478 ATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTCTTAT
1 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
1534 CAGACCTCAA
Statistics
Matches: 760, Mismatches: 65, Indels: 1
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
153 66 0.09
154 694 0.91
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
ATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
ATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
Found at i:1622 original size:100 final size:100
Alignment explanation
Indices: 1435--1633 Score: 258
Period size: 100 Copynumber: 2.0 Consensus size: 100
1425 GAATTGGCAA
* ** * *
1435 ACCTCAATGTTTTTGTTTCCATTGTTATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACT
1 ACCTCAATGTATTTCATTCCATTGTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGGTAAG--TAGTCCACT
1500 GTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTCTTATCAG
64 GTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTCTTATCAG
* * *
1537 ACCTCAATGTATTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGTTTAG-AGTCCACTT
1 ACCTCAATGTATTTCATTCCATTG-TTATGGCCTAACTATAACCATTTTGGTAAGTAGTCCACTG
* *
1601 TGAAGTTTTTAGCAT-ATTTGGAACACTTGTTAT
65 TGAACTTTTTAGC-TCATTTGGAACACTTCTTAT
1634 TTTGGGCCTA
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 10, Indels: 6
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
100 37 0.44
101 1 0.01
102 21 0.25
103 26 0.31
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.14, T:0.43
Consensus pattern (100 bp):
ACCTCAATGTATTTCATTCCATTGTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGGTAAGTAGTCCACTGT
GAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTCTTATCAG
Found at i:1679 original size:253 final size:255
Alignment explanation
Indices: 1281--1787 Score: 734
Period size: 253 Copynumber: 2.0 Consensus size: 255
1271 GATTTGGCAA
*
1281 ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACCATAAACAATTTGGTGAGATTAGTCCAC
1 ACCTCAATGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACCATAAACAATTTGGTGAG--TAGTCCAC
*
1346 TGTGAACTTATAAGCTCATTTGGAACAATTGTTATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGT
64 TGTGAACTTATAAGCTCATTTGGAACAATTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGT
** * * * *
1411 ATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAACCTCAATGTTTTTGTTTCCATTG-TTATGGTCTAACTATA
129 ATTGAATAGTCTTCGAATTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATA
* * *
1475 ATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTCTTATCAG
194 ATAATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTAAACTTTTTAACTCATTTGGAACACTTCTTATCAG
* * * * *
1537 ACCTCAATG-TATTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGTTTAG-AGTCCACT
1 ACCTCAATGCT-TTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACCATAAACAATTTGGTGAGTAGTCCACT
* * * * *
1600 TTGAAGTTTTTAGCAT-ATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGT
65 GTGAACTTATAAGC-TCATTTGGAACAATTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGT
*
1664 ATTGAATAGTCTTCGATTTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATA
129 ATTGAATAGTCTTCGAATTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATA
* *
1729 ATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTCTTAT
194 ATAATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTAAACTTTTTAACTCATTTGGAACACTTCTTAT
1788 TTTGGGCTTA
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 24, Indels: 8
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
253 106 0.47
254 70 0.31
255 1 0.00
256 47 0.21
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (255 bp):
ACCTCAATGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACCATAAACAATTTGGTGAGTAGTCCACTG
TGAACTTATAAGCTCATTTGGAACAATTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTAT
TGAATAGTCTTCGAATTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
AATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTAAACTTTTTAACTCATTTGGAACACTTCTTATCAG
Found at i:1788 original size:154 final size:153
Alignment explanation
Indices: 1539--2145 Score: 782
Period size: 154 Copynumber: 4.0 Consensus size: 153
1529 CTTATCAGAC
* * * *
1539 CTCAATGTATTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGTTTAG---AGTCCACTT
1 CTCAATGT-TTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
1601 TGAAGTTTTTAGCAT-ATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTA
65 TGAAGTTTTTAGC-TCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTA
*
1665 TTGAATAGTCTTCGATTTGGCAAAA
129 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAA
* *
1690 CTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
1 CTCAATG-TTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
* * * * * *
1755 TAAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTCTTATTTTGGGCTTATTGGGGTCCATTAGTGACGTAT
65 TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTAT
* ** * *
1820 TGAACCGTCTTCGATTTATCAGAC
130 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAA
*
1844 CTCAATGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTTTAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
1 CTCAATG-TTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
* * ** *
1909 TGAAGTTTTTAGCTCAATTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCAAGGCCCATTAGGGACGT-T
65 TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTAT
* *
1973 ATAAATCGTCTTCGATTTGGTAAAA
130 -TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAA
* * *
1998 CTCAATGTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTATGGTGAGATTAGTCCACTAT
1 CTCAATGTTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
* * *
2063 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTA-TTTAGGCCTTTCGGAGTCCCATTAGT--CTGT-
66 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGG-GGCCCATTAGTGAC-GTA
* *
2124 TTGAATCGACTTCAATTTGGCA
129 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
2146 TCCGTCGAT
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 55, Indels: 16
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
151 64 0.16
152 13 0.03
153 95 0.24
154 221 0.56
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (153 bp):
CTCAATGTTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATT
GAATCGTCTTCGATTTGGCAAAA
Found at i:1833 original size:407 final size:409
Alignment explanation
Indices: 1127--1941 Score: 1192
Period size: 407 Copynumber: 2.0 Consensus size: 409
1117 GATTTGGCAA
* * **
1127 ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAATTATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
1 ACCTCAATGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGGTGAG--TAGTCCAC
**
1192 TGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGT
64 TGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGT
* * *
1257 TTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACCATA
129 ATTGAATAGTCTTCGATTTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACCATA
* * *
1322 AACAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTATAAGCTCATTTGGAACAATTGTTATTTTGGT
194 AACAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAACTTATAAGCTCATTTGGAACAATTCTTATTTTGGG
* * * * **
1387 CCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAACCTCAATGTTTTTGTT
259 CCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAACCGTCTTCGAATTAGCAAACCTCAATGCTTTTCAT
*
1452 TCCATTG-TTATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTC
324 TCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTC
*
1516 ATTTGGAACACTTCTTATCAG
389 AATTGGAACACTTCTTATCAG
* *
1537 ACCTCAATG-TATTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGTTTAG-AGTCCACT
1 ACCTCAATGCT-TTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGGTGAGTAGTCCACT
*
1600 TTGAAGTTTTTAGCAT-ATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGT
65 GTGAAGTTTTTAGC-TCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGT
*
1664 ATTGAATAGTCTTCGATTTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATA
129 ATTGAATAGTCTTCGATTTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACCATA
* * * *
1729 ATA-ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGTTTTTAA-CTCATTTGGAACACTTCTTATTTTG
194 A-ACAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAA-CTTATAAGCTCATTTGGAACAATTCTTATTTTG
* * * * * *
1792 GGCTTATTGGGGTCCATTAGTGACGTATTGAACCGTCTTCGATTTATCAGACCTCAATGCTTTTC
257 GGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAACCGTCTTCGAATTAGCAAACCTCAATGCTTTTC
* * *
1857 ATTCCATTGTTTATGGCCTAACTTTAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC
322 ATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGC
*
1922 TCAATTGGAACACTTGTTAT
387 TCAATTGGAACACTTCTTAT
1942 TTTGTGCCTA
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 38, Indels: 12
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
407 238 0.66
408 76 0.21
409 1 0.00
410 47 0.13
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (409 bp):
ACCTCAATGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGGTGAGTAGTCCACTG
TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTAT
TGAATAGTCTTCGATTTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACCATAAA
CAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAACTTATAAGCTCATTTGGAACAATTCTTATTTTGGGCC
TATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAACCGTCTTCGAATTAGCAAACCTCAATGCTTTTCATTC
CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCAA
TTGGAACACTTCTTATCAG
Found at i:1987 original size:561 final size:564
Alignment explanation
Indices: 989--2094 Score: 1740
Period size: 561 Copynumber: 2.0 Consensus size: 564
979 ATGCTTTTGG
* *
989 TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGTTTATATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGAT
1 TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGTTTATATGAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGAT
1054 CATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATAGTCTTCGA
66 CATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATAGTCTTCGA
* * *
1119 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAATTATTTTGGTGAGAT
131 TTTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGGTGAGAT
* * *
1184 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
196 TAGTCCACTGTAAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTCTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
** * * * *
1249 AGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCC
261 AGTGACGTATTGAACCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGCC
*
1314 TAACCATAAACAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTATAAGCTCATTTGGAACAATTGTT
326 TAACCATAAACAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTATAAGCTCAATTGGAACAATTGTT
** * * * *
1379 ATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATCTTCTTCGAATTGGCAAACCTCAATG
391 ATTTTGGTCCTATCAAGGCCCATTAGGGACGTATTAAATCGTCTTCGAATTGGCAAAACTCAATG
* * * *
1444 TTTTTGTTTCCATTG-TTATGGTCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAACTT
456 -TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTATGGTAAGATTAGTCCACTATGAACTT
1508 TTTAGCTCATTTGGAACACTTCTTATCAGACCTCAATGTATTTCA
520 TTTAGCTCATTTGGAACACTTCTTATCAGACCTCAATGTATTTCA
1553 TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTG-TT-TA-GAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCA
1 TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGTTTATATGAGTCCACTTTGAAGTTTTTAG-A
1615 T-ATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATAGTCTTCG
65 TCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATAGTCTTCG
1679 ATTTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGGTGAGA
130 ATTTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGGTGAGA
* * *
1744 TTAGTCCACTGTAAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTCTTATTTTGGGCTTATTGGGGTCCAT
195 TTAGTCCACTGTAAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTCTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAT
* *
1809 TAGTGACGTATTGAACCGTCTTCGATTTATCAGACCTCAATGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGC
260 TAGTGACGTATTGAACCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGC
** * * * * * *
1874 CTAACTTTAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAATTGGAACACTTGT
325 CTAACCATAAACAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTATAAGCTCAATTGGAACAATTGT
* *
1939 TATTTT-GTGCCTATCAAGGCCCATTAGGGACGT-TATAAATCGTCTTCGATTTGGTAAAACTCA
390 TATTTTGGT-CCTATCAAGGCCCATTAGGGACGTAT-TAAATCGTCTTCGAATTGGCAAAACTCA
* *
2002 ATGTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTATGGTGAGATTAGTCCACTATGAAG
453 ATGTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTATGGTAAGATTAGTCCACTATGAAC
*
2067 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAT
518 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTCTTAT
2095 TTAGGCCTTT
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 43, Indels: 11
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
560 16 0.03
561 440 0.89
562 4 0.01
563 2 0.00
564 33 0.07
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (564 bp):
TTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGTTTATATGAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGAT
CATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTATTGAATAGTCTTCGA
TTTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATAATTTTGGTGAGAT
TAGTCCACTGTAAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTCTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
AGTGACGTATTGAACCGTCTTCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGCC
TAACCATAAACAATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTATAAGCTCAATTGGAACAATTGTT
ATTTTGGTCCTATCAAGGCCCATTAGGGACGTATTAAATCGTCTTCGAATTGGCAAAACTCAATG
TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTATGGTAAGATTAGTCCACTATGAACTTT
TTAGCTCATTTGGAACACTTCTTATCAGACCTCAATGTATTTCA
Found at i:2118 original size:307 final size:305
Alignment explanation
Indices: 1530--2119 Score: 875
Period size: 307 Copynumber: 1.9 Consensus size: 305
1520 GGAACACTTC
* *
1530 TTATCAGACCTCAATGTATTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGTTTAGAGT
1 TTATCAGACCTCAATGTATTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGGTGAGAGT
* * ** *
1595 CCACTTTGAAGTTTTTAGCATATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTG
66 CCACTGTGAAGTTTTTAGCATAATTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAAGGCCCATTAGGG
*
1660 ACGTATTGAATAGTCTTCGATTTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC
131 ACGTATTAAATAGTCTTCGATTTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC
* *
1725 TATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTCTTATTT
196 TATAATAATTATGGTGAGATTAGTCCACTATAAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTCTTATTT
* * * *
1790 TGGGCTTATTGGGGTCCATTAGTGACGTATTGAACCGTCTTCGAT
261 AGGCCTTATCGGAGTCCATTAGTGACGTATTGAACCGTCTTCGAT
* *
1835 TTATCAGACCTCAATGCT-TTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTTTAATCATTTTGGTGAGAT
1 TTATCAGACCTCAATG-TATTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGGTGAG--
*
1899 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC-TCAATTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCAAGGCCCAT
63 -AGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCAT-AATTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAAGGCCCAT
* *
1963 TAGGGACGT-TATAAATCGTCTTCGATTTGGTAAAACTCAATG-TTTTCTTTCCATTGTTTATGG
126 TAGGGACGTAT-TAAATAGTCTTCGATTTGGCAAAACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG
* * * *
2026 CCTAACTATAATCATTATGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG
190 CCTAACTATAATAATTATGGTGAGATTAGTCCACTATAAAGTTTTTAACTCATTTGGAACACTTC
2091 TTATTTAGGCCTT-TCGGAGTCCCATTAGT
255 TTATTTAGGCCTTATCGGAGT-CCATTAGT
2120 CTGTTTGAAT
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 23, Indels: 12
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
305 56 0.22
306 6 0.02
307 101 0.40
308 92 0.36
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (305 bp):
TTATCAGACCTCAATGTATTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAACCATTTTGGTGAGAGT
CCACTGTGAAGTTTTTAGCATAATTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAAGGCCCATTAGGG
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Done.