Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01023948.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig23981, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7923
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.20, T:0.30
Found at i:6330 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 6277--6352 Score: 98
Period size: 26 Copynumber: 2.8 Consensus size: 26
6267 AAGTGAACTT
*
6277 AAATGACCAAAATCCCCCTGAATATGC
1 AAATGACCAAAAT-GCCCTGAATATGC
* *
6304 AAATGACCAAAATGCCCTGGATGTGC
1 AAATGACCAAAATGCCCTGAATATGC
*
6330 AAATGACTAAAATGCCCCTGAAT
1 AAATGACCAAAATG-CCCTGAAT
6353 GACTTAAGTG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 2
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 23 0.53
27 20 0.47
ACGTcount: A:0.39, C:0.25, G:0.16, T:0.20
Consensus pattern (26 bp):
AAATGACCAAAATGCCCTGAATATGC
Found at i:7220 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 7073--7510 Score: 630
Period size: 69 Copynumber: 6.4 Consensus size: 69
7063 TGCTGTATGG
* * * * * *
7073 ACTGACTCGCATGGAAACGAGTTTGACTTATGGAAAAGTCT-TATCGCTTGGATGGGACCAAGGC
1 ACTGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGC
7137 TTATA
66 TTA-A
* * * *
7142 A-TGACTCGTATGGAAACCAGTTTGACTTATGGAAAAGTCTATATGGCTTGGATGGAACCAAGGC
1 ACTGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGC
7206 TTAA
66 TTAA
* *
7210 ATTGACTCGTATGGAAACGAGTTCGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGC
1 ACTGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGC
7275 TTAA
66 TTAA
* * * *
7279 ACTGATTCGTACGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAATCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGC
1 ACTGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGC
7344 TTAA
66 TTAA
* * *
7348 ACTGACTTGTATGG-AACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTATGTGGCTCGGATGGAACCAAGGC
1 ACTGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGC
*
7412 TTGA
66 TTAA
* *
7416 ACTGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTATGTGGTTTGGATGGAACCAAGGC
1 ACTGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGC
7481 TTAA
66 TTAA
* *
7485 ATTGACTCGTATGGAAACGAATTTGG
1 ACTGACTCGTATGGAAACGAGTTTGG
7511 TTTGTAATCA
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 27, Indels: 6
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
68 103 0.30
69 236 0.70
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.29, T:0.27
Consensus pattern (69 bp):
ACTGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGC
TTAA
Found at i:7243 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 7075--7510 Score: 626
Period size: 137 Copynumber: 3.2 Consensus size: 137
7065 CTGTATGGAC
* * * * * *
7075 TGACTCGCATGGAAACGAGTTTGACTTATGGAAAAGTCT-TATCGCTTGGATGGGACCAAGGCTT
1 TGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGCTT
* * * *
7139 ATAATGACTCGTATGGAAACCAGTTTGACTTATGGAAAAGTCTATATGGCTTGGATGGAACCAAG
66 A-AATGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGTCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAG
7204 GCTTAAAT
130 GCTTAAAT
*
7212 TGACTCGTATGGAAACGAGTTCGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGCTT
1 TGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGCTT
* *
7277 AAACTGATTCGTACGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAA-TCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAA
66 AAA-TGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGT-CTATGTGGCTTGGATGGAACCAA
*
7341 GGCTTAAAC
129 GGCTTAAAT
* * *
7350 TGACTTGTATGG-AACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTATGTGGCTCGGATGGAACCAAGGCTT
1 TGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGCTT
* * *
7414 GAACTGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTATGTGGTTTGGATGGAACCAAG
66 -AAATGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGTCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAG
7479 GCTTAAAT
130 GCTTAAAT
*
7487 TGACTCGTATGGAAACGAATTTGG
1 TGACTCGTATGGAAACGAGTTTGG
7511 TTTGTAATCA
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 26, Indels: 11
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
137 161 0.60
138 106 0.40
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.29, T:0.28
Consensus pattern (137 bp):
TGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGGCTT
AAATGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGTCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGG
CTTAAAT
Found at i:7403 original size:206 final size:206
Alignment explanation
Indices: 7073--7515 Score: 622
Period size: 206 Copynumber: 2.2 Consensus size: 206
7063 TGCTGTATGG
* * * * *
7073 ACTGACTCGCATGGAAACGAGTTTGACTTATGGAAAAGTCTTATCGCTTGGATGGGACCAAGGCT
1 ACTGACTCGTACGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGTCTTATCGCTTGGATGGAACCAAGGCT
* *
7138 TATAATGACTCGTATGGAAACCAGTTTGACTTATGGAAAAGTCTATATGGCTTGGATGGAACCAA
66 TATAATGACTCGTATGGAAACCAGTTTGACTTATGGAAAAGCCTATATGGCTCGGATGGAACCAA
*
7203 GGCTTAAATTGACTCGTATGGAAACGAGTTCGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAA
131 GGCTTAAACTGACTCGTATGGAAACGAGTTCGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAA
7268 CCAAGGCTTAA
196 CCAAGGCTTAA
* * *
7279 ACTGATTCGTACGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAA-TCCTATGTGGCTTGGATGGAACCAAGG
1 ACTGACTCGTACGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGT-CT-TATCGCTTGGATGGAACCAAGG
* * * * *
7343 CTTA-AACTGACTTGTATGG-AACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTATGTGGCTCGGATGGAAC
64 CTTATAA-TGACTCGTATGGAAACCAGTTTGACTTATGGAAAAGCCTATATGGCTCGGATGGAAC
* * * *
7406 CAAGGCTTGAACTGACTCGTATGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTATGTGGTTTGGATG
128 CAAGGCTTAAACTGACTCGTATGGAAACGAGTTCGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATG
7471 GAACCAAGGCTTAA
193 GAACCAAGGCTTAA
* * * *
7485 ATTGACTCGTATGGAAACGAATTTGGTTTGT
1 ACTGACTCGTACGGAAACGAGTTTGGCTTGT
7516 AATCAAAGCA
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 25, Indels: 6
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
205 1 0.00
206 174 0.83
207 34 0.16
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (206 bp):
ACTGACTCGTACGGAAACGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGTCTTATCGCTTGGATGGAACCAAGGCT
TATAATGACTCGTATGGAAACCAGTTTGACTTATGGAAAAGCCTATATGGCTCGGATGGAACCAA
GGCTTAAACTGACTCGTATGGAAACGAGTTCGGCTTATGGAAAAGCCTATGTGGCTTGGATGGAA
CCAAGGCTTAA
Found at i:7707 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 7675--7704 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.5 Consensus size: 12
7665 AATATGCGGT
7675 CAACTTGAAAAA
1 CAACTTGAAAAA
7687 CAACTTGAAAAA
1 CAACTTGAAAAA
*
7699 TAACTT
1 CAACTT
7705 TGAGTCTGAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 17 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.17, G:0.07, T:0.23
Consensus pattern (12 bp):
CAACTTGAAAAA
Found at i:7745 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 7600--7771 Score: 317
Period size: 91 Copynumber: 1.9 Consensus size: 91
7590 GAAAATACCT
7600 TTGAAAAATAACTCTGAATCTGATGTTGTAACTGAAAACTTCTTGATTGATGATGAAAAAGGACC
1 TTGAAAAATAACTCTGAATCTGATGTTGTAACTGAAAACTTCTTGATTGATGATGAAAAAGGACC
7665 AATATGCGGTCAACTTGAAAAACAAC
66 AATATGCGGTCAACTTGAAAAACAAC
* *
7691 TTGAAAAATAACTTTGAGTCTGATGTTGTAACTGAAAACTTCTTGATTGATGATGAAAAAGGACC
1 TTGAAAAATAACTCTGAATCTGATGTTGTAACTGAAAACTTCTTGATTGATGATGAAAAAGGACC
*
7756 AATGTGCGGTCAACTT
66 AATATGCGGTCAACTT
7772 TGCTTCATTT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 3, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
91 78 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (91 bp):
TTGAAAAATAACTCTGAATCTGATGTTGTAACTGAAAACTTCTTGATTGATGATGAAAAAGGACC
AATATGCGGTCAACTTGAAAAACAAC
Done.