Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01024121.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig24154, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 97395
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.18, T:0.33
Found at i:3019 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 2950--3030 Score: 135
Period size: 42 Copynumber: 1.9 Consensus size: 42
2940 GCTAAGTCTT
*
2950 GAAAGTTCTCTGTAAATTAAGAAATACTCAACTCAAATCATA
1 GAAAATTCTCTGTAAATTAAGAAATACTCAACTCAAATCATA
* *
2992 GAAAATTCTTTGTAAATTAAGAAATACTCAATTCAAATC
1 GAAAATTCTCTGTAAATTAAGAAATACTCAACTCAAATC
3031 CTGATCCTTG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 36 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.15, G:0.09, T:0.31
Consensus pattern (42 bp):
GAAAATTCTCTGTAAATTAAGAAATACTCAACTCAAATCATA
Found at i:3168 original size:56 final size:57
Alignment explanation
Indices: 3096--3210 Score: 205
Period size: 57 Copynumber: 2.0 Consensus size: 57
3086 TTTATTTTGT
* *
3096 AGAATAATTAAGTAGAGATA-GGGGGATAGGATTTATTATAACATTTATTGTGTGAA
1 AGAATAATTAAATAGAGATAGGGGGGATAGGATTTATTATAACATTTATTGTATGAA
3152 AGAATAATTAAATAGAGATAGGGGGGATAGGATTTATTATAACATTTATTGTATGAA
1 AGAATAATTAAATAGAGATAGGGGGGATAGGATTTATTATAACATTTATTGTATGAA
3209 AG
1 AG
3211 GAAACCGATA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 2, Indels: 1
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
56 19 0.34
57 37 0.66
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.24, T:0.33
Consensus pattern (57 bp):
AGAATAATTAAATAGAGATAGGGGGGATAGGATTTATTATAACATTTATTGTATGAA
Found at i:3402 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 3395--3429 Score: 70
Period size: 2 Copynumber: 17.5 Consensus size: 2
3385 TAATATGTAG
3395 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
3430 TGGAGAGATA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 33 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:11385 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 11355--11403 Score: 62
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
11345 TATAATAAAA
11355 ACGCAAAAACAAGAATTTTTTTTATG
1 ACGCAAAAACAA-AATTTTTTTTATG
* * *
11381 ACGCAGAAATAAATTTTTTTTTA
1 ACGCAAAAACAAAATTTTTTTTA
11404 ACGCAAGACT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 10 0.50
26 10 0.50
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (25 bp):
ACGCAAAAACAAAATTTTTTTTATG
Found at i:14874 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 14845--14881 Score: 58
Period size: 12 Copynumber: 3.2 Consensus size: 12
14835 GTCTTTTAGC
14845 AAAAAAATACA-
1 AAAAAAATACAG
*
14856 AAGAAAATACAG
1 AAAAAAATACAG
14868 AAAAAAATACAG
1 AAAAAAATACAG
14880 AA
1 AA
14882 GCAAGAAATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
11 10 0.43
12 13 0.57
ACGTcount: A:0.76, C:0.08, G:0.08, T:0.08
Consensus pattern (12 bp):
AAAAAAATACAG
Found at i:15487 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 15460--15509 Score: 91
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
15450 CCTTTTATTA
*
15460 TGCCTTGGGTTTTAATTTAGCATT
1 TGCCTTGGGTTTTAATTTAACATT
15484 TGCCTTGGGTTTTAATTTAACATT
1 TGCCTTGGGTTTTAATTTAACATT
15508 TG
1 TG
15510 GGCTTAGTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 25 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.12, G:0.20, T:0.50
Consensus pattern (24 bp):
TGCCTTGGGTTTTAATTTAACATT
Found at i:16160 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 16119--16353 Score: 209
Period size: 37 Copynumber: 6.6 Consensus size: 36
16109 AAAATCAAAA
*
16119 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAGTCTTCATGGTT
1 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAGT-TTCATAGTT
* *
16156 TTCAAATTGGGAAGGTTCCCATCAGGTTT--TAGTT
1 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAGTTTCATAGTT
* * *
16190 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCACCAAG--TCAAAG-C
1 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAGTTTCATAGTT
*
16223 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCGTC-AGTTTCGATTTTAGTT
1 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAGTTTC-A---TAGTT
* * *
16262 TTCAAAGTAGGAAAGTTCCCCTCAAGTTTTCCA-AGTT
1 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAG-TTT-CATAGTT
* *
16299 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAGGGTT--TAGTT
1 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAGTTTCATAGTT
* *
16333 TTTAATTTAGGGAAAGTTCCC
1 TTCAAATT-GGGAAAGTTCCC
16354 GTCATTTTCG
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 22, Indels: 30
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
32 3 0.02
33 21 0.13
34 41 0.25
35 13 0.08
36 4 0.02
37 51 0.31
38 2 0.01
39 20 0.12
40 2 0.01
41 4 0.02
42 1 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (36 bp):
TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAGTTTCATAGTT
Found at i:16200 original size:71 final size:69
Alignment explanation
Indices: 16119--16353 Score: 251
Period size: 72 Copynumber: 3.3 Consensus size: 69
16109 AAAATCAAAA
* *
16119 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAGTCTTCATGGTTTTCAAATTGGGAAGGTTCCCATCAGGTT
1 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAGT-TTCA-AGTTTTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAGGTT
16184 TTAGTT
64 TTAGTT
* * *
16190 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCACCAAG--TCAAAG-CTTCAAATTGGGAAAGTTCCCGTCAGTTTC
1 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAGTTTC-AAGTTTTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAG----
16252 GATTTTAGTT
61 G-TTTTAGTT
* * * *
16262 TTCAAAGTAGGAAAGTTCCCCTCAAGTTTTCCAAGTTTTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAGGGT
1 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAG-TTT-CAAGTTTTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAGGTT
16327 TTAGTT
64 TTAGTT
* *
16333 TTTAATTTAGGGAAAGTTCCC
1 TTCAAATT-GGGAAAGTTCCC
16354 GTCATTTTCG
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 16, Indels: 23
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
67 23 0.17
68 3 0.02
69 1 0.01
71 38 0.28
72 42 0.31
75 4 0.03
76 25 0.18
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (69 bp):
TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAAGTTTCAAGTTTTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAGGTTTT
AGTT
Found at i:16277 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 16223--16396 Score: 125
Period size: 39 Copynumber: 4.6 Consensus size: 39
16213 AAGTCAAAGC
*
16223 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCGTCAGTTTCGATTTTAGTT
1 TTCAAATTAGGAAAGTTCCCGTCAGTTTCGATTTTAGTT
* * *
16262 TTCAAAGTAGGAAAGTTCCCCTCAAGTTTTCCA----AGTT
1 TTCAAATTAGGAAAGTTCCCGTC-AG-TTTCGATTTTAGTT
* * *
16299 TTCAAATTGGGAAAGTTCCCATCAG----G-GTTTAGTT
1 TTCAAATTAGGAAAGTTCCCGTCAGTTTCGATTTTAGTT
* * * * *
16333 TTTAATTTAGGGAAAGTTCCCGTCATTTTCGGTTTTAATT
1 TTCAAATTA-GGAAAGTTCCCGTCAGTTTCGATTTTAGTT
*
16373 TTCAAAGT-GAGAAAGTTCCCGTCA
1 TTCAAATTAG-GAAAGTTCCCGTCA
16397 AACAGCATGC
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 18, Indels: 26
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
34 10 0.10
35 14 0.13
36 2 0.02
37 24 0.23
38 1 0.01
39 35 0.34
40 13 0.12
41 5 0.05
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.20, T:0.37
Consensus pattern (39 bp):
TTCAAATTAGGAAAGTTCCCGTCAGTTTCGATTTTAGTT
Found at i:23593 original size:23 final size:21
Alignment explanation
Indices: 23566--23608 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
23556 ACTATTATAA
23566 TTTTATTCTAATAAAAACTCTAT
1 TTTTATT-TAATAAAAA-TCTAT
23589 TTTTATTTAATAAAAATCTA
1 TTTTATTTAATAAAAATCTA
23609 ATATCTTTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.20
22 9 0.45
23 7 0.35
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (21 bp):
TTTTATTTAATAAAAATCTAT
Found at i:24081 original size:32 final size:34
Alignment explanation
Indices: 24024--24105 Score: 89
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 34
24014 TGGAAGAGTC
*
24024 GAGTTGGATTTAGG-TTAGATCAGTTTC-GGGTT-
1 GAGTTGGATTT-GGATTAGATCAGTTTCAGAGTTG
* * *
24056 GAGTTGGATTTGGATTAGGTTAGTTTCAGATTTG
1 GAGTTGGATTTGGATTAGATCAGTTTCAGAGTTG
*
24090 GATTTGGATTTGGATT
1 GAGTTGGATTTGGATT
24106 TGGGTTAGGT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 4
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 2 0.05
32 22 0.52
33 3 0.07
34 15 0.36
ACGTcount: A:0.20, C:0.04, G:0.33, T:0.44
Consensus pattern (34 bp):
GAGTTGGATTTGGATTAGATCAGTTTCAGAGTTG
Found at i:24095 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 24084--24108 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 4.2 Consensus size: 6
24074 GTTAGTTTCA
24084 GATTTG GATTTG GATTTG GATTTG G
1 GATTTG GATTTG GATTTG GATTTG G
24109 GTTAGGTCAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 19 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.00, G:0.36, T:0.48
Consensus pattern (6 bp):
GATTTG
Found at i:24101 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 24059--24128 Score: 97
Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 34
24049 TCGGGTTGAG
*
24059 TTGGATTTGGA-TTAGGTTAGTTTCAGATTTGGAT
1 TTGGATTTGGATTTAGGTTAG-GTCAGATTTGGAT
* *
24093 TTGGATTTGGATTTGGGTTAGGTCAGTTTTGGAT
1 TTGGATTTGGATTTAGGTTAGGTCAGATTTGGAT
24127 TT
1 TT
24129 CGGGTCATAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 2
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
34 24 0.75
35 8 0.25
ACGTcount: A:0.17, C:0.03, G:0.31, T:0.49
Consensus pattern (34 bp):
TTGGATTTGGATTTAGGTTAGGTCAGATTTGGAT
Found at i:26505 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 26417--26531 Score: 187
Period size: 57 Copynumber: 2.0 Consensus size: 57
26407 ATCAGTTTCA
* *
26417 TTTCACACAATAAATATTTCAATAAATCCTATCCTCCTTATTTCTACTTAATTATTC
1 TTTCACACAATAAATATTTCAATAAATCCTATCCCCCCTATTTCTACTTAATTATTC
*
26474 TTTCACACAATAAATGTTAT-AATAAATCCTATCCCCCCTATTTCTACTTAATTATTC
1 TTTCACACAATAAATATT-TCAATAAATCCTATCCCCCCTATTTCTACTTAATTATTC
26531 T
1 T
26532 ACAAAATAAA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 3, Indels: 2
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
57 53 0.98
58 1 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.23, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (57 bp):
TTTCACACAATAAATATTTCAATAAATCCTATCCCCCCTATTTCTACTTAATTATTC
Found at i:27783 original size:221 final size:221
Alignment explanation
Indices: 27355--27800 Score: 691
Period size: 221 Copynumber: 2.0 Consensus size: 221
27345 GATCCACTTG
* * * * *
27355 TCTACATATTATTTTTGTAACCGGTGAAATTACTAAATGTTCCTTCTAACTTTTAACCTGGGATG
1 TCTACATATTAATTTTGTAACCGCTGAAATTACTAAATG-T-CTCCTAACTTTTAACCTGAGACG
*
27420 ACCTTATCGTCCCATTTTAGTCATTTCTCACATGCGATTACACTGAATCGATTCGTATTCCATCA
64 ACCTTATCGTCCCATTTTAGTCATTTCTCACATGCGATTACACTAAATCGATTCGTATTCCATCA
* *
27485 CTCTATAACCTCATAAATCATATTTATTATATTTAAACCCACCAAAAACGCGTTCACATTTACAG
129 CTCTATAACCTCATAAATCATATTTAATATATTTAAACCCACAAAAAACGCGTTCACATTTACAG
27550 AGCAAAAAAACAATCTATAAAAATTGAC
194 AGCAAAAAAACAATCTATAAAAATTGAC
27578 TCTACATATTAATTTTGTAACCAGCTGAAATTACTAAATG-CTCCTAACTTTTAACCTTGAG-CG
1 TCTACATATTAATTTTGTAACC-GCTGAAATTACTAAATGTCTCCTAACTTTTAACC-TGAGACG
* * * * *
27641 ACCTTATCG-CTCCGTTTTAGTTATTTCTCACGTGCGATTATACTAAATCGATTTGTATTCCATC
64 ACCTTATCGTC-CCATTTTAGTCATTTCTCACATGCGATTACACTAAATCGATTCGTATTCCATC
* *
27705 ACTCTATAACCTTATAAATCATATTTAATATATTTAAACCCACAAAAAACGTGTTCACATTTACA
128 ACTCTATAACCTCATAAATCATATTTAATATATTTAAACCCACAAAAAACGCGTTCACATTTACA
27770 GAGCAAAAAAACAATCTATAAAAATTGAC
193 GAGCAAAAAAACAATCTATAAAAATTGAC
27799 TC
1 TC
27801 ATATGATAAT
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 15, Indels: 8
0.90 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
220 1 0.00
221 164 0.80
222 3 0.01
223 21 0.10
224 16 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.09, T:0.35
Consensus pattern (221 bp):
TCTACATATTAATTTTGTAACCGCTGAAATTACTAAATGTCTCCTAACTTTTAACCTGAGACGAC
CTTATCGTCCCATTTTAGTCATTTCTCACATGCGATTACACTAAATCGATTCGTATTCCATCACT
CTATAACCTCATAAATCATATTTAATATATTTAAACCCACAAAAAACGCGTTCACATTTACAGAG
CAAAAAAACAATCTATAAAAATTGAC
Found at i:31334 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 31275--31365 Score: 157
Period size: 42 Copynumber: 2.2 Consensus size: 42
31265 AGCAACAATT
* *
31275 AATATTAGCTTTATTTTGATGAATTATCTAGAGATGGAGTAG
1 AATATTAGCTTTATTTTGATGAATTACCTAGAGATAGAGTAG
31317 AATATTAGCTTTATTTTGATGAATTACCTAGAGATAGAGTAG
1 AATATTAGCTTTATTTTGATGAATTACCTAGAGATAGAGTAG
31359 AAT-TTAG
1 AATATTAG
31366 ATAATGCACT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 1
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.09
42 43 0.91
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.20, T:0.40
Consensus pattern (42 bp):
AATATTAGCTTTATTTTGATGAATTACCTAGAGATAGAGTAG
Found at i:31479 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 31436--31503 Score: 136
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
31426 TGTTTCGATG
31436 TATGAGTTTCTCCTAACTGATTAACTTATAGCCA
1 TATGAGTTTCTCCTAACTGATTAACTTATAGCCA
31470 TATGAGTTTCTCCTAACTGATTAACTTATAGCCA
1 TATGAGTTTCTCCTAACTGATTAACTTATAGCCA
31504 ATGCAATATC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 34 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (34 bp):
TATGAGTTTCTCCTAACTGATTAACTTATAGCCA
Found at i:40377 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 40291--40465 Score: 182
Period size: 35 Copynumber: 4.9 Consensus size: 35
40281 ATTAGGTTAT
*
40291 TTATTGA-TTATACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTC
1 TTATTGACTTA-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
*
40326 TTTATTGGCTCT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
1 -TTATTGACT-TAACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
40362 TTATTGACTTAACTTAATTACCCTGAATTAAG-T-
1 TTATTGACTTAACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
40395 TTATTGACTCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
1 TTATTGA--CTTAACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
40432 TTGACTG-CTTTTACTTAATTACCCAT-AATTAAGT
1 TT-ATTGAC-TTAACTTAATTACCC-TGAATTAAGT
40466 CTTTGTTTGC
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 6, Indels: 20
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
33 7 0.06
34 2 0.02
35 54 0.44
36 52 0.42
37 4 0.03
38 4 0.03
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (35 bp):
TTATTGACTTAACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
Found at i:40386 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 40291--40610 Score: 224
Period size: 71 Copynumber: 4.5 Consensus size: 70
40281 ATTAGGTTAT
*
40291 TTATTGA-TTATACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTTTATTGGCTCTACTTAATTACCCTGAAT
1 TTATTGACTTA-ACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTTTATTGGCTCTACTTAATTACCCTGAAT
*
40355 TAAGTTC
64 TAAGTCC
*
40362 TTATTGACTTAACTTAATTACCCTGAATTAAG--TTTATTGACTCTTTACTTAATTACCCTGAAT
1 TTATTGACTTAACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTATTGGCTC--TACTTAATTACCCTGAAT
40425 TAAGTCC
64 TAAGTCC
* * * * * * *
40432 TTGACTG-CTTTTACTTAATTACCCAT-AATTAAGTCTTTGTTTGCTTTTGCTTAATTACCTTGA
1 TT-ATTGAC-TTAACTTAATTACCC-TGAATTAAGTCTTTATTGGC-TCTACTTAATTACCCTGA
* *
40495 ATTGAGTCT
62 ATTAAGTCC
* * * * * * * * * *
40504 TTGCTTGTTCTT-ACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTT-GTTCTTACCTAATTTCCTTG
1 TT-ATTG-ACTTAACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTT-ATTGGCTC-TACTTAATTACCCTG
*
40567 AAATTAAGTCT
61 -AATTAAGTCC
* *
40578 TTGATTGA-TTTACTTAATTACCTTGAATTAAGT
1 TT-ATTGACTTAACTTAATTACCCTGAATTAAGT
40611 TTATGCTTGT
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 29, Indels: 33
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
68 10 0.05
70 27 0.13
71 52 0.26
72 50 0.25
73 45 0.22
74 19 0.09
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (70 bp):
TTATTGACTTAACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTATTGGCTCTACTTAATTACCCTGAATTA
AGTCC
Found at i:40626 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 40301--41615 Score: 851
Period size: 36 Copynumber: 36.2 Consensus size: 36
40291 TTATTGATTA
* * * ** *
40301 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTTT-ATTGGCTC
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAG-TCTTTGCTTGTTTT
* * **
40337 TACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TCTT-ATTGACTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCT-TTGCTTGTTTT
* * * *
40372 AACTTAATTACCCTGAATTAAG--TTT-ATTGACTCTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGCTTG--TTTT
* * *
40407 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGAC-TGCTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTG-CTTGTTTT
* * *
40443 TACTTAATTACCCAT-AATTAAGTCTTTGTTTGCTTT
1 TACTTAATTA-CCTTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
* * *
40479 TGCTTAATTACCTTGAATTGAGTCTTTGCTTGTTCT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
* * *
40515 TACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTCT
1 TACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
* * * *
40552 TACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGATTG-ATT
1 TACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
40588 TACTTAATTACCTTGAATTAAGT-TTATGCTTGTTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTT-TGCTTGTTTT
* * * * *
40624 TACCTAATTTCCATGAAATTAAGTCTTCGCTTGTTCT
1 TACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
* ** *
40661 TACATAATTTTCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTCT
1 TACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
* * *
40698 TACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTCT
1 TACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
* ** * *
40735 TACCTAATTTTCTTGAAATTAAGTCTTCGCTTGTTCT
1 TACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
* * *
40772 TACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGAC-TG-ATT
1 TACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTTTG-CTTGTTTT
* * * * * * *
40808 TACCTAGTTTCGTTGAAACTAAGTCTCTGAC-TG-ATT
1 TACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTTTG-CTTGTTTT
* * * * *
40844 TACCTAGTTTCCTTGAAATTAAGTCTCTGAC-TG-GTT
1 TACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTTTG-CTTGTTTT
* * * *
40880 TACTTAATTA-TTCTGAATTAAGTCTGTGTTTGTATT
1 TACTTAATTACCT-TGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
* * * * *
40916 TACTTAATTTCCCTGAATTAGGCCTTTG-TATGCTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGCT-TGTTTT
* * * ** *
40952 CACATAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGAGTGTGTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
* * *
40988 TAATTAATTACCCTGAA-T-A-TCTTTTGC-TGCTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTC-TTTGCTTGTTTT
** *
41021 TACTTAATTTTCTTGATTTAAGTCTTTGTCTGTGTTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTG-CT-TGTTTT
* * *
41059 TACTTAATTACCCTGAACTAAGTCTTTGGC-TGCTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT-GCTTGTTTT
* *
41095 TACTTAATTAACTTGAATTAAGTCTTTGGC-TGCTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT-GCTTGTTTT
* * * * *
41131 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGCCTTTGAATGTATTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTG-CT-TGTTTT
* *
41169 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGC-TGCTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT-GCTTGTTTT
* * *** *
41205 TACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTATAAGTGTGTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
* **
41241 TACTTAATTACCCTGAATTAAG-CTTTTGAC-TACTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTC-TTTG-CTTGTTTT
* *
41277 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGTGTTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT-GCT-TGTTTT
* *
41315 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGC-TGTGTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT-GCTTGTTTT
* *
41351 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGC-TGCTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT-GCTTGTTTT
* *
41387 TACTTAATTTTCC-TGAATTAAGCCTTTGACTGTGTTTT
1 TACTTAA-TTACCTTGAATTAAGTCTTTG-CT-TGTTTT
* * * *
41425 TACTTAATTA-CTCTAAATTAATTCTTTGGC-AGCTTT
1 TACTTAATTACCT-TGAATTAAGTCTTT-GCTTGTTTT
* * * *
41461 TACTTAATTTCCCCTGAATTAAGTCTTTGATTGTGTT
1 TACTTAA-TTACCTTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
* * *
41498 TACTTAATTACCCTT-AATTAAATCTTTGGTTGCTTT
1 TACTTAATTA-CCTTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
* *
41534 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTGTGTTTT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTG-CT-TGTTTT
* * *
41572 TACCTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGATTGTATT
1 TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
41608 TACTTAAT
1 TACTTAAT
41616 GCATGGATGC
Statistics
Matches: 1058, Mismatches: 166, Indels: 110
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
33 24 0.02
34 10 0.01
35 98 0.09
36 531 0.50
37 242 0.23
38 150 0.14
39 3 0.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (36 bp):
TACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTT
Found at i:41169 original size:110 final size:108
Alignment explanation
Indices: 40301--41615 Score: 787
Period size: 110 Copynumber: 12.1 Consensus size: 108
40291 TTATTGATTA
* ** * *
40301 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTTT-ATTGGC-TCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTTTGGCT-GCTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAG-TCTT
* * *
40364 AT---TGACTTAACTTAATTACCCTGAATTAAG--TTT-AT-TGACTCTT
63 -TGGCTG-TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGATGT-ACT-TT
* * *
40407 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCAT-AATTAAGTCTTTG
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGCTTTTACTTAATTA-CCTTGAATTAAGTCTTTG
** * * * * * *
40471 TTTGCTTTTGCTTAATTACCTTGAATTGAGTCTTTGCTTGT--TCT
65 GCTG-TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTG-ATGTACTTT
* * * * *
40515 TACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTT-GCTTG-TTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCT
1 TACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGGC-TGCTT-TTACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCT
** * * * *
40578 TTGATTGATTTACTTAATTACCTTGAATTAAGT-TTATGCTTGT--TTT
62 TTGGCTGTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTT-TG-ATGTACTTT
* * * * * **
40624 TACCTAATTTCCATGAAATTAAGTC-TTCGCTTG-TTCTTACATAATTTTCTTGAAATTAAGTCT
1 TACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGGC-TGCTT-TTACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCT
* * * *
40687 TT-GCTTGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGT--TCT
62 TTGGC-TGTT-TTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTG-ATGTACTTT
* ** * * * *
40735 TACCTAATTTTCTTGAAATTAAGTC-TTCGCTTG-TTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCT
1 TACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGGC-TGCTT-TTACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCT
* * * * ** * *
40798 TTGACTGATTTACCTAGTTTCGTTGAAACTAAGTCTCTGACTG-A--TT
62 TTGGCTGTTTTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTGA-TGTACTTT
* * * * * * * * *
40844 TACCTAGTTTCCTTGAAATTAAGTCTCTGACTG-GTTTACTTAATTA-TTCTGAATTAAGTCTGT
1 TACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGGCTGCTTTTACTTAATTACCT-TGAATTAAGTCTTT
** * *
40907 GTTTGTATTTACTTAATTTCCCTGAATTAGGCCTTTGTATG--CTTT
64 GGCTGT-TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTG-ATGTACTTT
* * * *
40952 CACATAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGAG-TG-TGTTTAATTAATTACCCTGAA-T-A-TCTTT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG-GCTGCT-TTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT
* * * * * **
41012 TGCTGCTTTTACTTAATTTTCTTGATTTAAGTCTTTGTCTGTGTTTT
64 GGCTG-TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTG-ATGTACTTT
* *
41059 TACTTAATTACCCTGAACTAAGTCTTTGGCTGCTTTTACTTAATTAACTTGAATTAAGTCTTTGG
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGCTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGG
* *
41124 CTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGCCTTTGAATGTATTTT
66 CTG-TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTG-ATGTACTTT
* **
41169 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGCTTTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTATAA
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGCTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCT-TTG
* *
41234 G-TGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-CTTTTGA-CTACTTT
65 GCTGT-TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC-TTTGATGTACTTT
* * *
41277 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGC--TGCTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT
* *
41342 GGCTGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG--GCTGCTTT
64 GGCTGT-TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGATG-TACTTT
** * * * * *
41387 TACTTAATTTTCCTGAATTAAGCCTTTGACTGTGTTTTTACTTAATTA-CTCTAAATTAATTCTT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGC--TGCTTTTACTTAATTACCT-TGAATTAAGTCTT
* *
41451 TGGCAGCTTTTACTTAATTTCCCCTGAATTAAGTCTTTGATTGT--GTT
63 TGGCTG-TTTTACTTAATTT-CCCTGAATTAAGTCTTTGA-TGTACTTT
* * * * * *
41498 TACTTAATTACCCTTAATTAAATCTTTGGTTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGA
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGCTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGG
* * *
41563 CTGTGTTTTTACCTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGATTGTA--TT
66 C--TG-TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGA-TGTACTTT
41608 TACTTAAT
1 TACTTAAT
41616 GCATGGATGC
Statistics
Matches: 1002, Mismatches: 147, Indels: 116
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
104 1 0.00
105 44 0.04
106 44 0.04
107 112 0.11
108 111 0.11
109 182 0.18
110 361 0.36
111 141 0.14
112 4 0.00
113 1 0.00
114 1 0.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (108 bp):
TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGCTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGG
CTGTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGATGTACTTT
Found at i:41610 original size:74 final size:72
Alignment explanation
Indices: 40301--41615 Score: 912
Period size: 74 Copynumber: 18.1 Consensus size: 72
40291 TTATTGATTA
** * *
40301 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTTT-A-TTGGCTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TCT
1 TACTTAATTTCCCTGAATTAAG-TCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCT-T
*
40363 T-ATTGACTT
64 TGATTG-TTT
* * * * * *
40372 AACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTGAC---TCTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTT
1 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCT-TTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT
*
40434 GACTGCTTT
65 GATTG-TTT
* * * * *
40443 TACTTAATTACCCAT-AATTAAGTCTTTG-TTTGCTTTTGCTTAATTACCTTGAATTGAGTCTTT
1 TACTTAATTTCCC-TGAATTAAGTCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT
*
40506 GCTTGTTCT
65 GATTGTT-T
* * * * *
40515 TACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTG-CTTGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTT
1 TACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTT
*
40579 TGATTGATT
64 TGATTGTTT
* * * * *
40588 TACTTAATTACCTTGAATTAAGT-TTATG-CTTGTTTTTACCTAATTTCCATGAAATTAAGTCTT
1 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTT-TGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTT
* *
40651 CGCTTGTTCT
64 TGATTGTT-T
* * * * * *
40661 TACATAATTTTCTTGAAATTAAGTCTTTG-CTTGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTT
1 TACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTT
*
40725 TGCTTGTTCT
64 TGATTGTT-T
* * * * * * *
40735 TACCTAATTTTCTTGAAATTAAGTCTTCG-CTTGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTT
1 TACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTT
* *
40799 TGACTGATT
64 TGATTGTTT
* * ** * * * * * * *
40808 TACCTAGTTTCGTTGAAACTAAGTCTCTGAC-TG-ATTTACCTAGTTTCCTTGAAATTAAGTCTC
1 TACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTG-AATTAAGTCTT
* *
40871 TGACTGGTT
64 TGATTGTTT
* * * * * * * *
40880 TACTTAATTAT-TCTGAATTAAGTCTGTG-TTTGTATTTACTTAATTTCCCTGAATTAGGCCTTT
1 TACTTAATT-TCCCTGAATTAAGTCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT
40943 G-TATGCTTT
65 GAT-TG-TTT
* * * * * * *
40952 CACATAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGA-GTGTGTTTAATTAATTACCCTGAA-T-A-TCTTTT
1 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTC-TTT
*
41013 G-CTGCTTT
65 GATTG-TTT
* * * * * *
41021 TACTTAATTTTCTTGATTTAAGTCTTTGTCTGTGTTTTTACTTAATTACCCTGAACTAAGTCTTT
1 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACT-TGTTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT
**
41086 GGCTGCTTT
65 GATTG-TTT
** * * * * * *
41095 TACTTAATTAACTTGAATTAAGTCTTTGGC-TGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGCCTTTG
1 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTG
*
41159 AATGTATTTT
66 -AT-T-GTTT
* * * * * *
41169 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGC-TGCTTTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTATA
1 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTG
*
41233 AGTGTGTT
66 ATTGT-TT
* ** * *
41241 TACTTAATTACCCTGAATTAAG-CTTTTGAC-TACTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTT
1 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC-TTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT
*
41304 GGCTGTGTTTT
65 -GAT-TG-TTT
* * * *
41315 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGC-TGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG
1 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTG
**
41379 GCTGCTTT
66 ATTG-TTT
* * * *
41387 TACTTAATTTTCCTGAATTAAGCCTTTGACTGTGTTTTTACTTAATTA-CTCTAAATTAATTCTT
1 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACT-TGTTTTTACTTAATTACCT-TGAATTAAGTCTT
***
41451 TGGCAGCTTT
64 TGATTG-TTT
* *
41461 TACTTAATTTCCCCTGAATTAAGTCTTTGA-TTGTGTTTACTTAATTACCCTT-AATTAAATCTT
1 TACTTAATTT-CCCTGAATTAAGTCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTA-CCTTGAATTAAGTCTT
*
41524 TGGTTGCTTT
64 TGATTG-TTT
*
41534 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTGTGTTTTTACCTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT
1 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACT-TGTTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT
41599 GATTGTATT
65 GATTGT-TT
41608 TACTTAAT
1 TACTTAAT
41616 GCATGGATGC
Statistics
Matches: 1042, Mismatches: 151, Indels: 99
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
69 29 0.03
70 36 0.03
71 102 0.10
72 332 0.32
73 141 0.14
74 379 0.36
75 23 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (72 bp):
TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTTGTTTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTG
ATTGTTT
Found at i:54234 original size:69 final size:70
Alignment explanation
Indices: 54158--54454 Score: 435
Period size: 69 Copynumber: 4.3 Consensus size: 70
54148 CCGAATGCTT
* *
54158 TAGGCTTTTCCACAAGCCAAGCTCGTTTCCATACAAGTCAGTTTAAGCCTTGGTTCCATCCAAGC
1 TAGGCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCATACGAGTCAGTTTAAGCCTTGGTTCCATCCAAGC
54223 CA-CA
66 CAGCA
54227 TAGGCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCATACGAGTCAGTTTAAGCCTTGGTTCCATCCAAGC
1 TAGGCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCATACGAGTCAGTTTAAGCCTTGGTTCCATCCAAGC
54292 CA-CA
66 CAGCA
*
54296 TAGGCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCATACGAGTCAGTTCAAGCCTTGGTTCCATCCAAG-
1 TAGGCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCATACGAGTCAGTTTAAGCCTTGGTTCCATCCAAGC
54360 CAGCA
66 CAGCA
* * ** *
54365 -AGGGCTTTTCCACAAGCCAAATTCGTTTCCATACGAGACAGTTTAAGTTTTTGGTTCCATCCGA
1 TA-GGCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCATACGAGTCAGTTTAAG-CCTTGGTTCCATCCAA
*
54429 -CCATCA
64 GCCAGCA
*
54435 -AGGGCTTTTCCATAAGCCAA
1 TA-GGCTTTTCCACAAGCCAA
54455 GTTTAATGAC
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 11, Indels: 7
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
68 3 0.01
69 174 0.82
70 36 0.17
ACGTcount: A:0.26, C:0.29, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (70 bp):
TAGGCTTTTCCACAAGCCAAACTCGTTTCCATACGAGTCAGTTTAAGCCTTGGTTCCATCCAAGC
CAGCA
Found at i:54872 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 54583--55107 Score: 739
Period size: 169 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
54573 CAAAGTTTGC
* * * *
54583 ATTGTTAAAACCTCCGGGTATCATTTCATTTCATCAAGTTTTTCATCAAAAATTCC-CGCTTAAG
1 ATTGGTAAAACCTCCAGGTATCATTTCATTTCATCAAGTTTTTCATCAAAAA-TCCATGTTTAAG
* * * * *
54647 TTTAAAATCCTTGGTCAAGGTCTCTATTCAGAGTTTACATTGGTAAGTCTTCCGGGCACAAATTC
65 TTTAAAATCCTTGTTCAAGGTCTATATTCAAAGTTTGCATTGGTAAGTCCTCCGGGCACAAATTC
* *
54712 AGAAGCCTCCGGGAATTAATTCTGATAAGTCCTCCGGGCA
130 AGAAACCTCCGGGTATTAATTCTGATAAGTCCTCCGGGCA
* * *
54752 ATTGGTAAAACCTCCAGGTACCATCTCATTTCATCAAGTTTTTCATTAAAAATCCATGTTTAAGT
1 ATTGGTAAAACCTCCAGGTATCATTTCATTTCATCAAGTTTTTCATCAAAAATCCATGTTTAAGT
54817 TTAAAATCCTTGTTCAAGGTCTATATTCAAAGTTTGCATTGGTAAGTCCTCCGGGCACAAATTCA
66 TTAAAATCCTTGTTCAAGGTCTATATTCAAAGTTTGCATTGGTAAGTCCTCCGGGCACAAATTCA
54882 GAAACCTCCGGGTATTAATTCTGATAAGTCCTCCGGGCA
131 GAAACCTCCGGGTATTAATTCTGATAAGTCCTCCGGGCA
* * * * * *
54921 ATTGGTAACACCTCCGGGTATCATTTCATTTTATCAAGTTTTTCATCCAAAGTTCATGTTTAAGT
1 ATTGGTAAAACCTCCAGGTATCATTTCATTTCATCAAGTTTTTCATCAAAAATCCATGTTTAAGT
* * * * *
54986 TTAAGATCCTTGTTTAAGGTCTCA-ATTCAAGGTTTGCAATGGTAAGTCCTCCGGGCACAAATAC
66 TTAAAATCCTTGTTCAAGGTCT-ATATTCAAAGTTTGCATTGGTAAGTCCTCCGGGCACAAATTC
** *
55050 AGAAACCTTTGGGTATTAATTTTGATAAGTCCTCCGGGCA
130 AGAAACCTCCGGGTATTAATTCTGATAAGTCCTCCGGGCA
* * *
55090 TTTGATAATACCTCCAGG
1 ATTGGTAAAACCTCCAGG
55108 CATTTCATAT
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 35, Indels: 4
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 315 0.99
170 1 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ATTGGTAAAACCTCCAGGTATCATTTCATTTCATCAAGTTTTTCATCAAAAATCCATGTTTAAGT
TTAAAATCCTTGTTCAAGGTCTATATTCAAAGTTTGCATTGGTAAGTCCTCCGGGCACAAATTCA
GAAACCTCCGGGTATTAATTCTGATAAGTCCTCCGGGCA
Found at i:55095 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 55070--55112 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
55060 GGGTATTAAT
*
55070 TTTGATAAGT-CCTCCGGGCA
1 TTTGATAA-TACCTCCAGGCA
55090 TTTGATAATACCTCCAGGCA
1 TTTGATAATACCTCCAGGCA
55110 TTT
1 TTT
55113 CATATTTTCT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.05
20 20 0.95
ACGTcount: A:0.23, C:0.23, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (20 bp):
TTTGATAATACCTCCAGGCA
Found at i:55181 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 55147--55839 Score: 380
Period size: 30 Copynumber: 20.9 Consensus size: 30
55137 ACTTTATCAA
*
55147 TTTATTTTGATCCTGGTTTAGGATCATTGC
1 TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
*
55177 TTTATCAATTTATTTTGATCCTGGTTTCGGATCATTGC
1 TTTAT---TTTA-----ATCCTGGTTTAGGATCATTGC
* *
55215 TTTATCAGTTTATTTCGATCCTGGTTGAGGATCATTGG
1 TTTAT---TTTA-----ATCCTGGTTTAGGATCATTGC
* * *
55253 TTTATTTTAATCATGTTTTATGATCATTGC
1 TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
**
55283 TTTATTTGGATCCTGGTTTAGGATCATTGC
1 TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
* *
55313 TTTATTTTAATCTTGGTTGAGGATCATTGC
1 TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
* ** *
55343 TTTACTTCGATCCTAGTTTAGGATCATTGC
1 TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
* *
55373 TTTATCGGTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCTTTAC
1 ----T---TTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
* * *
55410 TATATTTATTTCAATCCTGGTTTAGGACCTTTAATTGG
1 ----TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGA----TCATTGC
**
55448 TTTCATTTCGATCCTGGTTTAGGATCATTGC
1 TTT-ATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
*
55479 TTTATCGGTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGC
1 ----T---TTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
* *
55516 TTTATTTTAATCCTGCTTTAGGATTATTGC
1 TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
*
55546 TTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGC
1 TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
* *
55576 TTTATGAGTTAATCCTGGTTTAGGATCACTACTTCATTAC
1 TTTAT--TTTAATCCTGGTTTAGG------A--TCATTGC
* *
55616 TTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCGTTGC
1 TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
* * * *
55646 TTTCTTTCAATCCTGGTTTAGGATCTTTAC
1 TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
* *
55676 TTTATCTATTTCAATCCTGGTTTAGGAACTTTAATTGG
1 TTTA--T-TTT-AATCCTGGTTTAGG-A---TCATTGC
**
55714 TTTCATTTCGATCCTGGTTTAGGATCATTGC
1 TTT-ATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
* * * *
55745 TTCATAAGTTAATCTTAGTCCTGGTTGAGGATGATT-A
1 TT--T-A--T--T-TTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
* *
55782 TTTCATTTCAATCCTGATTTAGGATCATTGC
1 TTT-ATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
55813 TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCAT
1 TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCAT
55840 CATTTTAGTT
Statistics
Matches: 520, Mismatches: 89, Indels: 108
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
30 226 0.43
31 16 0.03
32 17 0.03
33 9 0.02
34 40 0.08
35 41 0.08
36 2 0.00
37 55 0.11
38 102 0.20
39 1 0.00
40 11 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.15, G:0.18, T:0.47
Consensus pattern (30 bp):
TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCATTGC
Found at i:55181 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 55138--55257 Score: 195
Period size: 38 Copynumber: 3.2 Consensus size: 38
55128 AACTATTATA
55138 CTTTATCAATTTATTTTGATCCTGGTTTAGGATCATTG
1 CTTTATCAATTTATTTTGATCCTGGTTTAGGATCATTG
*
55176 CTTTATCAATTTATTTTGATCCTGGTTTCGGATCATTG
1 CTTTATCAATTTATTTTGATCCTGGTTTAGGATCATTG
* * *
55214 CTTTATCAGTTTATTTCGATCCTGGTTGAGGATCATTG
1 CTTTATCAATTTATTTTGATCCTGGTTTAGGATCATTG
*
55252 GTTTAT
1 CTTTAT
55258 TTTAATCATG
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 6, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 76 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.14, G:0.17, T:0.49
Consensus pattern (38 bp):
CTTTATCAATTTATTTTGATCCTGGTTTAGGATCATTG
Found at i:55463 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 55381--55471 Score: 112
Period size: 34 Copynumber: 2.6 Consensus size: 34
55371 GCTTTATCGG
* * *
55381 TTATTTTAATCCTGGTTTAGGATCTTTACTATAT
1 TTATTTCAATCCTGGTTTAGGACCTTTAATATAT
*
55415 TTATTTCAATCCTGGTTTAGGACCTTTAAT-TGGT
1 TTATTTCAATCCTGGTTTAGGACCTTTAATAT-AT
*
55449 TTCATTTCGATCCTGGTTTAGGA
1 TT-ATTTCAATCCTGGTTTAGGA
55472 TCATTGCTTT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 5, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
33 1 0.02
34 30 0.60
35 19 0.38
ACGTcount: A:0.21, C:0.14, G:0.16, T:0.48
Consensus pattern (34 bp):
TTATTTCAATCCTGGTTTAGGACCTTTAATATAT
Found at i:55547 original size:203 final size:194
Alignment explanation
Indices: 55194--55702 Score: 494
Period size: 203 Copynumber: 2.6 Consensus size: 194
55184 ATTTATTTTG
* * * * * * * * * *
55194 ATCCTGGTTTCGGATCATTGCTTTATCAGTTTATTTCGATCCTGGTTGAGGATCATTGGTTTATT
1 ATCCTGGTTTAGGATCACTACTTCATTACTTTATTTCAATCCTGGTTGAGGATAATTGCTTTCTT
* * * * * **
55259 TTAATCATGTTTTATGATCATTGC--T-T-TATTTGGATCCTGGTTTAGGATCATTGCTTTATTT
66 TCAATCCTGGTTTAGGATCATTACTTTATCTATTTCAATCCTGGTTTAGGATCATTGCTTTATTT
* * * *
55320 TAATCTTGGTTGAGGATCATTGCTTTACTTCGATCCTAGTTTAGGATCATTGCTTTATCGGTTAT
131 TAATCCTGCTTGAGGATCATTGCTTTACTTCAATCCTAGTTGAGGATCATTGCTTTAT--G--A-
*
55385 TTTA
191 GTTA
** * *
55389 ATCCTGGTTTAGGATCTTTAC-T-A-TA-TTTATTTCAATCCTGGTTTAGGACCTTTAATTGGTT
1 ATCCTGGTTTAGGATCACTACTTCATTACTTTATTTCAATCCTGGTTGAGGA----TAATTGCTT
* * * *
55450 TCATTTCGATCCTGGTTTAGGATCATTGCTTTATCGGTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTG
62 TC-TTTCAATCCTGGTTTAGGATCATTACTTTATC---TATTTCAATCCTGGTTTAGGATCATTG
* * * * *
55515 CTTTATTTTAATCCTGCTTTAGGATTATTGCTTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGCTTTA
123 CTTTATTTTAATCCTGCTTGAGGATCATTGCTTTACTTCAATCCTAGTTGAGGATCATTGCTTTA
55580 TGAGTTA
188 TGAGTTA
* **
55587 ATCCTGGTTTAGGATCACTACTTCATTACTTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCGTTGCTTTCTT
1 ATCCTGGTTTAGGATCACTACTTCATTACTTTATTTCAATCCTGGTTGAGGATAATTGCTTTCTT
*
55652 TCAATCCTGGTTTAGGATCTTTACTTTATCTATTTCAATCCTGGTTTAGGA
66 TCAATCCTGGTTTAGGATCATTACTTTATCTATTTCAATCCTGGTTTAGGA
55703 ACTTTAATTG
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 38, Indels: 33
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
191 21 0.08
192 1 0.00
193 1 0.00
194 20 0.08
195 27 0.10
196 21 0.08
197 29 0.11
198 31 0.12
199 3 0.01
200 1 0.00
201 3 0.01
202 21 0.08
203 81 0.31
ACGTcount: A:0.20, C:0.15, G:0.18, T:0.47
Consensus pattern (194 bp):
ATCCTGGTTTAGGATCACTACTTCATTACTTTATTTCAATCCTGGTTGAGGATAATTGCTTTCTT
TCAATCCTGGTTTAGGATCATTACTTTATCTATTTCAATCCTGGTTTAGGATCATTGCTTTATTT
TAATCCTGCTTGAGGATCATTGCTTTACTTCAATCCTAGTTGAGGATCATTGCTTTATGAGTTA
Found at i:55729 original size:35 final size:33
Alignment explanation
Indices: 55646--55737 Score: 114
Period size: 34 Copynumber: 2.7 Consensus size: 33
55636 GGATCGTTGC
* *
55646 TTTC-TTTCAATCCTGGTTTAGGATCTTTACTT
1 TTTCATTTCAATCCTGGTTTAGGAACTTTAATT
*
55678 TATCTATTTCAATCCTGGTTTAGGAACTTTAATT
1 TTTC-ATTTCAATCCTGGTTTAGGAACTTTAATT
*
55712 GGTTTCATTTCGATCCTGGTTTAGGA
1 --TTTCATTTCAATCCTGGTTTAGGA
55738 TCATTGCTTC
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 5
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
32 3 0.06
34 26 0.51
35 19 0.37
36 3 0.06
ACGTcount: A:0.20, C:0.16, G:0.16, T:0.48
Consensus pattern (33 bp):
TTTCATTTCAATCCTGGTTTAGGAACTTTAATT
Found at i:55770 original size:137 final size:132
Alignment explanation
Indices: 55388--55835 Score: 476
Period size: 137 Copynumber: 3.3 Consensus size: 132
55378 CGGTTATTTT
* *
55388 AATCCTGGTTTAGGATCTTTACTATATTTATTTCAATCCTGGTTTAGGACCTTTAATTGGTTTCA
1 AATCCTGGTTTAGGATCTTTAC----TTTATTTTAATCCTGGTTTAGGAACTTTAATTGGTTTCA
* ** *
55453 TTTCGATCCTGGTTTAGGATCATTGCTTTATCGGTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGCTT
62 TTTCGATCCTGGTTTAGGATCATTGCTTCATAAGTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCGTTGCTT
* *
55518 TATTTT
127 TCTTTC
* * * * * ** * * *
55524 AATCCTGCTTTAGGAT-TATTGCTTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGCTT--TATGAGTT
1 AATCCTGGTTTAGGATCT-TTACTTTATTTTAATCCTGGTTTAGGAACTTTAATTGGTTTCATTT
* * * **
55586 -AATCCTGGTTTAGGATCACTACTTCATTACTTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCGTTGCTTTC
65 CGATCCTGGTTTAGGATCATTGCTTCA-TAAGTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCGTTGCTTTC
55650 TTTC
129 TTTC
55654 AATCCTGGTTTAGGATCTTTACTTTATCTATTTCAATCCTGGTTTAGGAACTTTAATTGGTTTCA
1 AATCCTGGTTTAGGATCTTTACTTTA--T-TTT-AATCCTGGTTTAGGAACTTTAATTGGTTTCA
* * *
55719 TTTCGATCCTGGTTTAGGATCATTGCTTCATAAGTTAATCTTAGTCCTGGTTGAGGAT-GATT-A
62 TTTCGATCCTGGTTTAGGATCATTGCTTCATAAGTT-ATTTTAATCCTGGTTGAGGATCG-TTGC
55782 TTTCATTTC
125 TTTC-TTTC
* * *
55791 AATCCTGATTTAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGGTTTAGGA
1 AATCCTGGTTTAGGATCTTTACTTTATTTTAATCCTGGTTTAGGA
55836 TCATCATTTT
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 42, Indels: 29
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
129 22 0.09
130 62 0.24
131 1 0.00
132 27 0.11
133 18 0.07
134 22 0.09
135 2 0.01
136 32 0.12
137 71 0.28
ACGTcount: A:0.21, C:0.15, G:0.18, T:0.46
Consensus pattern (132 bp):
AATCCTGGTTTAGGATCTTTACTTTATTTTAATCCTGGTTTAGGAACTTTAATTGGTTTCATTTC
GATCCTGGTTTAGGATCATTGCTTCATAAGTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCGTTGCTTTCTT
TC
Found at i:63546 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 63515--63563 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
63505 CCATGATCGA
*
63515 GCCACGCCGAGACACCTGCCCG
1 GCCAC-CCGAGACACCTACCCG
* *
63537 GCCACCCGAGCCATCTACCCG
1 GCCACCCGAGACACCTACCCG
63558 GCCACC
1 GCCACC
63564 AGCGCTACCC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 19 0.79
22 5 0.21
ACGTcount: A:0.18, C:0.53, G:0.22, T:0.06
Consensus pattern (21 bp):
GCCACCCGAGACACCTACCCG
Found at i:63825 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 63800--63849 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
63790 CATTCACCGC
*
63800 GCCACCACCGG-TAAGCCCGT
1 GCCACCACCGGCCAAGCCCGT
*
63820 GCCACCACCGGCCATGCCCGT
1 GCCACCACCGGCCAAGCCCGT
*
63841 GCCATCACC
1 GCCACCACC
63850 ATTCCATGCC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.42
21 15 0.58
ACGTcount: A:0.18, C:0.50, G:0.22, T:0.10
Consensus pattern (21 bp):
GCCACCACCGGCCAAGCCCGT
Found at i:64216 original size:108 final size:108
Alignment explanation
Indices: 64027--64242 Score: 432
Period size: 108 Copynumber: 2.0 Consensus size: 108
64017 AAGACTCTTA
64027 AAGAAAGGCGCTTATTGGGAGGCAACCCAATGGTTTCGCATGAGGAACCGAATGAGAGCAAATGG
1 AAGAAAGGCGCTTATTGGGAGGCAACCCAATGGTTTCGCATGAGGAACCGAATGAGAGCAAATGG
64092 AGCTTAATTTGGACGATTGCAAGTTGACTTCAAAGGAGTCAAG
66 AGCTTAATTTGGACGATTGCAAGTTGACTTCAAAGGAGTCAAG
64135 AAGAAAGGCGCTTATTGGGAGGCAACCCAATGGTTTCGCATGAGGAACCGAATGAGAGCAAATGG
1 AAGAAAGGCGCTTATTGGGAGGCAACCCAATGGTTTCGCATGAGGAACCGAATGAGAGCAAATGG
64200 AGCTTAATTTGGACGATTGCAAGTTGACTTCAAAGGAGTCAAG
66 AGCTTAATTTGGACGATTGCAAGTTGACTTCAAAGGAGTCAAG
64243 TTTCAGAAGC
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
108 108 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.30, T:0.21
Consensus pattern (108 bp):
AAGAAAGGCGCTTATTGGGAGGCAACCCAATGGTTTCGCATGAGGAACCGAATGAGAGCAAATGG
AGCTTAATTTGGACGATTGCAAGTTGACTTCAAAGGAGTCAAG
Found at i:64545 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 64524--64556 Score: 66
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
64514 CATGCATCAT
64524 AATCTTAATATATGCC
1 AATCTTAATATATGCC
64540 AATCTTAATATATGCC
1 AATCTTAATATATGCC
64556 A
1 A
64557 TAATTTTTTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 17 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.06, T:0.36
Consensus pattern (16 bp):
AATCTTAATATATGCC
Found at i:66398 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 66382--66407 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 2.4 Consensus size: 11
66372 AGATAATTTC
66382 TTTTCTTCTAG
1 TTTTCTTCTAG
66393 TTTTCTTCTAG
1 TTTTCTTCTAG
66404 TTTT
1 TTTT
66408 TTAGGCAAGG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 15 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.15, G:0.08, T:0.69
Consensus pattern (11 bp):
TTTTCTTCTAG
Found at i:67190 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 67169--67211 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
67159 TTACTATGCT
67169 TTGTTTTCTAATATAA
1 TTGTTTTCTAAT-TAA
**
67185 TTGTTTTCTTCTTAA
1 TTGTTTTCTAATTAA
67200 TTGTTATTCTAA
1 TTGTT-TTCTAA
67212 ACCCTCTGCT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 2
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.36
16 14 0.64
ACGTcount: A:0.23, C:0.09, G:0.07, T:0.60
Consensus pattern (15 bp):
TTGTTTTCTAATTAA
Found at i:67822 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 67775--67816 Score: 68
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
67765 TATTTCTTAA
*
67775 TTTATTGCAATTTGATCCCTGC
1 TTTATTGCAATTTGACCCCTGC
67797 TTTATT-CAATTTGACCCCTG
1 TTTATTGCAATTTGACCCCTG
67817 ATTTTAGAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 13 0.68
22 6 0.32
ACGTcount: A:0.19, C:0.24, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (22 bp):
TTTATTGCAATTTGACCCCTGC
Found at i:68937 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 68912--68941 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
68902 AAGAGGCAAT
68912 AAAAGGTGTTTTCAA
1 AAAAGGTGTTTTCAA
68927 AAAAGGT-TTTTCAA
1 AAAAGGTGTTTTCAA
68941 A
1 A
68942 TCATGTTCTC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.53
15 7 0.47
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (15 bp):
AAAAGGTGTTTTCAA
Found at i:81036 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 80977--81224 Score: 128
Period size: 37 Copynumber: 7.0 Consensus size: 36
80967 ATTAAGTTTA
*
80977 TTGACT-C-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
1 TTGACTGCTTTTACTTAATTAACCTGAATTAAGTCC
**
81011 TTGACTGCTTTTACTT-ATTAACCTGAATTAAGTAT
1 TTGACTGCTTTTACTTAATTAACCTGAATTAAGTCC
** * *
81046 TTGTTTGCTTTTGCTTAATT-ACCTTGAATTAAGTCT
1 TTGACTGCTTTTACTTAATTAACC-TGAATTAAGTCC
* * * *
81082 TTG-TTG-ATTTACTTAATT-TCCTTGGAATTAAGTCT
1 TTGACTGCTTTTACTTAATTAACC-T-GAATTAAGTCC
* * *
81117 TTG-CTTG-TTCTTACCTAATT-TCCTTGAAATTAAGTCT
1 TTGAC-TGCTT-TTACTTAATTAACC-TG-AATTAAGTCC
* * *
81154 TTG-CTTG-TTCTTACCTAATT-TCCTTGAAATTAAGTCT
1 TTGAC-TGCTT-TTACTTAATTAACC-TG-AATTAAGTCC
* *
81191 TTGACTG-ATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
1 TTGACTGCTTTTACTTAATTAACCTGAATTAAGTC
81225 TGTGCTTGTT
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 16, Indels: 19
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 20 0.11
35 59 0.31
36 39 0.21
37 69 0.37
38 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (36 bp):
TTGACTGCTTTTACTTAATTAACCTGAATTAAGTCC
Found at i:81185 original size:74 final size:71
Alignment explanation
Indices: 80984--82120 Score: 912
Period size: 74 Copynumber: 15.6 Consensus size: 71
80974 TTATTGACTC
* ** *
80984 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGAC-TGCTTTTACTT-ATTAACCTG-AATTAAGTAT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG-CTTG-TTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCT
*
81046 TTGTTTGCT
64 TTGCTTG-T
* * * * *
81055 TTTGCTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTG-TTGATTTACTTAATTTCCTTGGAATTAAGTCTTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCTTT
81119 GCTTGT
66 GCTTGT
* * * * *
81125 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTC
1 T-TTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTC
*
81190 TTTGAC-TGA
63 TTTG-CTTGT
* * *
81199 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCTT
*
81264 CGCTTGT
65 TGCTTGT
* * * * * * *
81271 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGTTTGTTCTTACCTAAATTCCTTGAAATTAAGTC
1 T-TTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTC
81336 TTTGCTTGT
63 TTTGCTTGT
* * * * * *
81345 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTCGCTTGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTC
1 T-TTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTC
**
81410 TTTGAC-TAA
63 TTTG-CTTGT
* * * * * * * * * * *
81419 TTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAATTCTCTGAC-TGATTTACCTAGTTTCCTTGAAATTAAGTCT
1 TTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTG-CTTGTTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCT
* *
81483 CTGAC-TGA
64 TTG-CTTGT
* * * *
81491 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGTATTTACTTAATTTCCCTGAGA-TAGGCCTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGT-TTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCTT
*
81555 AG-TCTGCT
65 TGCT-TG-T
* * ** *
81563 TTCACTTGATTACCCTGAATTAAGTCTTTGAGTGTGTTTACTTAATTACCCT-AAATTAAGTCTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGT-TTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCTT
81627 TGGC-TGCT
65 T-GCTTG-T
* * * * *
81635 TTTACTTAATTTCCCTAAATTAAGCCTTTGACTATGTTTTAACTTAATTACCCT-AAATTATGTC
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG-CT-TGTTTT-ACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTC
81699 TTTGGC-TGCT
63 TTT-GCTTG-T
* * ** *
81709 TTTACTTAATTTCTCTGAATTAAGTCTTTGAGTGTGTTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGT-TTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCTT
*
81773 TGCCTGCT
65 TGCTTG-T
* * * * *
81781 TTTACTTAATTTCCGTGAATTAAGTCTTTGGTTGTGTTTTTACTTAATTACCCAG-AATTAAGTC
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-GCT-TG-TTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTC
*
81845 TTTGGTTGT
63 TTTGCTTGT
* * ** *
81854 GTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGTCTCTAGCTACTTTTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGACT
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCT-TTGCTTGTTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCT
81918 TTGACTATGTT
64 TTG-CT-TG-T
*
81929 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGC-TGCTTTTACTTAATTTCCCTG-AATCAAGTCT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-GCTTG-TTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCT
*
81992 TTGATTGT
64 TTGCTTGT
* * *
82000 GTTTACTTAATTACCCTGAATTAAATCTTTGGTTGCTTTTACTTAATTTCCCTG-AAGTAAGTCT
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTG-TTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCT
82064 TTGACTGTGTT
64 TTG-CT-TG-T
* *
82075 TTTACCTAATTACCCTGAAGTT-AGTCTTTGATTGTATTTACTTAAT
1 TTTACTTAATTACCCTGAA-TTAAGTCTTTGCTTGT-TTTACTTAAT
82121 GCATGGATGC
Statistics
Matches: 904, Mismatches: 118, Indels: 85
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
69 7 0.01
70 11 0.01
71 82 0.09
72 353 0.39
73 72 0.08
74 371 0.41
75 8 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (71 bp):
TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCTTT
GCTTGT
Found at i:81263 original size:146 final size:143
Alignment explanation
Indices: 80984--82120 Score: 916
Period size: 146 Copynumber: 7.8 Consensus size: 143
80974 TTATTGACTC
* * * ** *
80984 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGAC-TGCTTTTACTT-ATTAACCTG-AATTAAGTAT
1 TTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTTTG-CTTG-TTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCT
** * * * * *
81046 TTGTTTGCTTTTGCTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTG-TTGATTTACTTAATTTCCTTGGAAT
64 TTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTTACTTAATTTCCCTGAAAT
81110 TAAGTCTTTGCTTGT
129 TAAGTCTTTGCTTGT
* * *
81125 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTC
1 T-TTACTTAATTTCCTTG-AATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTC
* * * *
81190 TTTGACTG-ATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGTTCTTACCTAATTTCCTTGAA
63 TTTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACTTAATTTCCCTGAA
*
81254 ATTAAGTCTTCGCTTGT
127 ATTAAGTCTTTGCTTGT
* * * * *
81271 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGTTTGTTCTTACCTAAATTCCTTGAAATTAAGTC
1 T-TTACTTAATTTCCTTG-AATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTC
* * * * * *
81336 TTTG-CTTG-TTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTCGCTTGTTCTTACCTAATTTCCTT
63 TTTGAC-TGCTT-TTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACTTAATTTCCCT
**
81399 GAAATTAAGTCTTTGAC-TAA
124 GAAATTAAGTCTTTG-CTTGT
* * * * * * * * *
81419 TTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAATTCTCTGAC-TGATTTACCTAGTTTCCTTGAAATTAAGTCT
1 TTTACTTAATTTCCTTG-AATTAAGTCTTTG-CTTGTTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCT
* * * *
81483 CTGACTG-ATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGTATTTACTTAATTTCCCTGAGA
64 TTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGT-TTTACTTAATTTCCCTGAAA
* * *
81547 -TAGGCCTTAG-TCTGCT
128 TTAAGTCTTTGCT-TG-T
* * * * ** *
81563 TTCACTTGATTACCCTGAATTAAGTCTTTGAGTGTGTTTACTTAATTACCCT-AAATTAAGTCTT
1 TTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTTTGCTTGT-TTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCTT
* * * * *
81627 TGGCTGCTTTTACTTAATTTCCCTAAATTAAGCCTTTGACTATGTTTTAACTTAATTACCCT-AA
65 TGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG-CT-TGTTTT-ACTTAATTTCCCTGAA
*
81691 ATTATGTCTTTGGC-TGCT
127 ATTAAGTCTTT-GCTTG-T
** *
81709 TTTACTTAATTT-CTCTGAATTAAGTCTTTGAGTGTGTTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCT
1 TTTACTTAATTTCCT-TGAATTAAGTCTTTGCTTGT-TTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCT
* * * * * *
81772 TTGCCTGCTTTTACTTAATTTCCGTGAATTAAGTCTTTGGTTGTGTTTTTACTTAATTACCCAG-
64 TTGACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-GCT-TG-TTTTACTTAATTTCCCTGA
*
81836 AATTAAGTCTTTGGTTGT
126 AATTAAGTCTTTGCTTGT
* ** * ** *
81854 GTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGTCTCTAGCTACTTTTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGACT
1 -TTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCT-TTGCTTGTTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCT
*
81918 TTGACTATGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGC-TGCTTTTACTTAATTTCCCTG
64 TTGAC--TGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-GCTTG-TTTTACTTAATTTCCCTG
* *
81982 -AATCAAGTCTTTGATTGT
125 AAATTAAGTCTTTGCTTGT
* * * * *
82000 GTTTACTTAATTACCCTGAATTAAATCTTTGGTTGCTTTTACTTAATTTCCCTG-AAGTAAGTCT
1 -TTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTTTGCTTG-TTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCT
* * *
82064 TTGACTGTGTTTTTACCTAATTACCCTGAAGTT-AGTCTTTGATTGTATTTACTTAAT
64 TTGAC--TGCTTTTACTTAATTACCCTGAA-TTAAGTCTTTGCTTGT-TTTACTTAAT
82121 GCATGGATGC
Statistics
Matches: 830, Mismatches: 124, Indels: 79
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
141 1 0.00
142 16 0.02
143 55 0.07
144 114 0.14
145 48 0.06
146 459 0.55
147 55 0.07
148 81 0.10
149 1 0.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (143 bp):
TTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTTACTTAATTTCCCTGAAATTAAGTCTTT
GACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGTTTTACTTAATTTCCCTGAAATTA
AGTCTTTGCTTGT
Found at i:81530 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 80984--82120 Score: 887
Period size: 36 Copynumber: 31.3 Consensus size: 35
80974 TTATTGACTC
* *
80984 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGAC-TGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTG-CTTG-T
** * *
81020 TTTACTT-ATTAACCTGAATTAAGTATTTGTTTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTG-T
* * * *
81055 TTTGCTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTG-TTGA
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGT
*
81089 TTTACTTAATTTCCTTGGAATTAAGTCTTTGCTTGT
1 TTTACTTAATTTCCCT-GAATTAAGTCTTTGCTTGT
* *
81125 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGT
1 T-TTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGT
* * *
81162 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGAC-TGA
1 T-TTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTG-CTTGT
* *
81199 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGT
* * *
81234 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTCGCTTGT
1 T-TTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGT
* * *
81271 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGTTTGT
1 T-TTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGT
* * *
81308 TCTTACCTAAATTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGT
1 T-TTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGT
* * *
81345 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTCGCTTGT
1 T-TTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTGCTTGT
* * **
81382 TCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGAC-TAA
1 T-TTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTG-CTTGT
* * * * * * *
81419 TTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAATTCTCTGAC-TGA
1 TTTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTG-CTTGT
* * * * *
81455 TTTACCTAGTTTCCTTGAAATTAAGTCTCTGAC-TGA
1 TTTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTG-CTTGT
* *
81491 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGT
* * *
81526 ATTTACTTAATTTCCCTGAGA-TAGGCCTTAG-TCTGCT
1 -TTTACTTAATTTCCCTGA-ATTAAGTCTTTGCT-TG-T
* * * **
81563 TTCACTTGATTACCCTGAATTAAGTCTTTGAGTGT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGT
* *
81598 GTTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTCTTTGGC-TGCT
1 -TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTT-GCTTG-T
* *
81635 TTTACTTAATTTCCCTAAATTAAGCCTTTGACTATGT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTG-CT-TGT
* * *
81672 TTTAACTTAATTACCCTAAATTATGTCTTTGGC-TGCT
1 TTT-ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTT-GCTTG-T
* **
81709 TTTACTTAATTTCTCTGAATTAAGTCTTTGAGTGT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGT
* *
81744 GTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCCTGCT
1 -TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTG-T
* *
81781 TTTACTTAATTTCCGTGAATTAAGTCTTTGGTTGTGTT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTT-GCT-TG-T
* * *
81819 TTTACTTAATTACCCAGAATTAAGTCTTTGGTTGT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGT
* * * **
81854 GTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGTCTCTAGCTACT
1 -TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCT-TTGCTTGT
*
81891 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGACTTTGACTATGTT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTG-CT-TG-T
*
81929 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGC-TGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTT-GCTTG-T
* *
81965 TTTACTTAATTTCCCTGAATCAAGTCTTTGATTGT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGT
* * *
82000 GTTTACTTAATTACCCTGAATTAAATCTTTGGTTGCT
1 -TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTG-T
*
82037 TTTACTTAATTTCCCTGAAGTAAGTCTTTGACTGTGTT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTG-CT-TG-T
* * *
82075 TTTACCTAATTACCCTGAAGTT-AGTCTTTGATTGT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAA-TTAAGTCTTTGCTTGT
82110 ATTTACTTAAT
1 -TTTACTTAAT
82121 GCATGGATGC
Statistics
Matches: 940, Mismatches: 116, Indels: 90
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 16 0.02
35 87 0.09
36 476 0.51
37 244 0.26
38 114 0.12
39 3 0.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (35 bp):
TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGT
Found at i:81730 original size:110 final size:109
Alignment explanation
Indices: 80984--82120 Score: 756
Period size: 110 Copynumber: 10.4 Consensus size: 109
80974 TTATTGACTC
* * * *
80984 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGAC--TGCTTTTACTT-ATTAACCTGAATTAAGTAT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTATG-TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCT
** * *
81046 TTGTTTGCTTTTGCTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT-G-T-TG
65 TTGGCTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGTG
* * * *
81088 ATTTACTTAATTTCCTTGGAATTAAGTCTTTG-CT-TGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAG
1 -TTTACTTAATTTCCCT-GAATTAAGTCTTTGACTATGTT-TTACTTAATTACCCTG-AATTAAG
* * * * *
81151 TCTTT-GCTTG-TTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGACTG-A
62 TCTTTGGC-TGCTT-TTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGGCTGTG
* * * * *
81199 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTG-CT-TGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTC
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTATGTT-TTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTC
* * * * **
81262 -TTCGCTTG-TTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGTTTGT-
64 TTTGGC-TGCTT-TTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGGCTGTG
* * * * * *
81308 TCTTACCTAAATTCCTTGAAATTAAGTCTTTG-CT-TGTTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAG
1 T-TTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTGACTATGTT-TTACTTAATTACCCTG-AATTAAG
* * * * * **
81371 TC-TTCGCTTG-TTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGACT-AA
62 TCTTTGGC-TGCTT-TTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGGCTGTG
* * * * * * * * * * *
81419 TTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAATTCTCTGAC--TGATTTACCTAGTTTCCTTGAAATTAAGTC
1 TTTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCTTTGACTATGTTTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTC
* * * * *
81482 TCTGACTG-ATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGT-GCTTGTA
64 TTTGGCTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGC-TGTG
* * * * * *
81527 TTTACTTAATTTCCCTGAGA-T-AGGCCTT-AGTCTGCTTTCACTTGATTACCCTGAATTAAGTC
1 TTTACTTAATTTCCCTGA-ATTAAGTCTTTGACTATG-TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
*
81589 TTTGAG-TG-TGTTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTCTTTGGCTGCT-
64 TTTG-GCTGCT-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTG-TG
* * * *
81635 TTTACTTAATTTCCCTAAATTAAGCCTTTGACTATGTTTTAACTTAATTACCCTAAATTATGTCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTATGTTTT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCT
* *
81700 TTGGCTGCTTTTACTTAATTTCTCTGAATTAAGTCTTTGAG-TGTG
65 TTGGCTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG-GCTGTG
* * * *
81745 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG-C-CTGCTTTTACTTAATTTCCGTGAATTAAGTCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTATG-TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCT
* * * *
81808 TTGGTTGTGTTTTTACTTAATTACCCAGAATTAAGTCTTTGGTTGTG
65 TTGG--CTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGTG
* * * * * *
81855 TTTACTTAATTACCCCGAATTAAGTCTCT-AGCTA-CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGACT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGA-CTATGTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCT
* *
81918 TTGACTATGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGCT-
65 TTGGC--TGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTG-TG
* *
81965 TTTACTTAATTTCCCTGAATCAAGTCTTTGA-T-TGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAATCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTATGT-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCT
* * * *
82028 TTGGTTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAAGTAAGTCTTTGACTGTG
65 TTGGCTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGTG
* *
82073 TTTTTACCTAATTACCCTGAAGTT-AGTCTTTGA-T-TGTATTTACTTAAT
1 --TTTACTTAATTTCCCTGAA-TTAAGTCTTTGACTATGT-TTTACTTAAT
82121 GCATGGATGC
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 118, Indels: 101
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
105 18 0.02
106 24 0.03
107 40 0.05
108 175 0.20
109 148 0.17
110 360 0.42
111 96 0.11
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (109 bp):
TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGACTATGTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTT
TGGCTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGGCTGTG
Found at i:85709 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 85649--85757 Score: 200
Period size: 54 Copynumber: 2.0 Consensus size: 54
85639 ATGTTTCTAA
*
85649 AATTAAGATTTTTCGGAATAGTGTTTTAGAAATTCTCTAAGTTGTCACAACATT
1 AATTAAGATTTTTCGGAATAGTGTTTTAGAAAATCTCTAAGTTGTCACAACATT
*
85703 AATTAAGATTTTTCGGAATAGTGTTTTAGAAAATCTTTAAGTTGTCACAACATT
1 AATTAAGATTTTTCGGAATAGTGTTTTAGAAAATCTCTAAGTTGTCACAACATT
85757 A
1 A
85758 GTGGTTTAGT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
54 53 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (54 bp):
AATTAAGATTTTTCGGAATAGTGTTTTAGAAAATCTCTAAGTTGTCACAACATT
Done.