Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01024124.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig24157, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23411
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.17, T:0.34
Found at i:3967 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 3907--3968 Score: 81
Period size: 28 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
3897 GGGTTTTGAC
3907 TTTTGAGTGACGTTGAAGTCAGTTGG
1 TTTTGAGTGACGTTGAAGTCAGTTGG
*
3933 TTTCTGAGTGATCTTTGAAGTTC-GTTGG
1 TTT-TGAGTGA-CGTTGAAG-TCAGTTGG
3961 TTTTGAGT
1 TTTTGAGT
3969 AACTTAGAAG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 5
0.84 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
26 3 0.09
27 12 0.38
28 15 0.47
29 2 0.06
ACGTcount: A:0.16, C:0.08, G:0.31, T:0.45
Consensus pattern (26 bp):
TTTTGAGTGACGTTGAAGTCAGTTGG
Found at i:5560 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 5480--6230 Score: 862
Period size: 47 Copynumber: 16.2 Consensus size: 46
5470 TATTTGCCAT
* * * * ** *
5480 TTAGTTTAATTATCTGGACTTAAACCAGGCTCTTTTCCTTTTAATAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTTT-CTTTTACTAC
* ** *
5527 TTAGTTTAATTACCTAGGATTAAGTTAATCTCTTCCTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTT-TTCTTTTACTAC
* * * *
5574 TTAGTTTTATTACCTAGAATTAAATTAATAT-TTTCCTCTTTTACTAA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTT--TCTTTTACTAC
* **
5621 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCCCCTACTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAT-CTCTTTTCTTTTACTAC
* **
5668 TTAGTTTAATTACCTA-ATATTATACTAATCTCCTACTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGA-ATTAAACTAATCT-CTTTTCTTTTACTAC
* *
5715 CTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTCTTTTACTA-
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTT-TTCTTTTACTAC
*
5761 TCTAGTTTAATTACCTAGAATTAAATTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC
1 T-TAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTT-TTCTTTTACTAC
5809 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTT-TTCTTTTACTAC
* * *
5856 TTAGTTTAATTACGTAGAATTAAACTAGTTTCTTCTTC-TTT--TAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTT-TTCTTTTACTAC
* *
5900 -TA-TTTAGTT---T--AATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCT-CTTTTCTTTTACTAC
* *
5940 TTAGTTTAATTATCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTT-TTCTTTTACTAC
* * *
5987 CTAGTTTAATCACCTAGAATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCT-CTTTTCTTTTACTAC
*
6034 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTT-TTCTTTTACTAC
*
6081 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCT-CTTTTCTTTTACTAC
* *
6128 TTAGTTTAATTACCTAGAATAAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCT-CTTTTCTTTTACTAC
* * * *
6175 TTAGTTTAACTACCTAGAATTAAACTAAGCTCCTCTTCTTTTACTAT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCT-CTTTTCTTTTACTAC
6222 TTAGTTTAA
1 TTAGTTTAA
6231 AATTATCTTC
Statistics
Matches: 619, Mismatches: 59, Indels: 52
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
37 15 0.02
38 5 0.01
39 1 0.00
40 3 0.00
41 2 0.00
42 12 0.02
43 2 0.00
44 3 0.00
45 1 0.00
46 13 0.02
47 554 0.89
48 7 0.01
49 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (46 bp):
TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTTTCTTTTACTAC
Found at i:5629 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 5480--6230 Score: 992
Period size: 94 Copynumber: 8.1 Consensus size: 94
5470 TATTTGCCAT
* * * * ** *
5480 TTAGTTTAATTATCTGGACTTAAACCAGGCTCTT-TTCCTTTTAATACTTAGTTTAATTACCTAG
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTT-CTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAG
* ** * *
5544 GATTAAGTTAATCTCTTCCTCTTTTACTAC
65 AATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
* * * * * *
5574 TTAGTTTTATTACCTAGAATTAAATTAATATTTTCCTCTTTTACTAATTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
*
5639 ATTAAACTAATCCCCTAC-TCTTTTACTAC
66 ATTAAACTAATCTCCT-CTTCTTTTACTAC
* * *
5668 TTAGTTTAATTACCTA-ATATTATACTAATCTCCTAC-TCTTTTACTACCTAGTTTAATTACCTA
1 TTAGTTTAATTACCTAGA-ATTAAACTAATCT-CTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTA
* *
5731 GAATTAAACTAATCTCTTCCTCTTTTACTA-
64 GAATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
*
5761 TCTAGTTTAATTACCTAGAATTAAATTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAG
1 T-TAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAG
*
5826 AATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC
65 AATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
* * * *
5856 TTAGTTTAATTACGTAGAATTAAACTAGTTTCTTCTTC-TTT--TAC-TA-TTTAGTT---T--A
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
5911 ATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
66 ATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
* * * *
5940 TTAGTTTAATTATCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTCTTTTACTACCTAGTTTAATCACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
6005 ATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
66 ATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
*
6034 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
6099 ATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
66 ATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
* * *
6128 TTAGTTTAATTACCTAGAATAAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAACTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
* *
6193 ATTAAACTAAGCTCCTCTTCTTTTACTAT
66 ATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
6222 TTAGTTTAA
1 TTAGTTTAA
6231 AATTATCTTC
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 57, Indels: 38
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
84 62 0.11
85 3 0.01
86 1 0.00
87 3 0.01
88 2 0.00
89 11 0.02
90 2 0.00
91 3 0.01
92 1 0.00
93 9 0.02
94 478 0.82
95 6 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (94 bp):
TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
ATTAAACTAATCTCCTCTTCTTTTACTAC
Found at i:14528 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 14505--14543 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
14495 TTTGGCGATT
*
14505 CTGATTTGATCAAGTTCC
1 CTGATTTGAACAAGTTCC
*
14523 CTGATTTGAACGAGTTCC
1 CTGATTTGAACAAGTTCC
14541 CTG
1 CTG
14544 CTGAATTTCA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.23, G:0.21, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
CTGATTTGAACAAGTTCC
Found at i:17199 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 17182--17225 Score: 70
Period size: 12 Copynumber: 3.7 Consensus size: 12
17172 AGTCAGCGTT
17182 AAAAGCCATAAC
1 AAAAGCCATAAC
*
17194 AAAAGCCATAGC
1 AAAAGCCATAAC
*
17206 AAAAGCCACAAC
1 AAAAGCCATAAC
17218 AAAAGCCA
1 AAAAGCCA
17226 CTATGATGGA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 29 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.27, G:0.11, T:0.05
Consensus pattern (12 bp):
AAAAGCCATAAC
Found at i:20485 original size:39 final size:38
Alignment explanation
Indices: 20422--20660 Score: 264
Period size: 39 Copynumber: 5.9 Consensus size: 38
20412 AAACTTAAAA
*
20422 AAAAGACTAGATGGGATCTTTCCCTAAATTAAAACTTCTG
1 AAAA-ACTTGATGGGATCTTTCCCTAAATTAAAACTT-TG
*
20462 AAAAACTTGATGGGATCTTTCCCTGAATTAAAACTTTG
1 AAAAACTTGATGGGATCTTTCCCTAAATTAAAACTTTG
* * * *
20500 -AAGACTGGATGGGACCTTTCCCTAAATTAAAAAACTTTAAA
1 AAAAACTTGATGGGATCTTTCCCTAAATT--AAAACTTT--G
*
20541 AAGAAACTGGATGGGATCTTTCCCTAAATTAAAACTTCTG
1 AA-AAACTTGATGGGATCTTTCCCTAAATTAAAACTT-TG
*
20581 AAAAACTTGATGGGATCTTTCCCTGAATTAAAAAAACTTTG
1 AAAAACTTGATGGGATCTTTCCCTAAATT---AAAACTTTG
*
20622 AAAAATACTTTGGTGGGATCTTTCCCTAAATTAAAACTT
1 -AAAA-AC-TTGATGGGATCTTTCCCTAAATTAAAACTT
20661 CCTTTTGATT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 14, Indels: 25
0.82 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
37 24 0.14
38 2 0.01
39 63 0.37
40 6 0.03
41 16 0.09
42 13 0.08
43 27 0.16
44 21 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (38 bp):
AAAAACTTGATGGGATCTTTCCCTAAATTAAAACTTTG
Done.