Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01024157.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig24190, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 643
Length: 1073
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.07, T:0.45
Found at i:86 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 63--196 Score: 148
Period size: 18 Copynumber: 7.3 Consensus size: 18
53 TAATTTTCAT
63 TTTTTAATTACCAAATTC
1 TTTTTAATTACCAAATTC
*
81 TTTTTACTTTACCAAATTTC
1 TTTTTA-ATTACCAAA-TTC
101 TTTTTAATTACCAAATTC
1 TTTTTAATTACCAAATTC
*
119 TTTTATAGTTACC-AATTC
1 TTTT-TAATTACCAAATTC
* * *
137 TTTTTACTTTATC-GATTC
1 TTTTTA-ATTACCAAATTC
155 TTTTTAATTACCAAATTC
1 TTTTTAATTACCAAATTC
*
173 TTTTTTAGTTACC-AATTC
1 -TTTTTAATTACCAAATTC
191 TTTTTA
1 TTTTTA
197 CTTTTCGATT
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 10, Indels: 13
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.12
18 45 0.45
19 34 0.34
20 9 0.09
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTAATTACCAAATTC
Found at i:167 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 70--212 Score: 225
Period size: 54 Copynumber: 2.6 Consensus size: 54
60 CATTTTTTAA
* *
70 TTACCAAATTCTTTTTACTTTACCAAATTTCTTTTTAATTACCAAATTCTTTTATAG
1 TTACC-AATTCTTTTTACTTTATC-GA-TTCTTTTTAATTACCAAATTCTTTTATAG
*
127 TTACCAATTCTTTTTACTTTATCGATTCTTTTTAATTACCAAATTCTTTTTTAG
1 TTACCAATTCTTTTTACTTTATCGATTCTTTTTAATTACCAAATTCTTTTATAG
181 TTACCAATTCTTTTTACTTT-TCGATTCTTTTT
1 TTACCAATTCTTTTTACTTTATCGATTCTTTTT
213 TTTAATTACC
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 3, Indels: 4
0.92 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
53 12 0.14
54 48 0.58
55 1 0.01
56 17 0.20
57 5 0.06
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.03, T:0.55
Consensus pattern (54 bp):
TTACCAATTCTTTTTACTTTATCGATTCTTTTTAATTACCAAATTCTTTTATAG
Found at i:213 original size:54 final size:55
Alignment explanation
Indices: 62--224 Score: 224
Period size: 54 Copynumber: 2.9 Consensus size: 55
52 TTAATTTTCA
* * *
62 TTTTTTAATTACCAAATTCTTTTTACTTTACCAAATT-TCTTTTTAATTACCAAATTC
1 TTTTTTAGTTACC-AATTCTTTTTACTTTATC-GATTCT-TTTTTAATTACCAAATTC
*
119 TTTTATAGTTACCAATTCTTTTTACTTTATCGATTC-TTTTTAATTACCAAATTC
1 TTTTTTAGTTACCAATTCTTTTTACTTTATCGATTCTTTTTTAATTACCAAATTC
173 TTTTTTAGTTACCAATTCTTTTTACTTT-TCGATTCTTTTTTTTAATTACCAA
1 TTTTTTAGTTACCAATTCTTTTTACTTTATCGATTC--TTTTTTAATTACCAA
225 TTTTACTTTC
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 5, Indels: 9
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
53 7 0.07
54 45 0.46
55 3 0.03
56 31 0.32
57 11 0.11
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.02, T:0.55
Consensus pattern (55 bp):
TTTTTTAGTTACCAATTCTTTTTACTTTATCGATTCTTTTTTAATTACCAAATTC
Found at i:243 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 213--297 Score: 94
Period size: 27 Copynumber: 3.5 Consensus size: 26
203 GATTCTTTTT
213 TTTAATTACCAATTTTACTTTCACTCC
1 TTTAATTACCAATTTTACTTT-ACTCC
*
240 TTTAATTACCAA-ATT-C-TT--T--
1 TTTAATTACCAATTTTACTTTACTCC
259 TTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCC
1 TTTAATTACCAATTTTAC-TTTACTCC
286 TTTAATTACCAA
1 TTTAATTACCAA
298 ATTCTTTTTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 2, Indels: 16
0.73 0.03 0.24
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.25
20 2 0.04
21 2 0.04
23 2 0.04
24 2 0.04
25 2 0.04
26 2 0.04
27 24 0.50
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (26 bp):
TTTAATTACCAATTTTACTTTACTCC
Found at i:264 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 240--504 Score: 92
Period size: 19 Copynumber: 12.6 Consensus size: 19
230 CTTTCACTCC
240 TTTAATTACCAAATTCTTT
1 TTTAATTACCAAATTCTTT
*
259 TTTAATTACCAATTTTACTTTTACT
1 TTTAATTACCAA-ATT-C--TT--T
284 CCTTTAATTACCAAATTCTTT
1 --TTTAATTACCAAATTCTTT
* *
305 TTTAATTTATC-GATT-TTT
1 TTTAA-TTACCAAATTCTTT
*
323 TTTAATTACCAATTTCCTTT
1 TTTAATTACCAAATT-CTTT
*
343 TTTAATTACCAACTTTACTTTTACT
1 TTTAATTACCAA-ATT-C--TT--T
**
368 CTTTTTTTACCAAA-T-TTT
1 -TTTAATTACCAAATTCTTT
*
386 TTTAATTACCAATTTTACTTT
1 TTTAATTACCAA-ATT-CTTT
* * *
407 CACTTTACTTTATC-GATTC-TT
1 ---TTTA-ATTACCAAATTCTTT
428 TTTAATTACCAAATTCTTT
1 TTTAATTACCAAATTCTTT
* *
447 TTTAGTTACCAATTTTACTTTTACTCT
1 TTTAATTACCAA----A---TT-CTTT
474 TTTAATTACCAAATTCTTT
1 TTTAATTACCAAATTCTTT
493 TTTAATTACCAA
1 TTTAATTACCAA
505 TTTTACTTTT
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 25, Indels: 72
0.66 0.09 0.26
Matches are distributed among these distances:
17 18 0.10
18 19 0.10
19 49 0.26
20 25 0.14
21 11 0.06
22 1 0.01
23 10 0.05
24 5 0.03
25 7 0.04
26 14 0.08
27 26 0.14
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.01, T:0.54
Consensus pattern (19 bp):
TTTAATTACCAAATTCTTT
Found at i:265 original size:46 final size:45
Alignment explanation
Indices: 210--410 Score: 217
Period size: 46 Copynumber: 4.6 Consensus size: 45
200 TTCGATTCTT
210 TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTCACTCCTTTAATTACCAAATTC
1 TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTCACT-CTTTAATTACCAAATTC
*
256 TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCCTTTAATTACCAAATTC
1 TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTCACT-CTTTAATTACCAAATTC
* * *
302 TTTTTTAATTTATCGA---T--TTT---T-TTTAATTACCAATTTCC
1 TTTTTTAA-TTACCAATTTTACTTTCACTCTTTAATTACCAAATT-C
* * **
340 TTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCTTTTTTTACCAAA-T-
1 TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTCACTCTTTAATTACCAAATTC
383 TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTCACT
1 TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTCACT
411 TTACTTTATC
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 11, Indels: 25
0.79 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
37 19 0.14
38 9 0.07
39 1 0.01
40 1 0.01
42 6 0.05
43 26 0.20
44 1 0.01
45 2 0.02
46 63 0.47
47 5 0.04
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (45 bp):
TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTCACTCTTTAATTACCAAATTC
Found at i:327 original size:83 final size:81
Alignment explanation
Indices: 240--392 Score: 236
Period size: 84 Copynumber: 1.9 Consensus size: 81
230 CTTTCACTCC
*
240 TTTAATTACCAAATT-CTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCCTTTAATTACCAAATTCTT
1 TTTAATTACCAAATTCCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACT-CTTTAATTACCAAA-T-TT
304 TTTTAATTTATCGATTTTT
63 TTTTAATTTATCGATTTTT
* **
323 TTTAATTACCAATTTCCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCTTTTTTTACCAAATTTTTT
1 TTTAATTACCAAATTCCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTTT
388 TAATT
66 TAATT
393 ACCAATTTTA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 4, Indels: 4
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
81 10 0.15
82 1 0.02
83 26 0.40
84 28 0.43
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.01, T:0.56
Consensus pattern (81 bp):
TTTAATTACCAAATTCCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTTT
TAATTTATCGATTTTT
Found at i:345 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 319--364 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
309 ATTTATCGAT
319 TTTTTTTAATTACCAA-TTT-C
1 TTTTTTTAATTACCAACTTTAC
*
339 CTTTTTTAATTACCAACTTTAC
1 TTTTTTTAATTACCAACTTTAC
361 TTTT
1 TTTT
365 ACTCTTTTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 15 0.68
21 3 0.14
22 4 0.18
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (22 bp):
TTTTTTTAATTACCAACTTTAC
Found at i:360 original size:84 final size:80
Alignment explanation
Indices: 240--613 Score: 242
Period size: 83 Copynumber: 4.6 Consensus size: 80
230 CTTTCACTCC
*
240 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCCTTTAATTACCAAATTCTTT
1 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACT-CTTTAATTACCAAA-T-TTT
305 TTTAATTTATCGATTTTT
63 TTTAATTTATCGATTTTT
* **
323 TTTAATTACCAATTTCCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCTTTTTTTACCAAATTTTTT
1 TTTAATTACCAAATT-CTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTTT
* *
388 TAA-TTACCAATTTTACT
65 TAATTTATCGATTTT--T
* * * * * *
405 TTCACTTTACTTTATCGATTC-TTTTTAATTACCAA-ATT-C--TT--T-TTTAGTTACC-AA--
1 TTTA-ATTAC--CA--AATTCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCTTTAATTACCAAATT
* * *
459 -TTTTACTTT-T--A-CTCT
61 TTTTTAATTTATCGATTTTT
* *
474 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCGTTTAATTGCCAAATTTTTT
1 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTC-TTTAATTACCAAA-TTTTT
* **
539 TTAATTACCAATTTTACTTTTACT
64 TTAATT---TA-TCGA-TTTT--T
563 CCTTTAATTACCAAATTCTTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCTTT
1 --TTTAATTACCAAATTC-TTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCTTT
614 TTTTAATTTC
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 30, Indels: 66
0.70 0.09 0.21
Matches are distributed among these distances:
64 4 0.02
65 14 0.06
66 3 0.01
67 1 0.00
68 4 0.02
69 6 0.03
71 2 0.01
72 1 0.00
73 8 0.04
74 7 0.03
75 2 0.01
77 2 0.01
78 15 0.07
79 1 0.00
80 9 0.04
81 10 0.04
82 5 0.02
83 32 0.14
84 30 0.13
85 16 0.07
86 1 0.00
87 3 0.01
89 1 0.00
91 19 0.08
92 28 0.12
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.01, T:0.55
Consensus pattern (80 bp):
TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCTTTAATTACCAAATTTTTTT
AATTTATCGATTTTT
Found at i:378 original size:129 final size:127
Alignment explanation
Indices: 157--406 Score: 333
Period size: 130 Copynumber: 2.0 Consensus size: 127
147 ATCGATTCTT
* ** * *
157 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAGTTACCAATTCTTTTTACTTTTCGATTCTTTTTTTTAATTAC
1 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAGTTACCAATTCTTTTTAATTACCAATTCTCTTTTTTAATTAC
*
222 CAATTTTACTTTCACTCCTTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCC
66 CAACTTTACTTTCACTCCTTTAATTACCAAA-T-TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCC
* * * *
286 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTTATCGATTTTTTTTAATTACCAATT-TCCTTTTTTAATT
1 TTTAATTACCAAATTCTTTTTT-AGTTACCAATTCTTTTTAATTACCAATTCT-CTTTTTTAATT
* **
350 ACCAACTTTACTTTTACT-CTTTTTTTACCAAATTTTTTTAATTACCAATTTTACTTT
64 ACCAACTTTACTTTCACTCCTTTAATTACCAAATTTTTTTAATTACCAATTTTACTTT
407 CACTTTACTT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 13, Indels: 6
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
127 24 0.23
128 1 0.01
129 35 0.33
130 46 0.43
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.01, T:0.56
Consensus pattern (127 bp):
TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAGTTACCAATTCTTTTTAATTACCAATTCTCTTTTTTAATTAC
CAACTTTACTTTCACTCCTTTAATTACCAAATTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCC
Found at i:430 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 339--439 Score: 118
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 44
329 TACCAATTTC
* **
339 CTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCTTTTTTTACCAAAT
1 CTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTCACTCTTACTTTACCAAAT
* * * *
383 -TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTCACT-TTACTTTATCGATT
1 CTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTCACTCTTACTTTACCAAAT
425 C-TTTTTAATTACCAA
1 CTTTTTTAATTACCAA
440 ATTCTTTTTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 7, Indels: 4
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
42 23 0.47
43 26 0.53
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.01, T:0.54
Consensus pattern (44 bp):
CTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTCACTCTTACTTTACCAAAT
Found at i:447 original size:188 final size:193
Alignment explanation
Indices: 240--605 Score: 512
Period size: 188 Copynumber: 1.9 Consensus size: 193
230 CTTTCACTCC
240 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCCTTTAATTACCAAATTCTTT
1 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCCTTTAATTACCAAATTCTTT
* *
305 TTTAATT-TA-TCGA-TTTT-T-TTTAATTACCAATTTCCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTT
66 TTTAATTCAATTCGACTTTTATCTTTAATTACCAAATT--TTTTTTAATTACCAACTTTACTTTT
** *
365 ACT-CTTTTTTTACCAAA-TTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTCACTTTACTTTATCGATTCTT
129 ACTCCTTTAATTACCAAATTTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTCACTTTACTTTATCGATTCTT
* *
428 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAGTTACCAATTTTACTTTTACTCTTTTAATTACCAAATTCTTT
1 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCCTTTAATTACCAAATTCTTT
** * *
493 TTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCGTTTAATTGCCAAATTTTTTTTAATTACCAATTTTACTT
66 TTTAATT--CAATTCGACTTTTA-TC-TTTAATTACCAAATTTTTTTTAATTACCAACTTTACTT
558 TTACTCCTTTAATTACCAAATTCTTTTTTTAATTACCAACTTTACTTT
127 TTACTCCTTTAATTACCAAA-T-TTTTTTTAATTACCAACTTTACTTT
606 TACTCTTTTT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 11, Indels: 15
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
188 70 0.45
191 1 0.01
192 2 0.01
193 4 0.03
195 28 0.18
196 12 0.08
197 13 0.08
199 24 0.16
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.01, T:0.54
Consensus pattern (193 bp):
TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCCTTTAATTACCAAATTCTTT
TTTAATTCAATTCGACTTTTATCTTTAATTACCAAATTTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTAC
TCCTTTAATTACCAAATTTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTCACTTTACTTTATCGATTCTT
Found at i:473 original size:104 final size:108
Alignment explanation
Indices: 305--513 Score: 336
Period size: 105 Copynumber: 2.0 Consensus size: 108
295 CAAATTCTTT
* *
305 TTTAATTTATCGATTTTTTTTAATTACCAATTTCCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCT
1 TTTAATTTATCGATTCTTTTTAATTACCAAATTCCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCT
*
370 TTT-TTTACCAAA-T-TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTCAC
66 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTCAC
* * *
410 TTTACTTTATCGATTCTTTTTAATTACCAAATT-CTTTTTTAGTTACCAATTTTACTTTTACTCT
1 TTTAATTTATCGATTCTTTTTAATTACCAAATTCCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCT
474 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTT
66 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTT
514 TACTCGTTTA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 6, Indels: 4
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
104 32 0.34
105 38 0.40
106 1 0.01
107 24 0.25
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.01, T:0.56
Consensus pattern (108 bp):
TTTAATTTATCGATTCTTTTTAATTACCAAATTCCTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCT
TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTCAC
Found at i:481 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 427--614 Score: 315
Period size: 46 Copynumber: 4.1 Consensus size: 46
417 TATCGATTCT
*
427 TTTTAATTACCAAATTCTTTTTTAGTTACCAATTTTACTTTTACTC
1 TTTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTC
473 TTTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTC
1 TTTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTC
* *
519 GTTTAATTGCCAAATT-TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTC
1 TTTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTC
* *
564 CTTTAATTACCAAATTCTTTTTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTC
1 TTTTAATTACCAAATTC-TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTC
611 TTTT
1 TTTT
615 TTTAATTTCT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 7, Indels: 3
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
45 43 0.32
46 59 0.44
47 31 0.23
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (46 bp):
TTTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTC
Found at i:514 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 471--596 Score: 69
Period size: 27 Copynumber: 5.8 Consensus size: 20
461 TTACTTTTAC
471 TCTTTTAATTACCAAATTCT
1 TCTTTTAATTACCAAATTCT
*
491 T-TTTTAATTACCAATTTTACTTT
1 TCTTTTAATTACCAA-ATT-C--T
*
514 TACTCGTTTAATTGCCAAATT-T
1 T-CT--TTTAATTACCAAATTCT
*
536 T-TTTTAATTACCAATTTTACTTT
1 TCTTTTAATTACCAA-ATT-C--T
559 TACTCCTTTAATTACCAAATTCT
1 T-CT--TTTAATTACCAAATTCT
*
582 TTTTTTAATTACCAA
1 TCTTTTAATTACCAA
597 CTTTACTTTT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 7, Indels: 34
0.67 0.06 0.28
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.13
19 15 0.18
20 16 0.20
21 1 0.01
22 3 0.04
23 6 0.07
25 3 0.04
26 4 0.05
27 23 0.28
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (20 bp):
TCTTTTAATTACCAAATTCT
Found at i:543 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 520--553 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
510 CTTTTACTCG
*
520 TTTAATTGCCAAATTTTT
1 TTTAATTACC-AATTTTT
538 TTTAATTACCAATTTT
1 TTTAATTACCAATTTT
554 ACTTTTACTC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.03, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
TTTAATTACCAATTTTT
Found at i:553 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 473--508 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
463 ACTTTTACTC
473 TTTTAATTACCAAATTCTT
1 TTTTAATTACCAAATT-TT
492 TTTTAATTACC-AATTTT
1 TTTTAATTACCAAATTTT
509 ACTTTTACTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.12
18 4 0.24
19 11 0.65
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (18 bp):
TTTTAATTACCAAATTTT
Found at i:554 original size:91 final size:93
Alignment explanation
Indices: 428--610 Score: 316
Period size: 91 Copynumber: 2.0 Consensus size: 93
418 ATCGATTCTT
* *
428 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAGTTACCAATTTTACTTTTACTCTTTTAATTACCAAATTC-TT
1 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCCTTTAATTACCAAATTCTTT
*
492 TTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCG
66 TTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCG
*
520 TTTAATTGCCAAATT-TTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCCTTTAATTACCAAATTCTTT
1 TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCCTTTAATTACCAAATTCTTT
584 TTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTC
66 TTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTC
611 TTTTTTTAAT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 4, Indels: 2
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
91 44 0.51
92 42 0.49
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (93 bp):
TTTAATTACCAAATTCTTTTTTAATTACCAATTTTACTTTTACTCCTTTAATTACCAAATTCTTT
TTTTAATTACCAACTTTACTTTTACTCG
Done.