Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01024263.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig24296, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4721
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Found at i:3926 original size:103 final size:103
Alignment explanation
Indices: 3805--4012 Score: 380
Period size: 103 Copynumber: 2.0 Consensus size: 103
3795 CCTTTTTAAT
* *
3805 TTTAAAAGTTTAGTATTCATTTAAAGGGTAAACATGTATTTATCAAATTAAACTTTTAAGGTTCA
1 TTTAAAAGTTTAGTATTCATTTAAAGGGTAAAAATGTATTTATCAAATAAAACTTTTAAGGTTCA
*
3870 ATATGTAATTTTATTTATCAATTAAATTAAATATATTA
66 ATATGTAATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTA
*
3908 TTTAAAAGTTTAGTATTCATTTAAAGGGTAAAAATGTATTTATCAAATAAAACTTTTAAGGTTTA
1 TTTAAAAGTTTAGTATTCATTTAAAGGGTAAAAATGTATTTATCAAATAAAACTTTTAAGGTTCA
3973 ATATGTAATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTA
66 ATATGTAATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTA
4011 TT
1 TT
4013 ATATTAAAAT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 4, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
103 101 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (103 bp):
TTTAAAAGTTTAGTATTCATTTAAAGGGTAAAAATGTATTTATCAAATAAAACTTTTAAGGTTCA
ATATGTAATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTA
Found at i:4127 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 4071--4151 Score: 119
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
4061 TTTAATTCCT
*
4071 ATGTAATATATATAATAACTAAAATGCTTACATCAATTAA
1 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATCAATTAA
* * *
4111 ATGTAATA-CTATAATAACTGAAATACTTACATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATCAATTAA
4150 AT
1 AT
4152 TCTTAGGTAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 29 0.78
40 8 0.22
ACGTcount: A:0.49, C:0.10, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (40 bp):
ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATCAATTAA
Found at i:4178 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 4142--4188 Score: 76
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
4132 AATACTTACA
*
4142 TTAATTAAATTCTTAGGTATTTTT
1 TTAATTAAATTCTTAGCTATTTTT
4166 TTAATTCAAATTCTTAGCTATTT
1 TTAATT-AAATTCTTAGCTATTT
4189 GTGCAAACGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 6 0.29
25 15 0.71
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.06, T:0.55
Consensus pattern (24 bp):
TTAATTAAATTCTTAGCTATTTTT
Found at i:4507 original size:202 final size:201
Alignment explanation
Indices: 4264--4671 Score: 730
Period size: 202 Copynumber: 2.0 Consensus size: 201
4254 TTCCTTAATA
*
4264 ATAAATAAATCGAATCTTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTT
1 ATAAATAAATCGAATCTTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACACTGATCTAATTT
* *
4329 AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGGTATAG-TTCTATATATAATAGT
66 AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTT-GTATAGTTTATATATATAATAAT
4393 AATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATT
130 AATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTT-AAAAATTAATAACATT
4458 CACCATTG
194 CACCATTG
4466 ATAAATAAATC-AGATCTTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACACTGATCTAATT
1 ATAAATAAATCGA-ATCTTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACACTGATCTAATT
* *
4530 TAATTTAATAATTCAACCACTAATGTTTAACTAATTTTTTTTGTATAGTTTATATATATAATAAT
65 TAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGTATAGTTTATATATATAATAAT
4595 AATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAATTAATAACATTC
130 AATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAATTAATAACATTC
4660 ACCATTG
195 ACCATTG
4667 ATAAA
1 ATAAA
4672 GTTATTAAGC
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 5, Indels: 5
0.95 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
201 36 0.18
202 163 0.82
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (201 bp):
ATAAATAAATCGAATCTTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACACTGATCTAATTT
AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGTATAGTTTATATATATAATAATA
ATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAATTAATAACATTCA
CCATTG
Done.