Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01024441.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig24474, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15745
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.33
Found at i:1017 original size:73 final size:68
Alignment explanation
Indices: 840--1033 Score: 300
Period size: 69 Copynumber: 2.8 Consensus size: 68
830 AATTAAATGA
* * *
840 CATTAATACTAATTGATTTTAATTTGATC-AATATTCAAATCAATCAATCAATCAATCAATTTAA
1 CATTAGTACTAATTGATTCTAATTGGATCAAATATTCAAATCAATCAATCAATCAATCAATTTAA
904 TAT
66 TAT
907 CATTAGTACTAATTGATTCTAATTGGATCAAGATATTCAAATCAATCAATCAATCAATCAATTTA
1 CATTAGTACTAATTGATTCTAATTGGATCAA-ATATTCAAATCAATCAATCAATCAATCAATTTA
972 ATAT
65 ATAT
976 CATTTTAGTACTAATTGATTCTAATTGGATCAAAATATATTCAAATCAATCAATCAAT
1 CA--TTAGTACTAATTGATTCTAATTGGATC--AA-ATATTCAAATCAATCAATCAAT
1034 TTAATATATA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 4, Indels: 6
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
67 26 0.22
68 1 0.01
69 39 0.33
71 27 0.23
73 24 0.21
ACGTcount: A:0.42, C:0.14, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (68 bp):
CATTAGTACTAATTGATTCTAATTGGATCAAATATTCAAATCAATCAATCAATCAATCAATTTAA
TAT
Found at i:3361 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 3321--4076 Score: 541
Period size: 36 Copynumber: 21.6 Consensus size: 35
3311 TAATGTCCCC
*
3321 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTTCTTTATTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTTTATTGACTTT
* *
3357 ACTTATTTA-TCTCGAATTAAG--TTTATTGACTCTTT
1 ACTTAATTACCCT-GAATTAAGTCTTTATTGA--CTTT
* *
3392 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACT-ACTTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGT-CTTTATTGAC-TTT
3428 ACTTAATTACCCTGAATTAAG--TTTATTGACTCTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTATTGA--CTTT
* *
3463 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACT-ACTTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGT-CTTTATTGAC-TTT
*
3499 ACTTAATTACCCAGAATTAAG--TTTATTGACTCTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTATTGA--CTTT
3534 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-CTTT-TGCTGA-TTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTAT--TGACTTT
* ** *
3568 ACTTAACTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGATTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCT-TTATTGACTTT
* * * **
3604 ACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCCTTGCTTGA-TTT
1 ACTTAATTACCCTG-AATTAAGT-CTTTATTGACTTT
* *
3640 GCTTAATTACCTTTGAATTAAGTCTTTGATTG-CTTT
1 ACTTAATTACC-CTGAATTAAGTCTTT-ATTGACTTT
* * **
3676 ACTTAATCACCCTGAATTAAGTTTTTGCTGA-TTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTATTGACTTT
* *
3710 ACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TTGTGCTTGATTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTT-T-ATTGACTTT
* * * ** *
3746 ACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCCTTGCTTGA-TTC
1 ACTTAATTACCCTG-AATTAAGT-CTTTATTGACTTT
*
3782 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGATTG-CTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-ATTGACTTT
*
3817 ACTTAATCACCCTGAATTAAG--TTT-TTG-----
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTATTGACTTT
* ** *
3844 -C-TGATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGATTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCT-TTATTGACTTT
* * * *
3878 ACTTAA-TGCCTTGGAATTATGTCTTTCCTTGA-TTT
1 ACTTAATTACCCT-GAATTAAGTCTTT-ATTGACTTT
* * *
3913 ACTTAATTATCTTGAATTAAGTCTTTGATTG-TTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-ATTGACTTT
* **
3948 ACTTAATCACCCTGAATTAAGTCTTTGATTGTGTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-ATTGACTTT
* *
3984 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGATTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-ATTGACTTT
* *
4020 ACTTAATTGCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGA-TTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-ATTGACTTT
4055 CACTTAATTACCCTGAATTAAG
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAG
4077 GGGTTGTTTG
Statistics
Matches: 594, Mismatches: 70, Indels: 112
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
25 16 0.03
26 1 0.00
27 1 0.00
28 1 0.00
29 3 0.01
31 3 0.01
33 21 0.04
34 55 0.09
35 191 0.32
36 253 0.43
37 37 0.06
38 10 0.02
39 2 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (35 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTATTGACTTT
Found at i:3409 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 3321--4076 Score: 559
Period size: 71 Copynumber: 10.8 Consensus size: 70
3311 TAATGTCCCC
* * * * * *
3321 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTTCTTTATTGACTTTACTTATTTA-TCTCGAATTAAGTTTATTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACTGA-TTTACTTAATTACCCT-GAATTAAGTTTATTG
3385 ACTCTTT
64 ACTCTTT
3392 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACT-ACTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACTGA--TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTG
3456 ACTCTTT
64 ACTCTTT
*
3463 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACT-ACTTTTACTTAATTACCCAGAATTAAGTTTATTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACTGA--TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTG
3527 ACTCTTT
64 ACTCTTT
* * *
3534 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-CTTTTG-CTGATTTACTTAACTACCCTGAATTAAGTCTGTGCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTC-CTTGACTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-T-T-AT
3597 TGA-T-TTT
62 TGACTCTTT
* * * * * *
3604 ACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCCTTG-CTTGATTTGCTTAATTACCTTTGAATTAAGTCT-TT
1 ACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCCTTGAC-TGATTTACTTAATTACC-CTGAATTAAGTTTATT
*
3667 GATTGCTTT
63 GACT-CTTT
* ** *
3676 ACTTAATCACCCTGAATTAAGTTTTTG-CTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTGTGCTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TT-T-ATT
3740 GA-T-TTT
63 GACTCTTT
* * * * * *
3746 ACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCCTTG-CTTGATTCACTTAATTACCTTGAATTAAGTCT-TTG
1 ACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCCTTGAC-TGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTG
*
3809 ATTGCTTT
64 ACT-CTTT
* * * *
3817 ACTTAATCACCCTGAATTAAG----T---T--TTTGC-TGATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-T-T-ATT
3872 GA-T-TTT
63 GACTCTTT
* * * ** * * *
3878 ACTTAA-TGCCTTGGAATTATGT-CTTTCCTTGATTTACTTAATTATCTTGAATTAAGTCT-TTG
1 ACTTAATTACCCT-GAATTAAGTCCTTGAC-TGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTG
* *
3940 ATTGTTTT
64 ACT-CTTT
* * * * *
3948 ACTTAATCACCCTGAATTAAGTCTTTGATTGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACTG-ATTTACTTAATTACCCTGAATTAAG--TTT-AT
4013 TGA-T-TTT
62 TGACTCTTT
* *
4020 ACTTAATTGCCCTGAATTAAGTCTTTG-CTTGATTTCACTTAATTACCCTGAATTAAG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGAC-TGATTT-ACTTAATTACCCTGAATTAAG
4077 GGGTTGTTTG
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 72, Indels: 99
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
60 20 0.04
61 19 0.03
62 1 0.00
63 2 0.00
64 5 0.01
66 1 0.00
67 4 0.01
68 6 0.01
69 38 0.07
70 81 0.14
71 253 0.45
72 112 0.20
73 16 0.03
74 1 0.00
75 4 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (70 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTGAC
TCTTT
Found at i:3870 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 3825--3875 Score: 77
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
3815 TTACTTAATC
* *
3825 ACCCTGAATTAAGTTTTTGC-TGATT
1 ACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGATT
3850 ACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGATT
1 ACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGATT
3876 TTACTTAATG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 18 0.78
26 5 0.22
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (26 bp):
ACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGATT
Found at i:3929 original size:96 final size:95
Alignment explanation
Indices: 3761--4053 Score: 250
Period size: 96 Copynumber: 2.9 Consensus size: 95
3751 ATTTCCTTGA
* *
3761 AATTAAGTCCTTGCTTGATTCACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGATTGCTTTACTTAATCA
1 AATTAAGTCCTTGCTTGATTCACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTCATTGATTTACTTAATCA
*
3826 CCCTGAATTAAGTTTTTGCTGATTACCCTG
66 CCCTGAATTAAGTCTTTGCTGATTACCCTG
* * * *
3856 AATTAAGT-CTGTGCTTGATTTTACTTAA-TGCCTTGGAATTATGTCTTTCCTTGATTTACTTAA
1 AATTAAGTCCT-TGCTTGA-TTCACTTAATTACCTT-GAATTAAGTCTTTCATTGATTTACTTAA
* * * *
3919 TTATCTTGAATTAAGTCTTTGATTGTTTTACTTAATCACCCTG
63 TCACCCTGAATTAAGTCTTTG-CTG----A--T--T-ACCCTG
* * * * *
3962 AATTAAGTCTTTGATTGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGC-TTGATTTTACTTAA
1 AATTAAGTCCTTGCTTG-ATTCACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTT-CATTGA-TTTACTTAA
**
4026 TTGCCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGATT
63 TCACCCTGAATTAAGTCTTTGC-TGATT
4054 TCACTTAATT
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 21, Indels: 34
0.74 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
94 2 0.01
95 20 0.13
96 49 0.31
97 2 0.01
99 1 0.01
101 2 0.01
103 2 0.01
105 1 0.01
106 44 0.28
107 35 0.22
ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (95 bp):
AATTAAGTCCTTGCTTGATTCACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTCATTGATTTACTTAATCA
CCCTGAATTAAGTCTTTGCTGATTACCCTG
Found at i:3950 original size:131 final size:137
Alignment explanation
Indices: 3321--4076 Score: 720
Period size: 142 Copynumber: 5.4 Consensus size: 137
3311 TAATGTCCCC
* * * * * *
3321 ACTTAATTACCTT-GAATTAAGTTCTTT-ATTGACTTTACTTATTTATCTCGAATTAAGTTTATT
1 ACTTAATTGCCTTGGAATTAAG-TCTTTGCTTGA-TTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCT-TT
* * *
3384 GACT-CTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTGACTACT-TTTACTTAATTACCCTGAATTA
63 GATTGCTTTACTTAATCACCCTGAATTAAGT--TT-A-T--TGTGT-CTTAATTACCCTGAATTA
*
3447 AGT-T-T-ATTGACTCTTT
121 AGTCTGTGCTTGA-T-TTT
* * * *** ** *
3463 ACTTAATTACCCT-GAATTAAGTCCTTGACTACTTTTACTTAATTACCCAGAATTAAGTTTATTG
1 ACTTAATTGCCTTGGAATTAAGTCTTTG-CTTGATTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCT-TTG
* * * *
3527 ACT-CTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTTT-TGCTGATTTACTTAACTACCCTGAATTAAGT
64 ATTGCTTTACTTAATCACCCTGAATTAAG-TTTAT--TG-TGT-CTTAATTACCCTGAATTAAGT
3590 CTGTGCTTGATTTT
124 CTGTGCTTGATTTT
* * * * *
3604 ACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCCTTGCTTGATTTGCTTAATTACCTTTGAATTAAGTCTTTGA
1 ACTTAATTGCCTTGGAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACC-TTGAATTAAGTCTTTGA
*
3669 TTGCTTTACTTAATCACCCTGAATTAAGTTT-TTGCTGATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
65 TTGCTTTACTTAATCACCCTGAATTAAGTTTATTG-TG---T-CTTAATTACCCTGAATTAAGTC
3733 TGTGCTTGATTTT
125 TGTGCTTGATTTT
* * * * *
3746 ACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCCTTGCTTGATTCACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGAT
1 ACTTAATTGCCTTGGAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGAT
*
3811 TGCTTTACTTAATCACCCTGAATTAAG-TT-TT-TG-C-TGATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCT
66 TGCTTTACTTAATCACCCTGAATTAAGTTTATTGTGTCTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCT
3871 TGATTTT
131 TGATTTT
* * *
3878 ACTTAA-TGCCTTGGAATTATGTCTTTCCTTGATTTACTTAATTATCTTGAATTAAGTCTTTGAT
1 ACTTAATTGCCTTGGAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGAT
*
3942 TGTTTTACTTAATCACCCTGAATTAAGTCTTTGATTGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
66 TGCTTTACTTAATCACCCTGAATTAAG--TTT-ATTGTG--T-CTTAATTACCCTGAATTAAGTC
*
4007 TTTGCTTGATTTT
125 TGTGCTTGATTTT
* *
4020 ACTTAATTGCCCT-GAATTAAGTCTTTGCTTGATTTCACTTAATTACCCTGAATTAAG
1 ACTTAATTGCCTTGGAATTAAGTCTTTGCTTGATTT-ACTTAATTACCTTGAATTAAG
4077 GGGTTGTTTG
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 50, Indels: 53
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
131 77 0.14
132 36 0.07
133 1 0.00
134 2 0.00
136 2 0.00
137 2 0.00
138 5 0.01
139 3 0.01
140 28 0.05
141 90 0.17
142 261 0.49
143 30 0.06
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (137 bp):
ACTTAATTGCCTTGGAATTAAGTCTTTGCTTGATTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTTTGAT
TGCTTTACTTAATCACCCTGAATTAAGTTTATTGTGTCTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCT
TGATTTT
Found at i:4550 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 4504--4595 Score: 114
Period size: 36 Copynumber: 2.6 Consensus size: 36
4494 ATTGCTTTAG
* *
4504 TTAATCACCCTGAATTAAGTTTTTGCTTGAT-TACAC
1 TTAATTACCCTGAATTAAGTTTTTGATTG-TGTACAC
* **
4540 TTAATTACCCTGAATTAACTTTTTGATTGTGTTTAC
1 TTAATTACCCTGAATTAAGTTTTTGATTGTGTACAC
*
4576 TTAATTACCTTGAATTAAGT
1 TTAATTACCCTGAATTAAGT
4596 CCTTGATTTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 7, Indels: 2
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
35 1 0.02
36 47 0.98
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (36 bp):
TTAATTACCCTGAATTAAGTTTTTGATTGTGTACAC
Found at i:4612 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 4538--4612 Score: 87
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
4528 GCTTGATTAC
** **
4538 ACTTAATTACCCTGAATTAACTTTTTGATTGTGTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAACTCCTTGATTGTACTT
* * *
4574 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTCCTTGATTTTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAACTCCTTGATTGTACTT
4610 ACT
1 ACT
4613 GCATTGATGC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 7, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 32 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.09, T:0.48
Consensus pattern (36 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAACTCCTTGATTGTACTT
Found at i:6263 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 6256--6280 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
6246 TTATAATGCC
6256 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
6281 TGTTGTTTTG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:11245 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 11222--11258 Score: 65
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
11212 CAATAGCTCG
11222 ATTACAATTCACAAACTA
1 ATTACAATTCACAAACTA
*
11240 ATTACAATTTACAAACTA
1 ATTACAATTCACAAACTA
11258 A
1 A
11259 GAATGAATTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 18 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.19, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (18 bp):
ATTACAATTCACAAACTA
Found at i:11365 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 11339--11386 Score: 87
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
11329 TCTAACATAT
*
11339 ATATAATAGATAAAAATTTCCAG
1 ATATAATAGAGAAAAATTTCCAG
11362 ATATAATAGAGAAAAATTTCCAG
1 ATATAATAGAGAAAAATTTCCAG
11385 AT
1 AT
11387 CTATATAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 24 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.08, G:0.10, T:0.29
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATAGAGAAAAATTTCCAG
Found at i:12000 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11978--12013 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
11968 ATTCCACAAC
11978 TAAATATA-AACATATTA
1 TAAATATATAA-ATATTA
11995 TAAATATATAAATATTA
1 TAAATATATAAATATTA
12012 TA
1 TA
12014 TATGATAACT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 16 0.89
18 2 0.11
ACGTcount: A:0.58, C:0.03, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
TAAATATATAAATATTA
Done.