Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01024614.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig24647, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2795
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.19, T:0.36


Found at i:40 original size:30 final size:30

Alignment explanation


    Indices: 4--751  Score: 903
    Period size: 30  Copynumber: 25.0  Consensus size: 30

          1 TTT

                                     *    
          4 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGTTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

             *                            
         34 TGTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

             *                            
         64 TGTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                               *  *       
         94 TTTTAATCCTGTTTGAGGAGCACTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                       *        **        
        124 TTTTAATCCTGGTTGAGGATTGTTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                                          
        154 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

             *                    *       
        184 TGTTAATCCTGTTTGAGGATCAGTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

             *      *                     
        214 TGTTAATCTTGTTTGAGGATCATTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

             *      *                     
        244 TGTTAATCTTGTTTGAGGATCATTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                               *  *       
        274 TTTTAATCCTGTTTGAGGAGCACTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                       *        **        
        304 TTTTAATCCTGGTTGAGGATTGTTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                                          
        334 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

             *      *                  *  
        364 TGTTAATCTTGTTTGAGGATCATTGCTGTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                               * *        
        394 TTTTAATCCTG-TTGAGGAGCGTTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                               *  *       
        423 TTTTAATCCTGTTTGAGGAGCACTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                    *  *        **  *     
        453 TTTTAATCATGGTTGAGGATTGTTACTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                                           
        483 TTTTAATCCTAG-TTGAGGATCATTGCTTTA
          1 TTTTAATCCT-GTTTGAGGATCATTGCTTTA

                                 *    * * 
        513 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCGTTGCATCA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                       *  *             * 
        543 TTTTAATCCTGGTTAAGGATCATTGCTTCA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                       *     *       *  ** 
        573 TTTTAATCCTGATTGAGTAT-ATTTCCTCCA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCA-TTGCTTTA

                       *               * * 
        603 TTTTAATCCTGGTTGAGGAT-ATTTGCATCA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCA-TTGCTTTA

                       *        **        
        633 TTTTAATCCTGGTTGAGGATTGTTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                    *  **      *          
        663 TTTTAATCTTGGATGAGGACCATTGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                   *   *           *      
        693 TTTTAATGCTGGTTGAGGATCATCGCTTTA
          1 TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

                *                *   *    
        723 TTTTTATCCTGATTT-AGGATTATTACTTT
          1 TTTTAATCCTG-TTTGAGGATCATTGCTTT

        752 GGTTTATTTG


Statistics
Matches: 626,  Mismatches: 86, Indels: 12
        0.86            0.12        0.02

Matches are distributed among these distances:
  29   28  0.04
  30  595  0.95
  31    3  0.00

ACGTcount: A:0.20, C:0.13, G:0.20, T:0.47


Consensus pattern (30 bp):   
TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA

Done.