Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01024792.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig24825, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13281
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.18, T:0.35
Found at i:2996 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2966--3006 Score: 75
Period size: 15 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
2956 TTACTCTGTT
2966 TTGTTTTCTAGTTTAA
1 TTGTTTTCTAGTTTAA
2982 TTGTTTTCT-GTTTAA
1 TTGTTTTCTAGTTTAA
2997 TTGTTTTCTA
1 TTGTTTTCTA
3007 TCAACCTCTG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 15 0.62
16 9 0.38
ACGTcount: A:0.15, C:0.07, G:0.12, T:0.66
Consensus pattern (16 bp):
TTGTTTTCTAGTTTAA
Found at i:4567 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 4551--4576 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 2.4 Consensus size: 11
4541 AGATAATTTC
4551 TTTTCTTCTAG
1 TTTTCTTCTAG
4562 TTTTCTTCTAG
1 TTTTCTTCTAG
4573 TTTT
1 TTTT
4577 TAGGCAAAGG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 15 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.15, G:0.08, T:0.69
Consensus pattern (11 bp):
TTTTCTTCTAG
Found at i:5364 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 5334--5375 Score: 66
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
5324 TTACTTTGCT
5334 TTGTTTTCTAGTTTAA
1 TTGTTTTCT-GTTTAA
5350 TTGTTTTCTGTTTAA
1 TTGTTTTCTGTTTAA
*
5365 TTGCTTTCTGT
1 TTGTTTTCTGT
5376 CAATCTCTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 16 0.64
16 9 0.36
ACGTcount: A:0.12, C:0.10, G:0.14, T:0.64
Consensus pattern (15 bp):
TTGTTTTCTGTTTAA
Found at i:7136 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 7083--7149 Score: 107
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
7073 TATCATAAAA
*
7083 CCATTGTTCCGAGGATAAAAGTTAAGGATTACTGG
1 CCATTGTTCCGAGAATAAAAGTTAAGGATTACTGG
* *
7118 CCATTGTTCTGAGAATAAAATTTAAGGATTAC
1 CCATTGTTCCGAGAATAAAAGTTAAGGATTAC
7150 AAACCATCGT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 29 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (35 bp):
CCATTGTTCCGAGAATAAAAGTTAAGGATTACTGG
Found at i:10977 original size:189 final size:187
Alignment explanation
Indices: 10646--11546 Score: 1280
Period size: 189 Copynumber: 4.8 Consensus size: 187
10636 CCTGAATTGA
* * * *
10646 CTCCTCTTTATTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAATTAGTTTCTTCTTCTTTTATTACTTAG
1 CTCCT-TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAG
* * *
10711 TTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTA-TGTAGTTCAATTACCTAGAATT
65 TT-AATTACCTAGAATTAAACTAATCTCCTCCTCTTTTACTACT-TAGTTCAATTACCTAGAATT
*
10775 AAACTACTTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAATTTCTT
128 AAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT-AATTTCTT
* * *
10836 CTCCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTACTTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGA
1 CTCCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAG-
* * *
10901 TTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCCTCCTCTTTTATTACTTAGTTTAATTACCTGGAATTAA
65 TTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCCTCCTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAA
*
10966 ACTACTTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAATTTCTT
130 ACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT-AATTTCTT
* * * *
11025 CTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAATTAAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
1 CTCCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT-AATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAG
* * *
11090 TTCAATTACCTAGAATTAAACTAAAT-TCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTCAATTACCTAGAATT
65 TT-AATTACCTAGAATTAAACT-AATCTCCTCCTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATT
* * ** *
11154 AAACTAATCTCTTC-TCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTACTCTACTTTCTT
128 AAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTT
* * *
11213 CTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC-TCTTTTACTACTTAGT
1 CTCCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAG-
*
11277 TTAATTACCTAGAATTAAACTAATCT-CTTCTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAA
65 TTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCCTCCTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAA
* ** *
11341 ACTAAATTTCTTCTTCATTTACTATTTAGTTCGATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTT
130 ACT-AATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTT
*
11400 CT-CTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC-TCTTTTACTACTTAGT
1 CTCCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAG-
* *
11463 TTAATTACCTAGAATTAAACTAATCT-CTTCTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAA
65 TTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCCTCCTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAA
11527 ACTAATCTTC-TCTTCTTTTA
130 ACTAAT-TTCTTCTTCTTTTA
11547 GTTTAAAATT
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 48, Indels: 25
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
185 52 0.08
186 171 0.26
187 49 0.08
188 43 0.07
189 240 0.37
190 95 0.15
191 3 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (187 bp):
CTCCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGT
TAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCCTCCTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAA
CTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTT
Found at i:11190 original size:46 final size:47
Alignment explanation
Indices: 10652--11546 Score: 1302
Period size: 47 Copynumber: 19.1 Consensus size: 47
10642 TTGACTCCTC
* * *
10652 TTTATTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAATTAGTTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* *
10699 TTTATTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* *
10746 TTTACTA-TGTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTACTTTCTTCTTCT
1 TTTACTACT-TAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* *
10793 TTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAATTTCTTCTCCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT-AATTTCTTCTTCT
* *
10841 TTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTACTTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* * * * *
10888 TTTACTATTTAGATTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCCTCCTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* * *
10935 TTTATTACTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTACTTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
*
10982 TTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT-AATTTCTTCTTCT
* *
11030 TTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAATTAAATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT-AATTTCTTCTTCT
* * *
11078 TTTACTATTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAAATTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* * *
11125 TTTACTATTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC-TCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
** *
11171 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTACTCTACTTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* *
11218 TTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC-TCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
*
11264 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC-TCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* *
11310 TTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAAATTTCTTCTTCA
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACT-AATTTCTTCTTCT
* ** *
11358 TTTACTATTTAGTTCGATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC-TCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
*
11404 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC-TCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
*
11450 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC-TCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
11496 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTTC-TCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAT-TTCTTCTTCT
11543 TTTA
1 TTTA
11547 GTTTAAAATT
Statistics
Matches: 777, Mismatches: 62, Indels: 18
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 252 0.32
47 358 0.46
48 167 0.21
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (47 bp):
TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
Done.