Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01024846.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig24879, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 11791
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.24, T:0.24


Found at i:682 original size:47 final size:47

Alignment explanation


    Indices: 613--1666  Score: 1535
    Period size: 47  Copynumber: 22.8  Consensus size: 47

        603 AATTCTAAGG

                 *        *                                
        613 AAGAAAAAGAAATTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                       *  *           *                    
        660 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTATGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                  *                             *       *  
        707 AAGAAGGAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAATTAAGTAGCAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                                                           
        754 AAGAAGAAG-AATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                                                           
        800 AAGAAGAAG-AATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                       *                                     
        846 AAGAAG-AG-AGTTAGTTTAATTCCCTA-G-AATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATT--CTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                  *                                     *  
        891 AAGAAGGAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGCAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

            *                             *             *  
        938 GAGAAGAAG-AATTAGTTTAATTCTAGGTATTTAAACTAAGTAGCAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                                                           
        984 AAGAAGAAG-AATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                                                           
       1030 AAGAAGAAG-AATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                       *  *                                
       1076 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                  *                                         
       1123 AAGAAGGAGAAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAG-AAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                       *                                   
       1171 AAGAAGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                       *  *                                
       1218 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                                                 *          
       1265 AAGAAGGAA-AAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAATTAAGTAGTAA
          1 AAGAA-GAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                       *  *                                
       1312 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTA-G---------TAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                  *                                        
       1349 AAGAAGGAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                  *                             *          
       1396 AAGAAGGAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAAGTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                       *  *                           *    
       1443 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTGGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                       *  *                                
       1490 AAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                  *                                        
       1537 AAGAAGGAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA
          1 AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                   *        *           *                   *
       1584 AA-AAGGGAGAAATT-CTTCTAATTCTAAGTAATTAAACTAAGTAGTAG
          1 AAGAA-GAAGAAATTAGTT-TAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

                       *                          
       1631 AAGAAGGAA-AGATTAGTTTAA-TCTTAGGTAATTAAA
          1 AAGAA-GAAGAAATTAGTTTAATTC-TAGGTAATTAAA

       1667 GTAAACAGAG


Statistics
Matches: 928,  Mismatches: 54, Indels: 50
        0.90            0.05        0.05

Matches are distributed among these distances:
  37   33  0.04
  38    1  0.00
  45   41  0.04
  46  235  0.25
  47  564  0.61
  48   54  0.06

ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.19, T:0.31


Consensus pattern (47 bp):   
AAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGTAGTAA

Found at i:1343 original size:37 final size:37

Alignment explanation


    Indices: 1302--1375  Score: 121
    Period size: 37  Copynumber: 2.0  Consensus size: 37

       1292 GTAATTAAAT

                                 *  *            
       1302 TAAGTAGTAAAAGAAGAAGAATTTGGTTTAATTCTAG
          1 TAAGTAGTAAAAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAG

                            *                    
       1339 TAAGTAGTAAAAGAAGGAGAAATTAGTTTAATTCTAG
          1 TAAGTAGTAAAAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAG

       1376 GTAATTAAAC


Statistics
Matches: 34,  Mismatches: 3, Indels: 0
        0.92            0.08        0.00

Matches are distributed among these distances:
  37   34  1.00

ACGTcount: A:0.45, C:0.03, G:0.22, T:0.31


Consensus pattern (37 bp):   
TAAGTAGTAAAAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAG
Done.