Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01003235.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig03241, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 799
Length: 1332
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.18, T:0.36
Found at i:1245 original size:328 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--1332 Score: 1571
Period size: 322 Copynumber: 4.0 Consensus size: 330
*
1 CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGC-CGAGACTCCTTGAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCAT-AATTTTTG-GCACGAGACTCCTTGAA
* * * * *
65 ATATTTATATCCATCTATTCAAATATCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
64 ATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATC
* *
130 GAAATCTTGTTTCGATTTATTGAAAATTAATTTCG-AAAAAA-TAGGAAAAATGATATTAGAAGC
129 GAAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATTTCGAAAAAAATTAGG--AAATGATATTAGAAGC
193 GTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGTGTTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAA
192 GTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAA
* * *
257 TTGATGAAGAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTGAACCGGAATCGTG---T---CA-C-
257 TTGATGAAAAATTTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTGAACCGAAATCGTGTACTAACCATCA
314 AGTTTTCTG
322 AGTTTTCTG
* ** * * * *
323 CGAAAAACGCGTTCTAGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCCTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGC-ACGAGACTCCTTGAAA
* * * * *
388 TATCCATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGCTTTAAGGATATGTTTTTACGAGAATCT
65 TATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCG
* * ** * * * *
453 AAATATTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATTTGGAAAAAAAGGA-AAAACGATAGTAGAAACGTG
130 AAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATTTCGAAAAAAATTAGGAAATGATATTAGAAGCGTG
** ** ** * *
517 AAAAATCCTTCAATGTTTTTTTTGTACAATTATATATTTTTTAATTAGTATTGTGTCCAAAAATT
195 AAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTT-ATGAGTATTGTGGCCAAAAATT
*** * * ** * *
582 GA-GAAAAA-AAATTCGGGT-AAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTAAAATCATGTACTAAACATCAC
259 GATGAAAAATTTTTTCGGGTCAA-TTTTTGCAAAATTTGAACCGAAATCGTGTACTAACCATCA-
* * *
644 GATTTTTTTTA
322 -A-GTTTTCTG
* * * *
655 TTAAAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGGCTCTGTTTTGGATGATTTTTGGCGACGAGACTCCTTGA
1 CT--AAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGC-ACGAGACTCCTTGA
* * * *
719 AATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATATGCTTTTACGAGCAT
63 AATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCAT
* *
784 CTG-AATCTTGTTTCGATTTATACAAAAATTAATTTGGAAAAAAATTTAGGAAAAATGATATTAG
128 C-GAAATCTTGTTTCGATTTA-ATAAAAATTAATTTCGAAAAAAA-TTAGG--AAATGATATTAG
* *
848 AAGTGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGAT-TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCC
188 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGG-TGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCC
* * *
912 AAAAATTGACGAAAAATTTTTTCGGGTCAATTTTTG-AAAATTTTGAGCCGAAATCGTGTACTTA
252 AAAAATTGATGAAAAATTTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTGAACCGAAATCGTGTACTAA
976 CCATCATAGTTTTCTG
316 CCATCA-AGTTTTCTG
** *
992 CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTAAATAATTTTTGGCACTGAGACTCCTTAAAA
1 CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCAC-GAGACTCCTTGAAA
* * * *
1057 TATTTATCTTCATCTAATCAAATATCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTG-TTTTACGAGCATCG
65 TATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCG
1121 AAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATTTCGAAAAAAA-TAGG-AA-GATATTAGAAGCGTG
130 AAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATTTCGAAAAAAATTAGGAAATGATATTAGAAGCGTG
* *
1183 AAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGAGGGCAAAAATTG
195 AAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTG
* * *
1248 ATGAAGAATTTTTTCGGGTCAGATTTTT-CAAAAATTGAACCGGAATCGTGTACTAACCATCACA
260 ATGAAAAATTTTTTCGGGTCA-ATTTTTGCAAAATTTGAACCGAAATCGTGTACTAACCATCA-A
1312 GTTTTCTG
323 GTTTTCTG
1320 CTAAAAACGCGTT
1 CTAAAAACGCGTT
Statistics
Matches: 853, Mismatches: 120, Indels: 68
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
320 3 0.00
321 81 0.09
322 143 0.17
323 28 0.03
324 2 0.00
327 3 0.00
328 141 0.17
329 12 0.01
331 1 0.00
332 9 0.01
333 118 0.14
334 56 0.07
335 46 0.05
336 84 0.10
337 28 0.03
338 59 0.07
339 37 0.04
340 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACGAGACTCCTTGAAAT
ATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCGA
AATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATTTCGAAAAAAATTAGGAAATGATATTAGAAGCGTGA
AAAGCCCTTCAATGTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA
TGAAAAATTTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTGAACCGAAATCGTGTACTAACCATCAAGTT
TTCTG
Done.