Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01000348.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig00348, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 869

Length: 1449
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.40


Found at i:626 original size:131 final size:130

Alignment explanation


    Indices: 472--725  Score: 393
    Period size: 131  Copynumber: 1.9  Consensus size: 130

        462 CATTGTTTAA

                                                                             
        472 ACTTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAAATCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATCCTTATAAC
          1 ACTTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAAATCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATAT--TTATAAC

                                    *                           *            
        537 TATTTAATTTTTACCATTTTACTATTTTAATT-AAAAAACTTAAATATATTAGAATTTTTTAAAT
         64 TATTTAATTTTTACCATTTTACTAATTTAATTAAAAAAACTTAAATATATTAAAATTTTTTAAAT

              
        601 AT
        129 AT

                                    * ** *                               *   
        603 ACTTTTATAGTTTTACTCAACTAAGAGTTTTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATTTATACCTA
          1 ACTTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAAATCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATTTATAACTA

               *                                 *   *                
        668 TTTTATTTTTACCATTTTACTAATTTAATTAAAAAAATTTAGATATATTAAAATTTTT
         66 TTTAATTTTTACCATTTTACTAATTTAATTAAAAAAACTTAAATATATTAAAATTTTT

        726 AAAAATATTT


Statistics
Matches: 112,  Mismatches: 10, Indels: 3
        0.90            0.08        0.02

Matches are distributed among these distances:
 129   36  0.32
 130   24  0.21
 131   52  0.46

ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.02, T:0.50


Consensus pattern (130 bp):   
ACTTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAAATCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATTTATAACTA
TTTAATTTTTACCATTTTACTAATTTAATTAAAAAAACTTAAATATATTAAAATTTTTTAAATAT

Found at i:768 original size:129 final size:130

Alignment explanation


    Indices: 503--747  Score: 325
    Period size: 129  Copynumber: 1.9  Consensus size: 130

        493 TAAAAAATCT

                                                                      *      
        503 ATTTTTATTTAATTAAATCTAATATCCTTATAACTATTTAATTTTTACCATTTTACTATTTTAAT
          1 ATTTTTATTTAATTAAATCTAATAT-CTTATAACTATTTAATTTTTACCATTTTACTAATTTAAT

                                   *        *       *   ** ** *              
        568 TAAAAAACTTAAATATATTAGAATTTTTTAAATATACTTTTATAGTTTTACTCAACTAAGAGTTT
         65 TAAAAAACTTAAATATATTAGAAATTTTTAAAAATACTTTCATAAATGAAATCAACTAAGAGTTT

            *
        633 T
        130 A

                                           *      *                          
        634 ATTTTTATTTAATTAAATCTAATAT-TTATACCTATTTTATTTTTACCATTTTACTAATTTAATT
          1 ATTTTTATTTAATTAAATCTAATATCTTATAACTATTTAATTTTTACCATTTTACTAATTTAATT

                   *   *                                        
        698 AAAAAAATTTAGATATATTA-AAATTTTTAAAAATA-TTTCATAAATGAAAT
         66 -AAAAAACTTAAATATATTAGAAATTTTTAAAAATACTTTCATAAATGAAAT

        748 TGTTTAAATT


Statistics
Matches: 100,  Mismatches: 13, Indels: 5
        0.85            0.11        0.04

Matches are distributed among these distances:
 128    9  0.09
 129   49  0.49
 130   17  0.17
 131   25  0.25

ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.02, T:0.50


Consensus pattern (130 bp):   
ATTTTTATTTAATTAAATCTAATATCTTATAACTATTTAATTTTTACCATTTTACTAATTTAATT
AAAAAACTTAAATATATTAGAAATTTTTAAAAATACTTTCATAAATGAAATCAACTAAGAGTTTA
Done.