Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01000393.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig00393, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 700

Length: 1167
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.14, T:0.34


Found at i:682 original size:190 final size:189

Alignment explanation


    Indices: 326--684  Score: 547
    Period size: 190  Copynumber: 1.9  Consensus size: 189

        316 TTGTTTTAAG

                                                 * *  *                   *  
        326 GGTAATTATTTGATACACCCGCAGTGTAAATTTTGGATTTCATAAGCGAGTTGTGGAGTTGATAC
          1 GGTAATTATTTGATACACCCGCAGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGCGAGTTGTGGAGTTGACAC

                                                                  *          
        391 ATGTCCATTTTCTAAATTAATTAAATTTTAAATATTTCAATCTAGTCCCAAGGGGACACATGTCA
         66 ATGTCCATTTTCTAAATTAATTAAATTTTAAATATTTCAATCTAGTCCCAAGGGAACACATGTCA

                       *  *                                            
        456 CCCTTCAAGACTCGTTTGTGCAGTCTGCTAAACTCCACCAACGGTGCATATTATATAAA
        131 CCCTTCAAGACCCGCTTGTGCAGTCTGCTAAACTCCACCAACGGTGCATATTATATAAA

                               *  *                         *                
        515 GGTAATTATTTGATACACCGGCGGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGCGGGTTGTGGAGTTGACAC
          1 GGTAATTATTTGATACACCCGCAGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGCGAGTTGTGGAGTTGACAC

                        * *          *     *  *            *  *              
        580 ATGTCCATTTTTTTGAATTAATTAAGTTTTAGATGTTTCAATCTAGTTCCTAGGGAACACATGTC
         66 ATGTCCA-TTTTCTAAATTAATTAAATTTTAAATATTTCAATCTAGTCCCAAGGGAACACATGTC

                  *                                 
        645 ACCCTTTAAGACCCGCTTGTGCAGTCTGCTAAACTCCACC
        130 ACCCTTCAAGACCCGCTTGTGCAGTCTGCTAAACTCCACC

        685 GCCGATGTAT


Statistics
Matches: 151,  Mismatches: 18, Indels: 1
        0.89            0.11        0.01

Matches are distributed among these distances:
 189   65  0.43
 190   86  0.57

ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.19, T:0.34


Consensus pattern (189 bp):   
GGTAATTATTTGATACACCCGCAGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGCGAGTTGTGGAGTTGACAC
ATGTCCATTTTCTAAATTAATTAAATTTTAAATATTTCAATCTAGTCCCAAGGGAACACATGTCA
CCCTTCAAGACCCGCTTGTGCAGTCTGCTAAACTCCACCAACGGTGCATATTATATAAA

Done.