Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01005652.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig05676, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 696
Length: 1160
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.15, T:0.36
Found at i:113 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 89--145 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19
79 TTCTATCTAT
89 TTGAATTTTAATTAATTCA
1 TTGAATTTTAATTAATTCA
*
108 TTGAA--TT-ACT-A-T--
1 TTGAATTTTAATTAATTCA
120 TTGAATTTTAATTAATTCA
1 TTGAATTTTAATTAATTCA
139 TTGAATT
1 TTGAATT
146 AATTAAAATT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 14
0.64 0.04 0.31
Matches are distributed among these distances:
12 5 0.17
14 3 0.10
15 3 0.10
16 3 0.10
17 3 0.10
19 12 0.41
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.07, T:0.53
Consensus pattern (19 bp):
TTGAATTTTAATTAATTCA
Found at i:123 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 85--146 Score: 124
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
75 CTAATTCTAT
85 CTATTTGAATTTTAATTAATTCATTGAATTA
1 CTATTTGAATTTTAATTAATTCATTGAATTA
116 CTATTTGAATTTTAATTAATTCATTGAATTA
1 CTATTTGAATTTTAATTAATTCATTGAATTA
147 ATTAAAATTC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 31 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.06, T:0.52
Consensus pattern (31 bp):
CTATTTGAATTTTAATTAATTCATTGAATTA
Done.