Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01005928.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig05953, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 631

Length: 1053
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.11, T:0.38


Found at i:331 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 323--375  Score: 106
    Period size: 3  Copynumber: 17.7  Consensus size: 3

        313 CATGATTAAA

                                                                           
        323 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

                  
        371 ATT AT
          1 ATT AT

        376 AAAGTTAATC


Statistics
Matches: 50,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   50  1.00

ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Found at i:810 original size:30 final size:30

Alignment explanation


    Indices: 776--837  Score: 90
    Period size: 30  Copynumber: 2.1  Consensus size: 30

        766 TTCAATATCT

                               *  *        
        776 TTTTATAATT-ATGAAATAGAATTTTAATGA
          1 TTTTATAATTAAT-AAATAAAAGTTTAATGA

                                          
        806 TTTTATAATTAATAAATAAAAGTTTAATGA
          1 TTTTATAATTAATAAATAAAAGTTTAATGA

              
        836 TT
          1 TT

        838 AAAAATTATA


Statistics
Matches: 29,  Mismatches: 2, Indels: 2
        0.88            0.06        0.06

Matches are distributed among these distances:
  30   27  0.93
  31    2  0.07

ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.08, T:0.47


Consensus pattern (30 bp):   
TTTTATAATTAATAAATAAAAGTTTAATGA
Done.